一种鉴定玫红花黄芩的InDel分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及药用植物分子生物学领域，特别是涉及一种鉴定玫红花黄芩的indel分子标记及其应用。

背景技术：

1、黄芩(scutellaria baicalensis georgi)为唇形科黄芩属植物，以其干燥根入药，是大宗常用中药材，具有清热解毒、燥湿泻火、止血安胎之功效。黄芩最早记载于汉代的《神农本草经》，后在东汉的《伤寒杂病论》及明代的《本草纲目》中均有记载。黄芩根提取物中含有丰富的黄酮类、二萜、多糖、氨基酸、挥发油等生物活性成分，其中黄酮类化合物黄芩苷、汉黄芩苷、黄芩素和汉黄芩素是其主要活性成分。现代药理学表明，黄芩具有广谱的抗病毒、抗炎、抗氧化、抗肿瘤、护肝及保护神经等作用。研究显示，黄芩提取物在体外能够有效抑制新型冠状病毒(severe acute respiratory syndromecoronavirus 2，sars-cov-2)主要蛋白酶3clpro(3c-like protease)的活性。由黄芩等多味中药组成的清肺排毒汤、宣肺败毒方及金花清感颗粒在抗新型冠状病毒中，临床效果显著。

2、目前，人工栽培黄芩是临床用药的主要来源，但是黄芩生产仍然处于无序和混乱状态，没有黄芩良种用于生产。在长期的栽培过程中，黄芩产生了许多变异类型，包括花色变异、叶片大小、叶表有无被毛等。研究显示，黄芩不同种质间存在显著的遗传变异及成分差异。玫红花黄芩变异为黄芩分子生物学研究及利用分子育种手段培育黄芩优良品种提供了良好的种质材料。花青素是植物花瓣的主要呈色物质，包括天竺葵素、矢车菊素、飞燕草素等。花青素以苯丙氨酸为前体，经一系列酶促反应生成柚皮素，后在黄烷酮羟化酶f3h、f3′h、f3′5′h的作用下生成二氢黄酮醇类物质，而后经二氢黄酮醇还原酶dfr和花青素还原酶ans的催化生成呈色的花青素类物质。其中f3′5′h是催化合成蓝色飞燕草素的关键酶基因，被称为“蓝色基因”，f3′5′h缺失是大部分植物不能形成蓝色花的主要原因。

3、由于花期限制，在开花前幼苗期或花后采种期鉴别玫红花黄芩，尚无相关依据。目前，对于黄芩的鉴别多依赖外观性状或显微鉴别，个人经验及主观判断占比较高，不利于推广。因此，亟需开发一种能够在全生长期准确鉴定玫红花黄芩的方法。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴定玫红花黄芩的indel分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该indel分子标记是根据玫红花黄芩sbf3'5'h基因特异性缺失位点设计得到，利用该indel分子标记可以在黄芩全生长期确定黄芩是否为玫红花黄芩，为玫红花黄芩种质鉴别提供了依据，对于黄芩的杂交育种和品质改良具有重要的应用价值。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种鉴定玫红花黄芩的indel分子标记，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.7所示。

4、本发明还提供一种扩增上述的indel分子标记的引物对，包括核苷酸序列如seqid no.5所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no.6所示的反向引物。

5、本发明还提供上述的indel分子标记或引物对在制备鉴定玫红花黄芩的产品中的应用。

6、进一步地，所述产品为试剂或试剂盒。

7、本发明还提供一种鉴定玫红花黄芩的产品，包括上述的引物对。

8、进一步地，所述产品为试剂或试剂盒。

9、本发明还提供上述的indel分子标记、引物对或产品在鉴定玫红花黄芩中的应用。

10、本发明还提供一种鉴定玫红花黄芩的方法，包括以下步骤：

11、提取得到待检黄芩的基因组dna；

12、以所述基因组dna为模板，利用上述的引物对进行pcr扩增，当扩增得到核苷酸序列如seq id no.7所示的片段时，所述待检黄芩即为玫红花黄芩。

13、进一步地，所述pcr扩增的反应体系为：dna模板1μl、正向引物1μl、反向引物1μl、2×premix taq 10μl和ddh2o 7μl。

14、进一步地，所述pcr扩增的反应条件为95℃预变性3min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃延伸5min。

15、本发明公开了以下技术效果：

16、本发明提供了一种可以鉴定玫红花黄芩的indel分子标记sbfin1，利用该indel分子标记，可以通过检测黄芩植株的基因组dna在黄芩全生长期确定黄芩的花色，不受花期限制。

17、本发明还提供一种利用indel分子标记sbfin1鉴定玫红花黄芩的检测方法，其是一种简捷、准确、可大批量鉴定玫红花黄芩的方法，该方法技术要求简单，对仪器操作要求较低，常规分子实验室的常规仪器即可操作，且方法精准、高效。

18、本发明为玫红花黄芩种质鉴别提供了依据，对于黄芩的杂交育种和品质改良具有重要的应用价值。

技术特征：

1.一种鉴定玫红花黄芩的indel分子标记，其特征在于，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.7所示。

2.一种扩增权利要求1所述的indel分子标记的引物对，其特征在于，包括核苷酸序列如seq id no.5所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no.6所示的反向引物。

3.一种如权利要求1所述的indel分子标记或权利要求2所述的引物对在制备鉴定玫红花黄芩的产品中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述产品为试剂或试剂盒。

5.一种鉴定玫红花黄芩的产品，其特征在于，包括权利要求2所述的引物对。

6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于，所述产品为试剂或试剂盒。

7.一种如权利要求1所述的indel分子标记、权利要求2所述的引物对或权利要求5或6所述的产品在鉴定玫红花黄芩中的应用。

8.一种鉴定玫红花黄芩的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系为：dna模板1μl、正向引物1μl、反向引物1μl、2×premix taq 10μl和ddh2o 7μl。

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应条件为95℃预变性3min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃延伸5min。

技术总结
本发明公开了一种鉴定玫红花黄芩的InDel分子标记及其应用，涉及药用植物分子生物学领域。该InDel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。本发明还提供了一种扩增该InDel分子标记的引物对，以及该InDel分子标记或其扩增引物对在制备鉴定玫红花黄芩的产品中的应用。该InDel分子标记是根据玫红花黄芩SbF3'5'H基因特异性缺失位点设计得到，利用该InDel分子标记可以在黄芩全生长期确定黄芩是否为玫红花黄芩，为玫红花黄芩种质鉴别提供了依据，对于黄芩的杂交育种和品质改良具有重要的应用价值。

技术研发人员：郭凤丹,林慧彬,王平,管仁伟,尹鑫
受保护的技术使用者：山东省中医药研究院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15