用于靶标分子的选择性耗竭的组合物和方法与流程

背景技术：

1、可溶性和细胞表面蛋白的累积或过度表达在范围从神经变性疾病到癌症的多种人类疾病中有所显示。此外，许多疾病与可溶性或细胞表面蛋白中的突变相关，所述突变导致组成性活性、对治疗的抗性或显性负活性。然而，由于用小分子治疗剂靶向这些蛋白质中的许多的挑战，所述蛋白质一直被认为是“不可用药的”、“难以用药的”或“尚未用药的”靶标。例如，在神经变性阿尔茨海默氏病中，在脑中累积形成斑块作为疾病的显著方面的淀粉样蛋白缺乏靶向所述蛋白质的治疗剂，尽管它在神经变性中起着关键作用。需要靶向并选择性地耗竭与疾病相关的可溶性和细胞表面蛋白的组合物和方法。

技术实现思路

1、在各种方面，本公开提供了一种肽复合物，所述肽复合物包含：细胞受体结合肽；和与所述细胞受体结合肽复合的靶标结合肽，其中(i)所述靶标结合肽被工程化为在内体中对靶标具有比在细胞外环境中更低的亲和力，(i i)所述细胞受体结合肽被工程化为在内体中对细胞受体具有比在细胞外环境中更低的亲和力，或(i)和(i i)两者。

2、在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力、所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力或两者是ph依赖性的。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力、所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力或两者是离子强度依赖性的。

3、在各种方面，本公开提供了一种肽复合物，所述肽复合物包含：细胞受体结合肽；和与所述细胞受体结合肽复合的靶标结合肽，其中(i)所述靶标结合肽对靶标的亲和力是ph依赖性的，(i i)所述细胞受体结合肽对细胞受体的亲和力是ph依赖性的，或(i)和(i i)两者。

4、在一些方面，所述细胞受体结合肽是转铁蛋白受体结合肽或pd-l1结合肽。在一些方面，所述细胞受体结合肽是转铁蛋白受体结合肽。在一些方面，所述细胞受体结合肽是pd-l1结合肽。在一些方面，所述细胞受体是转铁蛋白受体或pd-l1。在一些方面，所述细胞受体是转铁蛋白受体。在一些方面，所述细胞受体是pd-l1。

5、在一些方面，所述细胞受体结合肽在ph 4.5至ph 7.4、ph 5.5至ph 7.4或ph 6.5至ph 7.4的ph下与所述细胞受体结合。在一些方面，所述细胞受体结合肽能够在ph 7.4下以不超过100nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合所述细胞受体。在一些方面，所述细胞受体结合肽能够在ph 5.5下以不超过100nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合所述细胞受体。在一些方面，所述细胞受体对所述细胞受体的亲和力是非ph依赖性的。在一些方面，在ph 7.4下和在ph 5.5下所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力相差不超过2倍、不超过5倍、不超过10倍、不超过15倍、不超过20倍、不超过25倍、不超过30倍、不超过40倍或不超过50倍。

6、在一些方面，所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力是ph依赖性的。在一些方面，所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力随着ph降低而降低。在一些方面，所述细胞受体结合肽对所述细胞受体的亲和力在ph 7.4下比在ph 5.5下更高。

7、在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力是ph依赖性的。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力随着ph降低而降低。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力在较高ph下比在较低ph下更高。在一些方面，所述较高ph是ph 7.4、ph7.2、ph 7.0或ph 6.8。在一些方面，所述较低ph是ph 6.5、ph 6.0、ph 5.5、ph 5.0或ph4.5。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力在ph 7.4下比在ph 6.0下更高。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力在ph 7.4下比在ph 5.5下更高。在一些方面，所述靶标结合肽能够在ph 7.4下以不超过100nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm、不超过1nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合所述靶标分子。在一些方面，所述靶标结合肽能够在ph5.5下以不小于1nm、不小于2nm、不小于5nm、不小于10nm、不小于20nm、不小于50nm、不小于100nm、不小于200nm或不小于500nm的解离常数(kd)结合所述靶标分子。在一些方面，所述靶标结合肽在ph 7.4下对所述靶标的亲和力是所述靶标结合肽在ph 5.5下对所述靶标的亲和力的至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍或至少20倍。在一些方面，所述靶标结合肽包含一个或多个组氨酸氨基酸残基。在一些方面，所述靶标结合肽对所述靶标的亲和力随着离子强度增加而降低。在一些方面，所述靶标结合肽包含一个或多个能够与所述靶标分子形成极性或电荷-电荷相互作用的极性或带电氨基酸残基。

