经修饰的TREM的组合物及其用途的制作方法

背景技术：

1、trna是具有许多功能(包括使蛋白质起始和延伸的能力)的复杂rna分子。

技术实现思路

1、本披露的特征尤其在于包含无唾液酸糖蛋白受体(asgpr)结合部分的基于trna的效应分子(trem)实体及其组合物和使用方法。asgpr结合部分可以与trem实体内的核碱基缀合，或在trem实体的核苷酸间键内缀合，或在trem实体的末端(例如，5’或3’末端)处缀合。在一个实施例中，trem实体包含trem、trem核心片段、或trem片段。在一个实施例中，核碱基包含腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟苷、或尿嘧啶、或其变体或经修饰形式。

2、在一个方面，本文所述的trem实体(例如，trem)包含式a的序列：[l1]-[ast结构域1]-[l2]-[dh结构域]-[l3]-[ach结构域]-[vl结构域]-[th结构域]-[l4]-[ast结构域2](a)，其中，独立地，该trem包含asgpr结合部分。在一个实施例中，asgpr结合部分包含asgpr碳水化合物和asgpr接头。在一个实施例中，asgpr结合部分包含半乳糖(gal)和/或n-乙酰基半乳糖胺(galnac)部分。在一个实施例中，asgpr结合部分包含多个gal和/或galnac部分(例如，2、3、4、5、6、7、8、或更多个gal和/或galnac部分)。在一个实施例中，asgpr结合部分包含三触角galnac部分。在一个实施例中，trem进一步包含化学修饰(例如，trem内的硫代磷酸酯核苷酸间键或核糖部分上的2’-修饰)。

3、在一个实施例中，asgpr结合部分存在于trem中的核苷酸内的核碱基上。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于trem的5’末端上。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于trem的3’末端上。

4、在一个实施例中，asgpr结合部分存在于选自以下的trem结构域中：l1、ast结构域1、l2、dh结构域、l3、ach结构域、vl结构域、th结构域、l4、和ast结构域2。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于l1区中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于ast结构域1中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于l2区中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于dh结构域中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于l3区中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于ach结构域中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于vl结构域中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于th结构域中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于l4区中。在一个实施例中，asgpr结合部分存在于ast结构域2中。

5、在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem保留以下能力：支持蛋白质合成，被合成酶负载，被延伸因子结合，将氨基酸引入肽链，支持延伸，和/或支持起始。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含至少x个不具有化学修饰的连续核苷酸，其中x大于10。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含一种类型(例如a、t、c、g或u)的不超过5、10或15个不包含化学修饰的核苷酸。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含一种类型(例如a、t、c、g或u)的不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、或80个不包含化学修饰的核苷酸。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含至少x个包含化学修饰的连续核苷酸，其中x大于10。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含一种类型(例如a、t、c、g或u)的超过5、10或15个包含化学修饰的核苷酸。在一个实施例中，包含asgpr结合部分的trem包含一种类型(例如a、t、c、g或u)的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、或80个包含化学修饰的核苷酸。在一个实施例中，化学修饰是天然存在的化学修饰或非天然存在的化学修饰(例如，trem内的硫代磷酸酯核苷酸间键或核糖部分上的2’-修饰)。在一个实施例中，化学修饰包含荧光团。

6、在另一方面，本文所述的包含asgpr结合部分的trem或其组合物可以用于调节对应于以下的rna或由以下编码的多肽的生产参数(例如，表达参数和/或信号传导参数)：包含具有提前终止密码子(ptc)的内源开放阅读框(orf)的核酸序列。

7、在另一方面，本文所述的包含asgpr结合部分的trem或其组合物可以用于调节受试者中与内源开放阅读框(orf)对应的mrna或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该orf包含提前终止密码子(ptc)，该方法包括使该受试者与包含asgpr结合部分的trem或其组合物以足以调节该mrna或多肽的生产参数的量和/或时间接触，其中该包含asgpr结合部分的trem具有与具有第一序列的密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该生产参数。在一个实施例中，生产参数包括信号传导参数和/或表达参数，例如，如本文所述。

8、在另一方面，本文所述的包含asgpr结合部分的trem或其组合物可以用于治疗具有包含提前终止密码子(ptc)的内源开放阅读框(orf)的受试者的方法，该方法包括提供包含asgpr结合部分的trem或其组合物，其中该包含asgpr结合部分的trem包含与该orf中的该ptc配对的反密码子；使该受试者与包含asgpr结合部分的trem或其组合物以足以治疗该受试者的量和/或时间接触，从而治疗该受试者。在一个实施例中，ptc包含uaa、uga或uag。

