一种与牦牛生长性状相关的SNP位点及应用

本发明属于分子生物学检测，具体涉及一种与牦牛生长性状相关的snp位点及应用。

背景技术：

1、牦牛主要集中在青藏高原及周围高寒地区，是唯一能在高寒地区利用牧草资源产生经济效益的牛种，为当地牧民提供了绝大部分的生产生活资料，对藏区的经济发展及牧民生活水平提升具有重要意义。但牦牛的养殖主要以传统的自然放牧为主，加之环境影响，牦牛一年会经历长达六个月的枯草期，由于生产条件的限制，牦牛生长发育缓慢，生产水平较低，因此，开展牦牛遗传资源保护与开发利用，提升牦牛生产性能，促进牦牛产业的发展具有重要意义。

2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)即为在全基因组序列上某一单个核苷酸的突变造成的dna序列的变异。这种变异主要有单个基因的转换、颠换、缺失和插入这四类，但以转换(transition)和颠换(transversion)居多。转换是指嘌呤碱基(a与g)、嘧啶碱基(t与c)之间相互替代，颠换则是嘌呤和嘧啶之间的替换。在编码区出现的snp会影响基因的功能导致生物性状的改变，因此可以作为与某些性状相关的生物标记。因其具有高密度、稳定遗传以及可自动化分析等特点，可用于标记辅助育种、连锁分析和生物多样性的研究。

3、noc3l(noc3 like dna replication regulator gene)，其c端包含一个碱性亮氨酸拉链(bzip)样结构域和一个noc结构域，参与dna复制信号通路。主要通过在有丝分裂克隆扩增(mce)阶段早期控制dna复制来促进脂肪形成，是细胞培养中脂肪细胞分化的重要调节因子，在脂分化和成肌分化的协同调控中具有重要意义。在noc3l超表达转基因小鼠中，可以增加较小脂肪细胞的数量，促进脂肪细胞和白色脂肪组织的增生，对脂肪分化具有显著的正向调节作用。

技术实现思路

1、本发明的目的在于将noc3l作为分子标记辅助选择的候选基因应用在牦牛分子标记辅助育种中，以缩短育种周期，选育提高牦牛生长性能。具体包括以下内容：

2、第一方面，本发明提供了一种与牦牛生长性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于牦牛参考基因组bosgu_v3.0版本european nucleotide archive登录号为gca_005887515.1的第17102496位，突变碱基为g或c。

3、第二方面，本发明提供了一种检测上述第一方面所述snp分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用。

4、优选地，根据所述snp分子标记，将牦牛个体基因型分为cc、cg和gg；所述基因型cc牦牛个体的体高和胸围显著高于基因型gg和cg；所述基因型gg牦牛个体的体长显著高于基因型cc和cg。

5、优选地，所述试剂包括用于扩增含有所述snp分子标记的核苷酸序列的引物对。

6、所述含有snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述的snp分子标记位于第108位。

7、第三方面，本发明提供了一种检测上述第一方面所述snp分子标记的试剂在牦牛生长形状早期育种中的应用。

8、优选地，根据所述snp分子标记，将牦牛个体基因型分为cc、cg和gg；所述基因型cc牦牛个体的体高和胸围显著高于基因型gg和cg；所述基因型gg牦牛个体的体长显著高于基因型cc和cg。

9、优选地，所述试剂包括用于扩增含有所述snp分子标记的核苷酸序列的引物对。

10、所述含有snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述的snp分子标记位于第108位。

11、第四方面，本发明提供了扩增含有上述第一方面所述snp分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于检测牦牛生长性状中的应用；所述的特异性引物对序列如seq idno.2-3所示。

12、优选地，实现检测牦牛生长性状的方法包括：

13、(1)提取牦牛血液基因组dna为模板dna；

14、(2)利用特异性引物对将步骤(1)获得的待测牦牛血液的基因组dna进行pcr扩增，获得pcr扩增产物；

15、(3)将步骤(2)获得的pcr扩增产物纯化，进行基因分型检测，所述基因型cc牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型cg和gg；所述基因型gg牦牛个体的体长显著高于基因型cc和cg。

