用于溃疡性结肠炎和相关疾病的抗tnf治疗的生物标记物的制作方法

专利名称：用于溃疡性结肠炎和相关疾病的抗tnf治疗的生物标记物的制作方法
技术领域：
本发明涉及表征TNF介导的疾病(例如溃疡性结肠炎)的表达谱和核酸的鉴别， 以及该表达谱和核酸在诊断溃疡性结肠炎和相关疾病中的用途。本发明还涉及用于鉴别、 使用和测试调节溃疡性结肠炎的候选试剂和/或靶点的方法。
背景技术：
使用生物制剂治疗溃疡性结肠炎存在很多挑战。确定要研究哪个患者群、预测哪些受试者会响应治疗以及哪些受试者在治疗后丧失响应，这些问题对治疗和临床研究设计具有重大影响。生物标记物可用于解决这些问题。生物标记物被定义为可客观测量和评价的特征，其作为一种指示物，可指示正常的生物过程、致病过程或对治疗干预的药理反应(Biomarkers Working Group，2001年，见下文)。最近，生物标记物还被定义为这样的蛋白质其表达的改变可与疾病或疾病发展的风险增加相关，或可预测疾病对给定治疗的响应。肿瘤坏死因子α (TNFa)是先天性免疫反应中的一种重要细胞因子，其在适应性免疫系统激活前提供对抗侵入生物体的即刻宿主防御。TNFa表达为跨膜前体，其经蛋白酶解加工而形成可溶性三聚物。TNF的膜结合形式和可溶形式两者与其受体TNFRSF1A和 TNFRSF1B (也分别称为TNFRl和TNFR2)的结合引发了几种其他前炎性细胞因子和一般性炎症标记物的表达。TNFa是已知的许多免疫介导的慢性炎性疾病的介体。存在许多TNFa的生物拮抗剂，例如英夫利昔单抗(Remicade 、戈利木单抗 (Simponi ')、阿达木单抗(Humira ·)，以及依那西普(Enbrel )，这些药物已获得批准可供患者使用。主要机理是降低循环系统中TNF的水平，从而减轻全身炎症、改善疾病的临床征象，而不造成患者的全身免疫抑制。迄今为止，已表明它们在治疗类风湿性关节炎(RA)、牛皮癣性关节炎(PsA)、克罗恩氏病(CD)、溃疡性结肠炎(UC)、银屑病和强直性脊柱炎方面是有效的。溃疡性结肠炎(UC)是结肠的一种阵发性炎性肠疾病。UC的发病取决于遗传因子、 免疫反应、微生物感染和环境因子之间的相互作用，从而导致对通常存在于胃肠道中的细菌的异常反应。基因表达不仅控制整个疾病进程，还反映那些造成疾病活动期和疾病缓解期的临床表现的过程。目前的UC治疗包括抗炎剂、免疫调节剂和抗肿瘤坏死因子α (TNFa)试剂(包括英夫利昔单抗)。英夫利昔单抗在患有UC的患者中引起并保持临床反应和临床缓解，如ACT 1和ACT 2试验中所证实的。尽管这些抗TNFa试剂中的任何一种都未获批准用于治疗溃疡性结肠炎，但已经在炎性肠胃疾病的许多方面涉及了 TNFa。然而，在对于抗TNF疗法的反应上存在个体差异，一些患者可能没有获得治疗效果。据推测，多种遗传变异可能在不同反应中起着关键作用。因此，需要从血清或血浆中鉴别和表征新的基因标记物，这些新的基因标记物可用于开发诊断和治疗免疫介导的炎性疾病(例如溃疡性结肠炎，以及其他疾病和病症)的方法，以及预测患者将如何响应治疗干预的方法。

发明内容
本发明涉及用于诊断和/或治疗溃疡性结肠炎和/或相关疾病或病症的方法或试剂盒，以及/或者用于预测治疗用的候选试剂适用性的方法或试剂盒。本发明包括所关注的特定基因的发现，与对治疗无反应的患者或用安慰剂治疗的患者相比，对治疗溃疡性结肠炎有反映的患者(有效降低溃疡性结肠炎的症状)中这些基因具有改良的表达水平。改良的表达水平构成了表达谱，该表达谱可用作可预测患者对治疗的反应性的生物标记物谱和/或可提供优选的给药途径。1.本文所公开的主题涉及在患有炎性肠胃疾病(例如溃疡性结肠炎)的受试者中随抗TNF治疗上调或下调的一组基因(以及这些基因的表达)的遗传相关性。上调或下调的基因包括BCL6(基因库登录号AW264036 ;SEQ ID NO :118)和某基因(基因库登录号 AI689210 ;SEQ ID NO 123)，任选地还包括 C5AR1 (基因库登录号 NM001736 ;SEQ ID NO: 119)、F0LR1(基因库登录号 U81501 ;SEQ ID NO 142)和 / 或 0SM(基因库登录号 A1079327 ； SEQ ID NO 173)，并且任选地还包括图7中示出的基因(例如SEQ ID NO: 110至203)。可以使用选自SEQ ID NO 1至109的一种或多种核酸探针检测这些基因的表达谱。受试者表现出对至少一种抗TNFa试剂(例如英夫利昔单抗、戈利木单抗、 Enbrel , Humira ,或其他抗TNF生物制剂或小分子药物)的治疗反应，其中受试者经诊断患有溃疡性结肠炎或另一种肠胃疾病，例如(但不限于)克罗恩氏病、炎性肠道疾病等，包括轻度、中度、重度、小儿或成人类型，以及其他类型，例如(但不限于)类固醇抵抗型、甲氨蝶呤抵抗型或NSAID抵抗型的肠胃疾病。在一个实施例中，本发明在评估候选试剂对治疗溃疡性结肠炎或相关疾病的有效性的方法中使用基因群(gene panel)，例如，在治疗早期，治疗的有效性不能通过症状或常规的疾病特征来衡量时。在一个具体实施例中，本发明包括预测用于溃疡性结肠炎的治疗适用性的方法， 该方法基于在治疗之前构成该谱图的一个或多个基因的基因表达模式。另外，本发明包括通过评估基因群的这些TNF受体SNP中的一者或多者的表达谱， 鉴别可作为用特定治疗剂治疗的候选者的患有溃疡性结肠炎和/或相关疾病或病症的受试者的方法。在另一个实施例中，将溃疡性结肠炎相关的基因谱用于产生目的为预后或诊断的基于阵列的方法，该方法包括a)用从受试者获得的样本制备核酸样品；以及b)将此样品与核酸片段群(例如SEQ ID NO :1_109)接触，这些核酸片段群包括一部分BCL6(基因库登录号AW264036 ;SEQ ID NO :118)基因和tx82a04. xl (基因库登录号 AI689210 ;SEQ ID NO 123)，任选地还包括 C5AR1 (基因库登录号 NM001736 ;SEQ ID NO: 119) ,FOLRl (基因库登录号 U81501 ；SEQ ID NO :142)和 0SM(基因库登录号 A1079327 ；SEQ ID NO :173)，任选地还包括在图7或10中列出的基因(例如SEQ ID NO :110-203)，其在患有溃疡性结肠炎或其他肠胃疾病(例如(但不限于)克罗恩氏病、炎性肠道疾病等，包括轻度、中度、重度、小儿或成人类型，以及其他类型，例如(但不限于)类固醇抵抗型、甲氨蝶呤抵抗型或NSAID抵抗型的肠胃疾病)的受试者中，对抗TNFa试剂(例如英夫利昔单抗、戈利木单抗、Enbrel , Humira ,或其他抗TNF生物制剂或小分子药物)有治疗反应。可任选地是，对基因SNP对应基因群的成员的表达水平变化进行统计分析，以评估这些变化的显著性以及鉴别哪些成员为该基因群的有意义成员。在一个可供选择的实施例中，本发明包括一种试剂盒，其用于根据基因表达模式来预测候选试剂对治疗溃疡性结肠炎和/或相关疾病或病症的适用性。