8、在一些方面，所述细胞受体结合肽缀合至所述靶标结合肽。在一些方面，所述细胞受体结合肽和所述靶标结合肽形成单一多肽链。在一些方面，所述肽复合物包含经由二聚化结构域二聚化的二聚体。在一些方面，所述二聚化结构域包含fc结构域。在一些方面，所述二聚体是经由同二聚化结构域二聚化的同二聚体。在一些方面，所述同二聚化结构域包含与seq id no:245–seq id no:259中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述二聚体是经由第一异二聚化结构域和第二异二聚化结构域二聚化的异二聚体。在一些方面，所述第一异二聚化结构域包含与seq id no:260、seq id no:262、seqid no:264、seq id no:266、seq id no:268、seq id no:270、seq id no:272、seq id no:274、seq id no:276、seq id no:278、seq id no:280、seq id no:282、seq id no:284或seq id no:286中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述第二异二聚化结构域包含与seq id no:261、seq id no:263、seq id no:265、seq id no:267、seq id no:269、seq id no:271、seq id no:273、seq id no:275、seq id no:277、seq idno:279、seq id no:281、seq id no:283、seq id no:285或seq id no:287中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。

9、在一些实施方案中，所述靶标结合肽经由肽接头连接至所述二聚化结构域。在一些实施方案中，所述细胞受体结合肽经由肽接头连接至所述二聚化结构域。在一些方面，所述细胞受体结合肽经由肽接头连接至所述靶标结合肽。在一些方面，所述肽接头具有1至50个氨基酸残基、2至40个氨基酸残基、3至20个氨基酸残基或3至10个氨基酸残基的长度。在一些方面，所述肽接头包含甘氨酸和丝氨酸氨基酸。在一些方面，所述肽接头具有不超过不超过不超过不超过不超过不超过不超过不超过不超过或不超过的持久长度。在一些方面，所述肽接头源自免疫球蛋白肽。在一些方面，所述肽接头源自双结毒素肽。在一些方面，所述肽接头包含seq id no:129–seq id no:141、seq id no:195–seq id no:218、seq id no:223–seq id no:227或seq id no:391中的任一个的序列。

10、在一些方面，所述细胞受体结合肽、所述靶标结合肽或两者包含小蛋白(miniprotein)、纳米抗体、抗体、抗体片段、scfv、darpin或亲和体。在一些方面，所述抗体包含igg，或者其中所述抗体片段包含fab、f(ab)2、scfv或(scfv)2。在一些方面，所述小蛋白包含胱氨酸密集肽、affitin、adnectin、avimer、kunitz结构域、nanofittin、fynomer、双环肽、β-发夹或钉合肽。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含至少一个二硫键、至少两个二硫键、至少三个二硫键或至少四个二硫键。

11、在一些方面，所述靶标结合肽包含至少一个二硫键、至少两个二硫键、至少三个二硫键或至少四个二硫键。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含至少六个半胱氨酸残基。在一些方面，所述至少六个半胱氨酸残基位于所述细胞受体结合肽的氨基酸位置4、8、18、32、42和46处。在一些方面，所述至少六个半胱氨酸残基形成至少三个二硫键。

12、在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:148–seq id no:177中的任一个的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:96、seq id no:65–seq idno:95、seq id no:97–seq id no:128、seq id no:220–seq id no:222或seq id no:1–seqid no:64中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seq id no:96、seq id no:65–seq id no:95、seq id no:97–seq id no:128、seq id no:220–seq id no:222或seq idno:1–seq id no:64中的任一个的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:96具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seqid no:96的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:96的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:392–seqid no:399中的任一个的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:187、seq id no:233–seq id no:239、seq id no:400–seq id no:456或seq id no:241中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seq id no:187、seq id no:233–seq id no:239、seq id no:400–seq id no:456或seq id no:241中的任一个的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:187、seq idno:235、seq id no:236、seq id no:238、seq id no:239、seq id no:400或seq id no:401具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seq id no:187、seq id no:235、seq idno:236、seqid no:238、seq id no:239、seq id no:400或seq id no:401的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:187、seq id no:235、seq id no:236、seq id no:238、seq id no:239、seq id no:400或seq id no:401的序列。在一些方面，所述片段包含至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25、至少26、至少27、至少28、至少29、至少30、至少31、至少32、至少33、至少34、至少35、至少36、至少37、至少38、至少39、至少40、至少41、至少42、至少43、至少44、至少45、至少46、至少47、至少48、至少49或至少50个氨基酸残基。

