用于微生物植入的方法和组合物与流程

交叉引用本申请要求2018年7月19日提交的第62/700,682号美国临时专利申请的权益，该美国临时申请通过引用整体并入本文。
背景技术：
：微生物组在维持身体的生理功能方面可以发挥重要作用。微生物组的生态失调可导致多种病症。基于微生物的疗法可用于保持肠道健康和治疗微生物组相关的病症。生物保藏本申请包含对生物材料保藏的提及。以下生物材料已经保藏在manassas,va的美国典型培养物保藏中心(atcc)，并具有以下名称、保藏号和保藏日期：拜氏梭菌(clostridiumbeijerinckii)(pta-123634，2016年12月07日保藏)；和丁酸梭菌(clostridiumbutyricum)(pta-123635，2016年12月07日保藏)。技术实现要素：在一些方面，本公开提供了一种组合物，其包含治疗有效量的分离并纯化的产丁酸微生物，其中在受试者中存在粘蛋白降解微生物的情况下，所述产丁酸微生物在所述受试者中的植入增加。在一些实施方案中，所述植入通过所述受试者中所述产丁酸微生物的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，如通过qpcr或测序所测量的，相对于缺乏所述粘蛋白降解微生物的受试者，所述受试者中所述产丁酸微生物的核酸的量增加至少约一个数量级显示出所述产丁酸微生物的植入的增加。在一些实施方案中，所述测量包括使用菌株特异性引物。在一些实施方案中，所述测量是对施用所述组合物后所述受试者的粪便样品进行的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少12小时采集的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少7天采集的。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于将所述产丁酸微生物植入所述受试者的胃肠道中。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物和所述粘蛋白降解微生物共定位于所述受试者的胃肠道的区域。在一些实施方案中，所述胃肠道的区域是回肠区域、结肠区域或两者。在一些实施方案中，所述受试者在所述植入之前缺乏所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含所述粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，在不存在所述组合物的情况下，所述受试者缺乏所述粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物仅在所述组合物中存在所述粘蛋白降解微生物的情况下植入。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物的植入在所述粘蛋白降解微生物植入所述受试者中之后发生。在一些实施方案中，在所述受试者中不存在所述粘蛋白降解微生物的情况下，所述产丁酸微生物不植入。在一些实施方案中，在所述粘蛋白降解微生物的存在下，所述受试者中所述产丁酸微生物的植入增加至少约5％。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，产丁酸微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在到达所述受试者的肠区之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物和所述粘蛋白降解微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些实施方案中，所述组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其组合。在一些实施方案中，所述组合物被配制成基本上干燥的粉末。在一些实施方案中，所述产丁酸微生物来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述组合物包含乳。在一些实施方案中，所述组合物不包含乳。在一些方面，本公开提供了一种组合物，其包含治疗有效量的包含第一微生物和第二微生物的分离并纯化的微生物群体，其中所述第二微生物在受试者中的植入需要所述第一微生物在所述受试者中的植入。在一些实施方案中，所述第一微生物在所述第二微生物之前植入所述受试者中。在一些实施方案中，在所述第一微生物的植入、所述第二微生物的植入或两者之前，所述受试者缺乏所述第一微生物、所述第二微生物或两者。在一些实施方案中，所述植入在所述受试者的胃肠道中发生。在一些实施方案中，在所述组合物中不存在所述第二微生物的情况下，所述第一微生物不植入。在一些实施方案中，所述第一微生物的植入通过所述受试者中所述第一微生物的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，所述第二微生物的植入通过所述受试者中所述第二微生物的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，如通过qpcr或测序所测量的，相对于未施用所述组合物或施用缺乏所述第一微生物的组合物的可比受试者，所述受试者中所述第二微生物的核酸的量增加至少约一个数量级显示出所述第二微生物的植入。在一些实施方案中，所述测量包括使用菌株特异性引物。在一些实施方案中，所述测量是对施用所述组合物后所述受试者的粪便样品进行的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少12小时采集的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少7天采集的。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于将所述第一或第二微生物植入所述受试者的胃肠道中。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物共定位于所述受试者的胃肠道的区域。在一些实施方案中，所述胃肠道的区域是回肠区域、结肠区域或两者。在一些实施方案中，所述第一微生物是粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述第二微生物是产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在到达所述受试者的肠区之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些实施方案中，所述组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其组合。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物被配制成所述组合物中的基本上干燥的粉末。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含乳。在一些实施方案中，所述组合物不包含乳。在一些方面，本公开提供了一种组合物，其包含治疗有效量的包含第一微生物和第二微生物的分离并纯化的微生物群体，其中所述第二微生物在受试者中的植入在所述第一微生物在所述受试者中植入后发生。在一些实施方案中，所述第一或第二微生物的植入通过所述受试者中的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，如通过qpcr或测序所测量的，相对于未施用所述组合物或施用缺乏所述第一微生物的组合物的可比受试者，所述受试者中所述第二微生物的核酸的量增加至少约一个数量级显示出所述第二微生物的植入。在一些实施方案中，所述测量包括使用菌株特异性引物。在一些实施方案中，所述测量是对施用所述组合物后所述受试者的粪便样品进行的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少12小时采集的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少7天采集的。在一些实施方案中，所述植入在所述受试者的胃肠道中发生。在一些实施方案中，在所述组合物中不存在所述第一微生物的情况下，所述第二微生物不植入。在一些实施方案中，所述第一微生物是粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述第二微生物是产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在所述受试者的肠之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些实施方案中，所述组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其组合。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物被配制成所述组合物中的基本上干燥的粉末。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含乳。在一些实施方案中，所述组合物不包含乳。在一些方面，本公开提供了一种组合物，其包含治疗有效量的包含第一微生物的分离并纯化的微生物群体，其中在受试者中不存在第二微生物的情况下，所述第一微生物不植入所述受试者中。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含所述第二微生物，其中所述第二微生物是分离并纯化的。在一些实施方案中，所述第二微生物是粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述第二微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述第一微生物是产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述第一微生物的植入通过所述受试者中所述第一微生物的相对丰度的增加来指示。在一些实施方案中，如通过qpcr或测序所测量的，相对于未施用所述组合物或施用缺乏所述第二微生物的组合物的可比受试者，所述受试者中所述第一微生物的核酸的量增加至少约一个数量级显示出所述第一微生物的植入。在一些实施方案中，所述测量包括使用菌株特异性引物。在一些实施方案中，所述测量是对施用所述组合物后所述受试者的粪便样品进行的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少12小时采集的。在一些实施方案中，所述粪便样品是在施用所述组合物后至少7天采集的。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在所述受试者的肠之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，该益生元为菊粉。在一些实施方案中，所述组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其组合。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物被配制成所述组合物中的基本上干燥的粉末。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含乳。在一些实施方案中，所述组合物不包含乳。在一些方面，本公开提供了一种用于施用于人类受试者的治疗组合物，所述治疗组合物包含治疗有效量的分离并纯化的基本上干燥的微生物群体，所述微生物群体包含第一微生物和第二微生物，其中所述群体当每天向缺乏所述第一微生物和所述第二微生物的野生型大鼠施用持续28天时，导致所述第一微生物在施用一天后植入并且所述第二微生物在施用7天后植入所述野生型大鼠中。在一些实施方案中，通过对所述野生型大鼠的粪便样品进行测定来测量所述植入。在一些实施方案中，所述测定包括检测所述粪便样品中的所述第一微生物和所述第二微生物的核酸。在一些实施方案中，所述基本上干燥的微生物群体来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述基本上干燥的微生物群体在所述人类受试者中是存活的。在一些实施方案中，所述治疗组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其任何组合。在一些实施方案中，所述治疗组合物包含乳。在一些实施方案中，所述治疗组合物不包含乳。在一些实施方案中，所述植入在胃肠道中发生。在一些实施方案中，所述第一微生物是粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述第二微生物是产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在所述受试者的肠之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些方面，本公开提供了一种用于施用于人类受试者的治疗组合物，所述治疗组合物包含治疗有效量的分离并纯化的基本上干燥的微生物群体，所述微生物群体包含第一微生物和第二微生物，其中所述群体当每天向缺乏所述第一微生物和所述第二微生物的野生型大鼠施用持续28天时，导致所述第一微生物和所述第二微生物在所述野生型大鼠的胃肠道中的植入，并且其中当所述第二微生物作为缺乏所述第一微生物的微生物群体施用时，其不植入所述野生型大鼠中。在一些实施方案中，通过对所述野生型大鼠的粪便样品进行测定来测量所述植入。在一些实施方案中，所述测定包括检测所述粪便样品中的所述第一微生物和所述第二微生物的核酸。在一些实施方案中，所述基本上干燥的微生物群体来源于非动物来源。在一些实施方案中，所述基本上干燥的微生物群体在所述人类受试者中是存活的。在一些实施方案中，所述治疗组合物基本上不含花生、小麦、大豆、贝类生物或其任何组合。在一些实施方案中，所述治疗组合物包含乳。在一些实施方案中，所述治疗组合物不包含乳。在一些实施方案中，所述第一微生物是粘蛋白降解微生物。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与akkermansiamuciniphila的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的同一性。在一些实施方案中，所述第一微生物是akkermansiamuciniphila。在一些实施方案中，所述第二微生物是产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与拜氏梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是拜氏梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与霍氏真杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是霍氏真杆菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与丁酸梭菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是丁酸梭菌。在一些实施方案中，所述第二微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与婴儿双歧杆菌的16srrna序列具有至少约95％的序列同一性。在一些实施方案中，所述第二微生物是婴儿双歧杆菌。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成包含肠溶衣的胶囊，并且其中所述胶囊在所述受试者的肠之前基本上不释放所述产丁酸微生物。在一些实施方案中，所述第一和第二微生物是严格厌氧菌。在一些实施方案中，所述组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，所述益生元是菊粉。在一些方面，本公开提供了分离并纯化的粘蛋白降解微生物，其包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约85％的序列同一性。在一些实施方案中，所述粘蛋白降解微生物能够在包含粘蛋白作为主要能量来源的培养基中生长。在一些实施方案中，所述微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约95％的同一性。在一些实施方案中，所述微生物包含16srrna序列，该16srrna序列与选自seqidno.1-6的序列具有至少约99％的同一性。在一些实施方案中，所述微生物包含16srrna序列，该16srrna序列包含选自seqidno.1-6的序列。在一些方面，本公开提供了一种在有需要的受试者中改变微生物组的方法，所述方法包括向所述受试者施用本公开的组合物，从而改变所述微生物组。在一些实施方案中，所述施用治疗所述受试者的病症。在一些实施方案中，所述病症为代谢紊乱。在一些实施方案中，所述病症为ii型糖尿病。在一些实施方案中，所述病症为肠易激综合征(ibs)。在一些实施方案中，所述病症选自：代谢失调、皮肤病症、神经障碍、生态失调、炎症或其任何组合。在一些实施方案中，所述微生物组是肠微生物组。在一些实施方案中，所述施用在抗生素方案完成后进行。援引并入本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。附图说明本发明的新颖特征在所附权利要求书中具体阐述。