专利名称：序列的制作方法
技术领域：
本发明涉及序列。具体而言，本发明涉及吡喃邻酮醛糖(pyranosone)脱水酶的氨基酸序列，及编码它的核酸序列。
背景技术：
文献中记载过葡萄糖可被吡喃糖2-氧化酶(EC 1. 1.3. 10，P20)氧化形成葡糖醛酮(D-arabino-hexos-2-ulose)，然后被吡喃邻酮醛糖脱水酶(PD)转化成蓝草菌酮(cortalcerone)[Koths, K. ；Halenbeck, R. ；Moreland, M. (1992), Carbohydr Res. Vol. 232No. 1,59-75 页；Gabriel, J. ；Vole, J. ；Sedmera, P. ；Daniel, G. ；Kubatova, Ε. (1993)，Arch. Microbi.，160 :27-34]。P20 和 PD 已经在真菌中纯化，P20 已被克隆。PD 已经由Koths等(1992)从卵形多孔菌(Polyporus obtusus)纯化，并由Gabriel等(1993) 从黄孢原毛平革菌(黄孢原毛平革菌)纯化。然而，迄今为止，还没有描述过PD的氨基酸或核苷酸序列。
现有技术中已经公开了淀粉可被转化成1，5-脱水-D-果糖(AF) [S. Yu和 J. Marcussen, Recent Advances in Carbohydrate Bioengineering ；Gilbert, H. J.； Davies, G. J；Henrissat B. ；Svensson, B. , Eds. ；Royal Society of Chemistry(RS. C) Press, 1999. 242-250]。而且进一步显示很多真菌和红藻提取物都可将AF酶转化成薄闭壳素，但还没有分离，纯化或描述过所涉及的酶[Baute，M-A. ；Deffieux, G. ；Baute, R. (1986)，Phytochemistry (Oxf) vol. 25 1472—1473 ；Broberg, A.，Kenne, L.，禾口 Pedersen， Μ. (1996)，Phytochemistry (oxf). 41 :151-154] 迄今为止，还没有暗示表明 PD 可在 AF 向薄闭壳素的转化中起作用。
而且还记载了子囊吡喃酮(ascopyrone) P (APP)可从AF产生[Baute, M-A.； Deffieux, G. ；Vercauteren, J. ；Baute, R. ；Badoc, A. (1993), Phytochemistry(oxf) vol. 33no. 1,41-45]。又，没有证据表明PD涉及该过程。发明内容
从大方面讲，本发明涉及编码吡喃邻酮醛糖脱水酶的氨基酸序列及核苷酸序列的描述。
本发明另一方面涉及先前未公开的吡喃邻酮醛糖脱水酶的应用，包括AF向薄闭壳素和APP的转化，以及葡糖醛酮向蓝草菌酮的转化。
本发明各方面是在权利要求和下列说明中给出的。
简言之，本发明的一些方面涉及
1. 一种新的氨基酸序列
2. 一种新的核苷酸序列
3.制备所述氨基酸序列的方法
4.制备所述核苷酸序列的方法
5.含有所述核苷酸序列的表达系统
6.表达所述核苷酸序列的方法
7.含有所述核苷酸序列的转化宿主/宿主细胞
8.所述氨基酸序列的应用
9.所述核苷酸序列的应用
本发明所用的术语“表达”，“被表达的”和“可表达的”分别与术语“转录”，“被转录的”和“可转录的”同义。
有关本发明核苷酸序列的其它方面包括含有本发明序列的构建体；含有本发明序列的载体；含有本发明序列的质粒；含有本发明序列的转化细胞；含有本发明序列的转化组织；含有本发明序列的转化器官；含有本发明序列的转化宿主；含有本发明序列的转化生物。本发明还包括使用它们表达核苷酸序列的方法，如在宿主植物细胞中表达；包括转化它们的方法。
