山羊SRD5A2基因中与产羔数关联的分子标记及其应用

本发明涉及山羊分子标记辅助选择，尤其涉及山羊srd5a2基因中与产羔数关联的分子标记及其应用。

背景技术：

1、随着我国经济的增长和居民生活水平的提高，加上膳食消费结构升级和饮食观念的转变激发了羊肉消费热情。2022年我国羊肉表观消费量为560.6万吨，较上年增长1.0％；人均表观消费量也从2021年的3.93kg/人增长到2022年的3.97kg/人，国内羊肉消费需求旺盛。尽管近年来我国羊肉产量有所提高，但远跟不上消费需求，2022年缺口达35.6万吨。相较于其他羊肉品种，山羊肉品质高、风味佳，深受消费者欢迎。在影响山羊肉产量的众多因素中，产羔数发挥着重要作用，提高每胎的产羔数是提高山羊肉产量的重要措施。

2、山羊产羔数是低遗传力性状，常规育种方法很难在短期内获得较大的遗传进展，随着应用基因组学、分子生物学和分子遗传学理论技术的不断发展，分子标记可以较好地解决这一难题。分子标记是能够直接反映生物个体或种群间基因组间差异的dna片段，具有共显性、高多态性的优势且来源丰富、表现稳定，可从基因层面上解释可遗传变异带来的育种潜力。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)属于分子标记的一种，指个体间基因组中同一位置单个核苷酸发生变异而导致的dna序列改变，后续可影响基因表达量、转录活性及剪接修饰等。借助snp对山羊产羔数的选择进展进行辅助选择，将有助于提高我国山羊的繁殖效率，提升羊肉产量。全基因组测序(whole genome sequencing，wgs)是一种新型基因检测技术，是利用高通量测序技术对个体或群体中完整的基因组序列进行测序，发现序列或结构变异等信息。然后，通过全基因组关联分析(genome-wideassociation study，gwas)分析单核苷酸多态性位点与特定复杂性状之间的关联性，以确定与该性状有关的基因变异。

4、类固醇5α还原酶2(steroid 5alpha reductase 2,srd5a2)属于nadph依赖性氧化还原酶家族，位于细胞内质网膜上，能催化睾酮转化为生物活性不同的二氢睾酮。有关srd5a2的研究主要集中在雄性生殖功能障碍、性别发育、卵巢颗粒细胞发育等方面。尚无有关srd5a2基因作为山羊产羔数性状的分子标记的有关研究报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于发掘了山羊srd5a2基因中与山羊产羔数关联的分子标记，为山羊产羔数性状检测或分子标记辅助育种提供一种新的分子标记。

2、本发明的技术方案如下：

3、本发明提供了一种山羊snp位点的单核苷酸多态性或用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质在检测或辅助检测山羊产羔数性状中的应用，所述snp位点为山羊基因组中g.14195357a>t，g.14198728t>a和g.14210773g>a中的一个或多个。

4、其中，所述g.14195357a>t即在seq id no.1所示序列中的第78bp处存在一个a>t碱基突变；所述g.14198728t>a即在seq id no.2所示序列中的第93bp处存在一个t>a碱基突变，所述g.14210773g>a即在seq id no.3所示序列中的第83bp处存在一个g>a碱基突变。

5、本发明上述snp位点的单核苷酸多态性与山羊头胎产羔数和平均产羔数的性状相关。

6、本发明的山羊品种优选为黑头羊。

7、本发明还提供了一种检测山羊产羔数性状的方法，检测山羊的seq id no:1所示序列中第78bp处的碱基类型，tt基因型山羊的头胎产羔数高于aa基因型和at基因型；

8、检测山羊的seq id no:2所示序列中第93bp处的碱基类型，aa基因型山羊的头胎产羔数和平均产羔数高于tt基因型与ta基因型；和/或，

9、检测山羊的seq id no:3所示序列中第83bp处的碱基类型，aa基因型山羊的头胎产羔数和平均产羔数高于gg基因型与ga基因型。

10、本发明还提供了用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质，包括扩增所述snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物或含有所述引物的试剂盒。

11、本发明还提供了一种srd5a2基因中与山羊产羔数关联的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no.1、seq id no.2和seq id no.3所示，所述seq id no.1中的第78bp处存在一个a>t碱基突变；所述seq id no.2中的第93bp处存在一个t>a碱基突变，所述seq id no.3中的第83bp处存在一个g>a碱基突变。

