诊断缺血的方法

专利名称：：诊断缺血的方法诊断缺血的方法相关申请的交叉参考本申请要求2007年5月1日提交的美国临时申请第60/915,366号的优先权，其内容通过引用纳入本文。对于联邦资助下研发所得发明的权利的声明本发明在国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)以及国立神经疾病和中风研究院(NationalInstituteofNeurologicalDisorders和中风)(NINDS)授予的政府资助号NS043252、NS028167、NS042774、NS044283和NS056302的支持下进行。政府享有本发明的某些权利。
背景技术：
：缺血事件如中风是美洲的第三大死因。不同的中风亚型具有其自身的具体控制措施，准确诊断对于各种中风患者的及时治疗至关重要。目前，用于诊断急性缺血性中风与出血性中风的最佳方法依赖于成像技术。然而，迄今为止没有用于确定缺血性中风病因的这种最佳方法。目前，缺血性中风的病因主要取决于临床医生根据间接临床信息的判断。急性缺血性中风的主要病因包括动脉粥样硬化血栓形成性中风和心脏栓塞性中风。动脉粥样栓塞性中风需要进行手术或使用阿司匹林和血小板抑制剂；心脏栓塞性中风需要用抗凝剂，如苄丙酮香豆素钠(coumadin)治疗。为了确定中风的病因，对患者进行磁共振成像或颈动脉多普勒成像，以确定颈动脉中是否出现动脉粥样硬化，测定患者的超声心动图以确定他们的心脏中是否有血凝块。超声心动图的特异性很高，但灵敏度很低。即使拥有最好的信息，也无法确定中风的实际原因就是说，目前无法直接检测病因。而且，所有发生瞬时缺血性发作且患有中风的对象中约30-50%病因不明。因此，本领域需要准确诊断缺血事件(包括例如，中风和瞬时缺血性发作)的方法。本发明满足了这些和其他需要。发明概述本发明提供通过检测在缺血中差异表达的基因的表达水平，诊断缺血(例如栓塞性和血栓形成性中风以及瞬时缺血性发作)的方法。本发明的一个实施方式提供诊断缺血或发生缺血的倾向的方法。该方法包括测定来自哺乳动物对象的生物样品中多种缺血相关基因的表达水平，其中所述水平与这些基因的正常对照水平有差异(即提高或降低)则表明所述对象患有缺血或处于发生缺血的风险中，其中所述多种缺血相关基因选自表1、2、3、4、5、6或7所列的基因。例如，在一些实施方式中，测定选自表l的多种，即两种或多种基因，艮卩LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1(也称为NAIP〃/LOC728519)、TSHZ3、DF(也称为CFD)、FBN2、IER3、NUMB、LAK(也称为ALPK1)、CD8B1、RRAS2、C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185和C7orf41中两种或多种基因的表达水平。在-些实施方式中，测定表1所列基因中5种或多种、IO种或多种、15种或多种、20种或多种、或者23种基因的表达水平。在一些实施方式中，与正常对照水平的差异(即提高或降低)分别是高或低至少约1.3倍、1.4倍或1.5倍。在一些实施方式中，测定选自表l、9和IO中鉴定的LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB、LAK、CD8B1和RRAS2的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14种基因的表达水平。在一些实施方式中，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍，则表明该对象已经历心脏栓塞性中风或处于心脏栓塞性中风的风险中。在一些实施方式中，测定选自表1、8和10中鉴定的C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的2、3、4、5、6、7、8、9或10种基因的表达水平。在一些实施方式中，与正常对照水平6相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约i.3倍表明该对象已经历动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风，或者处于动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风的风险中。在一些实施方式中，缺血选自栓塞性中风、血栓形成性中风和瞬时缺血性发作。在一些实施方式中，样品是血液。在一些实施方式中，通过检测缺血相关基因探针与所述生物样品的基因转录物的杂交来确定表达水平。在一些实施方式中，在核酸阵列上进行所述杂交步骤。本发明另一实施方式提供缺血参比表达概况，其包括表l、2、3、4、5、6或7所列多种基因的基因表达模式。在一些实施方式中，所述缺血参比表达概况包括表l所列多种基因的基因表达模式。在一些实施方式中，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍是心脏栓塞性中风的参比表达概况。在一些实施方式中，与正常对照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约1.3倍表明是动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风的参比表达概况。本发明另一实施方式提供筛选治疗或预防缺血的化合物的方法。该方法包括a)使候选化合物与表达表1、2、3、4、5、6或7中所列一种或多种基因的细胞相接触；和b)选择调节表l、2、3、4、5、6或7中所列一种或多种基因的表达水平的化合物。在一些实施方式中，与正常对照水平相比，降低选自LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的至少一种基因的表达，或者相对于对照水平提高选自CD8B1和RRAS2的至少一种基因的表达的化合物被鉴定为可用于治疗或预防缺血，包括例如，心脏栓塞性中风的化合物。在一些实施方式中，提高选自C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的至少一种基因的表达的化合物被鉴定为可用于治疗或预防缺血，包括例如，动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风的化合物。本发明另一实施方式提供包含与表1、2、3、4、5、6或7所列的多种核7酸序列特异性结合(即特异性杂交)的多种多核苷酸的阵列。在一些实施方式中，本发明提供包含与表1所列的多种核酸序列特异性结合(即特异性杂交)的多种多核苷酸的阵列。本发明另一实施方式提供包含与表1、2、3、4、5、6或7所列的多种核酸序列特异性结合的多种多核苷酸(例如引物)的反应混合物。在一些实施方式中，本发明提供包含与表1所列的多种核酸序列特异性结合的多种多核苷酸(例如引物)的反应混合物。在一些实施方式中，反应混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。以下详述进一步描述了本发明的这些和其它实施方式。表格简要说明表1列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的23种基因的列表。表2列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的77种基因的列表。表3列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的95种基因的列表。表4列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的133种基因的列表。表5列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的259种基因的列表。表6列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的466种基因的列表。表7列出在缺血(如，心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化血栓形成性中风和瞬时缺血性发作)中差异表达的706种基因的列表。表8列出实施例1所述相对于正常对照对象在动脉粥样硬化血栓形成性中风中差异表达的所选基因的相对表达水平。表9列出实施例1所述相对于正常对照对象在心脏栓塞性中风对象中差异表达的所选基因的相对表达水平。表10列出表1所列基因在心脏栓塞性中风对象中相对于正常对照对象；动脉粥样栓塞性中风对象中相对于正常对照和心脏栓塞性中风对象中相对于动脉粥样栓塞性中风对象的相对表达水平。附图简要说明图1说明在心脏栓塞性和动脉粥样硬化性中风患者之间差异调节的至少改变1.5倍的基因表达热图。图2是按照23种基因的表达模式用PAM对病因不明的中风样品进行病因预测。图3是心脏栓塞性中风-特异性基因与动脉粥样硬化性中风-特异性基因的功能比较。为简明起见，省略了明显重复的功能类型。图4a说明动脉粥样硬化性中风-特异性基因在健康血细胞亚型中的表达活性。图4b说明心脏栓塞性中风-特异性基因在健康血细胞亚型中的表达活性。图5是通过聚类分析对病因不明的中风样品进行病因预测。图6是在PAM中用23种基因对已知心脏栓塞性中风样品进行的10-倍交叉验证结果。图7是在PAM中用23种基因对已知动脉粥样硬化性中风样品进行的10-倍交叉验证结果。发明详述I.引言本发明提供诊断缺血(如，中风和瞬时缺血性发作("TIA"))的方法。本发明基于对患有缺血(如，中风和TIA)的对象的不同基因表达模式的鉴定。检测表1、2、3、4、5、6或7中所列多种基因的表达模式能够明确诊断对象发生或有发生风险的缺血类型。因此，本发明提供确定缺血(中风和TIA)病因的第一种直接方法。可利用本文所述的基因表达模式方便地诊断、监测和预测缺血(如，中风和TIA)。例如，可检测该基因表达模式，以便对对象发生或有发生倾向的缺血事件的类型进行明确分类。在一些实施方式中，也可将该基因表达模式用作缺血参比概况。在其它实施方式中，可利用该基因表达模式鉴定用于治疗或预防缺血的化合物。II.定义除非另有说明，本文所用的所有科技术语具有本发明所属领域普通技术人员通常所理解的含义。通常，本文所用的命名和下述细胞培养、分子遗传学、有机化学和核酸化学以及杂交中的实验室步骤均为本领域熟知和常用的。使用标准技术进行核酸和肽合成。通常，按照生产商说明书进行酶反应和纯化步骤。通常，按照本领域和各种通用参考文献所述的常规方法进行这些技术和步骤(通常参见，Sambrook等，《分子克隆实验室手册》(MOLECULARCLONING:ALABORATORYMANUAL),第3版(20(H)冷泉港实验室出版社(ColdSpringHarborLaboratoryPress),纽约冷泉港(ColdSpringHarbor,N.Y.)以及Ausubel等，《新编分子生物学实验指南》(CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY),1990-2008，韦利科学出版社(WileyInterscience))，将它们引入本文全文中。本文所用的命名以及下述分析化学和有机合成中的实验室步骤均为本领域熟知且常用的。也可使用标准技术或其变型进行化学合成或化学分析。本文所用的"缺血"或"缺血事件"指特征是某区域血管受阻而造成局部区域血供(即循环)不足的疾病和失调。缺血包括例如，中风和瞬时缺血性发作。中风包括例如，缺血性中风(包括但不限于心脏栓塞性中风、动脉粥样栓塞性或动脉粥样硬化血栓形成性中风，即颈动脉、主动脉、心脏和脑中动脉粥样硬化引起的中风，小血管中风(即腔隙性中风)，血管壁疾病即血管炎引起的中风，感染引起的中风，血液病引起的中风，偏头痛引起的中风和药物如激素治疗引起的中风)、出血性缺血性中风、脑出血和蛛网膜下腔出血。"缺血参比表达概况"指相对于正常对照，缺血中差异性表达(即过表达或低表达)的一组基因(如表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因)的表达模式。表达水平比正常对照水平高至少约1.3、1.4、1.5、1.6.、1.7、1.8、1.9、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍的表1、2、3、4、5、6或7中的基因是缺血中过表达的基因，表达水平比正常对照水平低至少约1.3、1.4、1.5、1.6.、1.7、1.8、1.9、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍的表1、2、3、4、5、6或7中的基因是缺血中低表达的基因。或者，表达水平比正常对照水平高至少约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的基因是缺血中过表达的10基因，表达水平比正常对照水平低至少约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的基因是缺血中低表达的基因。"多种"指两种或多种，例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或更多种(如基因)。在一些实施方式中，多种指50、96、100、150、192、200、250、384或500种基因。在一些实施方式中，"多种"指一个或多个表格所列的所有基因，例如，表l、表2、表3、表4、表5、表6和/或表7中所列的所有基因。"样品"或"生物样品"包括组织切片，例如活检或尸检样品，以及为组织学目的获取的冰冻切片。这类样品包括血液，痰，组织，裂解细胞，脑活检样品，培养细胞例如原代培养物、外植体和转化细胞，粪便，尿液等。生物样品通常获自真核生物体，最优选哺乳动物，例如灵长动物，如黑猩猩或人；牛；犬；猫；啮齿动物如豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或鸟类；爬行动物；或鱼类。本文所用的"阵列"指包含连接的核酸或肽探针的固相支持物。阵列通常包含偶联于基材表面不同已知位置的多种不同的核酸或肽探针。