为了便于参考，现在适当的标题下面讨论本发明的这些及其它方面。然而，每个部分下面的教导并非必需限制为每个具体的部分。
发明详述
一方面，本发明涉及一种含有选自下列至少一个氨基酸序列的分离多肽，或其变体，同系物或衍生物
(i)KPHCEPEQPAALPLFQPQLVQGGRPDXYWVEAFPFRSDSSK ；
(ii)SDIQMFVNPYATTNNQSSXWTPVSLAKLDFPVAMHYADITK ；
(iii) VSffLENPGELR ；
(iv) DGVDCLffYDGAR ；
(v)PAGSPTGIVRAEWTRHVLDVFGXLXXK ；
(vi)HTGSIHQWCADID⑶GEDEFLVAMMGADPPDFQRTGVWCYK ；
(vii)TEMEFLDVAGK ；
(viii)KLTLVVLPPFARLDVERNVSGVK ；
(ix)SMDELVAHNLFPAYVPDSVR ；
(x)NDATDGTPVLALLDLDGGPSPQAffNISHVPPGTDMYEIAHAK ；
(xi)TGSLVCARffPPVK ；
(xii)NQRVAGTHSPAAMGLTSRffAVTK ；
(xiii)GQITFRLPEAPDHGPLFLSVSAIRHQ ；
(xiv)KPHXEPEQPAALPLFQPQLVV(Q)GGRPDXY ；
其中X是未知的氨基酸残基。
另一方面，本发明涉及一种核苷酸序列，选自
(a)编码上述氨基酸序列的核苷酸序列；
(b) 一种核苷酸序列，它是(a)核苷酸序列的变体，同系物，衍生物或片段；
(c) 一种核苷酸序列，它是(a)核苷酸序列的互补序列；
(d) 一种核苷酸序列，它是(a)核苷酸序列的变体，同系物，衍生物或片段的互补序列；
(e)能够与(a)核苷酸序列杂交的核苷酸序列；
(f)能与(a)核苷酸序列的变体，同系物，衍生物或片段杂交的核苷酸序列；
(g) 一种核苷酸序列，它是能与(a)核苷酸序列杂交的核苷酸序列互补序列；
(h) 一种核苷酸序列，它是能够与(a)核苷酸序列的变体，同系物，衍生物或片段杂交的核苷酸序列的互补序列；
(i) 一种能够与(a)核苷酸序列的互补序列杂交的核苷酸序列；
(j) 一种能够与(a)核苷酸序列的变体，同系物，衍生物或片段的互补序列杂交的核苷酸序列；
(k)含有(a)，(b)，(c)，(d)，(e)，(f)，(g)，(h)，⑴，和 / 或(j)任何一个的核苷酸序列。
本发明另一方面包括本发明的分离核苷酸序列。
优选方面
在其中一个优选实施方案中，本发明涉及一种含有选自下列(i)-(xiii)中至少一个氨基酸序列的分离多肽，或其变体，同系物或衍生物
(i)KPHCEPEQPAALP LFQP QLVQGGRPDXYffVEAFPFRSD S SK 或 KPHXEPEQPAALPLFQPQLVV(Q)GGRPDXY ；
(ii)SDIQMFVNPYATTNNQSSXWTPVSLAKLDFPVAMHYADITK ；
(iii) VSffLENPGELR ；
(iv) DGVDCLffYDGAR ；
(v)PAGSPTGIVRAEWTRHVLDVFGXLXXK ；
(vi)HTGSIHQWCADID⑶GEDEFLVAMMGADPPDFQRTGVWCYK ；
(vii)TEMEFLDVAGK ；
(viii)KLTLVVLPPFARLDVERNVSGVK ；
(ix)SMDELVAHNLFPAYVPDSVR ；
(x)NDATDGTPVLALLDLDGGPSPQAffNISHVPPGTDMYEIAHAK ；
(xi)TGSLVCARffPPVK ；
(xii)NQRVAGTHSPAAMGLTSRffAVTK ；
