一种家猪家系划分及亲子鉴定试剂盒及方法

文档序号:26590208发布日期:2021-09-10 20:39阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种家猪家系划分及亲子鉴定试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括14个ssr位点,所述ssr位点分别为位于第1条染色体的s0155微卫星座、位于第2条染色体的sw240微卫星座、位于第3条染色体的sw72微卫星座、位于第4条染色体的s0227微卫星座;位于第5条染色体的sw963微卫星座;位于第6条染色体的sw122微卫星座;位于第7条染色体的s0101微卫星座;位于第8条染色体的s0225微卫星座;位于第11条染色体的s0386微卫星座;位于第12条染色体的s0090微卫星座;位于第15条染色体的s0355微卫星座;位于第16条染色体上的s0026微卫星座;位于第17条染色体上的sw24微卫星座;位于性染色体上的sw2156微卫星座。2.权利要求1所述的鉴定试剂盒,其特征在于,所述14个ssr位点pcr扩增所需的引物如下所述:s0155微卫星座正向引物序列如seq id no.1所示,反向引物序列如seq id no.2所示;sw240微卫星座正向引物序列如seq id no.3所示,反向引物序列如seq id no.4所示;sw72微卫星座正向引物序列如seq id no.5所示,反向引物序列如seq id no.6所示;s0227微卫星座正向引物序列如seq id no.7所示,反向引物序列如seq id no.8所示;sw963微卫星座正向引物序列如seq id no.9所示,反向引物序列如seq id no.10所示;sw122微卫星座正向引物序列如seq id no.11所示,反向引物序列如seq id no.12所示;s0101微卫星座正向引物序列如seq id no.13所示,反向引物序列如seq id no.14所示;s0225微卫星座正向引物序列如seq id no.15所示,反向引物序列如seq id no.16所示;s0386微卫星座正向引物序列如seq id no.17所示,反向引物序列seq id no.18所示;s0090微卫星座正向引物序列如seq id no.19所示,反向引物序列如seq id no.20所示;s0355微卫星座正向引物序列如seq id no.21所示,反向引物序列如seq id no.22所示;s0026微卫星座正向引物序列如seq id no.23所示,反向引物序列如seq id no.24所示;sw24微卫星座正向引物序列如seq id no.25,反向引物序列如seq id no.26所示;sw2156微卫星座正向引物序列如seq id no.27所示,反向引物序列如seq id no.28所示。3.权利要求2所述的鉴定试剂盒,其特征在于:位点s0155、sw963、s0386荧光标记为5`

fam,位点sw240、sw72、sw122、sw24、s0026荧光标记为5`

hex,位点s0227、s0101、s0090、s0355荧光标记为5`tamra;位点s0155、sw240、sw72、s0227、sw963、s0101、s0225、s0386、s0090、s0355、sw24的pcr退火温度为55℃,位点sw122的pcr退火温度为58.5℃,位点sw2156退火温度为60℃。4.权利要求3所述的鉴定试剂盒,其特征在于:所述试剂盒为25μl反应体系,包括1μl上游引物,1μl下游引物,1μl mix dntr,2.5μl包括mgcl2taq buffer,0.5μl taq酶,19μl ddh2o。5.权利要求4所述的鉴定试剂盒,其特征在于:所述14个ssr位点可应用于安庆六白猪群体家系划分及亲子鉴定。6.一种家猪家系划分及亲子鉴定方法,其特征在于:以权利要求3所述试剂盒中ssr引物序列进行pcr从而进行家系划分及亲子鉴定。7.权利要求6所述的家系划分及亲子鉴定方法,其特征在于,具体步骤如下所述:(1)样品采集;(2)dna提取:采用北京艾德莱生物科技公司组织基因组dna快速提取试剂盒进行猪dna提取;(3)ssr引物序列合成;(4)pcr扩增;(5)pcr产物毛细管电泳检测;(6)数据处理及结果分析。
8.权利要求7所述的家系划分及亲子鉴定方法,其特征在于:步骤(6)数据处理及结果分析具体步骤为:使用popgene3.2软件对微卫星位点多态性进行等位基因数目、有效等位基因数、观测纯和度、期望纯和度、观测杂合度、期望杂合度、香农指数、hard

weinberg平衡指标分析;使用pic_cale0.6软件进行多态信息含量计算;利用diploiddate程序对个体间的nei氏遗传距离进行计算并获得,以非加权组平均法(unweighted pair

group method with arithmetic mean,upgma)构建的亲缘聚类图。9.权利要求8所述的家系划分及亲子鉴定方法,其特征在于:所述家猪为安庆六白猪;所述样品采集位点为猪耳。10.权利要求9所述的家系划分及亲子鉴定方法,其特征在于:步骤4)pcr过程为:95℃预变性3分钟;30秒94℃变性,30秒60℃退火,30秒72℃延伸,10个循环;30秒94℃变性,30秒55℃退火,30秒72℃延伸,35个循环;8分钟72℃修复延伸。

技术总结
本发明属于家畜分子生物技术领域,提供一种家猪家系划分及亲子鉴定试剂盒及方法,该试剂盒及方法特异性地选择家猪尤其是安庆六白猪14个SSR位点,并合成相应位点引物,通过对98头安庆六白猪的耳组织DNA进行毛细管电泳检测,统计、计算各位点有效等位基因数,杂合度,多态信息含量,遗传距离,排除率,获取家猪尤其是安庆六白猪家系划分,并进行亲子鉴定。14个微卫星位点累积排除概率达99%。本研究所选取的14个微卫星位点在安庆六白猪群体中均具有多态性,可作为有效的遗传标记应用于家猪尤其是安庆六白猪群体家系划分、亲子鉴定等生产实践中。践中。践中。


技术研发人员:丁月云 殷宗俊 张晓东 吴旭东 郑先瑞 曹邦基 陈琼 夏静 凌紫荆 侯银辉 孔诚诚
受保护的技术使用者:安徽农业大学
技术研发日:2021.07.12
技术公布日:2021/9/9
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