一种用于卵巢癌的体外诊断或预后的方法
【专利摘要】本发明涉及一种用于卵巢癌的体外诊断或预后的方法，其包括检测至少一种HERV核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述核酸序列一旦分离作为一种或更多种分子标记物的用途，和包括HERV核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体的试剂盒。
【专利说明】一种用于卵巢癌的体外诊断或预后的方法
[0001]内源逆转录病毒构成传染性逆转录病毒的后代，其以它们的原病毒形式整合入种系细胞，并通过这种方式传染入宿主后代的基因组。
[0002]人类基因组测序使显示极高丰度的转座因子或其衍生物成为可能。实际上，重复序列代表接近一半的人类基因组，而内源逆转录病毒和逆转录转座子组成所述基因组的8%,当前元件数目接近超过400，000个。
[0003]目前存在于人类基因组的内源逆转录病毒元件(ERVs)的丰度是约100代内生化(endogenizat1ns)的结果，其成功地发生在人类品系的进化过程中。在我们的时代之前，内生化的不同波动跨越范围从200万年到9000万年的周期，并通过“拷贝/粘贴”型现象继之以拷贝数目的扩增，具有错误表型的可能性，起因于，源于HERVs家族(即显示序列同源性的一组元件)形成中的遗传原病毒。根据推测最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳动物出现之前已经整合。两个家族(HERV-F和HERV-H)在第一代灵长类动物塑造它们的外观时期已经出现。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500万年前整合)是对高等灵长类动物特异的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500万年到1000万年后整合,在与新大陆猴(New World monkeys)分离后，并且对狭鼻猴(似人猿的(Hominoids)和称猴科(Cercopithecidae))是特异的。
[0004]ERV序列在全部染色体上呈现，具有根据家族的不同密度，在ERVs的物理邻近性与它们的种系发生邻近性之间不存在相关性。
[0005]很长一段时间内，ERVs被认为是寄生物或是简单的DNA废物。尽管如此，ERVs对生物体的影响不是仅仅限于它们过去在模式化基因组中的参与或仍能提供支持的有害重组。
[0006]ERVs的丰度和结构复杂性使它们的表达分析非常复杂，并且常常难于解释。HERV表达的检测可以反映相同家族内一个或更多个基因座的转录活化。此外活化的单个基因座或多个基因座可能根据组织和/或背景而不同。
[0007]本发明人现在已经发现和证明，对应于精确鉴定的内源逆转录病毒元件的基因座的核酸序列与卵巢癌有关，并且这些序列是病理性病症的分子标记物。鉴定的序列或者是原病毒，即序列包含位于长末端重复(LTRs) 5’和3’位置侧翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分离的基因。鉴定的DNA序列在序列表中分别用SEQ ID NO:1到510表示，它们的染色体位置在下文表中(NCBI36/hgl8)标出，而它们的表达、过表达或低表达用癌症样本和正常样本之间的“表达比值”来表示。当核酸的表达或核酸表达的改变是对卵巢组织特异时，该信息用靶组织列中的符号“X”来标示。这表示如果在除了卵巢组织之外的生物区室中检测到相关核酸的表达或核酸表达的改变，这表示不能作为卵巢癌的标记物。经鉴定对卵巢组织特异的DNA序列分别用SEQ ID NOs表示:SEQ IDNO: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139。经鉴定对卵巢组织不特异的 DNA 序列分别表示为 SEQ ID NOs: 1，4，5，7，8，12，13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，
【权利要求】
1.一种用于取自患者的生物样本中卵巢癌体外诊断或预后的方法，其包括检测至少两种核酸序列的相应至少两种表达产物的步骤，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到510所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到510所示序列之一显示至少99%同一'丨生的序列。
2.如权利要求1所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，所述至少两种核酸序列选自以下所示的序列组
3.如权利要求2所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，优选三种核酸序列的表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:l，17和29所示的序列组，或选自与SEQID NOs: 1,17和29所示序列显示至少99%同一‘丨生的序列。
4.如权利要求1所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，所述核酸序列选自由 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列组成的组，或选自与 SEQ ID N0s:2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示序列之一显示至少99%同一性的序列。
5.如权利要求4所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，优选三种核酸序列的表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:2，3和6所示的序列组，或选自与SEQ IDNOs: 2，3和6所示序列显示至少99%同一‘丨生的序列。