通过参考以下对利用本发明原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述以及附图，将会对本发明的特征和优点获得更好的理解，在这些附图中：图1描绘了说明性的微生物组相关的健康状况。图2描绘了粘蛋白降解微生物在增强产丁酸微生物的植入方面的说明性作用。粘蛋白降解微生物如akkermansiamuciniphila可以降解宿主粘蛋白，从而产生可被产丁酸微生物用作能量来源的糖。另外，粘蛋白降解微生物可产生短链脂肪酸，该短链脂肪酸可被产丁酸微生物用作丁酸生产的底物。外源微生物(例如，施用于受试者的微生物，可区别于受试者的微生物组中的内源微生物)的植入可导致健康益处。图3示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的啮齿动物研究的数据。菌株1是粘蛋白降解微生物，菌株5、6和8是产丁酸微生物。对应于第-1天的虚线框表示所有组的基线(即干预前)样品。对于4个研究组中的任何一个，基线均没有任何假阳性命中(hit)。这表明，用于检测的核酸探针对仅检测所施用的外源微生物是高度特异性的。另外，在基线时，研究大鼠缺乏在微生物组合物中施用的外源微生物。图4示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的啮齿动物研究的数据。菌株1是粘蛋白降解微生物，菌株5、6和8是产丁酸微生物。对应于第34天的虚线框表示所有组的洗脱(washout)(即干预后)样品。仅当微生物组合物还包含粘蛋白降解微生物菌株1时，才发生产丁酸微生物菌株8的植入(比较最下面一行，最右边的两个小图)。图5示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的啮齿动物研究第2天的数据。菌株1是粘蛋白降解微生物，菌株5、6和8是产丁酸微生物。在0小时时给予包含菌株1、5、6和8的微生物组合物。微生物组合物通过大鼠胃肠道的通过时间经计算在约8-16小时窗口内。在通过时间之前，在大鼠粪便物中检测到菌株1。这指示前一天施用引起的菌株1的可能的植入。通过在洗脱期检测到菌株1确认了这一点。因此，早期采集时间的检测信号与晚期采集时间的检测信号之比可以用作所施用的微生物的植入指示。图6示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的啮齿动物研究第27天的数据。菌株1是粘蛋白降解微生物，菌株5、6和8是产丁酸微生物。左列图中示出的组施用菌株1、5、6和8。右列图中示出的组施用菌株5、6和8。由于到干预的第27天，微生物1和8都已植入，因此对于施用菌株1+5+6+8的左图组，在0和0-8小时采集时间点检测到这两种微生物，即使通过时间约为8-16小时。因此，早期采集时间的检测信号与晚期采集时间的检测信号之比可以指示当前的植入状态。这可能是有利的，例如，因为采用最终洗脱期的方法只能在研究结束时报告植入状态。图7描绘了施用本公开的微生物组合物的示例性研究设计的概览。受试者参与的总持续时间可以是大约35天，在第0天基线访视之前3至7天进行筛查访视，在第0天开始施用和服用。在初始服用后，主动参与可以持续到第28天。箭头指示诊所访视，其在筛查时可以查看受试者的医学史，而在第7天、第14天、第21天和第28天可以查看临床史。在每次诊所访视时，可以收集粪便样品、临床化学、血液学概况、血浆scfa和/或细胞因子组。图8描绘了说明性数据，其显示在治疗的不同阶段，在施用本公开治疗组合物的受试者的粪便物中检测到的外源微生物特异性dna标志物的分数(相对于总dna)。在某些受试者的洗脱期检测到外源施用的微生物，证明已经发生了植入。图9描绘了示例性粪便采集装置。该装置可具有三个独立的组件：用于将采集桶定位在马桶上的稳定框架(a)；带条形码的粪便采集桶(b)；和带有采集日期和时间标签的粪便桶盖(c)。图10示出了在用于分离粘蛋白降解微生物的选择性培养基中的微生物生长。图11示出了由本公开的微生物产生的短链脂肪酸乙酸酯和丁酸酯的水平。图12描绘了说明性治疗组合物的稳定性。将治疗组合物储存在4℃或室温下，并测量并比较随时间推移存在的每克中的活性细胞。图13示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的人类研究的数据。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用安慰剂(最上面的图)，仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌的菌株；中间的图)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(最下面的图)，持续12周，随后是4周的洗脱期。每个矩形代表粪便样品中菌株基因组的相对丰度，如刻度所示。在仅施用产丁酸微生物的受试者中，只有两名在基线时(第0周)缺乏菌株9的受试者在洗脱时(第16周)表现出菌株9的植入。在施用产丁酸微生物和粘蛋白降解微生物的受试者中，七名在基线时缺乏菌株9的受试者在洗脱时表现出菌株9的植入，表明当与粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入增强。tgmf＝目标基因组质量分数。图14示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的人类研究的数据。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用安慰剂(右侧)，仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌的菌株；中间)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(左侧)，持续12周，随后是4周的洗脱期。每个矩形代表粪便样品中菌株基因组的相对丰度，如刻度所示。在仅施用产丁酸微生物的受试者中，两名在基线时(第0周)缺乏菌株9的受试者、两名在基线时缺乏菌株6的受试者和两名在基线时缺乏菌株5的受试者在洗脱时(第12周)表现出相应菌株的植入。在施用产丁酸微生物和粘蛋白降解微生物的受试者中，七名在基线时缺乏菌株9的受试者、六名在基线时缺乏菌株6的受试者和六名在基线时缺乏菌株5的受试者在洗脱时表现出相应菌株的植入。这些数据表明，当与粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入增强。图15a-b示出了来自评价本公开微生物组合物的植入的人类研究的数据。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌；上图)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(下图)，持续12周，随后是4周的洗脱期。处理受试者的粪便样品，并通过qpcr检测菌株的存在。图15a示出了qpcr反应的分数，其中在基线时(第0周)、施用的第4周、施用的第12周、4周的洗脱期后(第16周)检测到所示的菌株。图15b示出了qpcr反应的分数，其中在基线时(第0周)和洗脱期后(第16周)检测到所示的菌株。具体实施方式除非上下文另有明确规定，否则如本说明书和权利要求书中所使用的，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指示物。例如，“一个微生物”可包括多个微生物。术语“约”或“大约”意指在本领域普通技术人员测定的特定值的可接受误差范围内，该可接受误差范围将部分取决于该值如何测量或测定，即，测量系统的局限性。例如，根据本领域中的实践，“约”可指在1个或大于1个标准偏差内。或者，“约”可指给定值的最多20％、最多10％、最多5％或最多1％的范围。或者，该术语可指在数值的一个数量级以内，优选5倍以内，更优选2倍以内。在本申请和权利要求书中描述特定值的情况下，除非另有说明，否则应推定术语“约”意指在该特定值的可接受误差范围内。术语“微生物(microbes)”和“微生物(microorganisms)”在本文中可互换使用，并且可指细菌、古菌、真核生物(例如原生动物、真菌、酵母)和病毒，包括细菌病毒(即噬菌体)。本公开的微生物可以是外源微生物或内源微生物。外源微生物可以是在宿主微生物组中未发现的微生物。内源微生物可以是在宿主微生物组中存在的微生物。术语“微生物组”、“微生物群”和“微生物生境”在本文中可互换使用，并且可指寄居在受试者身体之上或之内的微生物的生态群落。微生物组可由共生、共栖和/或病原微生物组成。微生物组可存在于受试者的许多部位(如果不是大多数部位的话)之上或之中。微生物组的生境的非限制性实例可包括：体表、体腔、体液、肠、结肠、皮肤、皮肤表面、皮肤孔、阴道腔、脐区、结膜区、肠区、胃、鼻腔和通道、胃肠道、泌尿生殖道、唾液、粘液和粪便。术语“受试者”、“个体”、“宿主”和“患者”在本文中可互换使用，是指任何动物受试者，包括：人、实验室动物、家畜和家养宠物。受试者可以寄居有多种微生物。受试者可在其身体之上和之内的各种生境中具有不同的微生物组。该受试者可被诊断出疾病或被怀疑具有患病的高风险。受试者可具有导致疾病的微生物组状态(即，生态失调)。在一些情况下，受试者不一定被诊断出疾病或被怀疑具有患病的高风险。在一些情况下，受试者可以遭受感染或有发生感染或将感染传播给他人的风险。如本文所用的术语“治疗”和“处理”是指获得有益的或期望的结果(包括但不限于治疗益处和/或预防益处)的途径。例如，治疗可包括施用本文公开的系统或细胞群体。所谓治疗益处是指对治疗中的一种或多种疾病、状况或症状的任何治疗相关的改善或效果。对于预防益处，可将组合物施用于存在发展出特定疾病、状况或症状的风险的受试者，或施用于报告了疾病的一种或多种生理症状的受试者，即使疾病、状况或症状可能尚未表现出来。如本文所用的，术语“施用”、“给药”及其衍生术语是指可用于使药剂或组合物能够递送至期望的生物作用部位的方法。这些方法包括但不限于肠胃外给药(例如，静脉内、皮下、腹膜内、肌肉内、血管内、鞘内、鼻内、玻璃体内、输注和局部注射)、经粘膜注射、口服给药、以栓剂给药和局部给药。术语“有效量”或“治疗有效量”是指组合物的量，例如包含本公开的微生物的组合物的量，该量足以在施用于有需要的受试者后产生所需活性。在本公开的上下文中，术语“治疗有效的”是指足以延迟通过本公开的方法治疗的病症的表现、阻止其进展、缓解或减轻其至少一种症状的组合物的量。术语“16s”、“16s核糖体亚单位”和“16s核糖体rna(rrna)”在本文中可互换使用，并且可指原核生物(例如细菌、古菌)核糖体的小亚单位(例如30s)的组分。16srrna在微生物物种之间在进化上是高度保守的。因此，16s核糖体亚单位的测序可用来鉴定和/或比较样品中存在的微生物(例如微生物组)。术语“23s”、“23s核糖体亚单位”和“23s核糖体rna(rrna)”在本文中可互换使用，并且可指原核生物(例如细菌、古菌)核糖体的大亚单位(例如50s)的组分。23s核糖体亚单位的测序可用来鉴定和/或比较样品中存在的微生物(例如微生物组)。如本文所用的术语“同一性百分比(％)”是指在比对所述序列并在必要时引入空位以达到最大同一性百分比(即，可以在候选序列和参考序列之一或两者中引入空位以实现最佳比对，并且为了比较目的，可以忽略非同源序列)后，候选序列中与参考序列的氨基酸或核酸残基相同的氨基酸或核酸残基的百分比。旨在测定同一性百分比的比对可以以本领域技术中的各种方式来实现，例如使用可公开获得的计算机软件，如blast、align或megalign(dnastar)软件。可以通过使用blast将测试序列与比较序列进行比对，确定所比对的测试序列中与比较序列相同位置的氨基酸或核苷酸相同的氨基酸或核苷酸的数目，并将相同氨基酸或核苷酸的数目除以比较序列中氨基酸或核苷酸的数目，来计算这两个序列的同一性百分比。术语“植入”，也称为定殖，可在微生物成为宿主微生物组的一部分时发生。植入可导致受试者中微生物的相对丰度增加，例如，在施用微生物后。待植入受试者中的微生物可以是外源微生物(例如，宿主在施用微生物之前所缺乏的微生物)。或者，待植入受试者中的微生物可以是内源微生物(例如，已经存在于宿主中但是可以被施用以增加浓度或增强组合物中其他微生物的植入的微生物)。本文公开了用来增强微生物(例如，外源微生物)的植入的组合物和方法。如图1所示，可以施用微生物组合物以维持胃肠健康、治疗生态失调、治疗健康状况或其任何组合。植入增强微生物，例如粘蛋白降解微生物，可以增强微生物的植入，例如在微生物组合物中施用的微生物的植入。植入增强微生物可以存在于组合物中、受试者中(例如，内源的)或两者中。图2描绘了粘蛋白降解微生物在增强产丁酸微生物的植入方面的说明性作用。粘蛋白降解微生物如akkermansiamuciniphila可以降解宿主粘蛋白，从而产生可被产丁酸微生物用作能量来源的糖。另外，粘蛋白降解微生物可产生短链脂肪酸，该短链脂肪酸可被产丁酸微生物用作丁酸生产的底物。然后，所施用的微生物的植入可以在受试者中产生与丁酸相关的健康益处。本公开的说明性植入增强组合物可包含分离并纯化的第一微生物，以及分离并纯化的第二微生物，其中第二微生物在受试者中的植入需要例如在植入第二微生物之前进行第一微生物的植入。第一微生物可以是粘蛋白降解微生物。第二微生物可以是产丁酸微生物。本公开的另一种说明性植入增强组合物可包含分离并纯化的第一微生物，以及分离并纯化的第二微生物，其中第二微生物的植入在第一微生物的植入后发生。第一微生物可以是粘蛋白降解微生物。第二微生物可以是产丁酸微生物。本公开的另一种说明性植入增强组合物可包含分离并纯化的第一微生物，以及分离并纯化的第二微生物，其中在不存在第一微生物的情况下，第二微生物不植入。第一微生物可以是粘蛋白降解微生物。第二微生物可以是产丁酸微生物。本公开还提供了用来增强产丁酸微生物的植入的组合物和方法。说明性组合物包含分离并纯化的产丁酸微生物，其中在粘蛋白降解微生物的存在下，该产丁酸微生物的植入增加。粘蛋白降解微生物可以与产丁酸微生物共同施用。粘蛋白降解微生物可以在施用产丁酸微生物之前施用。粘蛋白降解微生物可以在施用产丁酸微生物之前存在于受试者中。本公开还提供了分离粘蛋白降解微生物的方法。说明性方法包括使用选择性生长培养基，例如包含粘蛋白作为能量来源的培养基。本公开还提供了粪便样品采集方法。在一些情况下，可以借助于机械工具或马桶座圈采样装置附件将粪便样品采集到人体之外。在一些情况下，粪便样品可以例如通过远程控制的保存设备原位(即在人体内部)采集。本公开还提供了用来评估微生物的植入的微生物组概况分析方法。非限制性示例性方法包括qpcr、测序、质谱法和代谢物概况分析。可以平行使用不同的微生物组概况分析方法来评估来自相同生物样品(例如整个粪便样品)的样品等分试样，以进行更准确的评价。本公开的组合物可包含粘蛋白降解微生物。粘蛋白降解微生物可以是可降解粘蛋白的微生物。粘蛋白降解微生物可以是可以在包含粘蛋白作为主要能量来源的选择性生长培养基上生长的微生物。粘蛋白降解微生物可以是akkermansiamuciniphila。粘蛋白降解微生物可以是具有16srrna序列的微生物，该16srrna序列与选自seqidno:1-6的16srrna序列具有至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的序列同一性。粘蛋白降解微生物可以是包含选自seqidno:1-6的16srrna序列的微生物。本公开的组合物可包含产丁酸微生物。产丁酸微生物可以是可产生丁酸的微生物。产丁酸微生物的非限制性实例包括拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌和普氏粪杆菌。本公开的组合物可包含微生物，该微生物编码参与丁酸产生的基因，例如丁酰辅酶a脱氢酶、β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶或3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶、巴豆酸酶、电子转移蛋白a、电子转移蛋白b或硫解酶。本公开的组合物可包含微生物，该微生物包含与选自丁酰辅酶a脱氢酶、β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶或3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶、巴豆酸酶、电子转移蛋白a、电子转移蛋白b和硫解酶的基因具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或具有100％序列同一性的基因。本公开的组合物可包含用于在受试者中产生丁酸的微生物的组合。例如，该组合可包括第一微生物和第二微生物。当给予能量来源(例如纤维)时，第一微生物可产生中间分子(例如乳酸、乙酸、粘蛋白衍生的糖)。第二微生物可将由第一微生物产生的中间分子转化为丁酸。可产生用于丁酸生产的中间分子的微生物的非限制性实例包括akkermansiamuciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌和长双歧杆菌。可以使用中间分子产生丁酸的微生物的非限制性实例包括拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌和普氏粪杆菌。组合物可包含至少一种用于产生丁酸中间体分子的微生物和至少一种用于将丁酸中间体转化为丁酸的微生物。该组合物可以另外包含供第一微生物产生丁酸中间体的底物。在一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila、婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌和霍氏真杆菌。在另一个说明性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和吲哚梭菌。