基于低her3表达预测对her二聚化抑制剂的响应的制作方法

基于低her3表达预测对her二聚化抑制剂的响应的制作方法
【专利摘要】本申请涉及基于低HER3表达预测对HER二聚化抑制剂的响应。本申请描述了低HER3作为用HER抑制剂诸如Pertuzumab治疗患者的选择标准的用途。还描述了高HER2:HER3比作为用HER抑制剂诸如Pertuzumab治疗癌症患者诸如卵巢癌患者的选择标准的用途。另外，本申请描述了高HER3作为用化疗剂例如吉西他滨治疗癌症患者的选择标准的用途。
【专利说明】基于低HER3表达预测对HER 二聚化抑制剂的响应
[0001]本申请是申请日为2008年02月29日、中国申请号为200880014539.5、发明名称为“基于低J1ER3表达预测对HER 二聚化抑制剂的响应”的发明申请的分案申请。
发明领域
[0002]本发明关注低HER3作为用HER抑制剂诸如Pertuzumab治疗癌症患者诸如卵巢癌患者的选择标准的用途。
[0003]而且，本发明涉及高HER2:HER3比作为用HER抑制剂诸如Pertuzumab治疗癌症患者诸如卵巢癌患者的选择标准的用途。
[0004]另外，本发明还涉及高HER3作为用化疗剂例如吉西他滨治疗癌症患者的选择标准的用途。
[0005]发明背景
[0006]HER受体及针对它的抗体
[0007]受体酪氨酸激酶的HER家族是细胞生长、分化和存活的重要介质。该受体家族包括四个截然不同的成员，包括表皮生长因子受体(EGFR、ErbBl或HER1)、HER2 (ErbB2或pl85neu)、HER3 (ErbB3)和 HER4 (ErbB4 或 tyro2)。
[0008]由erbBl基因编码的EGFR已经在因果关系方面与人恶性肿瘤联系起来。具体而言，在乳腺癌、膀胱癌、肺癌、头癌、颈癌和胃癌以及成胶质细胞瘤中观察到EGFR表达升高。EGFR受体表达升高常常与同一肿瘤细胞的EGFR配体转化生长因子a (TGF- a )的产量升高有关，通过自分泌刺激途径导致受体活化。Base I ga和Mende I sohn, Pharmac.Ther.64:127-154(1994)。针对EGFR或其配体TGF-a和EGF的单克隆抗体已经作为此类恶性肿瘤治疗中的治疗剂进行了评估。參见例如Baselga和Mendelsohn,见上文；Masui等，Cancer Research44:1002-1007 (1984) ; Wu 等，J.Cl in.1nvest.95:1897-1905 (1995)。
[0009]HER家族的第二个成员P185neu最初鉴定为来自化学处理大鼠的成神经细胞瘤的转化基因的产物。neu原癌基因的活化形式源自所编码蛋白质跨膜区中的点突变(缬氨酸变成谷氨酸)。在乳腺癌和卵巢癌中观察到neu的人同系物的扩增，而且这与不良预后相关(Slamon 等，Science235:177-182(1987);Slamon 等，Science244:707-712 (1989);美国专利第4，968，603号)。迄今为止，对于人肿瘤尚无与neu原癌基因中类似的点突变的报道。在其它癌中也已观察到J1ER2的过表达(频繁但不均一，原因在于基因扩增)，包括胃、子宮内膜、唾液腺、肺、肾、结肠、甲状腺、胰和膀胱的癌。參见King等，Science229:974(1985);Yokota 等，Lancetl:765-767 (1986);Fukushige 等,Mol.Cell Biol.6:955-958 (1986) ;Guerin 等，Oncogene Res.3:21-31 (1988) ;Cohen等，0ncogene4:81-88 (1989) ;Yonemura 等，Cancer Res.51:1034 (1991) ;Borst等，Gynecol.0ncol.38:364(1990);Weiner 等，Cancer Res.50:421-425(1990);Kern等，Cancer Res.50:5184 (1990) ; Park 等，Cancer Res.49:6605 (1989) ; Zhau 等，Mol.Carcinog.3:254-257(1990);Aasland 等，Br.J.Cancer 57:358-363(1988);Williams等，Pathobiology59:46-52(1991);McCann 等，Cancer65:88-92 (1990)等等。HER2可在前列腺癌中过表达(Gu 等，Cancer Lett.99:185-9 (1996) ; Ross 等，Hum.Pathol.28:827-33 (1997) ;Ross 等，Cancer79:2162-70 (1997);Sadasivan 等，J.Urol.150:126-31(1993))。
[0010]针对大鼠pl85nemAHER2蛋白质产物的抗体已有记载。
[0011]Drebin及其同事制备了针对大鼠neu基因产物pl85neu的抗体。參见例如Drebin等,Cell41:695-706(1985);Myers 等，Meth.Enzym.198:277-290(1991);WO 94/22478。Drebin等，0ncogene2:273-277 (1988)报道了与pl85neu的两个不同区域有反应性的抗体混合物对植入裸鼠的neu转化的NIH-3T3细胞产生协同抗肿瘤作用。还可參见1998年10月20日公告的美国专利第5，824，311号。
[0012]Hudziak 等,Mol.Cell.Biol.9(3):1165-1172(1989)描述了ー组 HER2 抗体的生成，并使用人乳腺肿瘤细胞系SK-BR-3进行了表征。将SK-BR-3细胞暴露于抗体后72小时通过细胞单层的结晶紫染色測定了相对细胞増殖。利用此测定法，用称作4D5的抗体获得了最大抑制，它抑制细胞增殖达56%。该组其它抗体在此测定法中以较低程度降低细胞増殖。还发现抗体4D5使过表达HER2的乳腺肿瘤细胞系对TNF-a的细胞毒性作用敏感化。还可參见1997年10月14日公告的美国专利第5，677，171号。Hudziak等人的文章中所讨论的HER2抗体在下列文献中进行了进ー步表征=Fendly等，CancerResearch 50:1550-1558 (1990);Kotts 等,In Vitro26 (3):59A(1990);Sarup 等,GrowthRegulationl:72-82(1991);Shepard 等,J.Clin.1mmunol.11 (3): 117-127(1991);Kumar 等，Mol.Cell.Biol.11(2):979-986(1991);Lewis 等，Cancer Immunol.1mmunother? 37:255-263(1993);Pietras 等，0ncogene9:1829-1838(1994);Vitetta 等，Cancer Research54:5301-5309(1994);Sliwkowski 等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994) ; Scott 等，J.Biol.Chem.266:14300-5 (1991) ; D ' souza 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.91:7202-7206(1994);Lewis 等，Cancer Research 56:1457-1465 (1996);Schaefer等，0ncogenel5:1385-1394 (1997)。
[0013]鼠HER2抗体4D5的重组人源化型式(huMAb4D5_8、rhuMAb HER2、曲妥单抗或HERCEPTIN? ;美国专利第5，821，337号)在临床上对患有HER2过表达的转移性乳腺癌并已接受大量现有抗癌疗法的患者起作用(Baselga等，J.Clin.0ncol.14:737-744(1996))。曲妥单抗在1998年9月25日得到了美国食品和药品管理局的销售许可，可用于治疗其肿瘤过表达J1ER2蛋白质的转移性乳腺癌患者。
[0014]下列文献中记载了具有各种特性的其它HER2抗体=Tagliabue等，Int.J.Cancer47:933-937 (1991) ;McKenzie 等，0ncogene4:543_548(1989);Maier等,Cancer Res.51:5361-5369 (1991) ;Bacus 等,Molecular Carcinogenesis3: 350-362 (1990) ;Stancovski 等，PNAS (USA) 88:8691-8695 (1991) ;Bacus等，Cancer Research 52:2580-2589 (1992) ;Xu 等，Int? J.Cancer53:40 1-408 (1993) ;W094/00136;Kasprzyk 等，Cancer Research52:277 1-2776 (I992) ;Hancock 等，Cancer Res? 5 1:4575-4580 (199 I) ;Shawver 等，CancerRes.54:1367-1373 (1994);Arteaga 等，Cancer Res.54:3758-3765(1994);Harwerth , J.Biol.Chem.267:15160-15167 (1992);美国专利第 5，783，186 号;Klapper等，0ncogenel4:2099-2109 (1997)。[0015]同源性筛选使得HER受体家族的两个其它成员得以鉴定:HER3 (美国专利第5，183，884 和 5，480，968 号以及 Kraus 等，PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989))和 HER4(欧洲专利申请第 599，274 号；Plowman 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:1746-1750 (1993) ; Plowman等，Nature366:473-475 (1993))。这两种受体都在至少有些乳腺癌细胞系中展示出表达升闻。
[0016]HER受体在细胞中通常以多种组合发现，而且认为异ニ聚化增加了对各种HER 配体的细胞应答的多样性(Earp 等，Breast Cancer Research and Treatment35:115-132(1995))。EGFR受到6种不同配体的结合:表皮生长因子(EGF)、转化生长因子a (TGF-a)、双调蛋白、肝素结合表皮生长因子(HB-EGF)、细胞调节素和上皮调节蛋白(Groenen 等，Growth Factors 11:235-257(1994))。由单一基因的可变剪接产生的ー个调蛋白蛋白质家族是J1ER3和HER4的配体。调蛋白家族包括a、3 和 Y 调蛋白(Holmes 等，Science 256:1205-1210 (1992);美国专利第 5，641，869号；Schaefer 等，Oncogene 15:1385-1394 (1997) ) ;neu 分化因子(NDF);神经胶质生长因子(GGF);こ酰胆碱受体诱导活性(ARIA);及感觉和运动神经元衍生因子(SMDF)。有关综述參见 Groenen 等，Growth Factors 11:235-257 (1994) ; Lemke, G., Molec.&Cell.Neurosc1.7:247-262 (1996) ; Lee 等，Pharm.Rev.47:51-85 (1995)。最近鉴定了另外三种HER配体:神经调节蛋白-2 (NRG-2)，据报道它结合HER3或HER4 (Chang等，Nature387:509-512(1997) ; Carraway 等,Nature387:512-516 (1997));神经调节蛋白-3，它结合 HER4 (Zhang 等，PNAS (USA) 94 (18):9562-7(1997));和神经调节蛋白 _4，它结合 HER4(Harari等，Oncogene 18:2681-89(1999))。HB-EGF, 细胞调节素和上皮调节蛋白也结合 HER4。
[0017]尽管EGF和TGF a不结合HER2，但是EGF刺激EGFR和HER2形成异ニ聚体，它活化EGFR并导致异ニ聚体中HER2的转磷酸作用。ニ聚化作用和/或转磷酸作用似乎活化HER2酪氨酸激酶。參见Earp等，见上文。同样，当HER3与HER2共表达时，形成有活性的信号复合物，而针对J1ER2的抗体能够破坏此复合物(Sliwkowski等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994))。另タ卜，在与 HER2 共表达时，HER3 对调蛋白(HRG)的亲和カ升高到更高的亲和カ状态。关于HER2-HER3蛋白质复合物还可參见Levi等，Journal of Neuroscience 15:1329-1340 (1995) ;Morrissey 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:1431-1435 (1995) ; Lewis 等，Cancer Res.56:1457-1465 (1996)。HER4,与 HER3 类似，与HER2形成有活性的信号复合物(Carraway和Cantley, Cell78:5-8 (1994))。
[0018]涉及HER 抗体的专利出版物包括:US 5,677, 171 ；US 5, 720, 937 ；US5, 720, 954 ；US 5, 725,856 ；US 5, 770, 195 ；US 5, 772,997 ；US 6, 165,464 ；US6, 387,371 ；US6,399,063 ；US 2002/0192211 Al ；US 6,015,567 ；US 6,333,169 ；US 4,968,603 ；US 5, 821, 337 ；US 6, 054, 297 ；US 6, 407, 213 ；US 6, 719, 971 ；US 6, 800, 738 ；US2004/0236078 Al ；US 5,648,237 ；US 6,267,958 ；US6, 685, 940 ；US 6,821,515 ；W098/17797 ；US 6, 127, 526 ；US 6, 333, 398 ；US6,797,814 ；US 6, 339, 142 ；US 6, 417, 335 ；US6, 489, 447 ；W0 99/31140 ；US2003/0147884A1 ；US 2003/0170234A1 ；US 2005/0002928 Al;US 6, 573, 043 ；US 2003/0152987 Al ；W0 99/48527 ；US 2002/0141993 Al ；W0 01/00245 ；US 2003/0086924 ；US 2004/0013667 Al ；W0 00/69460 ；W0 01/00238 ；W001/15730 ；US6，627，196 BI ；US 6，632，979 BI ；W0 01/00244 ；US 2002/0090662A1 ；WO 01/89566 ；US2002/0064785 ；US 2003/0134344 ；WO 04/24866 ；US 2004/0082047 ；US 2003/0175845A1 ；WO 03/087131 ；US 2003/0228663 ；W0 2004/008099 A2 ；US 2004/0106161 ；W02004/048525 ；US 2004/0258685A1 ；US 5, 985, 553 ；US 5,747,261 ；US 4，935，341 ;US5, 401, 638 ；US 5, 604, 107 ；W0 87/07646 ；W0 89/10412 ；W0 91/05264 ；EP 412,116B1 ；EP 494, 135B1 ；US 5,824,311 ；EP 444,181 BI ；EP I,006,194 A2 ；US 2002/0155527A1 ；W091/02062 ；US 5, 571,894 ；US 5, 939, 531 ；EP 502, 812B1 ；W0 93/03741 ；EP554,441BI ；EP 656,367 Al ；US 5, 288, 477 ；US 5, 514, 554 ；US 5, 587, 458 ；W0 93/12220 ；W093/16185 ；US 5,877, 305 ；W0 93/21319 ；W0 93/21232 ；US 5,856, 089 ；W0 94/22478 ；US
5,910, 486 ；US 6, 028, 059 ；W0 96/07321 ；US 5, 804, 396 ；US 5, 846, 749 ；EP 711,565 ；WO 96/16673 ；US 5, 783, 404 ；US5, 977, 322 ；US 6, 512, 097 ；W0 97/00271 ；US 6,270, 765 ；US 6，395，272 ；US5, 837，243 ；W0 96/40789 ；US 5，783，186 ；US 6，458，356 ；W0 97/20858 ；W097/38731 ；US 6, 214, 388 ；US 5, 925, 519 ；W0 98/02463 ；US 5, 922, 845 ；W098/18489 ；WO 98/33914 ；US 5,994, 071 ；W0 98/45479 ；US 6,358, 682B1 ；US 2003/0059790 ；W099/55367 ；W0 01/20033 ；US 2002/0076695A1；W000/78347 ；W0 01/09187 ；W0 01/21192 ；WO 01/32155 ；W0 01/53354 ；W001/56604；W0 01/76630 ；W0 02/05791 ；W0 02/11677 ；US
6,582, 919 ；US2002/0192652A1 ；US 2003/0211530A1 ；W0 02/44413 ；US 2002/0142328 ；US 6,602,670 B2 ；W0 02/45653 ；W0 02/055106 ；US 2003/0152572 ；US2003/0165840 ；WO 02/087619 ；W0 03/006509 ；W0 03/012072 ；W003/028638 ；US 2003/0068318 ；W003/041736 ；EP I,357,132 ；US2003/0202973 ；US 2004/0138160 ；US 5, 705, 157 ；US6, 123, 939 ；EP 616,812 B I ；US 2003/0103973 ；US 2003/0108545 ；US 6,403, 630 BI ；W000/61145 ；W000/61185 ；US 6,333,348 BI ；W0 01/05425 ；W0 01/64246 ；US 2003/0022918 ；US 2002/0051785 Al ；US 6, 767, 541 ；W0 01/76586 ；US 2003/0144252 ；W001/87336 ；US 2002/0031515A1 ；W0 01/87334 ；W0 02/05791 ；W0 02/09754 ；US 2003/0157097 ；US2002/0076408 ；W0 02/055106 ；W0 02/070008 ；W002/089842;和 WO 03/86467。
[0019]诊断剂
[0020]用HER2抗体曲妥单抗治疗的患者是基于HER2过表达/扩增而选择接受治疗的。參见例如 WO 99/31140 (Paton 等)、US2003/0170234A1 (Hellmann, S.)和US2003/0147884 (Paton 等)；以及 W001/89566、US2002/0064785 和 US2003/0134344 (Mass等)。关于检测HER2过表达和扩增的免疫组织化学(IHC)和荧光原位杂交(FISH)还可參见 US2003/0152987 (Cohen 等)。
[0021]W02004/053497 和 US2004/024815A1 (Bacus 等)，以及 US2003/0190689 (Crosby 和Smith)涉及测定或预测对曲妥单抗疗法的响应。US2004/013297A1 (Bacus等)涉及测定或预测对ABX0303 EGFR抗体疗法的响应。W02004/000094 (Bacus等)涉及测定对GW572016，ー种小分子EGFR-HER2酪氨酸激酶抑制剂的响应。W02004/063709 (Amler等)涉及用于测定对EGFR抑制剂，盐酸erlotinib的敏感性的生物标志和方法。US2004/0209290 (Cobleigh等)涉及用于乳腺癌预后的基因表达标志。
[0022]可基于HER活化或ニ聚化选择用Pertuzumab治疗的患者来接受治疗。涉及Pertuzumab及用其治疗的患者的选择的专利出版物包括:W001/00245 (Adams等);US2003/0086924(SIiwkowski,M.);US2004/0013667A1 (Sliwkowski, M.);及 W02004/008099A2 和US2004/0106161(Bossenmaier 等)。
[0023]Cronin等，Am.J.Path.164(1):35-42(2004)记载了保留的石蜡包埋组织中基因表达的测量法。Ma等，Cancer Cell5:607-616 (2004)记载了使用取自保留的原代活检的肿瘤组织切片的分离RNA通过基因寡核苷酸微阵列的基因概况分析。
[0024]Pertuzumab (又称为重组人单克隆抗体 2C4 ；0MNITARG?, Genetech, Inc, SouthSan Francisco)是ー类称为HER ニ聚化抑制剂(HDI)的新作用剂中第一个问世的，它的功能是抑制J1ER2与其它HER受体(诸如EGFR/HER1、HER3和HER4)形成活性异ニ聚体的能力，而且不论J1ER2表达水平如何，它都有活性。參见例如Harari和Yarden, Oncogene 19:6102-14(2000);Yarden 和 Sliwkowski, Nat Rev Mol Cell Biol2:127-37 (2001) ;Sliwkowski,Nat Struct Biol 10:158-9(2003);Cho 等，Nature421:756-60(2003) ;Malik 等，Pro Am Soc Cancer Res44:176-7 (2003)。
[0025]已经证明,Pertuzumab对肿瘤细胞中HER2-HER3异ニ聚体形成的阻断抑制关键性的细胞信号传导，导致肿瘤扩增和存活降低(Agus等，Cancer Cell 2:127-37(2002))。
[0026]Pertuzumab已在临床上作为单ー药剂进行了检验,其中在患有晚期癌症的患者中进行Ia期试验，在患有卵巣癌和乳腺癌以及肺癌和前列腺癌的患者中进行II期试验。在I期研究中，对具有标准治疗期间或之后发展的，不可治愈的、局部发展为晩期的、复发性的或转移性的实体瘤的患者姆三周静脉内给予Pertuzumab进行治疗。对Pertuzumab的耐受普遍较好。在响应可评估的20名患者中有3名实现了肿瘤消退。两名患者证实有部分响应。在21名患者中有6名观察到 持续超过2.5个月的病情稳定(Agus等，Pro Am Soc ClinOncol 22:192(2003))。在2.0_15mg/kg的剂量,Pertuzumab的药动学是线性的,平均清除的范围是2.69-3.74mL/天/kg，平均终末消除半衰期的范围是15.3-27.6天。没有检测到针对 Pertuzumab 的抗体(Allison 等，Pro Am Soc Clin Oncol 22:197(2003))。
[0027]Sergina等报告了用于评估HER酪氨酸激酶抑制剂(TKI)功效的生物学标志物应当是 HER3 的转憐酸化而非自憐酸化(Sergina 等，Nature 445 (7126): 437-441 (2007))。
[0028]Jazaeri等评估了上皮卵巣癌中与对化疗剂的响应有关的基因表达序型(Jazaeri 等，Clin.Cancer Res.11(17):6300-6310(2005))。
[0029]Tanner等报告了 HER3预测卵巢癌中的存活(Tanner等，J.Clin.0ncol.24(26):4317-4323(2006))。
[0030]发明概述
[0031]本申请至少部分涉及如下出乎意料的观察结果，即其癌症以低水平表达HER3的癌症患者(例如卵巣癌患者)在人体临床试验中对HER ニ聚化抑制剂的响应好于那些其癌症以高水平表达J1ER3的患者。一般而言，此类患者具有高HER2:HER3比(由于HER3水平低)，所以评估J1ER2和HER3 二者的相对水平提供了额外的或备选的手段，来为HER ニ聚化抑制剂疗法选择患者。
