专利名称：用于鉴定、评价、预防和治疗卵巢癌的核酸分子和蛋白质的制作方法
用于鉴定、评价、预防和治疗卵巢癌的核酸分子和蛋白质
本申请是申请日为2004年10月07日，申请号为200480033173. 8，发明名称为“用于鉴定、评价、预防和治疗卵巢癌的核酸分子和蛋白质”的发明专利申请的分案申请。
相关申请
本申请要求于2003年10月7日提交的美国临时申请系列号60/509，171 (其完整内容在此引作参考)的优先权。发明领域
本发明的领域为卵巢癌，包括卵巢癌的诊断、表征、处理和治疗。
发明背景
卵巢癌在全世界人群中引起显著的发病率和死亡率。卵巢癌根据临床和病理学特征分为三类，即上皮卵巢癌(E0C ；占西方国家中卵巢癌的90%以上)，生殖细胞瘤(占卵巢癌的大约2-3% )，和间质卵巢癌(占卵巢癌的大约5% ；Ozols et al.，1997，Cancer Principles and Practice of Oncology, 5th ed.，Devita et al.，Eds. pp. 1502)。与 EOC 相比，生殖细胞瘤和间质卵巢癌更容易早期检测和治疗，也即患有这两类卵巢癌的患者有较高/较好的生存率。
有许多类型的卵巢肿瘤，其中一些是良性的，另一些是恶性的。治疗(包括非治疗)选择和对患者后果的预测取决于卵巢癌的准确分类。卵巢癌根据癌症起源细胞的类型以及卵巢癌是良性的还是恶性的来命名。公认的组织学肿瘤类型包括，例如，浆液性、粘液性、子宫内膜样和透明细胞肿瘤。另外，卵巢癌也根据公认的分级和分期标准来分类。
在I级中，肿瘤组织分化良好。在II级中，肿瘤组织分化中度良好。在III级中， 肿瘤组织分化差。该级比I级和II级的预后较差。I期通常限于围绕一侧(IA期)或两侧 (IB期)卵巢的囊内，尽管在某些I期(即IC期)癌症中，在腹水、腹膜漂洗液或卵巢表面可以检测到恶性细胞。II期涉及肿瘤从一侧或两侧卵巢向其他骨盆结构扩散或转移。在 IIA期中，肿瘤扩散或转移到子宫、输卵管或这两者中。IIB期涉及肿瘤向骨盆的扩散。IIC 期是IIA期或IIB期，其中在腹水、腹膜漂洗液或卵巢表面可以检测到恶性细胞。在III期中，肿瘤包括至少一个向小肠或网膜的恶性扩散，形成显微镜下可见(IIIA期)或肉眼可见 (直径<2厘米，IIIB期；直径>2厘米，IIIC期)大小的骨盆外腹膜植入物，或者已经转移到腹膜后或腹股沟淋巴结(IIIC期的另一个指征)。在IV期中，能够检测到远端(即非腹膜)肿瘤转移。
卵巢癌各期的持续时间目前还不知道，但是一般认为各为至少约一年(Richart et al.，1969，Am. J. Obstet. Gynecol. 105 :386)。随着分期提高，预后变差。例如，诊断为 I、II、III、IV期卵巢癌的患者的5年存活率分别为80%、57%、25%和8%。
尽管卵巢癌是第三大普遍的妇科癌症，但却是妇科癌症中排第一位的死亡原因。 卵巢癌的这种不成比例的死亡率是由于早期卵巢癌患者基本上没有症状，并且难以早期诊断卵巢癌。卵巢癌患者最常有非特异性的主诉，如异常阴道出血、胃肠道症状、尿道症状、下腹痛和广泛腹胀。这些患者极少表现副肿瘤性症状或清楚表明其患病的症状。目前，不到约40%的卵巢癌患者表现为I期或II期。当治疗更普遍有效时，如果卵巢癌能够早期检测，该病的处置将显著改善。
通过从患者获得常规病史，并对患者进行体检、X线检查及化学和血液学研究，可以部分地诊断卵巢癌。可以指示患者中卵巢癌的血液学检验包括被称为CA125和DF3的蛋白质的血清水平和溶血磷脂酸(LPA)血浆水平的分析。卵巢触诊和超声波技术(尤其包括阴道内超声波和彩色多普勒流动超声波技术)能够帮助检测卵巢肿瘤和从良性卵巢囊肿向卵巢癌的分化。但是，卵巢癌的确诊一般需要对患者行剖腹探查术。
可能的卵巢癌检测实验(例如筛查、反射或监测)可以通过大量因素来表征。试验的“灵敏性”是指该试验在卵巢癌患病个体中产生阳性结果的概率。试验的“特异性”是指该试验在未患卵巢癌个体中产生阴性结果的概率。试验的“阳性预测值”(PPV)是真阳性结果(即卵巢癌患者的阳性测定结果)与所有阳性结果(即卵巢癌患者的阳性测定结果+未患卵巢癌的患者的阳性测定结果)的比值。已经估计到，为了使一个试验成为适当人群范围的卵巢癌筛查工具，该试验必须具有至少约为10%的PPV (Rosenthal et al. , 1998, Sem. Oncol. 25 :315-325)。因此对于检测患者卵巢癌的筛查试验，具有高灵敏性和高PPV是理想的。监测和反射试验也需要适当的说明。
由于已知卵巢癌检测方法的成本、有限的灵敏性和有限的特异性，当前不对普遍人群进行筛查。另外，为了诊断筛查卵巢癌指征阳性患者的卵巢癌而需要行剖腹术限制了普遍人群筛查的需求，因此高于10%的PPV是理想的。