在另一个说明性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila，以及青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、普氏粪杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌和霍氏真杆菌中的任一种或多种。在另一个说明性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和婴儿双歧杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和拜氏梭菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和丁酸梭菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和青春双歧杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和长双歧杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和普氏粪杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含青春双歧杆菌和吲哚梭菌。在另一个说明性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila、婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌和霍氏真杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含长双歧杆菌和普氏粪杆菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌和丁酸梭菌。在另一个非限制性实例中，组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌和akkermansiamuciniphila。在另一个非限制性实例中，组合物可包含拜氏梭菌、丁酸梭菌和akkermansiamuciniphila。在另一个非限制性实例中，组合物可包含婴儿双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌和akkermansiamuciniphila。在另一个非限制性实例中，组合物可包含akkermansiamuciniphila和霍氏真杆菌。本公开的组合物可包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种微生物，其中所述微生物可包含rrna序列(例如16srrna、23srrna和/或或内转录间隔区)，该rrna序列与选自下组的微生物的rrna(例如16srrna、23srrna和/或或内转录间隔区)序列具有至少约85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98、99％或99.5％的序列同一性：akkermansiamuciniphila、anaerostipescaccae、粪便拟杆菌(bacteroidesstercoris)、青春双歧杆菌(bifidobacteriumadolescentis)、双歧双歧杆菌(bifidobacteriumbifidum)、婴儿双歧杆菌(bifidobacteriuminfantis)、长双歧杆菌(bifidobacteriumlongum)、溶纤维丁酸弧菌(butyrivibriofibrisolvens)、丙酮丁醇梭菌(clostridiumacetobutylicum)、嗜胺梭菌(clostridiumaminophilum)、拜氏梭菌(clostridiumbeijerinckii)、丁酸梭菌(clostridiumbutyricum)、鹌鹑梭菌(clostridiumcolinum)、球形梭菌(clostridiumcoccoides)、吲哚梭菌(clostridiumindolis)、系结梭菌(clostridiumnexile)、园环梭菌(clostridiumorbiscindens)、丙酸梭菌(clostridiumpropionicum)、解木素梭菌(clostridiumxylanolyticum)、产气柯林斯菌(collinsellaaerofaciens)、屎肠球菌(enterococcusfaecium)、霍氏真杆菌(eubacteriumhallii)、直肠真杆菌(eubacteriumrectale)、普氏粪杆菌(faecalibacteriumprausnitzii)、产琥珀酸丝状杆菌(fibrobactersuccinogenes)、嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)、短乳杆菌(lactobacillusbrevis)、保加利亚乳杆菌(lactobacillusbulgaricus)、干酪乳杆菌(lactobacilluscasei)、高加索乳杆菌(lactobacilluscaucasicus)、发酵乳杆菌(lactobacillusfermentum)、瑞士乳杆菌(lactobacillushelveticus)、乳乳杆菌(lactobacilluslactis)、植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)、路氏乳杆菌(lactobacillusreuteri)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillusrhamnosus)、吉氏颤螺菌(oscillospiraguilliermondii)、roseburiacecicola、roseburiainulinivorans、ruminococcusfaecis、生黄瘤胃球菌(ruminococcusflavefaciens)、活泼瘤胃球菌(ruminococcusgnavus)、卵瘤胃球菌(ruminococcusobeum)、stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌(streptococcuscremoris)、屎链球菌(streptococcusfaecium)、婴儿链球菌(streptococcusinfantis)、变异链球菌(streptococcusmutans)、嗜热链球菌(streptococcusthermophilus)、anaerofustisstercorihominis、anaerostipeshadrus、anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌(clostridiumsporogenes)、破伤风梭菌(clostridiumtetani)、粪球菌属(coprococcus)、规则粪球菌(coprococcuseutactus)、柱状真杆菌(eubacteriumcylindroides)、长真杆菌(eubacteriumdolichum)、凸腹真杆菌(eubacteriumventriosum)、roseburiafaeccis、roseburiahominis、roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌(lacatobacillusbifidus)、约氏乳杆菌(lactobacillusjohnsonii)、乳杆菌(lactobacilli)、发酵氨基酸球菌(acidaminococcusfermentans)、肠氨基酸球菌(acidaminococcusintestine)、blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌(citrobacteramalonaticus)、弗氏柠檬酸杆菌(citrobacterfreundii)、氨基丁酸梭菌(clostridiumaminobutyricum)、clostridiumbartlettii、匙形梭菌(clostridiumcochlearium)、克氏梭菌(clostridiumkluyveri)、泥渣梭菌(clostridiumlimosum)、坏名梭菌(clostridiummalenominatum)、巴氏梭菌(clostridiumpasteurianum)、clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌(clostridiumsaccharobutylicum)、球孢梭菌(clostridiumsporosphaeroides)、斯氏梭菌(clostridiumsticklandii)、近端梭菌(clostridiumsubterminale)、共生梭菌(clostridiumsymbiosum)、假破伤风梭菌(clostridiumtetanomorphum)、氧化还原真杆菌(eubacteriumoxidoreducens)、eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌(methanobrevibactersmithii)、摩氏摩根氏菌(morganellamorganii)、不解糖嗜胨菌(peptoniphilusasaccharolyticus)和消化链球菌属(peptostreptococcus)。本公开的组合物可包含一种或多种分离并纯化的微生物，所述微生物选自：akkermansiamuciniphila、anaerostipescaccae、粪便拟杆菌、青春双歧杆菌、双歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、溶纤维丁酸弧菌、丙酮丁醇梭菌、嗜胺梭菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、鹌鹑梭菌、球形梭菌、吲哚梭菌、系结梭菌、园环梭菌、丙酸梭菌、解木素梭菌、产气柯林斯菌、屎肠球菌、霍氏真杆菌、直肠真杆菌、普氏粪杆菌、产琥珀酸丝状杆菌、嗜酸乳杆菌、短乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、高加索乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、乳乳杆菌、植物乳杆菌、路氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、吉氏颤螺菌、roseburiacecicola、roseburiainulinivorans、ruminococcusfaecis、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、卵瘤胃球菌、stenotrophomonasnitritireducens、酪链球菌、屎链球菌、婴儿链球菌、变异链球菌、嗜热链球菌、anaerofustisstercorihominis、anaerostipeshadrus、anaerotruncuscolihominis、生孢梭菌、破伤风梭菌、粪球菌属、规则粪球菌、柱状真杆菌、长真杆菌、凸腹真杆菌、roseburiafaeccis、roseburiahominis、roseburiaintestinalis、两杈乳杆菌、约氏乳杆菌、乳杆菌、发酵氨基酸球菌、肠氨基酸球菌、blautiahydrogenotrophica、无丙二酸柠檬酸杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、氨基丁酸梭菌、clostridiumbartlettii、匙形梭菌、克氏梭菌、泥渣梭菌、坏名梭菌、巴氏梭菌、clostridiumpeptidivorans、糖丁酸梭菌、球孢梭菌、斯氏梭菌、近端梭菌、共生梭菌、假破伤风梭菌、氧化还原真杆菌、eubacteriumpyruvativorans、史氏甲烷短杆菌、摩氏摩根氏菌、不解糖嗜胨菌和消化链球菌属。本公开的组合物可包含一种或多种来自选自下组的属的微生物：akkermansia、梭菌属、真杆菌属、双歧杆菌属和粪杆菌属。本公开的组合物可包含一种或多种来自选自下组的科的微生物：产碱杆菌科(alcaligenaceae)、双歧杆菌科(bifidobacteriaceae)、拟杆菌科(bacteroidaceae)、梭菌科(clostridiaceae)、红蝽菌科(coriobacteriaceae)、肠杆菌科(enterobacteriaceae)、肠球菌科(enterococcaceae)、erysipelotricaceae、真杆菌科(eubacteriaceae)、incertae-cedis-xiii、incertae-sedis-xiv、毛螺菌科(lachnospiraceae)、乳杆菌科(lactobacillaceae)、巴斯德氏菌科(pasturellaceae)、消化链球菌科(peptostreptococcaceae)、紫单胞菌科(porphyromonadaceae)、普雷沃氏菌科(prevotellaceae)、理研菌科(rikenellaceae)、瘤胃球菌科(ruminococcaceae)、链球菌科(streptococcaceae)、韦荣氏菌科(veillonellaceae)和疣微菌科(verrucomicrobiaceae)。本公开的组合物可包含一种或多种来自选自下组的门的微生物：放线菌门(actinobacteria)、拟杆菌门(bacteroidetes)、蓝菌门(cyanobacteria)、厚壁菌门(firmicutes)、梭杆菌门(fusobacteria)、变形菌门(proteobacteria)、螺旋体门(spirochaetes)、软壁菌门(tenericutes)和疣微菌门(verrucomicrobia)。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与akkermansia的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与双歧杆菌属的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与梭菌属的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与真杆菌属的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与疣微菌属的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与厚壁菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与乳杆菌属的种的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。在一些情况下，组合物不包含乳杆菌属的种。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：路氏乳杆菌(例如，路氏乳杆菌rc-14、路氏乳杆菌l22)、变异链球菌、stenotrophomonasnitritireducens及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自：路氏乳杆菌(例如，路氏乳杆菌rc-14、路氏乳杆菌l22)、变异链球菌、stenotrophomonasnitritireducens及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：鼠李糖乳杆菌、普氏粪杆菌、吉氏颤螺菌、园环梭菌、鹌鹑梭菌、嗜胺梭菌、卵瘤胃球菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自：鼠李糖乳杆菌、普氏粪杆菌、吉氏颤螺菌、园环梭菌、鹌鹑梭菌、嗜胺梭菌、卵瘤胃球菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：akkermansiamuciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自：akkermansiamuciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：akkermansiamuciniphila、拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自：akkermansiamuciniphila、拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌或其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自：拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含以下微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌、霍氏真杆菌、akkermansiamuciniphila或其任意组合。组合物可包含选自拜氏梭菌、丁酸梭菌、婴儿双歧杆菌、霍氏真杆菌、akkermansiamuciniphila及其任意组合的分离并纯化的微生物群体。