16、第五方面，本发明提供了扩增含有上述第一方面所述snp分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于牦牛生长性状早期育种中的应用；所述的特异性引物对序列如seqid no.2-3所示。

17、优选地，实现牦牛生长性状早期育种的方法包括：

18、(1)提取牦牛血液基因组dna为模板dna；

19、(2)利用特异性引物对，将步骤(1)获得的待测牦牛血液的基因组dna进行pcr扩增，获得pcr扩增产物；

20、(3)将步骤(2)获得的pcr扩增产物纯化，进行基因分型检测，所述基因型cc牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型cg和gg；所述基因型gg牦牛个体的体长显著高于基因型cc和cg；选取基因型为cc的牦牛个体进行体重和胸围性状的早期育种，选取基因型为gg的牦牛个体进行体长性状的早期育种。

21、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：本发明通过分析位点基因型与牦牛生长性状的相关性，发现与牦牛生长性状相关的snp位点，所述snp分子标记位于牦牛参考基因组bosgu_v3.0版本european nucleotide archive登录号为gca_005887515.1的第17102496位，突变碱基为g或c。所述基因型cc的牦牛的体高和胸围显著高于基因型gg型和cg型(p<0.05)，并通过pcr与基因测序法可快速鉴定对应性状，能够用于牦牛分子标记辅助育种，且不受牦牛品种、年龄的限制，因此，生产中可优先选择该位点基因型为cc型个体作为亲本进行规模养殖，大大加快了牦牛的育种进程，可降低育种企业的选育成本。

技术特征：

1.一种与牦牛生长性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记位于牦牛参考基因组bosgu_v3.0版本european nucleotide archive登录号为gca_005887515.1的第17102496位，突变碱基为g或c。

2.检测权利要求1所述snp分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用。

3.检测权利要求1所述snp分子标记的试剂在牦牛生长性状早期选育中的应用。

4.如权利要求2或3所述的应用，其特征在于，根据所述snp分子标记，将牦牛个体基因型分为cc、cg和gg；所述基因型cc牦牛个体的体高和胸围显著高于基因型gg和cg；所述基因型gg牦牛个体的体长显著高于基因型cc和cg。

5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂包括用于扩增含有所述snp分子标记的核苷酸序列的引物对。

6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述含有snp分子标记的核苷酸序列如seqid no.1所示，所述的snp分子标记位于第108位。

7.扩增含有权利要求1所述snp分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于检测牦牛生长性状中的应用；所述特异性引物对的序列如seq id no.2-3所示。

8.如权利要求7所述的应用，其特征在于，实现检测牦牛生长性状的方法包括：

9.扩增含有权利要求1所述snp分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于牦牛生长性状早期育种中的应用；所述特异性引物对的序列如seq id no.2-3所示。

10.如权利要求9所述的应用，其特征在于，实现牦牛生长性状早期育种的方法包括：

技术总结
本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，公开了具体涉及一种与牦牛生长性状相关的SNP位点及其应用。所述SNP位点位于牦牛参考基因组Bosgu_v3.0版本European Nucleotide Archive登录号为GCA_005887515.1的第17102496位，突变碱基为G或C。本发明还公开了该分子标记的检测方法及其在牦牛生长性状关联分析中的应用，该分子标记可应用于牦牛生长性状辅助选择育种，检测方法快速、准确；通过筛选该SNP分子标记的基因型能够加快牦牛相关生长性状的育种进展，节省育种成本，提高牦牛养殖的经济效益。

技术研发人员：梁春年,张梦帆,吴晓云,马晓明,阎萍,喇永富,包鹏甲,郭宪,褚敏,熊琳,裴杰
受保护的技术使用者：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16