现在使用血清CA125水平作为卵巢癌的诊断标志表明该方法的特异性不足以用作普遍筛查方法。使用精细算法来说明从患者中获得的系列回顾标本中的CA125水平提高了该方法的特异性，而没有将卵巢癌检测移至较早阶段(Skakes，1995，Cancer 76:2004)。 为了检测包括卵巢癌在内的妇科癌症而筛查LPA显示大约96%的灵敏性和大约89%的特异性。但是，基于CA125的筛查方法和基于LPA的筛查方法分别受到卵巢癌以外疾病患者血清中存在CA125和LPA的影响。例如，已知血清CA125水平与月经、妊娠、胃肠道疾病和肝病如结肠炎和肝硬化、心包炎、肾病和各种非卵巢恶性肿瘤有关。已知血清LPA受到例如存在非卵巢妇科恶性肿瘤的影响。比当前对CA125和LPA的筛查方法具有更高特异性的卵巢癌筛查方法能够提供对早期卵巢癌的广泛人群的筛查。
当前患者中诊断的约60%以上的卵巢癌为III期或IV期癌症。该阶段的治疗主要限于细胞减积术(可行时)和化疗，这两种治疗的目的都在于减慢转移癌的扩散和发展。 实际上所有晚期卵巢癌患者现在都进行联合化疗作为主要的治疗，通常是钼类化合物与紫杉类药物联合。反应性患者的中位存活率约为一年。相对于单药治疗，使用诸如阿霉素、环磷酰胺、顺钼、六甲密胺、紫杉醇和氨甲喋呤等药物的联合化疗可以提高这些组的存活率。 当前开发的各种化疗剂和治疗方案也已经证明可用于治疗晚期卵巢癌。例如，使用拓扑异构酶I抑制剂topectan，使用氨磷汀使化疗的副作用最小化，以及对具有腹膜植入肿瘤的患者使用腹膜内化疗，已经证明至少有有限的效用。但是，目前III期卵巢癌患者的5年存活率为25%，IV期卵巢癌患者的存活率为8%。
总之，检测卵巢癌越早，治疗性干预的侵入性和治疗性干预的副作用就越小。更重要的是，检测癌症越早，卵巢癌患者的存活率和生活质量就越高。因此，迫切需要尽早检测卵巢癌的方法。也需要检测卵巢癌复发的方法，以及预测和监测治疗的效果的方法。进而需要治疗卵巢癌的新治疗方法。本发明满足了这些需要。 发明内容
本发明涉及癌症标志(下文称为“标志”或“本发明标志”)，它们在表1中列出。 本发明提供该标志编码的或相对应的核酸和蛋白质(下文分别称为“标志核酸”和“标志蛋白”)。本发明还提供与这些蛋白质和/或蛋白质片段特异性结合的抗体、抗体衍生物和抗体片段。
一方面，本发明涉及各种与卵巢癌检测和治疗有关的诊断、监测、检验和其他方法。在一个实施方案中，本发明提供一种评估患者是否患有卵巢癌或者其发展为卵巢癌的危险是否高于正常的诊断方法，该方法包括如下步骤将本发明标志在患者标本中的表达水平与该标志在对照(例如来自未患卵巢癌的患者的标本)中的正常表达水平进行比较。 该标志在患者标本中的表达水平显著高于正常水平，是该患者患有卵巢癌或者发展为卵巢癌的危险高于正常的指示。
在该诊断方法的一个优选实施方案中，在至少约20%的I期卵巢癌患者、II期卵巢癌患者、III期卵巢癌患者、IV期卵巢癌患者、I级卵巢癌患者、II级卵巢癌患者、III级卵巢癌患者、上皮卵巢癌患者、间质卵巢癌患者、生殖细胞卵巢癌患者、恶性卵巢癌患者、良性卵巢癌患者、浆液肿瘤卵巢癌患者、粘液肿瘤卵巢癌患者、子宫内膜样肿瘤卵巢癌患者和 /或透明细胞肿瘤卵巢癌患者中，该标志过量表达至少2倍。
本发明的诊断方法尤其可用于具有确定的与卵巢癌有关的骨盆腔肿瘤或症状的患者。本发明的方法也能够特别用于发展卵巢癌危险升高的患者(例如具有卵巢癌家族史的患者，鉴定具有突变癌基因的患者，和至少约50岁的患者)。
在评估患者是否患有卵巢癌的一个优选诊断方法(例如新的检测(“筛查”)，复发的检测，反射测定)中，该方法包括将本发明标志在患者标本中的表达水平与该标志在对照非卵巢癌标本中的正常表达水平进行比较。该标志在患者标本中的表达水平显著高于正常水平表明该患者患有卵巢癌。
本发明也提供用于评估一种疗法抑制患者卵巢癌的疗效的诊断方法。该方法包括将对患者提供至少一部分治疗之前从患者中获得的第一标本中本发明标志的表达与实施该部分治疗后从患者中获得的第二标本中该标志的表达进行比较。该标志在第二标本中的表达水平显著低于在第一标本中的表达水平表明该疗法对于抑制患者卵巢癌是有效的。
应当理解，在这些方法中，“疗法”可以是治疗卵巢癌的任何疗法，包括但不限于化疗、放疗、手术切除肿瘤组织、基因治疗和生物治疗，如施用抗体和趋化因子。因此，本发明的方法可以用于在治疗之前、期间及之后评价患者，例如评价肿瘤负荷的减少。
在一个优选实施方案中，本发明的诊断方法是针对采用化学剂或生物剂的治疗。 这些方法包括将从患者中获得并在化学剂或生物剂存在下保存的第一标本中本发明标志的表达与从患者中获得并在不含上述药剂条件下保存的第二标本中该标志的表达进行比较。该标志在第一标本中的表达水平显著低于在第二标本中的表达水平表明该药剂在抑制患者卵巢癌上有效。在一个实施方案中，第一和第二标本可以是从患者中获得的一种标本的部分，或者是从患者中获得的合并标本的部分。
本发明另外还提供一种用于评估患者中卵巢癌进展的监测方法，该方法包括检测第一时间点的患者标本中本发明标志的表达；在后一时间点及时重复这种检测；比较检测的表达水平，由此监测患者中卵巢癌的进展。该标志在后一时间点标本中的表达水平显著高于在第一时间点标本中的表达水平表明卵巢癌已经进展，而表达水平显著较低则表明卵巢癌已经消退。