[0032]如此，在第一个方面，本文中的发明关注一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的!!ER抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。所涵盖的HER抑制剂的例子包括HER抗体或小分子抑制剂；HER2抗体或小分子抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂，包括但不限于lapatinib, Tykerb ;等。更优选地,所述HER抑制剂是HER ニ聚化抑制剂。因而,本发明提供了一种用于治疗患有能够响应!!ER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的HER ニ聚化抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0033]根据此实施方案，优选地，所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达第25百分位的水平表达HER3。任选地，此类患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位、优选大于中值水平、最优选大于第75百分位的水平表达HER2: HER3。用于测量HER3(和HER2)表达的优选测定法包括聚合酶链式反应(PCR)，最优选定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0034]优选地,所述HER ニ聚化抑制剂是抗体,最优选地，HER2抗体,诸如Pertuzumab。
[0035]优选地，本文中要治疗或诊断的癌症类型选自卵巢癌、腹膜癌、输卵管癌、转移性乳腺癌(MBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和结肠直肠癌。最优选地，本文中要治疗或诊断的癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。所述癌症类型可以是化疗抗性的、钼抗性的、晩期的、顽固性的、和/或复发性的。所述方法可延长所述患者中的存活，包括无进展存活(PFS)和总体存活(OS)。
[0036]所述HER抑制剂可以作为单ー抗肿瘤剂来施用，或者可以与ー种或多种其它疗法组合。在一个实施方案中，所述HER抑制剂是与ー种或多种化疗剂一起施用的，诸如吉西他滨(gemcitabine)、卡钼(carboplatin)、帕利他塞(paclitaxel)、多西他塞(docetaxel)、拓扑替康(topotecan)、和多柔比星脂质体(liposomal doxorubicin),优选地,抗代谢物，诸如吉西他滨。所述HER抑制剂也可以与曲妥单抗、erlotinib、或贝伐单抗组合。
[0037]在 另ー个方面，本发明属于ー种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法,包括对该患者施用治疗有效量的Pertuzumab,其中所述患者的癌症以小于卵巢癌、腹膜癌、或输卵管癌中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0038]本文中的发明进一步关注ー种用于为患有能够响应HER抑制剂(例如HER ニ聚化抑制剂)的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择HER抑制剂(例如HER ニ聚化抑制剂)作为疗法。
[0039]另外，本发明提供了ー种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物在药学可接受载体中包含HER ニ聚化抑制剂，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应!ER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0040]在另ー个方面，本发明属于ー种用于制造HER ニ聚化抑制剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合所述抑制剂或药物组合物及标签，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应!!ER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0041]在又一个实施方案中，本发明提供了ー种为HER ニ聚化抑制剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括向目标受众(audicence)推广HER ニ聚化抑制剂或其药物组合物用于治疗患有一种癌症类型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。[0042]在上述发明之外，本文中所提供的人体临床数据证明了其癌症以高水平表达HER3的癌症患者(例如卵巣癌患者)对化疗剂(诸如吉西他滨)的临床响应好于那些其癌症以低水平表达J1ER3的患者。
[0043]关于本发明的此方面，本发明提供了一种为患有有可能响应化疗剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以大于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择化疗剂作为疗法。优选地，所述癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌，包括钼抗性卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌，以及晚期的、顽固性的、或复发性的卵巣癌。优选地，所选择的化疗剂是抗代谢物，诸如吉西他滨。
[0044]本发明还关注ー种用于治疗患有能够响应化疗剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的化疗剂，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达J1ER3。优选地，所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER3表达第25百分位的水平表达HER3。用于测量HER3表达的优选测定法包括聚合酶链式反应(PCR)，最优选定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0045]优选地，所述化疗剂是抗代谢物，最优选吉西他滨。
[0046]优选地，依照本发明此方面要治疗或诊断的癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。所述癌症类型可以是化疗抗性的(chemotherapy-resistant)、钼抗性的(platinum-resistant)、晚期的、顽固性的(refractory)、和/或复发性的(recurrent)。所述方法可延长所述患者中的存活，包括无进展存活(PFS)和总体存活(OS)。
[0047]在另ー个方面，本发明属于ー种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对所述患者施用治疗·有效量的吉西他滨，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0048]本发明还提供了ー种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物在药学可接受载体中包含化疗剂(诸如吉西他滨)，所述标签声明所述化疗剂或药物组合物指明用于治疗患有一种癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0049]在又ー个方面，本发明关注ー种用于制造化疗剂(诸如吉西他滨)或其药物组合物的方法,包括在包装中组合所述化疗剂或药物组合物及标签,所述标签声明所述化疗剂或药物组合物指明用于治疗患有一种癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0050]在又一个实施方案中，本发明提供了一种为化疗剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括向目标受众推广化疗剂或其药物组合物用于治疗患有一种癌症类型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。[0051 ] 本发明提供了人体临床数据，证明了具有高HER2:HER3表达的患者更有利地响应HER抑制剂诸如Pertuzumab。如此,在另ー个方面,本发明提供了 ー种用于选择患者的手段，其通过评估HER2和HER3表达水平，并从疗法中排除那些其癌症以低水平表达HER2:HER3 的患者。
[0052]如此，本发明还关注一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的HER抑制剂，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。优选地，所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达中值、最优选大于第75百分位的水平表达HER2:HER3。
[0053]另外，提供了ー种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对所述患者施用治疗有效量Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0054]在另Iv方面，本发明关注一种用于为患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER2和HER3表达，并且，如果该癌症样品以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3，那么选择HER抑制剂作为疗法。
[0055]而且，本发明涉及ー种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物在药学可接受载体中包含HER抑制剂，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应!ER抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0056]此外，本发明提供了一种用于制造HER抑制剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合所述抑制剂或药物组合物及标签，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应!!ER抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0057]另外，本发明涉及ー种为HER抑制剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括向目标受众推广!ER抑制剂或其药物组合物用于治疗患有一种癌症类型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0058]本发明涉及下述各项。
[0059]1.一种用于治疗患有能够响应HER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的HER ニ聚化抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0060]2.项I的方法，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达第25百分位的水平表达HER3。
[0061]3.项I或项2的方法，其中HER3表达是使用聚合酶链式反应(PCR)测定的。
[0062]4.项3的方法，其中所述PCR是定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0063]5.前述项任ー项的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂是HER2 ニ聚化抑制剂。
[0064]6.前述项任ー项的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂抑制HER ニ聚化。
[0065]7.前述项任ー项的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂是抗体。
[0066]8.项7的方法，其中所述抗体结合选自EGFR、HER2和HER3中的ー种或多种HER受体。
[0067]9.项8的方法，其中所述抗体结合HER2。
[0068]10.项9的方法，其中所述HER2抗体结合HER2胞外结构域的结构域II。
[0069]11.项10的方法，其中所述抗体结合HER2胞外结构域的结构域1、11和III之间的连接处。
[0070]12.项10的方法，其中所述HER2抗体包含SEQ ID N0.3和4中的可变轻链和重链氨基酸序列。
[0071]13.项12的方法，其中所述HER2抗体是Pertuzumab。
[0072]14.项7-13任ー项的方法，其中所述HER抗体是裸抗体。
[0073]15.项7-14任ー项的方法，其中所述HER抗体是完整抗体。
[0074]16.项7-14任ー项的方法，其中所述HER抗体是包含抗原结合区的抗体片段。
[0075]17.前述项任ー项的方法，其中所述癌症类型选自卵巢癌、腹膜癌、输卵管癌、转移性乳腺癌(MBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和结肠直肠癌中的ー种或多种。
[0076]18.项17的方法，其中所述癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。
[0077]19.项18的方法，其中所述癌症类型是钼抗性的。
[0078]20.项18的方法，其中所述癌症类型是晚期的、顽固性的、或复发性的卵巢癌。
[0079]21.前述项任ー项的方法，其延长所述患者中的无进展存活(PFS)。
[0080]22.前述项任ー项的方法，其延长所述患者中的总体存活(OS)。
[0081]23.前述项任ー项的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂是作为单ー抗肿瘤剂施用的。
[0082]24.项1-22任ー项的方法，包括对所述患者`施用第二治疗剂。
[0083]25.项24的方法，其中所述第二治疗剂选自:化疗剂、HER抗体、针对肿瘤相关抗原的抗体、抗激素化合物、心脏保护剂、细胞因子、EGFR靶向药物、抗血管发生剂、酪氨酸激酶抑制剂、COX抑制剂、非类固醇抗炎药、法尼基转移酶抑制剂、结合癌胚蛋白CA 125的抗体、HER2疫苗、HER靶向疗法、Raf或ras抑制剂、多柔比星脂质体、拓扑替康、紫杉烷、双重酪氨酸激酶抑制剂、TLK286、EMD-7200、治疗恶心的药物、预防或治疗皮疹的药物或标准痤疮疗法、治疗或预防腹泻的药物、降低体温的药物和造血生长因子中的ー种或多种。
[0084]26.项25的方法，其中所述第二治疗剂是化疗剂。
[0085]27.项26的方法，其中所述化疗剂选自吉西他滨、卡钼、帕利他塞、多西他塞、拓扑替康和多柔比星脂质体中的ー种或多种。
[0086]28.项26的方法，其中所述化疗剂是抗代谢物。
[0087]29.项28的方法，其中所述抗代谢物化疗剂是吉西他滨。
[0088]30.项24的方法，其中所述第二治疗剂是曲妥单抗、erlotinib、或贝伐单抗。
[0089]31.前述项任ー项的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0090]32.项31的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达水平中值的水平表达J1ER2: HER3。
[0091]33.项32的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第75百分位的水平表达ffiR2: HER3。
[0092]34.一种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以小于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0093]35.项34的方法，其中所述患者的癌症以小于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER3表达第25百分位的水平表达HER3。
[0094]36.项34或项35的方法，其中HER3表达是使用聚合酶链式反应(PCR)测定的。[0095]37.项36的方法，其中所述PCR是定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0096]38.项34-37任ー项的方法，其延长无进展存活(PFS)。
[0097]39.项34-38任ー项的方法，其延长总体存活(OS)。
[0098]40.项34-39任ー项的方法，其中所述患者患有卵巢癌。
[0099]41.项40的方法，其中所述卵巢癌是钼抗性卵巢癌。
[0100]42.项40或项41的方法，其中所述患者患有晚期的、顽固性的、或复发性的卵巢癌。
[0101]43.项34-42任ー项的方法，进ー步包括对所述患者施用化疗剂。
[0102]44.项43的方法，其中所述化疗剂选自吉西他滨、卡钼、帕利他塞、多西他塞、拓扑替康、和多柔比星脂质体。
[0103]45.项44的方法，其中所述化疗剂是抗代谢物化疗剂。
[0104]46.项45的方法，其中所述抗代谢物化疗剂是吉西他滨。
[0105]47.项34-46任ー项·的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0106]48.项47的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达水平中值的水平表达J1ER2: HER3。
[0107]49.项48的方法，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达第75百分位的水平表达HER2:HER3。
[0108]50.ー种用于为患有能够响应HER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择HER ニ聚化抑制剂作为疗法。
[0109]51.ー种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物在药学可接受载体中包含!ER ニ聚化抑制剂，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应HER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0110]52.一种用于制造HER ニ聚化抑制剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合所述抑制剂或药物组合物及标签，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应HER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0111]53.ー种为HER ニ聚化抑制剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括向目标受众推广HER ニ聚化抑制剂或其药物组合物用于治疗患有一种癌症类型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
[0112]54.ー种用于为患有能够响应化疗剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括测定来自该患者的癌症样品中的HER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择化疗剂作为疗法。
[0113]55.项54的方法，其中所述癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。
[0114]56.项55的方法，其中所述癌症类型是钼抗性卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。
[0115]57.项55的方法，其中所述癌症类型是晩期的、顽固性的、或复发性的卵巣癌。
[0116]58.项54-57任ー项的方法，其中所述化疗剂是抗代谢物。[0117]59.项58的方法，其中所述抗代谢物化疗剂是吉西他滨。
[0118]60.一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的!ER抑制剂，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0119]61.项60的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达水平中值的水平表达J1ER2: HER3。
[0120]62.项61的方法，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第75百分位的水平表达ffiR2: HER3。
[0121]63.项60-62任ー项的方法，其中HER2和HER3表达是使用聚合酶链式反应(PCR)测定的。
[0122]64.项63的方法，其中所述PCR是定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0123]65.项60-64任ー项的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂是HER ニ聚化抑制剂。
[0124]66.项60-65任ー项的方法，其中所述HER抑制剂是HER2抑制剂。
[0125]67.项65或项66的方法，其中所述HER ニ聚化抑制剂是HER2 ニ聚化抑制剂。
[0126]68.项65的方法，其中所述HER抑制剂抑制HER ニ聚化。
[0127]69.项60-68任ー项的方法，其中所述HER抑制剂是抗体。
[0128]70.项69的方法，其中所述抗体结合选自EGFR、HER2和HER3中的ー种或多种HER受体。`
[0129]71.项70的方法，其中所述抗体结合HER2。
[0130]72.项71的方法，其中所述HER2抗体结合HER2胞外结构域的结构域II。
[0131]73.项71的方法，其中所述抗体结合HER2胞外结构域的结构域1、11和III之间的连接处。
[0132]74.项73的方法，其中所述HER2抗体包含SEQ ID N0.3和4中的可变轻链氨基酸序列和可变重链氨基酸序列。
[0133]75.项74的方法,其中所述HER2抗体是Pertuzumab。
[0134]76.项69-75任ー项的方法，其中所述HER抗体是裸抗体。
[0135]77.项69-76任ー项的方法，其中所述HER抗体是完整抗体。
[0136]78.项69-76任ー项的方法，其中所述HER抗体是包含抗原结合区的抗体片段。
[0137]79.项60-78任ー项的方法，其中所述癌症类型选自卵巢癌、腹膜癌、输卵管癌、转移性乳腺癌(MBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌和结肠直肠癌中的ー种或多种。
[0138]80.项79的方法，其中所述癌症类型是卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌。
[0139]81.项80的方法，其中所述癌症类型是钼抗性的。
[0140]82.项80的方法，其中所述癌症类型是晩期的、顽固性的、或复发性的卵巣癌。
[0141]83.项60-82任ー项的方法，其延长所述患者中的无进展存活(PFS)。
[0142]84.项60-83任ー项的方法，其延长所述患者中的总体存活(OS)。