(xii)GQITFRLPEAPDHGPLFLSVSAIRHQ ；
其中X是未知的氨基酸残基。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列L)-(xiii)的1个序列。 L)-(xiii)的2个序列。 L)-(xiii)的3个序列。 L)-(xiii)的4个序列。 L)-(xiii)的5个序列。 L)-(xiii)的6个序列。 L)-(xiii)的7个序列。 L)-(xiii)的8个序列。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含有选自上述序列(i)-(xiii)的9个序列。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含选自上述序列(i)-(xiii)的10个序列。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含选自上述序列(i)-(xiii)的11个序列。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含选自上述序列(i)-(xiii)的12个序列。
在其中一优选实施方案中，所述多肽含选自上述序列(i)-(xiii)的13个序列。
优选，本发明的多肽具有吡喃邻酮醛糖脱水酶活性。
其中一个优选实施方案涉及一种多肽，其可与相对于本发明的纯化氨基酸序列培养的抗体进行免疫反应。
另一方面涉及一种编码本发明多肽，或其变体，同系物，片段或衍生物的分离多核苷酸序列。
优选，所述分离多核苷酸选自
(i)含有SEQ ID NO. 1的核苷酸序列或其互补序列的多核苷酸；
(ii)含有能够与SEQ ID NO. 1的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，或其片段的多核苷酸；
(iii)含有能够与SEQ ID NO. 1的核苷酸序列的互补序列杂交的核苷酸序列的多核苷酸；和
(iv)含有由于SEQ ID NO. 1多核苷酸的遗传密码简并性而产生的多核苷酸序列的多核苷酸。
优选，所述核苷酸序列可从黄孢原毛平革菌，卵形多孔菌或蓝色伏革菌获得。
在其中一个优选实施方案中，所述核苷酸序列可从盘菌目，更优选从橙黄网孢盘菌(Aleuria aurantia)，抚抱褐盘菌(Peziza badia)，多汁盘菌(P. succosa)，Sarcophaera eximia，尖顶羊肚菌(Morchella conica)，肋纹羊肚菌(M. costata)，弹丝羊肚菌 (M. elata)，可食羊肚菌(M. esculenta)，圆形可食羊肚菌(M. esculenta var. rotunda)， Μ· Hortensis 或赭鹿花菌(Gyromitra infula)获得。
在另一优选实施方案中，所述核苷酸序列可从木耳目(Auriculariales)，更优选从肠膜状木耳(Auricularia mesenterica)获得。
在另一优选实施方案中，所述核苷酸序列可从多孔菌目(Aphyllophorales)， 更优选从 Pulcherricium caeruleum, |乐 f包伏革菌(Peniophora quercina)， Phanerochaete sordida，Vuilleminia comedens，烟色韦刃革菌(Stereum gausapatum)， 血痕韦刃革菌(S. sanguinolentum)，Lopharia spadicea，梓樣绣球菌(Sparassis laminosa), Boletopsis subsquamosa, M iW^ (Bjerkandera adusta), Trichaptum biformis, Cerrena unicolor,朱红密孑L 菌(pycnoporus cinnabarinus),血红密孑L 菌(P. sanguineus)，Junghunia nitida，黄色枝瑚菌(Ramaria flava)，微黄拟锁瑚菌(Clavulinopsis helvola)，微黄拟锁瑚菌var. Geoglossoides或绚丽拟锁瑚菌 (V. pulchra)获得。