组合物可包含治疗有效量的分离并纯化的微生物群体，其中该分离并纯化的微生物群体包含一种或多种微生物，所述微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与选自下组的微生物的rrna序列具有至少约70％、75％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性：akkermansiamuciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌、普氏粪杆菌及其任意组合。组合物可包含分离并纯化的微生物群体，所述微生物选自akkermansiamuciniphila、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、拜氏梭菌、丁酸梭菌、吲哚梭菌、霍氏真杆菌、普氏粪杆菌及其任意组合。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与akkermansiamuciniphila的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与anaerostipescaccae的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与青春双歧杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与双歧双歧杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与婴儿双歧杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与长双歧杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与溶纤维丁酸弧菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与丙酮丁醇梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与嗜胺梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与拜氏梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与丁酸梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与鹌鹑梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与球形梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与吲哚梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与系结梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与园环梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与丙酸梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与解木素梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与屎肠球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与霍氏真杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与直肠真杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与普氏粪杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与产琥珀酸丝状杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与嗜酸乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与短乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与保加利亚乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与干酪乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与高加索乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与发酵乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与瑞士乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与乳乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与植物乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与路氏乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与鼠李糖乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与吉氏颤螺菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与roseburiacecicola的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与roseburiainulinivorans的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与生黄瘤胃球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与活泼瘤胃球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与卵瘤胃球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与stenotrophomonasnitritireducens的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与酪链球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与屎链球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与婴儿链球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与变异链球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与嗜热链球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与anaerofustisstercorihominis的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与anaerostipeshadrus的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与anaerotruncuscolihominis的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与生孢梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与破伤风梭菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与粪球菌属的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与规则粪球菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与柱状真杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与长真杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与凸腹真杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与roseburiafaeccis的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与roseburiahominis的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与roseburiaintestinalis的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与产醋微生物的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与两杈乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含治疗有效量的分离并/或纯化的微生物，该微生物的rrna(例如，16srrna、23srrna和/或内转录间隔区)序列与约氏乳杆菌的rrna序列具有至少约85％、87％、90％、92％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的序列同一性。组合物可包含编码丁酸激酶(例如，ec2.7.2.7；metacycreactionidr11-rxn)的微生物。丁酸激酶是隶属于转移酶家族的酶，例如以羧基作为接受体转移含磷基团的酶(例如，磷酸转移酶)。该酶类别的系统名称可以是atp:丁酸酯1-磷酸转移酶。丁酸激酶可参与丁酸代谢。丁酸激酶可催化以下反应：本公开的组合物可包含具有丁酸辅酶a的微生物。丁酸辅酶a，亦即丁酰辅酶a，可以是丁酸的辅酶a活化形式。它可被丁酰辅酶a脱氢酶作用，并且可以是丙酮-丁醇-乙醇发酵中的中间化合物。丁酸辅酶a可参与丁酸代谢。本公开的组合物可包含编码丁酸辅酶a转移酶的微生物。丁酸辅酶a转移酶，也被称为丁酸-乙酰乙酸辅酶a转移酶，可隶属于例如辅酶a转移酶的转移酶家族。该酶类别的系统名称可以是丁酰辅酶a:乙酰乙酸辅酶a转移酶。其他常用名称可包括丁酰辅酶a-乙酰乙酸辅酶a转移酶(例如，ec2.8.3.9；metacycreactionid2.8.3.9-rxn)和丁酰辅酶a-乙酰乙酸辅酶a转移酶。丁酸辅酶a转移酶可催化以下化学反应：本公开的组合物可包含编码乙酸辅酶a转移酶(例如，ec2.8.3.1/2.8.3.8；metacycreactionidbutyrate-kinase-rxn)的微生物。本公开的组合物可包含编码丁酰辅酶a脱氢酶的微生物。丁酰辅酶a脱氢酶可隶属于氧化还原酶家族，例如以其他接受体作用于供体的ch-ch基团的酶。该酶类别的系统名称可以是丁酰辅酶a:接受体2,3-氧化还原酶。其他常用名称可包括丁酰脱氢酶、不饱和酰基辅酶a还原酶、乙烯还原酶、烯酰辅酶a还原酶、不饱和酰基辅酶a还原酶、丁酰辅酶a脱氢酶、短链酰基coa脱氢酶、短链酰基辅酶a脱氢酶、3-羟基酰基辅酶a还原酶和丁酰辅酶a:(接受体)2,3-氧化还原酶。丁酰辅酶a脱氢酶可参与的代谢途径的非限制性实例包括：脂肪酸代谢；缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解；和丁酸酯代谢。丁酰辅酶a脱氢酶可使用一种辅因子——fad。丁酰辅酶a脱氢酶可催化以下反应：本公开的组合物可包含编码β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶的微生物。β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶或3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶可隶属于氧化还原酶家族，例如，以nad+或nadp+为接受体作用于供体的ch-oh基团的酶。该酶类别的系统名称可以是(s)-3-羟基丁酰辅酶a:nadp+氧化还原酶。其他常用名称可包括β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶、l(+)-3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶、bhbd、脱氢酶、l-3-羟基丁酰辅酶a(烟酰胺腺嘌呤、磷酸二核苷酸)、l-(+)-3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶和3-羟基丁酰辅酶a脱氢酶。β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶可经由共同连接参与苯甲酸酯降解。β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶可参与丁酸酯代谢。β-羟基丁酰辅酶a脱氢酶可催化以下反应：本公开的组合物可包含编码巴豆酸酶的微生物。巴豆酸酶可包括具有例如脱卤素酶、水合酶、异构酶活性的酶。巴豆酸酶可与碳-碳键形成、断裂和硫酯的水解有关。巴豆酸酶超家族中的酶可包括，例如，可催化2-反式-烯酰辅酶a水合成3-羟基酰基辅酶a的烯酰辅酶a水合酶；可将不饱和脂肪酸氧化中间体的3-双键转移到2-反式位置的3-2反式烯酰辅酶a异构酶或十二碳烯酰辅酶a异构酶(例如，ec5.3.3.8)；可参与产生丁酸/丁醇的途径的3-羟基丁酰辅酶a脱水酶(例如，巴豆酸酶；ec4.2.1.55)；可催化4-氯苯甲酸辅酶a转化为4-羟基苯甲酸辅酶a的4-氯苯甲酰辅酶a脱卤素酶(例如，ec3.8.1.6)；可催化3-反式,5-顺式-二烯酰辅酶a异构化为2-反式,4-反式-二烯酰辅酶a的二烯酰辅酶a异构酶；可参与甲萘醌(例如，维生素k2)的生物合成的萘甲酸合酶(例如，menb或dhna合成酶；ec4.1.3.36)；可在大肠杆菌(escherichiacoli)中催化巴豆甜菜碱可逆转化为l-肉碱的肉碱消旋酶(例如，基因caid)；甲基丙二酰辅酶a脱羧酶(例如，mmcd；ec4.1.1.41)；可参与碳青霉烯生物合成的羧甲基脯氨酸合酶(例如，carb)；可催化双环β-二酮去对称化为旋光性酮酸的6-氧代樟脑水解酶；可催化脂肪酸β-氧化循环中最后三个反应的脂肪酸氧化复合物(多酶复合物)的α亚单位；以及可以是烯酰辅酶a水合酶的双功能rna结合同源物的auh蛋白。本公开的组合物可包含编码硫解酶的微生物。硫解酶，也被称为乙酰辅酶a乙酰基转移酶(acat)，例如可在甲羟戊酸途径中将两个单位的乙酰辅酶a转化成乙酰乙酰辅酶a。硫解酶可包括，例如，降解型硫解酶(例如，ec2.3.1.16)和生物合成型硫解酶(例如，ec2.3.1.9)。3-酮脂酰辅酶a硫解酶，也被称为硫解酶i，可参与降解途径，如脂肪酸β-氧化。乙酰乙酰辅酶a硫解酶，也被称为硫解酶ii，可对乙酰乙酰辅酶a的硫解具有特异性，并且可参与生物合成途径，如聚β-羟基丁酸合成或类固醇生物发生。硫解酶可催化以下反应：本公开的组合物可包含一种或多种专性厌氧菌。微生物可以是氧稳定的专性厌氧菌。本公开的微生物，如氧稳定的微生物，可以在大气条件下是稳定的，例如在含有至少约10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％或25％氧气的气氛中是稳定的。可以监测微生物的稳定性和活力至少约7天、14天、28天、30天、60天、84天、90天、120天、150天、180天、192天、365天或730天。微生物在至少约0℃、5℃、10℃、15℃、20℃、25℃或30℃的温度下可以是稳定的。一种或多种氧稳定的微生物可以在百万分之0(ppm)的氧气至100ppm的氧气下存活。氧稳定的微生物可以在至多0.1ppm、0.2ppm、0.3ppm、0.4ppm、0.5ppm、0.6ppm、0.7ppm、0.8ppm、0.9ppm、1ppm、1.2ppm、1.4ppm、1.6ppm、1.8ppm、2ppm、2.2ppm、2.4ppm、2.6ppm、2.8ppm、3ppm、3.2ppm、3.4ppm、3.6ppm、3.8ppm、4ppm、4.2ppm、4.4ppm、4.6ppm、4.8ppm、5ppm、10ppm或100ppm的氧气中存活。氧稳定的微生物可以在0％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.1％、1.2％、1.3％、1.4％、1.5％、1.6％、1.7％、1.8％、1.9％或2％的溶解氧(do)中存活。组合物可包含超过一个微生物群体。例如，组合物可包含至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个、至少20个、至少21个、至少22个、至少23个、至少24个、至少25个、至少26个、至少27个、至少28个、至少29个、至少30个、至少31个、至少32个、至少33个、至少34个、至少35个、至少36个、至少37个、至少38个、至少39个、至少40个、至少45个、或至少50个、或至少75个、或至少100个不同的微生物群体(例如，株、种、门、纲、目、科或属)。