[0143]85.项60-84任ー项的方法，其中所述HER抑制剂是作为单ー抗肿瘤剂施用的。
[0144]86.项60-84任ー项的方法，包括对所述患者施用第二治疗剂。
[0145]87.项86的方法，其中所述第二治疗剂选自:化疗剂、HER抗体、针对肿瘤相关抗原的抗体、抗激素化合物、心脏保护剂、细胞因子、EGFR靶向药物、抗血管发生剂、酪氨酸激酶抑制剂、COX抑制剂、非类固醇抗炎药、法尼基转移酶抑制剂、结合癌胚蛋白CA 125的抗体、HER2疫苗、HER靶向疗法、Raf或ras抑制剂、多柔比星脂质体、拓扑替康、紫杉烷、双重酪氨酸激酶抑制剂、TLK286、EMD-7200、治疗恶心的药物、预防或治疗皮疹的药物或标准痤疮疗法、治疗或预防腹泻的药物、降低体温的药物和造血生长因子中的ー种或多种。
[0146]88.项86的方法，其中所述第二治疗剂是化疗剂。
[0147]89.项88的方法，其中所述化疗剂选自吉西他滨、卡钼、帕利他塞、多西他塞、拓扑替康和多柔比星脂质体中的ー种或多种。
[0148]90.项88的方法，其中所述化疗剂是抗代谢物。
[0149]91.项90的方法，其中所述抗代谢物化疗剂是吉西他滨。
[0150]92.项86的方法,其中所述第二治疗剂是曲妥单抗、erlotinib、或贝伐单抗。
[0151]93.一种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0152]94.项93的方法，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达水平中值的水平表达HER2:HER3。
[0153]95.项94的方法，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达第75百分位的水平表达HER2:HER3。
[0154]96.项93-95任ー项的方法，其中HER2和HER3表达是使用聚合酶链式反应(PCR)测定的。
[0155]97.项96的方法，其中所述PCR是定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)。
[0156]98.项93-97任ー项的方法，其延长无进展存活(PFS)。
[0157]99.项93-98任ー项的方法，其延长总体存活(OS)。
[0158]100.项93-99任ー项的方法，其中所述患者患有卵巢癌。
[0159]101.项100的方法，其中所述卵巢癌是钼抗性卵巢癌。
[0160]102.项100或项101的方法，其中所述患者患有晚期的、顽固性的、或复发性的卵巢癌。
[0161]103.项93-102任ー项的方法，进ー步包括对所述患者施用化疗剂。
[0162]104.项103的方法，其中所述化疗剂选自吉西他滨、卡钼、帕利他塞、多西他塞、拓扑替康和多柔比星脂质体中的ー种或多种。
[0163]105.项103的方法，其中所述化疗剂是抗代谢物化疗剂。
[0164]106.项105的方法，其中所述抗代谢物化疗剂是吉西他滨。
[0165]107.ー种用于为患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括测定来自该患者的癌症样品中的HER2和HER3表达，并且，如果该癌症样品以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3，那么选择HER抑制剂作为疗法。
[0166]108.ー种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物在药学可接受载体中包含!!ER抑制剂，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2: HER3表达第25百分位的水平表达HER2: HER3。
[0167]109.一种用于制造HER抑制剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合所述抑制剂或药物组合物及标签，所述标签声明所述抑制剂或药物组合物指明用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0168]110.ー种为HER抑制剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括向目标受众推广HER抑制剂或其药物组合物用于治疗患有一种癌症类型的患者群的用途，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
[0169]111.一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对所述患者施用治疗有效量的HER抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达J1ER3。
[0170]112.ー种用于为患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择HER抑制剂作为疗法。
[0171]113.项111或项112的方法，其中所述HER抑制剂是HER2抑制剂。
[0172]附图简述
[0173]图1提供了 HER2蛋白质结构的示意图，及其胞外结构域的结构域1-1V的氨基酸序列(分别是 SEQ ID N0.19-22)。
[0174]图2A和2B描绘了鼠单克隆抗体2C4的轻链可变区(\)(图2A)和重链可变区(Vh)(图2B)(分别是SEQ ID N0.1和2);变体574/Pertuzumab的Vl和Vh结构域(分别是SEQ ID N0.3和4);及人 和Vh共有框架(humK 1，轻链k亚组I ;hum III，重链亚组III)(分别是SEQ ID N0.5和6)的氨基酸序列对比。星号标示Pertuzumab可变域和鼠单克隆抗体2C4之间或Pertuzumab可变域和人框架之间的差异。互补决定区(CTR)包在括号中。
[0175]图3A 和 3B 显示了 Pertuzumab 轻链(图 3A ;SEQ ID N0.13)和重链(图 3B ;SEQID N0.14)的氨基酸序列。⑶R以粗体显示。轻链和重链的计算分子量是23，526.22Da和49, 216.56Da (半胱氨酸为还原形式)。碳水化合物模块(moiety)附着于重链的Asn299。
[0176]图4以图描述了 2C4在HER2的异ニ聚体结合位点处的结合，由此阻止与活化的EGFR或HER3的异ニ聚化。
[0177]图5描绘了 HER2/HER3与MAPK和Akt途径的偶联。
[0178]图6 比较了 Trastuzumab 和 Pertuzumab 的各种活性。
[0179]图7A 和 7B 分别显示了 Trastuzumab 轻链(图 7A ；SEQ ID N0.15)和重链(图 7B ；SEQ ID N0.16)的氨基酸序列。
[0180]图8A和8B分别描绘了变体Pertuzumab轻链序列(图8A ；SEQ ID N0.17)和变体Pertuzumab 重链序列(图 8B ；SEQ ID N0.18)。
[0181]图9描绘了实施例1中的临床试验的研究设计/方案，涉及患有钼抗性卵巣癌、原发性腹膜癌、或输卵管癌的、用吉西他滨和安慰剂或吉西他滨和Pertuzumab治疗的患者。
[0182]图1OA描绘了来自实施例1中研究的所有患者的无进展存活(PFS)。
[0183]图1OB是图1OA的更新版。已经通过随机化分层因素(ECOG PS、针对钼抗性疾病的在先治疗方案(regimen)的数目、和疾病可测性)使用分层Cox模型和分层1ngrank检验估算了 PFS。
[0184]图1IA呈现了通过预测pHER2状态得到的PFS。[0185]图1lB是图1lA的更新版。
[0186]图12A 呈现了通过 qRT-PCR EGFR(HERl)截留得到的 PFS。
[0187]图12B是通过wRT-PCR EGFR(HERl)截留得到的PFS的另ー呈现，也指明了各种EGFR截留值时HERl (高)和HERl (低)组中的受试者数目。
[0188]图13A呈现了通过qRT-PCR HER2截留得到的PFS。
[0189]图13B是通过qRT-PCR HER2截留得到的PFS的另ー呈现，也指明了各种HER2截留值时HERl (高)和HERl (低)组中的受试者数目。
[0190]图14A呈现了通过qRT-PCR HER3截留得到的PFS。
[0191]图14B是通过qRT-PCR HER3截留得到的PFS的另ー呈现，也指明了各种HER3截留值时HER3 (高)和HER3 (低)组中的受试者数目。
[0192]图15A显示了通过HER3亚组得到的PFS。Pertuzumab活性在患有低HER3表达肿瘤的患者中最大，且趋向于随J1ER3基因表达水平降低而升高。
[0193]图15B是通过qRT-PCR HER3水平得到的PFS的另ー呈现。
[0194]图16A展示了通过HER3亚组得到的PFS。数据显示了在具有HER3高表达的肿瘤的患者中，Pertuzumab与吉西他滨之间可能有消极的相互作用。
[0195]图16B是通过qRT-PCR HER3水平得到的PFS的另ー呈现。数据进ー步证实了在具有HER3高表达的肿瘤的患者中，Pertuzumab与吉西他滨之间可能有消极的相互作用。
[0196]图17A总结了通 过HER3亚组得到的PFS:高HER3表达亚组和低HER3表达亚组。
[0197]图17B是图17B所示通过qRT-PCR HER3水平得到的PFS的更新版。
[0198]图18A进ー步展示了通过HER3亚组得到的PFS。
[0199]图18B是图18A所示通过HER3表达四分位得到的PFS分析的更新版。
[0200]图19A显示了通过HER3 qRT-PCR得到的PFS，50/50拆分；低HER3表达在小于第50百分位中，而高HER3表达在大于或等于第50百分位中。
[0201]图19B是图19A所示通过HER3 qRT-PCR得到的PFS，50/50拆分的更新版
[0202]图20A显示了通过HER3 qRT-PCR得到的PFS，25/75拆分；低HER3表达在小于第25百分位中，而高HER3表达在大于或等于第25百分位中。
[0203]图20B是图20A所示通过HER3 qRT-PCR得到的PFS，25/75拆分的更新版。
[0204]图21A显示了所有患者中的总体存活(OS)的初歩数据。数据基于46/130例事件。
[0205]图21B是OS数据的更新图，即通过随机化分层因素(ECOG PS、针对钼抗性疾病的在先治疗方案的数目、和疾病可测性)估算的层次Cox模型和分层1grank-检验。
[0206]图22A图示了在qRT-PCR中通过HER3得到的OS初步数据。数据基于43/119例事件。
[0207]图22B是在qRT-PCR中通过HER3得到的OS的更新图，50/50拆分，低HER3表达在小于第50百分位中，而高HER3表达在大于或等于第25百分位中。
[0208]图23A展示了通过HER3 qRT-PCR得到的PFS，比较了高对低危害比(high versus丄ow hazard ratio, HR)。
[0209]图23B是通过HER3 qRT-PCR得到的PFS的更新图，比较高对低危害比(HR)。
[0210]图24A显示了实施例1中Pertuzumab钼抗性卵巢癌的全套数据,及通过qRT-PCRHER3得到的PFS。注意:HR和Log-rank p值没有为多重比较进行调整。[0211]图24B是Pertuzumab钼抗性卵巢癌的另ー套数据，及通过qRT-PCR HER3得到的PFS0正如图24A中的，HR和Log-rank p值没有为多重比较进行调整。
[0212]图25显示了为如实施例2中那样用Pertuzumab单ー药剂治疗的患者通过HER3qRT-PCR得到的PFS和OS。高HER3为在大于和等于第75百分比中的患者；低HER3中的患者为那些小于第75百分位的。低表达患者的存活中值为3.31年(95%CI，1.93-4.69);高HER3表达患者的存活中值为1.80 (95%CI,0.83-2.78)。
[0213]图26A 显不了 HER3 校准标准化比(calibrated normalizated ratio);表达范围为约20-80倍。大多数样品的CP介于约23和30之间。
[0214]图26B是显示HER3校准标准化比的另ー图；表达范围为约20_80倍。大多数样品的CP介于约23和30之间。
[0215]图27显示了体外诊断(IVD)测定法工作流程中的LIGHTCYCLER⑩2.0Pertuzumab qRT-PCR。
[0216]图28显示了 Pertuzumab IVD测定法工作流程和分析,其中有一种标志物和參照物。
[0217]图29A提供了为实施例1中所治疗的患者通过HER2:HER3百分位得到的PFS。
[0218]图29B是显示为实施例1中所治疗的患者通过HER2:HER3百分位得到的PFS的另ー图。注意:HR和log-rank p值没有为多重比较进行调整。
[0219]图30A使用Kaplan Meyer图对实施例1评估通过HER2: HER3比得到的PFS，具体是对HER2对HER3比值高于中值的、或高于第75百分位的患者。
[0220]图30B是使用Kaplan Meyer图对实施例1显示通过HER2:HER3比得到的PFS的更新，具体是对J1ER2对HER3比值高于中值的、或高于第75百分位的患者。
[0221]图31A评估了通过HER2:HER3比四分位亚组得到的PFS，同样来自实施例1。
[0222]图31B是通过HER2/HER3四分位复发性卵巣癌得到的PFS分析的另ー总结。
[0223]图32显示了如实施例3中所述治疗的、卵巣癌分别具有小于中值的或者等于或大于中值的J1ER3水平的受试者的PFS的Kaplan-Meier图。
[0224]图33显示了 HER3水平小于中值的和等于或大于中值的患者组中用化疗或Pertuzumab治疗卵巢癌的受试者的PFS Kaplan-Meier图。
[0225]图34显示了用Pertuzumab和化疗或用单独的Pertuzumab治疗卵巢癌的、HER2/HER3比低于中值的和等于或大于中值的受试者的PFS Kaplan-Meier图。
[0226]图35显示了用化疗或Pertuzumab治疗卵巢癌的、HER2/HER3比低于中值的和等于或大于中值的受试者的PFS Kaplan-Meier图。
[0227]发明详述
[0228]1.定义
[0229]“HER受体”是属于HER受体家族的受体蛋白质酪氨酸激酶，包括EGFR、HER2、HER3和HER4受体。HER受体通常将包含胞外结构域，它可结合HER配体和/或与另ー HER受体分子ニ聚化；亲脂性跨膜结构域；保守的胞内酪氨酸激酶结构域；和含有数个可磷酸化的酪氨酸残基的羧基末端信号结构域。！ER受体可以是“天然序列”!ER受体或其“氨基酸序列变体”。优选的是，HER受体是天然序列人HER受体。
[0230]术语11 1”、“肥?1”、“表皮生长因子受体”和16?1?”在本文中可互换使用，指例如 Carpenter 等，Ann.Rev.Biochem.56:881-914(1987)中所披露的 EGFR，包括其天然存在的突变体形式(例如Humphrey等，PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)中的删除突变体EGFR)。erbBl指编码EGFR蛋白质产物的基因。
[0231]表述“ErbB2”和“ HER2”在本文中可互换使用，指例如Semba等，PNAS (USA) 82:6497-6501 (1985)和 Yamamoto 等，Nature 319:230-234(1986)中记载的人HER2蛋白(Genebank编号X03363)。术语“erbB2”指编码人ErbB2的基因，而“neu”指编码大鼠Pl85neu的基因。优选的HER2是天然序列人HER2。
[0232]在本文中，“ HER2胞外结构域”或“ HER2 ECD”指HER2在细胞外的结构域，或是锚定于细胞膜或是在循环中，包括其片段。在一个实施方案中，HER2的胞外结构域可包含4个结构域:“结构域I”(大约第1-195位氨基酸残基；SEQ ID N0:19)、“结构域II”(大约第196-319位氨基酸残基；SEQ ID N0:20)、“结构域III”(大约第320-488位氨基酸残基；SEQ ID N0:21)和“结构域IV”(大约第489-630位氨基酸残基；SEQ ID N0:22)(残基编号不包括信号月太)。參见 Garrett 等,Mol.Cell.11:495-505 (2003) ; Cho 等,Nature421:756-760(2003);Franklin 等,Cancer Cell 5:317-328(2004);Plowman 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.90:1746-1750 (1993)，以及本文中的图1。
[0233]“ErbB3”和“HER3”指例如美国专利第5，183,884号和第5, 480, 968号及Kraus等，PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989)中所披露的受体多肽。
[0234]术语“ErbB4”和“HER4”指例如欧洲专利申请第599，274号；Plowman等，Proc.Natl.Acad.Sci USA90:1746-1750 (1993) ;Plowman 等,Nature366:473-475 (1993)中所披露的受体多肽，包括其同种型，例如1999年4月22日公布的W099/19488中所披露的。
[0235]“HER配体”指结合和/或活化HER受体的多肽。本文中特别感兴趣的HER配体是天然序列人HER配体，诸如表皮生长因子(EGF) (Savage等，J.Biol.Chem.247:7612-7621 (1972));转化生长因子 a (TGF-a )(Marquardt 等，Science223:1079-1082(1984));双调蛋白(amphiregulin)，也称为施旺细胞瘤或角质形成细胞自分泌生长因子(Shoyab 等，Science243:1074-1076(1989);Kimura等，Nature348:257-260 (1990) ;Cook 等，Mol.Cel 1.Biol.11:2547-2557 (1991))；3 细胞调节素(betacellulin)(Shing 等，Science 259:1604-1607(1993);Sasada等，Biochem.Biophys.Res.Commun.190:1173(1993));肝素结合表皮生长因子(HB-EGF)(Higashiyama 等，Science251:936-939 (1991));上皮调节蛋白(epiregulin) (Toyoda 等，J.Biol.Chem.270:7495-7500 (1995) ;Komurasaki等，0ncogenel5:2841-2848 (1997)) ； a 调蛋白(heregulin)(见下文)；神经调节蛋白(neuregulin)-2(NRG-2)(Carraway 等，Nature387:512-516(1997));神经调节蛋白-3(NRG-3)(Zhang 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.94:9562-9567 (1997));神经调节蛋白-4(NRG-4)(Harari 等,0ncogenel8:2681-89 (1999))；和 cripto(CR-1)(Kannan 等,J.Biol.Chem.272(6): 3330-3335 (1997))。结合 EGFR 的 HER 配体包括 EGF、TGF-a、双调蛋白、 细胞调节素(betacellulin)、HB-EGF和上皮调节蛋白Epiregulin)。结合HER3的HER配体包括调蛋白。能够结合HER4的HER配体包括P细胞调节素、上皮调节蛋白、HB-EGF、NRG-2、NRG-3、NRG-4 和调蛋白。
[0236]“调蛋白”(HRG)在用于本文时指由调蛋白基因编码的多肽，如美国专利第 5,641,869 号或 Marchionni 等，Nature362:312-318 (1993)中所披露的。调蛋白的例子包括调蛋白-a、调蛋白-@ 1、调蛋白-@ 2和调蛋白3(HolmeS等，Science256:1205-1210(1992);美国专利第 5，641，869 号)；neu 分化因子(NDF) (Peles 等，Cell69:205-216 (1992));こ酰胆碱受体诱导活性(ARIA)(Falls 等，Cell72:801-815(1993));神经胶质生长因子(GGF)(Marchionni等，Nature362:312-318 (1993));感觉和运动神经元衍生因子(SMDF) (Ho等，J.Biol.Chem.270: 14523-14532 (1995)) -调蛋白(Schaefer 等，Oncogene15:1385-1394(1997))。
[0237]“HER ニ聚体”在本文中指包含至少两个HER受体的非共价结合ニ聚体。在表达两种或多种!!ER受体的细胞暴露于!!ER配体时可形成这样的复合物，可通过免疫沉淀来分离并通过SDS-PAGE来分析，如例如Sliwkowski等，J.Biol.Chem.269(20):14661-14665(1994)中所记载的。其它蛋白质，诸如细胞因子受体亚基(例如gpl30)可与ニ聚体结合。优选的是，所述HER ニ聚体包含HER2。
[0238]“HER异ニ聚体”在本文中指包含至少两个不同HER受体的非共价结合异ニ聚体，诸如 EGFR-HER2、HER2-HER3 或 HER2-HER4 异ニ聚体。
[0239]“HER抑制剂”指干扰HER活化或功能的药剂。HER抑制剂的例子包括HER抗体(例如EGFR、HER2、HER3或HER4抗体)；EGFR靶向药物；小分子HER拮抗剂；HER酪氨酸激酶抑制剂；HER2和EGFR双重酪氨酸激酶抑制剂，诸如lapatinib/GW572016 ;反义分子(參见例如TO2004/87207);和/或结合下游信号分子诸如MAPK或Akt (见图5)或干扰其功能的药齐U。优选的是，所述!ER抑制剂是结合!ER受体的抗体或小分子。
[0240]“HER ニ聚化抑制剂”指抑制HER ニ聚体或HER异ニ聚体形成的药剂。优选的是，HER ニ聚化抑制剂是HER2 ニ聚化抑制剂和/或抑制HER ニ聚化。优选的是，HER ニ聚化抑制剂是抗体，例如在J1ER2的异ニ聚体结合位点结合HER2的抗体。本文中最优选的HER ニ聚化抑制剂是Pertuzumab或MAb2C4。2C4对HER2的异ニ聚体结合位点的结合示于图4。HER ニ聚化抑制剂的其它例子包括结合EGFR并抑制其与一种或多种其它HER受体ニ聚化的抗体(例如EGFR单克隆抗体806，MAb806，它结合活化的或“未系留的(untethered) ”EGFR ；參见 Johns 等，J.Biol.Chem.279 (29): 30375-30384 (2004));结合 HER3 并抑制其与ー种或多种其它HER受体ニ聚化的抗体；结合HER4并抑制其与一种或多种其它HER受体ニ聚化的抗体；肽ニ聚化抑制剂(美国专利第6，417，168号)；反义ニ聚化抑制剂；等等。
[0241]“HER2 ニ聚化抑制剂”指抑制包含HER2的ニ聚体或异ニ聚体形成的药剂。
[0242]“HER抗体”指结合HER受体的抗体。任选的是，HER抗体还干扰HER活化或功能。优选的是，！ER抗体结合J1ER2受体。本文中特别感兴趣的HER2抗体是Pertuzumab。HER2抗体的另一个例子是trastuzumab。EGFR抗体的例子包括cetuximab和ABX0303。
[0243]“HER活化”指任何ー种或多种HER受体的活化或磷酸化。通常，HER活化导致信号转导(例如由!!ER受体胞内激酶结构域引起的信号转导，该激酶结构域磷酸化!!ER受体或底物多肽中的酪氨酸残基)。HER活化可由结合包含目的HER受体的HER ニ聚体的HER配体介导。结合HER ニ聚体的HER配体可活化ニ聚体中ー种或多种!!ER受体的激酶结构域，由此导致ー种或多种!ER受体中 酪氨酸残基的磷酸化和/或其它底物多肽诸如Akt或MAPK胞内激酶中酪氨酸残基的磷酸化。參见例如图5。[0244]“磷酸化”指对蛋白质诸如HER受体，或其底物添加一个或多个磷酸基团。
