一种与海门山羊繁殖性状相关的SNP分子标记及其应用

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及一种与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、随着国民经济的发展、人们生活水平的提高，羊肉的市场需求量越来越高，然而羊的生产速度已无法满足人们对羊肉的需求。良种是畜牧业生产的基础，因此通过科学手段提升羊的良种化程度对养殖业的发展具有重要意义。

2、在现代化规模养殖中，母羊的繁殖性能是影响养殖场经济效益的重要因素。繁殖性状是一个复杂的数量性状，涉及卵巢卵泡发育、卵母细胞成熟、排卵、受精、胚胎发育等多个过程，受遗传、表观修饰、饲养管理、激素和营养等多因素共同调控(张艳丽,郭佳禾,姚晓磊,&王锋,2022)。在生产中，常通过缩短母羊的产羔间隔时间或提高母羊每胎产羔数的手段来提高母羊的繁殖性状。传统的育种方式通过观察表型进行推断和选择，选育周期长、工作量大且效果不佳。近年来，随着分子生物学的发展，分子标记辅助选择技术(marker-assisted selection，mas)日趋成熟，通过分子标记对目标性状基因型进行选择，可提升育种效率，为高繁性状山羊的选育提供有力支撑。

3、snp指仅由单个核苷酸改变引起的基因组变异，是畜禽可遗传变异中最简单、最常见的一种，在整个基因组中以大约1/1000bp的频率发生。snp因其数量众多且易于检测，已成为应用最广泛的一种分子标记(林月霞,吕玉华,&廖荣荣,2022)。

4、wnt10a基因是wnt基因家族的成员之一。wnt基因家族由编码分泌信号蛋白的结构相关基因组成，由wnt基因调控的一系列信号传导途径均称之为wnt信号通路。这是一条在遗传上极为保守的信号传导途径，在生长发育、代谢和干细胞维持等多种生物学过程中发挥着重要作用。wnt10a在伤口愈合、癌症生长、成骨和脂肪生成中也起着关键作用。jia-hezhang等(jia-he zhang et al.,2022)发现wnt10a敲除的小鼠的发情周期被破坏，卵泡减少，子宫内膜变薄，血清雌激素水平降低，睾酮和孕酮水平升高；在神经行为学上，wnt10a敲除的小鼠表现出空间记忆障碍和焦虑样行为。

5、有关wnt10a多态性的研究目前主要集中在人类疾病中。研究发现wnt10a变异位点rs10177996与蝶鞍钙化表型存在关联，携带tt基因型的个体蝶鞍钙化的概率显著高于携带ct和tt基因型的个体(armando brancher et al.,2023)。蒋欣珂等(蒋欣珂，喻康，周梦琪，吴轶群，&王凤,2022)对6位重度先天缺牙患者的wnt10a突变检测，共检测出5个突变位点，预测突变对蛋白的功能影响发现这些突变表现出一定程度的致病性。m.f.abid等(m.f.abid et al.,2018)发现wnt10a c.321c>a外显子2中的一个无义杂合突变可能通过过早终止密码子的产生而导致严重的牙齿发育不全。然而，有关wnt10a多态性在山羊繁殖性状中的研究仍未见报道。

技术实现思路

1、为了克服现有技术在海门山羊繁殖性状选育中的不足，本发明的目的在于提供一种与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记及其应用。

2、为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

3、第一方面，本发明要求保护与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记或检测与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记的物质在海门山羊繁殖性状筛选或/和育种中的应用：

4、所述与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记为wnt10a g.28944633g>a，定位为第2号染色体第28944633bp，为一处g>a突变。

5、进一步的，所述的繁殖性状为产羔数。

6、进一步的，所述的海门山羊繁殖性状筛选和/或育种为利用上述wnt10ag.28944633g>a分子标记鉴定海门山羊的产羔数性状。

7、进一步的，所述的海门山羊繁殖性状筛选和/或育种还包括利用上述wnt10ag.28944633g>a分子标记调节海门山羊的产羔数。

8、进一步的，所述物质含有(或为)扩增包含所述snp分子标记在内的海门山羊基因组dna片段的pcr引物。

9、在本发明的具体实施方式中，所述的pcr引物包含上游引物f1和下游引物r1：

10、上游引物f1：5’-tctgtggcgtgccgtgtt-3’；

11、下游引物r1：5’-cagcccatcggagctgtct-3’。

12、进一步的，以待测海门山羊血液基因组dna为模板，利用上述的pcr引物进行pcr扩增,采用pcr扩增产物直接测序的方法确定所述snp分子标记的基因型；保留aa纯合基因型个体，淘汰gg纯合基因型个体和ag杂合基因型个体，逐代提高海门山羊的产羔数。

13、wnt10a g.28944633g>a不同基因型对海门山羊第三胎产羔数有显著性影响，aa基因型母羊第三胎产羔数显著高于gg基因型母羊。

14、在本发明的具体实施方式中，根据测序峰图进行wnt10a g.28944633g>a基因型的判定：当峰图呈单峰a时，基因型为aa；当峰图呈单峰g时，基因型为gg；当峰图呈a与g双峰时，基因型为ag。

15、第二方面，本发明要求保护一种海门山羊繁殖性状的遗传育种改良方法，以待测海门山羊血液基因组dna为模板，利用上述的pcr引物进行pcr扩增，wnt10a g.28944633g>a采用pcr扩增产物直接测序的方法确定所述snp分子标记的基因型；保留aa纯合基因型个体，淘汰gg纯合基因型个体和ag杂合基因型个体，逐代提高海门山羊的产羔数。

16、进一步的，上述的方法中，wnt10a g.28944633g>a不同基因型对海门山羊第三胎产羔数有显著性影响，aa基因型母羊第三胎产羔数极显著高于gg基因型母羊。

17、在本发明的具体实施方式中，pcr产物直接测序判定基因型。

18、在本发明的具体实施方式中，根据测序峰图进行wnt10a g.28944633g>a基因型的判定：当峰图呈单峰a时，基因型为aa；当峰图呈单峰g时，基因型为gg；当峰图呈a与g双峰时，基因型为ag。

19、在本发明的具体实施方式中，所述pcr扩增的反应体系为40μl，包含：2×taq plusmaster mixⅱ20μl；上下游引物各1.6μl；模板dna 2μl；去离子水14.8μl；所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性15s，55℃退火20s，72℃延伸30s，共30个循环；72℃延伸5min；pcr结束后4℃保存。

20、在本发明的具体实施方式中，选择aa基因型个体作为海门山羊育种时的亲本可提高第三胎产羔数。aa基因型个体的第三胎产羔数比gg基因型个体多0.47只，比ag基因型个体多0.28只。

21、上述的与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记也属于本发明的保护范围。

22、上述的用于检测所述的与海门山羊繁殖性状相关的snp分子标记的物质也属于本发明的保护范围。

23、进一步的，所述物质为扩增包含所述snp分子标记在内的海门山羊基因组dna片段的pcr引物，或含有所述pcr引物的试剂盒。所述pcr引物的具体核苷酸序列如上所述。

24、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

25、本发明首次在wnt10a基因发现了影响海门山羊产羔数的有效snp分子标记，利用本发明提供的试剂盒，通过pcr扩增和产物直接测序法检测分子标记的基因型，方法简单快速、准确性高且价格低廉。利用本发明的分子标记对海门山羊进行筛选，保留aa纯合基因型个体，淘汰gg纯合基因型个体和ag杂合基因型个体，可提高海门山羊的繁殖性能，加快海门山羊的育种进展，具有很高的应用价值。