罗伊特环素或罗特氏乳杆菌用于减少增重的制作方法

罗伊特环素或罗特氏乳杆菌用于减少增重
相关申请的交叉引用
[0001]
本专利申请要求2018年7月16日提交的美国临时专利申请第62/698,601号的优先权，该临时申请通过援引完全纳入本申请。关于联邦资助研发的声明
[0002]
无。


背景技术：

[0003]
与包括抗生素和抗精神病药物在内各种用药相关的过度增重鉴于其对总体健康状况的影响是一个严重的问题。患者对治疗方案不依从的最常见原因中包括不期望的增重和代谢改变，这最终导致治疗失败。因此，期望找到和开发出更有效的组合物和方法来减少或逆转与肠道微生物群系改变相关的增重。


技术实现要素：

[0004]
第一方面，本文提供一种在人或其他哺乳动物中减少增重或逆转增重的方法。所述方法可包括用临床认可的给药途径给予治疗有效量的罗伊特环素(reutericyclin)来减少增重或诱导减重或基本上由其组成。所述人或其他哺乳动物正在接受抗生素或异生素(xenobiotic)处置。所述治疗有效量的罗伊特环素可与抗生素或异生素共同给药。所述异生素可以是抗精神病药物。所述抗精神病药物可选自利培酮(risperidone)、氯氮平(clozapine)、奥氮平(olanzapine)、喹硫平(quetiapine)、舍吲哚(sertindole)和锂(lithium)。所述抗生素可以是阿莫西林(amoxicillin)、氨比西林(ampicillin)、头孢羟氨苄(cefadroxil)、头孢氨苄(cephalexin)、克林霉素(clindamycin)、氯碳头孢(loracarbef)、甲硝唑(metronidazole)、青霉素(penicillin)、磺胺异恶唑(sulfisoxazole)、酞司普林(trimethroprim)、阿莫西林-克拉维酸(amoxicillin-clavulanate)、氨比西林-舒巴坦阿奇霉素(ampicillin-sulbactam azithromycin)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢他啶(ceftazidime)、头孢曲松(ceftriaxone)、头孢克洛(cefaclor)、头孢地尼(cefdinir)、头孢吡肟(cefepime)、头孢克肟(cefixime)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢泊肟(cefpodoxime)、头孢丙烯(cefprozil)、头孢布烯(ceftibuten)、头孢呋辛(cefuroxime)、环丙沙星(ciprofloxacin)、多西环素(doxycycline)、艮他霉素(gentamicin)、亚胺培南(imipenem)、左氧氟沙星(levofloxacin)、利奈唑胺(linezolid)、哌拉西林-他唑巴坦(piperacillin-tazobactam)、磺胺甲恶唑-甲氧苄啶(sulfamethoxazole-trimethoprim)、妥布霉素(tobramycin)、万古霉素(vancomycin)、大环内酯类：阿奇霉素(azithromycin)、克拉霉素(clarithromycin)、红霉素(erythromycin)、金霉素(chlortetracycline)、普鲁卡因(procaine)、氧四环素(oxytetracycline)、泰乐菌素(tylosin)、杆菌肽(bacitracin)、硫酸新霉素(neomycin sulfate)、链霉素(streptomycin)、红霉素(erythromycin)、啉喏霉素(linomycin)、竹桃霉素(oleandomycin)、万古霉素(vancomycin)、维吉尼霉素(virginamycin)和班贝霉素
相关增重消退的任意指征。已有增重的减少可根据客观参数例如体检结果来衡量。
[0022]