组合物可包含至多1个、至多2个、至多3个、至多4个、至多5个、至多6个、至多7个、至多8个、至多9个、至多10个、至多11个、至多12个、至多13个、至多14个、至多15个、至多16个、至多17个、至多18个、至多19个、至多20个、至多21个、至多22个、至多23个、至多24个、至多25个、至多26个、至多27个、至多28个、至多29个、至多30个、至多31个、至多32个、至多33个、至多34个、至多35个、至多36个、至多37个、至多38个、至多39个、至多40个、至多45个、或至多50个、或至多75个、或至多100个不同的微生物群体(例如，株、种、门、纲、目、科或属)。组合物可包含微生物的协同群体。与单独的微生物的稳定性相比，将不同的微生物组合在组合物中可以增加或帮助维持微生物在该组合物中的稳定性。例如，第一微生物的施用可能对受试者有益，并且第二微生物的施用可能对受试者有益，但是当将两种微生物一起施用于受试者时，其益处大于任一单独的益处。组合物中的微生物可以以相同的量或不同的量存在。例如，组合物中两种微生物之比可以是约1.5:1、1:1、1:1.5、1:2、1:3、1:4、1:5、1:10、1:25、1:50、1:100、1:1000、1:10,000或1:100,000。本公开的组合物和方法可用于治疗病症。该病症可以是与微生物组相关的病症。该病症可以是与生态失调(例如肠生态失调)相关的共病。所述病症可能与短链脂肪酸(scfa)的产生发生改变相关或由其引起。scfa可以是在脂肪族尾中具有6个或更少碳的脂肪酸亚组。scfa的非限制性实例包括乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸、3-甲基丁酸、戊酸、缬草酸、delphinicacid、异戊酸和丁酸。改变的scfa产生可由例如受试者微生物组的改变，如肠中产scfa微生物群体的减少、scfa产生途径的改变、scfa产生所需的底物、辅因子或益生元的改变或其任意组合引起。scfa相对于彼此的相对丰度的改变可导致病症。例如，改变的纤维至乙酸产生途径或改变的乙酸至丁酸产生途径可导致病症。病症可与受试者中丁酸的产生减少相关。丁酸可由肠中的产丁酸微生物使用例如膳食纤维来产生。肠中的丁酸产生可涉及微生物的组合，例如，产生丁酸中间体(例如乙酸或乳酸)的第一微生物，以及将丁酸中间体转化为丁酸的第二微生物。丁酸可被肠细胞吸收，并启动g蛋白偶联受体(gpcr)信号传导，从而导致胰高血糖素样肽-1(glp-1)分泌。由于它们的核心作用，诸如丁酸的scfa可能与许多身体功能有关。例如，减少炎症、调节肠通透性、改善葡萄糖控制、改善胰岛素不敏感性、免疫系统调节、促进饱腹感、减少饮食摄入、激活游离脂肪酸受体、瘦素产生、调节(例如抑制)nf-κb途径、改善离子保留，并改善肠对病原菌及其毒素的适应力，以及调节肠-脑轴。病症可以是代谢紊乱或胃肠病症。代谢紊乱的非限制性实例包括前驱糖尿病、胰岛素抵抗、糖尿病、i型糖尿病、ii型糖尿病、妊娠糖尿病、青少年糖尿病、代谢综合征、炎性肠病(ibd)、肠易激综合征(ibs)、肥胖、超重状况、缺血再灌注损伤如肝脏缺血再灌注损伤、脂肪肝病、非酒精性脂肪肝病(nafld)、酒精性脂肪性肝炎(ash)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、非肥胖受试者中的nafld(例如，不是由肥胖或体重过重问题引起的或不与之相关的nafld)、非肥胖受试者中的nash(例如，不是由肥胖或体重过重问题引起的或不与之相关的nash)、克罗恩病、结肠炎、溃疡性结肠炎、假膜性结肠炎、肾功能不全、肾病病理学、肾小球疾病、乳糖不耐受、胰岛素不敏感、胰岛素缺乏、胰岛素抵抗、葡萄糖耐受不良、腹泻、变应性腹泻、葡聚糖硫酸钠诱发的结肠炎、乳糜泻和胃肌轻瘫。在一些情况下，该病症可以是i型糖尿病。在一些情况下，该病症可以是2型糖尿病。在一些情况下，该病症可以是前驱糖尿病。在一些情况下，该病症可以是肠易激综合征(ibs)。在一些情况下，该病症可以是腹泻。病症可以是神经或行为障碍。神经障碍的非限制性实例包括但不限于神经活动障碍、焦虑、抑郁症、食物成瘾、慢性疲劳综合征、自闭症、自闭症谱系病症、asperger综合征、广泛性发育障碍、帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆、肌萎缩侧索硬化(als)、延髓性麻痹、假性延髓麻痹、原发性侧索硬化、运动神经元功能障碍(mnd)、轻度认知障碍(mci)、亨廷顿病、眼部疾病、年龄相关性黄斑变性、青光眼、视力减退、老花眼、白内障、进行性肌萎缩、下运动神经元疾病、脊髓性肌萎缩(sma)、werdnig-hoffman病(sma1)、sma2、kugelberg-welander病(sm3)、肯尼迪病、脊髓灰质炎后综合征和遗传性痉挛性截瘫。本公开的方法和组合物可用于例如稳定情绪、改善情绪、调节过度情感抑郁、减轻焦虑、减轻压力及其组合。在一些情况下，该病症可以是自闭症。在一些情况下，该病症可以是抑郁症。病症可以是免疫紊乱或免疫系统相关状况。免疫系统相关状况的非限制性实例包括变态反应、炎症、炎性病症、过敏性休克、自身免疫病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮(sle)、硬皮病、糖尿病、自身免疫性肠病、腹部疾病、克罗恩病、显微镜下结肠炎、溃疡性结肠炎、骨关节炎、骨质疏松症、口腔粘膜炎、炎性肠病、脊柱后凸、椎间盘突出、溃疡性哮喘、肾纤维化、肝纤维化、胰腺纤维化、心脏纤维化、皮肤伤口愈合和口腔粘膜下纤维化。在一些情况下，该病症可以是炎症。病症可以是皮肤或皮肤学病症。这类病症的非限制性实例包括皮肤健康状况、痤疮、银屑病、湿疹、皮疹、皱纹、瘙痒、感觉迟钝、丘疹鳞屑性病症、红皮病、扁平苔癣、苔癣样皮肤病、特应性皮炎、湿疹、嗜酸性粒细胞性皮肤病、反应性嗜中性粒细胞性皮肤病、天疱疮、类天疱疮、免疫大疱性皮肤病、皮肤纤维组织细胞增生、皮肤淋巴瘤和皮肤狼疮。在一些情况下，该病症可以是湿疹。在一些情况下，该病症可以是皮疹。病症可以是心血管状况。心血管状况的非限制性实例包括心绞痛、心律失常、动脉粥样硬化、心肌病、充血性心力衰竭、冠状动脉疾病(cad)、颈动脉疾病、心内膜炎、心脏病发作、冠状动脉血栓形成、心肌梗死(mi)、高血压(highbloodpressure)/高血压(hypertension)、主动脉瘤、脑动脉瘤、心肌纤维化、心脏舒张功能障碍、高胆固醇血症/高脂血症、心脏病、二尖瓣脱垂、周围血管疾病、外周动脉疾病(pad)、心脏应激抗性、中风、与胆固醇相关的病症和与甘油三酯升高相关的病症。病症可以是肺部病症。肺部状况的非限制性实例包括特发性肺纤维化(ipf)、慢性阻塞性肺病(copd)、哮喘、囊性纤维化、支气管扩张和肺气肿。病症可以是结缔组织病症。结缔组织病症的非限制性实例包括类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、硬皮病、结节病和韦格纳肉芽肿病。病症可以是癌症。癌症的非限制性实例包括结直肠癌、急性淋巴母细胞性白血病、急性髓样白血病、肾上腺皮质癌、aids相关癌症、aids相关淋巴瘤、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑肿瘤如小脑星形细胞瘤、大脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、幕上原始性神经外胚层肿瘤、视通路和下丘脑胶质瘤、乳腺癌、支气管腺瘤、伯基特淋巴瘤、原发不明癌症、中枢神经系统淋巴瘤、小脑星形细胞瘤、宫颈癌、儿童癌症、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性骨髓增生性病症、结肠癌、皮肤t细胞淋巴瘤、结缔组织增生性小圆细胞肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤因肉瘤、生殖细胞肿瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠类癌瘤、胃肠间质瘤、胶质瘤、毛细胞白血病、头颈癌、心脏癌、肝细胞(肝)癌、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌、卡波西肉瘤、肾癌、喉癌、唇与口腔癌、脂肪肉瘤、肝癌、肺癌如非小细胞和小细胞肺癌、淋巴瘤、白血病、巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤/骨肉瘤、髓母细胞瘤、黑素瘤、间皮瘤、转移性隐匿原发鳞状颈癌、口癌、多发性内分泌瘤病综合征、骨髓增生异常综合征、髓样白血病、鼻腔和副鼻窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤/骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢生殖细胞瘤、胰腺癌、胰岛细胞胰腺癌、副鼻窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤、松果体生殖细胞瘤、垂体腺瘤、胸膜肺母细胞瘤、浆细胞瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、皮肤癌、merkel细胞皮肤癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、胃癌、t细胞淋巴瘤、喉癌、胸腺瘤、胸腺癌、甲状腺癌、滋养细胞瘤(妊娠)、原发部位不明癌、尿道癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、维尔姆斯瘤和转移。病症可以是阴道病症。阴道状况的非限制性实例包括阴道病、细菌性阴道病、病毒性阴道病、外阴阴道炎、酵母感染、早产、生育力相关的状况(例如，低生育力)、毛滴虫、外阴痛冲洗后续治疗、外阴前庭炎、外阴痛、阴道冲洗。在冲洗后(例如，在患有外阴痛的受试者冲洗后)可以使用本公开的组合物。病症可以是牙科病症。牙科病症的非限制性实例包括牙龋洞和口臭。病症可以是妊娠相关状况。妊娠相关状况的非限制性实例包括早产、未足月产、妊娠期肥胖或妊娠糖尿病。本公开的组合物可以施用于怀有将要通过剖腹产生产的婴儿的孕妇和/或施用于通过剖腹产生产的婴儿。本公开的组合物可以施用于婴儿、孕妇或两者，以减少这些婴儿或母亲中肠病原体或本文所述的任何病症的出现。该婴儿可以是通过剖腹产分娩的婴儿。该婴儿可以是配方食品喂养的婴儿。病症可以是睡眠障碍、多发性硬化、感染如艰难梭菌(clostridiumdifficile)感染、泌尿生殖系统病症、鹅口疮、糖尿病足溃疡、菌血症、婴儿腹绞痛、尿路感染、放射性肠病、阑尾炎、特应性疾病、衰老、与年龄相关的病症、过早衰老病症、化学疗法或放射疗法诱发的状况、与禁食有关的状况、转移或与药物代谢相关的状况。本公开的组合物可以在抗生素治疗后施用(例如在儿童中)。可以将本公开的组合物施用于已进行减肥手术(例如，减肥手术后)的受试者。本公开的组合物可作为抗体/免疫疗法伴侣来施用。可以施用本公开的组合物以治疗本文描述的任何病症的共病。组合物可包含益生元。益生元可影响微生物在宿主中的生长或活性。益生元可以例如在结肠中选择性发酵。益生元可充当微生物的能量来源。益生元的非限制性实例包括复合碳水化合物、复合糖、抗性糊精、抗性淀粉、氨基酸、肽、营养化合物、生物素、聚右旋糖、寡糖、多糖、果寡糖(fos)、果聚糖、可溶性纤维、不溶性纤维、纤维、淀粉、半乳寡糖(gos)、菊粉、木质素、车前草、壳多糖、壳聚糖、树胶(例如瓜尔胶)、高直链淀粉玉米淀粉(has)、纤维素、β-葡聚糖、半纤维素、乳果糖、甘露寡糖、寡甘露聚糖(mos)、富含低聚果糖的菊粉、低聚果糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式半乳寡糖、果胶、抗性淀粉、木寡糖(xos)、刺槐豆胶、p-葡聚糖和甲基纤维素。可以配制益生元和微生物的组合，以创建不需要任何外部输入的完全自给自足的系统。这样的组合可提供用于在受试者中产生氨基酸、多酚、维生素和其他具有营养价值的化合物的完整体系。可用产scfa的微生物和益生元的组合来治疗受试者，该组合包含膳食纤维和产scfa的微生物的活性所需的其他物质。以这种方式，该益生元和微生物形成自给自足的体系，其中该微生物将益生元膳食纤维转化为scfa(例如，丁酸、乙酸、丙酸)，这可触发用于治疗病症的下游信号传导。本公开的组合物和方法可以增加微生物在受试者中的植入。植入可以通过受试者中微生物的相对丰度的增加来指示。在说明性方法中，可以通过测量在微生物施用前(例如，基线样品)和施用后(例如，洗脱期样品)从受试者获得的生物样品(例如，用于评估肠微生物组的粪便样品)中待植入的微生物的核酸的相对量来确定受试者中微生物的植入。所施用的微生物的植入可导致相对于基线样品或对照，洗脱样品中微生物的核酸量增加。核酸的量可以使用测序或qpcr来确定。微生物的靶标特异性引物可用于测定植入。在另一种说明性方法中，可以通过相对于第二受试者或第二组受试者，测量从一个受试者或一组受试者获得的生物样品(例如，用于评估肠微生物组的粪便样品)中微生物的核酸的相对量来确定受试者中微生物的植入。第一受试者或第一组受试者可以已经施用了本公开的组合物(例如，包含至少一种粘蛋白降解微生物和至少一种产丁酸微生物)。第二受试者或第二组受试者可以已经施用了安慰剂、本公开的备选组合物或对照组合物(例如，包含产丁酸微生物但不包含粘蛋白降解微生物的组合物)。例如，可以在施用组合物期间，或在洗脱期后，获得生物样品。所施用的微生物的植入可导致相对于第二受试者或第二组受试者，第一受试者或第一组受试者中微生物的核酸量增加。核酸的量可以使用测序或qpcr来确定。微生物的靶标特异性引物可用于测定植入。本公开的组合物和方法可使受试者中微生物的植入(例如，如通过测量微生物的核酸所确定的)相对于对照(例如，基线或治疗前)增加至少约1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或更多倍。本公开的组合物和方法可使受试者中微生物的植入相对于对照(例如，基线或治疗前)增加至少约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。本公开的组合物和方法可使受试者中微生物的植入相对于对照(例如，基线或治疗前)增加约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。本公开的组合物和方法可使受试者中的scfa产生相对于对照(例如，基线或治疗前)增加至少约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或95％。本公开的组合物和方法可使受试者中的scfa产生相对于对照(例如，基线或治疗前)增加约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或95％。本公开的组合物和方法可使受试者中的丁酸产生相对于对照(例如，基线或治疗前)增加至少约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或95％。本公开的组合物和方法可使受试者中的丁酸产生相对于对照(例如，基线或治疗前)增加约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或95％。对照样品可指基线样品，如在施用组合物之前采集的样品。对照可指缺乏增强其他微生物的植入的微生物的微生物组合物。对照可指安慰剂样品。本文所述的微生物组合物可用来制备包含治疗有效量的用于治疗受试者的组合物的药物组合物。本公开的药物组合物可以是任何本文所述微生物与其他组分如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和赋形剂的组合。该药物组合物可有助于将所述微生物施用于受试者。待施用的治疗组合物的合适的量、治疗次数和单位剂量可根据受试者和/或该受试者的疾病状态而变化。组合物可以作为治疗剂或化妆品施用。本公开的组合物可包含被配制为基本上干燥的粉末形式的分离并纯化的微生物。所述分离并纯化的微生物可以从微生物培养物的冻干获得。冻干组合物可在施用之前与盐水或其他溶液混合。组合物可包含活的微生物。例如，微生物组合物包含一旦被递送至目标生境(例如肠)即可复制的微生物。在一些情况下，该组合物可能不包含孢子。组合物可具有至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的保存期限。可以配制包含专性厌氧微生物的组合物，以减少或消除对氧气的暴露，以便延长保存期限。本文公开的组合物可被配制成食品或饮料产品、化妆品或营养补充品。微生物组合物可被配制成膳食补充剂。微生物组合物可合并有维生素补充剂。微生物组合物可被配制成可咀嚼形式，如益生菌胶剂(gummy)。微生物组合物可并入到食品和/或饮料形式中。可并入微生物组合物的食品和饮料的非限制性实例包括，例如，棒、摇粒(shakes)、果汁、婴儿配方食品、饮料、冷冻食品、发酵食品，以及培养的乳制品，如酸奶、酸奶饮料、奶酪、嗜酸菌饮料和开菲尔(kefir)。组合物可被配制用于释放至受试者的胃肠道的适当部分。胃肠道区域的非限制性实例包括十二指肠，包括十二指肠、空肠、回肠的小肠区域，以及包括盲肠、结肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠、直肠和肛管的大肠区域。该组合物可被配制用于递送至胃肠道的回肠或结肠区域。组合物可被配制用于通过任何合适的递送方法来递送。递送途径的非限制性实例包括局部、口服、肠胃外、直肠、粘膜、阴道和肠/胃肠途径。可以采用施用途径的组合。组合物可以口服施用，例如，通过旨在于消化道中释放该组合物的胶囊、丸剂、粉末、片剂、凝胶或液体施用。在一个非限制性实例中，微生物组合物可被配制用于口服施用，例如在丸剂或胶囊中。该组合物可包含肠溶衣，例如以防止内容物在受试者的胃中释放。可将组合物设计为在受试者的胃肠区域(例如，上结肠；回肠、结肠区域)中基本释放该组合物的内容物。