在另一优选实施方案中，所述核苷酸序列可从蘑菇目(Agaricales)，更优选从 Clitocybe cyathiformis,C. dicolor,C. gibba,C. odora,Lepista caespitosa,L inversa, L luscina，L nebularis，Mycena seynii，Pleurocybella porrigens，Marasmius oreales 或 Inocybe pyriodora 获得。
在另ー优选实施方案中，所述核苷酸序列可从Gracilariales，更优选 从 Lrraciiaria varrucosa, bracilaria tenuistipitata, bracilariopsis sp, 5 Gracilariopsis Iemaneiformis 状侍。在另ー优选实施方案中，所述核苷酸序列可从Melanosporaceae，更优选从 Melanospora ornata, Microthecium compressum, Microthecium sobe丄ii き犬得。本发明另一方面涉及ー种分离多核苷酸，选自(i)含有SEQ ID NO. 1的核苷酸序列或其互补序列的多核苷酸；(ii)含有能够与SEQ ID NO. 1的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，或其片段的多核 苷酸；(iii)含有能够与SEQ ID NO. 1的核苷酸序列的互补序列杂交的核苷酸序列的多 核苷酸；和(iv)含有由于SEQ ID NO. 1多核苷酸的遗传密码简并性而产生的多核苷酸序列的 多核苷酸。优选，所述核苷酸序列与启动子可操纵连接。本发明另一方面涉及ー种含有上述多核苷酸序列的构建体。本发明另一方面涉及ー种含有上述多核苷酸序列的载体。本发明另一方面涉及ー种宿主細胞，其中已经掺入本发明的多核苷酸序列。另一方面涉及ー种含有本发明多核苷酸序列的表达载体，所述多核苷酸序列与能 够指导所述多核苷酸在宿主細胞中表达的调节序列可操纵连接。另一方面涉及ー种由SEQ ID NO. 1的多核苷酸序列编码的分离多肽，或其变体，同 系物，片段或衍生物。在优选实施方案中，所述分离多肽具有从N-末端除去的至多7个氨基酸。更优选，所述分离多肽具有与SEQ ID NO. 1编码的多肽序列相比，至少75%的同一 性。另一方面涉及ー种能够结合本发明多肽的抗体。另ー方面涉及制备本发明氨基酸序列的方法，其中所述方法包括表达本发明的核 苷酸序列，并任选地分离和/或纯化它们。优选，本发明的核苷酸序列是在没有表达酶底物 的环境中表达的，例如，在没有1，5-脱水果糖的环境中表达。另一方面涉及ー种使用本发明的氨基酸序列，或本发明核苷酸序列的表达产物制 备薄闭壳素的方法。另一方面涉及ー种使用本发明的氨基酸序列，或本发明核苷酸序列的表达产物制 备子囊吡喃酮P的方法。优选，该方法包括使所述氨基酸序列或所述核苷酸序列的表达产物与1，5_脱 水-D-果糖反应。甚至更优选，所述方法还包括使用APP合酶。在特别优选的实施方案中，所述方法包括使APP合酶及所述氨基酸序列或所述核 苷酸序列的表达产物与1，5_脱水-D-果糖反应。在可选择性的优选实施方案中，所述制备薄闭壳素(microthecin)的方法包括使 本发明的多肽与葡聚糖裂合酶及淀粉糊精反应。
