用于诊断乳腺癌的生物标记物的制作方法

本发明涉及使用生物标记物诊断疾病，并且更具体地，涉及一种基于一种或多种特定mrna的表达的改变来诊断乳腺癌的系统和方法。

背景技术：

1、乳腺癌是从乳腺组织发展而来的癌症。在世界范围内，乳腺癌是女性癌症的主要类型，占所有病例的25％。在2018年，它造成了200万新病例和627,000例死亡。发展出乳腺癌的风险因素包括为女性、肥胖、缺乏体育锻炼、酗酒、更年期激素替代疗法、电离辐射、初潮年龄较早、晚育或不生孩子、年龄较大、有乳腺癌既往史和乳腺癌家族史。约5至10％的病例是遗传自人的父母的遗传倾向的结果，包括brca1和brca2等。

2、乳腺癌最常见的表现是肿块，该肿块的感觉不同于乳房组织的其余部分。超过80％的病例是人用指尖检测到此类肿块时发现的。然而，最早期乳腺癌是通过乳房x线照片检测到的。在位于腋窝中的淋巴结中发现的肿块也可能指示乳腺癌。

3、乳腺癌可以开始于乳房的不同部分。乳房由三个主要部分组成：小叶、导管和结缔组织。小叶是产生乳汁的腺体。导管是将乳汁输送到乳头的管。结缔组织(由纤维组织和脂肪组织组成)将所有东西包围并保持在一起。大多数乳腺癌开始于导管或小叶。乳腺癌最常见的表现是肿块，该肿块的感觉不同于乳房组织的其余部分。乳腺癌可以通过血管和淋巴管扩散到乳房外。当乳腺癌扩散到身体的其它部分时，就说已经转移了。

4、乳腺癌的诊断可以通过对可疑组织进行活检来确认。一旦作出了诊断，进一步的测试就可以确定癌症是否已经扩散到乳房之外以及哪些治疗最可能有效。乳腺癌的结果根据癌症类型、疾病程度和人的年龄而变化。英国和美国的五年存活率为80至90％。在发展中国家，五年存活率更低。

5、对于那些已经被诊断患有癌症的患者，可以使用多种治疗，包括手术、放射疗法、化学疗法、激素疗法和靶向疗法。手术类型从保乳手术到乳房切除术不等。乳房再造可以在手术时或在未来的某一天发生。对于癌症已经扩散到身体的其它部分的患者，治疗主要旨在提高生活质量和舒适度。

6、乳腺癌的早期检测对有效治疗至关重要。根据美国癌症协会，当乳腺癌被早期检测到并且处于局部阶段时，五年相对存活率为99％。早期检测的常规方法包括每月乳房自我检查、定期临床乳房检查和乳房x线照片。然而，早期检测的方法具有局限性。

7、目前，通常通过乳房x线照片检测乳腺癌。一些国家机构建议进行乳腺癌筛查。对于普通女性，美国预防服务工作组和美国内科医师学会建议50至74岁的女性每两年进行一次乳房x线照相术，欧洲理事会建议50至69岁的女性进行乳房x线照相术，大多数项目使用2年的频率，而欧洲委员会建议45至75岁的女性每2至3年进行乳房x线照相术，并且在加拿大建议50至74岁的女性以2至3年的频率进行筛查。在检测之后，通过对疑似患有乳腺癌的组织进行活检来确认乳腺癌的诊断。一旦作出了诊断，就进行进一步的测试以确定癌症是否已经扩散到乳房之外以及哪些治疗性治疗最可能有效。

8、使用乳房x线照相术作为筛查工具来检测没有症状的健康女性体内的早期乳腺癌是有争议的。诊断错误、过度治疗和辐射暴露的不良影响。乳腺癌筛查的利弊平衡是有争议的。2013年柯克兰评监(cochrane review)发现，尚不清楚乳房x线照相术筛查是否弊大于利，因为大部分女性的测试结果为假阳性。

