用于肝癌检测的组合标志物及其应用的制作方法

文档序号:20163286发布日期:2020-03-24 21:14阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于肝癌检测的组合标志物,包括ak055957、bdh1、c6orf223、dab2ip、f12、grasp、lrrc4、nfix、oplah、ppfia1、psd4和tbx15的甲基化程度。

2.权利要求1所述的组合标志物在制备肝癌检测试剂盒中的应用。

3.一种肝癌检测试剂盒,包括权利要求1所述组合标志物的检测试剂。

4.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于:所述组合标志物的检测试剂包括用于检测组合标志物中各个基因甲基化水平的引物和/或探针。

5.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于:所述用于检测组合标志物中各个基因甲基化水平的引物分别为seqidno:1所示的引物ak055957-f、seqidno:3所示的引物ak055957-r、seqidno:4所示的引物bdh1-f、seqidno:6所示的引物bdh1-r、seqidno:7所示的引物c6orf223-f、seqidno:9所示的引物c6orf223-r、seqidno:10所示的引物dab2ip-f、seqidno:12所示的引物dab2ip-r、seqidno:13所示的引物f12-f、seqidno:15所示的引物f12-r、seqidno:16所示的引物grasp-f、seqidno:18所示的引物grasp-r、seqidno:19所示的引物lrrc4-f、seqidno:21所示的引物lrrc4-r、seqidno:22所示的引物nfix-f、seqidno:24所示的引物nfix-r、seqidno:25所示的引物oplah-f、seqidno:27所示的引物oplah-r、seqidno:28所示的引物ppfia1-f、seqidno:30所示的引物ppfia1-r、seqidno:31所示的引物psd4-f、seqidno:33所示的引物psd4-r、seqidno:34所示的引物tbx15-f和seqidno:36所示的引物tbx15-r;

所述用于检测组合标志物中各个基因甲基化水平探针分别为seqidno:2所示的探针ak055957-p、seqidno:5所示的探针bdh1-p、seqidno:8所示的探针c6orf223-p、seqidno:11所示的探针dab2ip-p、seqidno:14所示的探针f12-p、seqidno:17所示的探针grasp-p、seqidno:20所示的探针lrrc4-p、seqidno:23所示的探针nfix-p、seqidno:26所示的探针oplah-p、seqidno:29所示的探针ppfia1-p、seqidno:32所示的探针psd4-p和seqidno:35所示的探针tbx15-p。

6.如权利要求3至5任一所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括内参基因检测试剂;具体的,所述内参基因为gapdh基因。

7.如权利要求6所述试剂盒,其特征在于:所述内参基因检测试剂可包括检测内参基因的引物和/或探针;

所述检测内参基因的引物分别为seqidno:37所示的引物gapdh-f和seqidno:39所示的引物gapdh-r;

所述检测内参基因的探针分别为seqidno:38所示的探针gapdh-p。

8.如权利要求4至7任一所述试剂盒,其特征在于:所述探针一端均具有荧光标记,另一端均具有荧光猝灭标记;所述荧光标记为fam或vic标记;所述荧光猝灭标记为bhq1标记。

9.如权利要求4至8任一所述的试剂盒,其特征在于:还包括dna的重亚硫酸转化试剂。

10.如权利要求4至9任一所述的试剂盒,其特征在于:还包括预扩增体系,所述预扩增体系用于dna重亚硫酸转化后的扩增,以提高dna含量。

11.如权利要求3至10任一所述的试剂盒,其特征在于:检测样本为基因组dna或血浆cfdna。

12.如权利要求3至11任一所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括数据处理系统;所述数据处理系统将组合标志物中各个基因的甲基化水平转化为待测者的hccscore,用于判断待测者是否为肝癌患者;

所述待测者的hccscore的计算方法为:hccscore=lak055957+lbdh1+lc6orf223+ldab2ip+lf12+lgrasp+llrrc4+lnfix+loplah+lppfia1+lpsd4+ltbx15;各基因的l值为:如果(10-某基因的δct)>0,则该基因的l值=10-δct;如果(10-某基因的δct)≤0,则该基因的l值为0;所述δct值为:某基因的ct值-内参基因的ct值;

所述判断的方法为:如果待测者的hccscore≥阈值,则待测者为肝癌患者或疑似为肝癌患者;如果待测者的hccscore<阈值,则待测者为非肝癌患者或疑似为非肝癌患者;

所述阈值通过受试者工作特征曲线确定,具体方法为:构建训练集,训练集由n例肝癌患者和m例非肝癌者组成,n和m均为自然数;获得训练集中所有患者的hccscore;根据敏感性和特异性制作受试者工作特征曲线,受试者工作特征曲线上(1-特异性)越小且敏感性越大的值即为阈值。

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