这些阵列也称为"微阵列"或俗语"芯片"，本领域通常有记载，例如美国专利号5,143,854、5,445,934、5,744,305、5,677,195、6,040,193、5,424,186和Fodor等，Sc/匿e,251:767-777(1991)。通常可利用机械合成法或光导向的合成法生产这些阵列，光导向的合成法利用光刻法和固相合成法的组合。利用机械合成法合成这些阵列的技术参见例如美国专利号5,384,261。阵列可包括平坦平面，或者可以是珠、凝胶、聚合表面、纤维如光纤、玻璃或如美国专利号5,770,358、5,789,162、5,708,153、6，040，193和5,800,992所述的任何其它合适基材上的核酸或肽。可以将阵列包装成能够进行诊断或进行所有包含装置的其它操作的形式，参见例如，美国专利号5,856,174和5,922,591。术语"基因"指参与产生多肽链的DNA区段；其包括编码区之前和之后的区域(前导物和尾随物)，以及单个编码区(外显子)之间的插入序列(内含子)。在本文中术语"核酸"和"多核苷酸"可互换使用，它们指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸和它们的聚合物。该术语包括含有已知核苷酸类似物或修饰的主链残基或连接的核酸，它们是合成、天然产生的和非天然产生的，它们与参比核酸的结合特性类似，它们与参比核苷酸的代谢方式类似。这类类似物的例子包括但不限于硫代磷酸酯、氨基磷酸酯(phosphoramidates)、膦酸甲酯、手性-膦酸甲酯、2-0-甲基核糖核苷酸、肽-核酸(PNA)。除非另有说明，具体核酸序列也包括其保守修饰变体(如，简并密码子取代)和互补序列，以及明确指出的序列。具体说，可通过产生一个或多个选择的(或所有)密码子的第三个位置被混合碱基和/或脱氧肌苷残基取代的序列获得简并密码子取代(Batzer等，NucleicAcidRes.19:5081(1991);Ohtsuka等，J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985);Rossolini等，Mol.Cell.Probes8:91-98(1994))。术语核酸与基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和多核苷酸可互换使用。术语"严谨杂交条件"指通常在核酸的复杂混合物中，探针与其目标子序列杂交，但不与其他序列杂交的条件。严谨杂交条件是序列依赖性的，在不同情况下不同。较长的序列在较高温度下特异性杂交。有关核酸杂交的广泛指南参见Tijssen，《生物化学和分子生物学技术_与樣麼薪#/>夯^)〉(rec/m^ww/"A/o/ecw/ar//j^〃'cfea"o"w/r/zA^c/e,c/Vo6es)，"核酸观!l定的杂交原理和方案概览"(Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidassays)(1993)。通常，选择的严谨杂交条件比特定序列在确定离子强度、pH下的解链点低约5-10°C。Tm是50%靶点互补探针与靶序列杂交平衡时的温度(在确定的离子强度、pH和核酸浓度下)(靶序列过量，在Tm时50%探针被平衡地占据)。严谨杂交条件是盐浓度小于约1.0M钠离子，-一般约0.01至1.0M钠离子浓度(或其它盐)，pH7.0至8.3，对短探针(例如，10-50个核苷酸)而言温度至少约为30°C、对长探针(例如大于50个核苷酸)而言至少约60°C的条件。也可加入去稳定剂，如甲酰胺获得严谨杂交条件。在选择性或特异性杂交中，阳性信号至少是背景杂交信号的两倍，任选10倍。示范性的严谨杂交条件可以如下所述50%甲酰胺、5xSSC和l。/。SDS，42°C培育，或者5xSSC、1%SDS、65。C培育，用0.2xSSC和0.1%SDS在65T洗涤。如果编码的多肽基本相同，那么在严谨杂交条件下不相互杂交的核酸仍然基本相同。例如，用遗传密码所允许的最大密码子简并性产生核酸拷贝时可能发生这种情况。在这种情况下，核酸一般在中等严谨的杂交条件下杂交。示范性"中等严谨杂交条件"包括37'C，在40%甲酰胺、1MNaCl、1%SDS的缓冲液中杂交，45°C，IXSSC洗涤。阳性杂交至少是背景的两倍。本领域普通技术人员不难认识到，可利用其他杂交和洗涤条件提供类似严谨性的条件。术语"分离的"、"纯化的"或"生物纯的"指实质上或基本上不含其天然状态通常伴随的组分的物质。一般用分析化学技术如聚丙烯酰胺凝胶电泳或高效液相色谱测定纯度和均一性。作为制剂中存在的主要物质的蛋白质是基本纯的。术语"纯化的"指核酸或蛋白质在电泳凝胶中基本上产生一条条带。具体地，这意味着核酸或蛋白质至少85%纯、更优选至少95%纯，最优选至少99%纯。用于核酸部分时，术语"异源"指该核酸包含在天然情况下不存在于同一关系中的两个或多个子序列。例如，核酸一般是重组产生的，具有两个或多个来自无关基因的序列，它们经排列组成新的功能性核酸，例如启动子来自一个来源而编码区来自另一来源。相似地，异源蛋白表示该蛋白包含天然情况下不存在于同一关系中的两个或多个子序列(如融合蛋白)。"表达载体"是重组或合成产生的核酸构建物，其具有一系列专门化的核酸元件以便在宿主细胞中转录特定核酸。表达载体可以是质粒、病毒或核酸片段的一部分。表达载体-般包含与启动子操作性连接的待转录核酸。术语"多肽"、"肽"和"蛋白质"在本文中可互换使用，指氨基酸残基的聚合物。该术语可应用于一个或多个氨基酸残基是相应天然产生氨基酸的人工化学模拟物的氨基酸聚合物，以及天然产生的氨基酸聚合物和非天然产生的氨基酸聚合物。术语"氨基酸"指天然产生的和合成的氨基酸，以及以类似于天然产生的氨基酸的方式起作用的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然产生的氨基酸是遗传密码编码的氨基酸，以及随后修饰的氨基酸，如羟基脯氨酸、a-羧基谷氨酸和O-磷酸丝氨酸。"氨基酸类似物"指与天然产生的氨基酸具有相同基本化学结构的化合物，即a碳结合于氢、羧基、氨基和R基，如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲硫氨酸甲基锍。这种类似物具有修饰的R基(如正亮氨酸)或修饰的肽主链，但与天然产生的氨基酸的基本化学结构保持相同。"氨基酸模拟物"指结构不同于氨基酸的一般化学结构，但作用方式类似于天然产生的氨基酸的化学化合物。在本文中，氨基酸可用IUPAC-IUB生物化学命名委员会推荐的通用三字13母代号或单字母代号表示。同样，核苷酸可用其普遍接受的单字母代码表示。"保守修饰变体"可应用于氨基酸和核酸序列。对于特定的核酸序列，保守修饰变体指编码相同或基本相同的氨基酸序列的核酸，或者当核酸不编码氨基酸序列时，指基本相同的序列。由于遗传密码的简并性，大量功能相同的核酸编码任何给定的蛋白质。例如，密码子GCA、GCC、GCG和GCU都编码丙氨酸。因此，在密码子确定为丙氨酸的每个位置上，可将密码子改变为所述的任何相应密码子而不改变编码的多肽。这类核酸变异是"沉默变异"，是保守修饰变异的一种。本文所述的编码多肽的每种核酸序列也描述该核酸的每种可能的沉默变异。本领域技术人员认识到，可修饰核酸中的各个密码子(除了AUG禾口TGG，AUG通常是甲硫氨酸的唯一密码子，TGG通常是色氨酸的唯一密码子)，以产生功能相同的分子。因此，在所述的各序列中暗示了编码多肽的核酸的各沉默变异。至于氨基酸序列，本领域技术人员将认识到，对核酸、肽、多肽或蛋白质序列进行单个取代、缺失或加入以在编码序列中改变、加入或删除一个氨基酸或少量氨基酸是"保守修饰变体"，其中改变导致氨基酸被化学上相似的氨基酸所取代。提供功能相似的氨基酸的保守取代表是本领域熟知的。这类保守修饰的变体包括并不排除本发明的多态性变体、种间类似物和等位基因。以下八组各自含有可互相保守取代的氨基酸1)丙氨酸(A)，甘氨酸(G);2)天冬氨酸(D)，谷氨酸(E);3)天冬酰胺(N)，谷胺酰胺(Q);4)精氨酸I，赖氨酸(K);5)异亮氨酸(1)，亮氨酸(L)，甲硫氨酸(M)，缬氨酸(V);6)苯丙氨酸(F)，酪氨酸(Y)，色氨酸(W);7)丝氨酸(S)，苏氨酸(T);和8)半胱氨酸(C)，甲硫氨酸(M)(参见例如，Creighton，/VWezVw(1984))。在两种或多种核酸或多肽序列中，术语"相同"或"相同性"百分数指在比较窗口或指定区域上，采用以下序列比较算法之一或通过手工比对和视觉观察来比较和比对最大对应性时，两个或多个序列或子序列相同或具有一定百分数相同的氨基酸残基或核苷酸(即，在缺血相关基因(如表l、2、3、4、5、6或7所列基因)的某特定区域上60%相同，优选65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%相同)。然后，可称这些序列"基本相同"。该定义也指测试序列的互补序列。优选在长度至少约25个氨基酸或核苷酸的区域上存在相同性，或者更优选在长度50-100个氨基酸或核苷酸的区域上存在相同性。在序列比较中，一般将一种序列用作与测试序列相比的参比序列。使用序列比较算法时，测试和参比序列均输入计算机，如果必要指定子序列坐标，指定序列算法程序参数。可使用默认的程序参数，或者可指定另选的参数。然后，该序列比较算法根据程序参数计算出测试序列相对于参比序列的序列相同性百分数。为了将核酸和蛋白质与缺血相关核酸和蛋白质进行序列比较，使用BLAST和BLAST2.0算法和下面讨论的默认参数。本文所用的"比较窗"包括参考选自20-600，通常约50-200，更常见约100-150数量的毗连位置的区段，对两个序列进行最优比对后，可将该区段的序列与相同数量的毗连位置的参比序列作比较。比对序列进行比较的方法是本领域熟知的。可通过，例如Smith和Waterman的局部同源性算法，Adv.Appl.Math.2:482(1981)，通过Needleman和Wunsch的同源性比对算法，J.Mol.Biol.48:443(1970)，通过Pearson和Lipman的相似性搜索法，Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA85:2444(1988)，通过计算机执行这些算法(遗传学计算组(GeneticsComputerGroup)的威斯康星遗传学软件包(WisconsinGeneticsSoftwarePackage)中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA，575理学博士(ScienceDr.)，威斯康星州麦迪逊(Madison,WI))，或通过手工比对和目测(参见例如，《新编分子生物学实验指南》(CurrentProtocolsinMolecularBiology)(Ausubel等编，1995增刊))进行最优序列比对以便比较。适合测定序列相同性和序列相似性百分数的算法的优选例子分别是BLAST和BLAST2.0算法，参见Altschul等，Nuc.AcidsRes.25:3389-3402(1977)和Altschul等，J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。使用BLAST和BLAST2.0，设定本文所述的参数，以确定本发明核酸和蛋白质的序列相同性百分数。进行15BLAST分析的软件可从公众渠道国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)获f寻(http:〃ncbi.nlm.nih.gov/)。该算法包括首先通过在查询序列中鉴定长度W的短字来鉴定高评分序列对(HSP)，该短字与数据库序列中相同长度的字比对时，匹配或满足一些正值阈值评分T。T称为相邻字评分阈值(Altschul等，同上)。这些初始相邻字命中用作启动搜索发现含有它们的更长的HSP的种子。该字命中在沿各序列的两个方向上延伸，直到可增加累积的比对评分。对于核苷酸序列而言，利用参数M(—对匹配残基的奖励评分；总是>O)和N(错配残基的罚分；总是O)计算累积评分。对于氨基酸序列而言，用评分矩阵计算累积评分。在以下情况出现时中止字命中在各个方向上的延伸累积比对评分比最大获得值降低X;由于一个或多个负评分残基比对的累积，累积评分变为零或零以下；或者达到各序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(对核苷酸序列而言)采用的默认值如下字长(W)11，期望值(E)10，M=5，N=-4，以及比较两条链。对氨基酸序列而言，BLASTP程序使用的默认值为字长3，期望值(E)10，BLOSUM62评分矩阵(参见Henikoff和Henikoff'Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915(1989))比对(B)50，期望值(E)10，M=5，N=-4，以及比较两条链。BLAST算法也对两种序列进行相似性的统计学分析(参见例如，Karlin和Altschul，Proc.Nat，l.Acad.Sci.USA90:5873-5787(1993))。BLAST算法提供的相似性的一种度量是最小概率和(P(N))，它说明两种核苷酸或氨基酸序列之间随机发生匹配的概率。例如，如果测试核酸与参比核酸的比较中最小概率和小于约0.2，更优选小于约0.01，最优选小于约0.001，则认为该核酸类似于参比序列。说明两种核酸序列或多肽基本相同的指标是第一种核酸编码的多肽与第二种核酸编码的多肽产生的抗体能发生免疫交叉反应，如下所述。因此，如果(例如)某多肽与第二种多肽的区别仅为保守取代，则该两种肽通常基本相同。两种核酸序列基本相同的另一指标是两种分子或其互补序列在严谨条件下互相杂交，如下所述。两种核酸序列基本相同的另一指标是可利用相同的引物扩增该序列。术语"选择性(或特异性)杂交"指当某序列出现在复杂混合物(如细胞或文库的总DNA或RNA)中吋，该分子在严谨杂交条件下只与某特定核苷酸序列结合、双链化或杂交。"宿主细胞"指含有表达载体并且支持该表达载体复制或表达的细胞。宿主细胞可以是，例如，原核细胞如大肠杆菌(Kco//)，或真核细胞如酵母细胞或哺乳动物细胞，如CHO细胞。表达或活性的"抑制剂"、"激活剂"和"调节剂"分别指用体外和体内试验鉴定的表达或活性的抑制性、激活性或调节性分子，例如配体、激动剂、拮抗剂及其类似物和模拟物。