9、生物标记物是一种非侵入性和有成本效益的手段，有助于癌症患者的临床管理，特别是在疾病检测、预后、监测和治疗分层领域。对于可用于早期检测的血清学生物标记物，其在健康个体和患有良性疾病的个体的血清中的存在必须相对较低。该生物标记物必须由肿瘤或其微环境产生并进入循环，引起血清水平增加。促进进入循环的机制包括分泌或脱落、血管生成、侵入和破坏组织架构。该生物标记物应当优选地是组织特异性的，使得血清水平的变化可以直接归因于该组织的疾病(例如，癌症)。

10、例如，血清psa通常用于50岁以上男性的前列腺癌筛查，但由于良性疾病以及前列腺癌中的血清升高，其使用仍有争议。然而，psa代表了目前可用的最有用的血清学标记物之一。psa仅在健康男性的前列腺组织中强烈表达，通过各种解剖屏障的正常扩散在血清中确立较低水平。这些解剖屏障在发展出前列腺癌时被破坏，使增加量的psa进入循环。

11、其它常见的血清学生物标记物包括针对胃肠癌的癌胚抗原(cea)和糖类抗原19.9(ca19.9)、cea、cyfra 21-1(细胞角蛋白19片段)、神经元特异性烯醇化酶(nse)、组织多肽抗原(tpa)、前胃泌素释放肽(pro-grp)，以及针对肺癌的scc抗原、针对卵巢癌的ca 125和前列腺癌中的前列腺特异性抗原(psa，也称为klk3)。然而，这些生物标记物具有局限性，并且通常缺乏适合早期癌症检测的适当灵敏性和特异性。此外，没有可用于检测乳腺癌的生物标记物。

12、由于准确检测乳腺癌的局限性，很难研究疾病进展和开发药物/疗法。此外，药物开发商很难为他们的临床试验招募到合适的患者。此外，由于侵入性和风险，患者通常不愿意接受乳腺活检。因此，需要准确和实惠的非侵入性乳腺癌测试。

13、需要改进的诊断测定和检测癌症，特别是乳腺癌的方法。常规诊断测定通常依赖于单一生物标记物，并且在检测癌症或肿瘤进展的存在时不可靠。因此，需要鉴定克服这些局限性的替代分子标记物。

技术实现思路

1、以下
技术实现要素：
的提供是为了便于理解所公开的实施例所独有的一些创新特征，并且不旨在是完整的描述。通过将整个说明书、权利要求书和摘要作为一个整体来考虑，可以获得对本文公开的实施例的各个方面的全面理解。

2、实施例包括一种检测和诊断乳腺癌及其进展的系统和方法。

3、实施例包括用于检测乳腺癌的外周诊断生物标记物组。实施例包括检测乳腺癌的mrna生物标记物。实施例还包括在乳腺癌的进展早期检测乳腺癌的mrna生物标记物。

4、附加实施例包括区分乳腺癌类型的mrna生物标记物。实施例包括区分乳腺癌的不同遗传形式的mrna生物标记物。乳腺癌可以是例如乳管原位癌、浸润性小叶原位癌、管状/筛状癌、粘液(胶质)癌、髓样癌、乳头状癌和化生癌。