12、本发明的上述检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质或与山羊产羔数关联的分子标记能够用于山羊遗传育种中，以提高后代山羊的产羔数。

13、本发明提供了一种提高山羊产羔数的遗传育种方法，确定山羊核心群中种羊上述snp位点的单核苷酸多态性，并根据山羊所述snp位点的单核苷酸多态性做出相应的选择：

14、种羊的继代选育挑选seq id no.1所示序列中第78bp处碱基为tt型型的个体，淘汰aa和at型个体，以逐代提高该位点基因t的频率，从而提高后代山羊的头胎产羔数性能；和/或，

15、种羊的继代选育挑选seq id no.2所示序列中第93bp处碱基为aa型型的个体，淘汰tt和ta型个体，以逐代提高该位点基因a的频率，从而提高后代山羊的头胎产羔数平均产羔数性能；和/或，

16、种羊的继代选育挑选seq id no.3所示序列中第83bp处碱基为aa型型的个体，淘汰gg和ga型个体，以逐代提高该位点基因a的频率，从而提高后代山羊的头胎产羔数平均产羔数性能。

17、本发明的上述3个分子标记位点紧密连锁(r2＝1)，处于同一个连锁不平衡模块，tt-aa-aa单倍型个体的头胎产羔数和平均产羔数最多，在种羊的遗传育种选择时优选挑选所述snp位点为tt-aa-aa单倍型个体。

18、本发明的有益效果：

19、本发明发掘了山羊srd5a2基因中与产羔数关联的分子标记，所述的分子标记含有g.14195357a>t，g.14198728t>a，g.14210773g>a三个snp位点；由上述3个snp位点组成的单倍型可以作为山羊产羔数性状的分子标记。

20、本发明验证了上述snp分子标记对山羊头胎产羔数和平均产羔数的影响效应，可将其应用于种羊提高产羔数的遗传改良中，从而提高后代的产羔数，进而增加养殖企业市场竞争力。

21、本发明为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了一种新的分子标记，实现了对山羊产羔数性状的早期选择，缩短育种进程；检测方法快速、准确，且不受养殖环境条件因素影响。

技术特征：

1.一种山羊snp位点的单核苷酸多态性或用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质在检测或辅助检测山羊产羔数性状中的应用，其特征在于，所述snp位点为山羊基因组中g.14195357a>t，g.14198728t>a和g.14210773g>a中的一个或多个。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述g.14195357a>t即在seq id no.1所示序列中的第78bp处存在一个a>t碱基突变；所述g.14198728t>a即在seq id no.2所示序列中的第93bp处存在一个t>a碱基突变，所述g.14210773g>a即在seq id no.3所示序列中的第83bp处存在一个g>a碱基突变。

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊产羔数包括头胎产羔数和平均产羔数。

4.一种检测山羊产羔数性状的方法，其特征在于，检测山羊的seq id no:1所示序列中第78bp处的碱基类型，tt基因型山羊的头胎产羔数高于aa基因型和at基因型；和/或，

5.一种检测权利要求1所述山羊snp位点单核苷酸多态性的物质，其特征在于，包括扩增所述snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物或含有所述引物的试剂盒。

6.一种srd5a2基因中与山羊产羔数关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no.1-3所示，所述seq id no.1中的第78bp处存在一个a>t碱基突变；所述seq id no.2中的第93bp处存在一个t>a碱基突变，所述seq id no.3中的第83bp处存在一个g>a碱基突变。

7.权利要求5所述物质或权利要求6所述分子标记在山羊遗传育种中的应用。

8.一种提高山羊产羔数的遗传育种方法，其特征在于，确定山羊核心群中种羊的权利要求1中所述snp位点的单核苷酸多态性，并根据山羊所述snp位点的单核苷酸多态性做出相应的选择：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，种羊的继代选育挑选所述snp位点为tt-aa-aa单倍型个体。

技术总结
本发明属于山羊分子标记辅助选择技术领域，特别是涉及山羊SRD5A2基因中与产羔数关联的分子标记及其应用。所述的山羊SNP位点为3处，包括g.14195357A>T，g.14198728T>A和g.14210773G>A，所述分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。本发明的3处SNP位点突变可显著影响山羊产羔数性状，为山羊产羔数性状检测或分子标记辅助育种提供一种新的分子标记。

技术研发人员：张凤,马开宇,熊琪,张年,陶虎,陈明新,索效军,杨前平,上官爱哨,李晓锋
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15