术语"调节剂"包括抑制剂和激活剂。抑制剂是，例如，抑制本发明多肽或多核苷酸表达，或者结合、部分或完全阻断刺激或酶活性、降低、防止、延迟激活，灭活、脱敏或下调本发明多肽或多核苷酸活性的物质，如拮抗剂。激活剂是，例如，诱导或激活本发明多肽或多核苷酸的表达，或者结合、刺激、提高、打开、激活、促进、增强活化或酶活性、敏化或上调本发明多肽或多核苷酸活性的物质，如激动剂。调节物包括天然产生的和合成的配体、拮抗剂、激动剂、分子等。鉴定抑制剂和激活剂的实验包括例如，在存在或不存在本发明多肽或多核苷酸的条件下将推定的调节物化合物施加于细胞，然后测定对本发明多肽或多核苷酸活性的功能影响。将用潜在的激活物、抑制剂或调节物处理的包含本发明多肽或多核苷酸的样品或试验物与没有抑制剂、激活物或调节物的对照样品作比较，以检测影响程度。对照样品(未用调节物处理)的相对活性值指定为100%。相对于对照，本发明多肽或多核苷酸的活性值约为80%，任选为50%或25-1%时，实现了抑制。相对于对照，本发明多肽或多核苷酸的活性值为110%，任选为150%，任选为200-500%,或1000-3000%或更高时，实现了激活。本文所用术语"测试化合物"或"候选药物"或"调节剂"或其语法等同形式描述了天然产生或合成的任何分子，如蛋白质、寡肽(如长约5至25个氨基酸，优选长约10至20个或12至18个氨基酸，优选长12、15或18个氨基酸)，有机小分子、多糖、脂质、脂肪酸、多核苷酸、RNAi、寡核苷酸等。测试化合物可以是测试化合物文库的形式，例如提供足够多样性的组合文库或随机文库。测试化合物任选地连接于融合伙伴，如靶向化合物、拯救化合物、二聚化化合物、稳定化合物、可寻址化合物和其它官能部分。通常，通过鉴定具有某些所需特性或活性，如抑制活性的测试化合物(称为"先导化合物")，产生先导化合物变体，并评估这些化合物变体的特性和活性，从而产生具有有用特性的新化学实体。这种分析中常常采用高通量筛选(HTS)方法。"有机小分子"指分子量大于约50道尔顿且小于约2500道尔顿，优选小于约2000道尔顿，优选约100至1000道尔顿，更优选约200至500道尔顿的天然产生或合成的有机分子。III.缺血的诊断本发明提供通过检测对象的样品(如血液样品)中多种缺血相关基因的表达诊断缺血(如中风或瞬时缺血性发作)或发生缺血的倾向的方法。在本发明的一些实施方式中，检测表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因的表达。在一个优选实施方式中，检测表l所列多种基因的表达。在一个实施方式中，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、1ER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍则表明该对象已经历心脏栓塞性中风或处于心脏栓塞性中风的风险中。在另一实施方式中，与正常对照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约1.3倍表明该对象己经历动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风，或者处于动脉粥样硬化血栓形成性中风或动脉粥样栓塞性中风的风险中。可以利用本领域已知的任何方法检测基因表达。本领域技术人员应理解，测定基因表达的方法并不是本发明的重要方面。本领域已知利用核酸杂交技术进行的各种具体DNA和RNA测定方法(参见Sambrook，同上和^W5w6e/，同上)，可用于检测表l、2、3、4、5、6或7所列基因的表达。一些方法包括电泳分离(如检测DNA的Southern印迹和检测RNA的Northern印迹)，但也可在不进行电泳分离的情况下测定DNA和RNA(如斑点印迹)。可利用基因组DNA(如来自人)的Southern印迹筛选限制性片段长度多态性(RFLP)，以检测是否存在影响本发明多肽的遗传病。核酸杂交模式的选择并不重要。本领域技术人员已知各种核酸杂交模式。例如，常见模式包括夹心实验和竞争或置换实验。杂交技术通常参见Hames和Higgins《核酸杂交，实践方法》(NucleicAcidHybridization,APracticalApproach),IRL出版社(1985);Gall和Pardue，Proc.Nat，Acad.Sci.U.S.A.,63:378-383(1969);和John等，Nature,223:582-587(1969)。杂交复合物的检测可能需要产生信号的复合物结合于靶和探针多核苷酸或核酸的双链体。通常，这类结合通过偶联配体的探针和偶联信号的抗-配体之间的配体和抗-配体相互作用发生。信号产生复合物的结合也不难通过暴露于超声波能量而加速。标记使得可以间接检测杂交复合物。例如，当标记是半抗原或抗原时，可用抗体检测样品。在这些系统中，通过将荧光或酶分子连接于抗体，或者在某些情况下连接放射性标记而产生信号(参见例如，Tijssen，"酶促免疫实验的实践和理论"(尸rac"cerAeo^。/五"z戸/m扁謹馬w)，《生物化学和分子生物学实验技术》(丄fl6o;-ato7Tec/zm々wes5/oc/zew^^vA/b/ecw/ar脂ogy)，Burdon和vanKnippenberg编，艾思威尔出版社(Elsevier)(1985)，第9-20页)。该探针通常直接标记或者间接标记，例如用同位素、生色团、发光团、色原体直接标记，或者用随后可结合链霉亲和素复合物的生物素间接标记。因此，本发明试验中所用的可检测标记可以是第一标记(该标记包含能直接检测的元素或产生可直接检测的元素)或第二标记(该检测标记结合于第一标记，例如免疫标记中常见的情况)。通常，利用标记的信号核酸检测杂交。可通过通常用于检测是否存在杂交多核苷酸的若干方法中的任何一种标记互补核酸或信号核酸。最常用的检测方法是使用"H、l25I、35S、l4C或"P-标记探针等进行放射自显影。其它标记包括例如，结合于标记抗体的配体、荧光团、化学发光剂、酶和可用作标记配体的特异性结合成对成员的抗体。标记的引入、标记步骤和标记的检测参见Polak和VanNoorden"免疫细胞化学研究介绍"(/"fro甴c"卵to/www"oq^oc/zewWo0，第2版，施普林格弗莱格公司(Springer-Verlag)，NY(1997);以及Haugland《荧光探针和研究化学品》(//""必ooAo/F/worwce"//Vo6es/esea厂c/2C7zem/ca&)，分子探争f公百J(MolecularProbes,Inc.)出版的联合手册和目录(1996)。通常，用监测特定探针或探针组合的检测器测定检测试剂标记。检测器通常包括分光光度计、光电管和光电二极管、显微镜、闪烁计数器、照相机、胶片等，及其组合。合适的检测器的例子可由本领域技术人员已知的各种商业来源广泛获得。通常，将包含结合的标记部分的底物的光学图像数字化，以便进行后续计算机分析。最常见的是定量测定通过结合检测试剂而固定于固相支持物的标记的量，从而确定RNA含量。一般，相对于不包含调节剂的对照孵育，或相对于对特定反应类型建立的基线，在孵育期间存在调节剂会提高或降低固定于固相支持物的标记量。检测和定量测定标记的方式是本领域技术人员众所周知的。在优选实施方式中，耙核酸或探针固定于固相支持物。适用于本发明实验的固相支持物是本领域技术人员熟知的。本文所用的固相支持物是以基本固定的形式安排的基材。例如，在本发明的一个实施方式中，用微阵列检测基因表达模式。微阵列提供了一种同时检测大量基因的表达水平的方法。各阵列由附连于固相支持物的多种核酸(如，与表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因杂交的多种核酸)的可重现图样构成。在一个实施方式中，该阵列含有与表l所列多种基因杂交的多种核酸。标记的RNA或DNA与阵列上的互补探针杂交，然后通过激光扫描检测。测定阵列上每种探针的杂交强度，并将其转化为缺血(如中风或瞬时缺血性发作)中相对基因表达水平的定量读数。在一些实施方式中，由对象获得样品，由样品分离总mRNA并转化为标记的cRNA，然后与阵列杂交。参照阵列上和样品中的合适对照计算相对转录物水平。参见Mahadevappa和Warrington，Ato.说'o&c/z"o/.17，1134-1136(1999)。各种自动化的固相测定技术也是合适的。例如，可使用极大规模的固定聚合物阵歹i」(VLSIPSTM)，获自艾菲美特公司(Affymetrix，Inc.)(加州圣克拉拉(SantaClara，CA))检测同时参与同一调节途径的多种基因的表达水平的改变。参见Tijssen，同上，Fodor等(1991)Science,251:767-777;Sheldon等(1993)ClinicalChemistry39(4):718-719和Kozal等(1996)NatureMedicine2(7):753-759。可使用，例如，特异性结合双链体核酸的标记的检测部分(如，RNA-DNA20双链体的特异性抗体)进行检测。一个优选的实施例采用识别DNA-RNA异源双链体的抗体，其中抗体连接于酶(通常通过重组或共价化学结合连接)。该酶与底物反应时产生可检测产物，从而检测抗体。Coutlee等(1989)j"a/_y"c"/181:153-162;Bogulavski(1986)等//mmw"o/.M"/zocfe89:123-130;Prooijen-Knegt(1982)￡x/.Ce〃141:397-407;Rudkin(1976)Atoww265:472-473，Stollar(1970)尸亂淑'"caof.园65:993-1000;Ballard(1982)嵐/顯腸/.19:793-799;Pisetsky和Caster(1982)Mo/./扁画/.19:645-650;Viscidi等(1988)JC7/".M/c油'a/.41:199-209;和Kiney等(1989)/C7/".M/croWo/.27:6-12记载了RNA双链体，包括同源和异源双链体的抗体。包含DNA:RNA杂交体的特异性抗体的试剂盒可购自，例如，大戟诊断公司(DigeneDiagnostics,Inc.)(马里兰州贝兹维尔(Beltsville，MD))。除可获得的抗体外，本领域技术人员还可容易地用现有技术制备核酸双链体的特异性抗体，或者修饰可购得或从公共渠道获得的这些抗体。除上述技术外，本领域技术人员已知产生多克隆和单克隆抗体的通用方法(参见例如，Paul(第3版)《基础免疫学》(FundamentalImmunology)纽约拉文出版社公司(RavenPress,Ltd.,NY)(1993);Coligan，等，《新编免疫学实验指南》(CurrentProtocolsinImmunology),韦利科学出版社(WileyInterscience)(1991-2008);Harlow禾口Lane，《抗体实验室手册》(Antibodies:ALaboratoryManual)纽约冷泉港出版社(1988);Harlow和Lane,《使用抗体》(UsingAntibodies),纽约冷泉港出版社(1999);Stites等(编)《基础和临床免疫学》(BasicandClinicalImmunology)(第4版)加州洛斯阿尔托斯的兰格医学出版公司(LangeMedicalPublications,LosAltos，CA)和其中引用的参考文献；Goding《单克隆抗体原理和实践》(Mo"oc/o"a/爿胎'6ofife&'尸〃'"c^/ma"c/尸ra"/ce)(第2版)纽约州纽约学术出版社(AcademicPress,NewYork,NY)(1986);以及Kohler和MilsteinNature256:495-497(1975))。用于制备抗体的其它合适技术包括在噬菌体和相似载体中选择重组抗体文库(参见Huse等Science246:1275-1281(1989);和Ward等Nature341:544-546(1989))。特异性的单克隆和多克隆抗体和抗血清的结合KD通常为至少约0.1fiM，优选至少约0.01(iM或更好，最好优选0.001jiM或更好。本发明所用核酸可以是正或负探针。正探针结合其靶点，形成双链体证明存在耙点。负探针不能结合怀疑的耙点，不形成双链体证明存在耙点。例如，野生型特异性核酸探针或PCR引物可用作测定只存在感兴趣的核苷酸序列的样品的负探针。可通过使用扩增所检测靶核酸的核酸扩增体系来提高杂交实验的灵敏度。这类体系的例子包括聚合酶链反应(PCR)体系，特别是RT-PCR或实时PCR，以及连接酶链反应(LCR)体系。本领域近期描述的其它方法是基于核酸序列的扩增法(NASBA，安大略省米西索加市的坎基公司(Cangene，Mississauga，Ontario))和QBeta复制酶体系。可利用这些体系直接鉴定突变体，其中设计PCR或LCR引物以便只在所选序列存在时延伸或连接。或者，通常可利用，例如，非特异性PCR引物扩增所选序列，随后探测扩增的靶区域中是否含有表明有突变的特定序列。测定本发明核酸表达水平的另一种方式是原位杂交。原位杂交实验是熟知的，通常参见Angerer等，Me&ods五"矽wo/.152:649-660(1987)。在原位杂交实验中，来自小脑或海马区的细胞，优选人细胞固定于固相支持物，一般是载玻片。如果准备检测DNA，则用加热或碱使细胞变性。然后使细胞在适当温度下接触杂交溶液，以便使标记的特异性探针退火。优选用放射性同位素或荧光报道物标记该探针。在本发明的一个实施方式中，用微阵列检测基因表达模式。微阵列提供了一种同时检测大量基因的表达水平的方法。各阵列由附连于固相支持物的多种核酸(如，与表l、2、3、4、5、6或7所列多种基因杂交的多种核酸)的可重现图样构成。在一个实施方式中，该阵列含有与表1所列多种基因杂交的多种核酸。标记的RNA或DNA与阵列上的互补探针杂交，然后通过激光扫描检测。测定阵列上每种探针的杂交强度，并将其转化为缺血(如中风或瞬时缺血性发作)中相对基因表达水平的定量读数。在一些实施方式中，由对象获得样品，由样品分离总mRNA并转化为标记的cRNA，然后与阵列杂交。参照阵列上和样品中的合适对照计算相对转录物水平。参见Mahadevappa和Warrington，Ato.5/o/ec/2"o/,17，1134-1136(1999)。