专利名称：用于测定非小细胞肺癌预后的诊断方法
技术领域：
本公开内容涉及用于测定患者预后的来自肺癌患者的组织样品的体外诊断測定，且特别涉及用于测定早期患者例如诊断有I期或II期非小细胞肺癌的患者的预后的体外測定。
背景技术：
肺癌是2005年美国几乎三分之一的癌症死亡的原因，并且广义地分成2个类型非小细胞肺癌和小细胞肺癌。非小细胞肺癌(NSCLC)占美国80-85%的肺癌病例。NSCLC的类型针对癌症中所见的细胞类型以及细胞在显微镜下所见如何而命名。NSCLC包含3个主要类型(i)鱗状细胞癌，其在鱗状细胞中开始，所述鳞状细胞是看起来象鱼鳞的薄的、扁平细胞。鱗状细胞癌也称为表皮样癌；(ii)大细胞癌，其在几个类型的大肺细胞中开始；(iii)腺癌，其在内衬肺的肺泡并且制备物质例如粘液的细胞中开始。其他较不常见类型的NSCLC包括多形性癌、类癌瘤和未分类癌。NSCLC的诊断通过病理学家对可疑组织例如活组织检查样品的检查来完成。在NSCLC诊断后，使用患者的总体健康和年龄、症状例如咳嗽和呼吸困难的严重性、NSCLC的具体类型和癌症的分期，对患者的疾病指定预后(恢复机率)。分期考虑肿瘤的大小以及肿瘤是仅存在于肺中还是已扩展至机体中的其他地方。用于NSCLC患者的具体治疗选项随后基于这些考虑加以选择，并且癌症分期是用于治疗选择的重要组分。具有早期NSCLC的患者可以潜在地通过手术切除摘除肿瘤得到治愈，但目前诊断模式无法预测哪些患者将在手术后复发。癌症是具有低治愈率的通常致命的疾病，对于其大多数治疗g在改善生活质量和寿命。因为癌细胞是人细胞，通常仅通过相对小数目的遗传异常或蛋白质突变的累积辨另IJ，所以在杀死癌细胞中有用的药物疗法通常对于许多正常人细胞也是有害的，并且在被治疗患者中一般引起显著毒性。此外，因为癌症通常局部复发或转移至远离其起源组织的组织和器官，所以关键的是了解具有早期癌症的哪些患者在其原发性肿瘤的手术摘除后需要药物治疗。这在具有早期NSCLC的患者中是尤其关键的问题，其肿瘤早期检测且手术摘除，特别是具有I和IIA期疾病的患者。在用抗癌药治疗这些患者下导致无法接受高比率的患者发展复发性或转移性疾病，最終导致增加的死亡率和死亡。过度治疗这个群体导致无法接受高比率的患者，其不需要药物疗法，经历来自给予其的药物的毒性副作用。美国国立综合癌症网络(National Comprehensive Cancer Network)因特网网站如下描述了 NSCLC分期。“在美国临床实践中最常用于描述非小细胞肺癌(NSCLC)生长和扩展的系统是T匪分期系统,也称为美国癌症联合委员会(American Joint Committee onCancer) (AJCC)系统。在 !分期中，合并关于肿瘤(T)、进入附近淋巴结内的任何扩展(N)、和任何远侧器官转移(M)的信息，并且将分期指定至特定TNM分组。分组的分期使用数目O和从I到IV的罗马数字进行描述。“T分类基于肺癌的大小、其在肺内的扩展和定位、及其扩展至附近组织。在Tis分类中，癌症仅在内衬气道的细胞层中发现。它不扩展到其他肺组织内。这个分类也称为原位癌。“在Tl分类中，癌症不大于3厘米(略微小于I - I %英寸)，未扩展至脏胸膜(围绕肺的膜)，并且不影响支气管的主要分支。“在T2分类中，癌症具有下述特征中的ー个或多个(i)它大于3 cm；(ii)它涉及肺的主支气管，但与其中气管(气管)分支进入左和右主支气管内的点不近于2 cm(约3 %-4英寸)；或(iii)已扩展至脏胸膜。癌症可以部分阻断气道，但这未引起整个肺萎陷或发展肺炎。
“在T3分类中，癌症具有下述特征中的ー个或多个(i)它已扩展至胸壁、横膈膜(将胸与腹分开的呼吸肌)、纵隔胸膜(围绕2个肺之间的间隔的膜)、或心包壁层(围绕心脏的囊的膜)；(ii)它涉及肺的主支气管，并且它与其中气管(气管)分支进入左和右主支气管内的点近于2 cm(约3%4英寸)，但不涉及这个区域；或(iii)它已生长到气道内，足以引起ー个肺完全萎陷或引起整个肺的肺炎。“在T4分类中，癌症具有下述特征中的ー个或多个(i)它已扩展至纵隔(在胸骨后和在心脏前的间隔)、心脏、气管(气管)、食道(连接咽喉与胃的管)、脊柱或其中气管分支进入左和右主支气管内的点；(ii)2个或更多个分开的肿瘤结节存在于相同叶中；或(iii)存在恶性胸腔积液，这是在围绕肺的间隔中含有癌细胞的液体的出现。“N分类取决于肺附近的哪个淋巴结受癌症影响，如果存在的话。在NO分类中，癌症未扩展至任何淋巴结。在NI分类中，癌症已扩展至在肺内的淋巴结或进入肺门淋巴结(位于其中支气管进入肺的区域周围的那些)内。在NI分类中，受累淋巴结仅在与癌性肺相同的侧上。在N2分类中，癌症已扩展至隆突下淋巴结(在其中气管分支进入左和右支气管内的点周围的那些)或纵隔(在胸骨后和在心脏前的间隔)中的淋巴结。在N2分类中，受累淋巴结在癌性肺的相同侧上。在N3分类中，癌症已扩展至在任ー侧上的锁骨附近的淋巴结、和/或在与癌性肺相对侧上的肺门或纵隔淋巴结。“M分类取决于癌症是否已转移且扩展至任何远侧组织和器官。在MO分类中，不存在远侧癌症扩展。在Ml分类中，癌症已扩展至I个或更多个远侧部位。视为远侧的部位包括肺的其他叶、远于用于测定癌症的N分类的那些的淋巴结、和其他器官或组织例如肝、骨或脑。一旦对于特定NSCLC已指定T、N和M分类，就合并这个信息(分期分组)，以指定0、I、II、III或IV的总体分期(參见表I)。T和N分类的多个组合合并成分期。分期鉴定具有类似预后且以相似方式治疗的肿瘤类型。如表I中所示，具有远侧扩展的肿瘤(即Ml分类癌症)视为IV期，与淋巴结牵涉的肿瘤大小无关。”来自NCCN因特网网站的下表显示用于NSCLC的合并分类和分期分类法。表I