13、在一些方面，所述细胞受体结合肽在细胞受体结合界面处包含一个或多个组氨酸残基。在一些方面，所述靶标结合肽在靶标结合界面处包含一个或多个组氨酸残基。在一些方面，所述靶标结合肽是pd-l1结合肽、egfr结合肽或tnfα结合肽。在一些方面，所述pd-l1结合肽包含与seq id no:233、seq id no:234、seq id no:187、seq id no:235–seq idno:239、seq id no:400–seq id no:456或seq id no:240中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述egfr结合肽结合egfr变体i i i或酪氨酸激酶抑制剂抗性egfr。在一些方面，所述egfr结合肽包含与seq id no:243、seq id no:244、seq idno:219或seq id no:242具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述egfr结合肽包含seq id no:242的序列。在一些方面，所述egfr结合肽包含seq id no:243的序列。

14、在一些方面，所述靶标是细胞表面分子、生长因子受体、分泌肽、分泌蛋白、循环分子、细胞信号传导分子、细胞外基质大分子、神经递质、细胞因子、生长因子、肿瘤相关抗原、肿瘤特异性抗原或激素、检查点抑制剂、免疫检查点抑制剂、抑制性免疫受体、抑制性免疫受体的配体、巨噬细胞表面蛋白、脂多糖、抗体、抑制性免疫受体、肿瘤相关抗原、肿瘤特异性抗原或自身抗体。在一些方面，所述靶标是胶原蛋白、弹性蛋白、微原纤维蛋白、蛋白聚糖、cd200r、cd300a、cd300f、ceacam1、fcgriib、ilt-2、ilt-3、ilt-4、ilt-5、lair-1、pecam-1、pilr-α、sirl-1和sirp-α、clec4a、ly49q、mic、cd3、cd47、cd28、cd137、cd89、cd14、cd16、cd29、cd44、cd71、cd73、cd90、cd105、cd166、cd27、cd39、cd24、cd25、cd74、cd40l、muc1、muc16、muc2、muc5ac、muc4、ox40、4-1bb、hla-g、lag3、tim3、tigit、gitr、tcr、tnf-α、egfr、egfrviii、tki抗性egfr、her2、erbb3、pdgfr、fgf、vegf、vegfr、igfr1、ctla4、stro1、补体因子c4、补体因子c1q、补体因子c1s、补体因子c1r、补体因子c3、补体因子c3a、补体因子c3b、补体因子c5、补体因子c5a、tgfβ、pcsk9、p2y6、her3、rank、tau、淀粉样蛋白β、亨廷顿蛋白、α-突触核蛋白、葡糖脑苷脂酶、α-葡糖苷酶、il-1、il-1r、il-1α、il-1β、il-2、il-2r、il-4、il-5、il-6、il-6r、il-10、il-10r、il-17、il-23、il-12、p40、b7家族的成员、c-met、siglec、mcp-1、mhc、mhci、mhcii、pd-1或pd-l1。在一些方面，所述靶标是pd-l1、egfr或tnfα。