在其它实施方式中，利用定量RT-PCR检测表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因的表达。在一个实施方式中，利用定量RT-PCR检测表1所列多种基因。可应用技术的概览可参见例如，定量PCR概述(iZ0/gw朋故油've尸O)，Bustin编，2004，国际大学线(InternationalUniversityLine);《定量PCR方案》(2wa"故a"ve尸C//VotocoW，Kochanowski和Reischl编，1999，休曼出版社(HumanaPress);《PCR的临床应用》(C7Z"/ca/^^//caf/ow0/尸C7)，Lo编，2006，休曼出版社；《PCR方案方法和应用指南》(尸0/Votoco/r^&MeAo^aw/々7/"cfl"om)(Innis等编(1990))以及《PCR技术在DNA扩增中的原理和应用》(尸C7Tec/mo/ogvv^p〃c""om1#DiV/4/^/7断ca"o")(Erlich编(1992))。此外，扩增技术还可参见美国专利号4,683,195和4，683，202。本领域已知的用于多重PCR的方法可应用于本发明。因此，本发明的一个实施方式中提供包含与表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因的核酸序列特异性杂交的多种多核苷酸(如引物)的反应混合物。在一些实施方式中，本发明提供包含与表1所列多种基因的核酸序列特异性结合的多种多核苷酸(例如引物)的反应混合物。在一些实施方式中，反应混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。本发明依赖重组遗传学领域的常规技术。通常，下述重组DNA技术中的术语和实验室步骤均为本领域熟知且常用的。用标准技术进行克隆，DNA和RNA的分离、扩增和纯化。涉及DNA连接酶、DNA聚合酶、限制性核酸内切酶等的酶反应通常按照生产商说明书进行。披露本发明所用的全部方法的基础文本包括Sambrook等，《分子克隆，实验室手册》(MolecularCloning,ALaboratoryManual)(第3版，2001);Kriegler，《基因转移和表达实验室手册》(GeneTransferandExpression:ALaboratoryManual)(1990);以及《新编分子生物学实验指南》(CurrentProtocolsinMolecularBiology)(Ausubel等编，1994-2008，韦利科学出版社))。对核酸而言，以千碱基(kb)或碱基对(bp)为单位给出大小。它们是获自琼脂糖或丙烯酰胺凝胶电泳、测序核酸或公开的DNA序列的估计值。对蛋白质而言，以千道尔顿(kDa)或氨基酸残基数目为单位给出大小。由凝胶电泳、测序的蛋白质、推导的氨基酸序列或公开的蛋白质序列估计蛋白质大小。按照固相亚磷酰胺三酯法，用如VanDevanter等，NucleicAcidssRes.12:6159-6168(1984)所述的自动合成仪化学合成不能从市场上购得的寡核苷酸，该方法首先由Beaucage和Caruthers记载于TetrahedronLetts.22:1859-1862(1981)。寡核苷酸的纯化通过天然丙烯酰胺凝胶电泳或阴离子交换HPLC进行，如Pearson和Reanier，J.Chrom.255:137-149(1983)所述。IV.缺血参比概况本发明还提供缺血参比概况。参比概况包括有关多种缺血相关基因(即表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因)的表达水平与特定缺血类型相关联的信息。在一个实施方式中，缺血参比概况将表l所列多种基因的表达水平与特定缺血类型相关联。该概况可方便地用于诊断、监测和预测缺血。本发明的一个实施方式提供已经历心脏栓塞性中风或处于发生心脏栓塞性中风风险中的对象的缺血参比概况。因此，该缺血参比概况与选自下组的多种基因的表达水平相关联LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB、LAK、CD8B1禾口RRAS2。例如，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍的表达概况是已经历心脏栓塞性中风或处于心脏栓塞性中风风险中的对象的参比概况。本发明的一个实施方式提供已经历动脉粥样硬化血栓形成性中风或处于发生动脉粥样硬化血栓形成性中风风险中的对象的缺血参比概况。因此，缺血参比概况与选自下组的多种基因的表达水平相关联C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK。与正常对照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约1.3倍的表达概况是己经历动脉粥样硬化血栓形成性中风，或者处于动脉粥样硬化血栓形成性中风风险中的对象的参比概况。可将参比概况输入数据库，例如包含适合预定分类的数据的关系数据库。每个表格或关系各列包含一个或多个数据分类。每行包含各列限定的分类的独特数据实例。例如，典型的本发明数据库包括记载样品的表，该表各列是年龄、性别、生育状态、表达概况等。另一张表记载疾病症状、水平、样品标识、表达概况等。在--个实施方式中，本发明将实验样品与参比样品数据库进行匹配。该数据库由用作参比样品的多种不同样品组合而成。在一个实施方式中，在患者访问医务人员过程中从患者获得单个参比样品。也通过任何可用方法获得关于该样品的生理、疾病和/或药理状态等信息。此种方法可包括但不限于，表达概况分析、临床分析、医疗史和/或患者面谈。例如，可通过面谈确定患者的年龄、性别、种族来源、疾病症状或过往诊断以及患者目前正在进行何种治疗。获得多份这类参比样品。可以从某个单独个体获得一份参比样品或在不同时间获得一份以上样品。本领域技术人员认识到，基于数据库进行比较的预测结果的置信水平随着数据库中参比样品数量增加而提高。该数据库组成若干组参比样品。每个参比样品包含有关生理、药理和/或疾病状态的信息。一方面，该数据库是关系数据库，数据组成三个数据表，一张表中样品主要根据生理状态分组，一张表中样品主要根据疾病状态分组，还有一张表中样品主要根据药理状态分组。在每张表中，可按照其余两个分类对样品进行进一步分组。例如，生理状态表可进一步按照疾病和药理状态进行分类。本领域技术人员应理解，本发明可表现为方法、数据处理系统或程序产品。因此，本发明可采取数据分析系统、方法、分析软件等形式。按照本发明编写的软件可储存于某种形式的计算机可读介质中，如存储器、硬盘、DVDROM或CDROM，或者通过网络传输并由处理器执行。本发明还提供用于分析生理状态、疾病状态水平和/或疗效的计算机系统。所述计算机系统包括处理器和耦联于所述处理器的编码一种或多种程序的存储器。存储器中编码的程序使处理器进行上述方法步骤，其中计算机系统将表达概况以及有关生理、药理和疾病状态的信息作为输入接受。可利用计算机系统执行本发明实施方式的软件(参见例如，美国专利号5,733,729)。V.鉴定治疗或预防缺血的化合物的方法
技术领域：
：本发明也提供鉴定治疗或预防缺血的化合物的方法。不难按照本领域技术人员熟知的方法鉴定治疗或预防缺血的化合物。可利用许多不同的筛选方案鉴定调节缺血相关基因的活性或表达水平的物质(即，降低缺血中过表达的基因的活性或表达和提高缺血中低表达的基因的活性或表达的物质)。25可通过筛选调节缺血相关基因表达的物质进行初步筛选。本发明筛选方法可通过体外实验或基于细胞的实验进行。可以在表达一种或多种缺血相关基因的任何细胞中进行基于细胞的实验。本领域技术人员应理解，可以在不含内源性缺血相关基因的细胞中表达缺血相关基因。基于细胞的实验可包括利用全细胞或细胞组分来筛选结合或调节缺血相关基因的物质。合适的基于细胞的实验参见例如，DePaola等，AnnalsofBiomedicalEngineering29:1-9(2001)。也可利用体内实验来鉴定可用于治疗或预防缺血的物质。这种方法的基本形式包括将初步筛选鉴定的先导化合物给予用作缺血模型的动物，然后测定缺血是否实际上得到改善。验证研究所用的动物模型通常是任何种类的哺乳动物。合适动物的具体例子包括但不限于灵长动物(如黑猩猩、猴等)和啮齿动物(如小鼠、大鼠、豚鼠、兔等)。作为缺血相关基因表达的潜在调节剂检测的物质可以是任何小分子化合物或生物实体，如多肽、糖、核酸或脂质。基本上，任何化学化合物均可用作本发明实验中的潜在调节剂，但最常使用可溶于水性溶液或有机溶液(特别是基于DMSO)的化合物。设计实验，通过自动化实验步骤并提供来自任何方便来源的化合物筛选大规模化学文库，通常平行运行(例如，在机器人实验中微量滴定板上的微量滴定形式)。在一个实施方式中，高通量筛选方法包括提供含有大量潜在治疗性化合物(潜在调节剂或配体化合物)的组合化学或肽文库。然后，利用本文所述的一种或多种实验筛选这类"组合化学文库"或"配体文库"，以鉴定具有所需特征性活性的文库成员(特别是化学物种或亚类)。由此鉴定的化合物可用作常规"先导化合物"，或者本身可用作潜在或实际的治疗剂。组合化学文库是通过化学合成或生物合成，通过组合多种化学"结构模块"如试剂产生的多样性化合物集合。例如，通过以每种可能的方式组合一组化学结构模块(氨基酸)至给定化合物长度(即多肽化合物中的氨基酸数量)形成线性组合化学文库如多肽文库。可通过这类化学结构模块的组合混合来合成几百万种化合物。组合化学文库的制备和筛选方法是本领域技术人员熟知的。这类组合化学文库包括但不限于肽文库(参见例如，美国专利5,010,175，Furka，Int.J.Pept.Prot.Res.37:487-493(簡)和Houghton等，Nature354:84-88(1991))。也可使用产生化学多样性文库的其它化学类型。这些化学类型包括但不限于类肽(如PCT公开WO91/19735)、编码肽(如PCT公开WO93/20242)，随机生物寡聚物(如PCT公开WO92/00091)，苯并二氮萆(如美国专利5,288,514)，多样异构体如乙内酰脲、苯并二氮萆和二肽(Hobbs等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA90:6909-6913(1993))，插烯多肽(Hagihara等，J.Amer.Chem.Soc.114:6568(1992))，具有葡萄糖支架的非肽类肽模拟物(Hirschmann等，J.Amer.Chem.Soc.114:9217-9218(1992))，类似的小化合物有机综合体文库(Chen等，J.Amer.Chem.Soc.116:2661(1994))，低聚氨基甲酸酯类(Cho等，Science261:1303(1993))和/或肽酰膦酸酯类(Campbell等，J.Org.Chem.59:658(1994))，核酸文库(参见Ausubel,Berger和Sambrook，同上)，肽核酸文库(参见例如，美国专禾lj5,539,083)，抗体文库(参见例如，Vaughn等，NatureBiotechnology,14(3):309-314(1996)和PCT/US96/10287)，糖文库(参见例如，Liang等，Science,274:1520-1522(1996)和美国专利5,593,853)，有机小分子文库(参见例如，苯并二氮蕈，BaumC&EN，1月18日，第33页(1993);类异戊烯，美国专利5,569,588;噻唑垸酮和偏噻嗪烷酮(metathiazanone)，美国专利5,549,974;吡咯垸，美国专利5,525,735和5,519,134;吗啉代化合物，美国专利5，506，337;苯并二氮萆，5,288,514等)。可购得制备组合文库的装置(参见例如，ECISTM，纽约州特洛伊市的应用生物物理学有限公司(AppliedBioPhysicsInc.,Troy,NY)，MPS,3卯MPS，肖一塔基州路易斯维尔市的先进化学技术公司(AdvancedChemTech，LouisvilleKY)，Symphony,Rainin，马萨诸塞州沃本(Woburn，MA)，433A加州福斯特城应用生物系统公司(AppliedBiosystems，FosterCity,CA)，9050Plus,马萨诸塞州贝德福德密理博公司(Millipore，Bedford,MA))。此外，许多组合文库本身可购得(参见例如，新泽西州普林斯顿的CG公司(ComGenex，Princeton,N丄)，密苏里州圣路易斯的替普斯公司(Tripos，Inc.,St.Louis，MO)，宾夕法尼亚州艾克斯顿的3D制药公司(3DPharmaceuticals,Exton，PA)，马里兰州哥伦比亚的马泰克生物科学公司(MartekBiosciences,Columbia,MD)等)。试剂盒本发明也提供用于诊断缺血或发生缺血的倾向的试剂盒。例如，本发明提供的试剂盒包括一个或多个反应容器，这些容器中包含等份的一些或所有本发明反应组分。这些等份可以是液体或干燥形式。反应容器可包括能够在同一容器中保持、加工和/或扩增样品的样品加工筒或其它容器。该试剂盒可包含与表1、2、3、4、5、6或7所列多种基因杂交的多种核酸探针。在一个实施方式中，该试剂盒包含与表1所列多种基因杂交的多种核酸探针。可将探针固定在本文所述的阵列上。此外，该试剂盒可包括有利于扩增和/或检测反应的合适的缓冲液、盐和其它试剂(如引物)，以测定表l、2、3、4、5、6或7所列多种基因的表达水平。在一个实施方式中，该试剂盒包括有利于扩增和/或检测反应的合适的缓冲液、盐和其它试剂(如引物)，以测定表1所列多种基因的表达水平。该试剂盒也包括有关使用该试剂盒的书面说明书。实施例提供以下实施例，以说明而非限制要求保护的本发明。材料和方法人对象将急性缺血性中风患者(n-45个样品，获自15位患者)编入CLEAR试验。参与单位的单位伦理委员会批准了该研究方案和知情同意书。临床诊断中风患者，并进行计算机断层脑扫描以排除出血。签署知情同意书后，将患者随机分组，在中风发作3小时内以双盲方式给予标准剂量r-tPA(激活酶)或1:3的依替巴肽和低剂量r-tPA(激活酶)的组合。分别在治疗前("<3小时样品")、血栓溶解治疗后约2小时("5小时样品")和中风发作后24小时("24小时样品")从每位患者抽血(15ml)，装入PAXgene试管中。从中风对象总共收集45份血液样品。