专利名称：区分乳腺癌与良性乳腺疾病的方法和试剂盒的制作方法
技术领域：
本发明涉及区分乳腺癌与良性乳腺疾病的领域。特别地，本发明涉及区分乳腺癌与良性乳腺疾病的方法和试剂盒。
背景技术：
乳腺癌在世界上是女性最常见的癌症。由于还未足够了解乳腺癌的发病机理，因此早期诊断更有意义。目前乳房X光照相检查是最常用的乳腺癌检测方法。其可用于使年龄在40-69岁之间女性的乳腺癌发病率降低20-40%，这已经通过一些大规模随机试验证实。乳房X光照相术目前是早期乳腺癌检测的金标准，但是据报道整体灵敏性在一些女性亚型中显著降低，特别是在具有放射性致密型乳腺的女性及在乳腺癌危险增加的那些女性中。具有极密集乳腺的女性中胶片乳腺X光照相术灵敏性的估计值为48-63%。乳腺X照相术的缺点是低灵敏性和特异性，特别是在年轻群体中，及在照相期间的压痛。此外，由于乳 房的小体积及高密度的原因，许多病例不能获得筛选的乳腺X光照相术的明确结果，在乳腺X光照相诊断中其通常被分类为BI-RADS O (ΒΙ-RADS:乳腺成像报告和数据系统)。BI-RADS在1993年由美国放射学学会(ACR)开发，以标准化乳腺X光照相报告、改善通讯、降低乳腺X光照相发现的混乱、帮助研究及便于结果监测。根据1997年的Mammography Quality Standards Act (MQSA) [FinalRuIe 62 (208) : 55988],美国的所有乳腺X光照片必须使用这些评估类别之一报告。每项乳腺X光照相术研究应基于大多数相关发现而属于一个单一评估。分类分为不完全评估(category O)和完全评估(categories
1、2、3、4、5、6)。BI-RADS Category O被定义为不完全评估，其意味着需要额外成像。通常推荐定期复查，基于超声诊断或磁共振成像(MRI)或者甚至活组织检查而要求长期、昂贵的及产生焦虑的过程。超声诊断，即使与乳腺X光照相术组合，仍具有高比率的假阳性结果，导致不必要的侵入性步骤。MRI的长期保持对患者有害。MRI也带来高比率的假阳性结果，同时花费高。由于这样的多种因素，需要易于实施的新检测，其将改善乳腺癌检测及证实患者的危险性，特别是当乳腺X光照相术不能鉴别时是非常重要的。血清生物标记如CEA、CA15_3在癌症筛选中未示出良好性能[I]。近年来，有一些文献描述了使用外周血细胞中基因表达模式早期诊断乳腺癌的可能性[2]。这些前期研究的结果表明癌症将导致血液生物化学环境中的特征性改变，由此一些鉴别了的基因的表达模式可用于高精确性地区分癌症与对照组。然而，基于血液生物标记还未成功在BI-RADS O患者中区分乳腺癌(BC)与良性乳腺疾病(BBD)。发明概述本发明提供了一种在来自患者的生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的方法，所述方法包括如下步骤a)获得包含来自患者的生物学材料的生物学样品；b)将来自所述生物学样品的生物学材料与至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂接触，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因；以及c)确定包含选自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的至少一个靶基因的表达水平以获得患者的表达谱；和d)分析所述患者的表达谱与来自先前经临床分类为乳腺癌的患者的靶基因的表达谱及先前经临床分类为良性乳腺疾病的患者的靶基因的表达谱，其中如果所述患者的表达谱与先前经临床分类为乳腺癌的患者的表达谱归为一类(clustered),则预示该患者患有乳腺癌；如果所述患者的表达谱与先前经临床分类为良性乳腺疾病的患者的表达谱归为一类，则预示该患者患有良性乳腺疾病。在一个实施方案中，在步骤b)中，将所述生物学材料与特异于至少4个及不超过28个靶基因的组合的试剂接触，其中所述试剂包括至少特异于分别包含SEQ ID NO: 1、2或
3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的试剂，至少所述4个基因的表达水平在步骤c)中确定以获得该患者的表达谱。在另一个实施方案中，在步骤b)中，将所述生物学材料与特异于28个基因的组合的试剂接触，其中所述试剂包括特异于分别包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂，所述28个基因的表达水平在步骤c)中确定以获得该患者的表达谱。 特别地，取自患者的生物学样品是血液样品。更特别地，所述生物学材料包含核酸。在一个实施方案中，步骤b)中至少一种特异性试剂包含至少一种杂交探针。在另一个实施方案中，步骤b)中特异性试剂包含至少一种杂交探针和至少一种引物。在进一步的实施方案中，步骤b)中特异性试剂包含一种杂交探针和两种引物。本发明还提供了在取自患者的生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的试剂盒，其包含对于至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及对于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因。在一个实施方案中，本发明的试剂盒包含特异于至少4个及不超过28个靶基因的组合的试剂，其中所述试剂包括至少特异于分别包含SEQ IDN0:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的试剂。在另一个实施方案中，本发明的试剂盒包含特异于28个靶基因的组合的试剂，其中所述试剂包括特异于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂。本发明还涉及至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及包含SEQ IDN0:1_44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂在生产用于在患者的生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ IDNO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因。在一个实施方案中，本发明涉及特异于至少4个及不超过28个靶基因的组合的试剂在生产在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述试剂包括至少特异于分别包含SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的试剂。在另一个实施方案中，本发明涉及28个靶基因的组合在生产在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述试剂包括特异于包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂。发明详述本发明提出了通过提供在BI-RADS O患者内区分BC与BBD的诊断工具以解决现有技术领域中所有缺点的建议。鉴于其乳腺X光照相术分类为BI-RADS O的大多数患者均具有乳腺损害，因此本研究针对于区分BC与BBD。这与先前聚焦于乳腺癌患者及无这种疾病迹象的患者的表达模式的研究非常不同。其排除了一些非癌症特异性因素以进行癌症的检测，如一些炎症应答调节。令人惊奇地，本发明人证实分析选自CHI3、CLEC4C、LILRA3和TUBB2A的至少一个靶基因的表达提供了这样的信息，其足以区分BBD患者与BC。当然，组合分析上述靶基因的表达，改善了结果的灵敏性和特异性，同样也分析28个靶基因的表达模式，如下表I所示，包括 CHI3、CLEC4C、LILRA3 和 TUBB2A。表I