图1 在英夫利昔单抗响应者和未响应者之间的基线通路分布分析(Baseline pathway distribution analysis)。对响应者和未响应者之间在基线处差异表达的基因进行的通路分布分析表示为，给定通路中的基因占具有基因本体注释的输入表内的基因的总数的百分比(X轴)。所有富集在统计上是显著的(Fisher精确检验ρ值<0.05)。图2 使用20探针组基线分类器进行的层次聚类。在英夫利昔单抗治疗之前使用 20探针组分类器对整个12个响应者与11个未响应者样品进行的层次聚类。使用0附近的皮尔逊相关分析(GeneSpring中的标准相关分析)算出了相似矩阵。图3 使用5探针组基线分类器进行的层次聚类。在英夫利昔单抗治疗之前使用 5探针组分类器对整个来自训练集(A)的12个响应者与11个未响应者样品或者8个响应者与16个未响应者进行的层次聚类。使用0附近的皮尔逊相关分析(GeneSpring中的标准相关分析)算出了相似矩阵。图4 :5探针组分类器的英夫利昔单抗响应者/未响应者表达谱。对5探针组分类器的英夫利昔单抗响应者和未响应者进行比较的点图表示。图中示出了每个样品的归一化强度(黑圆点)。图中还示出了针对5个基因中各基因的各个响应者和未响应者群体的中值强度、75和25百分率以及最小值和最大值。图5 使用20探针组分类器在8个响应者和16个未响应者之间进行的Leuven队列层次聚类表明，4个错误分类的未响应者和1个错误分类的响应者的表达谱分别非常类似于响应者和未响应者。图6 用验证队列对ACTl进行比较的通用探针组和独特探针组图7 基线IFX探针组分类器图8 基线IFX预测性签名的特性图9 在分泌囊泡膜或中性多形核白细胞的质膜内表达的蛋白。图10.使用基线差异表达基因对IFXR和NR进行比较。图11.使用在基线处差异表达的细胞因子和趋化因子对IF)(R和NR进行比较。
具体实施例方式定义多肽的“活性”、“生物活性”和“功能活性”是指溃疡性结肠炎相关的基因群中的基因或基因编码的蛋白响应其与另一蛋白质或分子的特异性相互作用而发挥的活性，这可根据标准技术在体内、原位或体外测定。这种活性可以是直接的活性(例如与第二蛋白质缔合或对第二蛋白质的酶活性)，或间接活性(例如通过该蛋白质与第二蛋白质的相互作用或通过如胞内信号传导或凝血级联中的一系列相互作用介导的细胞过程)。“抗体”包括任何含有这样的分子的多肽或肽，所述分子包含免疫球蛋白分子的至少一部分，例如(但不限于)重链或轻链或其配体结合部分的至少一个互补决定区(CDR)、 重链或轻链可变区、重链或轻链恒定区、骨架区或它们的任何部分、片段或变体。术语“抗体”还旨在涵盖抗体、其消化片段、特定部分或变体，包括抗体模拟物或包含模拟抗体或其特定片段或部分的结构和/或功能的抗体部分，包括单链抗体及其片段。例如，抗体片段包括(但不限于)Fab (例如通过木瓜蛋白酶消化)、Fab'(例如通过胃蛋白酶消化和部分还原)以及F(ab’)2(例如通过胃蛋白酶消化)、facb(例如通过纤溶酶消化)、pFc’(例如通过胃蛋白酶或纤溶酶消化)、Fd(例如通过胃蛋白酶消化、部分还原和重聚合)、Fv或scFv (例如通过分子生物学技术)片段、以及单域抗体(例如Vh或VJ，这些涵盖于本发明(参见例如，Colligan 等人(编辑)，Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, Inc. ,NY(1994-2001) ；Colligan等人，Current Protocols in Polypeptide Science, John Wiley & Sons, NY(1997-2001))。如本文所用，术语“阵列”或“微阵列”或“生物芯片”或“芯片”是指包括多个固定的靶标单元的制品或装置，每个靶标单元包括“克隆”、“特征”、“点”或包含特定组合物的限定区域，例如固定至固体表面的生物分子(如核酸分子或多肽)，如以下深入讨论。本发明核酸序列的“互补序列”或与本发明核酸序列“互补”是指与第一多核苷酸相比具有互补碱基序列和反向取向的多核苷酸分子。如本领域已知的，“同一性”是两个或更多个多肽序列或两个或更多个多核苷酸序列之间的关系，可通过将所述序列进行比较确定。在本领域中，“同一性”也指多肽或多核苷酸序列之间的序列相关性，可通过这些序列的字符串之间的匹配来确定。“同一性”和“相似性”可容易地通过已知的方法计算，包括(但不限于)以下文献中描述的方法 -Computational Molecular Biology, Lesk，Α. Μ.(编辑)，Oxford University Press， New York，1988 ；Biocomputing :Informatics and Genome Projects，Smith，D. W.(编辑)，Academic Press，New York，1993 ；Computer Analysis of Sequence Data，Part I， Griffin，A. M.禾口 Griffin，H. G.(编辑)，Humana Press，New Jersey, 1994 ；Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje，G.，Academic Press，1987 ；以及 Sequence Analysis Primer，Gribskov, M.禾口 Devereux，J.(编辑)，M Stockton Press，New York， 1991 ；以及 Carillo，H.和 Lipman，D.，Siam J. Applied Math.，48 :1073(1988)。另外，同一性百分比的数值可从用 Vector NTI Suite 8. O (Informax, Frederick, MD)的 AlignX 组件的默认设置产生的氨基酸和核苷酸序列比对获得。如本文所用，术语“与…特异性杂交”、“与…特异性杂交的”、“特异性杂交”和 “与…选择性杂交”是指在严格条件下核酸分子优先与特定核苷酸序列结合、形成双链或杂交。术语“严格条件”是指在探针将优先杂交于其靶标序列并且在较小程度上或根本不杂交于其他序列的条件。在核酸杂交背景下(例如在阵列、DNA印迹杂交或RNA印迹杂交中)“严格杂交”和“严格杂交洗涤条件”是序列依赖性的，并且在不同环境参数下是不同的。以下详细描述了可用于实施本发明的备选杂交条件。在可供选择的方面，在温和条件、严格条件和极度严格条件下进行杂交和/或洗涤，如以下更为详细的描述。备选的洗涤条件也用于不同的方面，如本文更详细描述的。