已知与用药患者增重相关的药物包括但不限于抗生素，抗精神病药物(例如，利培酮、氟哌啶醇(haloperidol)、奥氮平、氯氮平、喹硫平、舍吲哚和锂)，抗抑郁药(例如，阿米替林(amitriptyline)、帕罗西汀(paroxetine)和舍曲林(sertraline))，口服皮质类固醇和用于治疗糖尿病和前驱糖尿病(pre-diabete)(例如，葡萄糖耐受性不良的前驱糖尿病状态)或其相关并发症的药物。某些情形中，本文提供的方法和组合物对于在抗精神病药物例如利培酮或苯丙异恶唑衍生物类其他非典型抗精神病药物的对象中减少增重或逆转增重特别有利。已知利培酮在接受抗精神病药物的小鼠中改变肠道微生物群系并抑制无氧静息代谢(bahr等，ebiomedicine 2:1725-1734(2015))。尤其，bahr等显示利培酮处置引起肠道微生物群系中观察到的类群总体减少和无氧条件下的选择性微生物生长抑制。已知引起增重的他抗精神病药包括但不限于喹硫平(“思瑞康(seroquel)”)，帕利哌酮(paliperidone)(“invega”)，伊潘立酮(iloperidone)(“fanapt”)，奥氮平(“再普乐(zyprexa)”)，阿塞那平(asenapine)(“saphris”)，鲁拉西酮(lurasidone)(“罗舒达(latuda)”)。
[0023]
已知在农场动物中引起增重的用于动物饲料的抗生素包括但不限于金霉素、普鲁卡因、青霉素、氧四环素、泰乐菌素、杆菌肽、硫酸新霉素、链霉素、红霉素、啉喏霉素、竹桃霉素、维吉尼霉素和班贝霉素。
[0024]
已知在小鼠中引起增重的抗生素包括但不限于金霉素、青霉素、万古霉素、青霉素与万古霉素的组合、链霉素和环丙沙星(ciprofloxacin)。
[0025]
以下抗生素(按类别排列)与人增重相关。这些关联性尚未经临床试验确认，但与成人或小儿的抗生素曝露和受主以后的肥胖症风险有关。以下所列任一抗生素长期或单次使用都会令发生肥胖症的风险增加10-15％。窄谱抗生素：阿莫西林，氨比西林，头孢羟氨苄，头孢氨苄，克林霉素，氯碳头孢，甲硝唑，青霉素，磺胺异恶唑，酞司普林。广谱抗生素：阿莫西林-克拉维酸，氨比西林-舒巴坦阿奇霉素，头孢西丁，头孢他啶，头孢曲松，头孢克洛，头孢地尼，头孢吡肟，头孢克肟，头孢噻肟，头孢泊肟，头孢丙烯，头孢布烯，头孢呋辛，环丙沙星，多西环素，艮他霉素，亚胺培南，左氧氟沙星，利奈唑胺，哌拉西林-他唑巴坦，磺胺甲恶唑-甲氧苄啶，妥布霉素，万古霉素。大环内酯类：阿奇霉素，克拉霉素，红霉素。
[0026]
本文中，“肥胖症”指一种医学状况，该状况中过多的体脂积累到了有害健康的程度。体脂的量度之一是身体质量指数(bmi)，它将体重与身高相比，将肥胖症定义为超过30kg(体重)/m2(身高2)。肥胖症增加多种疾病可能性，尤其是心脏病和2型糖尿病(t2d)。
[0027]
本发明的方法抑制或逆转增重，包括药物引起的增重。将足以达成此目的的罗伊特环素或罗伊特环素类似物的量定义为“治疗有效量”。本文中，“治疗有效量”指化合物或组合物这样的量，即该量给予对象用于治疗紊乱、状况或疾病时足以令该治疗对所述紊乱、状况或疾病起效。“治疗有效量”根据化合物或组合物，受治的紊乱、状况或疾病状态，受治紊乱、状况或疾病的严重程度，对象的年龄和相对健康状况，给予途径与形式，主治医生或兽医的判断以及其他因素而不同。就此应用有效的剂量计划和量，即“给药方案”取决于多种因素，包括患者当下的用药类型，已经发生的药物引起的增重量，患者的身体状态，对象的年龄和相对健康状况，给药途径和形式，主治医生或兽医的判断以及其他因素。计算患者的剂量方案时，还需要考虑给药方式。
[0028]
另一方面，本文提供包含适量产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌的益生菌组合物，以