权利要求
1.一种预测就肺癌治疗的患者中的疾病后果的方法，所述方法包括步骤 a)提供来自患者的测试样品； b)測定所述测试样品中细胞周期蛋白El基因的拷贝数； c)针对基线拷贝数2比较所述测试样品中所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数，从而測定所述测试样品中关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的存在或不存在；和 d)基于所述测试样品中关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的存在或不存在，当与在所述细胞周期蛋白El基因中不具有拷贝数増益的患者中疾病后果的基线测量比较时，将所述患者鉴定为具有不良疾病后果的增加危险，其中所述细胞周期蛋白El基因 中的拷贝数増益的存在预测不良疾病后果。
2.权利要求I的方法，其中所述不良疾病后果是当与不具有关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的患者的总体存活时间比较时減少的总体存活时间、和当与不具有关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的患者的总体存活时间比较时更短的复发时间中的至少ー个。
3.一种预测就肺癌治疗的患者中的治疗后果的方法，所述方法包括步骤 a)提供来自患者的测试样品； b)测定关于细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的存在或不存在；和 c)基于关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的存在或不存在，当与不具有关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的患者的总体存活时间比较时，測定所述患者是具有減少的总体存活时间还是更短的复发时间的更高危险。
4.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述细胞周期蛋白El基因位于染色体19，34.7Mb-35. 6 Mb0
5.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述测试样品包含组织样品。
6.权利要求5的方法，其中所述组织样品包含血液样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、肺洗涤样品、胸腔积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品或由外周血样品中任何一种产生的提取物或加工的样品。
7.权利要求5的方法，其中所述组织样品包括肺组织样品或包含循环肿瘤细胞的外周血样品。
8.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述测定步骤(b)通过原位杂交执行。
9.权利要求8的方法，其中所述原位杂交用荧光标记的核酸探针执行。
10.权利要求8的方法，其中所述原位杂交用至少2种核酸探针执行。
11.权利要求8的方法，其中所述原位杂交用肽核酸探针执行。
12.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述测定步骤(b)通过聚合酶链反应执行。
13.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸测序测定执行。
14.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸微阵列测定执行。
15.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌。
16.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述癌症选自鳞状细胞癌、大细胞癌和腺癌。
17.权利要求1-3中任ー项的方法，其中所述患者用化学疗法、放射、手术或其任何组合进行治疗。