[0245]“抑制HER 二聚化”的抗体指抑制或干扰HER 二聚体形成的抗体。优选的是，此类抗体在HER2的异二聚体结合位点处结合HER2。本文中最优选的二聚化抑制性抗体是Pertuzumab或MAb2C4。2C4对HER2的异二聚体结合位点的结合示于图4。抑制HER 二聚化的抗体的其它例子包括结合EGFR并抑制其与一种或多种其它HER受体二聚化的抗体(例如EGFR单克隆抗体806，MAb806,它结合活化的或“未系留的”EGFR ;参见Johns等，J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004));结合HER3并抑制其与一种或多种其它HER受体二聚化的抗体；及结合HER4并抑制其与一种或多种其它HER受体二聚化的抗体。
[0246]“比trastuzumab更有效地阻断配体对HER受体之活化”的抗体指比trastuzumab更有效(例如功效提高至少约2倍)地降低或消除HER配体对HER受体之活化的抗体。优选的是，此类抗体至少大约像鼠单克隆抗体2C4或其Fab片段或者像Pertuzumab或其Fab片段那样有效地阻断HER配体对HER受体之活化。可通过直接研究HER 二聚体，或者通过评估由HER 二聚化引起的HER活化或下游信号传导，和/或通过评估抗体-HER2结合位点等来评估抗体阻断配体对HER受体之活化的能力。用于筛选比trastuzumab更有效地抑制配体对HER受体之活化的抗体的测定法记载于Agus等，Cancer Cell2:127-137 (2002)和WOO 1/00245 (Adams等)。仅作为例示，可测定以下各项:对HER 二聚体形成的抑制(参见例如 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附图1A-B 和 WOO 1/00245);表达 HER 二聚体的细胞中 HER 配体活化的降低(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附图2A-B);对HER配体结合表达HER 二聚体的细胞的阻断(例如W001/00245和Agus等，Cancer Cell 2:127-137(2002)的附图2E);在存在(或缺乏)HER配体时对表达HER 二聚体的癌细胞(例如MCF7、MDA-MD-134、ZR-75-1、MD-MB-175、T-47D细胞)的细胞生长抑制(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell 2:127-137(2002)的附图 3A-D);对下游信号传导的抑制(例如对HRG依赖性AKT磷酸化的抑制或者对HRG或TGF α依赖性MAPK磷酸化的抑制)(例如 W001/00245 和 Agus 等，Cancer Cell2:127-137 (2002)的附图 2C-D)。还可通过研究抗体-HER2结合位 点来评估抗体是否抑制HER 二聚化，例如通过评估与HER2结合的抗体的结构或模型，诸如晶体结构来评估抗体是否抑制HER 二聚化(参见例如Franklin等，Cancer Cell5:317-328 (2004))。
[0247]HER2上的“异二聚体结合位点”指在HER2与EGFR、HER3或HER4形成二聚体时，与EGFR、HER3或HER4胞外结构域中某区域接触或形成介面的HER2胞外结构域中的区域。已发现所述区域在 HER2 的结构域 II 中。Franklin 等，Cancer Cell5:317-328 (2004)。
[0248]HER2抗体可以比trastuzumab更有效地(例如功效提高至少2倍)“抑制HRG依赖性AKT磷酸化”和/或抑制“HRG或TGF α依赖性MAPK磷酸化”(参见例如Agus等，CancerCell2:127-137(2002)和 W001/00245)。
[0249]HER2抗体可以是像Pertuzumab那样“不抑制HER2胞外域切割”的抗体(Molina等,Cancer Res.61:4744-4749 (2001))。另一方面，trastuzumab 可抑制 HER2 胞外域切割。
[0250]“结合HER2的异二聚体结合位点的”HER2抗体结合结构域II中的残基(任选还结合HER2胞外结构域的其它结构域，诸如结构域I和III中的残基)，且至少在一定程度上可在空间上阻碍HER2-EGFR、HER2-HER3或HER2-HER4异二聚体的形成。Frankl in等，Cancer Cell5:317-328 (2004)表征了存放在 RCSB 蛋白质数据库(ID Code IS78)的HER2-Pertuzumab晶体结构，图解了结合HER2的异二聚体结合位点的例示性抗体。
[0251]“结合HER2的结构域II”的抗体结合结构域II中的残基和任选HER2的其它结构域，诸如结构域I和III中的残基。优选的是，结合结构域II的抗体结合HER2的结构域1、II和III之间的连接处。
[0252]蛋白质“表达”指基因中所编码的信息转换成信使RNA(mRNA)，然后转换成蛋白质。
[0253]在本文中，“表达”目的蛋白质(诸如HER3和/或HER2)的样品或细胞指其中测定出存在编码该蛋白质的mRNA或蛋白质包括其片段的样品或细胞。
[0254]“以小于一种癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3”的样品、细胞、肿瘤或癌症指其中HER3表达水平被技术人员认为是该癌症类型的“低HER3水平”的样品、细胞、肿瘤或癌症。一般而言，此类水平会在相对于相同癌症类型的一群样品、细胞、肿瘤、或癌症中HER3水平而言约O至小于约50%的范围内。例如，用于获得所述表达水平中值的群体可以是一般而言的卵巢癌样品，或其亚组，诸如化疗抗性卵巢癌、钼抗性卵巢癌、以及晚期的、顽固性的或复发性的卵巢癌。本文中的实施例证明了如何能测定表达水平中值。这可构成表达绝对值。如此，参照本文中的图17A和17B，以被认为以低水平表达HER3的钼抗性卵巢癌患者的截留(cut off)可以是约2.8或更小(小于第60百分位);约2.41或更小(小于第55百分位)；约2.28或更小(小于第50百分位)；约1.88或更小(小于第45百分位)；约
1.71或更小(小于第40百分位)；约1.57或更小(小于第35百分位)；约1.4或更小(小于第30百分位);约1.19或更小(小于第25百分位);约0.99或更小(小于第20百分位);等。此类绝对值会在规定的测定条件下的测定法中量化，诸如本文中所公开的qRT-PCR，最优选实施例1中的qRT-PCR测定法。优选地，HER3表达水平小于第50百分位，最优选小于第30或第25百分位。`
[0255]本文中的表述“HER2:HER3”或“HER2对HER3”指样品、细胞、肿瘤或癌症中HER2表达水平相对于HER3表达水平。此类表达水平可使用多种不同技术来量化，诸如本文中所公开的那些。虽然这可以以HER2表达对HER3表达的比来计算，但是本发明涵盖以各种其它方式评估HER2和HER3水平，从而为本文中的疗法选择患者，包括但不限于使用决策树(decision tree),其中，如果患者的HER2和/或HER3表达高于或低于某截留等,那么选择他们。本文中的短语“HER2:HER3”或“HER2对HER3”涵盖用于比较HER2与HER3的此类各种其它手段。
[0256]“以大于一种癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3”的样品、细胞、肿瘤或癌症指其中HER2表达相对于HER3表达的比不是该癌症类型的“低HER2:HER3水平”的样品、细胞、肿瘤或癌症。优选地，此类水平会在相对于相同癌症类型的一群样品、细胞、肿瘤、或癌症中HER2:HER3水平而言大于约25%至约100%的范围内。例如，用于获得所述表达水平的群体可以是一般而言的卵巢癌样品，或其亚组，诸如化疗抗性卵巢癌、钼抗性卵巢癌、以及晚期的、顽固性的或复发性的卵巢癌。本文中的实施例证明了如何能测定百分位表达水平。在一个实施方案中，HER2:HER3水平构成表达绝对值。如此，参照本文中的图29A和29B，以此水平表达HER2:HER3的钼抗性卵巢癌患者的截留可以是约0.82或更大(大于第25百分位);约0.90或更大(大于第30百分位);约1.06或更大(大于第35百分位)；约1.13或更大(大于第40百分位)；约1.26或更大(大于第45百分位)；约1.53或更大(大于第50百分位);约1.70或更大(大于第55百分位);约1.86或更大(大于第60百分位)；约2.15或更大(大于第65百分位)；约2.49或更大(大于第70百分位)；约2.62或更大(大于第75百分位);约2.92或更大(大于第80百分位);等。此类绝对值会在规定的测定条件下的测定法中量化，诸如本文中所公开的qRT-PCR，最优选实施例1中的qRT-PCR测定法。在一个实施方案中，HER2:HER3水平大于第50百分位，优选大于第70百分位，最优选大于第75百分位。其癌症以本文所述水平表达HER2:HER3的患者可过表达或不过表达HER2。
[0257]“聚合酶链式反应”或“PCR”技术在用于本文时一般指其中如1987年7月28日公告的美国专利第4，683，195号中所记载的，扩增微量的核酸、RNA和/或DNA特定片段的流程。通常，需要获知目的区域末端或以外的序列信息，从而可设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的相对链相同或相似。两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列、特定DNA序列。一般参见Mullis等，Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263 (1987) ; Erlich ed., PCR Technology, Stockton Press, NY, 1989。在用于本文时，PCR视为用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段，或者扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸片段。
[0258]“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。这种技术已经记载于多份出版物，包括Cronin等，Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004) ;Ma 等，Cancer Cell.5:607-616(2004)。
[0259]术语“微阵列”指可杂交阵列元素，优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
[0260]术语“多核苷酸”在以单数或复数使用时一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脱氧核糖核苷酸，可以是未经修饰的RNA或DNA或者是经过修饰的RNA或DNA。如此，例如，本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包含单链区和双链区的DNA、单链和双链RNA、及包含单链区和双链区的RNA，包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或者更典型的是双链的，或者 包含单链区和双链区。另外，术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA 二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个，但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。该术语包括包含一种或多种经修饰碱基的DNA (包括cDNA)和RNA。如此，主链为稳定性或其它原因而修饰的DNA或RNA也是“多核苷酸”该术语在本文中的意图所在。此外，包含罕见碱基诸如肌苷或经修饰碱基诸如氚化碱基的DNA或RNA也包括在本文中所定义的术语“多核苷酸”内。一般而言，术语“多核苷酸”涵盖未修饰多核苷酸的所有化学、酶学和/或代谢修饰形式，以及病毒和细胞，包括简单和复杂细胞的特征性的DNA和RNA的化学形式。
[0261]术语“寡核苷酸”指相对较短的多核苷酸，包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸、单链或双链核糖核苷酸、RNAiDNA杂合物、及双链DNA。寡核苷酸，诸如单链DNA探针寡核苷酸，常常通过化学方法来合成，例如使用商品化的自动化寡核苷酸合成仪。然而，寡核苷酸可通过多种其它方法来制备,包括体外重组DNA介导的技术和通过DNA在细胞和生物体中的表达。
[0262]短语“基因扩增”指通过它在特定细胞或细胞系中形成基因或基因片段的多个拷贝的过程。所复制区域(一段扩增的DNA)常常称为“扩增子”。通常，所生成的信使RNA(mRNA)的量也按所表达特定基因生成的拷贝数的比例升高。
[0263]杂交反应的“严格性”可以由本领域普通技术人员容易地确定，而且通常根据探针长度、洗涤温度和盐浓度凭经验计算。一般而言，较长的探针要求较高的温度以正确退火，而较短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于小于其解链温度的环境中时变性DNA重新退火的能力。探针与可杂交序列之间的期望同源性程度越高，可使用的相对温度也越高。结果，可推出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格，而较低温度也就较不严格。关于杂交反应严格性的其它细节和解释，参见Ausubel等，Current Protocolsin Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers,1995。
[0264]“严格条件”或“高严格性条件”，如本文中所定义的，通常:(1)采用低离子强度和高温进行洗涤，例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1%十二烷基硫酸钠，于50°C ;
(2)在杂交期间采用变性剂，诸如甲酰胺，例如50%(v/v)甲酰胺及0.1%牛血清清蛋白/0.l%Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液pH6.5及750mM氯化钠，75mM柠檬酸钠，于42 °C ;或(3)采用50%甲酰胺，5x SSC (0.75M NaCl, 0.075M柠檬酸钠)，50mM磷酸钠(pH6.8)，0.1%焦磷酸钠，5x Denhardt氏溶液，超声处理的鲑鱼精DNA (50 μ g/ml), 0.1%SDS,和10%硫酸右旋糖苷，于42°C，及于42°C在0.2x SSC (氯化钠/柠檬酸钠)和50%甲酰胺中洗涤，接着于55°C在含EDTA的0.1x SSC中进行高严格性洗涤。
[0265]“中等严格条件”可以如 Sambrook 等，Molecular Cloning:A LaboratoryManual, New York, Cold Spring Harbor Press, 1989中所述来鉴定,包括使用比上文所述较不严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度、离子强度和％SDS)。中等严格条件的例子是于37°C 在含 20% 甲酰胺，5x SSC(150mM NaCl, 15mM 柠檬酸三钠)，50mM 磷酸钠(pH7.6)，5xDenhardt氏溶液，10%硫酸右旋糖苷，和20mg/ml变性剪切的鲑鱼精DNA的溶液中温育过夜，接着于大约37-50°C在Ix SSC中洗涤滤膜。熟练技术人员将认识到如何在必要时调整温度、离子强度等以适应诸如 探针长度等因素。
[0266]“天然序列”多肽指与衍生自自然界的多肽(例如HER受体或HER配体)具有相同氨基酸序列的多肽，包括天然存在的或等位变体。此类天然序列多肽可以从自然界分离，或者可通过重组或合成手段生成。如此，天然序列多肽可具有天然存在人多肽、鼠多肽、或来自任何其它哺乳动物类物种的多肽的氨基酸序列。
[0267]术语“抗体”在本文中以最广义使用，明确覆盖单克隆抗体、多克隆抗体、自至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体)、及抗体片段，只要它们展现出期望的生物学活性。
[0268]“分离的”抗体指已经鉴定且与/由其天然环境的一种成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分指将会干扰该抗体的研究、诊断或治疗用途的物质，可包括酶、激素、和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在一些实施方案中，将抗体纯化至(I)根据例如Lowry法的测定,抗体重量超过95%,在一些实施方案中重量超过99%, (2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度，或(3)根据还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE及使用例如考马斯蓝或银染色，达到同质。既然抗体天然环境的至少一种成分不会存在，那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，分离的抗体通常将通过至少一个纯化步骤来制备。[0269]“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重⑶链构成的约150，000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间有变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫键。每条重链在一端具有一个可变域(Vh)，接着是多个恒定域。每条轻链在一端具有一个可变域(')，而另一端是一个恒定域。轻链的恒定域与重链的第一恒定域排列在一起，而轻链的可变域与重链的可变域排列在一起。认为特定的氨基酸残基在轻链和重链可变域之间形成界面。
[0270]抗体“可变区”或“可变域”指抗体重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变域可称作“VH”。轻链的可变域可称作“VL”。这些域一般是抗体中最易变的部分，而且含有抗原结合位点。
[0271]术语“可变的”指可变域中的某些部分在抗体序列间差异广泛且用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性的实情。然而，变异性并非均匀分布于抗体的整个可变域。它集中于轻链和重链可变域中称作高变区(HVR)的三个区段。可变域中更加高度保守的部分称作框架区(FR)。天然重链和轻链的可变域各自包含四个FR，它们大多采取β-折叠片构象，通过形成环状连接且在有些情况中形成β_折叠片结构一部分的三个HVR连接。每条链中的HVR通过FR非常接近的保持在一起，并与另一条链的HVR —起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5 版，National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)。恒定域不直接参与抗体与抗原的结合，但展现出多种效应物功能，诸如抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)中抗体的参与。
[0272]根据其恒定域氨基酸序列，来自任何脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可归入两种截然不同类型中的一种，称作卡帕(K)和拉姆达(λ)。
[0273]根据其重链恒定域的氨基酸序列，抗体(免疫球蛋白)可归入不同的类。免疫球蛋白有五大类:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可进一步分为亚类(同种型)，例如IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和 IgA2。将与不同类的免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、Υ和μ。不同类别免疫球蛋白的亚基结构和三维构造是众所周知的，一般性描述于例如 Abbas 等，Cellular and Mol.1mmunology,第 4 版(W.B.Saunders, C0., 2000)。抗体可以是抗体与一种或多种其它蛋白质或肽共价或非共价关联而形成的更大融合分子的一部分。
[0274]术语“全长抗体”和“完整抗体”在本文中可互换使用，指基本上完整形式的抗体而非如下文所定义的抗体片段。该术语具体指重链包含Fe区的抗体。
[0275]“裸抗体(裸露的抗体)”为本发明目的指未偶联细胞毒性模块或放射性标记物的抗体。
[0276]“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab' )2和Fv片段；双抗体(diabody);线性抗体；单链抗体分子；及由抗体片段形成的多特异性抗体。
[0277]用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，各自具有一个抗原结合位点，及一个剩余的“Fe”片段，其名称反映了它易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F (ab' )2片段，它具有两个抗原结合位点且仍能够交联抗原。[0278]“Fv”是包含完整抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由紧密、非共价结合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变域和一个轻链可变域可以通过柔性肽接头共价相连接，使得轻链和重链在与双链Fv种类类似的“ 二聚体”结构中相结合。正是在这种构造中，每个可变域的三个HVR相互作用而在Vh-' 二聚体表面上限定了一个抗原结合位点。六个HVR —起赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域(或是只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力，只是亲和力小于完整结合位点。
[0279]Fab片段包含重链可变域和轻链可变域，而且还包含轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CHI)。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于重链CHl结构域的羧基末端增加了少数残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab' -SH是本文中对其中恒定域半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab'的称谓。F(ab' ) 2抗体片段最初是作为在成对Fab'片段之间有铰链半胱氨酸的成对Fab'片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联形式。
[0280]“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的Vh和\结构域，其中这些结构域存在于一条多肽链上。一般而言，scFv多肽在Vh与'结构域之间进一步包含多肽接头，其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Pliickthun,于《The Pharmacology of Monoclonal Antibodies》，第 113 卷，Rosenburg 和 Moore 编，Springer-Verlag, New York, 1994,第269-315页。本文中的scFv片段明确包括“小分子免疫药物”(SMIP)，诸如指派给 Trubion 的 US2005/0180970A1 和 US2005/0186216A1 中所披露的。
[0281]术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的小型抗体片段，该片段在同一条多肽链(Vh-VJ中包含相连的重链可变域(Vh)和轻链可变域(')。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对，从而产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的记载于例如EP404，097;W01993/01161;Hudson 等,Nat.Med.9:129-134 (2003);及 Hollinger 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:64`44-6448 (1993)。三抗体(Triabody)和四抗体(tetrabody)也记载于 Hudson 等，Nat.Med.9:129-134 (2003)。
