与猪肉质导电率性状相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及基因检测技术领域，特别涉及一种与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

我国是一个养猪大国，同时也是一个猪肉消费大国，在过去的几十年里，人们仅关注猪的生长性状，如饲料利用率、瘦肉率等，而往往忽略了肉质性状，导致猪肉品质下降。随着人们生活水平的提高，人们对猪肉品质的要求到了从数量到质量的转变阶段，因此猪肉质性状已成为一个重要的经济性状，越来越受到国内外养猪企业和种猪改良公司的广泛关注。

电导率是影响猪肉新鲜度的重要肉质性状之一，现我国主要以感官检查和挥发性盐基总氮(tvb-n)测定作为肉质新鲜度指标，而感官检查容易受到个人因素的影响，挥发性盐基总氮(tvb-n)测定虽是评价猪肉品质新鲜度的重要客观指标，但该方法耗时，操作十分复杂，不利于快速检测猪肉的新鲜度。然而，现时通过导电率判断猪肉新鲜度的检测方式，只是被动地获得猪肉的导电率，而仍未出现将猪肉质导电率性状应用于种猪的选育，以改善猪肉品质的报道。

技术实现要素：

本发明的目的在于针对上述现有技术的不足，提供与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记及其应用，通过检测该分子标记突变位点的基因型，可应用于种猪的选育，以节省生产成本并加快遗传进展，为改善猪肉品质提供有效的手段。

本发明所采取的技术方案是：与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记，其所述snp分子标记为wu_10.2_7_36255497，猪参考基因组为sscrofa11.1，该标记不同基因型种猪的肉质导电率有显著差异。本发明公开的snp分子标记，参阅ensembl数据库(http://asia.ensembl.org/sus_scrofa/search/new？db＝core)，得到登录号为wu_10.2_7_36255497的基因片段(rs为rs322493994)，snp分子标记位于猪7号染色体31181718bp位置，且属于znf76基因的内含子上，该位置为一个t>c突变(突变位点)，t>c即t为大频率的等位基因，c为小频率的等位基因，符号>为等位基因频率大小，该snp分子标记在突变位点上下游100bp序列如下：

5’-tatgtctgtatctctgcctccccccttctccctgattatatctcctcttgtcattcttcttgcctctcttctctgtctcctccatggtgctgtagtgtgt(t/c)cttacacacaacagacttcacacttctgagagtagagctggccttcaggaaccagacgagcgttgtgctgaaaggcagctcacttgccggtgagcttctc-3’；当上述核苷酸序列的第101位核苷酸为t时，猪显著降低肉质导电率，5’-和-3’分别表示核苷酸序列的5’端和3’端。

上述wu_10.2_7_36255497标记tt基因型比cc基因型种猪个体间的肉质电导率显著降低了18.30％，所以，t是有利于显著降低肉质电导率的等位基因。

本发明所采取的另一个技术方案是：与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记在猪遗传育种中的应用，其具体为一种猪肉质性状早期选择的方法，包括如下操作步骤：

1)检测得到种猪snp分子标记wu_10.2_7_36255497的基因型；

2)基于检测得到的基因型对猪肉质导电率进行早期选择，其中tt基因型的导电率显著低于tc基因型和cc基因型的导电率，选留tt基因型的种猪。

其中，步骤1)所述检测的方法为：提取种猪的总dna，并利用在线引物设计工具primer3(http://primer3.ut.ee/)设计引物扩增包括wu_10.2_7_36255497标记位点如序列表seqidno:1的基因片段的基因片段，其中扩增过程中所采用的引物对序列信息为：上游引物的基因序列如seqidno：2所示；下游引物的基因序列如seqidno：3所示，然后通过检测其101位点的基因为t或c，并根据该位点基因型判断待测种猪是tt基因型、tc基因型还是cc基因型，从而获得基因型检测结果。

其中，本发明的检测方法中所述的种猪的总dna，为通过常规的采集方法采集种猪的耳组织样品或者血样提取得到的总dna。

本发明的有益效果是：本发明的snp分子标记wu_10.2_7_36255497与猪肉导电率性状相关，是一个新的分子标记，通过确定该猪snp分子标记wu_10.2_7_36255497的突变位点的基因型对猪肉质导电率性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，应用于种猪的选育中进一步完善猪肉质性状的育种分子标记，为改善猪肉品质提供有效的手段。

附图说明

图1是wu_10.2_7_36255497分子标记基因组位置及电导率全基因组snp效应分布。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明进行具体描述，以便于所属技术领域的人员对本发明的理解。有必要在此特别指出的是，实施例只是用于对本发明做进一步说明，不能理解为对本发明保护范围的限制，所属领域技术熟练人员，根据上述发明内容对本发明作出的非本质性的改进和调整，应仍属于本发明的保护范围。同时下述所提及的原料未详细说明的，均为市售产品；未详细提及的工艺步骤或制备方法为均为本领域技术人员所知晓的工艺步骤或制备方法。