及用本文公开的益生菌组合物在人和非人哺乳动物(诸如人、马、大鼠、小鼠、反刍动物、灵长类动物、猴、仓鼠、兔和猫)中诱导和持续减重的方法。本文中，术语“益生菌”指通过改善个体胃肠道内微生物平衡从而对动物包括人类宿主有益的活的或死的微生物食品补充剂，例如罗特氏乳杆菌及其他嗜酸乳杆菌(lactobacillus acidophilus)。即，益生菌类微生物可用于口服改变动物消化系统的细菌。例如，益生菌类微生物口服后维持或增加宿主胃肠道内有益的拟杆菌属(bacteroides)菌群。据信，在对象尤其是人的胃肠道内成功建立和繁殖有益的产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌可诱导和/或支持有益的减重。即便停止口服后，益生菌类微生物也会在消化系统内长期持续有效。
[0029]
罗特氏乳杆菌是脊椎动物包括人、大鼠、猪和鸡的胃肠道内极少的内源性乳杆菌之一。适合本文提供的组合物和方法的产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌菌株包括但不限于罗特氏乳杆菌lth2584，罗特氏乳杆菌tmw1.106，罗特氏乳杆菌1.112和罗特氏乳杆菌1.656。这些菌株分别于1988、1994和1998年分离自相同的工业酵种(industrial sourdough)，并通过持续增殖来维持。优选实施方式中，产罗伊特环素的细菌是罗特氏乳杆菌lth2584。
[0030]
本文还提供给予包含产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌或其裂解物的益生菌药物组合物的方法。此类情形中，本发明的益生菌类细菌或其裂解物可配制成用于临床的药物组合物，可包含药学上可接受的运载体、稀释剂或佐剂。本文中，“裂解物”指经裂解的益生菌类细菌样品。裂解物可含有可用于本文所述方法的益生菌类细菌的一种或多种可溶性代谢产物。裂解可因化学或物理破坏而发生，例如通过向细菌添加渗透剂或酶，或者通过施加物理压力，例如通过声波破坏。裂解物可以是包含益生菌类细菌细胞组分的混合物。例如，一种或多种细胞壁或细胞膜的碎片、蛋白质、核酸、碳水化合物和细胞器(破碎的或完好的)。可将裂解物悬浮，例如悬浮于水性介质中。
[0031]
某些情形中，产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌与抗生素或异生素共同给予或在抗生素或异生素给药后给予有需要的对象，为的是在产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌给药对象中保存非致病性肠道菌群。
[0032]
某些情形中，产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌以人和动物的食品、药品以及饲料中的益生菌的形式提供。优选地，此类益生菌类产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌单用，辅以合适的载剂(运载体)，或者作为食品或适合人或动物(例如牲畜、宠物)食用的其他组合物的添加剂。即，产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌既能够添加到不含益生菌类细菌的食品中(用于赋予此类产品益生菌价值)又能够添加到已经含有某些益生菌类细菌的食品中(用于强化和/或完善它们的益生菌价值)，因而具备实用性。本文中，牲畜包括猪、牛、马、山羊、绵羊等；家禽包括鸟例如鸡等禽类；宠物包括狗、猫等。
[0033]
就本公开而言，术语“处置”或“治疗”表示为对抗疾病、状况或紊乱而对患者进行的管理和护理。这些术语既包括预防性的处置也包括姑息性处置。处置和治疗包括给予本文所述的组合物来避免症状或并发症发生、减轻症状或并发症、或消除疾病、状况或紊乱。
[0034]
