中国家猪品种种质资源分子鉴定位点及其位点扩增引物的制作方法
【专利摘要】本发明提供一种中国家猪品种种质资源分子鉴定位点及其位点扩增引物，属于生物【技术领域】。本发明的12个鉴定位点的坐标为：chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、chr1_304503930、chr8_55949794、chr4_51135766、chr14_51320355、chr14_71621254、chr6_261199、chr1_82559795、chr15_101338073、chr4_81507260，12个鉴定位点中国家猪的优势等位基因分别是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。用于中国家猪品种种质资源分子鉴定位点扩增的引物如表1所示。本发明的有益效果在于：筛选中国家猪遗传组分中特有的单核苷酸标记位点，通过现代分子生物学技术检测分子标记位点的基因型，用于有效地鉴定并区分中国家猪品种与中国野猪血缘。为中国家猪的育种及种质资源保护过程中种质的鉴定提供准确指导。
【专利说明】中国家猪品种种质资源分子鉴定位点及其位点扩增引物
【技术领域】:
[0001]本发明提供一种中国家猪品种种质资源分子鉴定位点及其位点扩增引物，属于生物【技术领域】。
【背景技术】:
[0002]本发明基于全基因组重测序数据，与传统的单一基因，如MClR基因以及AFLP等鉴别技术相比，本发明所给出的分子标记位点更加全面地代表了中国家猪品种中受到选择的经济性状连锁区域。解决了现如今中国多个家猪品种种质资源混乱，难以排除野猪血缘的尴尬局面。12个分子标记位点位于7条不同的染色体上，较单一基因的检测效力更可信。与传统鉴定技术微卫星相比较，微卫星标记技术虽然得到了较广泛的应用，但其随机分布在遗传图谱上，不能直接与中国家猪品种所特有分子遗传组分相关联。
【发明内容】
:
[0003]本发明的目的是提供一种中国家猪品种种质资源分子鉴定位点及其位点扩增引物，为中国家猪的育种及种质资源保护过程中种质的鉴定提供准确指导。
[0004]本发明筛选中国家猪遗传组分中特有的单核苷酸标记位点，通过现代分子生物学技术检测这12个分子标记位点的基因型，用于有效地鉴定并区分中国家猪品种与中国野猪血缘。
[0005]本发明的技术方案主要包括:猪DNA的提取，Illumina 二代测序技术进行全基因组重测序，在全基因组分析的基础上筛选分子标记并进行扩大群体验证。使用本方法对所要鉴定的个体进行基因分型，在本发明的12个单核苷酸标记位点上，不同的基因型被认为是家猪、野猪两个群体分别特有的，依此来判断该个体属于哪一群体。12个分子标记位点的坐标如下(基因组版本:NCBI Build Sscrofal0.2)。chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、 chrl4_51320355、chrl4_71621254、chr6_261199、chrl_82559795、chrl5_101338073、chr4_81507260，12 个位点中国家猪的优势等位基因分别是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。
[0006]用于中国家猪品种种质资源分子鉴定位点扩增的引物如表1所示。
[0007]表1引物序列表
[0008]
【权利要求】
1.一种中国家猪品种种质资源分子鉴定位点，其特征在于该鉴定位点是基因组版本为NCBI Build Sscrofal0.2的12个鉴定位点，鉴定位点的坐标是:chr4_90338649、chr6_46031147、 chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、chrl4_51320355、 chrl4_71621254、 chr6_261199、 chrl_82559795、 chrl5_101338073、chr4_81507260。
2.权利要求书I中所述的12个分子标记位点，G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G是中国家猪的基因型。
3.在猪的样品中扩增含有权利要求书1-2所述的核苷酸多态位点的片段。
4.在猪的DNA样品中对含有权利要求书1-3所述的核苷酸多态位点的片段进行测序。
5.用于权利要求1-4所述的中国家猪品种种质资源分子鉴定位点扩增的引物为:
【文档编号】C12Q1/68GK103789412SQ201310723429
【公开日】2014年5月14日 申请日期:2013年12月25日 优先权日:2013年12月25日
【发明者】张亚平, 谢海兵, 韩徐曼 申请人:中国科学院昆明动物研究所