9、在另一方面，本文所述的包含asgpr结合部分的trem或其组合物可以用于治疗患有与提前终止密码子(ptc)相关的疾病或障碍的受试者的方法，该方法包括提供本文所述的包含asgpr结合部分的trem或组合物；使该受试者与包含asgpr结合部分的trem或其组合物以足以治疗该受试者的量和/或时间接触，从而治疗该受试者。在一个实施例中，ptc包含uaa、uga或uag。在一个实施例中，与ptc相关的疾病或障碍是本文所述的疾病或障碍，例如，癌症或单基因病。

10、任何前述trem实体(例如，trem、trem核心片段、trem片段)、trem组合物、制剂、制备trem组合物和制剂的方法以及使用trem组合物和制剂的方法的另外特征包括以下列举的实施例中的一个或多个。

11、本领域技术人员将认识到、或不使用过度常规实验就能够确定本文所述发明的特定实施例的许多等效实施例。这样的等效实施例意在由以下列举的实施例所涵盖。

技术特征：

1.一种trna效应分子(trem)，其包含：

2.如权利要求1所述的trem，其中每个x是1。

3.如权利要求1-2中任一项所述的trem，其中该asgpr部分存在于该l1、ast结构域1、l2、dh结构域、l3、ach结构域、vl结构域、th结构域、l4、或ast结构域内。

4.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于l1内。

5.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于ast结构域1内。

6.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于l2内。

7.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于dh结构域内。

8.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于l3内。

9.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于该ach结构域内。

10.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于vl结构域内。

11.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于th结构域内。

12.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于l4内。

13.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于ast结构域2内。

14.如权利要求1-3中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于l1、ast结构域1、或ast结构域2中的一个内。

15.如权利要求1-14中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分与该trem的核苷酸内的核碱基共价结合，或在该trem的末端(例如，5’或3’末端)处共价结合，或在该trem的核苷酸间键内共价结合(例如，在该核碱基部分中的氮原子或碳原子处)。

16.如权利要求1-15中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分(例如，galnac部分，例如，galnac)与该trem的核苷酸内的核碱基结合。

17.如权利要求1-16中任一项所述的trem，其中该核碱基是天然存在的核碱基或非天然存在的核碱基。

18.如权利要求1-17中任一项所述的trem，其中该核碱基包含尿嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶、或其变体。

19.如权利要求1-15中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分(例如，galnac部分，例如，galnac)与该trem内的一个或两个末端结合。

20.如权利要求19所述的trem，其中该asgpr结合部分(例如，galnac部分，例如，galnac)与该trem的5’末端结合。

21.如权利要求19所述的trem，其中该asgpr结合部分(例如，galnac部分，例如，galnac)与该trem的3’末端结合。

22.如权利要求1-15中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分存在于该trem的核苷酸间键内。

23.如权利要求1-22中任一项所述的trem，其中该trem包含表12中提供的trem中的任一个的序列，例如，seq id no.622-654。

24.如权利要求1-23中任一项所述的trem，其中该trem包含与表12中提供的trem的序列，例如，表12中提供的seq id no.622-654中的任一个至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。

25.如权利要求1-24中任一项所述的trem，其中该trem包含与表12中提供的trem的序列，例如，表12中提供的seq id no.622-654中的任一个至少90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。

26.如权利要求1-25中任一项所述的trem，其中该trem包含表12中提供的trem，例如，表12中披露的seq id no.622-654中的任一个的至少5个核糖核苷酸(nt)、10nt、15nt、20nt、25nt、30nt、35nt、40nt、45nt、50nt、55nt、60nt、65nt、70nt、或75nt(但小于全长)。

27.如权利要求1-26中任一项所述的trem，其中该trem包含表12中提供的trem，例如，表12中披露的seq id no.622-654中的任一个的至少60nt、65nt、70nt、或75nt。

28.如权利要求1-27中任一项所述的trem，其中该trem包含与表12中提供的trem，例如，表12中披露的seq id no.622-654中的任一个至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的trem的至少5个核糖核苷酸(nt)、10nt、15nt、20nt、25nt、30nt、35nt、40nt、45nt、50nt、55nt、60nt、65nt、70nt、或75nt(但小于全长)。

29.如权利要求1-28中任一项所述的trem，其中该trem包含与表12中提供的trem，例如，表12中披露的seq id no.622-654中的任一个至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的trem的至少60nt、65nt、70nt、或75nt。

30.如权利要求1-29中任一项所述的trem，其中该trem包含与表12中提供的trem，例如，表12中提供的seq id no.622-652中的任一个差异不超过1个核糖核苷酸(nt)、2nt、3nt、4nt、5nt、6nt、7nt、8nt、9nt、10nt、12nt、14nt、16nt、18nt或20nt的序列。

31.如权利要求1-30中任一项所述的trem，其中该trem选自seq id no.622、seq idno.650、和seq id no.653。

32.如权利要求1-31中任一项所述的trem，其中该trem与seq id no.622至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同。