5、实施例包括区分乳腺癌和健康乳房的mrna生物标记物。实施例还包括使用核酸、蛋白质和/或肽(例如，如表1中所鉴定的)来区分乳腺癌和健康乳房。

6、实施例包括监测患者体内乳腺癌的进展的mrna生物标记物。实施例包括提供在治疗乳腺癌患者的一种或多种疗法和/或药物中进行选择的指导的mrna生物标记物。

7、实施例包括一种为患有乳腺癌的患者确定优选的治疗的系统和方法。实施例还包括一种确定患者对如乳房切除术等手术程序积极响应的可能性的系统和方法。

8、实施例包括一种基于一种或多种mrna生物标记物的水平使用一种或多种算法来诊断乳腺癌的方法。

9、实施例包括一种基于一种或多种mrna生物标记物的水平使用一种或多种算法来诊断乳腺癌的方法。

10、实施例还包括一种基于一种或多种蛋白质生物标记物的水平使用一种或多种算法来诊断乳腺癌的方法。

11、实施例包括使用一种或多种生物标记物来区分乳腺癌的0期、1期、2期、3期、4期和5期的方法。

12、本文公开的方法和测定涉及检查生物样本中一种或多种生物标记物的量，其中一种或多种此类生物标记物的该量的确定是乳腺癌的存在的预测或指示。所公开的方法和测定提供了方便、有效和可能有成本效益的手段来获得可用于评估用于治疗患者的适当或有效疗法的数据和信息。

13、用于检测需要评估的任何生物标记物的方法包括检查所需核酸的存在和/或表达的方案。使用northern、斑点印迹或聚合酶链式反应(pcr)分析、阵列杂交、核糖核酸酶保护测定，或使用dna snp芯片微阵列(其是可商购的，包括dna微阵列快照)可以方便地测定来自哺乳动物的组织或细胞样本的例如遗传标记物mrna或dna。例如，实时pcr(rt-pcr)测定，如定量pcr测定是本领域熟知的。

14、更具体地，实施例包括基于表达水平已改变的特定基因/mrna检测乳腺癌的方法。本技术人已经鉴定了26种特定mrna，它们可以用作生物标记物来区分健康个体和患有乳腺癌的个体。生物标记物的使用是非侵入性的并且可能比常规方法更灵敏。乳腺癌的类型包括乳管原位癌、浸润性小叶原位癌，管状/筛状癌、粘液(胶质)癌、髓样癌、乳头状癌和化生癌。实施例还包括预后、患者监测和区分不同乳腺癌类型的方法。基于预后，可以设计适当的治疗计划。

15、实施例还包括使用以下基因(或mrna)中的一种或多种作为生物标记物：slc8a1、rp11-452l6.1、hint3、prorsd1p、prdx6、gabrb2、eps8、sh3rf1、gb_acc aa814006、假设蛋白loc284058、znf160、slc25a45、dst、mtap、gb_acc ak024901、tfb1m、spred1、cav1、muc1、nap1l3、mdh1b、tmem125、pde9a、tshz2、lamb4和ptgs2。

16、实施例包括一种检测癌症或确定患有癌症(如乳腺癌)的受试者的预后的方法，该方法包括以下步骤：a)测量来自受试者的血浆的测试样本中的至少一种mrna的表达水平；b)将测试样本中的mrna的表达水平与基础样本中的水平进行比较；和c)基于测试样本中的mrna的表达的改变检测或确定癌症的预后。该方法可以区分乳腺癌的不同阶段(对应于0至5期)。该方法还可以包括基于检测/预后治疗癌症的步骤。常见的治疗包括手术、放射、化学疗法、激素疗法、靶向药物疗法和/或免疫疗法。

17、实施例还包括一种检测癌症或确定患有癌症(如乳腺癌)的受试者的预后的方法，该方法包括以下步骤：a)测量来自受试者的血浆的测试样本中的至少一种mrna的表达水平；b)将测试样本中的mrna的表达水平与基础样本中的水平进行比较；和c)基于测试样本中的mrna的表达的改变检测或确定癌症的预后。该方法可以包括基于检测/预后治疗癌症的步骤。该方法可以用于其它体液，包括唾液。

18、实施例还包括一种检测癌症或确定患有癌症(如乳腺癌)的测试受试者的预后的方法，该方法包括以下步骤：a)测量来自患有癌症的受试者的血浆样本中的两种或更多种mrna的表达水平；b)测量来自健康受试者的血浆样本中的相同mrna的表达水平；c)将来自患有癌症的受试者的血浆样本中的mrna的表达水平与来自健康受试者的血浆样本中的水平进行比较；d)鉴定来自患有癌症的受试者的血浆样本中表达水平已改变的mrna；e)从具有改变的表达水平的mrna创建生物标记物指纹；和f)通过将来自测试受试者的血浆的mrna水平与生物标记物指纹中的mrna水平进行比较，诊断或确定测试受试者体内的癌症的预后。该方法还可以包括基于检测/预后治疗癌症的步骤。

