一种基于数字病理切片文件的自动上传系统的制作方法

本发明涉及图片数据处理，特别涉及一种基于数字病理切片文件的自动上传系统。

背景技术：

1、目前，数字病理切片文件一般包含利用全自动显微镜或光学放大系统扫描采集得到高分辨数字图像和全切片病理图像(whole slide image，wsi)。其中，全切片图像是通过计算机将高分辨数字图像进行高精度多视野无缝隙拼接和处理后获得的多层级可视化的图像。全切片病理图像是数字化病理学的基础，高质量病理图像为病理ai诊断、远程会诊、病理数据共享、教学等多方面提供了便利条件。现如今病理学已经进入数字化时代，自动化的病理图像文件上传系统的出现提高了切片上传管理的效率和准确性。

2、但是，对于全切片病理图像的大量数据上传和管理，现有技术方案中的自动化的病理图像文件上传系统仅可通过扫描装置扫描数字病理切片(例如公开号为cn107493403b，名称为“一种数字病理切片扫描系统”的专利)实现数字病理切片的自动上传和远程传输，这样的数字病理切片上传方式导致上传的切片图像信息较为单一，无法获得全切片图像的图像多层级信息。

3、因此，本发明提出了一种基于数字病理切片文件的自动上传系统。

技术实现思路

1、本发明提供一种基于数字病理切片文件的自动上传系统，用以克服背景技术中提出的问题。

2、本发明提供一种基于数字病理切片文件的自动上传系统，包括：

3、自动接收模块，用于从自动上传接收端口接收医护人员输入的数字病理切片，并与已存储的数字病理切片分类汇总，获得每个患者的数字病理切片源；

4、同部位拼接模块，用于对患者的数字病理切片源进行同部位视野统一并拼接，获得至少一个部位的全切片图像，并基于全切片图像生成对应部位的层级拼接信息；

5、文件生成模块，用于将层级拼接信息和当前获得的患者同部位的所有数字病理切片进行分别存储，获得患者每个部位的最新待存储切片文件；

6、自动上传模块，用于当检测到患者的最新待存储切片文件被更新时，则将更新后的最新待存储切片文件自动上传至云端系统。

7、优选的，自动接收模块，包括：

8、自动接收子模块，用于从自动上传接收端口接收医护人员输入的数字病理切片；

9、分类汇总子模块，用于将输入的每张数字病理切片与在云端系统存储的属于同一患者的数字病理切片进行汇总，获得每个患者的数字病理切片源。

10、优选的，同部位拼接模块，包括：

11、部位划分子模块，用于对患者的数字病理切片源进行部位划分，获得至少一个部位的数字病理切片集；

12、切片拼接子模块，用于对数字病理切片集中的所有数字病理切片进行视野统一并拼接，获得至少一个部位的全切片图像，并基于全切片图像生成对应部位的层级拼接信息。

13、优选的，切片拼接子模块，包括：

14、参考视规模确定单元，用于将数字病理切片集中所有数字病理切片的像素规模的众数当作参考像素规模；

15、像素规模统一单元，用于基于参考像素规模对数字病理切片集中的所有数字病理切片进行像素规模统一，获得统一数字病理切片集以及每个数字病理切片的规模统一参数；

16、统一切片拼接单元，用于基于数字病理切片集中所有数字病理切片的视野获取参数，将统一数字病理切片集中的所有统一数字病理切片进行拼接，获得对应部位的全切片图像以及每个统一数字病理切片的拼接位置参数；

17、层级信息生成单元，用于基于数字病理切片集中每个数字病理切片的规模统一参数和每个统一数字病理切片的拼接位置参数以及全切片图像，生成对应部位的层级拼接信息。

18、优选的，统一切片拼接单元，包括：

19、粗定位子单元，用于基于数字病理切片集中所有数字病理切片的视野获取参数，对统一数字病理切片集中的所有统一数字病理切片进行粗定位，获得所有统一数字病理切片的粗略相对位置；

20、粗拼接子单元，用于基于统一数字病理切片集中所有统一数字病理切片的粗略相对位置和所有统一数字病理切片中包含的轮廓线，对统一数字病理切片集中的所有统一数字病理切片进行粗拼接，获得粗拼接切片；

21、高精度修复子单元，用于基于统一数字病理切片集以及每个数字病理切片的规模统一参数，对粗拼接切片进行高分辨率修复，获得全切片图像，并确定出每个统一数字病理切片的拼接位置参数。

22、优选的，高精度修复子单元基于统一数字病理切片集以及每个数字病理切片的规模统一参数，对粗拼接切片进行高分辨率修复，获得全切片图像，并确定出每个统一数字病理切片的拼接位置参数的方法，包括：