本发明进一步提供一种用于确定卵巢癌是否已经转移或者是否有可能在以后转移的诊断方法，该方法包括将本发明标志在患者标本中的表达水平与该标志在对照标本中的正常表达水平(或未转移水平)进行比较。在患者标本中的表达水平显著高于正常水平 (或未转移水平)表明卵巢癌已经转移或者在以后有可能转移。
本发明还提供一种选择用于抑制患者卵巢癌的组合物/化合物的试验方法。该方法包括从患者中获得含癌细胞的标本；在多种试验组合物/化合物存在下分开保存该标本的等份；比较本发明标志在各等份中的表达；然后选择一种试验组合物/化合物，相对于该标志在其他试验组合物/化合物存在下的表达水平，所选试验组合物/化合物显著降低该标志在含该试验组合物/化合物的等份中的表达水平。
本发明另外提供一种评估化合物的致卵巢癌能力的试验方法。该方法包括在存在及不存在该化合物的条件下分开保存卵巢细胞等份；比较本发明标志在各等份中的表达。在该化合物存在下保存的等份中该标志的表达水平显著高于在不含该化合物条件下保存的等份中的表达水平表明该化合物具有致卵巢癌能力。
另外，本发明进一步提供一种抑制患者卵巢癌的方法。该方法包括从患者中获得含癌细胞的标本；在多种组合物/化合物存在下分开保存该标本等份；然后比较本发明标志在各等份中的表达；最后对患者施用其中至少一种组合物/化合物，相对于该标志在其他组合物/化合物存在下的表达水平，该组合物/化合物显著降低该标志在含该组合物/ 化合物的等份中的表达水平。
在上述方法中，标本或患者标本包含从患者中获得的细胞。该细胞可存在于例如通过卵巢组织活检或组织切片采集的卵巢组织标本中。在一个实施方案中，患者标本是卵巢相关体液。该体液包括，例如，血液、淋巴、腹水、妇科液、囊液、尿和通过腹膜漂洗采集的液体。在另一实施方案中，该标本包含从患者中获得的细胞。在该实施方案中，细胞可存在于选自通过腹膜漂洗采集的液体、通过子宫漂洗采集的液体、子宫液、子宫渗出液、胸水和卵巢渗出液的液体中。在另一实施方案中，患者标本是体内标本。
根据本发明，本发明标志在标本中的表达水平例如可以通过检测标本中是否存在下列物质来评估
相应的标志蛋白(例如具有如下序列之一的蛋白质=SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、 SEQ ID NO 6,SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14,SEQ ID NO :16、 SEQ ID NO18,SEQ ID NO20,SEQ ID NO 22,SEQ ID NO24,SEQ ID NO26,SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO 42或SEQ ID NO 44)或蛋白质片段(例如通过使用特异性结合该蛋白质或蛋白质片段的试剂，例如抗体、抗体衍生物、抗体片段或单链抗体)；相应的标志核酸 (例如具有如下序列之一的核酸SEQ ID NO =USEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、 SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO :15、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO 19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID8N0:31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQ ID NO :39、SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO 43)或核酸片段(例如通过将从标本中获得的转录多核苷酸与一种基质相接触，该基质上附着有一种或多种具有完整的该序列或序列片段或其互补序列的核酸)；或
相应标志蛋白直接(即催化)或间接产生的代谢物。
根据本发明，上述任何方法都可以使用多种(例如2、3、5或10种或更多)卵巢癌标志进行，包括本领域公知的卵巢癌标志。在该方法中，将标本中多种标志(其中至少一个是本发明的标志)各自的表达水平与从未患卵巢癌的对照人体中获得的同类标本中所述多种标志各自的正常或对照表达水平进行比较。一种或多种本发明标志或其一定组合在标本中的表达水平相对于该标志的相应正常水平显著改变(即升高或降低，如使用一种标记的上述方法所说明的)，表明该患者患有卵巢癌。对于所有上述方法，优选选择标志，使该方法的阳性预测值至少约为10%。