额外的信息参见ClinicalTrials.gov中的标号NCT00250991。利用TOAST标准(Adams等，S/rafe(1993)24:35-41)评估中风的病因，分成以下类别动脉粥样硬化性中风、心脏栓塞性中风和病因不确定的中风。出于研究设计的原因通常将患有小动脉腔隙性中风的患者排除在CLEAR试验之外，本文报道的患者均未患有腔隙性中风。从8位健康志愿者抽取对照外周血样品(11=16个样品)。每位志愿者隔天(onedayapart)贡献两份独立的血液样品。健康对照没有心脑血管疾病、近期感28染或血液疾病的病史。样品处理通过肘前窝静脉穿刺，将每个对象的全血(15ml)收集到6个PAXgene真空管(德国希尔敦的PAX公司(PreAnalytiX，Hilden，Germany))中。室温下静置2小时后，将PAXgene试管冷冻于-8(TC。按照生产商说明书分离总RNA(PAXgene血液RNA试剂盒，德国PAX公司(PreAnalytiX，Germany))。RNA来自PMN(嗜中性粒细胞、嗜碱性细胞和嗜酸性细胞)、单核细胞(PBMC-淋巴细胞、巨噬细胞/单核细胞)、血小板和血红细胞前体。微阵列杂交和RT-PCR按照标准艾菲美特方案(AffymetrixProtocols)(艾菲美特表达分析技术手册(AffymetrixExpressionAnalysisTechnicalManua))丰示记、杂交禾口扫描RNA样品。用单循环靶点标记方案标记10!ig总RNA。将含有超过54,000组探针的艾菲美特人U133Plus2阵列用于各RNA样品。也对该RNA样品进行RT-PCR。微阵列数据分析将探针水平的数据储存在Affymetrbc.cel文件中，用强大多阵列平均软件(RobustMulti-arrayAverage,RMA)(获自万维网址bioconductor.org/)总结。用基因斯普林软件(Gen印ringsoftware)(加州雷德伍德城的SG公司(SiliconGenetics,RedwoodCity,CA))对心脏栓塞性中风、动脉粥样硬化性中风、病因不明的中风和对照进行统计学分析，包括单向方差分析(ANOVA)。用BJ(Benjamini-Hochberg)假发现率(FDR)控制多重比较，5。/oFDR(〈0.05)被认为是显著的。应用不同的改变倍数过滤以最大程度降低n型误差。也在心脏栓塞性中风和动脉粥样硬化性中风之间进行直接比较(斯氏t检验(Student，st-test))，以便与ANOVA分析作比较。用斯氏T检验或菲希尔精确检验(Fisher'sexacttest)分析人口统计数据。这些方法的详细描述参见我们之前的研究。参见例如，Tang等，5ra,"尺mAfo/Sra/"(2004)132:155-167;Tang等，^朋yVewra/(2004)56:808-814;和Tang等，JCe"6所oot/F/owAf"a6(2006)26(8):1089-102。实施例1:鉴定心脏栓塞性中风和动脉粥样硬化血栓形成性中风中差异表达的基因心脏栓塞性和动脉粥样硬化性中风患者的人口统计数据各组间年龄、性别或种族无显著差异，高胆固醇血症或高血压病史方面无差异。许多心脏栓塞性中风患者有心脏病史，但动脉粥样硬化性中风患者均无心脏病史(p^.06)。心脏栓塞性中风和动脉粥样硬化性中风的差异表达概况单向ANOVA(FDR<0.05，SNK事后检验(Student-Newman-Keulsposthoctest),相等方差)产生660种在心脏栓塞性与动脉粥样硬化性中风中差异调节的基因。斯氏T检验(pO.001)得到135种在心脏栓塞性中风与动脉粥样硬化性中风中差异表达的基因。用t检验鉴定这135种基因，其中95种也是用单向ANOVA鉴定的基因。使用1.5倍改变过滤，总计77种基因在心脏栓塞性中风和动脉粥样硬化性中风之间的调节明显有差异(用ANOVA或T检验确定显著性；改变倍数〉1.5)。使用这77种基因进行的皮尔逊(Pearson)聚类分析显示，在中风后的各个时间点，对照样品和患有心脏栓塞性中风的对象的样品与患有动脉粥样硬化性中风的对象的样品明显不同(图1)。利用来自ANOVA分析的660种基因或是利用来自t检验的135种基因进行聚类分析，均得到这一结论。接下来，我们检测了对鉴定的病因相关基因而言可能混淆的因素。在鉴定为人种相关基因的54种基因中(白/黑，t检验.FDRO.05,改变倍数>1.5)，没有一种属于上述77种病因相关的基因。在中风前服用阿司匹林的患者中鉴定的受阿司匹林调节的424种基因中，只有5种属于上述77种病因相关的基因(6.5%)(Tang等，Met///>^W/zmm(2006)67:462-466)。病因不明患者的病因预测利用微阵列预测分析(PAM)确定能够将心脏栓塞性中风与动脉粥样硬化性中风区别开的最少基因数量。PAM使用缩小的最接近形心(centroid)发现能区分两种或多种类型的最可靠的基因。(Tang等，2006,同上；Tibshir肌i等，2002，/VocAto/」cac/Sc/"M99:6567-6572)。PAM鉴定到最少需要23种基因才能最佳地区分心脏栓塞性中风与动脉粥样硬化性中风。10倍交叉验证和弃一法证明，这23种基因能够将来自病因已知的中风对象的33个样品中的32个样品正确分类(表l)。关于健康对照，这23种基因可分成3个亚组，使用1.3倍表达改变作为显著改变。与对照对象相比，LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、30BIRCl、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK在患有心脏栓塞性中风的对象中的表达增加至少1.3倍；与对照对象相比，RRAS2和CD8B1在患有心脏栓塞性中风的对象中的表达降低至少1.3倍。与对照对象相比，C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK在患有动脉粥样硬化血栓形成性中风的患者中的表达降低至少1.3倍。因此，通过检测这23种基因的表达水平，我们可以以95.2%的灵敏度和100%的特异性诊断心脏栓塞性中风，以100%的灵敏度和95.2%的特异性诊断动脉粥样硬化血栓形成性中风。因此，只需要对每位患者筛选一小组基因，这可以在一个实时PCR实验中同时进行。通过在中风病因不明的另外六位患者中预测中风原因，证明了这组基因的效力。这六位患者均被诊断为心脏栓塞性中风，这意味着他们应接受节丙酮香豆素钠治疗而不是其它类型的治疗，以预防未来发生中风。通过检测少至23种基因的血液基因表达，我们能够在早至中风发作后3小时客观地区分心脏栓塞性中风与动脉粥样硬化血栓形成性中风。如上所述，本文所述的基因表达概况可用于在病因不明的患者中确定中风或TIA原因。利用PAM和23种基因的最小集合预测根据临床TOAST标准无法确定中风原因的对象的病因。PAM将所有12个未知样品分类为心脏栓塞性中风，概率超过90%(92.9-99.9%，图2)。动脉粥样硬化和心脏栓塞调节基因的功能分析然后，通过聚类分析对在心脏栓塞性中风和动脉粥样硬化性中风之间差异调节的基因进行分类。鉴定到两个基因亚组一个亚组相对于健康对照主要在心脏栓塞性中风中调节(1.2倍过滤为281种基因或1.3倍过滤为148种基因)，另一个亚组相对于健康对照主要在动脉粥样硬化性中风中调节(1.2倍过滤为84种基因或1.3倍过滤为63种基因)。接着用NB系统(NextbioSystem)(美国加州库珀蒂诺(Cupertino，CA，USA))探究两个病因特异性基因列表的功能，上述系统是基于网页的数据搜索和分析引擎。按照改变倍数对基因排序，然后用NB(Nextbio)中的GO、KEGG通路和REACTOME数据库查询，p值截止值为0.05。此分析发现，心脏栓塞性中风调节的基因主要参与对病原体的应答，包括免疫细胞活化、防御反应、增殖和凋亡。相反，动脉粥样硬化性中风中主要调节的基因与止血、细胞因子和趋化因子有关(图3)。对于所列的许多功能通路而言，与动脉粥样硬化性和心脏栓塞性中风有关的通路很少出现重叠。将NB系统中保存的所有高通量研究(目前有6000个研究)与我们的研究相比后证明，动脉粥样硬化特异性表达概况与以下疾病共有大部分基因克罗恩氏病(28种基因相同)(GEO系列GSE3365)，(Burczynski等，JMo/D/ag"(2006)8:51-61)溃疡性结肠炎(14种基因相同)(GEO系列GSE3365)，(Burczynski等，2006，同上)和类风湿性关节炎(26种基因相同)(GEO系列GSE4588)。另一方面，心脏栓塞特异性表达概况与败血症和感染性休克患者的表达概况最相似(在第1天分别有105种基因禾口109种基因相同)(GEO系列GSE4607)。(Wong等，Ge"om/oy(2007)30(2):146-55)。中风病因调节基因的细胞类型来源心脏栓塞性与动脉粥样硬化性中风中调节的基因可能在或不在血液特定细胞类型中表达。使用我们获自健康对照的参比基因列表(Du等，Ge"ow/c^(2006)87(6):693-703)，大部分动脉粥样硬化性中风中调节的基因似乎在血小板和单核细胞中调节(图4a)，而大部分心脏栓塞性中风中调节的基因似乎在嗜中性粒细胞中表达(图4b)。实施例2中风的诊断获得血液样品。从血液样品分离RNA，标记RNA并施加于微阵列或相似平台，以检测血液中所有表达的基因(包括例如，表1、2、3、4、5或6所列的基因)。然后，可由微阵列计算血液中每种基因的表达。然后，利用合适软件，如微阵列预测分析(PAM)计算患者中基因表达改变是由中风造成的概率。用改变代表中风的概率为85。/。以上确认中风的诊断。然后进行下-一个步骤，以确定中风病因。这点非常重要，因为动脉粥样硬化引起的中风可能需要手术治疗或血管支架；而心脏栓塞引起的中风需要用合适的药物，包括例如苄丙酮香豆素钠、华法林等进行抗凝治疗；和腔隙性疾病/高血压引起的中风需要用阿司匹林和其它抗-血小板药物联合高血压药物进行治疗。从用于诊断中风的相同微阵列，评价患者血液样品中表l所列基因的表达。将这些基因的表达与对照或参比样品作比较，或与阵列上用作对照基因的基因组合作比较。如表1所示，动脉粥样硬化引起的中风中增加的基因在心脏栓塞引起的中风中降低；在心脏栓塞引起的中风中增加的基因在动脉粥样硬化引起的中风中降低；一些基因只在心脏栓塞引起的中风中或只在动脉粥样硬化引起的中风中改变。再次将所有23种基因的表达概况输入PAM，PAM计算给定患者的中风是心脏栓塞性、动脉粥样硬化性或是由其它原因引起的概率。如果对给定中风病因而言概率为85%或更高，则报告该中风病因。如果对任何中风病因而言概率为50%，则该基因表达概况无法确定中风病因。应理解，本文所述的实施例和实施方式只是为了说明，本领域技术人员应了解据此作出的各种修饰或改变，它们包括在本申请的构思和范围以及所附权利要求书的范围内。通过引用将本文引用的所有发表物、专利、专利申请和登录号全部纳入本文用于所有目的。<table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table>表2<table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table>GenBankID独特基因通用名基因描述刚—001928Hs,155597DF补体的D组分(脂肪细胞蛋白酶)NM—003831Hs.445511RIOK3R10激酶3(酵母)刚—022763Hs.159430FA謂4FAD104副_001343Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反应性磷蛋白(果蝇)NM一020152Hs.222802C21orf7染色体21开放阅读框7BC029493Hs.369265IRAK3白介素-1受体-相关性激酶3BF976693Hs.376675CDNAFU34層f's,克隆FCBBF3007597NM—000945Hs.280604PPP3R1蛋白磷酸酶3(以前称为2B)，调节亚基B，19kDa,tx同种型(钙调瞵酸酶B,i型)A1215106Hs.591381INSR胰岛素受体X82240Hs.2484TCL1AT细胞白血病/淋巴瘤1AAW296309Hs.405667CD8B1CD8抗原，p多肽1(p37)M85256Hs.554197IGKC分离的供体Z克隆Z55K免疫球蛋白K轻链可变区mRNA，部分cdsAF439512Hs.387787KLRK1杀伤细胞凝集素样受体超家族K，成员1刚—005442Hs.591663EOMES脱中胚蛋白(eomesodermin)同源物(爪蟾(Xenopuslaevis))AI424825Hs.435052A丁P8A1ATP酶，氨基磷脂转运蛋白(APLT),I类，8A型，成员1刚_006159Hs.505326NEIX2NEL-样蛋白2(鸡)603i卯322FlNIHMGC95智人cDNA克隆IMAGE:52617175'，mRNA序列._BC00I872Hs.510635IGHM同义同MU;智人免疫球蛋白重链恒定区n,mRNA(cDNA克隆MGC:1228IMAGE:3544448),完整cdsAW006735Hs.85258CD8ACD8抗原，a多肽(p32)NM一007360Hs.387787杀伤细胞凝集素样受体超家族FC，成员I刚—002261Hs-74082KLRC3问义问NKG2E，NKG2-E;同种型NKG2-E由转录物变体NKG2-E编码；goj且分整合于膜[goid0016t)21][证据IEAj;§0_功能跨膜受休活性[goid0004S88][证据TAS][pmid9683661；go—功能凝集素[goid0005530][证据IEA];go—功能糖结合[goid0005529][证据lt:A];go—过程细胞防御反应[goid0006968]l证据TAS][pmid9683661];go过程异嗜性细胞粘附[goid0007l57][证据IEA];智人杀伤细胞凝柒素扭受休超家族C,成员3(KLRC3)，转录物变体NKG2-E，mRNA.M1323IHs.534032TRGV9T细胞受体Y棊因座AI753792Hs.502004RRAS2相关RAS病毒(r-ras)癌基因同源物2M16768Hs.534032TRGV9T细胞受体(V-J-c)前体；人T细胞受体y链VJCI-Cl卜Cm区mRNA,完整cds刚—003175Hs.458346XCU趋化因子(C基序)配体2U96394Hs.449601IGL@克隆P2-147抗-氧化LDL免疫球蛋n轻链FabmRNA，部分cdsM2733Hs.534032TRGV9T细胞受体Y基因座U23772Hs.546295XCU趋化因子(C基序)配体1NM—004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，p多肽1(p37)刚—006275Hs.6891SFRS6剪接因子，富含精氨酸/丝氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性细胞死亡蛋白6刚—001548Hs.203151F1T1含:…卜四肽贯s的r-扰疾诱导蛋niBC005248Hs.461178EIF1AY真核翻i斧起始因子1A,Y-连接刚—004660Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-连接NM—001008Hs-282376RPS4Y1核糖体蛋白S4，Y-连接36表3<table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>GenBankID独特基因通用名称基因描述AF298547Hs.369279NALP2含有NACHT、富亮氨酸重复和PYD的蛋白2AW157571Hs.47卯66MARLIN1多巻曲螺旋GABABRl-结合蛋白AA767131Hs.121432KIAA0073KIAA0073蛋白NMJJ04356Hs.54457CD81CD81抗原(抗增殖抗体1的靶点)A1702465Hs.23606转录序列U90339Hs.584739ADK腺昔激酶AW296309Hs,405667CD8B1CD8抗原，P多肽l(p37)AI753792Hs.502004RRAS2相关RAS病毒(r-ras)癌基因同源物2刚—004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，卩多肽1(p37)39<table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table>GenBankID独特基因ID通用名称基因描述躍—001928Hs.155597DF补体的D组分(脂肪细胞蛋白酶)NM一003831Hs.445511RI0K3RIO激酶3(酵母)刚—022763Hs.159430FAD104FAD104NM—001343Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反应性磷蛋白(果蝇)刚—020152Hs.222802C21orf7染色体2开放阅读框7BC029493Hs.369265IRAK3白介素-1受体-相关性激酶3BF976693Hs.376675CDNAFU34100fis,克隆FCBBF3007597NM_000945Hs.280604PPP3R1蛋白磷酸酶3(以前称为2B),调节亚基B,19kDa，a同种型(钙调磷酸酶B，I型)AI2'5106Hs.591381INSR胰岛素受体A脂801Hs.191356BIRC1与蛋白sp非常相似的转录序列:Q13075(智人)BIRl人含有杆状病毒IAP重复的蛋白1AW270105Hs.643卯2RNF3环指蛋白3BG913589Hs.59214LOCI44871DnaJ(Hsp40)同源物，亚家族C，成员3W73230Hs.200100Ellslzd56c09,slSoares胎心NbHHI9W智人cDNA克隆IMAGE:3446563'类似于含有元件MEkl5"重i元件，mRNA序列.BF69I447Hs.644051B4GALT5UDP-Gal:PGlcNAcpl，4-半乳糖基转移酶，多肽5刚_005502Hs.429294ABCA1ATP-结合盒，亚家族A(ABC1)，成员1刚—000361Hs,2030THBD血栓调节蛋白A證4569Hs.195403DOCK5胞质分裂作用蛋白(dedicatorofcytokinesis)5AB051833Hs.123239ACRBP顶体蛋白结合蛋白刚—004126Hs.83381GNG11鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，"IY07846Hs.322852GAS2U生长阻滞-特异性蛋白2样蛋白1BE327727Hs.443301转录序列M36532Hs.155097CA2碳酸酐酶11NM一017526Hs.23581OBRGRP瘦激素受体AW205122Hs.496572FLJ22679假拟蛋白FU22679AI141116Hs.123239ACRBP顶体蛋n结介蛋nAW293296Hs.163893转录序列N63244Hs.592143TUBB1微管蛋白，piBG120535VNN1602346858F1NIHMGC90智人cDNA克隆1MAGE:44416955'，mRNA序列.AU152763Hs.586165CDNAFLJ10742厂is'克隆NT2RP3001629BC003064Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反应性磷蛋白(果蝇)N63920Hs.5%025CDNA克隆1MAGE:5294823，部分cdsBG251467Hs.22514MSCP线粒体溶质载体蛋白AF237762Hs.306199GPR84G蛋白偶联受体84AW206560Hs，M6转录序列AI97I2UHs.434494SYNJ2突触伸蛋白2AU36805Hs-278436ZNF537锌指蛋白537BC026299Hs.518727克隆IMAGE:4275461，mRNABE675324Hs.200770转录序列NM—021647Hs,178121K1AA0626刚一O18482Hs.106015DDEF1同义词PAP，PAG2，ASAP1，ZG14P，KIAA1249;智人发育和分化增强因子1(DDEF1)，mRNA.AA149644Hs.150718JAM3连接粘着分子3AF325460Hs.351S12CLECSF7C-型(钙依赖性糖识别结构域)凝集素，超家族成员7AW665656Hs.633892GLUL谷氨酸-氨连接酵(谷胺酰胺合酶)41<table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table>GenBankID独特基因ID通用名称基因描述U23772Hs.546295XCX1趋化因子(C基序)配体1NM一004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，(3多肽1(p37)画—006275Hs.689ISFRS6剪接因子，富含精氨酸/丝氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性细胞死亡蛋白6刚—001548Hs.20315諸l鹏塔軸BC005248Hs.461178E1F1AY真核翻译起始因子1A,Y-连接固一00466t)Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-连接NM—001008Hs.282376RPS4Y1核糖体蛋白S4，Y-连接43<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>GenBankID独特基因ID通用名称基因描述AI640434Hs.60545FLJ謡7假拟蛋白FU10357AW043859Hs.235795克隆IMAGE:5263020，mRNAH68759Hs.122514转录序列刚一004536Hs.191356」BIRC1含杆状病毒IAP重复的蛋白1AF0画0Hs,335205全长插入物cDNA克隆YW04H08NM—003189Hs.73828TAUT-细胞急性淋巴细胞性白血病1AW138767Hs.274256ELOVL7假拟蛋白FU23563NM—003693Hs.534497SCARF1F类清道夫受体，成员1BG177759Hs.497873WDR26WD重复结构域26AW264036Hs.478588BCL6B细胞CU7淋巴瘤6(锌指蛋白51)AL1簡7Hs.59214DNAJC3DnaJ(Hsp40)同源物，亚家族C，成员3刚—0腦8Hs.05134MBNL3肌盲蛋白样蛋白3(muscleblind-like3)(果Jll尾)AI640434Hs.60I545FU10357假拟蛋白FU10357AI332764Hs.516646转录序列AI719730Hs.24258GUCY1A3鸟苷酸环化酶1,可溶，a3圃J30441Hs.351812CLECSF7C-型(钙依赖性糖识别结构域)凝集素，超家族成员7AW796364Hs.371594MKNK1与蛋白ref相似度不高的转录序列:NP—060265.1(智人)假拟蛋白FU20378[智人]BC043380Hs.468274CDNA克隆IMAGE:5223469，部分cdsNM—017698FU22679AW069181Hs.603149ZAKcr43e01.xl人骨髓基质细胞智人cDNA克隆HBMSCcr43e013',mRNA序列.AF350881Hs.272225TRPM6瞬时受体潜在阳离子通道，亚家族M，成员6AA082707Hs.592262MLL5廿髓/淋巴性或混合谱系白血病5r::胸同源物，果蝇)AL035700S咖GRL2从Em:AL451064配对蛋白质Tr:075368Sw:P55822Tr:Q9BPY5Tr:Q9BRB8Sw:Q9WUZ7中的bA177G23.1延续；染色体6ql3-15上来自克隆RP1-75K24的人DNA序列含有SH3结构域结1^性富谷氨酸蛋门样蛋fl2的SH3BGRL2基因的3'末端，完整序列N66571Hs.501898MRVH鼠逆转录病遊科整六位点1同源物AA482548Hs-497873WDR26zt34b03.slSoares卵巢肿瘤NbHOT智人c:DNA克隆1MAGE:7242053'，mRNA序歹ij.AI052659Hs.334019转录序列AF074331PAPSS2智人PAPS合成酶-2(PAPSS2)mRNA，完整cdsAI682905Hs.280342PRKARIA蛋白激酶，cAMP依赖性，调节性，l刑，a(组织特异忡:消'A;械因l)A1022066Hs.480763转录序列A1953847Hs.148741旧RDC2含有旧R结构域的蛋白2NM—000361Hs.203OTHBD血栓调节蛋白AY151286Hs-196384P丁GS2旅列腺桌-内过氧化物合酶2(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)AL713724Hs.487994MRNA;cDNADKFZp66700416(来自克隆DKFZp66700416)A1831952Hs,56758NDE1nudE核分布棊因E同源物1(构巢曲霉(A.nidnlans))N45231Hs.513053DNAJA4DnaJ(Hsp40)同源物，亚家族A,成员4AA044825Hs.520757TBXAS1血栓烷A合酶1(血小板，细胞色素P450，家族5，亚家族A)A1476341Hs.93825CDNAFU39784fls，克隆SPUEN2002314BF195718Hs.221889CSDA冷激结构域蛋白AAL833423Hs.379548MRNA:cDNADKFZp313H2139(来自克隆DKFZp313H2139)NM一009590Hs.143102A0C2胺氧化酶，含锏的蛋ri2(视网膜特异性)AA770170Hs.499489MIRc-mir，免疫识别的细胞调节蛋白BE965029Hs.501928厶;母L2601658812R1NIHMGC69智人cDNA克隆MAGE:38861313',mRNA序列.BC0I8042Hs,279815CSAD半胱氨酸亚磺酸脱羧酶46<table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table>GenBankID独特基因ID通用名称基因描述W國3Hs.3707250SBPL1A氧固醇(oxysterol)结合蛋白-样蛋白1AAA057437Hs.458747转录序列NM—024565Hs.14070FU14166假拟蛋白FLJ14166AI356228Hs.515351KIAA1533KIAA1533AI937121Hs.29282转录序列A陽045Hs.61438转录序列N24643Hs.4權7WSB1含有WD重复和SOCS盒的蛋白1AU122258AU122258MAMMAl智人cDNA克隆MAMMAl0020095'，mRNA序列，AI278204Hs.99472MRNA;cDNADKFZp56400862(来自克隆DKFZp564O0862)AW450374Hs.593734克隆IMAGE:4824518，mRNABE888885Hs.220950FOX03ACDNA克隆MAGE:4814010,部分cdsAK023845USP34泛素特异性蛋白酶34BF511336Hs.591641转录序列R12665Hs.11594CDNAFU27273fis,克隆TMS00761BC006428Hs.l89H9CXXC5CXXC指5AI354636Hs.586401qu95c03.xlNCICGAPGas4智人cDNA克隆IMAGE:19798123'，mRNA序列.AK025248Hs.546419FU13220假拟蛋白FU13220BE675549Hs.79170TTC9.:十四肽贯复结构域9NM—000579Hs.450802CCR5趋化因子(C-C基序)受体5AB020630Hs.45719PPP1R16B蛋白磷酸酶l，调节(抑制)亚基I6BNM—002985Hs.514821CCL5趋化因子(C-C基序)配体5刚—014392Hs-518595D4S234E染色体4上的DNA区段(独特)234种表达序列A1821566Hs.642748TTC16耐扭蛋广i(torsin