一种ARN数据库平台及其分析构建科学假说的方法与流程

文档序号:11864706阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种ARN数据库平台,其特征在于,包括ARN数据库展现单元以及互相连接的ARN数据库修改单元和数据定义语句DDS转换单元;ARN数据库展现单元与后台数据库和前台ARN显示界面相连接,ARN数据库修改单元与前台ARN显示界面相连接,DDS转换单元与后台数据库相连接;其中:

所述ARN数据库展现单元,用于从后台数据库中读取数据库的库表结构,并将所读取的数据库的库表结构发送到前台ARN显示界面显示;该ARN数据库展现单元提供基本的检索功能和通过分析构建科学假说的功能;

所述ARN数据库修改单元,用于通过ARN显示界面提供一个易于操作的可视化数据库修改页面,并将从ARN显示界面接收到的数据库修改信息发送到所述DDS转换单元;

所述DDS转换单元根据预先设定的转换关系表将接收自所述ARN数据库修改单元的数据库修改信息转换成能够在后台数据库中执行的数据库操作语句,并将转换得到的数据库操作语句发送到后台数据库中执行;

所述ARN数据库存储的信息来自对脂肪生成相关科学文献的文本挖掘、人工检查和整理以及对外部数据库数据的整合。

2.权利要求1所述的ARN数据库平台分析构建科学假说的方法,其特征在于,该方法以ARN数据库平台为基础,将调控因子的相关信息存储于数据库中,以调控因子的各项特征为筛选条件,根据用户的条件设置,筛选出满足特定条件的结果集;再依据“基于文献的科学假说构建方法”,按照“开放的”和“闭合的”两种假说构建过程,构建出符合特定条件的科学假说;

所述的“基于文献的科学假说构建方法”是,如果文献1提到A影响B,文献2提到B影响C,研究人员可以构建假说:A影响C;文献1和文献2的内容间存在交叉和脱节两个特征;

所述的“开放的”假说构建过程为:

如果第一步从ARN数据库平台中筛选到B1,B2,B3,B4,……,Bn一系列影响脂肪生成A的调控因子,第二步从数据库中筛选到C1,C2,C3,C4,……,Cn一系列影响B的调控因子,第三步就可以构建科学假说C1,C2,C3,C4,……,Cn影响脂肪生成A;

所述的“闭合的”假说构建过程为:

如果第一步从ARN数据库平台中筛选到B1,B2,B3一系列影响脂肪生成A的调控因子,第二步从数据库中筛选到B3,B4,B5一系列调控因子受调控因子C调控,第三步就可以构建科学假说调控因子C通过B3影响脂肪生成A;

在进行调控因子的筛选时,根据使用者不同的分析需求,设计三种筛选方式:即节点筛选、表达特征筛选和自定义节点集筛选。

3.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述的ARN数据库平台包含了通过对脂肪生成相关文献的文本挖掘获得的3万多条相关数据,这些相关数据由9个数据库表组成,它们是:节点表、文献表、概述表、SNPs表、表达特征表、实验材料表、实验方法表、关系表和预测表。

4.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述的节点筛选方式是根据节点的名称、Gene ID、类别、功能、对脂肪生成的影响对数据库中的调控分子进行初步筛选,并根据节点间的作用方向对数据库中的调控分子进行二次筛选。

5.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述的表达特征筛选方式是根据相关文献的PMID号、在脂肪生成相关过程中的表达变化、观察时间点等对数据库中的调控分子进行初步筛选,并根据节点间的作用方向对数据库中的调控分子进行二次筛选。

6.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述的自定义筛选方式是允许用户根据自身的分析需求,录入一个节点集,并据节点间的作用方向,对数据库中的调控分子进行筛选。

7.如权利要求4或5所述的方法,其特征在于,所述的二次筛选是用户根据分析需求,有以下五项选择:不进行二次筛选、筛选目标节点的源节点、筛选目标节点的靶节点、筛选目标节点的预测源节点和筛选目标节点的预测靶节点;其中,源节点代表该节点参与调控目标节点;靶节点代表该节点被目标节点调控;预测源节点代表该节点可能参与调控目标节点;预测靶节点代表该节点可能被目标节点调控。

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