19、实施例还包括一种诊断癌症或确定患有癌症(如乳腺癌)的测试受试者的预后的方法，该方法包括以下步骤：a)测量从患有癌症的受试者的血液获得的唾液中的两种或更多种mrna的表达水平；b)测量从来自健康受试者的样本的血液获得的唾液中的两种或更多种mrna的表达水平；c)将从患有癌症的受试者获得的唾液中的两种或更多种mrna的表达水平与来自健康受试者的血浆样本中的水平进行比较；d)鉴定在从来自患有癌症的受试者的样本的血液获得的唾液中表达水平已改变的mrna；e)从具有改变的表达水平的mrna创建生物标记物指纹；和f)通过将来自测试受试者的血浆的mrna水平与生物标记物指纹中的mrna水平进行比较，诊断或确定测试受试者体内的癌症的预后。该方法可以包括基于检测/预后治疗癌症的步骤。

20、实施例还包括一种用于诊断乳腺癌或检测肿瘤的存在的诊断试剂盒。该试剂盒可以检测来自患者的血浆或唾液中的乳腺癌肿瘤细胞的存在。该试剂盒可以包括多种核酸分子，每种核酸分子编码mrna序列。核酸分子鉴定来自测试受试者的血浆或唾液样本中的一种或多种mrna的表达水平的变化。一种或多种mrna的表达水平可以代表核酸表达指纹，该核酸表达指纹指示肿瘤或乳腺癌的存在。

21、实施例还包括一种用于鉴定表现出乳腺癌的一种或多种哺乳动物靶细胞的方法，该方法包括以下步骤：a)从测试受试者收集血浆；b)将编码mrna序列的至少一种核酸分子生物标记物与血浆的一部分杂交；c)定量mrna表达；d)确定多种核酸分子的表达水平，每种核酸分子编码mrna序列；e)确定多种核酸分子在一种或多种对照细胞中的表达水平；和f)通过比较步骤(d)和(e)中获得的相应的表达水平，从多种核酸分子中鉴定出在靶细胞和对照细胞中差异表达的一种或多种核酸分子。该方法可以包括基于检测/预后治疗癌症的步骤。差异表达的核酸分子一起可以代表核酸表达生物标记物指纹，该核酸表达生物标记物指纹指示乳腺癌的存在。

22、定义

23、本说明书中对“一个实施例/方面”或“实施例/方面”的引用意味着结合该实施例/方面描述的特定特征、结构或特点包括在本公开的至少一个实施例/方面中。在说明书中不同地方使用的短语“在一个实施例/方面中”或“在另一实施例/方面中”不一定均指代相同的实施例/方面，也不是与其它实施例/方面互斥的单独或替代实施例/方面。此外，描述了各种特征，这些特征可以由一些实施例/方面表现而不由其它实施例/方面表现。类似地，描述了各种要求，这些要求可以是一些实施例/方面的要求而不是其它实施例/方面的要求。实施例和方面可以在某些情况下互换使用。

24、在本说明书中使用的术语通常在本领域中、在本公开的上下文中和在使用每个术语的具体上下文中具有其普通含义。用于描述本公开的某些术语在下文或说明书中的其它地方讨论，以向从业者提供关于本公开的描述的附加指导。应当理解，可以以多于一种方式表达相同的事情。

25、因此，替代语言和同义词可以用于本文讨论的术语中的任何一个或多个。无论术语是否在本文中详细阐述或讨论，也没有任何特别的意义。提供了某些术语的同义词。一个或多个同义词的陈述不排除其它同义词的使用。在本说明书中任何地方的实例的使用，包括本文讨论的任何术语的实例，仅是说明性的，并且不旨在进一步限制本公开或任何例示性术语的范围和含义。同样，本公开不限于本说明书中给出的各种实施例。

