用于鉴定黄河鳖种质的SNP标记及其检测引物组与应用

本发明涉及分子生物学，尤其涉及用于鉴定黄河鳖种质的snp标记及其检测引物组与应用。

背景技术：

1、中华鳖(trionyxsinensis)又名甲鱼、水鱼等，属爬行纲、龟鳖目、鳖科、鳖属，是我国重要的名特优水产养殖品种，除西藏、青海、新疆外在我国各个地区均有分布。由于我国幅员辽阔，在地理环境和人工选育的干预下，中华鳖在进化过程中逐渐形成了丰富的地理种，其中黄河鳖主要分布于黄河流域的甘肃、宁夏、河南、山东境内，是我国北方鳖养殖的主要品系。与其他地理种相比，黄河鳖的体型呈椭圆状、体色橘黄、裙边宽厚，能够经受长时间的冬眠，对饥饿的耐受程度高，具有顽强的生命力和环境适应能力。此外，黄河鳖的胶原蛋白和不饱和脂肪酸含量均高于其他鳖种。然而，随着龟鳖养殖业的迅猛发展，原种中华鳖、引进种鳖、新品种鳖和杂交鳖在市场上相互混杂，导致种质退化、种质多样性受到破坏，亟需建立一种可以稳定、快速、有效鉴定原种黄河鳖的方法。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的是提供用于鉴定黄河鳖种质的snp标记及其检测引物组与应用，具有灵敏度高、稳定性强、检测成本低，操作简便快捷等优点。

2、本发明通过以下技术手段解决上述技术问题：

3、第一方面，本发明提供了一种用于鉴定黄河鳖种质的snp标记，所述snp标记包括位于如seq id no:1所示核苷酸序列的第109位和位于如seq id no:2所示核苷酸序列的第147位。

4、结合第一方面，在一些实施例中，所述snp标记在黄河鳖中的基因型为tt、tt，在黄沙鳖、洞庭鳖、日本鳖、乌鳖、长永鳖中的基因型为cc、cc。

5、第二方面，本发明提供了用于扩增上述的与黄河鳖种质鉴定相关的snp标记的引物组。

6、结合第二方面，在一些实施例中，所述引物组包括：

7、第一正向引物，所述第一正向引物的核苷酸序列如seq id no:3所示；

8、第二正向引物，所述第二正向引物的核苷酸序列如seq id no:4所示；

9、第一反向引物，所述第一反向引物的核苷酸序列如seq id no:5所示；

10、第三正向引物，所述第三正向引物的核苷酸序列如seq id no:6所示；

11、第四正向引物，所述第四正向引物的核苷酸序列如seq id no:7所示；

12、第二反向引物，所述第二反向引物的核苷酸序列如seq id no:8所示。

13、第三方面，本发明提供了一种试剂盒，所述试剂盒中含有如上述的引物组。

14、第四方面，本发明提供了上述引物组或试剂盒的以下任一应用：

15、(1)在鉴定或辅助鉴定黄河鳖种质中的应用；

16、(2)在黄河鳖分子标记辅助育种中的应用；

17、(3)在黄河鳖育种中的应用；

18、(4)在制备黄河鳖种质育种的产品中的应用。

19、第五方面，本发明提供了一种黄河鳖种质鉴定方法，包括如下步骤：

20、s1.从待检测的样本群体中提取鳖的裙边组织样本基因组dna；

21、s2.采用如权利要求3或4所述的引物组对如权利要求1或2所述的snp标记进行pcr扩增，得到pcr扩增产物，并对pcr扩增产物进行荧光信号扫描；

22、s3.根据pcr扩增产物的荧光信号分析每个样本分别在所述snp标记位点的基因型；

23、s4.得出结论，若所述snp标记位点的基因型分别为tt、tt，样本为黄河鳖，若所述snp标记位点的基因型分别为cc、cc，样本为黄沙鳖、洞庭鳖、日本鳖、乌鳖、长永鳖中的一种。

24、结合第五方面，在一些实施例中，所述pcr扩增的反应体系包括：样本dna5μl、kasp引物混合物0.14μl、kaspmix5μl。

25、结合第五方面，在一些实施例中，pcr扩增的反应条件为：

26、94℃5min；94℃30s；56℃30s；72℃1min，35个循环；72℃5min。

27、本发明通过筛选出具有高质量和高多态性的snp标记，可用于从来源不同的鳖的品种中实现对黄河鳖的精准检测，具有广泛的应用普适性。而且本发明的snp标记为共显性标记，特异性、灵敏度和分辨力较高，该snp标记不受环境条件影响，检测结果准确、重复性和稳定性较好。本发明在鉴定黄河鳖种质的应用中，具有灵敏度高、稳定性强、检测成本较低，操作简便快捷等优点。

技术特征：

1.用于鉴定黄河鳖种质的snp标记，其特征在于，所述snp标记包括位于如seq id no:1所示核苷酸序列的第109位和位于如seq id no:2所示核苷酸序列的第147位。

2.根据权利要求1所述的用于鉴定黄河鳖种质的snp标记，其特征在于，所述snp标记在黄河鳖中的基因型为tt、tt，在黄沙鳖、洞庭鳖、日本鳖、乌鳖、长永鳖中的基因型为cc、cc。

3.用于扩增如权利要求1或2所述的与黄河鳖种质鉴定相关的snp标记的引物组。

4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括：

5.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有如权利要求4所述的引物组。

6.根据权利要求3或4所述的引物组或权利要求5所述的试剂盒的以下任一应用：

7.一种黄河鳖种质鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

8.根据权利要求7所述的黄河鳖种质鉴定方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系包括：样本dna 5μl、kasp引物混合物0.14μl、kasp mix 5μl。

9.根据权利要求8所述的日本鳖种质鉴定方法，其特征在于，pcr扩增的反应条件为：94℃5min；94℃30s；56℃30s；72℃1min，35个循环；72℃5min。

技术总结
本发明分子生物学技术领域，尤其涉及用于鉴定黄河鳖种质的SNP标记及其检测引物组与应用，SNP标记包括位于如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第109位和位于如SEQ ID NO:2所示核苷酸序列的第147位，检测引物组用于扩增上述与黄河鳖种质鉴定相关的SNP标记，且上述SNP标记及其检测引物组可应用在(1)在鉴定或辅助鉴定黄河鳖种质中，(2)在黄河鳖分子标记辅助育种中，(3)在黄河鳖育种中，(4)在制备黄河鳖种质育种的产品中。本发明在鉴定黄河鳖品种的应用中，具有灵敏度高、稳定性强、检测成本低，操作简便快捷等优点，适用于对群体进行大批量验证。

技术研发人员：王晓清,梁艺馨,曾丹,王佩,胡亚洲,熊钢,葛玲瑞,秦溱,田鹏
受保护的技术使用者：湖南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/2/19