一种与木薯淀粉含量相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及分子生物学，特别涉及一种与木薯淀粉含量相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、木薯(manihotesculentacrantz)是大戟科(euphorbiaceae)木薯属(manihot)植物，耐旱抗贫瘠，广泛种植于非洲、美洲和亚洲等100余个国家或地区，是世界三大薯类作物之一，被誉为“淀粉之王”。木薯是淀粉工业和酒精工业的重要可再生原料，目前木薯淀粉以原淀粉和各种变性淀粉两大类广泛应用于食品工业及非食品工业。除此之外，木薯淀粉在化工、造纸、纺织、药用以及生物降解等多个国民经济领域发挥着不可替代的重要作用。

2、dna分子标记是指能够直接反映不同生物个体或种群基因组间差异特征的dna片段。分子标记为共显性，对隐性的性状的选择十分便利。分子标记不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。随着高通量测序技术的不断发展，测序速度的提高与测序成本的降低，目前为止，分子标记已经被开发了数十种，包括(rflp、aflp、ssr、snp)。其中ssr的使用较为广泛，ssr是指在真核生物整个基因组中存在序列较短且重复出现的核苷酸序列，一般由2-6个核苷酸组成一个重复单位。但开发和合成新的ssr引物投入高、难度大。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。相比早期ssr分子标记，snp分子标记具有在个体基因组上分布广泛、数量较多，易于基因分型(snp的二态性)、适于快速、规模化筛查等优势。

3、由于snp的广泛利用，使得基于snp的全基因组关联分析(gwas)广泛应用于作物重要农艺性状遗传位点的检测，单核苷多态性(snp)在木薯基因组中广泛存在，可以满足gwas对于大样本、高密度标记的要求。与传统的qtl相比，gwas具有更高的分辩率，可以更准确的识别和定位新的基因。但目前对于与木薯淀粉含量相关的snp位点的研究较少，因此，寻找一种与木薯淀粉含量相关的snp分子标记，为降低木薯重要农艺性状检测的繁琐度和成本，提高木薯分子标记辅助育种的效率提供重要的技术基础。

技术实现思路

1、鉴于此，本发明提出一种与木薯淀粉含量相关的snp分子标记及其应用。

2、本发明的技术方案是这样实现的：

3、本发明提供一种与木薯淀粉含量相关的snp分子标记，其位于木薯第13条染色体的内含子区，位置为2226552位的碱基g/a；其基因型gg为木薯淀粉含量高的极显著分子标记，其基因型aa时为淀粉含量低的极显著分子标记。

4、一种鉴定木薯淀粉含量的snp分子标记的用途，位于木薯第13号染色体第2226552位的snp分子标记在调控木薯淀粉含量中的应用。

5、进一步说明，位于木薯第13号染色体第2226552位的snp分子标记在木薯淀粉含量性状辅助选择中的应用。

6、本发明提供一种鉴定木薯淀粉含量的snp分子标记的方法，包括如下步骤：

7、(1)本发明通过对来自不同地区的158份木薯材料构建gwas群体，群体种植大田后，取木薯的新鲜嫩叶作为提取dna的样本，待木薯成熟后测量块根淀粉含量作为gwas分析的表型数据。

8、(2)将基因组dna酶切后与接头连接，构建基因组测序文库，采用hiseq2500测序平台，对测序文库进行双末端测序；

9、(3)对产出的测序数据进行质控与过滤，将质控合格的数据比对am560参考基因组序列，获得群体中snp信息；

10、(4)将获得的snp信息，采用压缩混合线性模型cmlm和一般线性模型glm进行全基因组关联分析，获得与木薯淀粉含量显著相关的snp分子标记。

11、进一步说明，非翻译区包括：3端非翻译区和5端非翻译区；密码子区的snp根据其是否引起氨基酸的变化进一步分为同义密码子和非同义密码子；外显子区内的插入缺失根据其是否产生了移码突变而分为移码突变和非移码突变。

12、与现有技术相比，本发明的有益效果是：

13、本发明通过运用全基因组关联分析的方法，获得与木薯淀粉含量性状相关的snp分子标记，该snp分子标记位于木薯第13条染色体的内含子区，位置为第13条染色体2226552位的碱基g/a；其可作为木薯育种过程中淀粉含量性状的辅助选择标记，能有效提高木薯品种选择的准确性，加快品种培育过程。

技术特征：

1.一种与木薯淀粉含量相关的snp分子标记，其特征在于：其位于木薯第13条染色体的内含子区，位置为2226552位的碱基g/a。

2.如权利要求1所述的与木薯淀粉相关的snp分子标记，其特征在于：所述snp位点的碱基为gg的木薯淀粉含量高，所述snp位点的碱基为aa的木薯淀粉含量低。

3.如权利要求1所述的一种鉴定木薯淀粉含量的snp分子标记的用途，其特征在于：所述snp分子标记在调控木薯淀粉含量中的应用。

4.如权利要求2所述的一种鉴定木薯淀粉含量的snp分子标记的用途，其特征在于：所述snp分子标记在木薯淀粉含量性状辅助选择中的应用。

技术总结
本发明提供一种与木薯淀粉含量相关的SNP分子标记及其应用，通过运用全基因组关联分析的方法，获得了与木薯淀粉含量性状相关的SNP分子标记，该SNP分子标记位于木薯第13条染色体的内含子区，具体位置为2226552位的碱基G/A；以此作为木薯育种过程中淀粉含量性状的辅助选择标记，能有效提高木薯品种选择的准确性，加快品种培育过程。

技术研发人员：安鹏良,赵龙,江思容
受保护的技术使用者：三亚海古纪生物科技有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13