其它的数据相关流体相联系。 例如，实时脉搏血氧计数据可横跨一或多个后生的流对象，与基因组数据相联系。
[0106] 本发明的另一特点是包括基于分析数据的社会网络构造，其中分析数据从流对象 的数据流管理中获得。由于数据流相关的一或多个流对象通过分析节点，流对象可被注释 分析的配置文件，其中分析的配置文件可被认为表示了可能的与流对象相关的健康护理文 本。分析引擎可随后为终端用户（例如，病人，股东，健康服务提供者，服务提供者，付款人 等）提供建议，以加入或示例在类似的配置文件上彼此之间的社会网络。例如，考虑如下场 景，当一组病人具有相似的基因组的配置文件时，也许会具有类似的表型的配置文件，与一 BRCA突变相关。为响应发现，分析引擎作为一社会网络的引擎运转，它可以对病人或其它股 东可用，通过它股东可以交流或分享经验。社会网络也可以作为一公共网络或一个别的，独 立网络，它可能依赖于分子的指纹识别的本性。因而，基于流的社会网络可以向公众开放， 向那些展示特殊基因组的配置文件的个体开放，甚至仅限于与股东相关的具有一特别基因 组配置文件的特别的病人。社会网络可提供病人间的相互支持，护理提供者之间的知识分 享，股东间的询证照料的协调发送，决策支持，家庭护理集合，救济院支持，或其它类型的在 股东间的连续信息交换。
[0107] 虽然之前的社会网络的例子讨论了基于一健康护理环境的社会网络，社会网络也 可支持其它类型的活动，包括基于分析配置文件信息的信息分享。例如，一个体的喜恶可以 与基因组的特性相关，并可以同其他推荐的具有相似特性的个体分享。考虑到一基于基因 组的社会网络，其参与者具有他们的"生物标志"（例如，基因组，蛋白质组，通路等）信息用 于分析，并提供了关于喜爱或厌恶的音乐，或其它内容的特征。公开的分析引擎可尝试建立 具有基因组特征的音乐属性内的相关性。引擎随后可以向其他参与者提供基于他们特征的 音乐建议。另一例子可包括基于他们的基因在特征匹配人群。例如，一人可基于互补特征， 相似特征，或其它特征进行匹配。虽然社会网络涉及健康护理，音乐和匹配，它也可以延伸 到这些市场之外。例如，附加的基于基因组的社会网络可以包括博彩网络，购物网络，娱乐 网络（例如，品酒，影视俱乐部等），教育或学术网络（例如，家庭教师，学习小组等），业余 爱好网络，或其它类型的网络。
[0108] 通过与相关实体或技术的已存的关系或伙伴关系，申请人具有递交上述分析管理 系统的唯一的能力，此项能力由上面讨论的实验设备所证明。进一步的，共有的美国临时 申请，其申请号为61/842316,61/842323和61/842325,申请日为2013/07/02,通过归纳健 康护理分析流，描述了健康护理管理的不同特点。例如，申请号为61/842323的申请公开了 一种能量平衡，它表示了贯穿人的一生的健康护理分析流数据的一可视图像。能量平衡显 示为一朵花，而每个花瓣对应一或多个流对象度量。例如，度量可以代表活动水平，睡眠，营 养，运动，卡路里，曝光至病原体的危险，或其它涉及对应流对象的个人。花瓣的尺寸，颜色， 形状或其它属性可代表相应的度量范围。绿色可表示度量是一可接受的范围，而红色表示 度量是不可接受的。
[0109] 附加事项 下述表格表示了本发明的权利要求。表1包括排序系统的权利要求，包括连接一扩展 模块的排序设备，以允许其与一分布式的基因分析系统通信。
[oho] 表1 :带有扩展模块的排序系统
【主权项】
1. 一基因组分析系统，包括： 一排序设备接口，用于从多个排序设备中获取序列数据，其中所述序列数据来自多个 病人； 一分析网络；以及 多个分析节点，通过分析网络互相连接的所述分析节点形成了一与排序设备接口相连 的基因组分析引擎，用于将处理病人的序列数据并行地处理为为基因组数据。
2. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析引擎用于并行地处理至少10个病 人的序列数据。
3. 如权利要求2所述的系统，其特征在于，所述分析引擎用于并行地处理至少100个病 人的序列数据。
4. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析引擎以至少每Y单位时间X个病人 的速度，处理序列数据为基因组数据，其中X至少为3,而Y至多为一天。
5. 如权利要求4所述的系统，其特征在于，X为10,而Y为一天。
6. 如权利要求4所述的系统，其特征在于，X为10,而Y为一小时。
7. 如权利要求4所述的系统，其特征在于，X为100,而Y为一天。
8. 如权利要求4所述的系统，其特征在于，X为100,而Y为一小时。
9. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析网络包含一光纤数据链路。
10. 如权利要求9所述的系统，其特征在于，所述分析网络由一横跨大陆的网络构成。
11. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述排序设备接口用于并行地从至少5个 排序设备中获取序列数据。
12. 如权利要求11所述的系统，其特征在于，所述排序设备接口用于并行地从至少10 个排序设备中获取序列数据。
13. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述排序设备接口用于并行地从至少100 个排序设备中获取序列数据。
14. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述基因组数据包含病人单独的基因组数 据。
15. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述基因组数据包含与病人的人口统计相 关的基因组数据。
16. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析引擎用于根据所述基因组数据产 生一通知。
17. 如权利要求16所述的系统，其特征在于，所述通知至少包含一项以下内容：一处 理状态，一分析引擎管理状态，一告警，一警告，一排序设备指令，一分析推荐，一预测，一诊 断，以及一节点间的通信。