另一方面，本发明提供了与标志蛋白(例如具有如下任一序列的蛋白质SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、 SEQ ID NO 38,SEQ ID NO 40、SEQ ID NO 42 或 SEQ ID NO 44)或该蛋白质的片段特异性结合的抗体、抗体衍生物或抗体片段。本发明也提供制备这些抗体、抗体衍生物和抗体片段的方法。这些方法可包括用包含标志蛋白的全部或10个或10个以上或更多氨基酸的片段的蛋白质或肽免疫哺乳动物，其中该蛋白质或肽可以从细胞获得或者可以通过化学合成获得。本发明的方法也包括制备单克隆或单链抗体，进一步包括从免疫的哺乳动物中分离脾细胞，将分离的脾细胞与永生细胞系相融合，形成杂交瘤，筛选杂交瘤，选择产生与标志蛋白(例如具有如下任一序列的蛋白质:SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO 8,SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14、SEQ ID NO 16,SEQ ID NO 18,SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO 32,SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 36、SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40,SEQ ID NO :42 或 SEQ ID NO 44)或该蛋白质的片段特异性结合的抗体的杂交瘤。
另一方面，本发明涉及多种诊断和检测试剂盒。在一个实施方案中，本发明提供一种评估患者是否患有卵巢癌的试剂盒。该试剂盒包括用于评估本发明标志的表达的试剂。 在另一实施方案中，本发明提供一种评估化学剂或生物剂是否适于抑制患者卵巢癌的试剂盒。该试剂盒包括用于评估本发明标志的表达的试剂，也可以包括一种或多种这样的化学剂或生物剂。在另一实施方案中，本发明提供用于评估卵巢癌细胞是否存在或者用于治疗卵巢癌的试剂盒。该试剂盒包括与标志蛋白或蛋白质片段特异性结合的抗体、抗体衍生物或抗体片段。该试剂盒也可包括多种抗体、抗体衍生物或抗体片段，其中所述多种抗体物质与标志蛋白或其片段特异性结合。
在另一实施方案中，本发明也提供用于评估卵巢癌细胞是否存在的试剂盒，其中该试剂盒包括与标志核酸或其片段特异性结合的核酸探针。该试剂盒也可包括多种探针， 其中各种探针都与标志核酸或其片段特异性结合。
另一方面，本发明涉及治疗卵巢癌患者或具有发展卵巢癌危险的患者的方法。该方法可以包括减少本发明标志的表达和/或干扰其生物学功能。在一个实施方案中，该方法包括对患者提供与标志核酸互补的反义寡核苷酸或多核苷酸或其片段。例如，可以通过给予表达标志核酸或其片段的反义多核苷酸的载体而对患者提供反义多核苷酸。在另一实施方案中，该方法包括对患者提供与标志蛋白或其片段特异性结合的抗体、抗体衍生物或抗体片段。在一个优选实施方案中，抗体、抗体衍生物或抗体片段与具有表1所列任一标志序列的蛋白质或该蛋白质的片段特异性结合。
应当理解，本发明的方法和试剂盒也可以包括已知的癌症标志，包括已知的卵巢癌标志。应当进一步理解，该方法和试剂盒可以用于鉴定除卵巢癌以外的癌症。
另一方面，本发明表征了编码标志蛋白或标志多肽例如标志蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一个优选实施方案中，分离的核酸分子编码具有如下氨基酸序列的标志多肽-.SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO 12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO 36,SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 40、SEQ ID NO 42 或 SEQ ID NO :44。在其他一些实施方案中，本发明提供分离的具有如下所示核苷酸序列的标志核酸分子SEQ ID NO=USEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO :15、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、 SEQ ID NO 27,SEQ ID NO29,SEQ ID N0:31、SEQ ID NO 33,SEQ ID NO35,SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41或SEQ ID NO :43。