一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用

本发明属于生物技术与家畜生物育种领域，涉及奶山羊stard5基因单核苷酸多态性(snp)的分型检测及其在分子标记辅助早期选择育种中的应用。

背景技术：

1、在动物品种改良和新品种选育过程中，遗传标记作为一种重要的选择手段，在分子育种中不可或缺。目前，单核苷酸多态性正作为一个有效的第三代遗传标记被广泛使用。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指在基因组中的单个核苷酸位置发生的变异。具体而言，snp是指在一种生物个体或物种的基因组中，某个位点上两种以上等位基因的频率大于1％，跟据其类型可分为转换和颠换。snp作为常见的遗传变异形式，它可以出现在基因的编码区域，也可以出现在非编码区域。snp的存在可以对个体的表型、疾病易感性以及药物反应等方面都会产生影响。

2、而且，随着高通量测序成本的不断降低，各物种参考基因组的不断公布和更新，重测序手段的使用也越来越多。重测序是指对已有参考基因组的物种进行不同个体的基因组测序，与参考基因组进行比对，从而检测到大量的遗传变异信息。重测序手段可以帮助我们有效地寻找snp，再通过全基因组关联分析等方法，将基因组信息与经济形状相关的表型信息相结合，对奶山羊进行早期选择，从而加快选择速率，提高选择效果。

3、stard5(star related lipid transfer domain containing 5)基因位于山羊21号染色体，又称star相关脂质转移蛋白5。该基因是编码start相关脂质转移蛋白的stard亚家族的成员。含有类固醇生成急性调节相关脂质转移(start)结构域的蛋白质通常参与不同细胞内膜之间的脂质和胆固醇运输。该基因编码的蛋白质是一种胆固醇转运蛋白，也能够结合和转运与胆固醇/胆汁酸生物合成途径相关的其他甾醇衍生分子，如25-羟基胆固醇。其表达在内质网(er)胁迫期间上调。该蛋白被认为充当胞质甾醇转运蛋白，在细胞内膜之间移动胆固醇，例如从细胞质到er以及从er到高尔基体。该蛋白凭借转运的功能，在细胞生命活动中发挥重要作用。

4、乳脂是哺乳动物所分泌的乳汁中必要的成分之一，哺乳动物在泌乳期间，从循环系统中摄取脂质前体物质，如脂肪酸、甘油等，并在细胞内酶的参与下合成、转运和分泌。stard5基因编码脂质转移蛋白，结合其功能和全基因组关联的结果来看，stard5基因可作为潜在的影响奶山羊泌乳性能的候选基因。

5、目前，国内外尚未见报道奶山羊stard5基因的多态性研究及其与奶山羊产奶性状的遗传相关性。

技术实现思路

1、针对上述问题，本发明公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用。

2、本发明的目的是通过下述技术方案予以实现的。

3、一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。

4、进一步的，本发明还公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：

5、以奶山羊基因组dna为模板，通过pcr扩增奶山羊stard5基因的部分片段，然后对扩增产物直接测序，根据测序结果鉴定奶山羊stard5基因单核苷酸多态性位点的基因型，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。

6、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述引物对为：

7、上游引物：5’-ctgctccaccttccataacca-3’＝seq id no.1

8、下游引物：5’-cagacccccgatgtatggtg-3’＝seq id no.2。

9、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述pcr采用的反应程序为：94.0℃预变性5min；98.0℃变性10s，65.0℃复性15min，进行30个循环；72.0℃终延伸7min。

10、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，所述单核苷酸多态性位点包括3种基因型，包括gg、ag、aa。

11、进一步的，本发明还公开了一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，该试剂盒包括用于pcr扩增奶山羊stard5基因单核苷酸多态性位点的引物对，所述单核苷酸多态性位点选自山羊stard5基因序列第26871285位突变位点g.26871285a>g。

12、进一步的，上述一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，所述引物对为：

13、上游引物：5’-ctgctccaccttccataacca-3’＝seq id no.1

14、下游引物：5’-cagacccccgatgtatggtg-3’＝seq id no.2。

15、进一步的，本发明公开了上述多态性标记、检测方法或者试剂盒在奶山羊分子标记辅助选择育种中的应用。

16、进一步的，上述应用为在奶山羊产奶性状早期选择中的应用。

17、进一步的，上述应用中，所述奶山羊为西农萨能奶山羊。

18、进一步的，所述奶山羊stard5基因序列第26871285位突变位点g.26871285a>g的aa基因型为提高产奶量水平的dna标记。

19、与现有的技术相比，本发明具有如下优点和有益效果：

20、本发明提供的试剂盒以奶山羊基因组dna为模板，通过序列扩增和直接测序，可以简便、准确地检测奶山羊stard5基因外显子区snp位点(g.26871285a>g)在奶山羊(如，西农萨能奶山羊)群体中的不同基因型。根据对奶山羊stard5基因的上述snp位点与奶山羊产奶经济性状进行关联分析的结果，本发明检测的奶山羊stard5基因snp位点存在作为提高奶山羊产奶量性状的dna分子标记(snp标记)，可在产奶量性状的早期选择中应用，以快速建立高产奶性状的奶山羊遗传资源群体。

技术特征：

1.一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点选自奶山羊stard5基因突变位点g.26871285a>g。

2.一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述引物对为：

4.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述pcr采用的反应程序为：94.0℃预变性5min；98.0℃变性10s，65.0℃复性15min，进行30个循环；72.0℃终延伸7min。

5.根据权利要求2所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述单核苷酸多态性位点包括3种基因型，包括gg、ag、aa。

6.一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于pcr扩增奶山羊stard5基因单核苷酸多态性位点的引物对，所述单核苷酸多态性位点选自山羊stard5基因序列第26871285位突变位点g.26871285a>g。

7.根据权利要求6所述的一种奶山羊stard5基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，其特征在于，所述引物对为：

8.如权利要求1所述的多态性标记、权利要求3-5任一项所述的方法或权利要求6-7任一项所述的检测试剂盒在奶山羊分子标记辅助选择育种中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述应用为在奶山羊产奶性状早期选择中的应用。

10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述奶山羊为西农萨能奶山羊，aa基因型为提高产奶量水平的dna标记。

技术总结
本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性(SNP)的分型检测及其在分子标记辅助早期选择育种中的应用；本发明公开了一种奶山羊STARD5基因单核苷酸多态性标记在产奶性状早期选择中的应用；以奶山羊全基因组DNA为模板，通过PCR扩增奶山羊STARD5基因部分片段，直接测序鉴定该基因g.26871285A>G突变位点基因型；根据其与产奶性状关联分析结果，STARD5基因的这一单核苷酸多态性位点的不同基因型与奶山羊产奶量显著关联，可作为奶山羊分子标记辅助开展早期选择育种，快速建立高产奶山羊种群。

技术研发人员：石恒波,张凯,冯弈方,贺津,刘建新
受保护的技术使用者：浙江大学
技术研发日：
技术公布日：2024/2/25