本发明属于基因工程领域,具体地说,涉及一种与植物抗旱性相关的ear1蛋白及其编码基因与应用。
背景技术:
干旱、高温、低温、高盐等非生物逆境胁迫严重影响植物生长发育,导致作物产量下降。随着全球气候变化,干旱问题日益严重。干旱、半干旱耕地面积占世界总耕地面积的43%,我国更是达到全国总耕地面积的52%。干旱是制约农业生产的世界性难题,其造成的农作物损失在非生物胁迫中居首位,仅次于生物胁迫中病虫害造成的损失。尽管一些植物已经进化出适应干旱胁迫的机制,但多数重要农作物仍然对干旱比较敏感,因此培育抗旱新品种是应对旱胁迫减产的有效途径之一。
传统育种方式尽管安全、稳定,但周期长,存在一定的不可预测性。逐步发展起来的分子育种能够显著提高育种效率,具有很强的定向性。利用现代分子生物学技术和基因工程手段,从生理生化和分子水平上研究植物响应干旱胁迫的机制,寻找植物响应干旱的重要基因,能够为抗旱品种的培育和改良提供重要的理论依据,对提高干旱胁迫下作物产量具有实用价值。利用基因敲除、转基因过表达等分子生物学技术和基因工程手段,研究基因功能,获得与抗旱相关的基因和抗旱种质资源,通过培育抗旱新品种,提高作物在干旱条件下的产量,是改良作物抗逆性的新途径之一,对解决干旱导致的粮食短缺有重要意义。
植物激素在逆境信号传递和启动抗逆基因表达中起关键作用。脱落酸(abscisicacid,aba)是植物体内重要激素之一,调节种子休眠、萌发、幼苗生长、气孔运动等生长发育过程。同时,aba在植物响应干旱、低温、高盐等非生物逆境胁迫中发挥重要作用。干旱引起植物体内aba含量增加,从而影响旱胁迫响应基因的表达和气孔关闭,使植物能够抵抗干旱胁迫。因此,参与aba代谢以及信号传递过程的基因在植物抗旱中具有重要作用。利用转基因技术或crispr/cas9基因编辑等突变手段获得的这类基因的过表达植株或突变体通常具有显著的抗旱表型,为培育抗旱品种提供了候选材料。
a类pp2c蛋白磷酸酶是aba核心信号通路组分中关键的负调节因子。而在现有技术的研究中,除了aba受体pyr/pyls/rcars以外,目前还未发现可以直接调节pp2c蛋白磷酸酶活性的基因。
技术实现要素:
本发明的目的是提供一种与植物抗旱性相关的ear1蛋白及其编码基因与应用。
第一方面,本发明提供一种与植物抗旱性相关的ear1蛋白,是如下(a)或(b):
(a)由seqidno.1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(b)在seqidno.1所示的氨基酸序列的基础上,经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,且与植物抗旱性相关的由(a)衍生的蛋白质。
进一步地,所述ear1蛋白来自拟南芥。
本发明进一步提供了编码所述ear1蛋白的ear1基因,所述基因具体可为如下1)或2)或3)的dna分子:
1)编码区如seqidno.2所示的dna分子;
2)在严格条件下与1)限定的dna序列杂交且编码与植物抗旱性相关蛋白的dna分子;
3)与1)或2)限定的dna序列具有90%以上同源性且编码与植物抗旱性相关蛋白的dna分子。
第二方面,本发明提供了所述ear1蛋白在提高植物抗旱性中的应用。
所述应用具体体现为:通过影响植物中ear1蛋白的完整表达,或通过下调ear1蛋白的表达量,提高植物的抗旱性。
其中,影响ear1蛋白完整表达的手段可采用成熟的基因编辑或其他突变手段,例如crispr/cas9、t-dna插入、ems诱变等。下调ear1蛋白表达量的手段可采用rnai技术等。
可选地,所述影响植物中ear1蛋白的完整表达具体为:对ear1蛋白的编码基因进行基因水平的人为干预,导致无法表达ear1蛋白,导致ear1蛋白缺失部分片段或导致ear1蛋白氨基酸突变。在本发明的一个具体实施方式中,采用crispr/cas9基因编辑手段进行,在本发明的另一个具体实施方式中,采用ems诱变技术,在163位核苷酸上发生了c到t的突变,导致翻译提前终止,得到了翻译提前终止的ear1突变体。这些突变体表现出明显的抗旱性。
进一步地,本发明发现了所述ear1蛋白对植物抗旱性的影响,是通过其可与pp2c直接互作进而影响pp2c的活性,调节aba信号途径,来影响干旱胁迫信号传递和气孔关闭,使植物能够抵抗干旱胁迫。