)家族2，成员AAA771779Hs.461074ZFP卯锌指蛋白90同源物(小鼠)A1084226Hs.58831TOSOFas诱导凋亡的调节物AF057557Hs.58831TOSOFas诱导凋亡的调节物NM_005356Hs.470627IXK淋巴细胞-特异性蛋白质酪氨酸激酶BC04I468Hs.434746LOC339988假拟蛋白LOC339988(LOC339988),mRNABC002556RAB31PNM—002002Hs.465778FCERgE的Fc片段的低亲和11类受体(CD23A)NM—018556Hs.5卯883S1RPB2信号调节蛋白卩2AB020630Hs.45719蛋白磷酸酶l，调节(抑制)亚基16BAF298547Hs.369279NALP2含有NACHT、宮亮氨酸爪S和PYD的蛋白2AW157571Hs.479066MARL1N1多巻曲螺旋GABABRl-结合蛋白AA76713IHs.121432KIAA0073KIAA0073蛋白M21121Hs.514821CCL5趋化因子(C-C基序)配体5NM—004356Hs.54457CD81CD81抗原(抗增殖抗体1的靶点)BF432238Hs.585799ZNF286CDNAFU31089fis，克隆IMR321000092NM—004310Hs.160673RHOHras同源物基因家族，成员HBC000533Hs,567374EIF3S8真核翻译起始因于3，亚基8，110kDaU07236Hs.470627LXK淋巴细胞-特异性蛋白质酪氨酸激酶A1702465Hs.23606转录序列AU155091Hs.633678克隆IMAGE:4814008，mRNA謂339Hs,584739ADK腺货激酶AW575245Hs.266331FREBB细胞中表达的Fc受体同源物NM—030915Hs.567598LBH可能是小鼠肢芽和心脏基因的直向In〗源物AI524095Hs.403857LY9淋巴细胞抗原9AW204712Hs.385493C10orfl28假拟蛋白LOC17037148GenBankID独特基因ID通用名称基因描述U49396」Hs.40簡P2RX5嘌呤能受体P2X,配体-门控离子通道，5AA781795Hs.546467EPSTI1上皮基质相互作用蛋白l((乳腺))BF433219转录序列，BC003574Hs.2484TCL1AT-细胞白血病/淋巴瘤1AAB051458Hs-419171KIAA1671KIAA1671蛋白刚—004114Hs.6540FGF13成纤维细胞生长因子13BF446578Hs.125293RASGEF1ARasGEF结构域家族，成员1AAA931562Hs.444049与蛋白ref相似度不高的转录序列:NP—060312.1(智人)假拟蛋白FU20489[智人〗BF514552Hs.292449FCRH3Fc受体-样蛋白3X82240Hs.2484TCUAT-细胞白血病/淋巴瘤1AAW296309Hs.405667CD8B1CD8抗原.卩多肽1(p37)M85256Hs.554197IGKC分离的供体Z克隆Z55K免疫球蛋白k轻链可变区mRNA，部分cdsAF439512Hs.387787KLJIKI杀伤细胞凝集素样受体超家族K，成员l丽一005442Hs.591663EOMES脱中胚蛋白同源物(爪蟾)A腦825Hs.435052ATP8A1ATP酶，氨基磷脂转运蛋白(APLT)，I类，8A型，成员1画一006159Hs.505326NELL2NEL-样蛋白2(鸡)B1547087603隨22F1丽MGC95智人cDNA克隆[MAGE:52617175',mRNA序列.BC001872Hs.5腕51GHM同义词MU;智人免疫球蛋白重链恒定区p，mRNA(cDNA克隆MGC12281MAGE:3544448)，完整cdsAW006735Hs.85258CD8ACD8抗原，a多肽(p32)NM—007360Hs,387787Kl且l杀伤细胞凝集素样受体超家族K，成员1刚—002261Hs.7權2KLRC3l"J义词NKG2E，NKG2-E;同种型NKG2-E由转录物变体NKG2-E编码；goj且分整合于膜[goid0016021Jf证据1RA1;go—功能跨股受休活性[goid0004888][证据TAS][pmid9683661|;go—功能撫集素[goidOC)05530][证据旧A];go—功能糖结合[goid0005529][^据IEA；go—过程细胞防御反应[goid0006968][证据TAS][pmid9683661];go过程异嗜性细胞粘附[goid0007157][证据lEA];智人杀伤细胞凝集素样受^超家族C，成员3(KLRC3)，转录物变体NKG2-E，mRNA.M13231Hs.534032TRGV9T细胞受体Y基因座AI753792Hs.502004RRAS2相关RAS病毒(was)癌基因同源物2M16768Hs.534032TRGV9T细胞受体(V-J-C)前体；人T细胞受体Y链VJC1-CI1-CIII区mRNA，完整cdsNM—,175Hs.458346XCLI趋化因子(C基序)配体2U96394Hs.44%01IGL@克隆P2-147抗-氧化LDL免疫球蛋l'—i轻链FabmRNA，部分cdsM27331Hs.534032TRGV9丁细胞受体"/S因座U23772Hs.546295XCU趋化因子(C基序)配体1NM—004931Hs,405667CD8BICD8抗原，(i多肽I(p37)刚—006275Hs.6891SFRS6剪接因子，富含精氨酸/丝氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性细胞死亡蛋白6NM—001548Hs.203151F1T1含—:.:.十四肽歌复的千扰素诱导蛋ri1BC005248Hs.461178EfFIAY真核翻i孕起始因子IA，Y-连接刚一00466t)Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-连接固—OO画Hs.282376RPS4Y1核糖体蛋白S4，Y-连接49<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>GenBankfD独特基因ID通用名称基因描述3'，mRNA序列AF188298Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反应性磷蛋白(果蝇)薩J)05卯6Hs.446125MAK雄性生殖细胞-相关性激酶BC002716Hs.496572FU22679假拟蛋白FLJ22679AK0235i2Hs.463439SPAG9精子相关抗原9AA010315Hs.60371转录序列AF051151Hs.135853TLR5toll-样受体5B匿94560STF1AGENCOURTJ0424238NIH—MGC—79智人cDNA克隆IMAGE:66633435',mRNA序列NM一002607Hs.535898PDGFA血小板衍生生长因子a多肽AK024748Hs.297343CAMKK2钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶激酶2，卩U76248Hs.477959S1AH2SIA同源物2(果蝇)AI819198Hs.208229GPR54G蛋白偶联受体54AI452469Hs.605187与蛋白ref相似度不高的转录序列:NP009032.1(智人)肌氨酸脱氢酶二甲基甘氨酸脱氢酶-样蛋白l[智人]AA037483Hs,458395HISTIH2BCzk34a02.slSoares一妊娠—子宫—NbHPU智人cDNA克隆IMAGE:4846823',mRNA序列U56237Hs.631534FCARIgA的Fc片段的受体廳045Hs.29189转录序列AW299958Hs.524491PAPSS23'-磷酸腺苷5'-磷酸硫酸合酶2AK02腦Hs.106015CDNAFL川921fis,克隆HEMBB1000318画_002398Hs.526754MEIS1Meisl，骨髄亲嗜性病毒整合位点1同源物(小鼠)AV725666Hs.220950F0X03ACDNA克隆IMAGE:4814010，部分cdsAK026714Hs.7886PEU1PELI同源物1(果蝇)刚—005373Hs.82906MPLCDC20细胞分裂周期蛋白20同源物(酿酒酵付-)AK024382未命名蛋白质产物；智人cDNAFUI4320fis，克隆PLACE3OO0455.AA702409Hs,5训7转录序列A1074467Hs.593643转录序列A1368358Hs.496%9NPLN-乙酰神经氮酸丙酮酸裂合酶(——.吡啶竣酸介酶)H28667Hs-444451ZAK含有不育性a基序和亮氨酸拉链的激酶AZKAL544951Hs.280604PPP3R1AL544951智人胎盘COT25-标准化的智人cDNA克隆CS()DIO12YC115-PRlME，mRNA序列AL050388Hs.487046SOD2超氧化物歧化酶2，线粒体AI829674Hs.584845转录序列刚_0腦4Hs.24309THEDC1假拟蛋白FU11106AA362254Hs.529633转录序列AW130600Hs-99472MRNA;cDNADKFZp56400862(来自克隆DKFZp56400862)N25732Hs.591328F0X03Ayx83c03.slSoares黑色素细胞2NbHM智人cDNA克隆IMAGE:2683243'，mRNA序列NMJH7815Hs.442782C14orf94染色体14开放阅读框94AK055448房587智人cDNAFU30886f"is，克隆FEBRA2005014,与锌指蛋白84略有相似S69189Hs-464137ACOX1酰基-辅酶A氧化酶1，棕榈酰AU146027Hs.592326AU146027HEMBA1智人cDNA克隆HEMBA10065953'，mRNA序列BE439987Hs.462214GAS7生长附滞-特异性蛋白7AI363213Hs—381058K1AA0146K1AA0146蛋白BF508786Hs.613959MRNA;cDNADKFZp686J24234(来自克隆DKFZp686J24234)BF680284Hs.34558CDNA:FU21l99fis，克隆COL00235H93077Hs,519694C5orf4染色体5开放阅读框4A园924Hs.191850转录序列W簡3Hs.370725OSBPUA氧固醇结合蛋白-样蛋白1A53<table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table>GenBankID独特基因ID通用名称基因描述AW977516Hs.592755转录序列BF9柳30Hs.,84RAI1视黄酸诱导蛋白1NM—005263Hs.73172GFI1生长因子依赖性蛋白1AI347139Hs.8162MGC39372假拟蛋白MGC39372NM—002832Hs.402773PTPN7蛋白质酪氨酸磷酸酶，非受体型7NM—,62Hs.191334UNG尿嘧啶-DNA糖基化酶AA679705Hs.535464E固8真核翻译起始因子3，亚基8，110kDaAY007128Hs.469728CDNAFU26765fis，克隆PRS02774AK074465Hs.462833FIJ31952假拟蛋白HJ3I952NM—001504Hs,198252CXCR3趋化因子(C-X-C基序)受体3固—005715Hs.557541UST糖醛基-2-磺基转移酶AA683481Hs,22546MGC20446假拟蛋白MGC20446A隨961Hs.36972CD7CD7抗原(p41)A画285Hs.503891USP28tw83h09.xlNCI—CGAP—HN5智人cDNA克隆IMAGE:22663373'类似于含有Alu重复元件i有元孖MER29重复元件，mRNA序列.AL582804Hs.403857乙Y9淋巴细胞抗原9NM—000107Hs.643521DDB2损伤特异性DNA结合蛋白2，48kDaAL833685Hs.440508MRNA;cDNADKFZp66700522(来自克隆DKFZp66700522)BE56818415E1.2细胞色素c氧化酶亚基Via多肽1BG250907Hs.591503克隆IMAGE:5178133，mRNANM_018281Hs.476319FU10948假拟蛋白FU10948BG542955Hs.133916LOCI52485假拟蛋白LOCI52485AK024386Hs.155742GRHPR乙醛酸还原酶/羟基丙酮酸还原酶NM—024070Hs.521075STAG3基质抗原3AB014719Hs.618112APBA2淀粉样卩(A4)前体蛋白-结合蛋白，家族A，成员2(Xll-样)D42043Hs.98910RAFTUN筏联蛋广JAY043466Hs.292449FCRH3Fc受体-样蛋白3A1017564Hs.492716MGC21654未知MGC21654产物NM—005317Hs.465511GZMM粒酶M(淋巴细胞中间酶1)AL527430Hs.2006GSTM3谷胱甘肽S-转移酶M3(脑)NM—014767Hs,523009SPOCK2l"J义词苹:丸Sn聚糖-2;go—组分胞外基质[goid0t)05578][证据NAS][pmid10386950];go—功能钙离子结合[goid0005509j[证据1DAj[pniid10386950];go过程突触发生[goid0007416j[证据NASj[pmid10386950j;go—过程胞外l^质组织和生物发生[goid0030198][证据NAS][pmid10386950];go—过程细胞分化的调节[goidt)045595][证据NAS][pmid10386950];智人sparc/卄粘连蛋白，cwcv和kazal-样结构域蛋白聚糖(寧丸蛋n聚糖)2(SPOCK2)，mRNA.BC040914Hs.322462克隆IMAGE:5745627，mRNAAK001164Hs.599785CDNAFU10302fis，克隆NT2RM2000042AK097515Hs.120250FLJ40597假拟蛋白FU40597NM—005608Hs.155975P丁PRCAP蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，c-相关蛋白AI457120Hs.331420PPAT磷酸核糖焦磷酸酰氨转移酶AA541630Hs.170019RUNX3侏儒(runt)-相关转录因子3NM—024709FU14146假拟蛋白FU1446NM—(M3330Hs.642710画E7非转移细胞中表达的蛋白7(核苷-二磷酸激酶)AL520200Hs.4207%MGC15429假拟蛋白MGC15429刚—003752Hs.567374EIF3S8真核翻译起始因于3，亚基8，110kDaBE259729Hs.438429RPS19核糖体蛋白S19AW043830Hs.471441转录序列R12665Hs.11594CDNAFU27273fis，克隆TMS00761BC006428Hs.189119CXXC5CXXC指558<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table>GenB加kID独特基因ID基因描述AI640434Hs,601545假拟蛋白FLJ10357AW043859Hs.235795"克隆IMAGE:5263020，mRNA"H68759Hs.22514转录序列刚一004536Hsl91356含杆状病毒IAP重复的蛋白1AF086010Hs.335205全长插入物cDNA克隆YW04H08画_003189Hs.73828T-细胞急性淋巴细胞性白血病1AW138767Hs.274256假拟蛋白FLJ23563画一003693Hs.534497"F类清道夫受体，成员1"BG177759Hs,497873WD重复结构域26AW264036Hs.478588B细胞CLL/淋巴瘤6(锌指蛋白51)ALH9957Hs.59214"DnaJ(Hsp40)同源物，亚家族C,成员3"刚_018388Hs.