6.如权利要求1所述的方法，其中检测如权利要求2或3限定的至少一种核酸序列的表达产物和如权利要求4或5限定的至少一种核酸序列的表达产物。
7.前述权利要求中任一项所述的方法，其中检测的表达产物是至少一种RNA转录物或至少一种多肽。
8.如权利要求7所述的方法,其特征在于所述RNA转录物是至少一种mRNA。
9.如权利要求7或8所述的方法，其中通过杂交，通过扩增或通过测序来检测RNA转录物，特别是mRNA。
10.如权利要求8所述的方法，其中在允许杂交的预定条件下，将mRNA与至少一种探针和/或至少一种引物接触，并检测与mRNA杂交的存在或缺失。
11.如权利要求8所述的方法，其特征在于制备mRNA的DNA拷贝，在允许杂交的预定条件下将所述DNA拷贝与至少一种探针和/或至少一种引物接触，并检测与所述DNA拷贝杂交的存在或缺失。
12.如权利要求7所述的方法，其中通过与所述多肽的至少一种特异性结合配偶体接触来检测表达的多肽，所述特异性结合配偶体特别是抗体或抗体类似物，亲和蛋白或适体。
13.至少两种核酸序列的用途，一旦分离，其作为卵巢癌体外诊断或预后的分子标记物，其特征在于所述两种核酸序列由以下组成: ⑴选自序列SEQ ID NOs:1到510的至少两种DNA序列，优选的选自如下所示序列:
(?)至少两种DNA序列，其与⑴限定的至少两种序列分别互补， (iii)至少两种DNA序列,其与⑴和(ii)限定的两种序列分别显示至少99%同一'丨生，优选的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性，或 (iv)至少两种RNA序列，其分别是选自(i)限定的两种序列的转录产物，或 (V)至少两种RNA序列，其是下述两种序列的转录产物:选自与(i)限定的序列显示至少99%同一性，优选的至少99.5%同一性和有利地至少99.6%或至少99.7%同一性的序列。
14.一种用于取自患者的生物样本中卵巢癌的体外诊断或预后的试剂盒，其包括至少两种核酸序列的至少两种表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到510所示的序列或与SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列显示至少99%同一性的序列，并且包括不超过510种核酸序列表达产物的特异性结合配偶体，所述核酸序列如SEQ ID NOs:1到510所示,或所述核酸序列与SEQ ID NOs:1到510所示核酸序列显示至少99%同一‘丨生。
15.权利要求14所述的试剂盒，其包括至少两种核酸序列的表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列选自如下所示的序列组:SEQ ID N0s:l，4，5，7，8，12，.13，14，15，16，17，18，19，21，22，27，28，29，31，32，33，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，.45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，.71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，
16.如权利要求15所述的试剂盒，其包括至少两种核酸序列的表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，优选的三种核酸序列的，所述核酸序列选自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs: 1,17和29所示序列之一显示至少99%同一'丨生的序列。
17.如权利要求14所述的试剂盒，其包括至少两种核酸序列的表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列选自SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59 和 139 所示的序列组，或选自与 SEQ ID NOs: 2，3，6，9，10，11，20，23，24，25，26，30，34，59和139所示序列之一显示至少99%同一‘丨生的序列。
18.如权利要求17所述的试剂盒，其包括两种或三种序列的至少两种相应的特异性结合配偶体，优选至少三种相应的特异性结合配偶体，所述序列选自SEQ ID NOs: 2，3和6所示序列或选自与SEQ ID N0s:2,3和6所示序列之一显示至少99%同一'丨生的序列。
19.如权利要求14至18中任一项所述的试剂盒，其中表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体分别是至少一种杂交探针和/或至少一种扩增引物，或至少一种抗体，或至少一种抗体类似物，或至少一种亲和蛋白，或至少一种适体。
20.一种用于评估卵巢癌的治疗效果和/或进展的方法，其包括分别检测至少两种核酸序列的至少两种表达产物的步骤，所述两种核酸序列选自SEQ ID NOs:1到510所示的序列，或选自与SEQ ID NOs:1到510所示的序列分别显示至少99%同一'丨生的序列。
21.如权利要求20所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，所述至少两种核酸序列选自如权利要求2限定的序列组。
22.如权利要求21所述的方法，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，优选至少三种核酸序列的，所述核酸序列选自SEQ ID NOs: 1，17和29所示的序列。
【文档编号】C12Q1/68GK104169434SQ201280063325
【公开日】2014年11月26日 申请日期:2012年12月19日 优先权日:2011年12月20日
【发明者】菲力浦·佩罗, 弗朗索瓦·马莱, 娜塔莉·米尼耶 申请人:拜奥默里克斯公司