26、不旨在进一步限制本公开的范围，下面给出了根据本公开的实施例的仪器、设备、方法及其相关结果的实例。注意，为了方便读者，在实例中可以使用标题或副标题，这决不应当限制本公开的范围。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。如有冲突，以包括定义在内的本文件为准。

27、如果适用，除非另外指示，否则如本文在说明书和所附权利要求书中所用，术语“约”或“一般”意指+/-20％的余量。而且，如果适用，除非另外指示，否则如本文在说明书和所附权利要求书中所用，术语“基本上”意指+/-10％的余量。应当理解，并非上述术语的所有使用都可定量，使得可以应用所引用的范围。

28、术语“算法”是指用于执行程序的特定指令集或明确定义的指令的确切列表，通常通过明确定义的一系列连续状态进行，并且最终终止于结束状态。

29、术语“生物标记物”通常是指基于dna、rna、蛋白质、糖类或糖脂的分子标记物，其在受试者的样本中的表达或存在可以通过标准方法(或本文公开的方法)检测，并且是患有癌症的哺乳动物受试者的有效响应性或灵敏性的预测或预后。生物标记物可以存在于测试样本中但不存在于对照样本中、不存在于测试样本中但存在于对照样本中，或生物标记物的量可以在测试样本与对照样本之间不同。例如，所评估的遗传生物标记物(例如，特定突变和/或snp)可以存在于此类样本中，但不存在于对照样本中，或某些生物标记物在样本中是血清阳性的，但在对照样本中是血清阴性的。此外，任选地，可以确定此类生物标记物的表达高于对对照样本观察到的表达。术语“标记物”和“生物标记物”在本文中可互换使用。

30、如本文所用，“附加生物医学信息”是指除了使用本文所述的生物标记物中的任一种之外，与乳腺癌风险相关联的个体的一种或多种评价。“附加生物医学信息”包括以下各项中的任一者：个体的物理描述符、通过ct成像观察到的肺结节的物理描述符、个体的身高和/或体重、个体的性别、个体的种族、吸烟史、职业史、暴露于已知致癌物(例如，暴露于石棉、氡气、化学品、火灾烟雾和空气污染中的任一种，空气污染可以包括来自固定或移动来源的排放，如工业/工厂或汽车/船舶/飞机排放)、暴露于二手烟、乳腺癌(或其它癌症)的家族史、肺结节的存在、结节的大小、结节的位置、结节的形态(例如，通过ct成像观察到的、毛玻璃样阴影(ggo)、固体、非固体)、结节的边缘特点(例如，平滑、分叶、尖锐和平滑、尖刺状、浸润)等。可以使用本领域已知的常规技术从个体获得附加生物医学信息，如通过使用常规患者问卷或健康史问卷等从个体自身获得，或从医疗从业者获得等。替代地，可以从常规成像技术获得附加生物医学信息，包括ct成像(例如，低剂量ct成像)和x射线。与单独生物标记物测试或单独评价任何特定附加生物医学信息项(例如，单独ct成像)相比，生物标记物水平，生物标记物水平的测试结合任何附加生物医学信息的评价可以例如提高检测乳腺癌(或其它乳腺癌相关用途)的灵敏性/特异性和/或auc。

