一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统的制作方法
【专利摘要】本发明提供一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统，所述方法包括提取未知来源个体的DNA;获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型；将所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得群体遗传主成分分析结果。本发明提供的方案能实现对未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分析，并为未知来源个体进行非、欧、东亚群体来源推断提供数据支持。
【专利说明】一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的 方法和系统
【技术领域】
[0001] 本发明涉及一种推断未知个体来源的方法和系统，尤其涉及一种对未知来源个体 进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统。
【背景技术】
[0002] 伴随经济全球化，不同国家、区域间的人员流动加大，涉外、反恐、跨区域流动作案 等复杂案件不断增多，案件侦查的难度日益加大。例如，北京、上海、广东等大城市经常出现 涉外案件。目前国际人种主要分为欧洲、非洲、东亚三大人种及由这些人种形成的混合人 种，我国境内的混合人群主要包括新疆的维吾尔族、哈萨克族、柯尔克孜族等欧洲和东亚的 混合人群。
[0003] 通常，从案件现场生物检材中提取到的DNA会进行STR检测，分型结果录入数据库 比对查找，或者直接与目标嫌疑人的STR分型进行比对。而在比对不中的情况下，我们还可 以利用DNA中蕴含的祖先信息（例如群体遗传主成分析）来推测供者的群体来源，这对案 件的侦破能起到指导性作用。在基因组DNA中，有一部分常染色体SNPs等位基因在不同人 群中会存在较大的频率分布差异，差值S >〇. 3,这部分位点被定义为AMs。
[0004] 国际上针对洲际层面非、欧、东亚这3大最主要人群的分类划分已经研究的较为 深入，形成了很多不同的AIMs位点组合，并构建了少数几套复合扩增检测体系用于实践检 验。目前，由于已有的AMs位点组合包含的位点数目较多，不易于构建复合扩增检测体系， 且由于受到SNP检测平台的限制，这些已经构建的检测体系也很难推广使用。
[0005] 因此，如何提供一种能有效的对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析 的方法和系统，并具有广泛的适用性成为有待解决的问题。
【发明内容】
[0006] 本发明提供了一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法，通 过获得未知来源个体的DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，结合STRUCTURE 软件对未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分析，从而为进行未知来源个体的非、欧、 东亚群体来源推断提供数据支持。
[0007] 本发明还提供了一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的系统， 利用该系统中的复合扩增检测体系能快速获得未知来源个体的DNA27个非、欧、东亚群体 特异性位点的基因型，进而与现有软件结合，实现对未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传 主成分析。
[0008] 本发明还提供了一种复合扩增检测体系，能快速获得未知来源个体的DNA27个 非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，为获得未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分 分析结果提供数据支持。
[0009] 本发明还提供了一种检测试剂盒，含有所述复合扩增检测体系。该试剂盒能快速 获得未知来源个体的DNA 27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型。
[0010] 本发明提供的一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法，该 方法包括：
[0011] 1)提取未知来源个体的DNA ;
[0012] 2)获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，所述27个非、欧、 东亚群体特异性位点为：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971, rsl0497191, rs6444 724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220,rsl59606,rs7752055,rs321198,rs3661 78, rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448485, rs7170869,rsl45 3858,rs2342747,rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ;
[0013] 3)将所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得群体遗传主成分分析 结果。
[0014] 进一步的，上述2)包括采用与所述27个特异性位点--对应的27对扩增引物对 其进行扩增以获得扩增产物的步骤；以及使用与所述27个特异性位点一一对应的27条延 伸引物对所述扩增产物进行延伸以获得延伸产物的步骤。
[0015] 更进一步的，所述扩增引物为序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序 列；所述延伸引物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0016] 在本发明的一个【具体实施方式】中，2)还包括在获得延伸产物后，使用遗传分析仪 分析该延伸产物，以获得所述27个特异性位点的基因型的步骤。在本发明的方案中，所述 遗传分析仪可以是本领域技术人员常规使用的遗传分析仪，例如ABI3130或ABI3500型遗 传分析仪，通过GeneMapper? ID-X软件或其他GeneMapper软件等分析该延伸产物中所 述27个特异性位点的基因型。
[0017] 本发明提供的一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的系统，包 括DNA提取体系，复合扩增检测体系，数据获取体系；
[0018] 所述DNA提取体系用于提取未知来源个体的DNA ;
[0019] 所述复合扩增检测体系用于获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点 的基因型，所述27个非、欧、东亚群体特异性位点为：rs595961，rs2710684，rs260690，rs 10496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861, rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl596 06,rs7752055,rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs72 8404,rsl448485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929,rsll97062 和 rs4789193 ；
[0020] 所述数据获取体系用于由所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得 群体遗传主成分分析结果。
[0021] 在本申请的方案中，STRUCTURE软件为本领域现有的数据分析软件，其使用方法为 本领域已知的，利用上述软件实施本发明的方案对本领域技术人员来说是可以实现的。
[0022] 进一步的，所述复合扩增检测体系用于采用与所述27个特异性位点一一对应的 27对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物，并使用与所述27个特异性位点一一对应的 27条延伸引物对该扩增产物进行延伸以获得延伸产物，并由获得的延伸产物得到未知来源 个体的DNA的27个特异性位点的基因型。
[0023] 更进一步的，所述扩增引物为序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序 列，所述延伸引物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0024] 本发明提供的一种复合扩增检测体系，包括未知来源个体DNA，27个非、欧、东亚 群体特异性位点，扩增引物以及延伸引物，