[0282]术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变，例如天然存在的突变。如此，修饰语“单克隆”表明抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体典型的包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程得到的。例如，选择过程可以是从众多克隆诸如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特克隆。应当理解，所选择的靶物结合序列可进一步改变，例如为了提高对靶物的亲和力、将靶物结合序列人源化、提高其在细胞培养物中的产量、降低其在体内的免疫原性、创建多特异性抗体等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与典型的包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性外，单克隆抗体制备物的优势在于它们通常未受到其它免疫球蛋白的污染。
[0283]修饰语“单克隆”表明抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生产抗体。例如，将依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤法(例如Kohler和Milstein, Nature, 256:495-97(1975);Hongo 等,Hybridoma, 14(3):253-260(1995), Harlow 等,Antibodies:A LaboratoryManual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press,第 2 版 1988) ;Hammerling 等,于:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563-681(Elsevier, N.Y., 1981)) >重组DNA法(参见例如美国专利N0.4，816，567)、噬菌体展示技术(参见例如Clackson等，Nature 352:624-628(1991);Marks 等，J.Mol.Biol.222:581-597(1992);Sidhu等,J.Mol.Biol.338 (2): 299-310 (2004) ; Lee 等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004);Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA 101 (34):12467-12472 (2004);Lee 等，J.1mmunol.Methods284 (1-2):119-132 (2004))、及用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:2551 (1993);Jakobovits 等,Nature 362:255-258(1993);Bruggemann等，Year in Immun0.7:33(1993);美国专利 N0.5，545，807; 5，545，806; 5，569，825; 5，625，126; 5，633，425;和 5，661，016; Marks 等，Bio/Technology 10:779-783 (1992) ; Lonberg等，Nature368:856-859 (1994);Morrison, Nature 368:812-813(1994);FishwiId等，Nature Biotechnol.14:845-851(1996);Neuberger, Nature Biotechnol.14:826 (1996);Lonberg和Huszar, Intern.Rev.Tmmunol.13:65-93(1995))。
[0284]单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定·抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(参见例如美国专利N0.4，816，567;Morrison 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA81:6851-6855 (1984))。嵌合抗体包括“灵长类化”抗体，其中抗体的抗原结合区衍生自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体。
[0285]非人(例如鼠)抗体的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗体。在一个实施方案中，人源化抗体指人免疫球蛋白(受体抗体)中的HVR残基用具有期望特异性、亲和力和/或能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物的HVR残基替换的免疫球蛋白。在有些情况中，将人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。此外，人源化抗体可包含在受体抗体或供体抗体中没有找到的残基。可以进行这些修饰以进一步改进抗体的性能。一般而言，人源化抗体将包含至少一个、通常两个基本上整个如下可变域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还将包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fe)，通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见例如Jones等，Nature321:522-525 (1986);Riechmann 等,Nature 332:323-329 (1988);和 Presta, Curr.0p.Struct.Biol.2:593-596 (1992)。还可参见例如 Vaswani 和 Hamilton, Ann.AIlergy，Asthma&Immunol.1:105-115 (1998) ;Harris, Biochem.Soc.Transactions23:1035-1038 (1995) ; Hurle 和 Gross, Curr.0p.Biotech.5:428-433 (1994);及美国专利N0.6，982，321 和 7，087，409。[0286]人源化HER2 抗体包括 huMAb4D5-l、huMAb4D5-2、huMAb4D5-3、huMAb4D5-4、
huMAb4D5-5、huMAb4D5-6、huMAb4D5-7 和 huMAb4D5-8 或 trastuzumab (HERCEPTIN?),
如美国专利第5，821，337号表3中所记载的，明确收入本文作为参考；人源化520C9(W093/21319);及人源化2C4抗体,诸如pertuzamab,如本文所述。
[0287]为了本发明的目的，“ trastuzumab ”、"HERCEPTIN?"和 “huMAb4D5-8 ” 指包含
分别在SEQ ID N0.15和16中示出的轻链和重链氨基酸序列的抗体。
[0288]在本文中，“Pertuzumab”和“0MNITARG?”指包含分别在SEQ ID N0.13和14中示出的轻链和重链氨基酸序列的抗体。
[0289]trastuzumab与Pertuzumab之间的功能差异不于图6。
[0290]“人抗体”指拥有与由人生成的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列和/或使用本文所公开的用于生成人抗体的任何技术生成的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。人抗体可使用本领域已知的多种技术来生成，包括曬菌体展不文库(Hoogenboom 和 Winter, J.Mol.Biol.227:381 (1991) ;Marks 等,J.Mol.Biol.222:581 (1991))。还可用于制备人单克隆抗体的是以下文献中记载的方法=Cole等,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R.Liss, p.77 (1985);Boerner等，J.1mmunol.147 (I): 86-95 (1991)。还可参见 van Dijk 和 van de ffinkel, Curr.0pin.Pharmacol., 5:368-74(2001)。可通过给已经修饰以应答抗原性刺激而生成人抗体但其内源基因组已经失能的转基因动物例如经过免疫的异种小鼠(xenomice)施用抗原来制备人抗体(参见例如6，075，181和6，150，584，关于XEN0M0USE?技术)。还可参见例如Li等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 103:3557-3562 (2006)，关于经人 B-细胞杂交瘤技术生成的人抗体。
[0291]“框架”或“FR”残基指可变域中那些除此处定义的HVR残基以外的残基。
[0292]术语“依照Kabat的可变域残基编号方式”或“依照Kabat的氨基酸位置编号方式”及其变化形式指Kabat等，见上文中的用于抗体重链可变域或轻链可变域编辑的编号系统。使用此编号系统，实际的线性氨基酸序列可包含较少或另外的氨基酸，对应于可变域FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变域可包含H2残基52后的单一氨基酸插入(依照Kabat为残基52a)及重链FR残基82后的插入残基(例如依照Kabat为残基82a、82b和82c等)。给定抗体的Kabat残基编号方式可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列对比同源区来确定。
[0293]贯穿本说明书和权利要求书，Kabat编号系统一般在提及可变域中的残基(大约是轻链残基1-107和重链残基1-113)时使用(例如Kabat等，Sequences ofImmunological Interest.5th Ed.Public Health Service, National Institutes ofHealth，Bethesda，Md.(1991))。
[0294]“EU编号系统”或“EU索引” 一般在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed.PublicHealth Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD(1991)中报道的 EU 索弓丨，明确收入本文作为参考)。除非本文中另有说明，提及抗体可变域中的残基编号指根据Kabat编号系统的残基编号方式。除非本文中另有说明，提及抗体恒定域中的残基编号指根据EU编号系统的残基编号方式(例如参见美国临时申请N0.60/640，323，EU编号方式的图)。
[0295]“亲和力成熟的”抗体指在抗体的一个或多个HVR中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有这些改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。在一个实施方案，亲和力成熟的抗体具有纳摩尔或甚至皮摩尔量级的对靶抗原的亲和力。亲和力成熟的抗体可使用本领域已知的某些规程来生成。例如Marks等，Bio/Technology 10:779-783 (1992)记载了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。以下文献记载了 HVR和/或框架残基的随机诱变:例如 Barbas 等,Proc.Nat.Acad.Sc1.USA91:3809-3813 (1994) ; Schier等，Genel69:147-155 (1995) ; Yelton 等，J.1mmunol.155:1994-2004 (1995) ; Jackson 等，J.1mmunol.154(7):3310-9(1995);Hawkins 等，J.Mol.Biol.226:889-896(1992)。
[0296]抗体“效应器功能”指那些可归于抗体Fe区(天然序列Fe区或氨基酸序列变体Fe区)且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括:Clq结合和补体依赖性细胞毒性(CDC) ;Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC);吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
[0297]术语“Fe区”在本文中用于定义免疫球蛋白重链的C末端区，包括天然序列Fe区和变体Fe区。虽然免疫球蛋白重链Fe区的边界可能变化，但是人IgG重链Fe区通常定义为从其Cys226或Pro230位置的氨基酸残基至C末端的区段。Fe区的C末端赖氨酸(残基447，根据EU编号系统)可以消除，例如在生产或纯化抗体的过程中，或者通过对编码抗体重链的核酸进行重组工程。因此，完整抗体组合物可包括消除了所有K447残基的抗体群体、没有消除K447残基的抗体群体、或者混合了有和没有K447残基的抗体的抗体群体。
[0298]除非另有说明，本文中免疫球蛋白重链中残基的编号是如Kabat等，见上文中的EU索引的编号。“如Kabat中的EU索引”指人IgGlEU抗体的残基编号。
[0299]“功能性Fe区”拥有天然序列Fe区的“效应器功能”。例示性的“效应器功能”包括Clq结合、⑶C、Fc受体结合、AD`CC、吞噬作用、细胞表面受体(例如B细胞受体；BCR)下调等。此类效应器功能通常要求Fe区与结合域(例如抗体可变域)联合，而且可使用多种已公开的(例如在本文中的定义中)测定法来评估。
[0300]“天然序列Fe区”包含与自然界中找到的Fe区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人Fe区包括天然序列人IgGlFc区(非A和A同种异型)、天然序列人IgG2Fc区、天然序列人IgG3Fc区、及天然序列人IgG4Fc区,及其天然存在变体。
[0301]“变异Fe区”包含由于至少一处氨基酸修饰，优选一处或多处氨基酸替代而与天然序列Fe区有所不同的氨基酸序列。优选的是，变异Fe区具有与天然序列Fe区相比或与亲本多肽的Fe区相比至少一处氨基酸替代，例如在天然序列Fe区中或在亲本多肽的Fe区中具有约I处至约10处氨基酸替代，优选约I处至约5处氨基酸替代。变异Fe区在本文中将优选与天然序列Fe区和/或亲本多肽的Fe区拥有至少约80%的同源性，更优选至少约90%的同源性,最优选至少约95%的同源性。
[0302]“Fe受体”和“FcR”描述结合抗体Fe区的受体。在一些实施方案中，FcR是天然人FcR。在一些实施方案中，FcR是结合IgG抗体的FcR ( Y受体)，包括FcyR1、FcyRII和FcyRIII亚类的受体，包括那些受体的等位变体和可变剪接形式。FcyRII受体包括Fe Y RIIA (“活化受体”)和Fe Y RIIB (“抑制受体”)，它们具有相似的氨基酸序列，区别主要在其胞质结构域中。活化受体Fe Y RIIA在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制受体Fe Y RIIB在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的抑制基序(ITIM)(参见例如DaSron，Annu.Rev.1mmunol.15:203-234(1997))。FcR 的综述参见例如 Ravetch 和 Kinet, Annu.Rev.1mmunol.9:457-492 (1991) ; Capel等,Immunomethods4:25-34 (1994) ; de Haas 等,J.Lab.Clin.Med.126:330-41 (1995)。术语“FcR”在本文中涵盖其它FcR，包括那些未来将会鉴定的。
[0303]术语“Fe受体”或“FcR”还包括新生儿受体，FcRn，它负责将母体IgG转移给胎儿(Guyer 等,J.1mmunol.117:587 (1976)和 Kim 等,J.1mmunol.24:249 (1994))和调节免疫球蛋白的动态平衡。测量对FcRn的结合的方法是已知的(参见例如Ghetie和Ward, ImmunolTodayl8 (12):592-598(1997);Ghetie 等，Nature Biotechnology, 15(7):637-640(1997);Hinton 等，J.Biol.Chem 279 (8):6213-6216(2004);及 W02004/92219(Hinton 等))。
[0304]可测定人FcRn高亲和力结合多肽与人FcRn的体内结合和血清半衰期，例如在表达人FcRn的转基因小鼠或经转染的人细胞系中，或者在施用了具有变异Fe区的多肽的灵长类动物中。W02000/42072 (Presta)记载了对FcR的结合得到改良或消除的抗体变体。还可参见例如 Shields 等 J.Biol.Chem.9 (2):6591-6604(2001)。
·[0305]“人效应细胞”指表达一种或多种FcR并行使效应器功能的白细胞。在某些实施方案中，该细胞至少表达Fe YRIII并行使ADCC效应器功能。介导ADCC的人白细胞的例子包括外周血单个核细胞(PBMC)、天然杀伤(NK)细胞、单核细胞、细胞毒性T细胞和嗜中性粒细胞。效应细胞可以从其天然来源分离，例如血液。
[0306]“抗体依赖性细胞介导的细胞毒性”或“ADCC”指其中结合到某些细胞毒性细胞(例如NK细胞、嗜中性细胞和巨噬细胞)上存在的Fe受体(FcR)上的分泌型Ig使得这些细胞毒性效应细胞能够特异性结合携带抗原的靶细胞，随后用细胞毒素杀死靶细胞的细胞毒性形式。介导ADCC的主要细胞即NK细胞只表达Fe Y RIII，而单核细胞表达Fe y R1、Fc y RII
Fe Y RII1 Ravetch 和 Kinet, Annu.Rev.1mmunol.9:457-92 (1991)第 464 页表 3 总结了造血细胞上的FcR表达。为了评估感兴趣分子的ADCC活性，可进行体外ADCC测定法，诸如美国专利N0.5，500，362或5，821，337或美国专利N0.6，737，056 (Presta)中所记载的。可用于此类测定法的效应细胞包括PBMC和NK细胞。或者/另外，可在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如Clynes等，PNAS (USA) 95:652-656 (1998)中所披露的。
[0307]“补体依赖性细胞毒性”或“CDC”指存在补体时对靶细胞的溶解。经典补体途径的激活是由补体系统第一组分(Clq)结合抗体(适宜亚类的)起始的，该抗体已结合至其关联抗原。为了评估补体激活，可进行⑶C测定法,例如如Gazzano-Santoro等，J.1mmunol.Methods202:163 (1996)中所记载的。具有更改的Fe区氨基酸序列(具有变异Fe区的多肽)及提高或降低的Clq结合能力的多肽变体记载于例如美国专利N0.6，194，551B1和WO1999/51642。还可参见例如 Idusogie 等，J.1mmunol.164:4178-4184(2000)。
[0308]“含Fe区抗体”指包含Fe区的抗体。Fe区的C-末端赖氨酸(依照EU编号系统的残基447)可以消除，例如在纯化抗体的过程中或者通过重组改造编码抗体的核酸。因此，依照本发明包含具有Fe区的抗体的组合物可包含具有K447的多肽、消除了所有K447的多肽、或具有与没有K447残基的抗体的混合物。[0309]术语“主要种类抗体”在本文中指组合物中作为数量上主要抗体分子的抗体结构。在一个实施方案中，主要种类抗体是HER2抗体，诸如结合HER2的结构域II的抗体、比Trastuzumab更有效的抑制HER 二聚化的抗体、和/或结合HER2的异二聚体结合位点的抗体。本文中主要种类抗体的优选实施方案是包含SEQ ID N0.3和4中的轻链和重链可变区氨基酸序列，最优选包含SEQID N0.13和14中的轻链和重链氨基酸序列的抗体(Pertuzumab)。
[0310]“氨基酸序列变体”抗体在本文中指具有与主要种类抗体不同的氨基酸序列的抗体。通常，氨基酸序列变体将与主要种类抗体具有至少约70%的同源性，而且优选的是，它们将是与主要种类抗体至少约80%，更优选至少约90%同源。氨基酸序列变体在主要种类抗体氨基酸序列内部或邻近的某些位置具有替代、删除和/或添加。本文中氨基酸序列变体的例子包括酸性变体(例如脱酰胺抗体变体)、碱性变体、在其一条或两条轻链上具有氨基末端前导延伸(例如VHS-)的抗体、在其一条或两条重链上具有C-末端赖氨酸残基的抗体、等，且包括重链和/或轻链氨基酸序列变异的组合。本文中特别感兴趣的抗体变体是在其一条或两条轻链上包含氨基末端前导延伸的抗体，任选相对于主要种类抗体还包含其它氨基酸序列和/或糖基化差异。
[0311]“糖基化变体”抗体在本文中指附着有一种或多种碳水化合物模块且所述碳水化合物与附着于主要种类抗体的一种或多种碳水化合物模块不同的抗体。本文中糖基化变体的例子包括其Fe区附着有Gl或G2寡糖结构代替GO寡糖结构的抗体、其一条或两条轻链附着有一种或两种碳水化合物模块的抗体、其一条或两条重链没有附着碳水化合物模块的抗体、等，及糖基化改变的组合。
[0312]若抗体具有Fe区，则抗体的一条或两条重链，例如残基299处(298，Eu残基编号)可附着有寡糖结构。对于Pertuzumab,GO是主要的寡糖结构,而在Pertuzumab组合物中找到的其它寡糖结构诸如GO-F、G-1、Man5、Man6、Gl-1、Gl (1-6)、Gl (1-3)和G2的量较少。
[0313]除非另有说明，“61寡糖结构”在本文中包括61、61-1、61(1_6)和Gl (1-3)结构。
[0314]“氨基末端前导延伸”在本文中指在抗体的任何一条或多条重链或轻链的氨基末端存在的氨基末端前导序列的一个或多个氨基酸残基。例示性的氨基末端前导延伸包含三个氨基酸残基，VHS或由其组成，它们存在于抗体变体的一条或所有两条轻链上。
[0315]“脱酰胺”抗体指其中一个或多个天冬酰胺残基衍生成例如天冬氨酸、琥珀酰亚胺或异天冬氨酸的抗体。
[0316]术语“癌症”和“癌性”指向或描述哺乳动物中特征通常为细胞生长不受调控的生理疾患。本文中的“癌症类型”指癌症的一个特定类别或适应症。此类癌症类型的例子包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑素瘤、和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)、肺癌包括小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺的腺癌和肺的鳞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌(gastric or stomachcancer)包括胃肠癌、胰腺癌、成胶质细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌(liver cancer, hepaticcarcinoma)、膀胱癌、肝瘤( hepatoma)、乳腺癌(包括转移性乳腺癌)、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidney or renal cancer)、前列腺癌、夕卜阴癌、甲状腺癌、肛门癌、阴茎癌、睾丸癌、食道癌、胆管肿瘤、及头和颈癌，以及任何此类癌症的亚类，包括但不限于其化疗抗性的、钼抗性的、晚期的、顽固性的、和/或复发性的类型。
[0317]“能够响应HER抑制剂的癌症类型”指依照熟练肿瘤学家知道的治疗任何有效性标准，包括本文中详述的那些，特别是在存活方面，包括无进展存活(PFS)和/或总体存活
