一种水稻稻瘟病抗性基因Pib的SNP分子标记及引物组和应用的制作方法

本发明涉及水稻育种领域，特别是一种水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记及引物组和应用。

背景技术：

1、水稻是重要的粮食作物，稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生，严重时导致颗粒无收，威胁着粮食安全，利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式，且对环境友好。水稻抗稻瘟病基因pib对我国不同稻区的稻瘟病菌表现广谱抗性,在水稻育种中具有较高的利用价值。

2、稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期，亦可进行有目的的多基因聚合，提高育种效率，带来巨大的社会经济效益。

技术实现思路

1、为了解决上述技术问题，本发明提供了一种水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记及引物组和应用。

2、为达到上述目的，本发明是按照以下技术方案实施的：

3、首先，本发明提供了一种水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记，所述snp分子标记为pib-206，所述snp分子标记pib-206的多态性位点位于水稻2号染色体的pib基因第35109016-35109018位碱基，第35109016-35109018位碱基为cgc或agg。

4、其次，本发明提供了一种用于检测snp分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq idno.1所示的pib-206fc和核苷酸序列如seq id no.2所示的pib-206fg；所述通用引物为核苷酸序列如seq id no.3所示的pib-206r。

5、作为本发明的一种优选方案，所述pib-206fc的5’端连接fam荧光序列，pib-206fg的5’端连接hex荧光序列。

6、再者，本发明提供了一种水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记在鉴定水稻pib基因型中的应用。

7、最后，本发明提供了一种用于检测水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pib基因型中的应用，包括如下步骤：

8、s1、从水稻叶片中提取基因组dna；

9、s2、以步骤s1中提取的基因组dna为模板，利用snp分子标记pib-206的引物，用parms技术对对pib-206分子标记进行检测；若pib-206的snp位点碱基为cgc，判定测试的水稻样品为纯合的抗病pib基因型；若检测位点碱基为agg，判定测试的水稻样品为纯合的感病的pib基因型；若检测位点同时检测到cgc、agg，判断待测水稻为杂合的pib基因型。

10、与现有技术相比，通过对本发明的水稻稻瘟病抗性基因pib进行snp分子标记，应用parms技术反应对水稻材料进行pib基因检测，可在籼稻、粳稻等不同种质资源中快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因pib。本发明利用parms技术对所开发的snp标记进行基因分型，parms技术流程中dna抽提、pcr体系构建和荧光信号检测等基本自动化，可实现96，384，1536孔板高通量检测，适用于大规模、高通量的pib基因鉴定和稻瘟病抗性资源筛选。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少pcr产物气溶胶的污染以及eb等有毒物的使用，同时可在分子标记辅助育种的早期进行前景选择和背景选择，提高背景回复率，减小育种群体的规模，加快育种进程，有利于pib基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。

技术特征：

1.一种水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记为pib-206，所述snp分子标记pib-206的多态性位点位于水稻2号染色体的pib基因第35109016-35109018位碱基，第35109016-35109018位碱基为cgc或agg。

2.一种用于检测如权利要求1所述的snp分子标记的引物组，其特征在于：所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq id no.1所示的pib-206fc和核苷酸序列如seq id no.2所示的pib-206fg；所述通用引物为核苷酸序列如seq id no.3所示的pib-206r。

3.根据权利要求1所述的用于检测如权利要求1所述的snp分子标记的引物组，其特征在于：所述pib-206fc的5’端连接fam荧光序列，pib-206fg的5’端连接hex荧光序列。

4.一种如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记在鉴定水稻pib基因型中的应用。

5.一种如权利要求2或3所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pib基因型中的应用。

6.根据权利要求5所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因pib的snp分子标记的引物组在鉴定水稻pib基因型中的应用，其特征在于，包括如下步骤：

技术总结
本发明公开了一种水稻稻瘟病抗性基因Pib的SNP分子标记及引物组和应用，所述SNP分子标记为Pib‑206，所述SNP分子标记Pib‑206的多态性位点位于水稻2号染色体的Pib基因第35109016‑35109018位碱基，第35109016‑35109018位碱基为CGC或AGG。通过对本发明的水稻稻瘟病抗性基因Pib进行SNP分子标记，应用PARMS技术反应对水稻材料进行Pib基因检测，可在籼稻、粳稻等不同种质资源中快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因Pib。

技术研发人员：张良坤,王丽丽,唐志强,马作斌,郑文静,张丽颖,何娜,付亮,高虹,王远征,隋国民,王辉,王昌华,闫博文,陈宏伟
受保护的技术使用者：辽宁省水稻研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/4/17