实施例1

与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记的获取方法，包括如下步骤：

(1)表型数据采集

本实施例的基础研究群体为303头三元杂猪，全部来自广西扬翔农牧有限公司，其中公猪131头，母猪172头。电导率性状测定部位为第13～14肋间的背长肌，并在屠宰后45min内完成测定。

(2)基因分型与质量控制

采集猪的耳组织样品或者血样，提取总dna，并采用ggp50ksnp(geneseek，us)芯片进行基因分型，获得覆盖全基因组的50679个snp标记。根据最新版的猪参考基因组(sscrofa11.1)，采用ncbi基因组比对程序(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)对所有snp标记的物理位置进行更新。基因组位置未知的snp不用于关联分析。对于所有常染色体上的snp标记，利用plink软件进行质量控制，标准为：个体检出率≥90％；snp检出率≥90％；小等位基因频率≥0.01；哈迪-温伯格平衡p值≥10^-6。对于缺失基因型，采用beagle软件(version4.1)进行填充。填充完后再次质控，质控条件与前面相同。

(3)统计模型

利用多标记关联模型的方法，以性别及猪场作为固定效应，在r统计环境下使用rmvp软件包的farmcpu模型进行gwas分析，该研究模型如下：

yn＝tniwi+pnjqj+en

其中，yn表示第n个体的表型值向量，tni为固定效应，包括性别和猪场及i个pseudoqtns的基因型以及控制群体遗传背景的前三大主成分；wi表示对应的效应；pnj表示第n个体的第j个标记；qj表示第j个对应的效应；en表示残差向量，服从正态分布，表示残差方差。

(4)标记筛选

对于所有标记的效应值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的snp标记，如附图1所示。并采用方差分析和多重比较(r统计分析平台)，分析wu_10.2_7_36255497标记不同基因型群体三元杂商品猪肉质电导率差异情况，结果如下：

表1wu_10.2_7_36255497标记不同基因型猪肉质电导率

由表1可知，wu_10.2_7_36255497标记cc、tt、tc三种基因型猪肉质电导率经过多重比较后可知，基因型tt比cc三元杂猪个体间电导率显著降低了18.30％，所以，t是有利于显著降低肉质电导率的等位基因。

实施例2

根据上述实施例1筛选得到的基因结果显示，本申请与猪肉质电导率性状相关的snp分子标记wu_10.2_7_36255497标记位于国际猪基因组11.1版本参考序列猪7号染色体g.31181718bp核苷酸位置，该位置由碱基为t突变成c，该位点位于znf76基因的内含子上，对应位于核苷酸序列表seqidno：1的第101为核酸位点。

实施例3

与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记在猪遗传育种中的应用，其具体为一种猪肉质性状早期选择的方法，包括如下操作步骤：

1)检测得到种猪snp分子标记wu_10.2_7_36255497的基因型，具体操作为：通过常规的采集方法采集种猪的耳组织样品或者血样提取得到的总dna，并利用在线引物设计工具primer3(http://primer3.ut.ee/)设计引物扩增包括wu_10.2_7_36255497标记位点如序列表seqidno:1的基因片段的基因片段，其中扩增过程中所采用的引物对序列信息为：上游引物的基因序列如seqidno：2所示；下游引物的基因序列如seqidno：3所示，然后通过检测其101位点的基因为t或c，并根据该位点基因型判断待测种猪是tt基因型、tc基因型还是cc基因型，从而获得基因型检测结果；

2)基于检测得到的基因型对猪肉质导电率进行早期选择，其中tt基因型的导电率显著低于tc基因型和cc基因型的导电率，其中基因型tt比cc三元杂猪个体间电导率显著降低了18.30％，即选留tt基因型的种猪。

上述实施例为本发明的优选实施例，凡与本发明类似的工艺及所作的等效变化，均应属于本发明的保护范畴。

sequencelisting

<110>佛山科学技术学院

<120>与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记及其应用

<130>2020.4.23

<160>3

<170>patentinversion3.5

<210>1

<211>201

<212>dna

<213>人工合成

<400>1

tatgtctgtatctctgcctccccccttctccctgattatatctcctcttgtcattcttct60

tgcctctcttctctgtctcctccatggtgctgtagtgtgtrcttacacacaacagacttc120

acacttctgagagtagagctggccttcaggaaccagacgagcgttgtgctgaaaggcagc180

tcacttgccggtgagcttctc201

<210>2

<211>20

<212>dna

<213>人工合成

<400>2

tccatggtgctgtagtgtgt20

<210>3

<211>20

<212>dna

<213>人工合成

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gcctgccgacaaagatgaaa20