18.—种选择用于患有肺癌的患者的治疗的方法，所述方法包括步骤a)提供来自患者的测试样品，其中用化学治疗剂的治疗是用于所述患者的至少ー个治疗选项； b)測定所述测试样品中关于细胞周期蛋白El基因的拷贝数； c)针对基线拷贝数2比较所述测试样品中所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数，从而測定所述测试样品中关于细胞周期蛋白El的拷贝数増益的存在或不存在；和 d)基于步骤c)中的比较，确定化学疗法治疗方案。
19.权利要求68的方法，其中基于步骤c)中的比较确定治疗方案包括当对于癌症后果标记存在拷贝数变化时，选择化学治疗剂且确定化学疗法治疗的频率。
20.权利要求18的方法，其中所述测试样品包含组织样品。
21.权利要求20的方法，其中所述组织样品包含血液样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、肺洗涤样品、胸腔积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品或由外周血样品中任何一种产生的提取物或加工的样品。
22.权利要求20的方法，其中所述组织样品包括肺组织样品或包含循环肿瘤细胞的外周血样品。
23.权利要求18的方法，其中所述测定步骤(b)通过原位杂交执行。
24.权利要求23的方法，其中所述原位杂交用荧光标记的核酸探针执行。
25.权利要求23的方法，其中所述原位杂交用至少2种核酸探针执行。
26.权利要求23的方法，其中所述原位杂交用肽核酸探针执行。
27.权利要求18的方法，其中所述测定步骤(b)通过聚合酶链反应执行。
28.权利要求18的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸测序测定执行。
29.权利要求18的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸微阵列测定执行。
30.权利要求18的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌。
31.权利要求18的方法，其中所述癌症选自鳞状细胞癌、大细胞癌和腺癌。
32.权利要求18的方法，其中所述患者还用放射或手术或其组合进行治疗。
33.ー种将患者分类为具有对于治疗是抗性的肺癌的方法，其包括步骤 a)提供来自患者的测试样品； b)测定关于细胞周期蛋白El基因的拷贝数； c)针对关于所述细胞周期蛋白El基因的基线拷贝数2比较所述测试样品中关于所述细胞周期蛋白El基因的拷贝数，以测定所述患者中的所述细胞周期蛋白El基因中拷贝数增益的存在或不存在；和 d)基于所述细胞周期蛋白El基因中拷贝数増益的存在，将所述患者分类为具有对于治疗是抗性的肺癌。
34.权利要求33的方法，其中所述测试样品包含组织样品。
35.权利要求34的方法，其中所述组织样品包含血液样品、肿瘤组织或可疑肿瘤组织、薄层细胞学样品、细针抽吸物样品、肺洗涤样品、胸腔积液样品、新鲜冷冻组织样品、石蜡包埋的组织样品或由外周血样品中的任何一种产生的提取物或加工的样品。
36.权利要求34的方法，其中所述组织样品包括肺组织样品或包含循环肿瘤细胞的外周血样品。
37.权利要求33的方法，其中所述测定步骤(b)通过原位杂交执行。
38.权利要求37的方法，其中所述原位杂交用荧光标记的核酸探针执行。
39.权利要求37的方法，其中所述原位杂交用至少2种核酸探针执行。
40.权利要求37的方法，其中所述原位杂交用肽核酸探针执行。
41.权利要求33的方法，其中所述测定步骤(b)通过聚合酶链反应执行。
42.权利要求33的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸测序测定执行。
43.权利要求33的方法，其中所述测定步骤(b)通过核酸微阵列测定执行。
44.权利要求33的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌。
45.权利要求34的方法，其中所述癌症选自鳞状细胞癌、大细胞癌和腺癌。
46.权利要求33的方法，其中所述患者用化学疗法、放射、手术或其任何组合进行治疗。
47.ー种试剂盒，其包含 a)用于测定关于细胞周期蛋白El基因的拷贝数増益的存在或不存在的试剂；和 b)用于执行所述测试的说明书。
48.权利要求47的试剂盒，其中测定拷贝数增益的存在或不存在的所述试剂包含与至少部分所述细胞周期蛋白El基因杂交的可检测标记的多核苷酸。
全文摘要
公开了用于鉴定早期非小细胞肺癌(NSCLC)患者的方法，所述患者在手术切除后将具有肺癌复发的不利预后。该方法部分基于Chr19,34.7Mb-35.6Mb处的染色体拷贝数增益可以用于预后分类的发现。该方法优选使用具有荧光标记的核酸探针的荧光原位杂交，以与患者样品杂交，以定量该遗传基因座的染色体拷贝数，所述基因座包含细胞周期蛋白E1基因。
文档编号C12Q1/68GK102656281SQ201080059353
公开日2012年9月5日 申请日期2010年10月25日 优先权日2009年10月26日
发明者塞米纳罗夫 D., S. 库恩 J., 张 K., R. 列斯涅夫斯基 R., 卢欣 申请人:雅培制药有限公司