肠溶衣可保护组合物，例如口服组合物，如丸剂或胶囊的内容物免受胃的酸性侵害。肠溶衣可提供向回肠和/或结肠上部区域的递送。微生物组合物可以被配制为使得该组合物的内容物可能无法在除受试者的肠区域，例如回肠和/或结肠区域以外的身体部位释放。肠溶衣的非限制性实例包括ph敏感性聚合物(例如，eudragitfs30d)、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、乙酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、羟丙基甲基纤维素乙酸琥珀酸酯(例如羟丙甲纤维素乙酸琥珀酸酯)、聚乙烯乙酸邻苯二甲酸酯(pvap)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、虫胶、醋酸偏苯三酸纤维素、藻酸钠、玉米醇溶蛋白、其他聚合物、脂肪酸、蜡、虫胶、塑料和植物纤维。肠溶衣可由ph敏感的聚合物形成。肠溶衣可由eudragitfs30d形成。可将肠溶衣设计成在任何合适的ph下溶解。可将肠溶衣设计成在高于约ph6.5至约ph7.0的ph下溶解。可将肠溶衣设计成在高于约ph6.5的ph下溶解。可将肠溶衣设计成在高于约ph7.0的ph下溶解。可将肠溶衣设计成在高于约5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9或8个ph单位的ph下溶解。可将肠溶衣设计成在肠中，例如在回肠和/或结肠区域中溶解。可将肠溶衣设计成不在胃中溶解。组合物可以局部施用。所述组合物可以被配制成可局部施用的组合物，如溶液、悬浮液、洗剂、凝胶、糊剂、药棒、香脂、乳膏、软膏、液体、包裹剂、粘合剂或贴剂。所述组合物可以含有增溶剂、稳定剂、张度增强剂、缓冲液和防腐剂。例如，对于包含例如丁酸、丙酸、乙酸和短链脂肪酸的组合物，组合物可通过注射来施用。组合物可使用栓剂或通过灌肠剂来施用。可以采用施用途径的组合。本公开的组合物可作为粪便移植过程的一部分来施用。可通过管，例如鼻胃管、鼻空肠管、鼻十二指肠管、口腔胃管、口腔空肠管或口腔十二指肠管将组合物施用于受试者。可通过结肠镜术、内窥镜术、乙状结肠镜术和/或灌肠将组合物施用于受试者。组合物可包含代谢物、细菌素、酶、抗微生物肽、抗生素、益生元、益生菌、聚糖、噬菌体及其任何组合。组合物可包含：菊粉、蔗糖、海藻糖、甘油、麦芽糊精、羟丙基甲基纤维素或其组合。所述组合物可包含例如代谢物，以在微生物可产生其自身代谢物之前辅助治疗剂的初始功效。代谢物可以包括短链脂肪酸，其可以是在其脂肪族尾中具有6个或更少碳的脂肪酸亚组，例如乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸、3-甲基丁酸、戊酸、缬草酸、delphinicacid、异戊酸和丁酸。所述组合物可以冷藏储存，例如，储存在约-80℃、约-20℃、约-4℃或约4℃的温度下。本文提供的组合物可以在任何合适的温度下储存。储存温度可以是，例如，约0℃、约1℃、约2℃、约3℃、约4℃、约5℃、约6℃、约7℃、约8℃、约9℃、约10℃、约12℃、约14℃、约16℃、约20℃、约22℃或约25℃。储存温度可以是约2℃至约8℃。微生物组合物在低温，例如约2℃至约8℃下储存，可保持微生物存活并增加该组合物的有效性。冷却条件也可以为患者提供舒缓的缓解。用冷冻保护剂在低于0℃的冷冻温度下储存可进一步延长稳定性。本公开的组合物可处于任何合适的ph。该组合物的ph可在约3至约12的范围内。该组合物的ph可以是，例如约3至约4、约4至约5、约5至约6、约6至约7、约7至约8、约8至约9、约9至约10、约10至约11或约11至约12个ph单位。该组合物的ph可以是，例如约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11或约12个ph单位。该组合物的ph可以是，例如至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11或至少12个ph单位。该组合物的ph可以是，例如至多3、至多4、至多5、至多6、至多7、至多8、至多9、至多10、至多11或至多12个ph单位。该组合物的ph可以是，例如，约2.0、约2.1、约2.2、约2.3、约2.4、约2.5、约2.6、约2.7、约2.8、约2.9、约3.0、约3.1、约3.2、约3.3、约3.4、约3.5、约3.6、约3.7、约3.8、约3.9、约4.0、约4.1、约4.2、约4.3、约4.4、约4.5、约4.6、约4.7、约4.8、约4.9、约5.0、约5.1、约5.2、约5.3、约5.4、约5.5、约5.6、约5.7、约5.8、约5.9、约6.0、约6.1、约6.2、约6.3、约6.4、约6.5、约6.6、约6.7、约6.8、约6.9或约7.0个ph单位。如果ph在配制者所期望的范围之外，则可使用足够的药学上可接受的酸和碱来调节ph。该组合物的ph可以是约4至约6个ph单位。该组合物的ph可以是约5.5个ph单位。可在施用本公开的组合物之前进行例如结肠净化方法，如结肠灌洗/水疗法，灌肠，轻泻剂、膳食补充剂、膳食纤维、酶和镁的施用。可将本公开的微生物配制为孢子群体。含孢子的组合物可通过本文所述的任何合适的途径施用。口服施用的含孢子组合物可在胃的低ph环境中存活。所采用的孢子的量可以是，例如，整个组合物的约1％w/w至约99％w/w。在一些情况下，微生物组合物不包含孢子。本文提供的组合物可包括向治疗剂或化妆品中添加一种或多种试剂，以便增强微生物组合物的稳定性和/或存活率。稳定剂的非限制性实例包括遗传元件、甘油、抗坏血酸、脱脂乳、乳糖、吐温、藻酸盐、黄原胶、角叉菜胶、甘露醇、棕榈油和聚-l-赖氨酸(popl)。组合物可包含重组微生物或经遗传修饰的微生物。例如，该组合物包含可被调节的微生物，如包含用来控制微生物生长的操纵子的微生物。可以为受试者定制组合物。包括例如年龄、性别和体重的受试者特定数据可与分析结果组合，以提供为该受试者定制的治疗剂。例如，对于相对于年龄和性别匹配的健康受试者亚群发现特定微生物含量低的受试者的微生物组，可以向其中提供包含该特定微生物的治疗和/或美容组合物，以匹配同该受试者具有相同年龄和性别的健康受试者亚群的微生物组。组合物可在用抗微生物剂如抗生素治疗后施用。例如，组合物可在用抗生素治疗后12小时、1天、3天、1周、2周或1个月施用。组合物可在受试者摄取食物之前或之后施用。在说明性实例中，组合物在受试者摄取食物之前施用。例如，当在食物摄取之前施用时，该组合物可能更有效或更强效。例如，可在受试者摄取食物之前约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该组合物。例如，可在受试者摄取食物之前至少约5分钟、约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该组合物。例如，可在受试者摄取食物之前至多约10分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时、约6小时、约7小时、约8小时、约9小时、约10小时、约12小时或约1天施用该组合物。组合物可在受试者摄取食物之后施用。在一些情况下，当在食物摄取之后施用时，该组合物可能更有效或更强效。例如，可在受试者摄取食物之后至少约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天施用该组合物。例如，可在受试者摄取食物之后至多约1分钟、2分钟、3分钟、5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、5小时、10小时、12小时或1天施用该组合物。组合物可包含载体和赋形剂(包括但不限于缓冲液、碳水化合物、脂质、甘露醇、蛋白质、多肽或氨基酸如甘氨酸、抗氧化剂、抑菌剂、螯合剂、悬浮剂、增稠剂和/或防腐剂)，金属(例如铁、钙)，盐，维生素，矿物质，水，油(包括石油、动物、植物或合成来源的油，如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等)，盐溶液，右旋糖和甘油水溶液，调味剂，着色剂，防粘剂(detackifier)和其他可接受的添加剂、佐剂或粘合剂，达到近似的生理条件所需的其他药学上可接受的辅助物质，如ph缓冲剂、张度调节剂、乳化剂、湿润剂等。赋形剂的实例包括淀粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明胶、麦芽、大米、面粉、白垩、硅胶、硬脂酸钠、单硬脂酸甘油酯、滑石、氯化钠、干燥脱脂乳、甘油、丙二醇、水、乙醇等。适用于本公开的药学上可接受的赋形剂的非限制性实例包括制粒剂、粘合剂、润滑剂、崩解剂、甜味剂、助流剂、抗粘剂、抗静电剂、表面活性剂、抗氧化剂、树胶、包衣剂、着色剂、调味剂、分散增强剂、崩解剂、包衣剂、增塑剂、防腐剂、悬浮剂、乳化剂、植物纤维素材料和滚圆剂及其任意组合。药学上可接受的赋形剂的非限制性实例可见于例如remington:thescienceandpracticeofpharmacy,第19版(easton,pa.:mackpublishingcompany,1995)；hoover,johne.,remington’spharmaceuticalsciences,mackpublishingco.,easton,pennsylvania1975；liberman,h.a.andlachman,l.,eds.,pharmaceuticaldosageforms,marceldecker,newyork,n.y.,1980；和pharmaceuticaldosageformsanddrugdeliverysystems,第7版(lippincottwilliams&wilkins1999)，其中每一个均通过引用整体并入。组合物可基本上不含防腐剂。在一些应用中，该组合物可含有至少一种防腐剂。组合物可基本上不含粪便物。组合物可包封在合适的媒介物，例如脂质体、微球或微粒内。由聚合物或蛋白质形成的微球可被设计成通过胃肠道直接进入血流中。或者，可并入化合物，并植入微球或微球的复合物以供在从数天至数月的时间段内缓慢释放。可将组合物配制成无菌溶液或悬浮液。治疗或美容组合物可通过常规技术进行灭菌或者可以过滤除菌。所得水溶液可按原样包装以供使用或冻干。可将微生物组合物的冻干制剂包装成适于口服给药的形式，例如胶囊或丸剂。所述组合物可以局部施用并且可被配制成多种可局部施用的组合物，如溶液、悬浮液、洗剂、凝胶、糊剂、药物棒、药膏、乳膏和软膏。这类药物组合物可以含有增溶剂、稳定剂、张度增强剂、缓冲液和防腐剂。还可将所述组合物配制成直肠组合物，如灌肠剂、直肠凝胶、直肠泡沫、直肠气雾剂、栓剂、胶冻状栓剂或保留灌肠剂，该直肠组合物含有常规栓剂基质如可可脂或其他甘油酯，以及合成聚合物如聚乙烯吡咯烷酮、peg等。在栓剂形式的组合物中，可使用低熔点蜡，如任选地与可可脂组合的脂肪酸甘油酯的混合物。可利用包含赋形剂和助剂的一种或多种生理学上可接受的载体来配制微生物组合物，该载体有助于将微生物加工成药学上可使用的制品。可以根据所选的给药途径来改进组合物。本文所述的组合物可以以常规方式制备，例如借助常规的混合、溶解、制粒、制锭、水飞、包封、包埋、乳化或压缩工艺。可施用含有本文所述微生物的药物组合物以用于预防性和/或治疗性处理。在治疗性应用中，可以以足以治愈或至少部分阻止疾病或状况的症状或者治愈、治疗、改善或缓解该状况的量将该组合物施用于已经患有该疾病或状况的受试者。也可施用微生物组合物以减小状况发展、感染或恶化的可能性。对于这种用途有效的量可基于疾病或状况的严重程度和病程，既往治疗，受试者的健康状态、体重和对药物的反应以及主治医师的判断而变化。多种治疗剂可以以任意顺序施用或同时施用。如果同时施用，则可以以单一、统一的形式或以多种形式，例如作为多个独立的丸剂来提供所述多种治疗剂。所述组合物可以一起包装在一个包装中或独立地包装在多个包装中。可以以多个剂量来给予一种或全部治疗剂。如果并非同时施用，则多个剂量之间的时间可以变化长达约一个月。可以在疾病或状况发生之前、期间或之后施用本文所述的组合物，并且施用该组合物的时机可以变化。例如，该微生物组合物可用作预防剂并且可连续施用于具有状况或疾病倾向的受试者，以便减少发生该疾病或状况的可能性。可在症状发作期间或发作之后尽可能快地将该微生物组合物施用于受试者。可在症状发作的前48小时内、症状发作的前24小时内、症状发作的前6小时内或症状发作的3小时内开始该微生物组合物的施用。可使用本文所述的任何组合物，经由任何实用的途径，如通过本文所述的任何途径进行初始施用。可在检测到或怀疑疾病或状况发作之后尽可能快地施用微生物组合物，并持续治疗该疾病所需的时间长度，例如约1个月至约3个月。治疗的长度可因每个受试者而异。本公开的组合物可与另一种疗法联合施用，该疗法例如是免疫疗法、化疗、放疗、抗炎剂、抗病毒剂、抗微生物剂和抗真菌剂。本公开的组合物可被包装成试剂盒。试剂盒可包括关于该组合物的施用/使用的书面说明书。该书面材料可以是，例如标签。该书面材料可建议施用的条件和方法。该说明书为受试者和主管医师提供关于从疗法的施用中获得最佳临床结果的最佳指导。该书面材料可以是标签。该标签可由监管机构，例如美国食品和药品管理局(fda)、欧洲药品管理局(ema)或其他监管机构批准。组合物可被配制用于通过ph依赖性释放递送、微生物触发的递送、时间控制的递送、渗透调节的递送、压力控制的递送、多基质系统递送、生物粘附递送或多微粒递送来施用。该组合物还可被配制用于在小肠或大肠、结肠、直肠、胃、肛门或食管中释放。组合物可被配制用于延迟递送或缓慢递送内容物。本文所述的药物组合物可以是适合于单次施用精确剂量的单位剂型的形式。在单位剂型中，所述组合物可分为含有适量的一种或多种微生物组合物的单位剂量。该单位剂量可以是含有离散量的该组合物的包装的形式。非限制性实例是小瓶、安瓿中的液体，片剂或胶囊。水性悬浮液组合物可以被包装在不可重新封闭的单剂量容器中。该组合物可以是多剂量的形式。可重新封闭的多剂量容器可以例如与防腐剂组合使用。用于肠胃外注射的组合物可呈现为单位剂型，例如，在安瓿或具有防腐剂的多剂量容器中。所述剂型可以是固体、半固体或液体组合物的形式。适用于本发明的剂型的非限制性实例包括饲料、食品、丸粒、锭剂、液体、酏剂、气雾剂、吸入剂、喷雾剂、粉末、片剂、丸剂、胶囊、凝胶、凝胶片(geltab)、纳米悬浮液、纳米颗粒、微凝胶、栓剂锭、水性或油性悬浮液、软膏、贴剂、洗剂、洁齿剂、乳剂、乳膏、滴剂、可分散的粉末或颗粒、硬凝胶或软凝胶胶囊中的乳液、糖浆、植物性药剂(phytoceuticals)、保健品、膳食补充剂及其任意组合。微生物可以以任何合适的浓度存在于药物组合物中。微生物的浓度可以是，例如，约101至约1018个菌落形成单位(cfu)或活性细胞/克，在本文中可互换使用。微生物的浓度可以是，例如，约101、约102、约103、约104、约105、约106、约107、约108、约109、约1010、约1011、约1012、约1013、约1014、约1015、约1016、约1017或约1018cfu。微生物的浓度可以是，例如，至少约101、至少约102、至少约103、至少约104、至少约105、至少约106、至少约107、至少约108、至少约109、至少约1010、至少约1011、至少约1012、至少约1013、至少约1014、至少约1015、至少约1016、至少约1017或至少约1018cfu。微生物的浓度可以是，例如，至多约101、至多约102、至多约103、至多约104、至多约105、至多约106、至多约107、至多约108、至多约109、至多约1010、至多约1011、至多约1012、至多约1013、至多约1014、至多约1015、至多约1016、至多约1017或至多约1018cfu。微生物的浓度可以是约108cfu至约109cfu。微生物的浓度可以是约108cfu。微生物的浓度可以是约109cfu。微生物的浓度可以是约1010cfu。微生物的浓度可以是至少约108cfu。微生物的浓度可以是至少约109cfu。微生物在组合物中的浓度可以等于，例如约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100od单位。微生物在组合物中的浓度可以等于，例如至少约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100od单位。微生物在组合物中的浓度可以等于，例如至多约：1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90或100od单位。本公开的药物组合物可被配制成具有任何合适的治疗有效浓度的活性成分。例如，益生元的治疗有效浓度可以是至少约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可以是至多约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。例如，益生元的治疗有效浓度可以是约1mg/ml、约2mg/ml、约3mg/ml、约4mg/ml、约5mg/ml、约10mg/ml、约15mg/ml、约20mg/ml、约25mg/ml、约30mg/ml、约35mg/ml、约40mg/ml、约45mg/ml、约50mg/ml、约55mg/ml、约60mg/ml、约65mg/ml、约70mg/ml、约75mg/ml、约80mg/ml、约85mg/ml、约90mg/ml、约95mg/ml、约100mg/ml、约110mg/ml、约125mg/ml、约130mg/ml、约140mg/ml或约150mg/ml。药物组合物中益生元的浓度可以约为70mg/ml。该益生元可以是菊粉。本公开的组合物可被配制成以干粉形式具有任何合适的治疗有效浓度的活性成分。