18. 如权利要求16所述的系统，其特征在于，所述通知包含一请求，以获得相对于排序 数据更高的可信度。
19. 如权利要求16所述的系统，其特征在于，所述通知在所述析网络内配置路由。
20. 如权利要求19所述的系统，其特征在于，所述路由允许所述通知发送至至少一以 下对象：一保健对象，一排序设备，一病人，以及一健康护理提供者。
21. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，根据至少一排序数据和基因组数据被路由 至哪个分析节点，所述分析引擎用于在所述分析节点间，建立处理路由。
22. 如权利要求21所述的系统，其特征在于，所述处理路由根据一预期的诊断建立。
23. 如权利要求21所述的系统，其特征在于，所述处理路由根据一优先级建立。
24. 如权利要求21所述的系统，其特征在于，所述处理路由根据一紧急事件建立。
25. 如权利要求21所述的系统，其特征在于，所述处理路由根据一序列注释建立，并位 于至少一排序数据和基因组数据之内。
26. 如权利要求21所述的系统，其特征在于，所述处理路由至少根据以下一项建立，包 括：流量负载，分析负载，计算带宽，以及存储器限制。
27. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析节点用于交换至少一些序列数据 和基因组数据。
28. 如权利要求1所述的系统，进一步包括一引擎管理节点，用于管理所述分析引擎。
29. 如权利要求28所述的系统，其特征在于，所述引擎管理节点用于传输一分析状态 至一用户。
30. 如权利要求28所述的系统，其特征在于，所述引擎管理节点用于产生一分析仪表 盘。
31. 如权利要求28所述的系统，其特征在于，所述引擎管理节点用于产生一分析引擎 仪表盘。
32. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析节点包含网络交换机。
33. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析节点包含高性能计算设备。
34. 如权利要求33所述的系统，其特征在于，所述分析节点包含至少5个高性能计算设 备。
35. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，根据一标准化的基因组序列，所述分析引 擎处理序列数据产生所述基因组数据。
36. 如权利要求35所述的系统，其特征在于，所述标准化的基因组序列包含一来自病 人的种群的统计学编译。
37. 如权利要求35所述的系统，其特征在于，所述基因组数据包含至少一项以下关于 标准化的基因组序列的内容：一热点，一加权参考点，以及一用于分析的优先级。
38. 如权利要求1所述的系统，进一步包含一基因组流管理节点，用于根据对于至少一 分析流对象的至少一流管理功能，管理分析引擎。
39. 如权利要求38所述的系统，其特征在于，通过处理基因组数据，每个所述分析流对 象包含一序列数据的分析数据流。
40. 如权利要求39所述的系统，其特征在于，所述分析数据流从一排序设备处，通过排 序设备接口和分析引擎，延伸至一输出设备。
41. 如权利要求38所述的系统，其特征在于，所述分析流对象包含至少一应用于序列 数据的分析路由。
42. 如权利要求38所述的系统，其特征在于，至少一流管理功能地包含一项以下内容： 修改一分析路由，根据一数据流对象举例一分析流，基于分析流对象进行一事物处理，对一 分析告警，基于分析流对象构建一通知触发器，以及解构一分析流。
43. 如权利要求1所述的系统，进一步包括一管理接口，以允许用户通过所述排序设备 接口提供反馈至所述排序设备。
44. 如权利要求43所述的系统，其特征在于，所述反馈包括排序设备指令。
45. 如权利要求44所述的系统，其特征在于，所述排序设备指令包括至少一项以下内 容：重复排序目标序列区域，停止排序，启动排序，根据触发器的满意度发送数据，从排序设 备中删除序列数据，许可证管理指令，优先权排序事件，转移序列数据的指令，以及安排排 序。
46. 如权利要求43所述的系统，其特征在于，所述用户包含至少一项以下内容：一分析 节点，一健康管理提供者，一研宄者，一排序设备管理者，一分析系统管理者，以及一病人。
47. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述排序设备接口用于通过一图像识别算 法获取序列数据，所述图像识别算法适用于代表序列数据的图像数据。
48. 如权利要求47所述的系统，其特征在于，所述图像识别算法根据一比例不变特征 运行转换。
49. 如权利要求47所述的系统，其特征在于，所述排序设备进一步用于通过连续时间 编码放大显微镜检查（STEAM)把图像数据翻译为一 DNA碱基。
50. 如权利要求1所述的系统，其特征在于，所述分析引擎通过一图像识别算法获取序 列数据，所述图像识别算法适用于代表序列数据的图像数据。
51. 如权利要求50所述的系统，其特征在于，所述图像识别算法根据一比例不变特征 转换功能运行转化。
52. 如权利要求50所述的系统，其特征在于，所述分析引擎进一步用于通过连续时间 编码放大显微镜检查（STEAM)把图像数据翻译为一 DNA碱基。
【专利摘要】一种装置，系统和方法，用于通过一贯穿于网络上的、可扩展的、分布式分析系统，预处理、分析和存储基因组数据。本发明一个方面包括一基因组分析系统，以通过使用一序列设备，一分析网络和多个通过分析网络连接的分析节点，并行地处理从许多病人处得来的基因组序列。这个序列设备接口可以设置成从许多序列设备，从图像识别程序或设备，和/或一或多个存储序列信息的数据库中，并行地获得序列数据。
【IPC分类】G06Q50-22
【公开号】CN104854617
【申请号】CN201380038252
【发明人】P·苏恩-雄
【申请人】河谷控股Ip有限责任公司
【公开日】2015年8月19日
【申请日】2013年7月3日
【公告号】CA2878455A1, EP2870581A2, US20140012843, WO2014008434A2, WO2014008434A3