在另外其他一些实施方案中，本发明提供与如下所示核苷酸序列基本上相同(例如天然发生的等位基因变体)的核酸分子SEQ ID NO =USEQ ID N0:3、SEQ ID N0:5、SEQ ID N0:7、SEQ ID N0:9、SEQ ID NO =IUSEQ ID NO :13,SEQ ID NO :15,SEQ ID NO : 17、SEQ ID NO :19,SEQ ID N0:21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、 SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO :43。在其他实施方案中，本发明提供在如本文所述的严格杂交条件下与包含下列核苷酸序列的核酸分子杂交的核酸分子SEQ ID N0:1、SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID N0:11、 SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO:23、SEQID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35,SEQ ID NO :37、SEQ ID NO :39,SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO :43，其中所述核酸编码全长标志蛋白或其活性片段。
在一个相关方案中，本发明进一步提供包含本文所述标志核酸分子的核酸构建体。在某些实施方案中，本发明的核酸分子与天然或异源调节序列可操作地连接。还包括含有本发明标志核酸分子的载体和宿主细胞，例如适于产生多肽的载体和宿主细胞。
在另一相关方案中，本发明提供适合作为用于检测标志编码核酸的引物或杂交探针的核酸片段。
在另一相关方案中，提供与标志编码核酸分子反义的分离的核酸分子。
在其他实施方案中，本发明提供标志多肽，例如具有如下氨基酸序列的标志多肽 SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、 SEQ ID NO 14, SEQ ID N0:16、SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID N0:24、SEQID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ IDNO :36,SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42 或 SEQ ID NO :44 所示的氨基酸序列； 与如下所示氨基酸序列基本相同的氨基酸序列=SEQ ID NO 2,SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、 SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO 18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID N0:42或SEQ ID NO :44 ；或者由具有如下核苷酸序列的核酸分子编码的氨基酸序列，该核酸分子在本文所述的严格杂交条件下与包含SEQ ID N0:(nts)核苷酸序列的核酸分子杂交，其中该核酸编码全长标志蛋白或基活性片段。
在一个相关的方案中，本发明进一步提供包含本文所述标志核酸分子的核酸构建体。
在一个相关的方案中，本发明提供与非标志多肽可操作连接从而形成融合蛋白的标志多肽或片段。
另一方面，本发明表征了与标志多肽反应，更优选地，特异性或选择性结合的抗体及其抗原结合片段。
本发明特别涉及以下方案
1. 一种评估患者是否患有卵巢癌的方法，该方法包括如下步骤
a)测定患者标本中一种标志的表达水平，其中该标志选自表1中所列的标志；
b)测定该标志在未患卵巢癌或未患卵巢肿瘤的对照者标本中的表达水平；和
c)比较该标志在患者标本中与对照者标本中的表达水平，
其中该标志在患者标本与对照者标本中的表达水平的显著性差异是该患者患有乳腺癌的指示。
2.第1项的方法，其中由所述显示非癌症的患者的卵巢细胞确定对照者的表达水平。
3.第1项的方法，其中利用非卵巢癌人群的平均表达水平预先确定对照者的表达水平。
4.第1项的方法，其中所述标志对应于一种分泌的蛋白质。
5.第1项的方法，其中所述标志对应于一种转录的多核苷酸或其部分，其中该多核苷酸含有该标志。
6.第1项的方法，其中所述标本包括从患者获得的细胞。
7.第6项的方法，其中所述细胞存在于选自下组的液体中血液、淋巴、腹水、妇科液体、囊液、尿以及通过腹膜漂洗收集的液体。
8.第1项的方法，其中标本中所述标志的表达水平通过检测标本中对应于该标志的蛋白质的存在来评定。
9.第8项的方法，其中所述蛋白质的存在用特异性结合该蛋白质的试剂来检测。
10.第9项的方法，其中所述试剂选自抗体、抗体衍生物和抗体片段。
11.第1项的方法，其中标本中所述标志的表达水平通过检测标本中转录多核苷酸或其部分的存在来估计，其中该转录多核苷酸包含该标志。
12.第11项的方法，其中所述转录多核苷酸是mRNA或cDNA。