本文中，“对象”指意在对其施以所述处置的动物或患者。例如，接受在此所提供方法处置或治疗的对象是哺乳动物，包括例如但不限于啮齿类(例如小鼠、大鼠、豚鼠)，兔类(例如家兔、野兔)，奇蹄类(例如马、驴等)，偶蹄类(例如猪、牛、羊)，食肉类(例如猫、犬)和灵长类(例如猿、猴、狒狒和人)。啮齿目(例如小鼠、大鼠)或灵长类(例如猴、狒狒、人类)。一些示例性实施方式中，对象是人。术语“对象”不指向特定年龄或性别。“有需要的对象”表示
已确诊有需要处置或治疗的疾病或状况的动物或人对象。
[0035]
任意适合对象的给药途径或方式都可用于本文提供的方法。一些示例性实施方式中，如本文所述，罗伊特环素或产罗伊特环素的细菌以药物组合物的形式并以处置或治疗和/或避免紊乱(例如增重)有效量给予对象。某些情形中，药物组合物包含益生菌类细菌罗特氏乳杆菌lth2584株。某些情形中，益生菌类细菌可以裂解物的形式提供。某些情形中，可对益生菌类细菌的裂解物进行过滤纯化以去除其他组分例如细菌生长培养基或污染物。
[0036]
本文中，术语“药物组合物”指一种或多种本文所述化合物或其药学上可接受的盐与其他化学成分例如生理上可接受的运载体和赋形剂的混合物。药物组合物的目的之一是利于化合物向生物体给药。本文中，“药学上可接受的运载体”指对生物体没有明显刺激且不折损给予的化合物的生物活性或特性的运载体或稀释剂。“药学上可接受的盐”指保留游离碱的生物有效性和特性、通过与无机酸或有机酸(如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、甲磺酸、乙磺酸、对甲苯磺酸、水杨酸、苹果酸、马来酸、琥珀酸、酒石酸、柠檬酸等)反应得到的盐。
[0037]
本公开文本中的药学活性组合物和剂型包括所述药学上可接受的盐或其药学上可接收的多晶型物、溶剂化物、水合物、脱水物、共晶、无水或无定形形式。所述化合物具体的盐包括但不限于钠盐、锂盐、钾盐，以及它们的水合物。药学上可接受的盐的其他例子以及它们的制备方法和用途可见《药用盐手册：性质和使用》(handbook of pharmaceutical salts:properties,and use)(2002)，该书经引用纳入本文。某些情形中，组合物可以剂量单位形式给予有需要的对象，各剂量单位各自包含预订量的活性成分或化合物，所述预订量是经计算给药(有时是与药学上可接受的运载体一起给药)时引发所需疗效的量。本文中，术语“药学上可接受的运载体”指在所用剂量和浓度对接受者无毒的运载体、赋形剂或稳定剂，包括缓冲剂，例如磷酸盐、柠檬酸盐及其他无机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲铵；苯扎氯铵，苄索氯铵；苯酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烷基酯，例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，例如血清白蛋白，明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸，谷氨酰胺，天冬酰胺，组氨酸，精氨酸或赖氨酸；单糖，二糖及其他碳水化合物，包括葡萄糖，甘露糖或糊精；螯合剂，如edta；糖类，如蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨糖醇；成盐反离子，如钠；金属复合物(例如zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，如tween
tm
，pluronics
tm
或聚乙二醇(peg)。用于体内给药的制剂必须是无菌的。这通过无菌滤膜过滤即可实现。
[0038]
就益生菌而言，药学上可接受的运载体对于保护和保存益生菌类细菌直至它们抵达对象胃肠道内之时来说特别重要。
[0039]
为了确定治疗有效剂量，较好的是，在体外(in vitro)试验(例如细胞培养物)或在实验动物中评价化合物(例如罗伊特环素或其类似物)的毒性和疗效。例如，可测定ld
50
(即致使群体50％死亡的剂量)和ed
50