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计约50％至约100％的一种或多种益生元。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的一种或多种益生元。在一些情况下，益生元组合物是低聚半乳糖(gos)组合物。在一些情况下，该gos组合物包含二糖、三糖、四糖和五糖。在一些实施方案中，该gos组合物包含按干重计至少80％的二糖、三糖、四糖和五糖。在一些情况下，该gos组合物包含按干重计约0.1％至约5％的二糖、按干重计约30％至约75％的三糖、按干重计约15％至约45％的四糖和按干重计约1％至约20％的五糖。在一些情况下，该gos组合物包含按干重计约1％至约2％的二糖、按干重计约50％至约60％的三糖、按干重计约25％至约35％的四糖和按干重计约5％至约15％的五糖。在一些情况下，该gos组合物包含按干重计约50％至约100％的gos。在一些情况下，该gos组合物包含按干重计约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的gos。在一些情况下，药物组合物包含按干重计少于10％的可消化糖。在一些情况下，药物组合物包含按干重计少于5％、4％、3％、2％或1％的可消化糖。在一些情况下，所述益生元是菊粉。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计1％至50％的菊粉。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计1％至10％、10％至20％、20％至30％、30％至40％、40％至50％的菊粉。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计50％至100％的菊粉。在一些情况下，治疗组合物包含按干重计50％至60％、60％至70％、70％至80％、80％至90％、90％至100％的菊粉。使用治疗组合物的治疗过程可以变化。本公开的药物组合物可以每天施用例如1、2、3、4、5次或更多次。本公开的药物组合物可以例如每天、每隔一天、每周三次、每周两次、每周一次或以其他适当的间隔进行施用，以用于状况的治疗。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7、10、11、12、13、14、15、20、25、30天或更多天。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7周或更多周。本公开的药物组合物可以施用例如1、2、3、4、5、6、7个月或更多个月。本公开的治疗组合物可以施用一段时间，以使该组合物中的一种或多种微生物植入受试者的微生物组中(例如，如洗脱期后存在于粪便样品中所示)。第一次施用与第二次施用之间的时间可以变化。在一些情况下，第一次施用与第二次施用之间的时间可以是约30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、19小时、20小时、21小时、22小时、23小时或24小时。在一些情况下，第一次施用与第二次施用之间的时间可以是1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天或30天。在一些情况下，第一次施用与第二次施用之间的时间可以是1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月或更多个月。示例性的治疗计划可以是用第一剂量的治疗组合物治疗受试者至少3天，然后用第二剂量的治疗组合物治疗受试者至少3天。在一些治疗计划中，可以用第一剂量的治疗组合物治疗受试者最多14天，然后用第二剂量的治疗组合物治疗受试者最多14天。在一些治疗计划中，可以用第一剂量的治疗组合物治疗受试者7至14天，然后用第二剂量的治疗组合物治疗受试者7至14天。在一些治疗计划中，可以用第一剂量的治疗组合物治疗受试者7天，然后用第二剂量的治疗组合物治疗受试者7天。在一些治疗计划中，第一剂量和第二剂量可以相同。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量可以是第一剂量的微生物量的约2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍或50倍。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量是第一剂量的微生物量的至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少11倍、至少12倍、至少13倍、至少14倍、至少15倍、至少16倍、至少17倍、至少18倍、至少19倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍或至少50倍。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量是第一剂量的微生物量的至多2倍、至多3倍、至多4倍、至多5倍、至多6倍、至多7倍、至多8倍、至多9倍、至多10倍、至多11倍、至多12倍、至多13倍、至多14倍、至多15倍、至多16倍、至多17倍、至多18倍、至多19倍、至多20倍、至多30倍、至多40倍或至多50倍。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量可以比第一剂量的微生物量低约2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、20倍、30倍、40倍或50倍。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量比第一剂量的微生物量低至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少11倍、至少12倍、至少13倍、至少14倍、至少15倍、至少16倍、至少17倍、至少18倍、至少19倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍或至少50倍。在一些治疗计划中，第二剂量包含的微生物的量比第一剂量的微生物量低至多2倍、至多3倍、至多4倍、至多5倍、至多6倍、至多7倍、至多8倍、至多9倍、至多10倍、至多11倍、至多12倍、至多13倍、至多14倍、至多15倍、至多16倍、至多17倍、至多18倍、至多19倍、至多20倍、至多30倍、至多40倍或至多50倍。组合物可基本上不含变应原。变应原的非限制性实例包括贝类生物、甲壳类生物、花生、大豆、小麦、乳或乳制品和面筋。在一些情况下，组合物可包含乳。受试者可以是，例如，哺乳动物、人、孕妇、老年人、成年人、青少年、青春期前儿童、儿童、幼儿、婴儿、新生儿或新生婴儿。受试者可以是患者。受试者可以是人。受试者可以是儿童(即青春期年龄以下的年轻人)。受试者可以是婴儿。受试者可以是加入临床研究的个体。受试者可以是实验室动物，例如哺乳动物或啮齿动物。受试者可以是肥胖的或超重的受试者。受试者可以是配方食品喂养的婴儿。本公开提供了采集粪便样品的方法，以及从粪便样品加工并提取微生物以供进一步分析的方法。整个粪便样品可以借助于机械工具或采样装置来采集。图9中示出了示例性装置。其他非限制性机械工具或采样装置包括无菌容器、无菌管、拭子、匙、铲和刮刀。可以在整个治疗过程中的任何时间采集粪便样品。例如，可以在开始治疗前一天(第0天)采集粪便样品，其可用作进一步分析的基线。可以在开始治疗的当天(第1天)采集粪便样品。可以在第2天、第3天、第4天、第5天、第6天、第7天、第8天、第9天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第21天、第22天、第23天、第24天、第25天、第26天、第27天、第28天、第29天、第30天、第31天、第32天、第33天、第34天、第35天、第36天、第37天、第38天、第39天、第40天、第41天、第42天、第43天、第44天、第45天、第46天、第47天、第48天、第49天、第50天、第51天、第52天、第53天、第54天、第55天、第56天、第57天、第58天、第59天、第60天、第61天、第62天、第63天、第64天、第65天、第66天、第67天、第68天、第69天、第70天、第71天、第72天、第73天、第74天、第75天、第76天、第77天、第78天、第79天、第80天、第81天、第82天、第83天、第84天、第85天、第86天、第87天、第88天、第89天、第90天、第91天、第92天、第93天、第94天、第95天、第96天、第97天、第98天、第99天、第100天采集粪便样品，或者每天采集直到治疗过程结束。对于每个样品采集日，可以在一天中的任何时间采集粪便样品。在一些情况下，粪便样品可以在每个采集日采集一次，或者在每个采集日采集一次以上。在一些情况下，可以采集新鲜粪便拭子或直肠拭子以供进一步的微生物分析。在一些情况下，可以采集一匙粪便样品以供进一步的微生物分析。在一些情况下，可以采集整个粪便样品以供进一步的微生物分析。可以采集包含排便中所有粪便物的整个粪便样品，将其重悬在溶液中，然后等分，以供通过不同的微生物组概况分析方法进行平行评估。在一些情况下，可在排便后不久通过将其悬浮在pbs、水或保存溶液中来处理整个粪便样品。保存溶液的非限制性实例包括福尔马林、聚乙烯醇、硫柳汞-碘-甲醛、乙酸钠-乙酸-福尔马林、schaudinn固定剂、改性pva铜或锌、one-vial固定剂(如ecofix、parasafe、unifix、protofix、stf和其他可获得的)。保存溶液的终浓度(％v/v)可以是至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％。可将重悬的粪便样品在带有桨叶的匀浆器(例如，stomacher)中均化。然后可将均化的粪便样品分成2个或更多个子样品，以供不同的下游分析。在一些情况下，子样品的体积可以是约1ml、约2ml、约3ml、约4ml、约5ml、约6ml、约7ml、约8ml、约9ml或约10ml。在一些情况下，子样品的体积可以是0-1ml、1-2ml、2-3ml、3-4ml、4-5ml、5-6ml、6-7ml、7-8ml、8-9ml或9-10ml。为了保存粪便样品中的微生物群落，可将采集的粪便样品冷冻，或立即进行处理以提取遗传物质。在一些情况下，整个粪便样品在采集后立即冷冻，或在采集后5分钟内冷冻，或在采集后10分钟内冷冻，或在采集后15分钟内冷冻，或在采集后20分钟内冷冻，或在采集后30分钟内冷冻，或在采集后40分钟内冷冻，或在采集后50分钟内冷冻，或在采集后1小时内冷冻，或在采集后2小时内冷冻。在一些情况下，整个粪便样品可在-80℃或更低的温度下，或在-70℃或更低的温度下，或在-60℃或更低的温度下，或在-50℃或更低的温度下，或在-40℃或更低的温度下，或在-30℃或更低的温度下，或在-20℃或更低的温度下，或在-10℃或更低的温度下，或在0℃或更低的温度下冷冻。当样品暴露于人体外部的环境时，所采集的样品中可能会发生dna或rna的降解。为了更好地保存粪便样品中的微生物群落并防止样品降解，可以通过远程控制的样品采集机构原位采集粪便样品。远程控制机构可以确保样品采集步骤在所需的位置和所需的时间完成。原位样品采集机构可以进一步包含一些抑制剂，这些抑制剂将在样品采集后立即防止dna或rna降解。例如，摄入人体中的胶囊或等效采集工具可以可控制地定位在用于样品采集的所需位置。胶囊或等效采集工具可以具有“开”或“关”状态，其初始可以设置为“关”状态，以后当到达所需位置如横结肠、升结肠、降结肠、盲肠、回肠、空肠、十二指肠或直肠时可以切换至“开”状态。在“关”状态下，采集工具可能不会采集样品，而在“开”状态下，采集工具可以采集一个或多个样品。在一些情况下，可以通过计时器机构实现“开”状态。在一些情况下，可以通过ph传感器实现“开”状态。在一些情况下，可以通过外部无线电信号控制“开”状态。在一些情况下，可以通过上述机构的任意组合来控制“开”状态。胶囊或等效采集工具可包含灭活剂，以抑制可引起核酸或蛋白质降解的酶活性。用于核酸降解的酶可以包括但不限于各种5’至3’外切核酸酶、3’至5’外切核酸酶和内切核酸酶，例如，外切核酸酶i、外切核酸酶ii、外切核酸酶iii、外切核酸酶iv、外切核酸酶v、外切核酸酶vi、外切核酸酶vii、外切核酸酶viii、内切核酸酶。在一些情况下，原位采集工具可以是胶囊。在一些情况下，胶囊或等效采集工具可以进一步配备有用于从外部确定其在人体中，例如在肠中的位置的机构。在一些情况下，该机构可以是无线电。在一些情况下，该机构可以是rfid。可以使用不同的采集机构。在一些应用中，采集机构可以是注射器样设备，其可被激活以吸入样品。在一些应用中，采集机构可以是多孔膜或半透性基质，其可以膨胀以固定并灭活样品。在一些其他应用中，采集机构可以是具有可控门或帽或盖的胶囊腔室，该门或帽或盖可被打开以供样品采集。在一些情况下，可以使用在时间进程中摄入的一系列胶囊或等效采集工具以时间依赖性方式采集样品。以这种时间依赖性方式采集的样品可以用来追踪并创建人体状况的时间序列。本公开提供了微生物组概况分析方法。微生物组概况分析可用来评估所施用的微生物的植入。微生物组概况分析还可用来为受试者定制组合物。微生物组的概况分析方法在第14/437,133号美国专利申请中描述，该专利申请为了所有目的通过引用整体并入本文。示例性方法可包括至少一个以下步骤：从受试者获得生物样品；测量该受试者的生物样品中的至少一种微生物；根据该测量检测或测量至少一种微生物的存在或不存在；以及生成报告，该报告提供关于所确定的微生物组概况的详细信息。生物样品可以是来自受试者身体上的任何微生物生境的任何样品类型。微生物生境的非限制性实例包括皮肤生境、脐生境、阴道生境、羊水生境、结膜生境、肠内生境、胃生境、肠生境、口腔生境、鼻生境、胃肠道生境、呼吸道生境和泌尿生殖道生境。可以为特定应用定制生物样品。生物样品可以是，例如，全血、血清、血浆、粘膜、唾液、颊拭子、尿、粪便、细胞、组织、体液、淋巴液、cns液和病灶渗出物。本公开的方法可使用生物样品的组合。在一些情况下，该生物样品是粪便样品。可通过任何合适的方法，包括物理方法、化学方法或两者的组合，进行细胞裂解和/或从生物样品中提取核酸。可使用剪切方法从生物样品中分离核酸，该方法保持了基因组dna的完整性和连续性。可使用扩增子方法制备提取的核酸以供微生物组概况分析。在一些情况下，该方法不使用扩增步骤。此类方法的实例包括为通过全基因组鸟枪法(wgs)测序进行测序准备样品。这些方法可通过消除可使微生物分布偏离的扩增偏差来提供益处。概况分析方法可包括确定核糖体rna(rrna)操纵子、16srrna、23srrna、rrna内转录间隔区、基因间区、可变区及其任何组合的序列信息。所述方法可包括使用靶标特异性核酸探针。所述方法可包括使用测序，如下一代测序。所述方法可包括使用长读测序。实施例实施例1：在啮齿动物中的临床前研究进行该研究以研究本公开的微生物组合物在直至28天的时间点每日施用至spraguedawley大鼠(40只动物)后的效果。表1显示了该研究中使用的给药方案。使用了四个研究组：安慰剂(即无微生物)；仅包含菌株1的组合物；包含菌株1+5+6+8的组合物；和包含菌株5+6+8的组合物。菌株1是粘蛋白降解微生物，akkermansiamuciniphila。菌株5、6和8分别是产丁酸微生物拜氏梭菌、丁酸梭菌和霍氏真杆菌。po表示经口(口服给药)。表2显示了每个食用份量所使用的微生物量。表1：剂量施用表2：微生物的量(每个食用份量的cfu)化合物给药途径：如表1所述，将组合物口服(经口，po)施用于动物。给药准备：对于每个给药日，每个研究组使用单独一瓶冻干粉末，以及一瓶在厌氧条件下包装的稀释剂。给药前，将稀释剂抽入注射器中，并注入冻干粉末小瓶中。然后，取出适量，并尽快施用至该研究组的10只动物中的每一只。测试系统：主要研究动物：40只对照：cd(sd)雄性大鼠；额外动物：4只对照：cd(sd)雄性大鼠临床观察：在每个预定的时间点常规进行。体重：在每次施用组合物之前记录体重。血液/样品采集：a)在第0、1、2、3、7、14、21和28天从所有动物采集粪便。这些天，在24小时内以三个时间间隔采集粪便。另外，如上所述，在第34天和/或第35天以n＝5/动物/组采集粪便。采集粪便，冷冻，并在采集每个样品间隔(1,020个样品)后转移到测试设施。b)终末血液样品——在研究结束时从所有动物采集血液(尽可能多)。对血液的等分试样进行适当处理，并分析临床化学和cbc分类(仅第28天处死的动物)。将其余血样处理成血清或血浆，冷冻，并运送到测试设施。样品数：临床病理学——20个样品终末样品——40个样品c)尸检——n＝5只动物/组在第28天处死，其余动物在第35天(洗脱7天后)处死。第28天尸检——从所有动物采集结肠、近端小肠和远端小肠。将样品骤冻并运送到测试设施。第35天尸检——总体尸检(不采集样品)。研究结果示于图3-6中，其示出了从各个研究组的大鼠粪便样品获得的数据，并显示了使用靶标特异性核酸探针进行的微生物检测。结果表明，经口施用于啮齿动物的所选微生物被植入胃肠道中。在图3中，虚线框对应于第-1天，并且指每组的基线样品(即干预前)。“安慰剂”图说明，由于用于该研究的核酸探针的高特异性，存在极低的假阳性检测。对于任何组，第“-1”天都没有假阳性命中，这进一步说明了为该研究设计的核酸探针对所测试的微生物dna具有特异性。这也表明，在干预之前，在大鼠中不存在作为组合物一部分的外源微生物。在图4中，虚线框对应于第34天，并且指每组的洗脱样品(即干预后1周)。对于仅接受菌株1和接受菌株1+5+6+8的组，来自洗脱期的数据表明，菌株1和8以可检测的水平植入。数据还显示，菌株8随着时间而增加，并且仅在与菌株1一起施用时才植入。在没有菌株1的情况下(参见采用菌株5+6+8的研究组的图)，菌株8没有植入。