(OS)，在用HER抑制剂(诸如HER2抗体或小分子抑制剂)治疗时在患者中显示出治疗有效益处的癌症类型。优选地，此类癌症选自卵巢癌、腹膜癌、输卵管癌、转移性乳腺癌(MBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和结肠直肠癌。最优选地，所述癌症是卵巢癌、腹膜癌、或输卵管癌，包括此类癌症的钼抗性形式，以及晚期的、顽固性的或复发性的卵巢癌。
[0318]“能够响应HER 二聚化抑制剂的癌症类型”指依照熟练肿瘤学家知道的治疗任何有效性标准，包括本文中详述的那些，特别是在存活方面，包括无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)，在用HER 二聚化抑制剂(诸如Pertuzumab)治疗时在患者中显示出治疗有效益处的癌症类型。优选地，此类癌症选自卵巢癌、腹膜癌、输卵管癌、转移性乳腺癌(MBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、和结肠直肠癌。最优选地，所述癌症是卵巢癌、腹膜癌、或输卵管癌，包括此类癌症的钼抗性形式，以及晚期的、顽固性的或复发性的卵巢癌。
[0319]“有效响应”和类似用语指比来自不以期望水平表达HER3的患者的响应显著高于对HER 二聚化抑制剂、HER抑制剂或化疗剂的响应。
[0320]“晚期”(advanced)癌症指通过局部侵入或转移而扩散到最初的部位或器官之外
的癌症。
[0321]“顽固性”或“不应性”(refractory)癌症指即使对患者施用抗肿瘤剂，诸如化疗齐U，仍然发生进展的癌症。顽固性癌症的一个例子是钼抗性癌症。
[0322]“复发性”(recurrent)癌症指在对初始治疗的响应之后，在初始部位或远端部位再次生长的癌症。
[0323]在本文中，“患者”指人患者。所述患者可以是“癌症患者”，即患有或有风险患上癌症的一种或多种症状的患者。
[0324]“肿瘤样品”在本文中指衍生自患者肿瘤或包含来自患者肿瘤的肿瘤细胞的样品。肿瘤样品的例子在本文中包括但不限于肿瘤活检、循环中的肿瘤细胞、循环中的血浆蛋白质、腹水、衍生自肿瘤或展现出肿瘤样特性的原代细胞培养物或细胞系，以及保存的肿瘤样品，诸如福尔马林固定的、石蜡包埋的肿瘤样品或冷冻的肿瘤样品。
[0325]“固定的”肿瘤样品指已经使用固定剂以组织学方法保存的肿瘤样品。
[0326]“福尔马林固定的”肿瘤样品指已经使用甲醛作为固定剂保存的肿瘤样品。
[0327]“包埋的”肿瘤样品指用坚固的且通常是硬的介质诸如石蜡、蜡、火棉或树脂包围的肿瘤样品。包埋使得有可能切出薄片供显微镜检查或生成组织微阵列(TMA)。
[0328]“石蜡包埋的”肿瘤样品指用衍生自石油的固体碳氢化合物的纯化混合物包围的肿瘤样品。`
[0329]在本文中，“冷冻的”肿瘤样品指冷冻的或冷冻过的肿瘤样品。
[0330]“展示出HER表达、扩增或活化”的癌或生物学样品指在诊断测试中表达(包括过表达)HER受体，具有扩增的HER基因，和/或以其它方式展现出HER受体活化或磷酸化的癌或生物学样品。
[0331]“HER受体过表达或扩增”的癌细胞指与同一组织类型的非癌细胞相比，具有显著更高水平的HER受体蛋白质或基因的癌细胞。此类过表达可以是由基因扩增或者转录或翻译增加引起的。可在诊断或预后测定法中通过评估细胞表面上存在的HER蛋白质水平的升高(例如通过免疫组化测定法；IHC)来测定HER受体的过表达或扩增。或者/另外，可测量细胞中编码HER的核酸的水平，例如通过荧光原位杂交(FISH;参见1998年10月公布的W098/45479)、Southern印迹或聚合酶链式反应(PCR)技术，诸如定量实时PCR(qRT-PCR)。还可通过测量生物学流体诸如血清中的脱落抗原(例如HER胞外结构域)来研究HER受体过表达或扩增(参见例如1990年6月12日公告的美国专利第4，933，294号；1991年4月18日公布的WO 91/05264; 1995年3月28日公告的美国专利第5，401，638号;Sias等，J.1mmunol.Methods 132:73-80 (1990))。在上述测定法之外，熟练从业人员还可利用多种体内测定法。例如，可将患者体内细胞暴露于任选用可检测标记物例如放射性同位素标记的抗体，并且可评估该抗体与患者体内细胞的结合，例如通过外部扫描放射性或通过分析取自事先已暴露于所述抗体的患者的活检样品进行检测。
[0332]相反，“HER受体不过表达或扩增”的癌症指与同一组织类型的非癌细胞相比，没有高于正常水平的HER受体蛋白质或基因的癌症。抑制HER 二聚化的抗体，诸如Pertuzumab，可用于治疗不过表达或扩增HER2受体的癌症。
[0333]在本文中，“抗肿瘤剂”指用于治疗癌症的药物。本文中的抗肿瘤剂的非限制性例子包括化疗剂、HER抑制剂、HER 二聚化抑制剂、HER抗体、针对肿瘤相关抗原的抗体、抗激素化合物、细胞因子、EGFR靶向药物、抗血管发生剂、酪氨酸激酶抑制剂、生长抑制剂和生长抑制性抗体、细胞毒剂、诱发凋亡的抗体、COX抑制剂、法尼基转移酶抑制剂、结合癌胚蛋白CA125的抗体、HER2疫苗、Raf或ras抑制剂、多柔比星脂质体、托泊替康、紫杉烷(taxane)、双重酪氨酸激酶抑制剂、TLK286、EMD-7200、Pertuzumab、trastuzumab、erlotinib、和bevacizumab。
[0334]“已批准的抗肿瘤剂”指已经得到管理机构诸如食品和药品管理局(Food and DrugAdministration, FDA)或其相当的外国机构的上市批准,用于治疗癌症的药物。
[0335]若HER抑制剂或HE R 二聚化抑制剂作为“单一抗肿瘤剂”施用，则它是唯一施用来治疗癌症的抗肿瘤剂，即它不与另一抗肿瘤剂诸如化疗联合施用。
[0336]“标准治疗”(standard of care)在本文中意指常规用来治疗特定形式的癌症的一种或多种抗肿瘤剂。例如，对于钼抗性卵巢癌，标准治疗是托泊替康或多柔比星脂质体。
[0337]“生长抑制剂”在用于本文时指在体外或在体内抑制细胞，尤其是表达HER的癌细胞生长的化合物或组合物。如此，生长抑制剂可以是显著降低处于S期的表达HER的细胞百分比的药剂。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂，诸如诱导Gl停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药类(vincas)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine))、紫杉烧类(taxanes)、和拓扑异构酶II抑制剂诸如多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、柔红霉素(daunorubicin)、依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞Gl的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烧化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen)、泼尼松(prednisone)、达卡巴嗪(dacarbazine)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、顺钼(cisplatin)、甲氨喋呤(methotrexate)、5-氟尿卩密唳(5-fIuorouracil)和 ara_C。更多信息可参见 The Molecular Basis ofCancer, Mendelsohn 和 Israel 编，章 1，题为 “Cell cycle regulation, oncogenes, andantineoplastic drugs，，，Murakami 等，WB Saunders, Philadelphia, 1995,尤其是第 13 页。
[0338]“生长抑制性”抗体的例子是那些结合HER2并抑制过表达HER2的癌细胞生长的抗体。优选的生长抑制性HER2抗体在约0.5-30 μ g/ml的抗体浓度对细胞培养物中SK-BR-3乳腺肿瘤细胞的生长抑制超过20%，优选超过50% (例如约50%至约100%)，其中生长抑制是在SK-BR-3细胞暴露于抗体后6天测定的(参见1997年10月14日公告的美国专利第5，677，171号)。该专利及下文中更详细的描述了 SK-BR-3细胞生长抑制测定法。优选的生长抑制性抗体是鼠单克隆抗体4D5的人源化变体,例如trastuzumab。
[0339]“诱导凋亡”的抗体指根据膜联蛋白V结合、DNA断裂、细胞收缩、内质网膨胀、细胞破裂、和/或膜囊(称作凋亡小体)形成的测定，诱导程序性细胞死亡的抗体。所述细胞通常是过表达HER2受体的细胞。优选的是，所述细胞是肿瘤细胞，例如乳房、卵巢、胃、子宫内膜、唾液腺、肺、肾、结肠、甲状腺、胰或膀胱肿瘤细胞。在体外，所述细胞可以是SK-BR-3、BT474、Calu3细胞、MDA-MB_453、MDA-MB_361或SK0V3细胞。有多种方法可用于评估与凋亡有关的细胞事件。例如，可通过膜联蛋白结合来测量磷脂酰丝氨酸(PS)易位；可通过DNA梯化(laddering)来评估DNA断裂；及可通过亚二倍体细胞的任何增加来评估伴随着DNA断裂的核/染色质浓缩。优选的是，诱导凋亡的抗体是在使用BT474细胞的膜联蛋白结合测定法(见下文)中导致对膜联蛋白的结合相对于未处理细胞诱导约2至50倍，优选约5至50倍，最优选约10至50倍的抗体。诱导凋亡的HER2抗体的例子有7C2和7F3。
·[0340]“表位2C4”指HER2的胞外结构域中抗体2C4所结合的区域。为了筛选结合2C4表位的抗体，可进行常规的交叉阻断测定法，诸如Antibodies, A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Ed Harlow 和 David Lane, 1988 中所记载的。优选的是，所述抗体将2C4对HER2的结合阻断约50%或更多。或者，可进行表位作图以评估抗体是否结合HER2的2C4表位。表位2C4包含来自HER2胞外结构域中结构域II的残基。2C4和Pertuzumab在结构域1、II和III的连接处结合HER2的胞外结构域。Franklin等，CancerCell5:317-328(2004)。
[0341]“表位 4D5”指 HER2 的胞外结构域中抗体 4D5 (ATCC CRL10463)和 trastuzumab 所结合的区域。此表位接近HER2的跨膜结构域，且在HER2的结构域IV内。为了筛选结合4D5表位的抗体，可进行常规的交叉阻断测定法，诸如Antibodies, A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Ed Harlow 和 David Lane, 1988 中所记载的。或者，可进行表位作图以评估抗体是否结合HER2的4D5表位(例如HER2ECD的大约第529位残基至大约第625位残基区域(含两端点)内的任何一个或多个残基，残基编号包括信号肽)。
[0342]“表位7C2/7F3”指HER2的胞外结构域的结构域I内N末端处7C2和/或7F3抗体(各自保藏于ATCC，见下文)所结合的区域。为了筛选结合7C2/7F3表位的抗体，可进行常规的交叉阻断测定法，诸如 Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring HarborLaboratory, Ed Harlow和David Lane, 1988中所记载的。或者,可进行表位作图以确定抗体是否结合HER2上的7C2/7F3表位(例如HER2E⑶的大约第22位残基至大约第53位残基区域内的任何一个或多个残基，残基编号包括信号肽)。
[0343]“处理”和“治疗”(treatment)指治疗性处置和预防性或防范性措施二者。需要治疗的受试者包括那些早就患有癌症的以及那些要预防癌症的。因此，本文中待治疗的患者可能已经诊断为患有癌症或者可能有患上癌症的倾向性或易感性。[0344]术语“治疗有效量”或“有效量”指在患者中有效治疗癌症的药物量。有效量的药物可减少癌细胞的数目；缩小肿瘤的尺寸；抑制(即一定程度的减缓和优选阻止)癌细胞浸润到周围器官中；抑制(即一定程度的减缓和优选阻止)肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻一种或多种与癌症有关的症状。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度，它可以是抑制细胞的和/或毒害细胞的(细胞毒性的)。有效量可延长无进展存活(例如根据实体瘤的响应评估标准(Response Evaluation Criteria forSolid Tumors, RECIST)或CA-125变化的测量)，导致客观响应(包括部分响应，PR或完全响应，CR)，改善存活(包括总体存活和无进展存活)，和/或改善癌症的一种或多种症状(例如根据FOSI的评估)。最优选地，所述药物的治疗有效量有效改善无进展存活(PFS)和/或总体存活(OS)。
[0345]“存活”(survival)指患者保持存活,包括总体存活(overall survival)和无进展存活(progress free survival)。
[0346]“总体存活”指保持一定时期诸如I年、5年等存活的患者，自诊断或治疗时起计
笪
ο
[0347]“无进展存活”指保持存活且癌症没有进展或恶化的患者。
[0348]“延长存活”意味·着使接受治疗的患者的总体存活或无进展存活相对于未接受治疗的患者(即相对于未用HER抑制剂、HER 二聚化抑制剂诸如Pertuzumab治疗的患者)或者不以期望水平表达HER3或HER2:HER3的患者，和/或相对于用已获批准的抗肿瘤剂(诸如托泊替康或多柔比星脂质体，在癌症是卵巢癌时)治疗的患者有延长。
[0349]“客观响应”(objective response)指可测量的响应,包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。
[0350]“完全响应"(complete response)或“CR”指癌症的所有体征响应治疗而消失。这并不总是意味着癌症已经治愈。
[0351]“部分响应”(partial response)或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或体内癌症的程度响应治疗而减小。
[0352]术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或阻止细胞的功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211、Im、I125、Y9°、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)、化疗剂、和毒素诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体。
[0353]“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烧化剂类(alkylating agents),诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺
(cyclophosphamide) (CYTOXAN?)；横酸烧基酯类(alkyl sulfonates)，诸
如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙唳类(aziridines),诸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredepa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines),包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemeIamine)、三乙撑憐酸胺(triethylenephosphoramide)、三乙撑硫代憐酸胺(triethylenethiophosphoramide)和三轻甲蜜胺(trimethylolomelamine);番蒸枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone));δ_9_ 四氢大麻酌.(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酌.(dronabinol)，MARINOL?);β -拉帕醌(Iapachone)；拉帕醇(Iapachol);秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinic acid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan) (HYCAMTIN?)、CPT-1l (伊立替康(irinotecan)，CAMPTOSAR?)、乙酰喜树碱、东莨菪亭(scopoletin)和9_氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin ;CC_1065 (包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin);鬼臼酸(podophyllinicacid);替尼泊苷(teniposide);隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素I和隐藻素8);多拉司他汀(dolastatin) ；duocarmycin (包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1);艾植塞洛素(eleutherobin) ;pancratistatin ;sarcodictyin ;海绵抑素(spongistatin);氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾酉享(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲憐胺(trofosfamide)、尿啼唳氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(1mustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine);抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素Y II和加利车霉素ω Il (参见例如Nicolaou等，Angew.Chem.1ntl.Ed.Engl.33:183-186(1994)) ;CDP323，一种口服 α -4 整联蛋白抑制剂；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A ;埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(anthramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素 C (cactinomycin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、方文线菌素 D (dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6_ 二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多 柔比星(doxorubicin)(包括ADRIAMY CTN?、吗啉代多柔比星、氰基吗啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、盐酸多柔比星脂质体注射剂(D0XIL?)、脂质体多柔比星TLC D-99 (MYOCET?), peg化脂质体多柔比星
(CAEIΛ Χ__.κ O和脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素 C、霉酷酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potf iromycin)、票呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤(methotrexate)、吉
西他滨(gemcitabine) (GEMZAR?)、替加氟(tegafur) (UFTORAL?),卡培他滨(capecitabine) (XELODA?)、埃坡霉素(epothilone)和 5-氟尿卩密I淀(5-FU);叶酸类
似物类，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤(methotrexate)、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate) ; 票呤类似物类，诸如氟达拉滨(f Iudarabine)、6_巯基_呤(mercaptopurine)、硫咪票呤(thiamiprine)、硫鸟票呤(thioguanine);啼卩定类似物类，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6_氮尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifIuridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(f1xuridine);抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid);醋葡醒内酯(aceglatone);醒磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside);氨基乙酉先丙酸(aminolevulinic acid);恩尿啼唳(eniluracil);安口丫P定(amsacrine) ；bestrabucil ;比生群(bisantrene);依达曲沙(edatraxate);地憐酉先胺(defosfamide);地美可辛(demecolcine);地口丫酉昆(diaziquone) ;elfornithine ;依利醋铵(elliptinium acetate);依托格鲁(etoglucid);硝酸镓；轻脲(hydroxyurea)；香燕多糖(Ientinan);氯尼达明(1nidamine);美登木素生物碱类(maytansinoids)诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin);米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌达醇(mopidamol) ； 二胺硝口丫 P定(nitracrine)；喷司他丁 (pentostatin);蛋氨氮芥(phenamet)；卩比柔比星(pirarubicin);洛索蒽醌(1soxantrone) ；2- 乙基酸餅(ethylhydrazide);丙卡巴餅(procarbazine) ； PSK?，多糖复合物(JHS Natural Products, Eugene, OR);雷佐生(razoxane);根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran);螺旋错(spirogermanium);细交链抱菌酮酸(tenuazonic acid);三亚胺醌(triaziquone) ；2, 2 '，2"-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、抚孢菌素(verrucarin) A、杆孢菌素(roridin) A和蛇行菌素(anguidin));乌拉坦(urethan);达卡巴曝(dacarbazine);甘露莫司汀(mannomustine) ;二漠甘露醇(mitobronitol) ; 二溴卫矛醇(mitolactol);哌泊溴焼(pipobroman) ；gacytosine ；阿糖胞苷(arabinoside) ( “Ara_C”)；塞替派(thiotepa);类紫杉醇(taxoid)，例如帕
利他塞(paclitaxel) (TAXOLf)),帕利他塞的清蛋白改造纳米颗粒剂型(ABRAXANE?)
