一种卵巢癌生物标志物的筛选方法及其应用与流程

本发明涉及生物标志物，尤其涉及一种卵巢癌生物标志物的筛选方法及其应用。

背景技术：

1、卵巢癌是恶性程度很高的妇科肿瘤，常规的治疗方式是手术切除后使用铂类药物进行辅助化疗，对于一些晚期且手术切除难度高的卵巢癌患者，还会在进行手术之前使用铂类药物进行新辅助化疗以达到降期的目的。由于肿瘤异质性的存在，不同卵巢癌患者对铂类药物治疗的响应存在差异，治疗效果呈现敏感和耐药两极分化。如果可以在治疗之前基于患者的分子特征对治疗效果进行预测，筛选出对铂类药物敏感或耐药的患者，那么将为治疗方案的优化提供诊断依据，从而进一步提高对卵巢癌患者的治疗水平。

2、目前，可用于判断卵巢癌患者铂类药物治疗敏感性的分子特征主要包括两个方面：其一，是基于基因组测序数据计算的用于衡量基因组不稳定性的分子指标，即同源重组缺陷（homologous recombination deficiency，hrd）；其二，是基于转录组测序与临床数据整合分析获取的可以指征铂类药物敏感性的表达基因集合。但是，这两类分子特征均存在一定的缺点。对于同源重组缺陷而言，检测需要采用高通量二代测序技术，所需肿瘤样本量大，检测成本高，而且分析过程复杂，这些缺点限制了针对该类分子特征检测的临床应用。对于铂类药物敏感性相关表达基因集合而言，检测需要采用高通量二代测序技术，对肿瘤样本的大小与质量要求高，检测成本高，这些缺点限制了针对该类分子特征检测的临床应用。另外，在铂类药物敏感性相关基因的筛选过程中，一般只考虑了临床基因组学（clinicogenomics）方面的证据（如基因表达与患者临床生存期长短之间的关联等），而并未考虑功能基因组学（functional genomics）方面的证据（如基因表达与肿瘤细胞系表型之间的关联等），导致该类分子特征的可靠程度下降。

技术实现思路

1、为了解决现有技术中存在的问题，本发明提供了如下技术方案。

2、本发明第一方面提供了一种卵巢癌生物标志物的筛选方法，包括：

3、基于卵巢癌细胞系转录组测序数据与铂类药物疗效数据筛选得到第一候选集合；

4、基于卵巢癌细胞系crispr基因敲除实验数据筛选得到第二候选集合；

5、基于卵巢癌患者转录组测序数据与预后数据筛选得到第三候选集合；

6、将同时存在于第一候选集合、第二候选集合和第三候选集合中的基因作为卵巢癌生物标志物。

7、优选地，所述基于卵巢癌细胞系转录组测序数据与铂类药物疗效数据筛选得到第一候选集合包括：

8、获取卵巢癌细胞系转录组测序数据以及药效指标数据；

9、基于获取的卵巢癌细胞系转录组测序数据，根据每个基因的表达值对卵巢癌细胞系进行分类，得到每个基因的低表达细胞系和高表达细胞系；

10、对于每个基因，比较药效指标数据在高表达细胞系和低表达细胞系之间的差异，将差异符合预设要求的基因放入第一候选集合中。

11、优选地，所述基于卵巢癌细胞系crispr基因敲除实验数据筛选得到第二候选集合包括：

12、根据各个卵巢癌细胞系crispr基因敲除实验数据获取各个卵巢癌细胞系中每个基因对细胞存活的必要性分值；

13、分别针对每个基因在所有卵巢癌细胞系中对细胞存活的必要性分值分布，采用威尔科克森符号秩检验和错误发现率法进行统计分析，如果某基因在所有卵巢癌细胞系中对细胞存活的必要性分值的中位数小于第一预设值，且经多重检验校正后的p-value值小于第二预设值，则将该基因放入第二候选集合中。

14、优选地，所述基于卵巢癌患者转录组测序数据与预后数据筛选得到第三候选集合包括：

15、获取卵巢癌患者转录组测序数据与预后信息；

16、基于获取的卵巢癌患者转录组测序数据，根据每个基因的表达值对卵巢癌患者进行分类，得到每个基因的低表达卵巢癌患者和高表达卵巢癌患者；

17、对于每个基因，比较预后信息在低表达卵巢癌患者和高表达卵巢癌患者之间的差异，将预后信息更差的高表达卵巢癌患者对应的基因放入第三候选集合中。

18、优选地，还包括步骤：基于卵巢癌患者队列对生物标志物进行验证。

19、本发明第二方面提供了利用第一方面所述的方法得到的卵巢癌生物标志物为cdkl3。

20、本发明第三方面提供了如第二方面所述的卵巢癌生物标志物，采用qpcr技术进行检测。

21、本发明第四方面提供了一种用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的生物标志物，所述生物标志物为如第一方面所述的生物标志物。