本发明另一方面涉及一种使用本发明的氨基酸序列或本发明核苷酸序列的表达产物制备蓝草菌酮(cortalcerone)的方法。
优选，该方法包括使氨基酸序列或核苷酸序列的表达产物与葡糖醛酮反应。
在可选择性的优选实施方案中，所述制备薄闭壳素的方法包括使本发明的多肽与葡萄糖及吡喃糖2-氧化酶反应。
本发明另一方面涉及一种制备薄闭壳素的方法，包括使吡喃邻酮醛糖脱水酶与1， 5-脱水-D-果糖反应。
本发明另一方面涉及一种制备子囊吡喃酮P的方法，包括使吡喃邻酮醛糖脱水酶及APP合酶与1，5-脱水-D-果糖反应。
本发明其中一个方面涉及一种制备薄闭壳素的方法，包括使吡喃邻酮醛糖脱水酶与葡萄糖及淀粉糊精反应。
本发明另一方面涉及制备蓝草菌酮的方法，包括使吡喃邻酮醛糖脱水酶与葡糖醛酮反应。
本发明另一方面涉及一种制备蓝草菌酮的方法，包括使吡喃邻酮醛糖脱水酶与葡萄糖及吡喃糖2-氧化酶反应。
本发明另一方面涉及薄闭壳素用于防止和/或抑制微生物在物质中的生长，和/ 或杀死物质中的微生物的应用。
本发明的可选择性方面涉及蓝草菌酮用于防止和/或抑制微生物在物质中的生长，和/或杀死物质中的微生物的应用。
本发明还涉及一种或多种薄闭壳素，蓝草菌酮，或其衍生物或异构体用于防止和/ 或抑制微生物在物质中的生长，和/或杀死物质中的微生物的应用。
优选，所述物质是食品。
优选可使用蓝草菌酮和/或薄闭壳素对其发挥作用的微生物是植物真菌病原体。
优选可使用蓝草菌酮和/或薄闭壳素对其发挥作用的微生物选自丝核菌属，腐霉属，丝囊霉属和尾孢属。
优选可使用蓝草菌酮和/或薄闭壳素对其发挥作用的微生物选自茄属丝核菌，终极腐霉，螺壳状丝囊霉和泰菜尾孢。
本发明另一方面涉及薄闭壳素，蓝草菌酮，或其衍生物或异构体在防止和/或抑制病原体丝囊霉的生长，和/或杀死病原体丝囊霉中的用途。
优选，所述病原体是螺壳状丝囊霉。
在优选实施方案中，薄闭壳素的衍生物是2-呋喃基-羟甲基-酮或4-脱氧-甘油-己-2, 3- 二酮糖(4-deoxy-glycero-hexo-2, 3-diluose)。
在优选实施方案中，蓝草菌酮的衍生物是2-呋喃基乙二醛。
在特别优选的实施方案中，所述薄闭壳素，蓝草菌酮，或其衍生物或异构体用于处理植物或植物种子，甚至更优选用于处理甜菜种子，豌豆植株或豌豆种子。
另一方面，本发明涉及薄闭壳素，蓝草菌酮，或其衍生物或异构体作为植物或种子保护剂的应用。
本发明另一方面涉及薄闭壳素，蓝草菌酮，或其衍生物或异构体作为植物生长调节剂的应用。
优点
本发明提供了先前未公开的，有关吡喃邻酮醛糖脱水酶的氨基酸及核苷酸序列的 fn息ο
本发明还涉及吡喃邻酮醛糖脱水酶在从AF向APP及薄闭壳素转化，以及在蓝草菌酮产生中的应用。迄今为止，现有技术中还没有教导或暗示PD涉及，或能够影响这些转化的任一方面。
因此，本发明能够促进薄闭壳素，APP及蓝草菌酮的大量生产。本发明还教导了薄闭壳素及蓝草菌酮可作为抗菌剂使用，特别用于食品中。
测定法
下列测定法可用于描述并鉴定本发明实际和推定的氨基酸序列。
分离的
一方面，优选所述序列为分离的形式。术语“分离的”是指序列不是存在于它的天然环境中(即，在自然中找到)。通常，术语“分离的”是指所述序列至少基本上没有至少一种其它成分，所述其它成分与所述序列天然相关，并且可在自然中找到。这里，所述序列可从与它天然相关的至少一种其它成分中分离出来。
纯化的
一方面，优选所述序列为纯化的形式。术语“纯化的”也指所述序列不是存在于它的天然环境中(即，在自然中找到)。通常，术语“纯化的”是指所述序列至少基本上是从至少一个其它成分中分离出来的，所述其它成分与所述序列天然相关，并且可在自然中找到。