13.第11项的方法，其中所述检测步骤进一步包括扩增所述转录多核苷酸。
14.第1项的方法，其中标本中所述标志的表达水平通过检测标本中转录多核苷酸的存在来评定，该转录多核苷酸在严格杂交条件下与该标志退火或者与包含该标志的多核苷酸的一部分退火。
15.第1项的方法，其中标本中所述标志的表达水平与未患卵巢癌者中该标志的正常表达水平相差至少大约2倍。
16.第1项的方法，其中标本中所述标志的表达水平与未患卵巢癌者中该标志的正常表达水平相差至少大约5倍。
17. 一种评估患者是否患有卵巢癌的方法，该方法包括如下步骤
a)测定标本中多个标志各自的表达水平，这些标志独立地选自表1中所列的标志；
b)测定未患卵巢癌的对照者标本中所述多个标志各自的表达水平；和
c)比较该标志在患者标本中与对照者标本中的表达水平；
其中一种以上的标志的表达水平相对于该标志的相应对照表达水平显著改变，是该患者患有卵巢癌的指示。
18.第17项的方法，其中由所述显示非癌症的患者的卵巢细胞确定对照者的表达水平。
19.第17项的方法，其中利用非卵巢癌人群的平均表达水平预先确定对照者的表达水平。
20.第17项的方法，其中所述多种标志包括至少三种标志。
21.第17项的方法，其中所述多种标志包括至少五种标志。
22. 一种确定患者是否患有已经转移的或者可能转移的卵巢癌的方法，该方法包括比较
a)表1所列一种标志在该患者标本中的表达水平，和
b)该标志在患未转移卵巢癌或未患卵巢癌的对照者标本中的表达水平，
c)其中，患者标本中的表达水平显著高于对照者标本中的水平，是卵巢癌已经转移或者可能转移的指示。
23. 一种评估试验化合物抑制患者卵巢癌效果的方法，该方法包括比较
a)从该患者中获得并且暴露于试验化合物的第一标本中一种标志的表达，其中该标志选自表1中所列的标志，和
b)从该患者中获得的第二标本中该标志的表达，其中该标本未暴露于该试验化合物，
c)其中，第一标本中该标志的表达水平显著低于第二标本，是该试验化合物对抑制患者卵巢癌有效的指示。
24.第23项的方法，其中所述第一和第二标本是从患者中获得的一个标本的一部分。
25.第23项的方法，其中所述第一和第二标本是从患者中获得的合并标本的一部分。
26. 一种评估治疗方法抑制患者卵巢癌的效果的方法，该方法包括比较
a)在对患者施以至少一部分治疗之前从患者中获得的第一标本中一种标志的表12达，其中该标志选自表1中所列的标志，和
b)施行该部分治疗后从患者中获得的第二标本中该标志的表达，
c)其中，第二标本中该标志的表达水平显著低于第一标本，是该治疗方法对抑制患者卵巢癌有效的指示。
27. 一种筛选用于抑制患者卵巢癌的组合物/化合物的方法，该方法包括
a)从患者中获得包括癌细胞的标本；
b)在多种试验组合物/化合物的存在下分别暴露该标本的各等份；
c)比较各等份中一种标志的表达，其中该标志选自表1中所列的标志；和
d)选择至少一种试验组合物/化合物，与其他试验组合物/化合物相比，该试验组合物/化合物在含有该试验组合物/化合物的等份中诱导该标志较低水平的表达。
28. 一种抑制患者卵巢癌的方法，该方法包括
a)从患者中获得包括癌细胞的标本；
b)在多种试验组合物/化合物的存在下分别保存该标本的各等份；
c)比较各等份中一种标志的表达，其中该标志选自表1中所列的标志；和
向患者施用至少一种试验组合物/化合物，与其它试验组合物/化合物相比，该试验组合物/化合物在含有该试验组合物/化合物的等份中诱导该标志较低水平的表达。
29. 一种评估试验组合物/化合物的致卵巢细胞癌能力的方法，该方法包括
a)在存在及不存在试验组合物/化合物的情况下保存卵巢癌细胞的不同等份；和
b)比较各等份中一种标志的表达，其中该标志选自表1中所列的标志，
其中在试验组合物/化合物存在下保存的等份中该标志的表达水平显著提高是该试验组合物/化合物具有致人卵巢细胞癌能力的指示。
30. 一种用于评价患者是否患有卵巢癌的试剂盒，该试剂盒包含用于评价选自表 1所列标志的多种标志表达的试剂。
31. 一种用于评价是否存在卵巢癌细胞的试剂盒，该试剂盒包含多种核酸探针，其中该探针与对应于选自表1所列标志的多种标志的转录多核苷酸特异性结合。
32. 一种用于评价是否存在卵巢癌细胞的试剂盒，该试剂盒包含多种抗体，其中该抗体与对应于选自表1所列标志的多种标志的蛋白质特异性结合。
33. 一种用于评价多种化合物各自是否适于抑制患者卵巢癌的试剂盒，该试剂盒包含多种化合物；和用于评价一种标志表达的试剂，该标志选自表1中所列的标志。
34. 一种在具有发展卵巢癌危险的患者中抑制卵巢癌的方法，该方法包括抑制对应于一种标志的基因的表达，该标志选自表1中所列的标志。
35. 一种分离的核酸分子，其包含 SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :39 或 SEQ ID NO :41 的核苷酸序列。