因此，菌株1(一种粘蛋白降解微生物)的植入促进了菌株8(一种产丁酸菌株)的植入。此外，还观察到，菌株1到干预的大约第2天植入，而菌株8需要在菌株1的存在下暴露超过两周(例如三周)才能发生植入。到第14天检测到的菌株8的量的增加可以是在大约2周标记时的植入的指示。图5示出了对于施用菌株1+5+6+8的组，从干预的第2天获得的检测数据。0小时代表微生物组合物的施用时间。微生物组合物通过大鼠胃肠道的通过时间经计算在约8-16小时窗口内。在通过时间之前，在大鼠粪便物中检测到菌株1，表明菌株1可能植入。这提示菌株1可能已经植入。通过在洗脱样品中检测到菌株1证实了这一点。因此，早期采集时间与晚期采集时间(例如，对应于施用后的不同时间)的检测信号之比可以用作所施用的微生物的植入指示。例如，在早期采集时间(例如施用后8-16小时)和晚期采集时间(例如施用后16小时)检测到的菌株之比可以指示菌株的植入(例如，在染色水平随时间推移保持可检测或一致时)。在一些情况下，检测到的菌株的量可以基于施用方案和通过胃肠道进行采集的通过时间而变化。在通过窗口(例如，所施用的微生物穿过受试者的胃肠道的预期时间)之前或之后在粪便样品中检测到所施用的菌株的存在可以指示植入。这样检测到的存在可以表明，即使不进行施用(例如，在洗脱期期间或之后)，在肠中也存在所施用的菌株。图6示出了对于施用菌株1+5+6+8(左图)和菌株5+6+8(右图)的组，从干预的第27天获得的检测数据。对于施用菌株1+5+6+8的组，在0和0-8小时采集时间点检测到菌株1和8两者，即使通过时间约为8-16小时。这表明菌株1和8已经植入，并且通过在洗脱期中检测到而得到证实。因此，该数据进一步显示，早期采集时间的检测信号与晚期采集时间的检测信号之比可以指示连续的植入。来自动物的临床观察、血浆化学、血液学检查和尸检评价的数据证实，所施用的组合物对啮齿动物没有不利影响。实施例2：临床试验研究的形式：这是开放标签、无对照的剂量递增研究，其中所有受试者都接受包含本公开的微生物的研究食品。该研究的重点是评价安全性，并在剂量递增期间和之后检测粪便中口服施用的微生物。组合物的初始量由施用于雄性spraguedawley大鼠28天而无不良反应的量来指导(参见实施例1)。图7和表3显示了该研究的剂量。从第0-6天施用较低的量。如果在施用7天后未观察到不良反应，则在第7至14天，将服用量增加至5倍。然后，受试者进入14天的洗脱期，在此期间不施用研究食品。表3：剂量继续监测不良反应直到第28天，并在第20和27天采集粪便样品。在筛查时查看受试者的医学史，并在第7天、第14天、第21天和第28天查看临床史。在每次诊所访视时收集粪便样品、临床化学、血液学概况、血浆scfa和细胞因子组。研究的持续时间：受试者参与的总持续时间是大约35天，在第0天基线访视之前3至7天进行筛查访视，在第0天开始服用。在初始服用后，主动参与持续到第28天。受试者人数：大约20名健康受试者微生物组合物及施用：使用包含基本上干燥的冻干微生物群体的包衣胶囊。将胶囊设计成在肠内崩解。在开始早餐和晚餐前30分钟之内，受试者服用1至5个胶囊，持续14天。表4概述了研究胶囊的分配。每个胶囊包含微生物(拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌)、菊粉(菊苣)、蔗糖、海藻糖、甘油、麦芽糖糊精和羟丙基甲基纤维素。研究食品在密封的、带有标签的棕色螺帽瓶中提供。每个瓶子容纳支持施用7天所需数目的胶囊，另加10个胶囊以满足任何替换量的需求，并确保剩余至少3个胶囊以供重复稳定性测试。在每种含量水平下，所有胶囊均具有相同的含量。除了分配给受试者，以及在取出指定量进行食用时，研究食品需冷藏保存。表4：研究食品胶囊的分配早餐晚餐第1周1个胶囊1个胶囊第2周5个胶囊5个胶囊研究方法：在所有筛查和研究访视之前，要求受试者禁食过夜至少10小时(即，除了水以外，禁用食物或饮料)。受试者在每次预定访视的早晨(最好在早上7点到9点之间)报告给临床研究站点。对于所有适用的研究访视，受试者应避免在访视前施用早晨量的研究产品。受试者将研究食品带到研究站点，以便在诊所服用。对于每名受试者，总共有6次访视。第一次访视是在研究开始前3-7天的筛查访视，此时采集血液样品。第二次访视是在第0天(开始服用)，此时采集血液样品和粪便样品两者。使用在第0天采集的样品的评估数据用作基线值。剩下的四次访视是在第7天、第14天、第21天和第28天。在这些访视中均采集血液和粪便样品以进行结果评估。治疗结果评估：在该研究过程中，抽取血液用于各种分析物和检测组，包括化学、血液学、scfa和炎性标志物。(在整个研究过程中)每名受试者的抽血总量预计<60ml或2盎司。采集整个粪便样品，并在采集后立即进行处理。将整个粪便样品等分为4份，并对每份实施微生物组概况分析方法，以检测所施用的微生物。图8描绘了数据，其显示在治疗的不同阶段，在施用治疗组合物的受试者的粪便物中检测到的所施用微生物的相对量。该数据表明，如在洗脱样品中所见，已发生了所施用的微生物的植入。实施例3：粪便采集例如，如实施例2中描述的研究所需要的粪便采集可以用图9所示的粪便采集装置进行。粪便采集可以在患者家中进行。该装置具有三个独立的组件：用于将采集桶定位在马桶上的稳定框架；带条形码的粪便采集桶；和任选地带有采集日期和时间标签的粪便桶盖，如图9所示。该装置可通过两种不同的方式定位在马桶座圈上。可提起马桶座圈，并将粪便采集装置水平地放置在抽水马桶的边缘。框架的窄边可以定位成面向抽水马桶的后端。根据个人的解剖结构，可将框架的窄边定位成面向抽水马桶的前部，这样可以更好地促进粪便样品的采集。可以降低马桶座圈以固定粪便采集装置。使用说明：完全排空膀胱。从生物危害品袋中取出所有物品。使用清洁巾清洁马桶座圈和抽水马桶。用附带的圆珠笔填写日期(月/日/年)，并在桶盖标签上勾选与娄天时间相对应的复选框。从桶上取下盖子，并将盖子放在生物危害品袋的内部。通过将采集桶(图9b)牢固地插入到稳定框架(图9a)中来组装装置。请勿触摸桶的内部。提起马桶座圈，并将该装置水平地放置在抽水马桶的边缘上。框架的窄边应面向抽水马桶的后端。根据受试者的解剖结构，将框架的窄边重新定位成面向抽水马桶的前部可以更好地促进粪便样品的采集。放下马桶座圈以固定该装置。坐在马桶上，并坐好，以便粪便样品直接掉入桶中。请勿小便或将厕纸放入采集桶中。完成后，使用厕纸清洁自己，并将用过的厕纸丢弃到桶外。冲厕所。完成后，提起马桶座圈，并从马桶上取下装置。将装置放在平坦的表面上。向下推稳定框架，以使其与采集桶分离。丢弃框架。从生物危害品袋中取出盖子，并将盖子扣合到采集桶上。听到“啪”的一声时，盖子即牢固扣合。将密封的采集桶放入空的生物危害品袋中，然后闭合袋子。将装有采集的粪便样品的闭合生物危害品袋放入冰箱中。4小时或更长时间后，将装有采集桶的生物危害品袋包装到隔热的运输包装中。将2-3个冰袋添加到运输包装中，并将包装运输到测试设施。实施例4：使用选择性培养基分离粘蛋白降解微生物或粘蛋白调节微生物该实施例描述了用来分离粘蛋白降解微生物的说明性选择性培养基。该选择性培养基包含充当主要能量来源的粘蛋白。粘蛋白降解微生物可降解粘蛋白，并在选择性培养基中生长，而缺乏降解粘蛋白的能力的微生物则无法生长。制备选择性培养基：将以下组分以800ml的最终体积混合：瘤胃液、维生素、矿物质、基础盐溶液、氯化钙、氯化半胱氨酸和水。将混合物脱气20分钟并过滤。将2.5克纯化的粘蛋白重悬于200ml蒸馏水中，密封在血清小瓶中，并在121摄氏度下高压蒸汽灭菌20分钟。将粘蛋白溶液与过滤的溶液混合，以产生选择性培养基。分离目标：新鲜粪便用于分离实验。分离出的微生物在选择性培养基中生长。图10显示了在选择性培养基上生长的分离株。信息学筛查：使用测序和生物信息学工具鉴定选择性分离的微生物。表征新菌株：使用基因组和生化测定对鉴定出的菌株进行表征。表5提供了使用本公开的方法鉴定的六种说明性降解粘蛋白的akkermansiamuciniphila菌株的16srrna共有序列。表5：说明性粘蛋白降解微生物实施例5：短链脂肪酸的产生图11示出了由本公开的微生物产生的短链脂肪酸水平。每种微生物产生的短链脂肪酸显示，微生物的预测基因组功能与实际功能相符。微生物a-d主要产生乙酸，乙酸可充当产丁酸微生物产生丁酸的底物(例如，丁酸中间体)。微生物e、f和g主要产生丁酸。可以使用产生丁酸中间体的第一微生物(例如，微生物a-d中的任一种)和将中间体转化成丁酸的第二微生物(例如，微生物e-g中的任一种)的组合来治疗病况。在一个非限制性实例中，菌株a可以是青春双歧杆菌(bado)。在一个非限制性实例中，菌株b可以是婴儿双歧杆菌(binf)。在一个非限制性实例中，菌株c可以是长双歧杆菌(blon)。在一个非限制性实例中，菌株d可以是吲哚梭菌(cind)。在一个非限制性实例中，菌株e可以是拜氏梭菌(cbei)。在一个非限制性实例中，菌株f可以是丁酸梭菌(cbut)。在一个非限制性实例中，菌株g可以是霍氏真杆菌(ehal)。实施例6：微生物组合物的稳定性研究图12示出了通过冻干产生的，基本上干燥形式的包含严格厌氧微生物(例如，拜氏梭菌和丁酸梭菌)的组合物的稳定性数据。将该组合物在4℃或室温下保存84天，并且在保存期间通过流式细胞术对组合物中的活性细胞数进行定量。数据表明，该组合物在4℃和室温下至少稳定84天。实施例7：低变应原微生物组合物本文提供了具有减少量或可忽略量的患者对其过敏的变应原(例如大豆、花生、贝类生物、小麦或乳)的组合物。这样的组合物还可以有益于其中这些物质可充当加剧症状的刺激物的病症，例如在炎性肠病综合征(ibs)中。表6显示了对本公开的微生物组合物的变应原分析。变应原以可以忽略不计的量存在，以免引起变态反应。表6：变应原分析变应原分析结果甲壳类生物<4.0ppm花生<2.5ppm大豆<2.5ppm小麦(麦醇溶蛋白-面筋)<5.0ppm实施例8：在人类受试者中评价植入增强微生物组合物的研究目的：该研究的目的是评估本公开的植入增强微生物组合物在促进外源施用的微生物在人类受试者中的植入中的作用。方法：30名人类受试者加入双盲、安慰剂对照且随机化的研究中。1)安慰剂组：向十名人类受试者施用缺乏微生物的安慰剂组合物。2)对照组：向十名人类受试者施用包含至少一种产丁酸微生物但缺乏粘蛋白降解微生物的对照组合物。3)实验组：向十名人类受试者施用包含至少一种产丁酸微生物和至少一种粘蛋白降解微生物的实验微生物组合物。对于每组，每天两次(例如，在早餐之前和晚餐之前)口服微生物组合物，持续2周。在完成治疗方案之前和之后评价每组受试者的肠微生物组概况(例如，使用粪便样品分析)。在治疗后，实验组的受试者表现出外源施用的粘蛋白降解微生物和外源施用的产丁酸微生物均植入。另外，与不接受粘蛋白降解微生物的对照组相比，实验组表现出产丁酸微生物的植入水平至少高出5％。实施例9：促进微生物植入以用于治疗健康状况的组合物向受试者施用微生物组合物以治疗健康状况(例如，代谢紊乱、1型或2型糖尿病、胰岛素抵抗、炎症、ibs、腹泻、自闭症、抑郁症、湿疹、皮疹)或促进良好的肠健康(例如，改善肠内衬、减少胃肠道不适、恢复健康的微生物组)。该微生物组合物包含一种或多种产丁酸微生物。该微生物组合物缺乏粘蛋白降解微生物。即使在遵循给药方案之后，受试者也未见症状的任何改善。对受试者的肠微生物组的概况分析表明，组合物中的微生物未植入受试者中。向受试者施用另一种微生物组合物，该微生物组合物除先前组合物中的其他微生物外还包含粘蛋白降解微生物。在开始该组合物后，受试者显现出症状改善。在给药方案完成后(例如，在停止施用后)对受试者的肠微生物组的概况分析表明，在组合物中施用的外源微生物已成功植入。实施例10：在人类受试者中评价植入增强微生物组合物的研究目的：该研究的目的是评估本公开的植入增强微生物组合物在促进外源施用的微生物在人类受试者中的植入中的作用。方法：人类受试者加入双盲、安慰剂对照且随机化的研究中。安慰剂组：向人类受试者施用缺乏微生物的安慰剂组合物。对照组：向人类受试者施用包含至少一种产丁酸微生物但缺乏粘蛋白降解微生物的对照组合物，例如，包含菌株5、6和9的组合物，这些菌株分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌的菌株。实验组：向人类受试者施用包含至少一种产丁酸微生物和至少一种粘蛋白降解微生物的实验微生物组合物，例如，包含菌株1、5、6、8和9的组合物，这些菌株分别对应于例如akkermansiamuciniphila、拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌。对于每组，每天两次(例如，在早餐之前和晚餐之前)口服微生物组合物，每种微生物菌株的剂量为2.7x109到4.8x1010cfu。组合物施用12周，随后是4周的洗脱期，此时不施用微生物组合物。在治疗方案之前和期间，以及在四周的洗脱期之后，通过粪便样品分析来评价受试者的肠微生物组概况。在基线、4周、12周和16周(停止施用组合物后4周)时采集粪便样品，以确定是否可以在粪便中检测到所施用的细菌菌株，如果可以，则确定在组合物施用停止后菌株是否持续存在。采集粪便样品，立即冷冻，并保持在低温下直至处理。将样品重悬于含有5mmedta的50mmtrishcl缓冲液(ph8.0)中，在桨式匀浆器中均化5分钟，并通过280μm滤网过滤，然后分装并在-80℃下重新冷冻。使用dneasypowersoilhtp96kit提取冷冻的粪便样品，并使用专门设计用于检测每种菌株的引物对在qpcr反应中测量特定目标微生物的dna含量。通过稀释已知量的从目标生物体中纯化的基因组dna来运行重复的八点标准曲线，每个具有三个技术重复。使用这些标准曲线将循环阈值(ct)值与每个样品的目标生物体的dna质量相关联。与对照组相比，实验组中有更高比例的受试者直到洗脱期仍持续存在产丁酸微生物，这证明了当将产丁酸微生物与粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入得到增强。粘蛋白降解微生物也植入一些受试者中。图13示出了当与作为本公开组合物的一部分的粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用安慰剂(最上面的图)，仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌的菌株；中间的图)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(最下面的图)，持续12周，随后是4周的洗脱期。每个矩形代表粪便样品中菌株基因组的相对丰度，如刻度所示。在仅施用产丁酸微生物的受试者中，只有两名在基线时(第0周)缺乏菌株9的受试者在洗脱时(第16周)表现出菌株9的植入。在施用产丁酸微生物和粘蛋白降解微生物的受试者中，七名在基线时缺乏菌株9的受试者在洗脱时表现出菌株9的植入，表明当与粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入增强。tgmf＝目标基因组质量分数。图14示出了当与作为本公开组合物的一部分的粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用安慰剂(右侧)，仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌的菌株；中间)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(左侧)，持续12周，随后是4周的洗脱期。每个矩形代表在特定时间(周，左y轴)获得的粪便样品中菌株基因组的相对丰度，如刻度所示。在仅施用产丁酸微生物的受试者中，两名在基线时(第0周)缺乏菌株9的受试者、两名在基线时缺乏菌株6的受试者和两名在基线时缺乏菌株5的受试者在洗脱时(第12周)表现出相应菌株的植入。在施用产丁酸微生物和粘蛋白降解微生物的受试者中，七名在基线时缺乏菌株9的受试者、六名在基线时缺乏菌株6的受试者和六名在基线时缺乏菌株5的受试者在洗脱时表现出相应菌株的植入。这些数据表明，当与粘蛋白降解微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入增强。图15a-b示出了当与作为本公开组合物的一部分的产粘蛋白微生物一起施用时，产丁酸微生物的植入。菌株l是粘蛋白降解微生物(例如，akkermansiamuciniphila)；菌株5、6、8和9是产丁酸微生物(例如，分别为拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌)。向受试者施用仅包含产丁酸微生物(菌株5、6和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌和婴儿双歧杆菌；上图)的本公开的组合物，或包含产丁酸微生物(菌株5、6、8和9，分别对应于例如拜氏梭菌、丁酸梭菌、霍氏真杆菌和婴儿双歧杆菌的菌株)和粘蛋白降解微生物(菌株1，对应于例如akkermansiamuciniphila)的本公开的组合物(下图)，持续12周，随后是4周的洗脱期。处理受试者的粪便样品，并通过qpcr检测菌株的存在。图15a显示了qpcr反应的分数，其中在基线时(第0周)、施用的第4周、施用的第12周和4周的洗脱期后(第16周)检测到所示的菌株。图15b示出了qpcr反应的分数，其中在基线时(第0周)和洗脱期后(第16周)检测到所示的菌株。虽然本文已经显示并描述了本发明的优选实施方案，但是对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。在不脱离本发明的情况下，本领域技术人员现将想到许多变化、改变和替换。应当理解，在实施本发明的过程中可以采用本文所述的本发明实施方案的各种替代方案。旨在以所附权利要求书限定本发明的范围，由此涵盖在这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。当前第1页12