15、在一些方面，所述肽复合物包含序列，所述序列与seq id no:288–seq id no:313或seq id no:315–seq id no:346中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性；或与seqid no:347、seq id no:348、seq id no:351、seq id no:352、seq id no:355、seq id no:356、seq id no:358、seq id no:359、seq id no:360、seq id no:361、seq id no:362、seqid no:363、seq id no:364、seq id no:365、seq id no:371、seq id no:373、seq id no:376、seq id no:378、seq id no:382、seq id no:384、seq id no:387或seq id no:389中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性。在一些方面，所述肽复合物包含以下各项的序列：seq id no:288、seq id no:289、seq id no:307、seq id no:313、seq id no:327、seqid no:328、seq id no:332、seq id no:333、seq id no:337、seq id no:338、seq id no:342或seq id no:343；与seq id no:302、seq id no:305、seq id no:339、seq id no:340、seq id no:344或seq id no:345异二聚化的seq id no:292、seq id no:293、seq id no:310、seq id no:315或seq id no:316；与seq id no:302、seq id no:339或seq id no:344异二聚化的seq id no:296；seq id no:298；与seq id no:301异二聚化的seq id no:299；与seq id no:330或seq id no:335异二聚化的seq id no:331或seq id no:336；或与seqid no:329、seq idno:330、seq id no:334或seq id no:335异二聚化的seq id no:292、seq id no:315或seq id no:316。在一些方面，所述肽复合物包含以下各项的序列：seq idno:290、seq id no:291、seq idno:308、seq id no:317、seq id no:318、seq id no:322或seq id no:323；与seq id no:304、seq id no:306、seq id no:319、seq id no:320、seqid no:321、seq id no:324或seq id no:325异二聚化的seq id no:292、seq id no:294、seq id no:315、seq id no:316；与seq id no:304、seq id no:319、seq id no:321或seqid no:324异二聚化的seq id no:295或seq id no:297；与seq id no:303异二聚化的seqid no:298或seq id no:300；或与seq id no:306、seq id no:311、seq id no:320或seqidno:325异二聚化的seq id no:326。

16、在一些方面，所述细胞受体结合肽从所述细胞受体的解离速率慢于所述细胞受体的再循环速率。在一些方面，所述细胞受体结合肽从所述细胞受体的解离速率不快于1分钟、不快于2分钟、不快于3分钟、不快于4分钟、不快于5分钟、不快于7分钟、不快于10分钟、不快于15分钟或不快于20分钟。在一些方面，所述肽复合物能够经由受体介导的内吞作用被内吞。在一些方面，所述受体介导的内吞作用是转铁蛋白受体介导的内吞作用。在一些方面，所述细胞受体结合肽在胞吞泡内保持与所述细胞受体结合。在一些方面，当所述细胞受体结合肽与所述细胞受体结合并且使所述细胞受体再循环时，所述肽复合物进行再循环。在一些方面，当所述肽复合物经由受体介导的内吞作用被内吞时，所述靶标从所述靶标结合肽释放或解离。

17、在一些方面，所述靶标是细胞外蛋白、循环蛋白或可溶性蛋白。在一些方面，所述靶标是细胞表面蛋白。在一些方面，所述靶标是跨膜蛋白。在一些方面，所述肽复合物还包含第二靶标结合肽。在一些方面，所述第二靶标结合肽结合第二靶标。在一些方面，所述靶标和所述第二靶标在与所述靶标结合肽和所述第二靶标结合肽结合时形成二聚体。在一些方面，所述靶标和所述第二靶标的二聚化增加所述靶标和所述第二靶标的内吞作用速率。在一些方面，所述第二靶标与所述靶标相同。

18、在一些方面，所述肽复合物还包含与所述细胞受体结合肽、所述靶标结合肽或两者偶联的半衰期调节剂。在一些方面，所述半衰期调节剂是聚合物；聚乙二醇(peg)；羟乙基淀粉；聚乙烯醇；水溶性聚合物；两性离子水溶性聚合物；水溶性聚(氨基酸)；脯氨酸、丙氨酸和丝氨酸的水溶性聚合物；含有甘氨酸、谷氨酸和丝氨酸的水溶性聚合物；fc区；脂肪酸；棕榈酸；或结合至白蛋白的分子。在一些方面，所述结合至白蛋白的分子是血清白蛋白结合肽。在一些方面，所述血清白蛋白结合肽包含seq id no:178、seq id no:179或seq id no:193中的任一个的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽、所述靶标结合肽或两者是重组表达的。

19、在一些方面，所述靶标结合肽被配置为在ph 6.5、ph 6.0、ph 5.5、ph 5.0或ph4.5下与所述靶标解离。在一些方面，所述细胞受体结合肽被配置为在ph 6.5、ph 6.0、ph5.5、ph 5.0或ph 4.5下与所述细胞受体解离。