如本文所用，短语“标记的生物分子”或“用可检测组合物标记的”或“用可检测部分标记的”是指含有可检测组合物(即标签)的生物分子(如核酸)，如下文详述。标签也可为另一种生物分子，如核酸，例如作为“分子信标”的茎环结构形式的核酸，如下文所述。 这包括通过例如切口平移、随机引物延伸、用简并引物扩增等，将标记的碱基(或可结合到可检测标记的碱基)整合入核酸。可使用任何标签，如化学发光标签、放射标签、酶标签等等。可通过任何手段来检测标签，如肉眼检测、光谱检测、光化学检测、生物化学检测、免疫化学检测、物理检测、化学检测和/或化学发光检测。本发明可使用包含具有可检测标签的固定化核酸的阵列。如本文所用，术语“核酸”是指单链或双链形式的脱氧核苷酸(DNA)或核糖核苷酸 (RNA)。该术语涵盖含有已知的天然核苷酸类似物的核酸。术语“核酸”可与基因、DNA、RNA、 cDNA、mRNA、寡核苷酸引物、探针和扩增产物互换使用。该术语也涵盖DNA主链类似物，例如磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯、烷基磷酸三酯、氨基磺酸酯、 3' _硫缩醛、亚甲基(甲基亚氨基)、3' -N-氨基甲酸酯、吗啉代氨基甲酸酯和肽核酸(PNA)。如本文所用，术语“样品，，或“核酸样品，，是指含有DNA或RNA的样品，或代表从天然来源分离的DNA或RNA的核酸。“核酸样品”为适合杂交到另一个核酸(例如固定化探针)的形式(例如作为可溶性水溶液)。样品核酸可从特定的细胞或组织分离、克隆或提取。用于制备核酸样品的细胞或组织样品通常取自患有或疑似患有UC或相关疾病或病症的患者。分离细胞和组织样品的方法为本领域的技术人员所熟知，包括(但不限于)抽吸、 组织切片、穿刺活检等。通常，样品为“临床样品”，即源自患者的样品，包括组织切片，例如取自用于组织学目的的冷冻切片或石蜡切片。样品也可源自(细胞的)上清液或可以是取自患者或细胞培养物的细胞本身、组织培养的细胞以及其中可期望检测到对候选药物的响应的其他介质。在一些情况下，可用标准技术(例如PCR)在杂交前扩增核酸。探针可产生自并且可共同代表来自一个或多个特定(预先选择)部分的(例如)聚合酶链反应(PCR) 扩增产物集合的核酸来源，其基本上是整个染色体或染色体片段，或基本上是整个基因组， 例如克隆集合的形式(例如BAC、PAC、YAC等等)(参见下文)。“核酸”为核苷酸的聚合物，其中核苷酸包含与糖连接的碱基，糖继而通过一居间的至少二价的分子(例如磷酸)彼此连接。天然存在的核酸中，糖为2'-脱氧核糖(DNA) 或核糖(RNA)。非天然多核苷酸或寡核苷酸含有经修饰的碱基、糖或连接分子，但通常被认为模仿了天然存在的核酸的互补性(非天然多核苷酸或寡核苷酸仿照此而设计)。非天然寡核苷酸的一个例子为具有硫代磷酸酯主链的反义分子组合物。“寡核苷酸”通常是指具有少于30个核苷酸的核酸分子。术语“谱”意指模式并与多个特征的变化幅度和方向有关。谱可被严格地判读，即要求其中在谱内显示特性的特征的幅度和/或数量的变化基本上类似于参考谱，或其可被不太严格地判读，例如要求一种趋势而不要求全部特征特性或其子集的绝对匹配。术语“蛋白质”、“多肽”和“肽”包括“类似物”或“保守变体”和“模拟体”或“拟肽”，其具有的结构和活性大致对应于所述变体从其衍生的多肽，如上文详细描述的。“多肽”为通过肽键接合的氨基酸残基的聚合物，肽通常是指含有12个或更少残基的氨基酸聚合物。肽键可通过核酸模板引导而天然产生或用本领域熟知的方法合成而产生。“蛋白质”为包含一个或多个多肽链的大分子。蛋白质还可包含连接至不参与肽键形成的氨基酸侧基的取代基。通常，通过真核细胞表达形成的蛋白质还含有碳水化合物。 在本文中蛋白质是按其氨基酸序列或主链来定义，不指定取代基，无论是否已知。术语“受体”表示能够通过与特定配体或结合伴侣相互作用而影响例如细胞内的生物活性的分子。细胞膜结合受体通过胞外配体结合结构域、一个或多个跨膜或穿膜结构域以及通常涉及信号转导的胞内效应结构域来表征。配体结合至细胞膜受体可引起胞外域变化，这些变化被横跨细胞膜传递，与一个或多个胞内蛋白质直接或间接相互作用，并改变细胞的特性，例如酶活性、细胞形状或基因表达谱。受体也可不固定到细胞表面，并可以是胞质受体、核受体，或一起从细胞释放。非细胞相关受体称为可溶性受体或配体。无论是否相应地明确指出，本文引用的所有出版物或专利的全文均以引用方式并入本文中，因为它们显示了本发明时的技术水平和/或提供了本发明的描述和使本发明得以实现。出版物是指任何科学出版物或专利公布，或可以任何媒体形式获得的任何其他信息，所述媒体形式包括所有记录形式、电子形式或印刷形式。以下参考文献全部以引用方式并入本文中Ausubel 等人(编辑)，Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons，Inc., NY(1987-2008) ；Sambrook 等人，Molecular Cloning :A Laboratory Manual,第二版，Cold Spring Harbor,NY(1989) ；Harlow禾口Lane,antibodies, a Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, NY (1989) ；Colligan ^A (IS·)，Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons，Inc.，NY(1994—2008) ；Colligan 等人， Current Protocols in Protein Science, John Wiley & Sons, NY(1997-2008)。基因群鉴别和验证本发明提供了用于筛选可调节溃疡性结肠炎症状的分子的新方法。本发明公开了在患有炎性肠胃疾病(例如溃疡性结肠炎)中随抗TNF响应者上调或下调的一组基因的遗传相关性，其中BCL6(基因库登录号AW^64036 ;SEQ ID NO 118)和tx82a04. xl (基因库登录号AI689210 ;SEQ ID NO :123)，任选地还包括C5AR1 (基因库登录号NM001736 ;SEQ ID NO :119)、F0LR1(基因库登录号 U81501 ;SEQ ID NO :142)和 0SM(基因库登录号 A1079327 ； SEQ ID NO :173)，任选地还包括图7所示的基因(例如SEQ ID NO :110-203)，其在患有溃疡性结肠炎或其他肠胃疾病(例如(但不限于)克罗恩氏病、炎性肠道疾病等，包括轻度、 中度、重度、小儿或成人类型，以及其他类型，例如(但不限于)类固醇抵抗型、甲氨蝶呤抵抗型或NSAID抵抗型的肠胃疾病)的受试者中，对抗TNFa试剂(例如英夫利昔单抗、戈利木单抗、Enbrel , Humira ,或其他抗TNF生物制剂或小分子药物)有治疗反应。对于这些仅在疾病组织中或响应抗TNF治疗而被差异表达的序列(基因序列或在下文中称作“溃疡性结肠炎相关基因序列”)的鉴别，使得该信息能够以多种方式被使用。 例如，可用由UC相关生物标记物基因的表达谱提供的信息来评估特定治疗方案。