相应的,本发明还提供所述ear1基因在提高植物抗旱性中的应用,通过对所述基因进行敲除或突变,或通过改变所述基因的翻译水平,影响ear1蛋白的表达或表达量,从而提高植物的抗旱性。
对所述基因进行敲除或突变,以及改变所述基因的翻译水平,可采用本领域常规使用的方法进行,本发明对此不另作限定。但无论使用何种手段,只要是通过干预ear1基因来实现提高植物抗旱性目的的技术方案,均属于本发明的保护范围。
第三方面,本发明还提供了所述ear1基因在选育抗旱新品种中的应用。例如,可以是通过对ear1基因或ear1蛋白的干预,得到抗旱性优良的突变体,并利用其进行后代的繁殖。
借由上述技术方案,本发明的有益效果在于:
本发明首次在模式植物拟南芥中,发现了ear1基因编码的功能蛋白,可通过与pp2c直接互作来增强pp2c的活性,负调节aba信号途径。在双子叶和单子叶植物中具有序列保守性。拟南芥作为模式植物,生长周期短、基因组小且已测序完成、遗传操作简单,通过农杆菌侵染花序的方法,可以获得抗旱的过表达植株或基因编辑突变体,为品种改良提供基因资源。
附图说明
图1为本发明实施例1中crispr/cas9基因编辑后的突变体测序结果,以及干旱处理后植株生长情况。
图2为本发明实施例2中ems诱变的突变体测序结果以及突变体旱处理表型。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
以下实施例所使用的拟南芥为哥伦比亚生态型;农杆菌菌株为gv3101;作为pcr模板的pcbc-dt1t2以及作为载体的phse401由中国农业大学生物学院陈其军教授实验室构建(acrispr/cas9toolkitformultiplexgenomeeditinginplants.bmcplantbiol.2014,14(1):327),并投放到addgene公司公开销售,研究者可从该公司购买这两个载体及其它种类的基因编辑载体。公司网站相关载体销售链接为https://www.addgene.org/qi-jun_chen/。
主要试剂包括:neb、toyobo等生物公司的限制性内切酶、dna聚合酶、t4连接酶等;质粒提取试剂盒以及dna回收试剂盒购自天根公司;培养基、抗生素等试剂购自sigma;引物合成和测序由英俊公司完成。
实施例1crispr/cas9基因编辑突变体的构建、鉴定和表型分析
(1)crispr/cas9基因编辑载体的构建
为研究植物抗旱的分子机制,本发明利用crispr/cas9技术从拟南芥基因组中定向突变了ear1基因。首先登陆到网站http://www.genome.arizona.edu/crispr/crisprsearch.html,筛选靶点。为提高基因编辑效率,采用双靶点编辑,序列如下:下划线区为基因读码框,斜体字体部分为靶点。
atgtctcattctcatccatcaaaccacaatacacacttcttctcttaacaacacaacacaactttgaatttttcaccctcactttcatttatctcaaatctccttccaggtatgttacatctctagaaaacgatcacaatccaattaataacaagagataatcattcatttgtttgctaacactttgattgttataaattgtgcagaaaagcgagggaatagtgttgttgagaggtttgtgatttccttttgaaaaaatgatggcttgtggcttaagcaagagccttggcttgtcttcctccttgaagaagcaacaaggcatagtgagtatccttggtggcatttcgtcgaacacttcatctgcaccttcacttaggcgaactttctccgccgatttgtcctccaagacttgggtttcccaaaatgggttttctcctatgaagagaatctcttcctctgagaagcttcgtcctgacgaagaagaagcagaggaagaatcaagatccggagtcgatatctgggcacagattcaacaagacaagaacgataagaagaaagaggaagagatcgagccgggtcaatccgatgtatggagctcgattttgtctgagaagaagaagactgaatcgagcaaggacactgttcctccaccgtatgttcatccattgatgaaacgtgcgagttccttgagtgagaaaagcctcgagatttgtactgagagtctcggatccgagactggttgcgatggtttctcttcgcatgcatcgtcggagactggagatgctgagatcgagattcatgatgagaccaatctcgttgttaacgtgacggagacgaaggttgaagaaataacagagactgagattgtggttgagcaagaatcatcaatcattgttccgaatcacataatcgagctgcctccaggatcgtttcctcctccgattcgttctctctcgagccaatctggttcgtctctgcacatgaaaactcgccgtgacaatggccgattggttcttgaagctgtctctatgccgtcgcacaacaacttctccgctaagcgccaagacggacgcctcctccttacttttgctgaaatcagcaacgaacccaactacgacaaagaagacgagattgattcggaggttcagtggttcgacgaggaggaagaagaagaagaggaggaggaggatgaagaagaagaggcaccagacgagtttgcctacaagcccaatgggcttctctataagatggcacaaaagcccattcctataactgttcataggttggcccataaaccaattggtgtaccaaagagaaactctcgatggcctatggctgatgaattcgacaccaaatccgatctgtcgactccggtggttcactctctgccgccgaggccaagggtggctcagcttgctcgatcaacaaaaccaccgtccacggtggacgacaccgttggggccgcttgcttcaacacatgtgactactcttggaagtccactaacactgaatcatttggcccaaacacaaaaacccaatttcaagcccaaaactttgtcaacaaatcaatgggtgacggttggataaatggttgcaaggaccgaaggaggtctctcttgtccgttgagcctttctgcattgccacataagaagacccttaagaccaaaaaggggtaatttacaaagaagcataaattaagcttatgatattatctatatatgtgtatatgtagtcgagtatgtgttttactcgaatatatatgcatattaacccaataattgttgttgaatcatggttttttctaccttatttttttcctctatatgttttaccacttaataccttgttggtttgtgggtaaaaagaaagataattataaaaagaaaataaagaatcaagagtaggagagggaagaaagttgaggagtgaaaattagaagtataatttattgtttttaatgaggttttttaccttgttggagtaagaaatatttaatgatgaatgctgtgtgttgtacaaatatttgttgttccatattgttcgcaaattaaagataagaacccgtttt
在利用crispr/cas9技术进行基因编辑时,存在其他编辑位点也会影响ear1基因的功能,这些都包括在本发明中,本实施例仅提供其中的一种可能性。
针对上述靶点,设计引物如下:
dt1-bsf:5'-atatatggtctcgattgagagtctcggatccgagacgtt-3';
dt1-f0:5'-tgagagtctcggatccgagacgttttagagctagaaatagc-3';
dt2-r0:5'-aactcttggcgcttagcggagacaatctcttagtcgactctac-3';
dt2-bsr:5'-attattggtctcgaaactcttggcgcttagcggagac-3'。
首先进行pcr扩增:以稀释100倍的pcbc-dt1t2为模板,用上述两对引物分别进行pcr扩增,-bsf/-bsr为正常引物浓度;-f0/-r0稀释20倍使用。针对上述靶点的序列包含在引物序列中,扩增出片段用于和最终载体连接。
扩增出pcr产物后,切胶回收纯化pcr产物,建立如下酶切-连接体系:
最后,取5μl酶切-连接体系的产物,转化大肠杆菌感受态,在含有50μg/ml卡那霉素的lb平板上筛选。菌落pcr鉴定单克隆,挑选阳性克隆测序。