36. 一种分离的多肽，其包含 SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 32、SEQ ID NO 40 或 SEQ ID NO 42的氨基酸序列。
37. 一种选择性结合第36项的多肽的抗体。
本发明涉及新发现的与卵巢细胞的癌性状态有关的标志，其在表1中列出。现发现，任何该标志或该标志组合的表达水平高于正常，与患者存在卵巢癌有关。提供了检测标本中卵巢癌的存在、标本中卵巢癌不存在、卵巢癌分期、评估乳腺癌是否已经转移、预测乳腺癌患者可能的临床结果的方法，以及利用与患者卵巢癌预防、诊断、表征和治疗有关的卵巢癌其他特性的方法。也提供了治疗卵巢癌的方法。
表1列出了全部本发明的标志，与正常(即非癌)卵巢细胞相比，它们在卵巢癌细胞中过量表达。在该表中，所述标志用名称(“标志”)、适当时公知的基因名称(“基因名称”)、标志编码或相对应的核苷酸转录物cDNA序列的序列表编号(“SEQ ID NO (nts) ”)、 核苷酸转录物编码的蛋白质氨基酸序列的序列表编号(“SEQ ID NO(AAs) ”)和蛋白质编码序列在cDNA序列中的位置(“CDS，，)来区别。
表1.卵巢癌标志
权利要求
1.一种评估患者是否患有卵巢癌的方法，该方法包括如下步骤a)测定患者标本中WAP四-二硫化物核心域2(WFDC2)标志的表达水平；b)测定WFDC2标志在对照标本中的表达水平；和c)比较WFDC2标志在患者标本中的表达水平与WFDC2标志在对照标本中的表达水平，其中WFDC2标志在患者标本中的表达水平高于WFDC2标志在对照标本中的表达水平，是该患者患有卵巢癌的指示。
2.权利要求1的方法，其中由非癌症的患者的卵巢细胞确定WFDC2标志在对照标本中的表达水平。
3.权利要求1的方法，其中利用来自未患卵巢癌的受试者群的几个对照标本的平均表达水平预先确定WFDC2标志在对照标本中的表达水平。
4.权利要求1的方法，其中所述标志对应于转录的多核苷酸，其中该多核苷酸含有该标志ο
5.权利要求1的方法，其中所述患者标本包括从患者获得的细胞。
6.权利要求5的方法，其中所述细胞存在于选自下组的液体中血液、淋巴、腹水、妇科液体、囊液、尿以及通过腹膜漂洗收集的液体。
7.权利要求1的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平通过检测患者标本中对应于该标志的蛋白质的存在来评定。
8.权利要求7的方法，其中所述蛋白质的存在用特异性结合该蛋白质的试剂来检测。
9.权利要求8的方法，其中所述试剂选自抗体、抗体衍生物和抗体片段。
10.权利要求1的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平通过检测患者标本中转录多核苷酸的存在来估计，其中该转录多核苷酸包含该标志。
11.权利要求10的方法，其中所述转录多核苷酸是mRNA或cDNA。
12.权利要求10的方法，其中检测步骤进一步包括扩增所述转录多核苷酸。
13.权利要求1的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平通过检测患者标本中转录多核苷酸的存在来评定，该转录多核苷酸在严格杂交条件下与该标志退火或者与包含该标志的多核苷酸的一部分退火。
14.权利要求1的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平与对照标本中该标志的表达水平相差至少2倍。
15.权利要求1的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平与对照标本中该标志的表达水平相差至少5倍。
16.权利要求1的方法，该方法进一步包括如下步骤a)测定患者标本中至少一个另外的标志的表达水平，这些标志独立地选自表1中所列的标志；b)测定对照标本中该至少一个另外的标志的表达水平；和c)比较该至少一个另外的标志在患者标本中与对照标本中的表达水平；其中该至少一个另外的标志在患者标本中的表达水平高于该至少一个另外的标志在对照标本中的表达水平，是该患者患有卵巢癌的指示。
17.权利要求16的方法，其中由非癌症的患者的卵巢细胞确定对照标本的表达水平。
18.权利要求16的方法，其中利用来自未患卵巢癌的受试者群的几个对照标本的平均表达水平预先确定对照标本的表达水平。
19.权利要求16的方法，其中所述至少一个另外的标志包括表1所列的至少三种标志。
20.权利要求16的方法，其中所述至少一个另外的标志包括表1所列的至少五种标志。
21.一种确定患者是否患有已经转移的或者可能转移的卵巢癌的方法，该方法包括比较a)WFDC2标志在患者标本中的表达水平，和b)WFDC2标志在对照标本中的表达水平，c)其中WFDC2标志在患者标本中的表达水平高于WFDC2标志在对照标本中的表达水平，是卵巢癌已经转移或者可能转移的指示。