33.如权利要求1-31中任一项所述的trem，其中该trem与seq id no.650至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同。

34.如权利要求1-31中任一项所述的trem，其中该trem与seq id no.653至少60％、65％、70％、75％、80％、82％、85％、87％、88％、90％、92％、95％、96％、97％、98％或99％相同。

35.如权利要求1-34中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分包含式(iii-b)的结构：

36.如权利要求35所述的trem，其中x是o。

37.如权利要求35-36中任一项所述的trem，r1、r3、r4、和r5中的每一个独立地是氢或烷基(例如，ch3)。

38.如权利要求35-37中任一项所述的trem，r2a是氢并且r2b是c(o)ch3。

39.如权利要求35-38中任一项所述的trem，其中r6a和r6b中的每个是氢。

40.如权利要求35-39中任一项所述的trem，其中m、n、和o中的每一个独立地是在1与10之间的整数。

41.如权利要求35-40中任一项所述的trem，其中m、n、和o中的每一个独立地是1。

42.如权利要求35-41中任一项所述的trem，其中l1、l2、和l3中的每一个独立地包含亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、或卤代亚烷基基团。

43.如权利要求35-42中任一项所述的trem，其中l1、l2、和l3中的每一个独立地是可切割的或不可切割的。

44.如权利要求35-43中任一项所述的trem，其中l1、l2、和l3中的每一个独立地包含聚乙二醇基团。

45.如权利要求35-44中任一项所述的trem，其中m包含亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、或卤代亚烷基基团。

46.如权利要求35-45中任一项所述的trem，其中m包含酯、酰胺、二硫化物、醚、碳酸盐、芳基、杂芳基、环烷基、或杂环基基团。

47.如权利要求35-46中任一项所述的trem，其中m是可切割的或不可切割的。

48.如权利要求1-47中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分包含半乳糖(gal)、半乳糖胺(galnh2)、或n-乙酰基半乳糖胺(galnac)部分。

49.如权利要求1-48中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分包含多个半乳糖(gal)、半乳糖胺(galnh2)、或n-乙酰基半乳糖胺(galnac)部分。

50.如权利要求1-49中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分包含asgpr碳水化合物和asgpr接头。

51.如权利要求1-50中任一项所述的trem，其中该asgpr结合部分包含三触角galnac部分。

52.如权利要求1-51中任一项所述的trem，其中该trem是表12中提供的化合物，例如，化合物编号99-131中的任一个。

53.如权利要求1-52中任一项所述的trem，其中该trem保留支持蛋白质合成的能力，例如，相对于不包含asgpr结合部分的trem或天然存在的trna。

54.如权利要求1-53中任一项所述的trem，其中该trem保留被合成酶负载的能力，例如，相对于不包含asgpr结合部分的trem或天然存在的trna。

55.如权利要求1-54中任一项所述的trem，其中该trem保留被延伸因子结合的能力，例如，相对于不包含asgpr结合部分的trem或天然存在的trna。

56.如权利要求1-55中任一项所述的trem，其中该trem保留将氨基酸引入肽链的能力，例如，相对于不包含asgpr结合部分的trem或天然存在的trna。

57.如权利要求1-56中任一项所述的trem，其中该trem保留支持延伸或支持起始的能力，例如，相对于不包含asgpr结合部分的trem或天然存在的trna。

58.如权利要求1-57中任一项所述的trem，其中该trem对asgpr具有0.01nm和100mm之间的结合亲和力。

59.如权利要求1-58中任一项所述的trem，其中该trem进一步包含化学修饰(例如，天然存在的修饰或非天然存在的化学修饰)。

60.一种药物组合物，其包含如权利要求1-59中任一项所述的trem。

61.如权利要求60所述的药物组合物，其进一步包含药学上可接受的组分，例如，赋形剂。

62.一种脂质纳米颗粒配制品，其包含如权利要求1-59中任一项所述的trem。

63.一种脂质纳米颗粒配制品，其包含如权利要求60-61中任一项所述的药物组合物。

64.一种制备如权利要求1-59中任一项所述的trem的方法。

65.一种用于在治疗患有与ptc相关的疾病或障碍的受试者中使用的组合物，包括向该受试者施用本文所述的包含asgpr结合部分的trem(例如，如权利要求1-59中任一项所述的trem)、或如权利要求60-61中任一项所述的药物组合物、或如权利要求62-63中任一项所述的脂质纳米颗粒配制品，从而治疗患有该疾病或障碍的该受试者。

技术总结
本发明总体上涉及包含无唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)结合部分的基于tRNA的效应分子(TREM)及其相关组合物和方法。

技术研发人员：T·阿纳斯塔西亚迪斯,D·C·D·巴特勒,N·库比卡,Q·李,A·G·恩古诺乌维蒂,G·王
受保护的技术使用者：旗舰先锋创新VI有限责任公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16