这可通过制备含有与这些序列互补的序列组的生物芯片来完成，该生物芯片随后可用于这些筛选(例如SEQ ID NO :1-109)。也可在蛋白质基础上实施这些方法，也就是说， 可对这些溃疡性结肠炎相关基因产物蛋白的蛋白表达水平进行评估，以用于诊断目的或选择抗TNF治疗响应者或用于筛选另外的候选治疗剂。另外，在治疗前，可用包含溃疡性结肠炎相关基因谱的核酸序列测量患者是否可能对治疗有反应。溃疡性结肠炎相关基因序列可包括核酸序列和氨基酸序列这两者。在一个优选的实施例中，溃疡性结肠炎相关基因序列是重组核酸。本文中所谓术语“重组核酸”是指通常通过聚合酶和核酸内切酶操作核酸而最初形成于体外且为一般不存在于自然界中的形式的核酸。因此，对本发明来说，分离的核酸(为线性形式)或通过连接在正常情况下不接合的DNA分子而形成于体外的表达载体这两者均被认为是重组的。应当理解，重组核酸一经制成并重新引入宿主细胞或生物体后，它就会以非重组方式复制，即，使用宿主细胞的体内细胞机器而非体外操作来复制；然而，对本发明而言，此类核酸一旦被重组产生，即使随后会以非重组方式复制，也仍然被认为是重组的。实施本发明的方法本发明提供了基于体外、原位、或计算机、核酸、蛋白质和/或阵列的方法，这些方法依赖两份或更多份样品中的结合分子的相对量(例如核酸序列)。也提供了计算机实现的方法，用于确定两份或更多份样品中的结合分子的相对量(例如核酸序列)，并使用确定的相对结合量来预测对具体疗法的反应性，以及监控和增强治疗处理。在实践本发明的方法时，标记的生物分子(例如核酸)的一种或多种样品被用于两个或更多个检测分析或阵列，其中该检测分析或阵列具有基本上相同的固定化结合分子的互补序列(例如能够杂交到标记的样品核酸上的固定化核酸)。所述两个或更多个阵列通常为相同阵列的多个拷贝。然而，因为阵列上的各个“点”、“克隆”或“特征”具有相似的生物分子(如相同序列的核酸)，并且各个点中的生物分子(如核酸)是已知的(这是核酸或其他阵列的典型特征)，用于本发明的多个阵列在构造上不必相同，只需要每个特征在基片上的位置是已知的，即具有一个地址。因此，在一方面，将样品中的多个生物分子(例如核酸)相对地结合到该阵列(例如同时杂交)，并且将收集的信息进行编码以便使结果基于该特征的内在性质(例如核酸序列)而不是在该基片上的位置。核酸的扩增一些熟知的采用寡核苷酸引物的核酸扩增方法可用于产生用于本发明组合物和方法的核酸，以检测或测量杂交至阵列的测试样品或对照样品的水平等，例如检测本发明的TNFR SNP多态性的存在。技术人员可选择和设计合适的寡核苷酸扩增引物。扩增方法也是本领域所熟知的，并且包括(例如)聚合酶链反应(PCR) (PCR PROTOCOLS, A⑶IDE TO METHODS AND APPLICATIONS, Innis (编辑)，Academic Press, N. Y. (1990)禾口 PCR STRATEGIES (1995)，Innis (编辑)，Academic Press, Inc.，N. Y.)、连接酶链反应(LCR)(参见例如 Wu (1989) Genomics 4 560 ；Landegren (1988) Science 241 1077 ；Barringer (1990) Gene 89:117)、转录扩增(参见例如 Kwoh (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173)、以及自主序列复制(参见例如 Guatelli (1990)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874)、Q3 复制酶扩增(参见例如 Smith (1997) J. Clin. Microbiol. 35 1477-1491)、自动 Q β 复制酶扩增测定(参见例如Burg(1996)Mol. Cell. Probes 10:257-271)以及其他RNA聚合酶介导的技术(例如 NASBA， Cangene, Mississauga, Ontario)；还可参见 Berger (1987)Methods Enzymo1. 152:307-316 ；Sambrook ；Ausubel ；美国专利 No. 4，683，195 和 4，683，202 ； Sooknanan(1995)Biotechnology 13 :563_564。核酸杂交在实施本发明的方法时，使核酸的测试样品和对照样品与(例如)阵列上的固定化核酸探针杂交。在可供选择的方面，在温和条件、严格条件和极严格条件下进行杂交和 /或洗涤。核酸杂交的详尽指南可在例如Sambrook Ausubel，Tijssen的文章中找到。通常，对于在确定离子强度和PH下的特定序列，将高严格杂交和洗涤条件选择为低于热熔点 (Tm)约5°C。Tm为50%的靶序列与完全匹配的探针杂交时的温度(在确定的离子强度和 PH下)。对于特定的探针，将极严格条件选择为等于Tm。用于互补核酸(在阵列上或在DNA 印迹或RNA印迹的滤膜上具有超过100个互补残基)杂交的严格杂交条件的例子为在42°C 下使用标准杂交溶液(参见例如Sambrook)进行过夜杂交。高严格洗涤条件的例子为在 72°C下用0. 15M NaCl洗涤约15分钟。严格洗涤条件的例子为在65°C下用0. 2X SSC洗涤 15分钟(参见例如Sambrook)。通常，在高严格洗涤之前用中等或低严格洗涤去除背景探针信号。用于例如多于100个核苷酸的双链的中等严格洗涤的例子是在45°C下用IXSSC 洗涤15分钟。用于(例如)多于100个核苷酸的双链的低严格洗涤的例子是在40°C下用 4X至6XSSC洗涤15分钟。在本发明的组合物和方法的可供选择的方面，例如在比较核酸杂交的实施中，例如用阵列进行比较基因组杂交(CGH)时，使用荧光染料Cy3 和Cy5 来差异性标记来自两个样品的核酸片段，例如固定于阵列的核酸和样品核酸、或者产生自对照细胞或组织的核酸和产生自测试细胞或组织的核酸。许多商品化的仪器设计成适于这两种染料的检测。为了增加Cy5 、荧光染料或其他氧化敏感性化合物的稳定性，可在杂交混合物、杂交溶液和/ 或洗涤溶液中使用抗氧化剂和自由基清除剂。因此，Cy5 信号显著增加，并且更长的杂交时间成为可能。参见WO 0194630A2和美国专利申请No. 20020006622。可在受控的不饱和湿度环境下进行杂交以增加杂交灵敏度；因此，当湿度不饱和时杂交效率得到显著改善。