和多西他塞(docetaxel) (TAXOTERE?));苯丁酸氮芥(chlorambucil) ;6_ 硫鸟口票呤(thioguanine);疏基票呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate);钼剂类，诸如顺钼(cisplatin)、奥沙利钼(oxaliplatin)和卡钼(carboplatin);长春药类(vincas)，它们阻止微管蛋白聚合形成微管，包括长春碱(vinblastine) (VELBAN?)、
长春新碱(vincristine) (ONCOVIN?).长春地辛(vindesine) (ELDISINE?,
FILD1-SIN'.H!)和长春瑞滨(vinorelbine) (NAVELBINE?)；依托泊苷(etoposide)
(VP-16);异环磷酰胺(ifosfamide);米托蒽酉昆(mitoxantrone);亚叶酸(Ieucovorin)；能灭瘤(novantrone);依达曲沙(edatrexate);道诺霉素(daunomycin);氨基喋呤(aminopterin);伊本膦酸盐(ibandronate);拓扑异构酶抑制剂RFS2000 ； 二氟甲基鸟氨酸(DMFO);类视黄酸类(retinoids),诸如视黄酸(retinoic acid),包括贝沙罗汀(bexarotene) (TARGRETIN?); 二膦 酸盐类(bisphosphonates)，
诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如BONEFOS?或OSTAC?)、依替膦酸盐
(etidronate) (DIDROCAL?)、NE-58095、唑来勝酸 / 唑来勝酸盐(zoledronic acid/
zoledronate) (ZOMETA?)、阿伦勝酸盐(alendronate) (FOSAMAXfJ))、帕米勝酸
盐(pamidronate) (AREDIA?),替鲁膦酸盐(tiludronate) (SKEUD?)或利塞膦酸
盐(risedronate) (ACTONELCR))；曲沙他滨(troxacitabine) (1，3_ 二氧戍环核苷胞
嘧啶类似物)；反义寡核苷酸类，特别是那些抑制涉及异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的，诸如例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R);疫苗类，诸如
THERATOPEi)疫苗和基因疗法疫苗，例如ALLOVECnN(I)疫苗、LEUVECTIN?疫苗和VAXID(I)疫苗；拓扑异构酶I抑制剂(例如LURTOTECAN?) ； rmRH(例如 ABARELIX?.) ; BAY439006 (sorafenib; Bayer) ；SU-11248 (Pfizer);哌立福辛(perifosine)、C0X-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib))、蛋白体抑制剂(例如 PS341) ；bortezomib (VELCADE?)； CC1-779 ；tipifarnib (R11577)；
orafenib ；ABT510 ;Bcl_2 抑制剂，诸如哈眠那(oblimersen sodium) (GENASENSE?);
pixantrone ；EGFR抑制剂(参见下文定义);酪氨酸激酶抑制剂(参见下文定义);及任何上述物质的药剂学可接受的盐、酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合，诸如CHOP (环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX (奥沙利钼(EL0XATIN?)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
[0354] 在本文中，化疗 剂包括起调节、降低、阻断或抑制可促进癌生长的激素效果作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”类。它们自身可以是激素，包括但不限于:具有混合的激动剂/拮抗剂特性的抗雌激素类，包括他莫昔芬(tamoxifen) (NOLVADEX)、4_羟
基他莫昔芬、托瑞米芬(toremifene) (FARESTON?)、艾多昔芬(idoxifene)、屈洛
昔芬(droloxifene)、雷洛昔芬(raloxifene) (EVISTA?)、曲沃昔芬(trioxifene)、
那洛昔芬(keoxifene)，和选择性雌激素受体调节剂类(SERM)，诸如SERM3 ;没有激动剂
特性的纯的抗雌激素类，诸如氟维司群(fulvestrant) (FASL0DEX?)和EM800 (此
类药剂可阻断雌激素受体(ER) 二聚化、抑制DNA结合、提高ER周转、和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制剂类，包括类固醇芳香酶抑制剂类，诸如福美坦(formestane)和依
西美坦(exemestane) (AROMASTN?)，和非类固醇芳香酶抑制剂类，诸如阿那曲唑(anastrozole) (ARIMIDEX?)、来曲唑(letrozole) (FEMARA?):和氨鲁米特(aminoglutethimide)，和其它芳香酶抑制剂类，包括伏氯唑(vorozole) (RIVISOR j)、醋酸甲地孕酮(megestrol acetate) (MEGASE?)、法倔唑(fadrozole)和 4(5)-咪唑；促黄体生成激素释放激素激动剂类，包括亮丙瑞林(leuprolide) (LUPRONJP和ELIGARD?)、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(triptorelin);性类固醇类(sex steroids)，包括妊娠素类(progestine)，诸如醋酸甲地孕酮和醋酸甲轻孕酮(medroxyprogesterone acetate)，雌激素类，诸如二乙基己烯雌酷(diethylstiIbestrol)和普雷马林(premarin)，和雄激素类/类视黄酸类，诸如氟甲睾酮(f Iuoxymesterone)、所有反式视黄酸(transretionic acid)和芬维 A 胺(fenretinide)；奥那司酮(onapristone);抗孕酮类；雌激素受体下调剂类(ERD);抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide);及任何上述物质的药剂学可接受的盐、酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合。
[0355]“抗代谢物类化疗剂”指在结构上与代谢物相似但不能被身体以生产性方式利用的药剂。许多抗代谢物类化疗剂干扰核酸，RNA和DNA的生成。抗代谢物类化疗剂的例子包括吉西他滨(gemcitabine) (GEMZAR?)、5_氟尿啼卩定(5-FU)、卡培他
滨(capecitabine) (XELODA?)、6_ 疏基票呤、甲氨噪呤(methotrexate)、6_ 硫鸟票呤、培美曲塞(pemetrexed)、雷替曲塞(raltitrexed)、阿糖胞苷(arabinosylcytosine
ARA-C cytarabine) (CYTOSAR-U?)、达卡巴嚷(dacarbazine) (DTIC-DOME?)、
偶氮胞啼P定(azocytosine)、脱氧胞啼卩定(deoxycytosine)、pyridmidene、氟达拉滨(fIudarabine) (FLUDARA?),克拉屈滨(cladrabine)、2_脱氧-D-葡萄糖等。优选的抗代谢物类化疗剂是吉西他滨。
[0356]“吉西他滨”或“2'-脱氧-2' ,2' -二氟胞苷单盐酸(b-异构体)”是展现出抗肿瘤活性的核苷类似物。盐酸吉西他滨的经验式是C9H11F2N304.HC1。盐酸吉西他滨由Eli Lilly 以商标GEMZAR?销售。
[0357]“基于钼的化疗剂”包括包含钼作为分子的主要部分的有机化合物。基于钼的化疗剂的例子包括卡钼(carboplatin)、顺钼(cisplatin)和奥沙利钼(oxaliplatinum)。
[0358]“基于钼的化疗法”指使用一种或多种基于钼的化疗剂的疗法，任选联合一种或多种其它化疗剂。
[0359]“化疗法耐受性”癌症指癌症患者在接受化疗方案时(癌症)有进展(即患者是“化疗不应性”的)，或者患者在完成化疗方案后12个月内(例如6个月内)(癌症)有进展。
[0360]“钼抗性”癌症指癌症患者在接受基于钼的化疗法时(癌症)有进展(即患者是“钼不应性”的)，或者患者在完成基于钼的化疗方案后12个月内(例如6个月内)(癌症)有进展。
[0361]“抗血管发生剂”指阻断或一定程度的干扰血管发育的化合物。抗血管发生因子可以是例如结合涉及促进血管发生的生长因子或生长因子受体的小分子或抗体。在本文中优选的抗血管发生因子是结合血管内皮生长因子(VEGF)的抗体，诸如bevacizumab ( AVAST)。
[0362]术语“细胞因子”是由一种细胞群释放，作为细胞间介质作用于另一细胞的蛋白质的通称。此类细胞因子的例子有淋巴因子、单核因子和传统的多肽激素。细胞因子包括生长激素，诸如人生长激素、N-甲硫氨酰人生长激素和牛生长激素；甲状旁腺素；甲状腺素；胰岛素；胰岛素原；松驰素；松驰素原；糖蛋白激素类，诸如促卵泡激素(FSH)、促甲状腺激素(TSH)和促黄体激素(LH);肝生长因子；成纤维细胞生长因子；促乳素；胎盘催乳激素；肿瘤坏死因子-α和;穆勒氏(Mullerian)抑制性物质；小鼠促性腺激素相关肽；抑制素；激活素；血管内皮生长因子；整联蛋白；血小板生成素(TPO);神经生长因子，诸如NGF-β ;血小板衍生生长因子；转化生长因子(TGF)，诸如TGF-α和TGF-β ;胰岛素样生长因子-1和-1I ;红细胞生成素(EPO);骨诱导因子(osteoinductive factor);干扰素,诸如干扰素-α、_β和-Y ;集落刺激因子(CSF)，诸如巨噬细胞CSF(M-CSF)、粒细胞-巨噬细胞 CSF(GM-CSF)和粒细胞 CSF(G-CSF);白介素(IL)，诸如 IL-1、IL-1 a、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12 ;肿瘤坏死因子，诸如 TNF-α 或 TNF-β ；及其它多肽因子，包括LIF和kit配体(KL)。在用于本文时，术语细胞因子包括来自天然来源或来自重组细胞培养物的蛋 白质及天然序列细胞因子的生物学活性等效物。
[0363]在用于本文时，术语“ EGFR靶向药物”指结合EGFR并任选抑制EGFR活化的治疗剂。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括 MAb 579 (ATCC CRL HB8506)、MAb 455 (ATCC CRL HB 8507)、MAb 225 (ATCC CRL8508)、MAb 528 (ATCC CRL 8509)(参见美国专利第 4，943, 533 号，Mendelsohn 等)及其变体，诸如嵌合化225 (C225或Cetuximab; ERBUTIX?):和重构人225 (H225)(参见 TO 96/40210, Imclone Systems Inc.) ；IMC-11F8, 一种完全人的 EGFR 靶向抗体(Imclone);结合II型突变体EGFR的抗体(美国专利第5，212，290号)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体，如美国专利第5，891，996号中所记载的；及结合EGFR的人抗体，诸如 ABX-EGF(参见 WO 98/50433，Abgenix) ；EMD 55900(Stragliotto 等，Eur.J.Cancer32A: 636-640 (1996)) ；EMD 7200 (matuzumab)，一种针对 EGFR 的人源化 EGFR 抗体，其与 EGF 和 TGF-α 二者竞争 EGFR 结合；及 mAb 806 或人源化 mAb806 (Johns 等，J.Biol.Chem.279 (29): 30375-30384 (2004))。抗EGFR抗体可偶联细胞毒剂，如此产生免疫偶联物(参见例如EP659, 439A2，Merck Patent GmbH)。结合EGFR的小分子的例子包括ZD1839或 Gefitinib(IRESSA?;Astra Zeneca) ；CP-358774 或 Erlotinib(TARCEVA?;Genentech/0SI);和 AG1478、AG1571(SU5271;Sugen) ;EMD_7200。
[0364]“酪氨酸激酶抑制剂”指抑制酪氨酸激酶诸如HER受体的酪氨酸激酶活性的分子。此类抑制剂的例子包括上一段中提到的EGFR靶向药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如可从Takeda购买的TAK165 ;CP_724，714，一种口服的ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和0SI);优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR 二者过表达细胞的双重HER抑制剂，诸如EKB-569 (可从Wyeth购买)；GW572016 (可从Glaxo购买)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂;PKI_166 (可从Novartis购买);泛(pan)HER抑制剂，诸如 canertinib (C1-1033;Pharmacia) ；Raf-1 抑制剂，诸如可从 ISIS Pharmaceuticals购买、抑制Raf -1信号传导的反义剂ISIS-513 2 ;非HER靶向TK抑制剂，诸如可从GI axo购买的Imatinib mesylate (GLEEVAC?) ；MAPK胞外调控激酶I抑制剂C1-1040 (可从Pharmacia购买);喹唑啉类，诸如H) 153035,4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类，诸如CGP 59326、CGP 60261和CGP 62706 ;吡唑并嘧啶类，
4-(苯氨基)-7H-吡咯[2，3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰甲烷，4，5-双(4-氟苯胺基)-酞亚胺)；含硝基噻吩模块的tyrphostines ；PD-0183805 (Warner-Lambert);反义分子(例如那些结合HER编码核酸的)；喹喔啉类(美国专利第5，804，396号)；tryph0stins (美国专利第 5, 804, 396 号)；ZD6474 (Astra Zeneca) ；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；泛 HER 抑制剂，诸如 C1-1033 (Pfizer) ；Affinitac(ISIS3521;Isis/Lilly) ；Imatinibmesylate(Gleevac;Novartis) ；PKI 166(Novartis) ；GW2016 (Glaxo SmithKline)；C1-1033 (Pfizer) ；EKB-569 (Wyeth) ;Semaxinib(Sugen) ；ZD6474 (AstraZeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG) ；INC-1C11 (Imclone);或任何以下专利出版物中所记载的:美国专利第 5，804, 396 号；TO 99/09016 (American Cyanimid) ;W098/43960 (AmericanCyanamid) ;WO 97/38983 (Warner Lambert) ;W099/06378 (Warner Lambert) ;WO99/06396(Warner Lambert);W0 96/30347(Pfizer, Inc.);WO 96/33978 (Zeneca);W096/3397(Zeneca);W0 96/33980 (Zeneca)。
[0365]本文中，化疗剂的“固定的”(fixed)或“不变的”(flat)剂量指不考虑患者的体重(WT)和体表面积(BSA)而施用于人类患者的剂量。因此，固定的或不变的剂量不是作为mg/kg剂量或mg/m2剂量提供的，而是作为治疗剂的绝对量提供的。
[0366]“加载”(loading)剂量在本文中一般包括施用于患者的治疗剂的初始剂量,后续其一个或多个维持剂量。一般而言，施用单个加载剂量，但本文中也设想了多个加载剂量。通常，所施用的加载剂量的量超过所施用的维持剂量的量，和/或加载剂量的施用比维持剂量更频繁，从而比使用维持剂量更早达到化疗剂的期望稳态浓度。
[0367]“维持” (maintenance)剂量在本文中指在治疗期间施用于患者的一个或多个剂量的治疗剂。通常，维持剂量以一定的治疗间隔施用，例如大约每周一次，大约每两周一次，大约每三周一次，或大约每四周一次。
[0368]“药物”指用于治疗癌症的活性药物，诸如HER抑制剂、HER 二聚化抑制剂(诸如Pertuzumab)或化疗剂(诸如吉西他滨)。
[0369]“目标受众(target audience) ”指接受如通过推销或做广告(尤其为了特定用途、治疗、或适应症)进行的特定药物宣传或即将进行的特定药物宣传的人群或机构，诸如患者个体，患者群体，报纸、医 学文献、和杂志读者，电视或因特网观众，无线电或因特网听众，内科医生，药品公司等。
[0370]“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征、用法、剂量、施用、禁忌症、与该包装产品联合的其它治疗用产品和/或警告等的信息。
[0371]I1.抗体的生成
[0372]由于在优选的实施方案中，HER抑制剂是抗体，下文描述了用于生成依照本发明使用的HER抗体的例示性技术。用于生成抗体的HER抗原可以是例如可溶形式的HER受体胞外结构域或其包含期望表位的部分。或者，在其细胞表面表达HER的细胞(例如经转化而过表达HER2的NIH-3T3细胞；或癌细胞系，诸如SK-BR-3细胞，参见Stancovski等，PNAS (USA) 88:8691-8695 (1991))可用于生成抗体。可用于生成抗体的其它形式HER受体对于本领域技术人员将是显而易见的。
[0373](I)多克隆抗体
[0374]多克隆抗体优选通过在动物中多次皮下(SC)或腹膜内(ip)注射相关抗原和佐剂来生成。使用双功能或衍生化试剂，例如马来酰亚胺苯甲酰磺基琥珀酰亚胺酯(通过半胱氨酸残基偶联)、N-羟基琥珀酰亚胺(通过赖氨酸残基)、戊二醛、琥珀酸酐、SOCl2、或R1N=C=NR(其中R和R1是不同的烃基)，将相关抗原与在待免疫物种中有免疫原性的蛋白质偶联可能是有用的，例如匙孔I處血蓝蛋白、血清清蛋白、牛甲状腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制剂。
[0375]通过将例如100 μ g或5 μ g蛋白质或偶联物(分别用于兔或小鼠)与3倍体积的弗氏完全佐剂混和并将该溶液皮内注射于多个部位，将动物针对抗原、免疫原性偶联物或衍生物进行免疫。一个月后，通过多个部位的皮下注射，用弗氏完全佐剂中初始量1/5-1/10的肽或偶联物对动物进行加强免疫。7-14天后，采集动物的血液，并测定血清的抗体滴度。对动物进行加强免疫，直到滴度达到平台(plateau)。优选的是，将动物用相同抗原但与不同蛋白质和/或通过不同交联剂偶联得到的偶联物进行加强免疫。偶联物还可在重组细胞培养中作为蛋白质融合物来制备。同样，适当使用凝聚剂诸如明矾来增强免疫应答。
[0376](ii)单克隆抗体
[0377]本领域有多种方法可用于制备本文中的单克隆抗体。例如，单克隆抗体可使用最初由Kohler等，Nature256:495 (1975)记载的杂交瘤方法、通过重组DNA方法(美国专利第4，816, 567号)来制备。
[0378]在杂交瘤方法中，如上所述免疫小鼠或其它适宜的宿主动物，诸如仓鼠，以引发生成或能够生成如下抗体的淋巴细胞，所述抗体将特异性结合用于免疫的蛋白质。或者，可以在体外免疫淋巴细胞。然后，使用合适的融合剂诸如聚乙二醇将淋巴细胞与骨髓瘤细胞融合，以形成杂交瘤细胞(Goding, Monoclonal Antibodies !Principles andPractice, pp.59-103，Academic Press,1986)。
[0379]将如此制备的杂交瘤细胞在合适的培养基中接种和培养，所述培养基优选含有抑制未融合的亲本骨髓瘤细胞生长或存活的一种或多种物质。例如，若亲本骨髓瘤细胞缺乏酶次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT或HPRT)，则用于杂交瘤的培养基典型的将含有次黄嘌呤、氨基蝶呤和胸苷(HAT培养基)，这些物质阻止HGPRT缺陷细胞生长。
[0380]优选的骨髓 瘤细胞是那些高效融合、支持所选抗体生成细胞稳定的高水平生成抗体、并对诸如HAT培养基等培养基敏感的。在这些细胞中，优选的骨髓瘤细胞系是鼠骨髓瘤系，诸如那些可从索尔克研究所细胞分配中心(Salklnstitute Cell DistributionCenter, San Diego, California, USA)获得的 M0PC-21 和 MPC-11 小鼠肿瘤及可从美国典型培养物保藏中心(American Type Culture Collection, Rockville, Maryland, USA)获得的SP-2或X63-Ag8-653细胞衍生的。人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤细胞系用于生成人单克隆抗体也已有记载(Kozbor, J.1mmunol.133:3001 (1984) ; Brodeur等，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp.51-63, MarcelDekker, Inc., New York, 1987)。
[0381]可对杂交瘤细胞正在其中生长的培养基测定针对抗原的单克隆抗体的生成。优选的是，通过免疫沉淀或通过体外结合测定法，诸如放射性免疫测定法(RIA)或酶联免疫吸附测定法(ELISA)，测定由杂交瘤细胞生成的单克隆抗体的结合特异性。
[0382]单克隆抗体的结合亲和力可通过例如Munson等，Anal.Biochem.107:220 (1980)的Scatchard分析来测定。
[0383]在鉴定得到生成具有期望特异性、亲和力和/或活性的抗体的杂交瘤细胞后，所述克隆可通过有限稀释流程进行亚克隆，并通过标准方法进行培养(Goding，MonoclonalAntibodies !Principles and Practice, pp.59-103, Academic Press, 1986)。适于这一目的的培养基包括例如D-MEM或RPM1-1640培养基。另外，杂交瘤细胞可在动物中作为腹水瘤进行体内培养。
[0384]可通过常规抗体纯化流程，诸如例如蛋白A-Sepharose、羟磷灰石层析、凝胶电泳、透析或亲和层析，将亚克隆分泌的单克隆抗体与培养基、腹水或血清适当分开。
[0385]编码单克隆抗体的DNA易于使用常规流程分离和测序(例如通过使用能够特异性结合编码鼠抗体重链和轻链的基因的寡核苷酸探针)。以杂交瘤细胞作为此类DNA的优选来源。一旦分离，可将DNA置于表达载体中，然后将该表达载体转染到不另外生成抗体蛋白质的宿主细胞中，诸如大肠杆菌细胞、猿猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞，以在重组宿主细胞中获得单克隆抗体的合成。关于编码抗体的DNA在细菌中的重组表达的综述性论文包括 Skerra 等，Curr.0pinion in Immunol.5:256-262 (1993)及Pliickthun, Tmmunol.Revs.130:151-188 (1992)。
