一种与大口黑鲈快速生长相关的snp位点及其鉴定方法和应用的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP位点及其鉴定方法和应用。所述SNP位点位于大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列的第234个碱基处，该SNP位点的等位基因为C和G，有CC、CG和GG三种基因型，所述大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列如SEQ?ID?NO.1所示。所述SNP位点可应用于快速生长大口黑鲈亲本的筛选。
【专利说明】一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP位点及其鉴定方法和应用
【技术领域】
[0001]本发明属于分子生物【技术领域】，具体涉及一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用。
【背景技术】
[0002]大口黑S卢(Micropterus salmoides L.),俗名加州S卢，原产于北美洲，具有生长快、耐低温、肉质鲜美和易捕捞等特点，是重要的淡水养殖鱼类之一。1983年从台湾引种到广东省，现在全国大部分地区均有养殖。然而，目前我国养殖的大口黑鲈是由野生种家养驯化而成的，缺少定向选育，在亲本留种时经常选择个体小，性成熟早的个体作为亲本，致使我国大口黑鲈种质的下降，主要表现在生长速度下降、性成熟年龄普遍提前、饵料转化效率低、抗病力也大幅下降，其中，生长速度关系到大口黑鲈产量的高低，养殖效益的大小。大口黑鲈小型化的趋势直接制约着大口黑鲈养殖业的发展。因此，改良大口黑鲈生长速度的工作势在必行。
[0003]挑选优质亲鱼是提高养殖鱼类生长速度的主要方法之一，其目的是为了改变养殖群体的遗传结构，使后代获身体健壮的鱼作为留种亲本，即根据表型来决定亲鱼是否留种。这种方法方便、快捷、简单，但受人为因素影响很大，加上大口黑鲈属于肉食性为主的鱼类，掠食性强，饵料不足是会互相残食，致使其生长悬殊较大。如此可见，仅从表型判断大口黑鲈亲本质量往往达不到理想的效果。随着分子生物学和遗传学的发展，已涌现出很多种遗传标记，如AFLP、RAPD, SSR、SNP等标记，其中，SNP标记因分布广泛，适宜高通量自动化分析，遗传稳定，日益成为遗传育种研究中首选的遗传标记。若这些遗传标记能与生产性状相关联在一起，即可实现从DNA水平上进行选择育种，克服了传统方法受人为因素影响大的不利因素，提高了选择的准确性，并且可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选出优良的后备亲本，从而缩短育种周期，加快育种进程。通过发现与大口黑鲈快速生长有关的基因，大大提高快长亲本的筛选效果。
【发明内容】
[0004]本发明的一个目的在于提供一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP标记及其应用。
[0005]本发明的另一个目的在于提供一种快速生长大口黑鲈亲本的筛选方法。
[0006]本发明所采取的技术方案是:
一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP位点，其位于大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列的第234个碱基处，该SNP位点的等位基因为C和G，有CC、CG和GG三种基因型，所述大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列如SEQ ID N0.1所示。
[0007]上述的SNP位点在筛选快速生长大口黑鲈亲本中的应用。
[0008]一种快速生长大口黑鲈亲本的筛选方法，包括如下步骤:检测大口黑鲈亲本中的SEQ ID N0.1所示的序列，选择序列如SEQ ID N0.1所示的纯合体作为亲本。
[0009]具体包括如下步骤:
1)从待测亲本中剪取鳍条样品，提取DNA;
2)以提取得到的DNA为模板，利用引物Pl和P2进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，
Pl:5/ -TGAGTCATATGAAAGCATTAC-3' (SEQ ID N0.2),
P2:5/ -ACACTTTGTGTATGCAGGCTG-3' (SEQ ID N0.3)；
3)取纯化的PCR产物用引物P3进行延伸，并在测序仪上检测，确定待测亲本是否为SEQID N0.1所示序列的纯合体，
P3:5/ -TTTTTTATGCATTGGGGTGTGTCTCCAC-3' (SEQ ID N0.4)?
[0010]优选的，步骤3)的具体操作为:使用Snapshot方法用初次获得PCR产物为模板，使引物延伸一个碱基在多态位点终止，在测序仪上检测，根据峰的颜色可知多肽位点的碱基是否为GG，来确定待测亲本是否为SEQ ID N0.1所示序列的纯合体。
[0011]初次PCR扩增的反应体系为:
【权利要求】
1.一种与大口黑鲈快速生长相关的SNP位点，其位于大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列的第234个碱基处，该SNP位点的等位基因为C和G，有CC、CG和GG三种基因型，所述大口黑鲈组织蛋白酶B基因序列如SEQ ID N0.1所示。
2.权利要求1所述的SNP位点在筛选快速生长大口黑鲈亲本中的应用。
3.一种快速生长大口黑鲈亲本的筛选方法，包括如下步骤:检测大口黑鲈亲本中的SEQ ID N0.1所示的序列，选择序列如SEQ ID N0.1所示的纯合体作为亲本。
4.根据权利要求3所述的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤: 1)从待测亲本中剪取鳍条样品，提取DNA； 2)以提取得到的DNA为模板，利用引物Pl和P2进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，
Pl:5’-TGAGTCATATGAAAGCATTAC-3’ (SEQ ID N0.2),
P2:5’-ACACTTTGTGTATGCAGGCTG-3’ (SEQ ID N0.3)； 3)取纯化的PCR产物用引物P3进行延伸，并在测序仪上检测，确定待测亲本是否为SEQID N0.1所示序列的纯合体，
P3:5’-TTTTTTATGCATTGGGGTGTGTCTCCAC-3’ (SEQ ID N0.4)。
5.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，使用Snapshot方法用初次获得PCR产物为模板，使引物延伸一个碱基在多态位点终止，在测序仪上检测，根据峰的颜色可知多肽位点的碱基是否为GG，来确定待测亲本是否为SEQ ID N0.1所示序列的纯合体。
6.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，初次PCR扩增的反应体系为:
扩增条件为:94°C预变性3min ;94°C变性15s，54°C退火15s，72°C延伸30s，24个循环；72°C 延伸 3min。
7.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，引物延伸的反应体系为: 纯化PCR产物2 μ I Snapshot Mix 试剂I μ I 延伸引物2μ I 水补至6 μ I延伸条件为 :96°C预变性Imin ;96°C变性10s，52°C退火5s，60°C延伸30s，30个循环。
【文档编号】C12Q1/68GK104073486SQ201410284557
【公开日】2014年10月1日 申请日期:2014年6月23日 优先权日:2014年6月23日
【发明者】李胜杰, 白俊杰, 周春龙, 樊佳佳, 马冬梅, 全迎春, 姜鹏, 于凌云 申请人:中国水产科学研究院珠江水产研究所