(即在群体的50％中有疗效的剂量)。由这些计算，可制定出人用剂量范围。剂量范围可根据例如给药方式等多种因素而不同。本文中药物组合物的治疗有效量的范围可以是对象每公斤(kg)体重约0.001至100mg活性成分(例如约0.001至100mg/kg体重，约0.1至40mg/kg体重，约1至20mg/kg体重)。某些情形中，药物组合物的适宜剂量可根据组合物待给药对象的体表面积来确定，用所述对象的身高和体重来计算。此
类情形中，提供的剂量可以是每平方米(m2)特定量的组合物(例如mg/m2)。另一些情形中，本文提供的组合物的适宜剂量和剂量范围可用药代动力学数据(即药物代谢与清除)来确定。本文中，“药代动力学”指药物或药物组合物被吸收、分布、代谢和从机体排出的过程。有关剂量计算的其他信息可见药物评估与研究中心(center for drug evaluation and research)，生物制剂评估与研究中心(center for biologics evaluation and research)(2002)，“评估成人健康志愿者中治疗药临床试验的安全起始剂量”(estimating the safe starting dose in clinical trials for therapeutics in adult healthy volunteers)，美国食品药物管理局，美国马里兰州罗克维尔。
[0040]
如上所述，治疗有效剂量水平取决于众多因素。此外，本领域技术人员知道活性组合物的给药剂量从较低水平开始，逐步升高剂量直至获得所需效果。本文所提供方法的效果可用各种合适的方法来测定。例如，可用本领域所知的多种客观、标准仪器中的任何一种来测定和评估增重，包括测量体脂百分比的计量器和仪器。所有专业医疗保健从业人员都惯常使用这种简单的计量器。用于测量体脂百分比的更先进的仪器是基于皮肤褶皱法以及身体密度或电阻测量的仪器。
[0041]
制剂可包含单个(单位)剂量的益生菌类细菌或其裂解物。益生菌类细菌(完好或裂解的)的适宜剂量的范围可以是104至10
12
菌落形成单位(cfu)，例如104至10
10
、104至108、106至10
12
、106至10
10
或106至108cfu。一些实施方式中，所述剂量可按照每日一次或两次来给予。
[0042]
本文所述化合物的药物单位剂量形式适合给患者口服、粘膜(例如鼻、舌下、阴道、颊或直肠粘膜)、胃肠外(例如团注)、局部或透皮给药。剂型的例子包括但不限于片剂；囊片；胶囊，例如硬明胶胶囊和软弹性明胶胶囊；袋装剂；锭剂(troches)；含片(lozenges)；散剂；栓剂；软膏；泥罨剂(cataplasms，药糊(poultices))；糊剂(pastes)；粉剂；敷料剂；霜剂；硬膏剂(plasters)；溶液；贴剂；气溶胶(如鼻喷雾剂或吸入剂)；凝胶；适合给患者口服或粘膜给药的液体剂型，包括悬浮剂(如水性或非水性悬浮液，水包油乳液或油包水乳液)，溶液和酏剂；适合给患者胃肠外给药的液体剂型；和能够重建成适宜给患者胃肠外给药的液体剂型的无菌固体(如晶体或无定形固体)。药物组合物可根据常规制药实践来配制(参见例如《雷明顿：药物科学与实践》(remington：the science and practice of pharmacy)，第20版，2000，a.r.gennaro编，lww公司(lippincott williams&wilkins,费城)，和《药学技术百科全书》(encyclopedia of pharmaceutical technology)，j.swarbrick和j.c.boylan编，1988-1999，marcel dekker公司，纽约)。
[0043]