腦34肌盲蛋白样蛋白3(果蝇)A國434Hs細545假拟蛋白FLJ10357AU32764Hs.516646转录序列AI719730Hs.24258"鸟苷酸环化酶1，可溶，ot3"NMJ30441Hs.351812"C-型(钙依赖性糖识别结构域)凝集素，超家族成员7"AW796364Hs.371594与蛋白ref相似度不高的转录序列:NP—060265,1(智人)假拟蛋白FU20378[智人]BC043380Hs.468274■'CDNA克隆IMAGE:5223469,部分cds"NM—017698AW069181Hs扁149"cr43e01.xl人骨髓基质细胞智人cDNA克隆HBMSC—cr43e013'，mRNA序列"AF350881Hs.272225"瞬时受体潜在阳离子通道，亚家族M，成员6"AA082707Hs.592262"骨髓/淋巴性或混合谱系白血病5(.--:胸问源物，果蝇)"AL035700"从Em:AL451064配对:蛋白质Tr:075368Sw:P55822Tr:Q9BPY5Tr:Q9BRB8Sw:Q9WUZ7中的N66571Hs.501S98鼠逆转录病^科整介位点1同源物AA482548Hs.497873"zt34b03.slSoares卵觅肿痫NbHOT智人cDNA克隆1MAGE:7242053',mRNA序列."A1052659Hs.334019转录序列AF074331"智人PAPS合成酶-2(PAPSS2)mRNA，完整cds"AI682905Hs.280342"蛋白激酶，cAMP依赖性，调节性，I型'ct(组织特异性消火基因I)'1AI02馬6Hs.480763转录序列AI953847Hs.148741含有IBR结构域的蛋白2NM—000361Hs.2030血栓调节蛋白AY151286Hs-196384前列腺素-内过氧化物合酶2(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)AL713724Hs.487994MRNA;cDNADKFZp66700416(来自克隆DKFZp66700416)AI831952Hs.56751SnudE核分布基因E同源物1(构巢曲霉)N45231Hs,513053"DnaJ(Hsp40)同源物,亚家族A，成员4"AA044825Hs.520757"血栓烷A合酶1(血小板，细胞色素P450,家族5,亚家族A)"A1476341Hs.93825"CDNAFU39784f's，克隆SPLEN2002314"BF1()5718Hs.221889冷激结构域蛋白AAL833423Hs.379548MRNA;cDNADKFZp313H2139(来自克隆DKFZp313H2139)NM一009590Hs.143102"胺氧化酶，含锏的蛋白2(视网膜特异性)"AA770170Hs.499489"c-tnir，免疫识别的细胞调节蛋白'1BE965029Hs.501928"6016588!2R1N1H—MGC—69智人cDNA克隆IMAGE:388613131，mRNA序列"BC01謝2Hs.279815半胱氨酸亚磺酸脱羧酶AA218974"zr02gl2.sl司査塔基NT2神经元前体937230智人cDNA克隆IMAGE:6503743'，mRNA序列,"AF188298Hs.481980"失能同源物2，促分裂原反应性磷蛋白(果蝇)"63<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table>GenBankID独特基因ID基因描述AK001393Hs.134857假拟蛋白MGC12458刚一000313Hs.64016蛋白质S(a)AW027474Hs.446678核受体共同激活物2AI422414Hs.484551转录序列刚一004196Hs.280881细胞周期蛋白依赖性激酶-样蛋白I(CDC2-相关性激酶)AI374686Hs.122523转录序列AW184034Hs.600998v-raf鼠肉瘤病毒癌基因同源物BlBC025707Hs.484099」"钾大电导钙激活通道，亚家族M，p成员rAA815354Hs.520684"假拟LOC284527(LOC284527)，mRNA"AF306674Hs.132050假拟蛋白MGC40368W93728Hs.77890"鸟苷酸环化酶l，可溶，(B"丽_003326Hs.181097"肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员4(tax-转录激活的糖蛋白1，34kDa)"R62432Hs.211252"溶质载体家族24(钠/钾/钙交换蛋白)，成员3"AI821895Hs.433060转录序列AW051591Hs-388364假拟蛋白LOC285533刚_000187Hs.368254"尿黑酸l，2-加双氧酶(尿黑酸氧化酶)"AK023837Hs.159799甲状腺激素受体相关蛋白2BF446281Hs.433307"支链酮酸脱氢酶El,a多肽(槭糖尿病)"BE046521Hs.191482"cut-样蛋白l，CCAAT置换蛋白(果蝇)"AW006409Hs.532144"组蛋白1，H3d"AI476341Hs.93825"CDNAFLJ39784fis，克隆SPLEN2002314"BF512068Hs.575090转录序列AA488687Hs.390594"溶质载体家族7，(阳离子氨基酸转运蛋白，y+系统)成员ir刚—0024i3Hs.8腦微粒体谷胱甘肽S-转移酶2R64696"yi22fl2,rlSoares胎盘Nb2HP智人cDNA克隆IMAGE:1400155'类似于含有Alu重复元件；AV699911Hs310421与蛋白sp相似度不高的转录序列:P23961(智人)ALUC人H!！ALUC类警告条t:j!!!!NM—002350Hs.491767v-yes-lYamaguchi肉瘤油战相关性癌基L别i。源物AI698731Hs.202238转录序列AA215519"zr97a07.rlNCI—CGAP—GCB1智人cDNA克隆陽GE:6836045'，mRNA序列"BC000195Hs.279583DORA反义链蛋白1AW累786Hs.507260"溶质载体家族15，成员4"AA705029Hs,529488"与蛋白pdb非常相似的转录序列.，1BGM(大肠杆菌)0链O，B-半乳糖苷酶"BC020868Hs-632256信号传导蛋白和转录激活蛋白5B隨849515Hs.636486富亮氨酸承s:激酶1AW269743Hs.254477"CDNAFU20182fis，克隆COLF01卯"BC039825Hs.446125雄性牛殖细胞-相关性激酶NM—014339Hs.129751白介素f7受体AW196696Hs.484363与蛋白ref非常相似的转录序列NPJ)60卯4.1(智人)歌利亚蛋广1;可能是小鼠g卜相关性锌指蛋AI583964Hs.544636转录序列BE552138Hs.632488补体组分(3b/4b)受体卜样AI738802Hs.644106细胞周期蛋白依赖性激酶(CDC2-样)11BC025708Hs.592017假拟蛋白FLJ11175BE327650Hs.369978假拟蛋白FU11753A1972498Hs.97469"克隆IMAGE:4812754，mRNA"AI668625Hs.380094全长插入物cDNAYO61D0967<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>表8<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>权利要求1.一种诊断缺血或发生缺血的倾向的方法，所述方法包括测定来自哺乳动物对象的生物样品中多种缺血相关基因的表达水平，其中所述水平与所述基因的正常对照水平相比提高或降低则表明所述对象患有缺血或处于发生缺血的风险中，其中所述多种缺血相关基因选自表1、2、3、4、5、6或7所列的基因。2.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述多种缺血相关基因选自表1所列的基因。3.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述提高是与所述正常对照水平相比高至少约1.3倍，所述降低是与所述正常对照水平相比低至少约1.3倍。4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍则表明所述对象已经历心脏栓塞性中风或处于心脏栓塞性中风的风险中。5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，与正常对照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约1.3倍表明该对象已经历动脉粥样硬化血栓形成性中风，或者处于动脉粥样硬化血栓形成性中风的风险中。6.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是选自下组的成员栓塞性中风、血栓形成性中风和瞬时缺血性发作。7.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是心脏栓塞性中风。8.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是动脉粥样硬化血栓形成性中风。9.如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述样品是血液。10.如权利要求1所述的方法，其特征在亍，通过检测缺血相关基因探针与所述生物样品的基因转录物的杂交来确定所述表达水平。11.如权利要求IO所述的方法，其特征在于，所述杂交步骤在核酸阵列上进行。12.—种缺血参比表达概况，其包括表l、2、3、4、5、6或7所列多种基因的基因表达模式。13.—种缺血参比表达概况，其包括表1所列多种基因的基因表达模式。14.如权利要求13所述的缺血参比表达概况，其特征在于，与正常对照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表达提高至少约1.3倍，以及与正常对照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表达降低至少约1.3倍是心脏栓塞性中风的参比表达概况。15.如权利要求13所述的缺血参比表达概况，其特征在于，与正常对照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表达降低至少约1.3倍是动脉粥样硬化血栓形成性中风的参比表达概况。16.—种筛选用于治疗或预防缺血的化合物的方法，所述方法包括以下步骤a)使候选化合物与表达表1、2、3、4、5、6或7所列一种或多种基因的细胞相接触；和b)选择调节表l、2、3、4、5、6或7所列一种或多种基因的表达水平的化合物。17.如权利要求16所述的方法，其特征在于，与正常对照水平相比，降低选自LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的至少一种基因的表达，或者相对于对照水平提高选自CD8B1和RRAS2的至少一种基因的表达的化合物被鉴定为可用于治疗或预防缺血的化合物。18.如权利要求17所述的方法，其特征在于，所述缺血是心脏栓塞性中风。19.如权利要求16所述的方法，其特征在于，提高选自C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的至少一种基因的表达的化合物被鉴定为可用于治疗或预防缺血的化合物。20.如权利要求19所述的方法，其特征在于，所述缺血是动脉粥样硬化血栓形成性中风。21.—种阵列，其包含与表l、2、3、4、5、6或7所列多种核酸序列结合的核酸。全文摘要本发明提供诊断缺血的方法和组合物、缺血参比表达概况以及鉴定治疗或预防缺血的化合物的方法。文档编号C40B40/08GK101688245SQ200880021712公开日2010年3月31日申请日期2008年4月30日优先权日2007年5月1日发明者F·夏普,徐惠春申请人:加利福尼亚大学董事会