20、在各种方面，本公开提供了一种选择性地耗竭靶标分子的方法，所述方法包括：使包含细胞受体结合肽和与所述细胞受体结合肽复合的靶标结合肽的肽复合物与表达细胞受体的细胞接触；在细胞外条件下使所述靶标结合肽与所述靶标分子结合；在细胞外条件下使所述细胞受体结合肽与所述细胞受体结合；内吞所述肽复合物、所述靶标分子和所述细胞受体；在内体条件下使所述靶标结合肽与所述靶标分子解结合、使所述细胞受体结合肽与所述细胞受体解结合或两者；以及降解所述靶标分子，从而耗竭所述靶标分子。

21、在各种方面，本公开提供了一种选择性地耗竭靶标分子的方法，所述方法包括：使肽复合物与表达细胞受体的细胞接触；在细胞外条件下使所述靶标结合肽与所述靶标分子结合；在细胞外条件下使所述细胞受体结合肽与所述细胞受体结合；将所述肽复合物、所述靶标分子和所述细胞受体内吞到内吞或溶酶体区室中；在内体条件下从所述靶标分子释放所述靶标结合肽、从所述细胞受体释放所述细胞受体结合肽或两者；以及降解所述靶标分子，从而耗竭所述靶标分子。

22、在一些方面，所述方法还包括使所述肽复合物和所述细胞受体再循环。在一些方面，所述细胞受体是转铁蛋白受体或pd-l1，并且所述细胞受体结合肽是转铁蛋白受体结合肽或pd-l1结合肽。在一些方面，所述细胞受体结合肽是转铁蛋白受体结合肽，并且所述细胞受体是转铁蛋白受体。在一些方面，所述细胞受体结合肽是pd-l1结合肽，并且所述细胞受体是pd-l1。在一些方面，所述内吞包括受体介导的内吞作用。在一些方面，所述细胞受体结合肽在所述内吞或溶酶体区室中保持与所述细胞受体结合。在一些方面，所述靶标分子在所述内吞或溶酶体区室中降解。在一些方面，所述受体介导的内吞作用是转铁蛋白受体介导的内吞作用。

23、在一些方面，所述靶标分子是细胞外蛋白、循环蛋白或可溶性蛋白。在一些方面，所述靶标分子是细胞表面蛋白。在一些方面，所述靶标分子是跨膜蛋白。在一些方面，所述方法包括用所述肽复合物穿透包含血脑屏障(bbb)的细胞层。在一些方面，所述靶标分子在中枢神经系统中降解。在一些方面，所述细胞表达所述细胞受体。

24、在一些方面，所述方法包括在所述细胞外条件下使所述细胞受体结合肽以不超过50μm、不超过5μm、不超过500nm、不超过100nm、不超过40nm、不超过30nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合至所述细胞受体。在一些方面，所述方法包括在所述内体条件下使所述细胞受体结合肽以不超过50μm、不超过5μm、不超过500nm、不超过100nm、不超过40nm、不超过30nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合至所述细胞受体。

25、在一些方面，所述靶标结合肽在所述内吞区室中保持与所述靶标分子结合。在一些方面，所述方法包括在所述细胞外条件下使所述靶标结合肽以不超过50μm、不超过5μm、不超过500nm、不超过100nm、不超过40nm、不超过30nm、不超过20nm、不超过10nm、不超过5nm、不超过2nm、不超过1nm、不超过0.5nm、不超过0.4nm、不超过0.3nm、不超过0.2nm或不超过0.1nm的解离常数(kd)结合至所述靶标分子。在一些方面，所述方法包括在所述内体条件下使所述靶标结合肽以不小于1nm、不小于2nm、不小于5nm、不小于10nm、不小于20nm、不小于50nm、不小于100nm、不小于200nm或不小于500nm的解离常数(kd)结合至所述靶标分子。在一些方面，所述方法包括与所述内体条件相比，在所述细胞外条件下使所述细胞受体结合肽以相差不超过2倍、不超过5倍、不超过10倍、不超过15倍、不超过20倍、不超过25倍、不超过30倍、不超过40倍或不超过50倍的亲和力结合至所述细胞受体。在一些方面，所述方法包括在所述靶标结合肽与所述靶标分子之间形成一种或多种极性或电荷-电荷相互作用。