参见WO 0194630A2和美国专利申请No. 20020006622。如果湿度是动态控制的，即如果湿度在杂交期间改变，那么杂交效率可得到改善。在动态平衡的湿度环境下将促进传质。杂交环境中的湿度可逐步调节或连续调节。可使用包括壳体和控制器的阵列装置，所述壳体和控制器使操作者能控制预杂交、杂交、洗涤和/或检测步骤期间的湿度。该装置可具有检测、控制和存储元件以使得能对湿度和温度控制(其为恒定和精确的或为波动的)进行预先编程，以及整个程序循环期间(包括预杂交、杂交、洗涤和检测步骤)的其他参数进行预先编程。参见WO 0194630A2和美国专利申请No. 20020006622。本发明的方法可包括具有渗透性波动的杂交条件。杂交效率(即达到平衡的时间)也可通过包含变化的高渗透性/低渗透性(例如溶质梯度)的杂交环境来提高。在装置中产生溶质梯度。例如，将低盐杂交溶液置于阵列杂交室的一侧，而将较高浓度的盐缓冲液置于另一侧，从而在室中产生溶质梯度。参见WO 0194630A2和美国专利申请 No.20020006622ο封闭重复核酸序列讲行杂交的能力本发明的方法可包括封闭重复核酸序列在固定化核酸片段中进行杂交的能力(即封闭“杂交能力”)的步骤。可通过将样品核酸序列与未标记的或标记的重复核酸序列混合而封闭样品核酸序列中重复核酸序列的杂交能力。可将样品核酸序列在与固定在阵列上的核酸片段接触的步骤前，与重复核酸序列混合。封闭序列为(例如)Cot_l DNA、鲑鱼精DNA或特异性的重复基因组序列。重复核酸序列可以是未标记的。使用(例如)使用例如Cot-I来移除和/或去能重复序列的杂交容量的多种方法是已知的；参见(例如) Craig (1997) Hum. Genet. 100 :472_476 ；WO 93/18186。使用磁性纯化和亲和力 PCR 可从文库探针中去除重复 DNA 序列，参见(例如)Rauch (2000) J. Biochem. Biophys. Methods 44 59-72。阵列一般是固定在平板表面上的定义为“点”或“簇”或“特征”的多个靶标单元， 其中每个靶标单元包含一个或多个生物分子(例如核酸或多肽)，该分子固定在固体表面， 用于特异性结合(例如杂交)到样品中的特定分子。固定化核酸可以包含来自特定信息 (例如作为cDNA文库)或基因(例如基因组文库，包括人类基因组)的序列。其他靶标单元可含有参照序列等。阵列的生物分子可以不同的大小和不同的密度排列在固体表面上。 生物分子在簇中的密度和簇在阵列上的数量取决于多种因素，例如标签的性质、固体载体、 基片表面的疏水性程度等。各个特征可以包含基本上相同的生物分子(例如核酸)，或生物分子的混合物(例如不同长度和/或序列的核酸)。因此，例如一个特征可含有多于一个拷贝的DNA克隆片段，并且每个拷贝可断裂成不同长度的片段。其上固定有生物分子(例如核酸)的阵列基片表面可包括硝化纤维、玻璃、石英、熔融二氧化硅、塑料等等，如下文深入论述。本发明的组合物和方法可以整体地或部分地包含阵列的设计以及相关组分和方法，例如在美国专利No. 6，344，316 ；6, 197，503 ； 6，174，684 ；6，159，685 ；6，156，501 ；6，093，370 ；6，087，112 ；6，087，103 ；6，087，102 ； 6，083，697 ；6，080，585 ；6，054，270 ；6，048，695 ；6，045，996 ；6，022，963 ；6，013，440 ； 5，959，098 ；5，856，174 ；5，843，655 ；5，837，832 ；5，770，456 ；5，723，320 ；5，700，637 ； 5，695，940 ；5，556，752 ；5，143,854 中所述；还可参见例如 WO 99/51773 ；WO 99/09217 ； WO 97/46313 ；WO 96/17958 ；WO 89/10977 ；还可参见例如 Johnston(1998)Curr. Biol. 8 R171-174 ；Schummer(1997)Biotechniques 23 1087-1092 ；Kern(1997)Biotechniques 23 120-124 ；Solinas-Toldo(1997)Genes, Chromosomes & Cancer 20:399-407; Bowtell (1999)Nature Genetics Supp. 21 25-32 ；Epstein (2000)Current Opinion in Biotech.11 36-41 ；Mendoza(1999 Biotechniques 27 778-788 ；Lueking(1999)Anal. Biochem. 270 :103_111 ；Davies (1999)Biotechniques 27 :1258_1261。基片表面可用于本发明组合物和方法的基片表面包括(例如)玻璃(参见例如美国专利 No. 5，843，767)、陶瓷和石英。阵列可具有刚性、半刚性或挠性材料的基片表面。基片表面可以是平坦的或平面的，也成形为深凹、凸起区域、蚀刻沟槽、孔、小珠、细丝等。基片表面还可包括各种材料，例如硝化纤维、纸张、晶体基片(例如砷化镓)、金属、准金属，聚丙烯酰吗啉、多种塑料和塑料共聚物、Nylon 、TefIon〖 、聚乙烯、聚丙烯、乳胶、聚甲基丙烯酸酯、聚 (对苯二甲酸乙二醇酯)、人造丝、尼龙、聚(丁酸乙烯酯)和乙酸纤维素。可对基片进行涂覆，可使基片和涂层官能化以(例如)使得能与胺结合。包含校ιΗ序列的阵列
本发明仔细考虑了包含使基于阵列的杂交反应的结果归一化的固定化校正序列的阵列以及采用这些校正序列的方法的应用，例如用以确定校正序列的拷贝数，从而“归一化”或“校正”比率分布。该校正序列可与阵列上固定化的核酸序列中的独特序列大致相同。例如，来自阵列上每个“点”或“生物位点”的“标记物”序列(其仅位于该点，从而使其成为该点的“标记物”)用一个或多个“对照”或“校正”点上的对应序列表示。用“对照点”或“校正点”来“归一化”以提供可靠并且可重复的信息。对照点可提供一致的结果，而与杂交到阵列的标记样品(或来自样品的标记结合分子)无关。对照点可用于产生“归一化”或“校正”曲线以抵消本发明的基于计算机的、基于阵列的方法中使用的两个阵列(或更多)之间可能的强度误差。在阵列上产生对照的一种方法可以是使用被点样到该阵列上的所有生物分子 (例如核酸序列)的等摩尔混合物并产生一个单点。该单点将具有与来自阵列上所有其他点的生物分子(例如核酸序列)相等的量。可通过改变该等摩尔混合物的浓度来产生多个对照点。样品和样本样品核酸可从特定的细胞、组织或其他样本中分离、克隆或提取。用于制备核酸样品的细胞或组织样品通常取自患有或疑似患有溃疡性结肠炎或相关病症的患者。