23、基于规模统一参数确定出数字病理切片集中每个数字病理切片的规模变换倍数，并结合数字病理切片的分辨率，确定出对应部位的粗拼接切片的标准像素规模；

24、基于标准像素规模识别出粗拼接切片的低分辨率区域，并对低分辨率区域进行高分辨率修复，获得全切片图像；

25、基于标准像素规模和全切片图像的像素参数，搭建出全切片图像的像素矩阵，并结合每个统一数字病理切片在全切片图像中的所在位置，确定出每个统一数字病理切片到全切片图像的像素矩阵变换式作为对应统一数字病理切片的拼接位置参数。

26、优选的，层级信息生成单元，包括：

27、第一搭建子单元，用于基于数字病理切片集中每个数字病理切片的规模统一参数，搭建出每个数字病理切片的统一子流程；

28、第二搭建子单元，用于基于每个统一数字病理切片的拼接位置参数，并将全切片图像当成流程输出结果，搭建出拼接子流程；

29、流程拼接子单元，用于将数字病理切片集中的所有数字病理切片的统一子流程和拼接子流程进行拼接，获得对应部位的拼接流程；

30、超链接绑定子单元，用于将拼接流程与全切片图像进行分区域超链接绑定，获得对应部位的层级拼接信息。

31、优选的，文件生成模块，包括：

32、检索目标确定子模块，用于确定当前全切片图像的目标患者和对应的目标部位；

33、第一文件生成子模块，用于当在云端系统中检索出目标患者的目标部位的切片文件时，则基于目标患者的目标部位在云端系统中存储的切片文件中的层级拼接信息对应的拼接流程和当前获得的患者同部位的所有数字病理切片，生成目标患者的目标部位的最新待存储切片文件；

34、第二文件生成子模块，用于当在云端系统中未检索出目标患者的目标部位的切片文件时，则将当前层级拼接信息和当前获得的患者同部位的所有数字病理切片进行分别存储，获得患者每个部位的最新待存储切片文件。

35、优选的，第一文件生成子模块，包括：

36、差异流程确定单元，用于当在云端系统中检索出目标患者的目标部位的切片文件时，则确定出目标患者的目标部位在云端系统中存储的切片文件中的层级拼接信息对应的拼接流程与当前层级拼接信息对应的拼接流程之间的差异流程；

37、第一文件生成单元，用于基于最新获得的全切片图像更新云端系统中存储的切片文件中的全切片图像，并基于差异流程对更新后的全切片图像绑定的超链接进行更新并生成层级拼接信息存储文件；

38、第二文件生成单元，用于将当前获得的患者同部位的所有数字病理切片中的新增切片存储至对应切片文件中的对应子文件中，获得原始切片存储文件；

39、其中，目标患者的目标部位的最新待存储切片文件包括目标患者的目标部位的层级拼接信息存储文件和原始切片存储文件。

40、优选的，自动上传模块，包括：

41、虚拟节点生成子模块，用于将患者所有部位的最新待存储切片文件存储到对应的虚拟存储节点中，获得患者的切片虚拟存储结果，并生成患者的切片虚拟存储节点导图；

42、定时轮询更新子模块，用于对每个患者的切片虚拟存储节点导图进行定时轮询，当在执行定时轮询任务时检测到切片虚拟存储节点导图中的虚拟存储节点被更新时，则将更新后的虚拟存储节点中存储的最新待存储切片文件自动上传至云端系统。

43、本发明区别于现有技术的有益效果为：实现了数字病理切片的自动接收、分类汇总及同部位拼接，克服全切片图像的现有自动上传方式功能单一的问题；且利用层级拼接信息表示拼接获得的全切片图像与原始数字病理切片之间的对应关系，并将其与原始数字病理切片进行分别上传存储，可以获得较为丰富的切片图像信息，使得后续读取全切片图像时，可以仅通过调取其层级拼接信息即可获得全切片图像与原始数字病理切片之间清晰的对应关系，这样的上传方式大大提高了后续切片读取的效率和切片拼接信息的直观性。最后，利用检测最新待存储切片文件是否更新实现了切片文件的自动上传，提高了切片图像数据管理的效率和准确性，同时基于云端系统的上传存储可以支持多用户共享和协同工作，使数字化病理图像的应用和推广更加便捷和高效。

44、本发明的其它特征和优点将在随后的说明书中阐述，并且，部分地从说明书中变得显而易见，或者通过实施本发明而了解。本发明的目的和其他优点可通过在所写的说明书、权利要求书、以及附图中所特别指出的结构来实现和获得。

45、下面通过附图和实施例，对本发明的技术方案做进一步的详细描述。