22、优选地，所述卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的方法包括：检测不同的卵巢癌患者的所述生物标志物的含量或表达水平并进行比较。

23、本发明第五方面提供了一种生物标志物或所述生物标志物的检测试剂在制备用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的产品中的应用，所述生物标志物为如第一方面所述的生物标志物。

24、优选地，所述卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的方法包括：检测不同的卵巢癌患者的所述生物标志物的含量或表达水平并进行比较。

25、优选地，生物标志物的检测试剂包括检测所述生物标志物的含量或表达水平的试剂；和/或，所述产品包括试剂、试剂盒、试纸、基因芯片、蛋白芯片、高通量测序平台或蛋白质组学分析产品。

26、本发明第六方面提供了一种用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的产品，所述产品中包含第四方面所述的生物标志物或所述生物标志物的检测试剂。

27、本发明的有益效果是：本发明同时基于功能基因组学与临床基因组学两方面的多重证据，筛选出一个可以指征铂类药物耐药的卵巢癌生物标志物，即高表达的cdkl3基因，而且该生物标志物在中国卵巢癌患者队列中得到了验证。该卵巢癌生物标志物可以通过qpcr技术进行检测，检测所需肿瘤样本量小，对检测肿瘤样本质量要求低，检测成本低，分析过程简单，有利于在临床应用方面的推广与统一。

技术特征：

1.一种卵巢癌生物标志物的筛选方法，其特征在于，包括：

2.如权利要求1所述的卵巢癌生物标志物的筛选方法，其特征在于，所述基于卵巢癌细胞系转录组测序数据与铂类药物疗效数据筛选得到第一候选集合包括：

3.如权利要求1所述的卵巢癌生物标志物的筛选方法，其特征在于，所述基于卵巢癌细胞系crispr基因敲除实验数据筛选得到第二候选集合包括：

4.一种卵巢癌生物标志物，其特征在于，利用如权利要求1-3任一项所述的卵巢癌生物标志物的筛选方法得到，所述卵巢癌生物标志物为cdkl3。

5.如权利要求4所述的卵巢癌生物标志物，其特征在于，采用qpcr技术进行检测。

6.一种用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物为如权利要求4所述的卵巢癌生物标志物。

7.如权利要求6所述的用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的生物标志物，其特征在于，所述卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的方法包括：检测不同的卵巢癌患者的所述卵巢癌生物标志物的含量或表达水平并进行比较。

8.一种生物标志物或所述生物标志物的检测试剂在制备用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的产品中的应用，其特征在于，所述生物标志物为如权利要求4所述的卵巢癌生物标志物。

9.如权利要求8所述的应用，其特征在于，所述卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的方法包括：检测不同的卵巢癌患者的所述卵巢癌生物标志物的含量或表达水平并进行比较。

10.如权利要求8所述的应用，其特征在于，卵巢癌生物标志物的检测试剂包括检测所述卵巢癌生物标志物的含量或表达水平的试剂；和/或，所述产品包括试剂、试剂盒、试纸、基因芯片、蛋白芯片、高通量测序平台或蛋白质组学分析产品。

11.一种用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的产品，其特征在于，所述产品中包含权利要求6-7中任一项所述的用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的生物标志物或权利要求6-7中任一项所述的用于卵巢癌的治疗、疗效评估和药物筛选的生物标志物的检测试剂。

技术总结
本发明公开了一种卵巢癌生物标志物的筛选方法及其应用，属于生物标志物技术领域。本发明同时基于功能基因组学与临床基因组学两方面的多重证据，筛选出一个可以指征铂类药物耐药的卵巢癌生物标志物，即高表达的CDKL3基因，而且该生物标志物在卵巢癌患者队列中得到了验证。该卵巢癌生物标志物可以通过qPCR技术进行检测，检测所需肿瘤样本量小，对检测肿瘤样本质量要求低，检测成本低，分析过程简单，有利于在临床应用方面的推广与统一。

技术研发人员：季序我,赵义,李哲
受保护的技术使用者：普瑞基准科技（北京）有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/3/4