与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效肉鸡品系的选育方法

本发明属于基因检测，具体地说，涉及与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效肉鸡品系的选育方法。

背景技术：

1、屠宰性状是动物遗传选育中重要的表型性状，与重要经济性状有着密切的关系，其中，鸡的全净膛重、半净膛重是重要的肉用性能指标，在遗传选育过程中也具有重要作用。半净膛重是屠体去除内脏，仅保留心、肝、腺胃和肌胃(除内容物及角质膜)、腹脂后的重量，半净膛率＝半净膛重/宰前活重×100％；全净膛重是半净膛去除心、肝、腺胃、肌胃、腹脂、头(第一颈椎连接处截下)、脚(跗关节处分割)的重量，全净膛率＝全净膛重/宰前活重×100％。净膛率越高，则说明去除各类杂物后占食用部分的比例越高，鸡肉的产量相对也会更高，对于鸡肉加工和销售来说也具有重要的价值。因此，对于生产商和消费者来说，了解鸡屠宰性状的半净膛率和全净膛率是非常重要的，可以帮助生产商了解其生产效率，提高肉类的品质和产量，同时也能够提高消费者对于食品的安全和信心。

2、在早期关于复杂表型的研究中，主要利用qtl定位(qtl mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。自20世纪90年代，qtl的连锁分析法广泛应用于鸡生长、胴体、肉质等性状的研究中。虽然该方法是一种经典的基因定位方法，但其更适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究，所以其对于复杂疾病和遗传力低的性状，检测效果有限，获得的qtl置信区间较大，可能包括数以百计的基因，不利于后续功能基因的精准定位，同时，在不同群体中的可重复性较差。相比qtl连锁分析的方法，全基因组关联分析(genome-wideassociation studies,gwas)具有从整个基因组水平检测snp和整体分析关联性的特点，不再是单一的考虑个别snp的关联性，具有结果更加可靠等优点。gwas是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(snp)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略，目前已经成为畜禽目的性状精细定位强有效的方法之一。

3、基因型填充方法是基于单倍型构建原理，利用参考群体(reference population)的全基因组基因型信息对目标群体(target population)基因型缺失位点的信息进行推断。该方法广泛运用于gwas研究中，增加标记密度可在一定程度上提高检验效能，并且鉴定到多个与家畜生产性状显著关联的位点。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效肉鸡品系的选育方法。

2、本发明构思如下：选用肉鸡配套系终端父系(e系)作为素材，基于基因型填充技术，鉴定全净膛率、半净膛率相关的位点rs14638292、rs14638299、rs14638318、rs317194432、rs315435578及基因tnr，提供一种生长高效肉鸡新品系选育方法。金陵花鸡是由广西金陵农牧有限公司培育的快大型黄羽肉鸡，目前已被纳入广西地方鸡种基因库，成为广西地区应对市场需求和保护本土鸡种资源的重点品种之一。通过连锁不平衡分析(ld)发现，rs14638292、rs14638299、rs14638318、rs317194432、rs315435578位于一个连锁区域内，且rs315435578定位到tnr基因(gene id：7143)。tnr基因是家禽的一个体型性状基因，它会影响鸡的生长速度、体型和肉质品质。正常表达的tnr基因在鸡的生长过程中发挥重要作用，能够提高鸡的生长速度和体重，并最终影响鸡肉的产量和质量。

3、为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供一种与肉鸡屠宰性状相关的分子标记，所述分子标记含有鸡如seq id no：1所示序列第21bp处的多态性为t/c的核苷酸序列。所述分子标记位于鸡参考基因组6.0版本8号染色体第7395009bp处。

4、进一步地，所述分子标记所含多态性位点的基因型为cc，对应于具有高全净膛率、高半净膛率的生长高效肉鸡个体。

5、第二方面，本发明提供用于扩增所述分子标记的引物对，所述引物对的序列如seqid no：2-3所示。

6、第三方面，本发明提供含有所述引物对的检测试剂或试剂盒。

7、第四方面，本发明提供一种生长高效肉鸡品系的鉴定及选育方法，包括以下步骤：

8、(1)提取待测鸡的基因组dna；

9、(2)以待测鸡dna为模板，利用seq id no：2-3所示引物对，进行pcr扩增；

10、(3)分析pcr扩增产物。

11、进一步地，步骤(2)中所述pcr扩增的扩增体系包括：dna 1μl，2×taqmastermix10μl，10μmol/l上、下游引物各1μl，ddh2o 7μl。

12、步骤(2)中pcr方法的反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性15s，60℃退火34s，72℃延伸40s，30个循环；72℃延伸10min。

13、进一步地，步骤(3)采用直接测序法对获得的pcr扩增产物进行等位基因测序，根据测序结果判定如下：若鸡参考基因组6.0版本8号染色体第7395009bp对应的多态性位点的基因型为cc，判定待测鸡为具有高全净膛率、高半净膛率的生长高效肉鸡个体。

14、进一步地，步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组dna的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组dna，以ddh2o溶解。

15、第五方面，本发明提供所述分子标记、所述引物对或所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

16、(1)用于鉴定肉鸡屠宰性状相关基因tnr的基因型；

17、(2)用于具有高全净膛率、高半净膛率的生长高效肉鸡品系的早期预测、鉴定及改良；

18、(3)用于鸡的分子标记辅助育种；

19、(4)用于制备鸡育种芯片。

20、借由上述技术方案，本发明至少具有下列优点及有益效果：

21、为了提高肉鸡屠宰性状，本发明提供一种与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效新品系选育方法，该分子标记位于鸡8号染色体第7395009bp处，研究发现，当rs315435578位点为cc基因型时个体具高全净膛率、高半净膛率，从而为鸡屠宰性状和肉品质进行早期选育提供了理论基础和参考数据。

22、本发明提供的检测该分子标记的试剂盒，操作简单，灵敏度高，准确性强，检测成本低，具有重要应用价值。

技术特征：

1.与肉鸡屠宰性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记含有鸡如seq id no:1所示序列第21bp处的多态性为t/c的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记所含多态性位点的基因型为cc，对应于具有高全净膛率、高半净膛率的生长高效肉鸡个体。

3.用于扩增权利要求1或2所述分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的序列如seq id no:2-3所示。

4.含有权利要求3所述引物对的检测试剂或试剂盒。

5.生长高效肉鸡品系的鉴定及选育方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤(3)采用直接测序法对获得的pcr扩增产物进行等位基因测序，根据测序结果判定如下：若鸡参考基因组6.0版本8号染色体第7395009bp对应的多态性位点的基因型为cc，判定待测鸡为具有高全净膛率、高半净膛率的生长高效肉鸡个体。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组dna的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组dna，以ddh2o溶解。

8.权利要求1或2所述分子标记、权利要求3所述引物对或权利要求4所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

技术总结
本发明提供一种与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效肉鸡品系的选育方法，为了提高肉鸡屠宰性状，本发明提供一种与肉鸡屠宰性状相关的分子标记及生长高效新品系选育方法，该分子标记位于鸡8号染色体第7395009bp处，研究发现，当rs315435578位点为CC基因型时个体具高全净膛率、高半净膛率，从而为鸡屠宰性状和肉品质进行早期选育提供了理论基础和参考数据。本发明提供的检测该分子标记的试剂盒，操作简单，灵敏度高，准确性强，检测成本低，具有重要应用价值。

技术研发人员：郑麦青,蔡日春,余洋,陈智武,崔焕先,门立林
受保护的技术使用者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/2/21