电子fish的方法
【专利摘要】本发明属于生物信息学领域，具体涉及电子FISH的方法。所述方法包括步骤：)以探针序列作为检索序列，以靶序列作为数据库序列，进行序列比对；用Perl脚本blast_parser.pl修饰比对结果；删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果；以探针序列及检索序列靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。该方法操作简单方便，且用真实FISH验证其结果，证明其结果可靠精确，节约了时间和成本，且靶DNA可以是基因组、单染色体、特定序列片段等，分辨率高且针对性较强。
【专利说明】电子FISH的方法
【技术领域】
[0001] 本发明属于生物信息学领域，具体涉及电子FISH的方法。
【背景技术】
[0002] 荧光原位杂交技术诞生于20世纪60年代末，其原理是利用碱基互补配对原则把 探针DNA物理定位到染色体、间期细胞核和DNA纤维等靶DNA上。目前，荧光原位杂交技术 广泛应用在基因物理定位、染色体识别、物理图谱的构建、亲缘关系研究和转基因检测等方 面，在现代分子细胞遗传学领域有着不可取代的地位。
[0003] 然而荧光原位杂交实验，往往对实验人员的实验技术要求较高，实验过程中稍有 差错便会导致实验失败，结果不理想，且实验还需要消耗大量的实验材料。随着大量物种基 因组序列的获得，生物信息学得到了快速的发展，利用生物信息学进行电子荧光原位杂交， 可快速准确的获得探针DNA在靶DNA上的物理位置和重复次数，结果可靠精确，且靶DNA可 以是基因组、单染色体、特定的染色体片段等，针对性强。
【发明内容】
[0004] 本发明的目的是提供一种电子FISH的方法。
[0005] 根据本发明的【具体实施方式】，所述的方法包括以下步骤：
[0006] (1)用NCBI的BLASTN软件进行序列比对：以探针序列作为检索序列，以靶序列作 为数据库序列，进行序列比对，数据库序列可是某条染色体的序列、基因组序列及某染色体 片段序列等；
[0007] (2)用Perl脚本blast_parser.pi修饰比对结果，该脚本可以把比对结果转换成 表格形式，方便统计分析；
[0008] (3)删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果。
[0009] (4)以探针序列在靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。
[0010] 荧光原位杂交技术如今在染色体鉴定、物理图谱构建、基因组比较研究等方面起 着重要的作用，该方法利用BLASTN软件从碱基水平进行序列比对分析，来探究探针序列和 靶序列的同源关系，故可准确直观的展现出探针序列在靶序列上的位置及重复次数，操作 简单方便，且用真实FISH验证其结果，证明其结果可靠精确，节约了时间和成本，且靶DNA 可以是基因组、单染色体、特定序列片段等，分辨率高且针对性较强。
【专利附图】
【附图说明】
[0011] 图1显示实施例1电子FISH和常规FISH的结果，其中，
[0012] A以棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以雷蒙德氏棉13号染色体序列为靶DNA， 进行电子FISH，横坐标是探针DNA在雷蒙德氏棉13号染色体上的重复次数，纵坐标是探针 DNA在雷蒙德氏棉1号染色体上的物理位置；
[0013]B以为棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以雷蒙德氏棉有丝分裂中期染色体序列 为靶DNA，进行FISH，绿色为BAC克隆299N22的杂交信号，红色为用来识别雷蒙德氏棉13 号染色体的特异BAC的杂交信号，标尺=5pm;
[0014]C以棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以亚洲棉2号染色体序列为靶DNA，进行电 子FISH,横坐标是探针DNA在亚洲棉2号染色体上的重复次数,纵坐标是探针DNA在亚洲棉 2号染色体上的物理位置；
[0015]D以为棉花BAC克隆299N22为探针DNA，以亚洲棉有丝分裂中期染色体序列为靶 DNA，进行FISH。绿色为BAC克隆299N22的杂交信号，标尺=5iim。
【具体实施方式】
[0016] 实施例1以棉花BAC299N22克隆为探针，分别以雷蒙德氏棉（D5)、亚洲棉（A1)基 因组为靶DNA，进行电子FISH。随后以雷蒙德氏棉（D5)、亚洲棉（A1)有丝分裂中期染色体 为靶DNA，进行FISH验证。
[0017] 1材料和方法
[0018] 1.1实验材料
[0019] 实验材料是亚洲棉中亚1号、雷蒙德氏棉，均来自于中国农业科学院棉花研究所。 所用的BAC克隆为299N22,来自于海岛棉pi-ma90海岛棉文库。
[0020] 1. 2实验方法
[0021] I. 2. 1 电子FISH步骤
[0022] 1)用棉花BAC克隆299N22的序列，通过Blastn软件比对亚洲棉基因组和雷蒙德 氏棉基因组（Lietal.，2014;Wangetal.，2012)。
[0023] 2)通过Perl脚本blast_parser.pi编辑比对结果。
[0024] 脚本内容
[0025]
【权利要求】
1. 一种电子FISH的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤： (1) 以探针序列作为检索序列，以靶序列作为数据库序列，进行序列比对； (2) 用Perl脚本blast_parser. pi修饰比对结果，该脚本可以把比对结果转换成表格 形式，方便统计分析； (3) 删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果； (4) 以探针序列在靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。
【文档编号】G06F19/20GK104318131SQ201410533062
【公开日】2015年1月28日 申请日期:2014年10月11日 优先权日:2014年10月11日
【发明者】崔兴雷, 刘方, 彭仁海, 蔡小彦, 王星星, 周忠丽, 王春英, 王玉红, 刘玉玲, 王坤波 申请人:中国农业科学院棉花研究所, 安阳工学院