[0025] 所述复合扩增检测体系用于利用扩增引物扩增未知来源个体的DNA的27个特异 性位点获得扩增产物，并使用延伸引物对该扩增产物进行延伸，并由获得的延伸产物得到 未知来源个体的DNA的27个特异性位点的基因型；
[0026] 所述27个非、欧、东亚群体特异性位点为：rs595961，rs2710684，rs260690，rsl 0496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl5960 6, rs7752055, rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553,rs3825663,rs728 404,rsl448485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ；
[0027] 所述扩增引物由与所述27个特异性位点一一对应的27对扩增引物组成，所述扩 增引物为序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序列；
[0028] 所述延伸引物由与所述27个特异性位点一一对应的27条延伸引物组成，所述延 伸引物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0029] 本发明提供的一种检测试剂盒，其特征在于，包括所述的复合扩增检测体系。
[0030] 在本发明的方案中，本发明利用所述复合扩增检测体系进行27个特异性位点的 分型的方法，包括：1)将提取的未知来源个体DNA作为模板；2)使用所述扩增引物对作为 模板的未知来源个体DNA进行多重PCR扩增反应以得到扩增产物；3)使用延伸引物对该扩 增产物进行延伸（例如SNaPshot延伸）；4)将所述延伸产物利用遗传分析仪进行分析，以 获得27个特异性位点的分型结果。
[0031] 上述27个特异性位点的组合是 申请人:通过查阅大量参考文献，通过对非、欧、东 亚人群的生活环境、种族起源等进行综合分析，考察各地区民族人口的表型特征差异，包括 外形特征，生理指标等，针对这些差异进行文献和网络数据库调研，在已有研究的基础上获 得的能进行非洲、欧洲、东亚个体来源推断的位点的组合。并且这些位点的组合适合构建 one-tube复合扩增体系。
[0032] 所述未知来源个体可以为来自非洲、欧洲、东亚人群，以及其混合人群的样本，例 如血样、脱落细胞、骨头、牙齿、精斑和口腔拭子等样本,这些样本的个体来源未知。
[0033] 本发明的所述27个非、欧、东亚群体特异性位点的信息如表1所示：
【权利要求】
1. 一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法，其特征在于，该方 法包括： 1) 提取未知来源个体的DNA ; 2) 获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，所述27个非、欧、东亚 群体特异性位点为：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861, rs28777, rsl3182883, rsl366220, rsl59606, rs7752055, rs321198,rs366178, r s3780962,rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448485, rs7170869, rsl453858 ,rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ; 3) 将所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得群体遗传主成分分析结果。
2. 根据权利要求1所述的方法，其特征在于，2)包括采用与所述27个特异性位点一一 对应的27对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物的步骤；以及使用与所述27个特异性 位点一一对应的27条延伸引物对所述扩增产物进行延伸以获得延伸产物的步骤。
3. 根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述扩增引物为序列表中SEQ ID No. 1至 SEQ ID No. 54的核苷酸序列；所述延伸引物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的 核苷酸序列。
4. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，其中2)还包括在获得延伸产物后，使用遗 传分析仪分析该延伸产物，以获得所述27个特异性位点的基因型的步骤。
5. -种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的系统，其特征在于，所述 系统包括DNA提取体系，复合扩增检测体系，数据获取体系； 所述DNA提取体系用于提取未知来源个体的DNA ; 所述复合扩增检测体系用于获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因 型，所述27个非、欧、东亚群体特异性位点为：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971 ,rsl0497191,rs6444724, rsl586861,rs28777,rsl3182883,rsl366220,rsl59606,rs77520 55,rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl4484 85, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929,rsll97062 和 rs4789193 ; 所述数据获取体系用于由所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得群体 遗传主成分分析结果。
6. 根据权利要求5所述的系统，其特征在于，所述复合扩增检测体系用于采用与所述 27个特异性位点一一对应的27对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物，并使用与所述 27个特异性位点一一对应的27条延伸引物对该扩增产物进行延伸以获得延伸产物，并由 获得的延伸产物得到未知来源个体的DNA的27个特异性位点的基因型。
7. 根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述扩增引物为序列表中SEQ ID No. 1至 SEQ ID No. 54的核苷酸序列，所述延伸引物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的 核苷酸序列。
8. -种复合扩增检测体系，其特征在于，所述体系包括未知来源个体DNA，27个非、欧、 东亚群体特异性位点，扩增引物以及延伸引物， 所述复合扩增检测体系用于利用扩增引物扩增未知来源个体的DNA的27个特异性位 点获得扩增产物，并使用延伸引物对该扩增产物进行延伸，并由获得的延伸产物得到未知 来源个体的DNA的27个特异性位点的基因型； 所述27个非、欧、东亚群体特异性位点为：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl049697 I, rsl0497191,rs6444724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl59606,rs7752 055, rs321198, rs366178, rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448 485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ; 所述扩增引物由与所述27个特异性位点一一对应的27对扩增引物组成，所述扩增引 物为序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序列； 所述延伸引物由与所述27个特异性位点一一对应的27条延伸引物组成，所述延伸引 物为序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
9. 一种检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求8所述的复合扩增检测体系。
【文档编号】C12Q1/68GK104212886SQ201410361064
【公开日】2014年12月17日 申请日期:2014年7月25日 优先权日:2014年7月25日
【发明者】李彩霞, 魏以梁, 叶健 申请人:公安部物证鉴定中心