本文所述组合物的组成、形状和剂型类别通常根据其应用而不同。例如，用于疾病或紊乱急性处置的剂型相比用于相同疾病或紊乱长期处置的剂型可包含更多的活性成分，例如本文所述的化合物或其组合。类似的，胃肠外剂型相比用于处置相同疾病或紊乱的口服剂型可包含较少的活性成分。会令本文所述各具体剂型在不同方式间有所不同的以上及其他方式是本领域技术人员所明了的。参见例如《雷明顿药物科学》(remington’s pharmaceutical sciences)，第18版，mack出版社，宾夕法尼亚伊斯顿，(1990)。
[0044]
临床医师，医师和其他医疗保健专业人员可以根据本文提供的方法将组合物给予有需要的对象。某些情形中，组合物一次给药就够了。另一些情形中，组合物按照各种间隔(例如每周一次，每周两次，按日，按月)给药超过一次，或者按照其他适宜的处置或治疗方
案。处置或治疗的持续时间可以是一次给药或定期多次给药并一直持续只要对象能够耐受本文组合物给药。
[0045]
应当理解，本发明不限于所描述的特定方法、实施方式、材料和试剂，因为它们是可以不同的。还应理解，本文所使用的术语仅用于描述具体实施方式，其目的不在于限定本发明的范围，本发明的范围仅由权利要求书来限定。
[0046]
本申请说明书和权利要求中，术语“包括”和“包含”是开放式表述，应解释为“包括但不限于
……”
。这些术语涵盖了更具限制性的表述“基本由
……
构成或组成”或“由
……
构成或组成”。
[0047]
在本文和权利要求中，单数形式的“一”、“所述”和“该”包括复数含意，除非上下文另有指明。并且，术语“一”、“一个(种)或多个(种)”和“至少一”彼此同义。另需说明的是，“包含”、“包括”、“特征在于”和“具有”彼此同义。
[0048]
术语“包括”、“如”、“例如”等都意在提示示例性实施方式而非限定本公开的范围。
[0049]
除非另外定义，本文所用所有科技术语的含意与本发明所属领域普通技术人员通常所理解的相同。尽管与本文所述相似或等同的任何方法和材料均可用于本发明的实践或测试，但现在描述优选的方法和材料。在此明确提及的所有出版物和专利均通过引用并入本文用于所有目的，包括描述和公开出版物中报道的可用于本发明的化学物质，细胞系，载体，动物，仪器，统计分析和方法。本说明书中引用的所有参考文献均应视为表明本领域技术水平。本文中的任何内容均不得解释为承认本发明无权因发明在先而早于此类公开。
[0050]
通过以下描述，将更好地理解本发明的上述和其他特征、目的和优点。在说明书中，参考了附图，这些附图构成了本说明书的一部分，附图中以说明性而非限制性方式展示本发明的实施方式。优选实施方式的描述并非要将本发明限制于此，而是涵盖所有修改、等同形式和替代形式。因此，应当按照本文所引用的权利要求来解释本发明的范围。实施例
[0051]
提供以下实施例仅用于说明目的，而无意以任何方式限制本发明的范围。事实上，除了本文中示出和描述的那些之外，根据前文描述和以下实施例，本发明的各种改动对于本领域技术人员而言将变得显而易见，这些改动都属于权利要求范围之内。
[0052]
实施例1-利培酮处置对于增重的效果
[0053]
为了确定利培酮处置的小鼠中罗特氏乳杆菌是否被选择性清除，c57bl/6j雌性小鼠接受60天的利培酮处置。在anvi’o可视化平台上分析粪便dna的鸟枪法宏基因组测序数据(miseq，2
×
250，高得率)。细菌基因组细分到属或种的水平，并根据基因相似度排列成环内片区(采用隐马尔可夫模型(hidden markov model)的层次聚类)。图1中，利培酮处置小鼠的宏基因组为红色，对照小鼠为蓝色。如图1中所示，60天利培酮处置c57bl/6j雌性小鼠表现出统计学显著的增重，并且它们的细菌组成也有统计学显著的差异。药物处理小鼠粪便或病毒部分的转移足以产生强于对照的增重。
[0054]
为了进一步研究利培酮处置的增重效应，用产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌处置雌性小鼠，有或没有利培酮处置。c57bl/6j雌性小鼠达6周龄，对设施适应两周(n＝10/组)(图2a)。8周龄的c57bl/6j雌性小鼠每日强饲100μl，其中包含3x108cfu的罗特氏乳杆菌菌株lth2584(产罗伊特环素的菌株)或缓冲液(磷酸盐缓冲液)。在饮用水中添加缓冲液或利培酮(20mg/ml)。隔日采集基线粪便，持续15周，从中收获内脏脂肪组织。图2b显示对照动物