菌落pcr鉴定引物包括:
u626-idf:tgtcccaggattagaatgattaggc;
u629-idr:agccctcttctttcgatccatcaac;
测序引物:u626-idf:tgtcccaggattagaatgattaggc。
(2)crispr/cas9基因编辑突变体的构建、鉴定
将步骤(1)测序正确的质粒通过热激法转化到农杆菌gv3101菌株中,菌落pcr鉴定出阳性克隆。将鉴定正确的农杆菌单菌落接种于2-3ml含有50μg/ml卡那霉素和50μg/ml利福平的yeb液体培养基中,28℃振荡培养过夜,转接于500ml含有相同抗生素的yeb液体培养基中,28℃振荡培养至od6001.0,收集菌体,用200ml含有5%蔗糖的1/2ms溶液重悬农杆菌,加入80μlsilwet-77。将拟南芥花序浸泡在悬有农杆菌的1/2ms溶液里30秒,套上保鲜袋黑暗生长24小时后,然后将植物从保鲜袋中取出,继续在暗下生长24小时,最后放回正常生长条件下生长,收种子。
收到的t1代种子经消毒后铺在含有50μg/ml氨苄青霉素和30μg/ml潮霉素的ms固体培养基上,4℃低温处理2天后移入22℃光照培养箱,生长约1-2周,观察植物生长情况。阳性转基因苗长势较好、真叶较多、根能扎入培养基中生长。将这样的幼苗移入土中继续生长,提取基因组dna,扩增出ear1的基因组全长,测序,挑选出具有突变位点的纯合突变体ear1。测序发现,本实施例中的ear1突变体由于基因编辑引起碱基插入,造成ear1基因的移码突变(图1a),导致ear1蛋白翻译提前终止,蛋白功能被破坏。
进一步对所述突变体繁种获得t2代植株,可用于旱处理,观察表型。为防止再次发生突变,测序后挑出的突变体可经过回交,去掉cas9,获得稳定的突变体后再进行干旱处理。
(3)crispr/cas9基因编辑突变体的表型分析
将野生型和ear1突变体在培养皿上生长7天,分别移到土壤中,每小盆种9棵,每次实验野生型和突变体各种3盆,三次独立实验。土壤中的幼苗在短日照下继续生长1周后,在托盘中加入1.5l水,待充分吸收后,将小盆转移至另一个干燥的托盘中,停止浇水,进行干旱胁迫处理,3周后观察并拍照记录。图1b上排显示ear1突变体生长明显好于野生型。继续干旱处理一段时间,恢复浇水,2天后拍照。图1b下排显示野生型基本无法恢复,ear1突变体恢复生长良好。说明ear1基因突变后能显著提高植物抗旱性。
野生型和ear1突变体在短日照下生长3-4周,分别取地上部分,用万分之一电子天平称量鲜重;在室温下放置0.5、1、2、3、4、5、6小时后,再进行称量。计算失水率:失水率=(起始重量-失水后重量)/起始重量×100%。每次实验野生型和突变体各做三个重复,三次独立重复实验。根据失水率和时间制作成失水曲线。图1c显示ear1突变体失水率明显低于野生型,说明突变体抗旱。
实施例2ems诱变ear1突变体的获得和表型分析
(1)ems诱变ear1突变体的获得和鉴定
将哥伦比亚生态型拟南芥种子进行ems诱变,方法如下:用ddh2o浸泡种子过夜,去掉上面不饱和种子。在40ml的100mmhpo42-,h2po4-的钾缓冲液中加入160μl甲磺酸甲酯(ems),混匀,倒入装有种子的管子中,诱变8小时,用硫代硫酸钠洗5遍,使ems失活,再用ddh2o冲洗种子20遍。将诱变后的种子进行筛选,最终获得点突变的ear1突变体。提取dna进行测序,发现是第163位核苷酸上发生了c到t的突变,导致翻译提前终止。(图2a)。
除了第163位的核苷酸外,ear1基因其他位点发生的突变也有可能影响ear1基因的功能,产生抗旱表型,本实施例仅提供了其中一种可能性。
(2)ems诱变ear1突变体的表型分析
旱处理方法与实施例1中相同,ems诱变的ear1突变体旱处理也比野生型长得好(图2b),失水率比野生型慢(图2c)。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110>中国农业大学
<120>一种与植物抗旱性相关的ear1蛋白及其编码基因与应用
<130>khp171116689.0
<160>12
<170>siposequencelisting1.0
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