31、术语“曲线下面积”或“auc”是指接收者操作特征(roc)曲线的曲线下面积，这两者是本领域熟知的。auc测量可用于在整个数据范围内比较分类器的准确性。具有更大auc的分类器具有更大的能力来在两个感兴趣的组(例如，乳腺癌样本和正常或对照样本)之间正确地分类未知物。roc曲线可用于绘制特定特征(例如，本文所述的生物标记物中的任一种和/或任何附加生物医学信息项)在区分两个群体(例如，患有乳腺癌的病例和未患乳腺癌的对照)方面的性能。通常，基于单个特征的值，以升序对整个群体(例如，病例和对照)的特征数据进行排序。然后，对于该特征的每个值，计算数据的真阳性率和假阳性率。通过对高于该特征的值的病例数进行计数，并且然后除以病例总数来确定真阳性率。通过对高于该特征的值的对照数进行计数，并且然后除以对照总数来确定假阳性率。尽管该定义是指病例中的特征与对照相比升高的情况，但该定义也适用于病例中的特征与对照相比降低的情况(在此类情况下，将对低于该特征的值的样本进行计数)。可以为单个特征以及其它单个输出生成roc曲线，例如，两个或更多个特征的组合可以被数学地组合(例如，相加、相减、相乘等)以提供单个和值，并且该单个和值可以被绘制在roc曲线中。附加地，可以在roc曲线中绘制多个特征的任何组合，其中该组合导出单个输出值。这些特征的组合可以构成测试。roc曲线是测试的真阳性率(灵敏性)对测试的假阳性率(1-特异性)的图表。

32、如本文所用，关于生物标记物值的“检测”或“确定”包括使用观察和记录对应于生物标记物值的信号所需的仪器和产生该信号所需的材料。在各种实施例中，使用任何合适的方法检测生物标记物值，该方法包括：荧光、化学发光、表面等离子体共振、表面声波、质谱、红外光谱、拉曼光谱、原子力显微镜、扫描隧道显微镜、电化学检测方法、核磁共振、量子点等。。

33、术语“预后”是指疾病的预测或可能结果。如本文所用，它是指乳腺癌的很可能的结果，包括疾病是否将响应治疗或缓解努力和/或疾病将进展的可能性。

34、术语“指纹”、“疾病指纹”或“生物标记物签名”是指在患有疾病的受试者体内具有升高或降低的水平的多种生物标记物或生物标记物模式。可以通过将患有疾病的受试者与健康受试者进行比较来生成指纹，并将其用于疾病的筛查/诊断。

35、术语“mirna”或“微小rna”、“mirna生物标记物”或“微rna”是指可以用作包括癌症在内的疾病的血清诊断生物标记物的小内源性rna分子。

36、术语“信使rna”或“mrna”是指对应于基因的遗传序列并且在合成蛋白质的过程中由核糖体读取的单链rna分子。如本文所用，mrna还可以包括“mirna”和小干扰rna(sirna)。

37、“上调”的mrna通常是指响应于给定治疗或条件的mrna的表达水平的增加。“下调”的mrna通常是指响应于给定治疗或条件的mrna的表达水平的“降低”。在一些情况下，mrna水平可以在给定治疗或条件下保持不变。来自患者样本的mrna可以是“上调”的(即，mrna水平可以增加)。替代地，mrna可以是“下调”的(即，mrna水平可以降低)。

38、“上调”的mrna通常是指响应于给定治疗或条件的mrna的表达水平的增加。“下调”的mrna通常是指响应于给定治疗或条件的mrna的表达水平的“降低”。在一些情况下，mrna水平可以在给定治疗或条件下保持不变。来自患者样本的mrna可以是“上调”的，即，mrna水平可以例如增加比较对照mrna水平或参考水平的约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更多。替代地，mrna可以是“下调”的，即，mrna水平可以降低例如比较对照mrna水平或参考水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约5％、约2％、约1％或更少。

39、类似地，与对照或参考水平相比，来自患者样本的多肽、蛋白质或肽的水平可以增加。这种增加可以是比较对照蛋白质水平或参考水平的约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更多。替代地，蛋白质生物标记物的水平可以降低。这种降低可以例如以比较对照蛋白质水平或参考水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约5％、约2％、约1％或更低的水平存在。

40、术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，是指氨基酸残基的聚合物。这些术语适用于其中一个或多个氨基酸残基是对应天然存在的氨基酸的人工化学模拟物的氨基酸聚合物，也适用于天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。获得(例如，生产、分离、纯化、合成和重组制造)多肽的方法是本领域普通技术人员熟知的。与对照或参考水平相比，来自患者样本的多肽、蛋白质或肽的水平可以增加。替代地，蛋白质生物标记物的水平可以降低。