(绿色)、接受产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌(蓝色)、或产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌+利培酮(洋红色)、或不能产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌+利培酮(红色)的动物的身体质量增加。仅接受利培酮的动物与红线近乎相同(未显示数据)。与接受利培酮加不能产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌的动物相比，利培酮加产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌处置的小鼠中(洋红色)，处置的第64天增重消除，据wilcoxon检验*p<0.05，尽管相比对照动物(绿色)或仅细菌处置的小鼠(蓝色)仍有一些增重。
[0055]
第64天切取各小鼠的内脏脂肪垫，称重，定量。如图2c中所示，相比仅接受利培酮处置的动物，接受利培酮处置并且接受能产罗伊特环素的罗特氏乳杆菌的小鼠的脂肪垫显著减少(wilcoxon，*p<0.05)。
[0056]
讨论：该实施例表明，罗伊特环素处置避免利培酮处置相关的增重。以上数据提示，罗伊特环素可开发成为减重剂或用于避免或消除某些药物治疗相关的增重。
[0057]
实施例2-随机森林和线性模型可预测抗精神病药引起的增重
[0058]
我们鉴定了表征利培酮处置动物和罗伊特环素处置动物内微生物群系的一组分类改变。采用称为随机森林(rf)的机器学习方法，我们用这些差异建立了一个预测模型。该模型的基本(最少)组成部分及其相对重要性如图3所示。该模型可用于预测第二代抗精神病药中其他药物(包括奥氮平)在受治动物中引起的增重(auc＝0.95)。该结果提示：1)利培酮处置引起的致肥胖症性微生物群系改变同样可见于其他抗精神病药反应；以及，2)可采用罗伊特环素或者产罗伊特环素的益生菌(罗特氏乳杆菌lth2584株)来治疗其他抗精神病药引起的肥胖症。
[0059]
采用以上观察到的改变，我们建立了一个线形模型来预测利培酮处置动物的增重。我们发现，该线形模型预测了使用利培酮、罗伊特环素处置和益生菌菌株lth2584处置相关的增重(图4，斯皮尔曼秩-序相关性检验，p＝0.000748)。在模型构建和模型评价之前，随机分配训练组和测试组并彼此分开。我们用奥氮平处置的动物对该模型进行了检验，发现它很好地预测了与其他抗精神病药相关的增重(图5，斯皮尔曼秩-序相关性检验，p<0.00001)。鉴定到的对表征利培酮、罗伊特环素处置和奥氮平处置来说重要的类群可适用于基于pcr的诊断来预测治疗效果和增重。
[0060]
为了提高预测的特异性，我们可以根据基因特异性差异来建立响应这些处置(利培酮和罗伊特环素)而增重的线形模型和治疗效果分类器。例如，相比益生菌lth2584处置的动物，利培酮处置的动物中嗜粘蛋白艾克曼菌菌株具有独特的26.1kb基因组标签。相比之下，lth2584益生菌处置的动物中，嗜粘蛋白艾克曼菌具有一独特的37.8kb片段(图6)。可建立基于pcr的检测来鉴定这些基因从而确定处置的效果。
[0061]
最后，我们在人数据组(粪便)中鉴定了20基因的罗伊特环素合成样基因簇(blastp，e-值＝<0.0005)，它们在健康人对照(n＝50)中的丰度差异性地高于采样时报道增重的前驱糖尿病患者(n＝40)。这些基因以及其他特异性基因趋势可纳入随机森林和线形模型来预测人的增重。这些数据提示，罗伊特环素样分子在人对象中起一定的作用。
[0062]
本发明不局限于上述实施例，而是包括权利要求范围内的所有改动与变换。