分离细胞和组织样品的方法为本领域的技术人员所熟知，包括(但不限于)抽吸、组织切片、穿刺活检等。通常，样品为“临床样品”，即源自患者的样品，包括全血、血清、血浆或组织切片，例如取自用于组织学目的的冰冻切片或石蜡切片。样品也可源自(细胞的)上清液或可以是取自患者或细胞培养物的细胞本身、组织培养的细胞以及其中可期望检测到对候选药物的响应的其他介质。在一些情况下，可用标准技术(例如PCR)在杂交前扩增核酸。在一个实施例中，本发明为预测疾病消退或治愈的治疗前方法。该方法包括(1) 从诊断患有溃疡性结肠炎或相关疾病或病症的个体取合适的组织活检或其他样本，(2)测量基因群中谱图基因的表达水平，( 将基因的治疗前的表达水平与来自治疗响应者的治疗前的参照谱进行比较，以及(4)通过监测基因群的表达水平来预测治疗反应。评估生物标记物实用性的方法本发明生物标记物基因群用于评估患者对治疗的响应或疾病预后的实用性可通过使用其他评估患者疾病状态的方法来验证。例如，可通过某种成像方法评估并记录疾病的总测量结果，例如(但不限于)通过摄影、辐射测量或磁共振技术成像来进行。健康或疾病的综合指标还包括血清或血液组成(蛋白质、肝酶、PH、电解质、红细胞容积、血细胞比容、血红蛋白或特异性蛋白质)。然而，在一些疾病中，病因学还不是很清楚。溃疡性结肠炎是此类疾病的一例。患者的评估与监察还未曾在溃疡性结肠炎或其他肠胃疾病的治疗中研究在治疗过程中的基因表达模式，并且没有一个被确认为具有预测价值。本文所公开的基因表达生物标记物群使得能建立快速可靠的预测方法、预测溃疡性结肠炎试验的临床效果的诊断工具或跟踪溃疡性结肠炎治疗功效的预后工具。提供了基于检测样品中这些基因的预后方法。例如，可将这些组合物与一系列免疫介导的炎性疾病的诊断、预防和治疗结合使用。治疗剂
拮抗剂如本文所用，术语“拮抗剂”是指这样一类物质，其可抑制或中和本发明的溃疡性结肠炎相关的基因群的基因产物的生物活性。此类拮抗剂可以多种方式达到这种效果。一类拮抗剂会以足够的亲和力和特异性与所述基因产物蛋白结合，以中和该蛋白质的生物效应。包括在这类分子中的是抗体和抗体片段(例如，F(ab)或F(ab’)2分子)。另一类拮抗剂包括基因产物蛋白的片段、突变蛋白或小有机分子(即拟肽)，此类拮抗剂会结合至所述基因产物的同源结合伴侣或配体，由此抑制基因产物与其同源配体或受体的特异性相互作用的生物活性。溃疡性结肠炎相关基因拮抗剂可以是这些类别中的任何一类，只要其为可抑制所述基因产物的一种生物活性的物质。拮抗剂包括针对基因产物蛋白或其片段的一个或多个区域的抗体、针对同源配体或受体的抗体、以及可抑制基因产物一种生物活性的基因产物的部分肽或其同源配体。另一类拮抗剂包括本领域已知并在本文公开的靶向基因序列的siRNA、shRNA、反义分子和 DNA 酶。合适的抗体包括那些与阻碍溃疡性结肠炎相关基因产物激活或防止溃疡性结肠炎相关基因产物结合到其同源配体或阻止溃疡性结肠炎相关基因产物信号转导的单克隆抗体竞争，以结合到溃疡性结肠炎相关基因产物上的抗体。靶向溃疡性结肠炎相关基因产物诱导剂的治疗剂可提供更大的成功机会。基因表达可以几种不同的方式调节，包括使用siRNA、shRNA、反义分子和DNA酶。合成的siRNA、 shRNA和DNA酶可被设计成特异性地靶向一个或多个基因并且它们可容易地导入体外或体内的细胞中。本发明涵盖反义核酸分子，即与将溃疡性结肠炎相关基因产物多肽编码的正义核酸互补的分子，例如与双链cDNA分子的编码链互补或与mRNA序列互补。因此，反义核酸可与正义核酸以氢键结合。反义核酸可与整个编码链互补或只与其一部分互补，例如与全部或部分蛋白编码区(或开放读框)互补。反义核酸分子可与将溃疡性结肠炎相关基因产物多肽编码的核酸序列的编码链的非编码区的全部或部分是反义的。非编码区(“5'和3' 非翻译区”)为位于编码区两侧的5'和3'序列并且不翻译成氨基酸。本发明还提供嵌合蛋白或融合蛋白。如本文所用，“嵌合蛋白”或“融合蛋白，，包含溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的全部或(优选地具生物活性的)部分，所述溃疡性结肠炎相关基因产物多肽可有效连接到异源多肽(即除了相同UC相关基因产物多肽之外的多肽)上。在融合蛋白中，术语“有效连接”用于表示溃疡性结肠炎相关基因产物多肽与异源多肽彼此框内融合。异源多肽可融合至溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的氨基端或羧基端。在另一个实施例中，溃疡性结肠炎相关基因产物多肽或其结构域或活性片段可与异源蛋白质序列或其片段融合而形成嵌合蛋白，其中所述多肽、结构域或片段不是首尾相连地融合而是插入于异源蛋白骨架中。在另一个实施例中，融合蛋白为免疫球蛋白融合蛋白，其中溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的全部或部分融合至源自免疫球蛋白家族成员的序列。可将本发明的免疫球蛋白融合蛋白掺入药物组合物中并施用给受试者以抑制配体(可溶性的或膜结合的)和细胞表面上的蛋白质(受体)之间的相互作用，从而抑制体内的信号转导。免疫球蛋白融合蛋白可用于影响溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的同源配体的生物利用率。抑制配体/受体相互作用在治疗学上可以是有用的，既可用于治疗增殖性和分化性疾病，又可用于调节(例如促进或抑制)细胞存活。此外，本发明的免疫球蛋白融合蛋白可用作免疫原来产生针对受试者中的溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的抗体，以纯化配体以及用于筛选试验以鉴别可抑制受体与配体相互作用的分子。组合物及其用涂根据本发明，中和抗溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂，例如本文所述的单克隆抗体，可用于抑制溃疡性结肠炎相关基因产物的活性。另外，此类拮抗剂可用于抑制适合用此类拮抗剂治疗的溃疡性结肠炎和相关炎性疾病的发病，这些疾病包括(但不限于)风湿性疾病。待治疗的个体可以是任何哺乳动物，优选灵长类、属于哺乳动物的伴侣动物，最优选人类患者。所施用的拮抗剂的量可根据其使用目的和施用方法而变化。溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂，可用多种可在期望病理活性被预防或终止的组织中产生效果的方法加以施用。此外，抗溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂无需在局部施用于赋予对溃疡性结肠炎相关基因产物活性的效果，因此，可将它们施用到可实现与含有溃疡性结肠炎相关基因产物的体腔或流体接触的任何部位。