核苷酸序列
本发明包括编码具有此处定义的特殊性质的酶的核苷酸序列。这里所用的术语 “核苷酸序列”是指寡核苷酸序列或多核苷酸序列，及其变体，同系物，片段和衍生物(如，它的一部分)。所述核苷酸序列可以是基因组或合成或重组来源的，其可以是双链或单链的， 正义或反义链。
本发明中的术语“核苷酸序列”包括基因组DNA，cDNA，合成DNA，及RNA。优选它是指DNA，更优选本发明编码序列的cDNA。
在优选实施方案中，本发明的核苷酸序列本身不包括存在于其天然环境中的本发明的天然核苷酸序列，例如当它与同样存在于其天然环境中的其天然相关序列连接时。为便于对照，我们称该优选实施方案为“非天然的核苷酸序列”。在这点上，术语“天然核苷酸序列”是指存在于其天然环境中的完整核苷酸序列，且当和与其天然相关的完整启动子可操纵连接时，启动子也存在于其天然环境中。然而，本发明的氨基酸序列可在核苷酸序列在其天然生物中表达之后，被分离和/或纯化。然而，优选本发明的氨基酸序列可被其天然生物中的核苷酸序列表达，但其中所述核苷酸序列不受该生物内与其天然相关启动子的控制。
通常，本发明的核苷酸序列是利用重组DNA技术(即，重组DNA)制备的。然而，在本发明可选择性的实施方案中，可利用本领域熟知的化学方法完整或部分合成所述核苷酸序列(见 Caruthers MH 等，(1980) Nuc Acids Res Symp Ser 215-23 和 Horn T 等，(1980) Nuc Acids Res Symp Ser 225-232)。
核苷酸序列的制备
编码具有此处定义的特殊性质的酶或适于修饰的酶的核苷酸序列可从产生所述酶的任何细胞或生物鉴定和/或分离和/或纯化。用于鉴定和/或分离和/或纯化核苷酸序列的各种方法都是本领域熟知的。例如，一旦已经鉴定和/或分离和/或纯化了一个适宜序列，就可利用PCR扩增技术制备不止一个序列。
例如，基因组DNA和/或cDNA库可使用染色体DNA或信使RNA从产生所述酶的生物构造。如果酶的氨基酸序列是已知的，那么可合成标记寡核苷酸探针，并用于鉴定来源于从生物制备的基因组库的编码酶的克隆。可选择性地，含有与其它已知酶基因同源的序列的标记寡核苷酸探针可用于鉴定编码酶的克隆。在后一种情况中，使用较低严格度的杂交和清洗条件。
可选择性地，编码酶的克隆可通过在表达载体，如质粒中插入基因组DNA的片段， 用所得基因组DNA库转化酶-阴性菌，然后将转化细菌平板接种在含有酶底物(即，麦芽糖)的琼脂上，由此鉴定表达所述酶的克隆而鉴定。
可选择性地，编码所述酶的核苷酸序列可通过已经确定的标准方法制备，例如由 Beucage S. L.等，(IgSl)iTetrahedron Letters 22，1859-1869 页描述的氨基磷酸盐法，或 Matthes等，(1984)EMBO J. 3，801-805页描述的方法。例如，在氨基磷酸盐法中，在自动DNA 合成仪中合成寡核苷酸，纯化，退火，连接并在适宜的载体中克隆。
所述核苷酸序列可以是混合的基因组及合成来源，混合的合成及cDNA来源，或混合的基因组及cDNA来源，它们是按照标准技术，通过连接合成基因组或cDNA来源(适宜) 的片段而制备的。每个连接的片段与完整核苷酸序列的各个部分相对应。所述DNA序列还可使用特殊引物，通过聚合酶链反应(PCR)制备，例如在US 4，683，202或Miki R K等， (Science (1988) 239,487-491 页)中描述的。
氨基酸序列
本发明还包括此处定义的具有特殊性质的酶的氨基酸序列。
这里所用术语“氨基酸序列”与术语“多肽”和/或术语“蛋白”同义。在某些例子中，术语“氨基酸序列”与术语“肽”同义。在某些例子中，术语“氨基酸序列”与术语“酶” 同义。