[0386]在另一个实施方案中，可从使用McCafferty等，Nature 348:552-554(1990)所记载的技术构建的曬菌体抗体库中分离单克隆抗体或抗体片段。Clackson等，Nature352:624-628(1991)及 Marks 等，J.Mol.Biol.222:581-597 (1991)分别记载了使用噬菌体文库分离鼠和人抗体。后续出版物记载了通过链改组(Marks等，Bio/Technology10:779-783(1992))，以及组合感染和体内重组作为构建非常大的噬菌体文库的策略(Waterhouse 等,Nuc.Acids Res.21:2265-2266 (1993))，生成高亲和力(nM 范围)的人抗体。如此，这些技术是用于分离单克隆抗体的传统单克隆抗体杂交瘤技术的可行替代方法。
[0387]还可以修饰DNA，例如通过替代即用人重链和轻链恒定域的编码序列代替同源鼠序列(美国专利第 4,816,567 号；Morrison 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA81:6851 (1984))，或通过将非免疫球蛋白多肽的整个或部分编码序列与免疫球蛋白编码序列共价接合。
[0388]典型的是，用此类非免疫球蛋白多肽替代抗体的恒定域，或者用它们替代抗体的一个抗原结合位点的可变域 ，以产生嵌合二价抗体，它包含对一种抗原具有特异性的一个抗原结合位点和对不同抗原具有特异性的另一个抗原结合位点。
[0389](iii)人源化抗体
[0390]本领域已经记载了用于将非人抗体人源化的方法。优选的是，人源化抗体具有一个或多个从非人来源引入的氨基酸残基。这些非人氨基酸残基常常称作“输入”残基，它们典型的取自“输入”可变域。人源化可基本上遵循Winter及其同事的方法进行(Jones等，Nature321:522-525(1986);Riechmann 等，Nature 332:323-327(1988);Verhoeyen等，Science 239:1534-1536 (1988))，通过用高变区序列替代相应的人抗体序列。因此，此类“人源化”抗体是嵌合抗体(美国专利第4，816，567号)，其中本质上少于整个人可变域用来自非人物种的相应序列替代。在实践中，人源化抗体典型的是其中一些高变区残基和可能的一些FR残基用来自啮齿类抗体中类似位点的残基替代的人抗体。
[0391]用于构建人源化抗体的人可变域的选择，包括轻链和重链二者，对于降低抗原性非常重要。依照所谓的“最适”(best-fit)方法，用啮齿类抗体的可变域序列对已知的人可变域序列的整个文库进行筛选。然后选择与啮齿类最接近的人序列作为人源化抗体的人框架区(FR) (Sims 等,J.1mmunol.151:2296 (1993) ; Chothia 等,J.Mol.Biol.196:901 (1987))。另一种方法使用由特定轻链或重链亚组的所有人抗体的共有序列衍生的特定框架区。同一框架可用于数种不同的人源化抗体(Carter等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA 89:4285(1992);Presta 等，J.1mmunol.151:2623 (1993))。
[0392]更为重要的是，抗体在人源化后保持对抗原的高亲和力及其它有利的生物学特性。为了实现这一目标，依照一种优选的方法，通过使用亲本和人源化序列的三维模型分析亲本序列和各种概念性人源化产物的方法来制备人源化抗体。三维免疫球蛋白模型是公众可获得的，且为本领域技术人员所熟悉。可获得图解和显示所选候选免疫球蛋白序列的可能三维构象结构的计算机程序。检查这些显示图像容许分析残基在候选免疫球蛋白序列行使功能中的可能作用，即分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。这样，可从受体和输入序列中选出FR残基并进行组合，从而获得期望抗体特征，诸如对靶抗原的亲和力提高。一般而言，高变区残基直接且最实质的涉及对抗原结合的影响。
[0393]W001/00245记载了结合HER2并阻断配体对HER受体之活化的例示性人源化HER2抗体的生成。本文中特别感兴趣的人源化抗体基本上像鼠单克隆抗体2C4 (或其Fab片段)一样有效的阻断EGF、TGF- α和/或HRG介导的MAPK激活，和/或基本上像鼠单克隆抗体2C4 (或其Fab片段)一样有效的结合HER2。本文中的人源化抗体可例如包含掺入人重链可变域的非人高变区残基，而且还可在选自69Η、71Η和73Η的位置包含框架区(FR)替代，采用的是 Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., PublicHealth Service, ·National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991 中列出的可变域编号系统。在一个实施方案中，人源化抗体在69H、7IH和73H的两个或所有位置包含FR替代。
[0394]本文中感兴趣的例示性人源化抗体包含重链可变域互补决定残基GFTFTDYTMX，其中 X 优选是 D 或 S (SEQ ID N0:7)；DVNPNSGGSIYNQRFKG (SEQ ID NO:8);和 / 或 NLGPSFYFDY(SEQ ID NO:9)，任选包含那些⑶R残基的氨基酸修饰，例如其中修饰基本上保持或改善抗体的亲和力。例如，目的抗体变体可在上述重链可变域CDR序列中具有约I处至约7处或者约5处氨基酸替代。此类抗体变体可通过亲和力成熟来制备，例如如下文所述。最优选的人源化抗体包含SEQ ID NO:4中的重链可变域氨基酸序列。
[0395]例如，在前一段中的那些重链可变域⑶R残基之外，人源化抗体还可包含轻链可变域互补决定残基KASQDVSIGVA (SEQ ID NO: 10) JASYX1X2X3,其中X1优选是R或L，X2优选是 Y 或 E，而 X3 优选是 T 或 S (SEQ ID NO: 11);和 / 或 QQYYIYPYT (SEQ ID NO: 12)。此类人源化抗体任选包含上述CDR残基的氨基酸修饰，例如其中修饰基本上保持或改善抗体的亲和力。例如，目的抗体变体可在上述轻链可变域CDR序列中具有约I处至约7处或者约5处氨基酸替代。此类抗体变体可通过亲和力成熟来制备，例如如下文所述。最优选的人源化抗体包含SEQ ID NO:3中的轻链可变域氨基酸序列。
[0396]本申请还设想了亲和力成熟的抗体，它结合HER2并阻断配体对HER受体之活化。亲本抗体可以是人抗体或人源化抗体，例如所含轻链可变域和/或重链可变域序列分别为SEQ ID NO:3和4(即包含Pertuzumab的VL和/或VH)的抗体。亲和力成熟的抗体优选以优于鼠2C4或Pertuzumab的亲和力结合HER2受体(例如根据使用HER2胞外结构域(E⑶)ELISA的评估，例如亲和力提高约2倍或约4倍至约100倍或约1000倍)。例示性的用于替代的重链可变域⑶R残基包括H28、H30、H34、H35、H64、H96、H99，或者上述残基的两个或多个的组合(例如这些残基中的2个、3个、4个、5个、6个或7个的组合)。用于改变的轻链可变域CDR残基的例子包括L28、L50、L53、L56、L91、L92、L93、L94、L96、L97,或者上述残基的两个或多个的组合(例如这些残基中的2个至3个、4个、5个或直到约10个的组合)。
[0397]设想了各种形式的人源化抗体或亲和力成熟的抗体。例如，人源化抗体或亲和力成熟的抗体可以是抗体片段，诸如Fab，它任选与一种或多种细胞毒剂偶联以产生免疫偶联物。或者，人源化抗体或亲和力成熟的抗体可以是完整抗体，诸如完整的IgGl抗体。优选的完整IgGl抗体包含SEQ ID NO: 13中的轻链序列和SEQ ID NO: 14中的重链序列。
[0398](iv)人杭体
[0399]作为人源化的替代方法，可生成人抗体。例如，现在有可能生成在缺乏内源免疫球蛋白生成的情况下能够在免疫时生成人抗体完整全集的转基因动物(例如小鼠)。例如，已经记载了嵌合和种系突变小鼠中抗体重链连接区(Jh)基因的纯合删除导致内源抗体生成的完全抑制。在此类种系突变小鼠中转移大量人种系免疫球蛋白基因将导致在抗原攻击时生成人抗体。参见例如Jakobovits等,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:2551(1993);Jakobovits 等,Nature362:255-258(1993);Bruggermann 等,Year inImmun0.7:33(1993);及美国专利第 5，591，669 号、第 5，589，369 号和第 5，545，807 号。
[0400]或者，噬菌体展示技术(McCafferty等，Nature348:552-553 (1990))可用于在体外从来自未免疫供体的免疫球蛋白可变(V)域基因全集生成人抗体和抗体片段。依照这种技术，将抗体V结构域基因以符合读码框的方式克隆到丝状噬菌体诸如M13或fd的主要或次要外壳蛋白基因中，并在噬菌体颗粒表面上展示为功能性抗体片段。因为丝状噬菌体颗粒包含噬菌体基因组的单链DNA拷贝，以抗体的功能特性为基础进行的选择也导致编码展示那些特性的抗体的基因的选择。如此，噬菌体模拟B细胞的一些特性。噬菌体展示可以多种形式进行；有关综述参见例如Johnson, Kevin S.和Chiswell, David J., CurrentOpinion in Structural Biology3:564-571 (1993)。V基因区段的数种来源可用于卩遼菌体展示。Clackson等，Nature352:624-628 (1991)从衍生自经免疫小鼠脾的小型V基因随机组合文库中分离得到大量不同的抗口恶唑酮抗体。可本质上遵循Marks等，J.Mol.Biol.222:581-597(1991)或 Griffith 等，EMBO J.12:725-734(1993)所记载的技术，由未免疫人供体构建V基因全 集和分离针对大量不同抗原(包括自身抗原)的抗体。还可参见美国专利第5，565，332号和第5，573，905号。
[0401]如上所述，还可通过体外激活B细胞来生成人抗体(参见美国专利第5，567，610号和第5，229，275号)。
[0402]1998年6月30日公告的美国专利第5，772，997号和1997年I月3日公布的WO97/00271中记载了人HER2抗体。
[0403](V)抗体片段
[0404]已经开发了用于生成包含一个或多个抗原结合区的抗体片段的多种技术。传统上，通过蛋白水解消化完整抗体来衍生这些片段(参见例如Morimoto等,Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117(1992);Brennan等，SCienCe229:81(1985))。然而，现在可直接由重组宿主细胞生成这些片段。例如，可从上文讨论的噬菌体抗体库中分离抗体片段。或者，可直接从大肠杆菌回收Fab' -SH片段并化学偶联以形成 F(ab' ) 2 片段(Carter 等，Bio/Technology 10:163-167(1992))。依照另一种方法，可直接从重组宿主细胞培养物分离F(ab' )2片段。用于生成抗体片段的其它技术对熟练从业人员将是显而易见的。在其它实施方案中，选择的抗体是单链Fv片段(scFv)。参见TO 93/16185;美国专利第5，571，894号；美国专利第5，587，458号。抗体片段还可以是“线性抗体”，例如如美国专利第5，641，870号中所记载的。此类线性抗体片段可以是单特异性的或双特异性的。
[0405](vi)双特异性抗体
[0406]双特异性抗体指具有对至少两种不同表位的结合特异性的抗体。例示性的双特异性抗体可结合HER2蛋白质的两种不同表位。其它此类抗体可将HER2结合位点与EGFR、HER3和/或HER4的结合位点组合在一起。或者，可将HER2臂与结合白细胞上触发分子诸如T细胞受体分子(例如 CD2 或CD3)或 IgG 的 Fe 受体(Fe y R)，诸如 Fe y RI (CD64)、Fe Y RII (CD32)和Fe Y RIII (⑶16)的臂组合在一起，使得细胞防御机制聚焦于表达HER2的细胞。双特异性抗体还可用于将细胞毒剂定位于表达HER2的细胞。这些抗体拥有HER2结合臂和结合细胞毒剂(例如肥皂草毒蛋白、抗干扰素-α、长春花生物碱类、蓖麻毒蛋白A链、甲氨喋呤或放射性同位素半抗原)的臂。可将双特异性抗体制备成全长抗体或抗体片段(例如F(ab' )2双特异性抗体)。
[0407]WO 96/16673记载了一种双特异性HER2/Fc y RIII抗体，美国专利第5，837，234号披露了一种双特异性HER2/FC Y RI抗体IDMl (Osidem)。W098/02463显示了一种双特异性HER2/FC α抗体。美国专利第5，821，337号教授了一种双特异性HER2/CD3抗体。MDX-210是一种双特异性HER2/FC YRIII抗体。
[0408]用于构建双特异性抗体的方法是本领域已知的。全长双特异性抗体的传统生成基于两对免疫球蛋白重链-轻链的共表达，其中两种链具有不同的特异性(Millstein等，Nature305:537-539 (1983))。由于免疫球蛋白重链和轻链的随机分配，这些杂交瘤(四源杂交瘤(quadroma))生成10种不同抗体分子的潜在混合物,其中只有一种具有正确的双特异性结构。通常通过亲和层析步骤进行的正确分子的纯化相当麻烦且产物产量低。WO93/08829 及 Traunecker 等，EMBO J.10:3655-3659(1991)中披露了类似的流程。
[0409]依照一种不同的方法，将具有期望结合特异性(抗体-抗原结合位点)的抗体可变域与免疫球蛋白恒定域序列融合。融合优选使用包含至少部分铰链、CH2和CH3区的免疫球蛋白重链恒定域。优选的是，在至少一种融合物中，第一重链恒定区(CHl)包含轻链结合所必需的位点。将编码免疫球蛋白重链融合物和(如果需要)免疫球蛋白轻链的DNA插入分开的表达载体，并共转染到合适的宿主生物体中。在用于构建的三种多肽链比例不等时提供最佳产量的实施方案中，这为调整三种多肽片段的相互比例提供了极大的灵活性。然而，在至少两种多肽链以相同比率表达导致高产量时或在该比率没有特别意义时，有可能将两种或所有三种多肽链的编码序列插入同一个表达载体。
[0410]在该方法的一个优选实施方案中，双特异性抗体由一个臂上具有第一结合特异性的杂合免疫球蛋白重链，和另一个臂上的杂合免疫球蛋白重链-轻链对(提供第二结合特异性)构成。由于免疫球蛋白轻链仅在半个双特异性分子中的存在提供了分离的便利途径，因此发现这种不对称结构便于将期望的双特异性复合物与不想要的免疫球蛋白链组合分开。该方法披露于W094/04690。关于生成双特异性抗体的进一步详情参见例如Suresh等，Methods in Enzymology 121:210(1986)。
[0411]依照美国专利第5，731，168号中记载的另一种方法，可改造一对抗体分子之间的界面，以将从重组细胞培养物回收的异二聚体的百分比最大化。优选的界面包含至少部分抗体恒定域的Ch3结构域。在该方法中，将第一抗体分子的界面的一个或多个小氨基酸侧链用较大侧链(例如酪氨酸或色氨酸)替换。通过将大氨基酸侧链用较小氨基酸侧链(例如丙氨酸或苏氨酸)替换，在第二抗体分子的界面上产生针对大侧链的相同或相似大小的补偿性“空腔”。这提供了较之其它不想要的终产物诸如同二聚体提高异二聚体产量的机制。
[0412]双特异性抗体包括交联的或“异源偶联的”抗体。例如，异源偶联物中的一种抗体可与亲合素偶联，另一种抗体与生物素偶联。例如，此类抗体建议用于将免疫系统细胞靶向不想要的细胞(美国专利第4，676，980号)，及用于治疗HIV感染(W0 91/00360、WO92/200373和EP 03089)。可使用任何便利的交联方法来制备异源偶联抗体。合适的交联剂是本领域众所周知的，并且连同许多交联技术一起披露于美国专利第4，676，980号。
[0413]文献中还记载了自抗体片段生成双特异性抗体的技术。例如，可使用化学连接来制备双特异性抗体。Brennan等，Science229:81 (1985)记载了通过蛋白水解切割完整抗体以生成F(ab' )2片段的流程。将这些片段在存在二硫醇络合剂亚砷酸钠的情况下还原，以稳定邻近的二硫醇并防止分子间二硫键的形成。然后将产生的Fab’片段转变为硫代硝基苯甲酸酯(TNB)衍生物。然后将Fab’-TNB衍生物之一通过巯基乙胺的还原重新恢复成Fab’ -硫醇，并与等摩尔量的另一种Fab, -TNB衍生物混合，以形成双特异性抗体。产生的双特异性抗体可用作酶的选择性固定化试剂。
[0414]最新的进展便于从大肠杆菌中直接回收Fab' -SH片段，这些片段可化学偶联以形成双特异性抗体。Shalaby等，J.Exp.Med.175:217-225(1992)记载了生成完全人源化的双特异性抗体F(ab' )2分子。每个Fab'片段由大肠杆菌分开分泌，并在体外进行定向化学偶联以形成双特异性抗体。如此形成的双特异性抗体能够结合过表达HER2受体的细胞和正常人T细胞，以及触发人细胞毒性淋巴细胞针对人乳腺肿瘤靶物的溶胞活性。
[0415]还记载了从重组细胞培养物直接制备和分离双特异性抗体片段的多种技术。例如，已使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体。Kostelny等，J.1mmunol.148 (5): 1547-1553 (1992)。将来自Fos和Jun蛋白的亮氨酸拉链肽通过基因融合与两种不同抗体的Fab'部分连接。抗体同二聚体在铰链区还原而形成单体，然后重新氧化而形成抗体异二聚体。这种方法也可用于生成抗体同二聚体。由Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:6444-6448 (1993)记载的“双抗体”技术提供了构建双特异性抗体片段的替代机制。该片段包含通过接头相连的重链可变域(Vh)和轻链可变域(')，所述接头太短使得同一条链上的两个结构域之间不能配对。因此，迫使一个片段上的％和'结构域与另一个片段上的互补\和Vh结构域配对，由此形成两个抗原结合位点。还报道了通过使用单链Fv(sFv) 二聚体构建双特异性抗体片段的另一种策略。参见Gruber等，J.1mmunol.152:5368(1994)。
[0416]设想了具有超过两个效价的抗体。例如，可制备三特异性抗体。Tutt等，J.1mmunol.147:60(1991)。
·[0417](Vii)其它氨基酸序列修饰
[0418]设想了本文所述抗体的氨基酸序列修饰。例如，可能希望改进抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。通过将适宜的核苷酸变化引入抗体核酸或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗体氨基酸序列内的残基删除和/或插入和/或替代。只要最终的构建物具有期望的特性，可进行删除、插入和替代的任意组合以获得最终的构建物。氨基酸变化还可改变抗体的翻译后加工，诸如改变糖基化位点的数目或位置。
[0419]可用于鉴定抗体中作为优选诱变位置的某些残基或区域的一种方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如 Cunningham 和 Wells, Science244:1081-1085 (1989)所记载的。这里，鉴定了一个残基或一组靶残基(例如带电荷的残基，诸如精氨酸、天冬氨酸、组氨酸、赖氨酸和谷氨酸)，并用中性或带负电荷的氨基酸(最优选丙氨酸或聚丙氨酸)替代，以影响氨基酸与抗原的相互作用。然后通过在或对替代位点引入更多或其它变体，推敲那些对替代展现出功能敏感性的氨基酸位置。如此，虽然引入氨基酸序列变异的位点是预先决定的，但是突变本身的性质不需要预先决定。例如，为了分析在给定位点处的突变的后果，在靶密码子或区域进行丙氨酸扫描诱变或随机诱变，并对所表达的抗体变体筛选期望活性。
[0420]氨基酸序列插入包括氨基和/或羧基末端的融合，长度范围从一个残基至包含上百个或更多残基的多肽，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N-末端甲硫氨酰残基的抗体或与细胞毒性多肽融合的抗体。抗体分子的其它插入变体包括在抗体的N-或C-末端融合酶(例如用于ADEPT)或提高抗体血清半衰期的多肽。
[0421]另一类变体是氨基酸替代变体。这些变体在抗体分子中有至少一个氨基酸残基用不同残基替换。最感兴趣进行替代诱变的位点包括高变区，但也设想了 FR改变。保守替代在表I中显示在标题“优选替代”下。如果此类替代导致生物学活性的改变，那么可以引入表I中称为“例示替代”的更实质性改变，或如下文中关于氨基酸种类的进一步描述，并筛选产物。
[0422]表I
[0423]
原始残基 I例示替代I优选替代
Ala(A)Val; Leu; HeVal
Arg(R)Lys;Gin;AsnLys
Asn (N)Gln;His;Asp;Lys;ArgGln
Asp (D)Glu;AsnGlu
Cys (C)Ser;AlaSer
Gln (Q)Asn;GluAsn
Glu(E)Asp;GlnAsp
Gly(G)AlaAla
His(H)Asn;Gin;Lys;ArgArg
He (I)Leu; Val; Met; Ala; Phe;正亮氨酸Leu
【权利要求】
1.一种用于治疗患有能够响应!ER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的!ER ニ聚化抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达HER3。
2.ー种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以小于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER3表达水平中值的水平表达HER3。
3.ー种用于为患有能够响应HER ニ聚化抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择HER ニ聚化抑制剂作为疗法。
4.ー种用于为患有能够响应化疗剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达J1ER3，那么选择化疗剂作为疗法。
5.一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的!ER抑制剂，其中所述患者的癌症以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2: HER3。
6.—种用于治疗患有卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌的患者的方法，包括对该患者施用治疗有效量的Pertuzumab，其中所述患者的癌症以大于卵巣癌、腹膜癌、或输卵管癌中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3。
7.ー种用于为患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括测定来自该患者的癌症样品中的HER2和HER3表达，并且，如果该癌症样品以大于该癌症类型中HER2:HER3表达第25百分位的水平表达HER2:HER3，那么选择HER抑制剂作为疗法。`
8.一种用于治疗患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者的方法，包括对所述患者施用治疗有效量的!ER抑制剂，其中所述患者的癌症以小于该癌症类型中J1ER3表达水平中值的水平表达J1ER3。
9.ー种用于为患有能够响应HER抑制剂的癌症类型的患者选择疗法的方法，包括測定来自该患者的癌症样品中的J1ER3表达，并且，如果该癌症样品以小于该癌症类型中HER3表达水平中值的水平表达HER3，那么选择HER抑制剂作为疗法。
【文档编号】A61P35/00GK103432580SQ201310386357
【公开日】2013年12月11日 申请日期:2008年2月29日 优先权日:2007年3月2日
【发明者】卢卡斯.C.阿姆勒, 梅丽尔.伯克纳, 林锦瑜, 乔基姆.莫克斯, 安德烈亚斯.斯特劳斯 申请人:健泰科生物技术公司, 霍夫曼-拉罗奇有限公司