本技术涉及分子生物学,特别是涉及一种检测krit1基因突变的核酸产品及其应用。
背景技术:
1、脑海绵状血管瘤(cerebral cavernous malformation,ccm)是一种相对罕见的隐匿性血管畸形,可能累及中枢神经系统的任何部分,发病率为0.4%~0.8%,占颅内血管畸形的10%~25%,仅次于脑动静脉畸形。研究发现ccm是由于7q、7p和3p染色体上的krit1(ccm1)、ccm2和pdcd10(ccm3)基因发生了突变,破坏了细胞内皮之间的连结,导致小血管渗透性的改变,从而引起血管的畸形。maddaluno等人(2013)证明,小鼠krit1基因的内皮特异性破坏诱导内皮到间充质的转变,促使血管畸形的发展。krit1消融内皮细胞中的内皮到间充质转化由内源性骨形态发生蛋白-6(bmp6;112266)反过来激活转化生长因子-β(tgf-β;190180)和bmp信号通路,而tgf-β和bmp途径的抑制剂在体外和体内阻止了内皮到间充质的转化,并减少了krit1缺陷小鼠血管病变的数量和大小。因此,tgf-β和bmp信号传导的增加,以及随之而来的krit1-空内皮细胞的内皮到间充质的转变,是脑海绵状畸形疾病发作和发展的关键事件。根据omim记载,krit1基因突变导致的脑海绵状血管瘤(cerebralcavernous malformations-1)呈常染色体显性遗传,是一种罕见的血管畸形疾病,它是由扩张的血管窦组成。由于血管瘤发病位置不同,临床上的表现也呈现多样化,主要表现为癫痫发作、局灶性神经系统缺损、脑出血和非特异性头痛等。
2、根据欧洲人类生殖与胚胎协会(eshre)2020年版的最新指南中提出:胚胎植入前遗传性检测(preimplantation genetic testing,pgt)是指对来源于卵母细胞(极体)或者胚胎(卵裂球期或囊胚期)的dna进行hla分型或者检测遗传物质是否异常,将无疾病胚胎植入子宫妊娠,并出生正常子代的技术。根据检测目的不同,pgt技术可分为三类,包括胚胎植入前非整倍体检测(preimplantation genetic testing foraneuploidy,pgt-a),胚胎植入前单基因病检测(preimplantation genetic testing for monogenic,pgt-m),胚胎植入前染色体结构重排检测(pgt-sr)。在胚胎水平进行krit1基因检测的常见方法有连锁分析和突变检测。
3、其中,多重巢式pcr法需要预先为krit1女性携带者筛选出杂合的短串联重复序列(str),然后在淋巴细胞水平建立包含突变位点和杂合str位点的多重pcr体系,并在细胞水平评估各位点扩增效率及等位基因脱扣率,合格后才能应用于胚胎检测。由于str数量有限,且人群中杂合频率不同,所以多重巢式pcr法设计较为个性化,通用性较低。此外,对于染色体变异的遗传检测还有通过snp连锁分析间接排除基因缺陷,即karyomapping技术。该芯片上有30万个snp探针用于全基因组的连锁分析,是一种综合的通用的单基因病胚胎植入前遗传学诊断技术。但是karyomapping不能检测基因突变,所以必须要有先证者样本或合适的家系成员样本,如果没有足够的家系样本,则需要额外增加突变检测。且,snp芯片技术的测序深度低,而且对于需要明确筛查是否携带某基因突变及其上下游连锁标记时产生较多数据冗余,数据分析过程繁琐,不能直接检测突变,不利于本地化分析,成本高。因此,亟需一种能在植入前对染色体中基因突变进行高效准确检出的相关技术和产品。
技术实现思路
1、基于此,本技术提供了一种检测胚胎植入前chr7的krit1基因突变的核酸产品及其应用。
2、根据本技术第一方面,提供了一种用于检测检测krit1基因突变的核酸产品,所述核酸产品包括如下引物对中的一对或多对:seq id no.1~2、seq id no.3~4、seq idno.5~6、seq id no.7~8、seq id no.9~10、seq id no.11~12、seq id no.13~14、seqid no.15~16、seq id no.17~18、seq id no.19~20、seq id no.21~22、seq id no.23~24、seq id no.25~26、seq id no.27~28、seq id no.29~30、seq id no.31~32、seqid no.33~34、seq id no.35~36、seq id no.37~38、seq id no.39~40、seq id no.41~42、seq id no.43~44、seq id no.45~46、seq id no.47~48、seq id no.49~50、seqid no.51~52、seq id no.53~54、seq id no.55~56、seq id no.57~58、seq id no.59~60、seq id no.61~62、seq id no.63~64、seq id no.65~66、seq id no.67~68、seqid no.69~70、seq id no.71~72、seq id no.73~74、seq id no.75~76、seq id no.77~78、seq id no.79~80、seq id no.81~82、seq id no.83~84、seq id no.85~86和seqid no.87~88。
3、在其中一个实施例中,所述核酸产品包括seq id no.1~seq id no.88所示的44对引物对。
4、根据本技术的第二方面,提供了上述的核酸产品在制备脑海绵状血管瘤的检测试剂盒中的应用。
5、根据本技术的第三方面,提供了一种用于检测脑海绵状血管瘤的试剂盒,所述试剂盒包括上述的核酸产品。
6、在其中一些实施例中,所述试剂盒还包括pcr反应试剂。
7、在其中一个实施例中,所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、镁离子和dntps中的一种或多种。
8、在其中一个实施例中,所述试剂盒还包括dna提取试剂。
9、根据本技术的第四方面,一种基于非诊断目的的检测krit1基因突变的方法,包括以下步骤:
10、以待测样本的dna为模板,使用上述的核酸产品或上述的试剂盒进行pcr扩增,根据所得扩增结果获取所述待测样本krit1基因及其上下游的snp位点的序列信息;
11、对所述序列信息进行分析,根据所得分析结果确定所述待测样本在krit1基因是否存在snp位点突变。
12、在其中一个实施例中,获取序列信息的方法包括高通量测序法。
13、在其中一个实施例中,所述待测样本的dna为外周血基因组dna、精液dna、口腔粘膜细胞dna或细胞全基因组扩增产物。与传统技术相比,本技术具有如下有益效果:
14、使用本技术的核酸产品对chr7的krit1基因内部及其上下游的snp位点进行多重pcr,然后对pcr扩增产物进行高通量测序,结合家系信息构建突变等位基因的单体型,在胚胎植入前判断胚胎基因型,最终确定子代的脑海绵状血管瘤检测结果;同时,本技术的核酸产品能够同时检测44个snp位点,可以对突变进行直接分析。
15、此外,本技术的检测方法能够同时检测多个样本,且具有成本低、通用性强、准确性高等优点。