所述氨基酸序列可从适宜的来源制备/纯化，或合成制备它或利用重组DNA技术制备它。
本发明的酶可与其它酶结合使用。因此，本发明还包括酶的组合，其中所述组合含有本发明的酶和其它酶，其可以是本发明的其它酶。此方面在后面的部分中讨论。
优选所述酶不是天然的酶。在这一点上，术语“天然的酶”是指完整的酶，它存在于其天然环境中，且它已经由其天然核苷酸序列表达。
变体/同系物/衍生物
本发明还包括本发明酶的氨基酸序列或编码这种酶的任一核苷酸序列的变体，同系物，和衍生物的应用。这里，术语“同系物”是指与主体氨基酸序列和主体核苷酸序列具有一定同源性的实体。这里，术语“同源性”等同于“同一性”。
在本发明的范围内，同源性序列包括与主体序列至少75，80，85或90%相同，优选至少95，96，97，98或99%相同的氨基酸序列。通常，同系物含有与主体氨基酸序列相同的活性位点等。虽然同源性还可被考虑为相似性(即，具有相似化学性质/功能的氨基酸残基)，但在本发明的范围内，优选以序列同一性来表示同源性。
在本发明的范围内，同源性序列包括与编码本发明酶的核苷酸序列(主体 (subject)序列)至少 40，50，60，70，75，80，85 或 90%相同，优选至少 95，96，97，98 或 99% 相同的核苷酸序列。通常，同系物包括编码与主体序列相同的活性位点等的序列。虽然同源性还可被劳率为相似性(即，具有相似化学性质/功能的氨基酸残基)，但在本发明的范围内，优选以序列同一性表示同源性。
同源性比较可通过肉眼进行，或更通常借助于很容易获得的序列比较程序进行。 这些商业可获得的计算机程序可计算两个或多个序列间的同源性％。
可对连续序列计算同源性％，S卩，将一个序列与另一序列进行排列对比，并将其中一个序列中的每个氨基酸直接与另一序列中的相应氨基酸进行比较，每次比较一个残基。 这被称作“无空位”序列对比。通常，这种无空位序列对比只对相对较少数量的残基进行。
虽然这是一种非常简单且可靠的方法，但它不能考虑到，例如，在另一对相同序列中，一次插入或缺失可导致下列核酸残基不能进行序列对比，从而当进行总体序列对比时， 可能导致同源性％大大降低。因此，绝大多数序列比较法都被设计成既能产生最佳序列对比，又考虑到了插入和缺失，而不会不适当地罚分总的同源性值。这是通过在序列对比中插入“空位(gaps) ”，从而尽力使局部同源性达到最大而实现的。
然而，这些更复杂的方法将“空位罚分(gap penalties)”赋予序列对比中出现的每个空位，这样，对于同样数目的相同氨基酸而言，序列对比具有尽可能少的空位-反映两个比较序列之间更高的相关性-将获得比具有多个空位更高的值。通常使用“亲族空位值”，它给空位的存在注入相对较高的值，而给空位中的每个后续残基赋予较小的罚分。这是最普遍使用的空位评分系统。较高的空位罚分当然可产生具有较少空位的最佳序列对比。绝大多数序列对比程序都可改变空位罚分。然而，当使用这种软件进行序列比较时，优选使用缺省值。例如，当使用GCG Wisconsin Bestfit软件包时，对于空位而言，氨基酸序列的缺省空位罚分是-一个空位12，一次延伸4。
因此，最大同源性％的计算首先要求产生最佳序列对比，同时考虑空位罚分。进行这种序列对比的适宜计算机程序是GCG Wisconsin Bestfit软件包(Devereux等，1984，Nuc Acids Research 12:387)。可进行序列比较的其它软件的例子包括，但不限制于BLAST软件包(见 Ausubel 等，1999 Short Protocols in Molecular Biology, 4th Ed_Chapterl8)， FASTA (Altschul 等，1990，J. Mol. Biol.