26、在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:96、seq id no:65–seq idno:95、seq id no:97–seq id no:128、seq id no:220–seq id no:222或seq id no:1–seqid no:64中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:96具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:96的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:392–seq id no:399中的任一个的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq idno:187、seq id no:233–seq id no:239、seq id no:400–seq id no:456或seq id no:241中的任一个具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seq id no:187、seq id no:233–seq idno:239、seq id no:400–seq id no:456或seq id no:241中的任一个的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含与seq id no:187、seq id no:235、seq id no:238或seq id no:239具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性或与seqid no:187、seq id no:235、seq id no:238或seq id no:239的片段具有至少80％、至少90％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的序列。在一些方面，所述细胞受体结合肽包含seq id no:187、seq id no:235、seq id no:238或seq id no:239的序列。

27、在一些方面，所述方法还包括使第二靶标分子与第二靶标结合肽结合。在一些方面，所述靶标分子和所述第二靶标分子在与所述靶标结合肽和所述第二靶标结合肽结合时二聚化。在一些方面，所述方法包括在所述靶标分子和所述第二靶标分子的二聚化后增加所述靶标分子和所述第二靶标分子的内吞作用速率。在一些方面，所述第二靶标分子在所述靶标分子和所述第二靶标分子的内吞作用后降解。在一些方面，所述第二靶标分子与所述靶标分子相同。

28、在各种方面，本公开提供了一种治疗受试者的疾病或疾患的方法，所述方法包括：向所述受试者施用肽复合物，所述肽复合物包含细胞受体结合肽和与所述细胞受体结合肽复合的靶标结合肽；在细胞外条件下使所述靶标结合肽与所述受试者的细胞上与所述疾病或疾患相关的靶标分子结合，所述细胞表达所述靶标分子和细胞受体；在细胞外条件下使所述细胞受体结合肽与所述受试者的所述细胞上的所述细胞受体结合；内吞所述肽复合物、所述靶标分子和所述细胞受体；在内体条件下使所述靶标结合肽与所述靶标分子解结合、使所述细胞受体结合肽与所述细胞受体解结合或两者；以及降解所述靶标分子，从而治疗所述疾病或疾患。

29、在各种方面，本公开提供了一种治疗受试者的疾病或疾患的方法，所述方法包括：向所述受试者施用如本文所述的肽复合物；在细胞外条件下使所述靶标结合肽与所述受试者的细胞上与所述疾病或疾患相关的靶标分子结合，所述细胞表达所述靶标分子和细胞受体；在细胞外条件下使所述细胞受体结合肽与所述受试者的所述细胞上的所述细胞受体结合；内吞所述肽复合物、所述靶标分子和所述细胞受体；在内体条件下使所述靶标结合肽与所述靶标分子解结合、使所述细胞受体结合肽与所述细胞受体解结合或两者；以及降解所述靶标分子，从而治疗所述疾病或疾患。

30、在一些方面，所述靶标分子是细胞表面分子、生长因子受体、分泌肽、分泌蛋白、循环分子、细胞信号传导分子、细胞外基质大分子、神经递质、细胞因子、生长因子、肿瘤相关抗原、肿瘤特异性抗原或激素、检查点抑制剂、免疫检查点抑制剂、抑制性免疫受体、抑制性免疫受体的配体、巨噬细胞表面蛋白、脂多糖、抗体、抑制性免疫受体、肿瘤相关抗原、肿瘤特异性抗原或自身抗体。在一些方面，所述靶标分子是胶原蛋白、弹性蛋白、微原纤维蛋白、蛋白聚糖、cd200r、cd300a、cd300f、ceacam1、fcgriib、ilt-2、ilt-3、ilt-4、ilt-5、lair-1、pecam-1、pilr-α、sirl-1和sirp-α、clec4a、ly49q、mic、cd3、cd47、cd28、cd137、cd89、cd14、cd16、cd29、cd44、cd71、cd73、cd90、cd105、cd166、cd27、cd39、cd24、cd25、cd74、cd40l、muc1、muc16、muc2、muc5ac、muc4、ox40、4-1bb、hla-g、lag3、tim3、tigit、gitr、tcr、tnf-α、egfr、egfrviii、tki抗性egfr、her2、erbb3、pdgfr、fgf、vegf、vegfr、igfr1、ctla4、stro1、补体因子c4、补体因子c1q、补体因子c1s、补体因子c1r、补体因子c3、补体因子c3a、补体因子c3b、补体因子c5、补体因子c5a、tgfβ、pcsk9、p2y6、her3、rank、tau、淀粉样蛋白β、亨廷顿蛋白、α-突触核蛋白、葡糖脑苷脂酶、α-葡糖苷酶、il-1、il-1r、il-1α、il-1β、il-2、il-2r、il-4、il-5、il-6、il-6r、il-10、il-10r、il-17、il-23、il-12、p40、b7家族的成员、c-met、siglec、mcp-1、mhc、mhci、mhcii、pd-1或pd-l1。在一些方面，所述靶标分子是受体酪氨酸激酶。在一些方面，所述受体酪氨酸激酶是egf受体、erbb、胰岛素受体、pdgf受体、vegf受体、fgf受体、cck受体、ngf受体、hgf受体、eph受体、axl受体、tie受体、ryk受体、ddr受体、ret受体、ros受体、ltk受体、ror受体、musk受体或lmr受体。在一些方面，所述靶标分子是病原体或病原体表面分子。