41、术语“氨基酸”是指天然存在的和合成的氨基酸，以及以类似于天然存在的氨基酸的方式起作用的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然存在的氨基酸是由遗传密码编码的那些氨基酸，以及稍后被修饰的那些氨基酸，例如羟脯氨酸、γ-羧基谷氨酸和o-磷酸丝氨酸。氨基酸类似物是指这样的化合物，其与天然存在的氨基酸具有相同的基础化学结构，即与氢、羧基、氨基和r基团结合的碳，例如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲硫氨酸甲基锍。此类类似物具有经修饰的r基团(例如，正亮氨酸)或经修饰的肽骨架，但保留与天然存在的氨基酸相同的基础化学结构。氨基酸模拟物是指具有不同于氨基酸的一般化学结构的结构，但以类似于天然存在的氨基酸的方式起作用的化学化合物。

42、氨基酸在本文中可以用它们通常已知的三字母符号或iupac-iub生物化学命名委员会建议的单字母符号表示。同样，核苷酸也可以用它们普遍接受的单字母代码表示。

43、术语“药物”是指治疗癌症如乳腺癌或癌症的体征或症状或副作用的活性药物。

44、术语“血浆”或“血液血浆”是指血液的携带细胞和蛋白质遍布全身的液体部分。通过在离心机中旋转一管含有抗凝剂的新鲜血液，直至血细胞落到管的底部，可以从血液中分离血浆。

45、术语“pcr”或“聚合酶链式反应”是指一种用于制备特定dna片段的许多拷贝的常用方法。该技术的变型可以用于确定样本中一种或多种mrna的存在和量。例如，可以进行基于水解探针的茎环定量逆转录pcr(rt-qpcr)测定，以确认和/或定量来自患者和对照的血清样本中所选mrna的浓度。

46、术语“样本”是指从个体、体液、身体组织、细胞系、组织培养物或其它来源获得的生物样本。体液是例如淋巴液、血清、新鲜全血、外周血单核细胞、冷冻全血、血浆(包括新鲜或冷冻的)、尿液、唾液、精液、滑液和脊髓液。样本还包括滑膜组织、皮肤、毛囊和骨髓。从哺乳动物获得组织活检和体液的方法是本领域熟知的。

47、术语“受试者”或“患者”是指需要治疗的任何单个动物，更优选地是哺乳动物(包括非人动物，例如狗、猫、马、兔、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人灵长类动物)。最优选地，本文的患者是人。

48、术语“核酸探针”或“寡核苷酸探针”是指能够通过一种或多种类型的化学键，通常通过互补碱基配对，通常通过氢键形成与互补序列的靶核酸，如本文提供的mrna生物标记物结合的核酸。如本文所用，探针可以包括天然(例如，a、g、c或t)或经修饰的碱基(7-脱氮鸟苷、肌苷等)。此外，探针中的碱基可以通过磷酸二酯键以外的键接合，只要它不干扰杂交即可。本领域技术人员应当理解，根据杂交条件的严格性，探针可以结合与探针序列缺乏完全互补性的靶序列。探针优选地用同位素例如发色团、发光团、色原直接示踪，或用生物素间接示踪，随后链霉亲和素复合物可以与生物素结合。通过测定探针的存在或不存在，可以检测感兴趣的靶mrna生物标记物的存在或不存在。

49、术语“探针id”、“探针组标识符”或“affymetrix探针组id”是指这样的标识符，其是指被选择来代表阵列上的表达序列的一组探针对。(_at＝所有探针命中一个已知转录物；_a＝该组中的所有探针命中来自相同基因的交替转录物；_s＝该组中的所有探针命中来自不同基因的转录物；_x＝一些探针命中来自不同基因的转录物)。

50、本文中使用的其它技术术语具有它们在所使用的领域中的普通含义，如各种技术词典所例示的。在这些非限制性实例中讨论的特定值和配置可以变化，并且仅被引用来绘示至少一个实施例，并且不旨在限制其范围。