，403-410)和比较工具的 GENEW0RKS 程序组。BLAST 和FASTA可脱机和在线检索(见Ausubel等，1999，7-58-7-60页)。然而，对于某些应用而言，优选使用GCG Bestfit程序。一种被称作BLAST 2 Sequences的新工具也可用于比较蛋白及核苷酸序列(见FEMS Microbiol Lett 1999174(2) :247-50 ；FEMS Microbiol Lett 1999 177(1) :187-8 和 tatianaOncbi. nlm. nih. gov)。
虽然，最终的同源性％可以同一性的形式测量，但通常序列对比过程本身并不是以全有或绝无的成对比较为基础的。相反，通常使用一定的相似性得分矩阵，以化学相似性或进化距离为基础，将值赋予每次成对比较。通常所用这种矩阵的例子是BL0SUM62矩阵-程序的BLAST程序组的缺省矩阵。GCG Wisconsin程序通常使用公共缺省值或自定义符号比较表(见详述部分的用户手册)。对于某些应用而言，优选使用GCG软件包的公共缺省值，或对于其它软件而言，使用缺省矩阵，如BL0SUM62。
可选择性地，同源性百分比可以和CLUSTAL类似的算法为基础，使用多序列对比特征在DNASIS (Hitachi Software)中计算(Higgins DG & Sharp PM(1998) ,Gene 73(1)， 237-244)。
一旦所述软件产生了最佳序列对比，那么就可计算同源性％，优选计算序列同一性％。通常所述软件是作为序列比较的一部分进行的，并产生数值结果。
所述序列还可具有氨基酸残基的缺失，插入或置换，产生沉默改变及功能等价物质。氨基酸置换可以残基的极性，电荷，溶解性，疏水性，亲水性，和/或两亲性为基础进行， 只要能够保留物质的次级结合活性。例如，带负电的氨基酸包括天门冬氨酸和谷氨酸；带正电的氨基酸包括赖氨酸和精氨酸；具有相似亲水性值的不带电的极性端基的氨基酸包括亮氨酸，异亮氨酸，缬氨酸，甘氨酸，丙氨酸，天门冬酰胺，谷酰胺，丝氨酸，苏氨酸，苯丙氨酸， 和酪氨酸。
保守置换可按照下表进行。第二栏同一区块(block)内的氨基酸，优选第三栏同一行的氨基酸可彼此置换
权利要求
1.薄闭壳素、蓝草菌酮或薄闭壳素、蓝草菌酮的衍生物在防止和/或抑制病原体丝囊霉的生长，和/或杀死病原体丝囊霉中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其中所述薄闭壳素的衍生物是2-呋喃基-羟甲基-酮或4-脱氧-甘油-己-2，3- 二酮糖。
3.根据权利要求1所述的应用，其中所述蓝草菌酮的衍生物是2-呋喃基乙二醛。
4.根据权利要求1-3任何一项所述的应用，其用于处理植物或植物种子。
5.薄闭壳素、蓝草菌酮或薄闭壳素、蓝草菌酮的衍生物作为植物或种子保护剂的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其中所述薄闭壳素的衍生物是2-呋喃基-羟甲基-酮或4-脱氧-甘油-己-2，3- 二酮糖。
7.根据权利要求5所述的应用，其中所述蓝草菌酮的衍生物是2-呋喃基乙二醛。
8.根据权利要求1-7任何一项所述的应用，其用于处理甜菜种子。
全文摘要
本发明涉及序列。本发明公开了有关吡喃邻酮醛糖脱水酶的序列信息。本发明还涉及吡喃邻酮醛糖脱水酶在从AF向APP和薄闭壳素转化及从葡糖醛酮向蓝草菌酮转化中的应用。
文档编号C12N9/88GK102511482SQ20111035517
公开日2012年6月27日 申请日期2002年10月30日 优先权日2001年10月31日
发明者A·J·莫甘, H·C·彼得森, I·维尔冈, 于书坤 申请人:丹尼斯科有限公司