权利要求
1.在来自患者的生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的方法，所述方法包括如下步骤 a)获得包含来自所述患者的生物学材料的生物学样品， b)将来自所述生物学样品的生物学材料与至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及包含SEQ ID N0:l-44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂接触，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ IDN0:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因，及 c)确定包含选自SEQID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因的表达水平以获得所述患者的表达谱，及 d)分析所述患者的表达谱与来自先前经临床分类为乳腺癌的患者的靶基因的表达谱及来自先前经临床分类为良性乳腺疾病的患者的靶基因的表达谱，其中 如果所述患者的表达谱与先前经临床分类为乳腺癌的患者的表达谱归为一类，则预示该患者患有乳腺癌， 如果所述患者的表达谱与先前经临床分类为良性乳腺疾病的患者的表达谱归为一类，则预示该患者患有良性乳腺疾病。
2.权利要求I的方法，其中在步骤b)中，将所述生物学材料与特异于至少4个且不超过28个靶基因的组合的试剂接触，其中所述试剂至少包括特异于分别包含SEQ ID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的试剂，在步骤c)中确定至少所述4个基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。
3.权利要求I的方法，其中在步骤b)中，将所述生物学材料与特异于28个基因的组合的试剂接触，其中所述试剂包括特异于分别包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂，并在步骤c)中确定所述28个基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。
4.权利要求I的方法，其中取自患者的生物学样品是血液样品。
5.权利要求I的方法，其中所述生物学材料包含核酸。
6.权利要求I的方法，其中步骤b)中的所述至少一种特异性试剂包含至少一种杂交探针。
7.权利要求6的方法，其中步骤b)中的所述特异性试剂包含至少一种杂交探针和至少一种引物。
8.权利要求7的方法，其中步骤b)中的所述特异性试剂包含一种杂交探针和两种引物。
9.用于在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的试剂盒，其包含至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因。
10.权利要求9的试剂盒，其包含特异于至少4个且不超过28个靶基因的组合的试剂，其中所述试剂包括至少特异于分别包含SEQ ID勵:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的革巴基因的试剂。
11.权利要求10的试剂盒，其包含特异于28个靶基因的组合的试剂，其中所述试剂包括特异于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂。
12.至少一个靶基因的至少一种特异性试剂及包含SEQID NO: 1-44所示核酸序列的28个靶基因的不超过28种特异性试剂在生产在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述至少一种试剂特异于包含选自SEQ ID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一个靶基因。
13.特异于至少4个且不超过28个靶基因的组合的试剂在生产用于在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述试剂包括至少特异于分别包含SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的试剂。
14.28个靶基因的组合在生产用于在患者生物学样品中区分乳腺癌与良性乳腺疾病的组合物中的应用，其中所述试剂包括特异于包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的试剂。
15.权利要求12-14任一项的应用，其中取自患者的生物学样品是血液样品。
16.权利要求12-14任一项的应用,其中所述生物学材料包含核酸。
17.权利要求12-14任一项的应用，其中步骤b)中的所述至少一种特异性试剂包含至少一种杂交探针。
18.权利要求17的应用，其中步骤b)中的所述特异性试剂包含至少一种杂交探针和至少一种引物。
19.权利要求18的应用，其中步骤b)中的所述特异性试剂包含一种杂交探针和两种引物。
全文摘要
本发明涉及区分乳腺癌和良性乳腺疾病的方法和试剂盒，通过确定包含选自SEQ ID NO:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的至少一个靶基因的表达水平以获得患者的表达谱，将此患者的表达谱与来自先前经临床分类为乳腺癌患者的靶基因的表达谱及与来自先前经临床分类为良性乳腺疾病的患者的靶基因的表达谱进行对比而进行。
文档编号C12Q1/68GK102918164SQ201080067058
公开日2013年2月6日 申请日期2010年5月28日 优先权日2010年5月28日
发明者叶迅, 吴非, 徐清华, 孟夏, B·穆然 申请人:生物梅里埃公司