基于全基因组测序筛选的与南丹瑶鸡毛孔数相关的SNP分子标记组合及应用

本发明涉及分子生物学，涉及基于全基因组测序筛选的与南丹瑶鸡毛孔数相关的snp分子标记组合及应用。

背景技术：

1、中国是世界上最丰富的家禽遗传资源之一，广西优质肉鸡产业规模居全国第二位，是广西畜牧业中规模化、产业化程度最高的优势产业之一，是广西农业的支柱产业，特点突出、优势明显。广西具有丰富的地方鸡种质资源，南丹瑶鸡是被列入中国家禽品种资源志的广西地方鸡品种之一。南丹瑶鸡具有毛色绚丽、适应性强、觅食力强、耐粗饲抗病力强、肉质鲜美等特点。

2、禽流感的频繁爆发对家禽业来说是一场巨大的灾难，冰鲜鸡市场取代活禽市场是大势所趋。然而一些标志性的特征在肉鸡屠宰后将不复存在，这种缺乏品质的肉鸡在市场上缺乏竞争力。冰鲜市场上对鸡屠宰外观质量和良好的胴体外观质量有更高的要求，因此，屠宰后仍然具有优质鸡肉外观的鸡肉更容易被消费者接受。胴体外观等包括毛囊厚度和密度(毛孔数)以及皮肤厚度正受到越来越多的关注。

3、毛囊的发育是神经外胚层-中胚层相互作用的结果，毛囊的形成类似于羽毛的形成，这在一定程度上反映了活体的外观。sick等人对小鼠的研究表明，dkk和wnt通过反应-扩散机制决定毛囊密度。毛囊具有强大的再生能力，其生长在整个周期中处于细胞凋亡再生的动态平衡中，保持这种平衡的程度可能会导致毛囊(毛孔)的数量发生变化。

4、利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择。因此，选育耗时长，表型的测量复杂，选择效率和准确性较低。目前，将分子生物学技术应用于育种中，可在分子水平上进行育种，通过分子标记辅助育种或遗传修饰育种(转基因育种)，大大提高育种的选择效率，缩短选育时间。通过有效利用分子标记辅助育种，可以加快南丹瑶鸡在毛孔数性状上的选育进程，提高生产应用的价值。

5、gwas最早由risch等人提出，其概念是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(snp)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略，在全基因组选择性育种时代，gwas是预测畜禽生产性能和评估畜禽遗传资源的有力工具。相比qtl连锁分析的方法，全基因组关联分析(genome-wide association studies,gwas)具有从整个基因组水平检测snp和整体分析关联性的特点，不再是单一的考虑个别snp的关联性，具有结果更加可靠等优点。

技术实现思路

1、本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供基于全基因组测序筛选的与南丹瑶鸡毛孔数相关的snp分子标记组合。

2、本发明的另一个目的在于提供上述snp标记组合的应用。

3、为了实现上述目的，本发明提供与南丹瑶鸡毛孔数相关的snp分子标记组合，由3个snp分子标记组成，所述snp分子标记的编号分别为：chr1_169996295、chr3_61534386、chr3_61534400，核苷酸序列分别如seq id no.1～3(st26 sequence listing id no.1～3)所示，它们的信息如表2所示，效应snp基因型如表3所示。

4、本发明还提供所述snp分子标记组合在南丹瑶鸡分子标记辅助育种中的应用。

5、如上所述所述snp分子标记组合在南丹瑶鸡毛孔数性状辅助育种中的应用。

6、利用分子生物学技术检测南丹瑶鸡毛孔数基因型的方法，包括以下步骤：在南丹瑶鸡育种时，可以利用上述snp分子标记，在其两侧翼的核苷酸序列上设计引物，在鸡3-4周龄时采集血液并提取基因组dna，利用引物对待测南丹瑶鸡材料进行基因分型，保留带有目的性状基因型的个体，可以加快育种速度。

7、本发明还提供所述snp分子标记组合在制备检测试剂盒中的应用。

8、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

9、本发明提供的与南丹瑶鸡毛孔数相关的snp分子标记组合，可用于南丹瑶鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

技术特征：

1.基于全基因组测序筛选的与南丹瑶鸡毛孔数相关的snp分子标记组合，其特征在于，由3个snp分子标记组成，所述snp分子标记的编号分别为：chr1_169996295、chr3_61534386、chr3_61534400，核苷酸序列分别如seq id no.1～3所示。

2.利用权利要求1所述的snp分子标记组合在南丹瑶鸡分子标记辅助育种中的应用。

3.利用权利要求1所述的snp分子标记组合在南丹瑶鸡毛孔数性状辅助育种中的应用。

4.利用分子生物学技术检测南丹瑶鸡毛孔数基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：根据权利要求1所述的3个snp分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物，利用引物对待测南丹瑶鸡材料进行基因分型，从而鉴定待测南丹瑶鸡的基因型。

5.利用如权利要求1所述snp分子标记组合在制备检测试剂盒中的应用。

技术总结
本发明公开了基于全基因组测序筛选的与南丹瑶鸡毛孔数相关的SNP分子标记组合，由3个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记的编号分别为：chr1_169996295、chr3_61534386、chr3_61534400，核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～3所示，以及所述的SNP分子标记组合在南丹瑶鸡分子标记辅助育种中的应用。本发明提供的与南丹瑶鸡毛孔数相关的SNP分子标记组合，可用于南丹瑶鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

技术研发人员：杨秀荣,邹乐勤,杨祝良,邓继贤
受保护的技术使用者：广西大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16