就发炎的、恶性的或者说是受损的组织而言，这些方法可包括直接施用含有所述拮抗剂的制剂。这些方法包括静脉注射液体组合物、透皮施用液体或固体制剂、口服、局部施用或间质施用或术间施用。给药可以通过植入其主要功能不是用作药物递送载体的装置来完成。对于抗体，优选的剂量为约0. lmg/kg至100mg/kg体重(通常为约10mg/kg至 20mg/kg)。如果抗体是在脑中起作用，则约50mg/kg至100mg/kg的剂量通常是合适的。一般地，部分人抗体和全人抗体在人体中具有比其他抗体更长的半衰期。因此，采用较低剂量和较低频率的给药通常是可能的。可用修饰(例如脂化)来稳定抗体并增加摄取和组织渗透(例如渗透进脑中)。Cruikshank等人描述了抗体脂化的方法((1997) J. Acquired Immune Deficiency Syndromes and Human Retrovirology 14 :193)0可将溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂核酸分子插入载体中并用作基因疗法载体。基因疗法载体可通过(例如)静脉注射、局部施用(美国专利No. 5，328，470)，或通过立体定位注射(参见例如 Chen 等人，(1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 :3054-3057) 递送给受试者。基因疗法载体的药物制剂可包括可接受稀释剂中的基因疗法载体，或可包含其中嵌入了基因递送载体的缓释基质。作为另外一种选择，当完整基因递送载体(例如逆转录病毒载体)可无损地由重组细胞产生时，药物制剂可包括产生基因递送体系的一个或多个细胞。药物组合物可与给药说明书一起放于容器、包装或分配器中。药物遗传学可将如通过本文所描述的筛选试验所确认的对溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的活性或表达具有刺激或抑制效应的试剂或调节剂施用给个体，以(预防性地或治疗性地)处理与该多肽的异常活性相关的疾病。结合这样的治疗，可考虑药物基因组学即，研究个体的基因型和该个体对外来化合物或药物的响应之间关系的学科)。治疗剂代谢的差异可通过改变药理活性药物的剂量和血液浓度之间的关系导致严重毒性或治疗失败。因此， 药物基因组学使得选择有效试剂(例如药物)成为可能，以进行基于个体基因型考虑的预防性或治疗性处理。这种药物遗传学还可用于确定合适的剂量和治疗方案。因此，可确定个体中溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的活性、溃疡性结肠炎相关基因产物核酸的表达或溃疡性结肠炎相关基因产物基因的突变量，从而选择合适的试剂用于个体的治疗性或预防性处理。由于患者中改变的药物处置和异常行为，药物遗传学研究可处理对药物响应的临床上显著的遗传变异。参见例如Linder (1997) Clin. Chem. 43(2) :254_266。通常，可区分两类药物遗传学病症。以改变药物对人体作用方式的单个因子传递的遗传病症被称为“改变的药物作用”。以改变人体对药物作用方式的单个因子传递的遗传病症被称为“改变的药物代谢”。这些药物遗传学病症可以罕见的缺陷或以多态性形式发生。例如，葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺陷是常见的遗传性酶病，其主要的临床并发症为摄入氧化剂药物(抗疟疾药物、磺胺类药物、止痛药、硝基呋喃类药物)和食用蚕豆后出现的溶血。作为示例性实施例，药物代谢酶的活性为药物作用的强度和持续时间的主要决定因素。一些患者在服用标准和安全剂量的药物后不能获得预期药物效果或表现出过度的药物反应和严重毒性，药物代谢酶(例如N-乙酰基转移酶2 (NAT 2)和细胞色素P450酶 CYP2D6和CYP2C19)的基因多态性的发现对此作出了解释。这些多态性在人群中表达成两种表型强代谢者(EM)和弱代谢者(PM)。PM在不同人群中的流行率是不同的。例如，编码CYP2D6的基因是高度多态性的，并且在PM中鉴别了几种突变，这些突变都导致功能性 CYP2D6的丧失。CYP2D6和CYP2C19的弱代谢者在接受标准剂量时通常经历过度的药物反应和副作用。如果代谢物为活性治疗部分，则PM将不显示治疗反应，如通过CYP2D6形成的代谢物吗啡所介导的可待因的镇痛作用所证实的。其他极端情况为所谓的对标准剂量无响应的超快代谢者。最近，已鉴别超快代谢的分子基础是由于CYP2D6基因的扩增。因此，可确定个体中溃疡性结肠炎或其他肠胃疾病相关基因产物多肽的活性、多肽的编码核酸的表达或多肽的编码基因的突变量，从而选择适合用于该个体的治疗性或预防性处理的药剂。此外，可利用药物遗传学研究，将编码药物代谢酶的多态性等位基因的基因型应用于鉴别个体的药物响应表型。在应用于剂量或药物选择时，该知识可避免在使用多肽活性或表达的调节剂(例如通过本文所述的示例性筛选试验之一所鉴定的调节剂)治疗受试者时发生不良反应或治疗失败，从而增强治疗或预防的效果。处理方法本发明为对于有这样一种疾病的风险(或易患该疾病)或患有该疾病的受试者提供预防及治疗方法创造了条件，所述疾病与溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的异常表达或活性相关并且/或者其中涉及溃疡性结肠炎相关基因产物多肽。如本领域所知或如本文所述，本发明提供用于在细胞、组织、器官、动物或患者中使用溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂来调节或治疗与溃疡性结肠炎相关基因产物相关的疾病或病症的方法。溃疡性结肠炎相关基因产物的拮抗剂的组合物可具有治疗溃疡性结肠炎或相关病症(例如溃疡性结肠炎或其他TNF介导的疾病)的治疗用途。本发明也提供用于在细胞、组织、器官、动物或患者中调节或治疗TNF介导的免疫相关疾病的方法，所述疾病包括(但不限于)胃溃疡、炎性肠疾病、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病等等。参见例如，the Merck Manual，第 12-17 版，Merck & Company，Rahway, NJ(1972, 1977,1982,1987,1992,1999) ；Pharmacotherapy Handbook, Wells 等人(编辑)，第二版， Appleton and Lange, Stamford, Conn. (1998，2000)，各自以引用方式全文并入本文。
以溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的异常表达或活性表征的疾病在本公开的其他部分另有述及。预防方法在一个方面，本发明提供了用于在受试者中基本上预防与溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的异常表达或活性相关的疾病或病症的方法，即给受试者施用可调节该多肽的表达或某个活性的试剂。可通过(例如)本文所述的诊断检测或预后检测中的任一者或两者的组合来确认有患溃疡性结肠炎相关基因产物的异常表达或活性引起或造成的疾病的风险的受试者。可在表现出所述异常的特征性症状之前施用预防试剂，使得疾病或病症得到预防，或者疾病的进展被延迟。例如，可根据异常的类型使用激动剂或拮抗剂治疗受试者。 可根据本文所述的筛选试验来确定合适的试剂。治疗方法本发明的另一个方面涉及目的在于治疗的调节溃疡性结肠炎相关基因或基因产物的表达或活性的方法。本发明的调节方法涉及使细胞与可调节所述多肽的一种或多种活性的试剂接触。调节活性的试剂可以是本文所述的试剂，例如核酸或蛋白质、多肽的天然存在的同源配体、肽、拟肽或其他小分子。在一个实施例中，该试剂可刺激多肽的一种或多种生物活性。在另一个实施例中，该试剂可抑制溃疡性结肠炎相关基因或基因产物多肽的一种或多种生物活性。这种抑制剂的例子包括反义核酸分子和抗体以及本文所述的其他方法。这些调节方法可在体外(例如通过用试剂培养细胞)进行或作为另外一种选择，在体内(例如通过将试剂施用到受试者)进行。因此，本发明提供治疗患有以溃疡性结肠炎相关基因产物多肽的异常表达或活性为特征的疾病或病症的个体的方法。在一个实施例中， 本方法涉及施用一种试剂(例如通过本文所述筛选试验鉴别的试剂)，或施用调节(例如上调或下调)表达或活性的试剂组合。在其中活性或表达异常高或上调和/或其中减少的活性可能具有有益效果的情况下，对活性进行抑制是可取的。虽然已概括地描述了本发明，但还将在以下的实例中进一步公开本发明的实施例，所述实例不应理解为对本权利要求所保护的范围的限制。缩写
权利要求
1.一种用于预测通过抗TNF疗法治疗受试者所患的与TNF介导相关的疾病的适用性的方法，所述方法包括a)用从所述受试者获得的样本制备核酸样品；以及b)用杂交到BCL6(基因库登录号AW^64036;SEQ ID NO :118)和tx82a04. xl (基因库登录号AI689210;SEQ ID NO 123)的标记核酸片段群测定所述样品，其中所述基因的下调与治疗炎性肠胃疾病的疗效相关。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述测定还包括测定与选自以下的成员进行的核酸杂交C5AR1 (基因库登录号匪001736 ;SEQ ID NO :119)、FOLRl (基因库登录号U81501 ； SEQ ID NO 142)和 0SM(基因库登录号 A1079327 ;SEQ ID NO :173)。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述测定还包括测定与选自SEQID NO :110至203 的基因进行的核酸杂交。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述抗TNF疗法选自英夫利昔单抗、戈利木单抗、 Enbrel 和 Humira 。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述炎性肠胃疾病选自克罗恩氏病、炎性肠疾病和溃疡性结肠炎。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述炎性肠胃疾病选自轻度、中度、重度、小儿或成人类型。
7.根据权利要求4所述的方法，其中所述抗TNF抗体为戈利木单抗或英夫利昔单抗，并且所述与TNF介导相关的疾病是溃疡性结肠炎。
8.根据权利要求1所述的方法，其中集合是选自SEQID NO :1至109的核酸片段的阵列。
9.一种基于阵列的测试方法，所述方法用于预测用抗TNF疗法治疗与TNF介导相关的患者疾病的适用性，所述方法包括a)用取自所述患者的样本制备核酸混合物；b)用杂交到BCL6(基因库登录号AW^64036;SEQ ID NO :118)和tx82a04. xl (基因库登录号AI689210 ;SEQ ID NO 123)的标记核酸探针群测定所述样品，其中所述探针包括SEQ ID N0:37和SEQ ID NO :41，其中所述基因的下调与治疗炎性肠胃疾病的疗效相关。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述测定还包括测定C5AR1(基因库登录号 NMOO1736 ；SEQ ID NO :119)、FOLRl (基因库登录号 U81501 ;SEQ ID NO :142)或 OSM(基因库登录号 A1079327 ；SEQ ID NO :173)。
11.根据权利要求9所述的方法，其中所述测定还包括测定SEQID NO :110-203的基因中的一个。
12.根据权利要求9所述的方法，其中所述抗TNF疗法选自英夫利昔单抗、戈利木单抗、 Enbrel 和Humira ，或另一抗TNF生物制剂或小分子药物。
13.一种预后或诊断用途的试剂盒，包含寡核苷酸、或与编码标记基因的多核苷酸互补的寡核苷酸或其互补链以及表达所述标记基因的细胞，其中所述标记基因选自编码一部分的BCL6(基因库登录号AW^64036 ;SEQ ID NO 118)和tx82a04. xl (基因库登录号 AI689210 ；SEQ ID NO :123)的核苷酸序列。
14.根据权利要求13所述的试剂盒，其中所述标记基因还包括C5AR1(基因库登录号NMOO1736 ；SEQ ID NO :119)、FOLRl (基因库登录号 U81501 ;SEQ ID NO 142)或 OSM(基因库登录号 A1079327 ;SEQ ID NO: 173)。
15.根据权利要求14所述的试剂盒，其中所述标记基因还包括在SEQ ID NO 110-203 中列出的基因，并且所述寡核苷酸包含SEQ ID NO 1-109中任意一个的探针。
全文摘要
本发明提供了用于评估靶向疗法的适用性和/或有效性的方法和试剂盒，该靶向疗法用于受试者的与TNF介导相关的疾病，例如溃疡性结肠炎，其中所述方法和试剂盒评价了在炎性肠胃疾病例如溃疡性结肠炎中与抗TNF响应者相关的两个或更多个基因表达量上调或下调的存在、不存在和/或程度。
文档编号C12Q1/68GK102171365SQ200980133805
公开日2011年8月31日 申请日期2009年8月19日 优先权日2008年8月25日
发明者F·巴里鲍德, K·李 申请人:森托科尔奥索生物科技公司