22.—种评估试验化合物抑制患者卵巢癌效果的方法，该方法包括比较a)从该患者中获得并且暴露于试验化合物的第一标本中WFDC2标志的表达，和b)从该患者中获得的第二标本中WFDC2标志的表达，其中该标本未暴露于该试验化合物，c)其中WFDC2标志在第一标本中的表达水平低于WFDC2标志在第二标本中的表达水平，是该试验化合物对抑制患者卵巢癌有效的指示。
23.权利要求22的方法，其中所述第一和第二标本是从患者中获得的一个标本的一部分。
24.权利要求22的方法，其中所述第一和第二标本是从患者中获得的合并标本的一部分。
25.一种评估治疗方法抑制患者卵巢癌的效果的方法，该方法包括比较a)在对患者施以至少一部分治疗之前从患者中获得的第一标本中WFDC2标志的表达，和b)施行该部分治疗后从患者中获得的第二标本中WFDC2标志的表达，c)其中第二标本中WFDC2标志的表达水平低于第一标本，是该治疗方法对抑制患者卵巢癌有效的指示。
26.—种筛选用于抑制患者卵巢癌的组合物的方法，该方法包括a)从患者中获得包括癌细胞的标本；b)在多种试验组合物的存在下分别暴露该标本的各等份；c)比较各等份中WFDC2标志的表达水平；和d)选择至少一种试验组合物，与其他试验组合物相比，该试验组合物在含有该试验组合物的等份中诱导WFDC2标志较低水平的表达。
27.—种抑制患者卵巢癌的方法，该方法包括a)从患者中获得包括癌细胞的标本；b)在多种试验组合物的存在下分别保存该标本的各等份；c)比较各等份中WFDC2标志的表达；和向患者施用至少一种试验组合物，与其它试验组合物相比，该试验组合物在含有该试验组合物的等份中诱导WFDC2标志较低水平的表达。
28.一种评估试验组合物的致卵巢细胞癌能力的方法，该方法包括a)在存在及不存在试验组合物的情况下保存卵巢癌细胞的不同等份；和b)比较各等份中WFDC2标志的表达水平，其中在试验组合物存在下保存的等份中WFDC2标志的表达水平提高是该试验组合物具有致人卵巢细胞癌能力的指示。
29.一种用于评价患者是否患有卵巢癌的试剂盒，该试剂盒包含用于评价WFDC2标志的表达的试剂。
30.一种用于评价是否存在卵巢癌细胞的试剂盒，该试剂盒包含一种或多种核酸探针， 其中该探针与对应于WFDC2标志的转录多核苷酸特异性结合。
31.一种用于评价是否存在卵巢癌细胞的试剂盒，该试剂盒包含一种或多种抗体，其中该抗体与对应于WFDC2标志的蛋白质特异性结合。
32.一种用于评价多种化合物各自是否适于抑制患者卵巢癌的试剂盒，该试剂盒包括 多种化合物；和用于评价WFDC2标志的表达的试剂。
33.一种在具有发展卵巢癌危险的患者中抑制卵巢癌的方法，该方法包括抑制对应于 WFDC2标志的基因的表达。
34.一种分离的核酸分子，其包含SEQ ID N0:39或SEQ ID NO 41的核苷酸序列。
35.一种分离的多肽，其包含SEQ ID N0:40或SEQ ID NO :42的氨基酸序列。
36.一种选择性结合权利要求35的多肽的抗体。
37.权利要求1、21、25-观和33中任一项的方法或权利要求四_32中任一项的试剂盒， 其中所述WFDC2标志是选自WFDC2变体1 (M716)或WFDC2变体2 (M717)的标志。
38.权利要求1、21、22、25-观和33中任一项的方法或权利要求四_32中任一项的试剂盒，其中所述WFDC2标志是与SEQ ID N0:39或SEQ ID NO :41的完整序列至少95%相同的标志或与SEQ ID NO 40或SEQ ID NO 42的完整序列至少95%相同的标志。
39.权利要求7的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平通过检测患者标本中对应于SEQ ID NO 40或SEQ ID NO 42的蛋白质的存在来评定。
40.权利要求8的方法，其中所述试剂是标记的。
41.权利要求40的方法，其中所述标记物选自放射性标记、生物素标记、生色团标记、 荧光团标记和酶标记。
42.权利要求9的方法，其中所述抗体、抗体衍生物和抗体片段是单克隆抗体或多克隆抗体。
43.权利要求7的方法，其中患者标本中所述标志的表达水平通过检测患者标本中包含SEQ ID NO 39或SEQ ID NO 41的多核苷酸序列的相应RNA序列的mRNA分子的存在来评定。
44.权利要求21的方法，其中所述对照标本来自患有未转移的卵巢癌或不患有卵巢癌的对照受试者。
全文摘要
用于鉴定、评价、预防和治疗卵巢癌的核酸分子和蛋白质。本发明涉及新发现的与卵巢癌有关的核酸分子和蛋白质。提供了用于检测、表征、预防和治疗人类卵巢癌的组合物、试剂盒和方法。
文档编号G01N33/50GK102517381SQ20111035628
公开日2012年6月27日 申请日期2004年10月7日 优先权日2003年10月7日
发明者X·赵, Y·徐, 卡伦·格拉特, 唐娜·福特, 塞巴斯蒂安·赫尔施, 威尔逊·O·恩迪格, 曼朱拉·甘纳瓦拉普, 约翰·E·莫纳汉, 罗伯特·施莱格尔, 舒布汉吉·卡马特卡 申请人:千年药品公司