31、在一些方面，所述疾病或疾患是癌症、神经变性疾病、溶酶体贮积病、炎症性疾病、自身免疫性疾病、神经炎症性疾病、免疫疾病或疼痛。在一些方面，所述癌症是乳腺癌、肝癌、结肠癌、脑癌、白血病、淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、骨髓瘤、血细胞源性癌症、肺癌、肉瘤、胃癌、胃肠癌、胶质母细胞瘤、头颈癌、非小细胞肺癌、鳞状非小细胞肺癌、胰腺癌、卵巢癌、血癌、皮肤癌、肝癌、肾癌或结肠直肠癌。所述癌症是tki耐药性的、西妥昔单抗耐药性的、耐昔妥珠单抗耐药性的或帕尼单抗耐药性的。在一些方面，所述癌症是晚期癌症、转移性癌症、中枢神经系统中的转移性癌症、转移性乳腺癌、转移性皮肤癌、难治性癌症、kras野生型癌症、kras突变型癌症或外显子20突变型非小细胞肺癌。在一些方面，所述靶标分子是her2、egfr、fgfr-1、pd-l1、vegf、pd-1、cd38、gd2、slamf7、ctla-4、ccr4、cd20、pdgfrɑ、vegfr2、cd33、cd30、cd22、cd79b、粘连蛋白-4(nectin-4)或trop2。在一些方面，所述靶标分子是egfr或pd-l1。在一些方面，所述方法还包括向所述受试者施用额外疗法。在一些方面，所述额外疗法包括放射、化学疗法、铂疗法或抗代谢疗法。在一些方面，所述额外疗法包括氟尿嘧啶、folfiri、伊立替康、folfox、吉西他滨或顺铂。

32、在一些方面，所述神经变性疾病是阿尔茨海默氏病、肌萎缩性侧索硬化症、弗里德赖希氏共济失调、亨廷顿氏病、帕金森氏病或脊髓性肌萎缩。在一些方面，所述靶标分子是tau、淀粉样蛋白β、亨廷顿蛋白或α-突触核蛋白。在一些方面，所述溶酶体贮积病是戈谢病或庞贝病。在一些方面，所述靶标分子是葡糖脑苷脂酶或α-葡糖苷酶。在一些方面，所述炎症性疾病是类风湿性关节炎、银屑病、多发性硬化症、肾小球肾炎、狼疮、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、皮肤血管炎、神经炎症性疾病、炎症相关的神经变性、阿尔茨海默氏病、中风、创伤性脑损伤、斯耶格伦氏病或囊性纤维化。在一些方面，所述靶标分子是载脂蛋白e4、tnf-α、il-1、il-6、il-7、il-12或il-23。在一些方面，所述靶标分子是tnf-α。在一些方面，所述细胞是癌细胞、免疫细胞、中枢神经系统细胞、神经元细胞、t细胞、b细胞、巨噬细胞、单核细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、肥大细胞、嗜碱性粒细胞或嗜酸性粒细胞。

33、在一些方面，所述方法还包括在所述选择性耗竭复合物、所述靶标分子与所述细胞受体之间形成三元复合物。在一些方面，所述三元复合物的形成增加所述细胞受体、所述靶标分子或两者的再循环或周转。在一些方面，所述三元复合物的形成增加所述靶标分子与所述细胞受体的结合。

34、以引用的方式并入

35、本说明书中引用的所有出版物、专利和专利申请都以引用的方式并入本文，所述引用的程度就好像已具体地且单独地指出将每个单独的出版物、专利或专利申请以引用的方式并入一样。