1.本公开涉及用于调节和/或治疗伴侣动物及其微生物组的组合物、监测工具和用于测定伴侣动物及其微生物组的健康的诊断方法。
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：：2.微生物组描述为任何特定环境中的所有微生物，并且更具体地是该环境中微生物的组合遗传物质。在哺乳动物中，微生物存在于皮肤、肠道和口腔中，与其宿主存在共生关系；实际上这些微生物在宿主的健康中发挥着重要作用，其形成了防止外来微生物定殖的屏障，从而保护动物免受病原体的侵害，并在肠道内帮助分解营养物质，释放能量并产生生命所必需的维生素。3.尽管病原微生物和益生菌微生物对其哺乳动物宿主的影响早已得到认可，但现在人们越来越认识到栖息微生物群的总群落组成、具体的微生物平衡和遗传潜力的影响。人类肠道微生物组的非侵入性研究主要使用粪便替代样本进行，这些样本特别是代表远端结肠，即肠道内细菌生长的主要部位。结肠中的细菌生长通过发酵进行，发酵为使用宿主未消化和吸收的膳食成分的过程，可用于影响肠道微生物群落和微生物组。因此，达到了一种平衡状态，即在饮食或药物或进入的感染剂没有明显变化的情况下，随着时间的推移，主要的微生物群落类型在个体动物中相对稳定。4.尽管认为母体或父体接种和环境接种以及细菌与免疫系统的相互作用的组合在免疫启动中发挥作用，以便未来识别病原微生物和肠道生理，但是微生物组的发展发生在哺乳动物出生后不久。基于对人类婴儿的研究，现在认为这些肠道微生物组的早期发展在整个生命后期影响健康。在出生后的几周和几个月内，多样性迅速增加，代表肠道微生物组发育的早期建立，认为在此阶段存在的微生物组和微生物群落是可塑性的或可改变的。在某种程度上由于早期生命阶段的这种前多样性(pre-diversity)发展阶段，幼犬(puppies)的肠道屏障发育不全，其中包括胃肠道微生物群以及组织学和肠道相关的免疫功能。因此，幼犬和青年犬(youngdogs)更容易出现胃肠道疾病，例如软质畸形粪便、腹泻、肠胃胀气和疾病。成熟过程中多样性的增加导致成年肠道微生物组的发展，其可抵抗甚至是益生菌等有益微生物的定植，因此成人微生物组在抵抗群落结构和肠道生态失调的巨大变化方面具有相对抵抗力(resilience)。成年动物的微生物组包含相似的细菌群落，但更多样化且发育良好，其具有经调整的群落结构，与其他生命阶段相比其代表更稳固且更具有抵抗力的微生物群，其中肠道微生物群表现出具有提高的抵抗力。5.较老的狗和老年狗以及较老的人和老年人也更容易出现消化问题，例如腹泻和胃肠道感染，这些问题可能具有更高的严重性和更大的影响。这些胃肠道问题在某种程度上可能是由于肠道微生物组的恶化而引发的。6.在成年犬中，随着时间的推移或由于环境和饮食因素导致组成发生更大规模的变化，也可引发肠道群落的改变。进入消化系统的感染原或由于饮食变化而改变微生物群落可用的营养物质可破坏微生物组的平衡，导致生态失调。生态失调描述为微生物群落的不平衡，并且在肠道中可导致包括胃肠道不适、腹泻、呕吐、营养缺乏和体重减轻等临床症状。尽管从出生或断奶后不久到老年生命阶段晚期，肠道内的微生物组和微生物都以连续丰富的形式存在，但由例如感染、抗生素清除、药物治疗或极端饮食改变引起的对微生物组的攻击可改变整个生命中的群落组成。在某些情况下，会对宿主的健康产生持久影响，例如慢性腹泻、乳糖耐受性。在狗患有反复或慢性腹泻的情况下，可以在微生物组中检测到特有的模式、特征或指纹，这可表明通过改变饮食习惯和随之而来的微生物群变化来有效治疗的可能性。7.特别适合在猫和狗身上研究营养对微生物组的影响，因为完全且均衡的饮食可以作为长时间的唯一食物源，从而减少个体之间饮食偏好的混杂影响。也就是说，尽管数十年来致力于改善胃肠道(gastrointestinal，gi)健康状况和优化粪便质量，但对与健康参数(例如粪便形式、明显的gi健康状况(缺乏临床症状、对攻击的抵抗力和感染恢复)以及gi功能障碍)相关的细菌分类群和功能基因组的了解仍然非常有限。这在人以外的宿主中例如狗和猫中尤其明显。8.据报道，多种成分改变宿主健康，而诸如益生元和纤维等功能性食品对胃肠道健康和粪便质量或粪便稠度特别有用。特别是可溶性和不溶性纤维、益生元寡糖、聚糖或β-葡聚糖的复杂混合物可以代表长期公认的功能性膳食成分，这些功能性膳食成分有助于纠正肠道健康状况，例如消化系统的慢性和急性腹泻或腹胀，改善健康状况和宿主的活力。9.由于大肠中的微生物群选择性地发酵耐消化的纤维，因此评估膳食纤维影响的研究特别多。因此，可从对特定食品成分(包括可溶性和不溶性纤维以及益生元)的体外和体内测试中获得大量数据。还已知此类成分影响肠道内的微生物群，特别是结肠内的微生物群，它们使通过未被宿主消化的耐消化纤维发酵增强健康的微生物群有不同的影响。评估认为对膨胀特性(bulkingproperty)和肠道运输很重要的膳食纤维(包括可溶性纤维、益生元和不溶性复合耐性膳食纤维)对微生物群的影响的研究有很多，并且已经证明该膳食纤维对粪便稠度和粪便中微生物含量或微生物衍生含量均有影响。10.在某种程度上由于多种成分和纤维源的变化和复杂性，研究结果可能难以比较，因此揭示一致的趋势仍然存在问题。大多数天然存在的膳食纤维源代表可溶性和不溶性纤维的混合物，其中大量研究工作集中在益生元寡糖、聚糖和β-葡聚糖上。特定产品、包含水平和宿主物种也是趋势评估中的混杂因素，但这些成分已证明对粪便稠度和粪便的微生物含量或微生物衍生含量均有影响(ferrario等人,2017；wakshlag等人,2011；simpson等人,2001；sunvold等人,1995；vickers等人,2001)。尽管剂量以及摄入量等来源特定特征是有效性的关键，但对人体纤维和胃肠道健康研究的荟萃分析揭示了纤维摄入量与结直肠癌发病率之间的关系。虽然产品/成分和特定的包含水平描述为可降低结肠直肠癌的风险，但据报道，高纤维摄入量、特别是食用全谷物和谷物衍生纤维具有潜在的保护作用。11.迄今为止，描述宠物动物中纤维和益生元膳食补充剂的研究文献在很大程度上定义了与特定成分相关的细菌变化，通过选择性细菌培养或现在过时的分子技术(例如变性梯度凝胶电泳)进行测量，这些技术通常测量已知对人类健康有益的分类群。这些见解是否适用于不同的宿主并因此是否与犬类健康相关仍不清楚。然而，已经发表了少量研究解决了微生物群的变化，这些变化在狗喂食特定的纤维源和益生元后通过深度测序测量。middlebos等人,(2010)给狗喂食含有7.5％甜菜粕的食物，发现该量与参考食物相比可以明显改变肠道微生物群的结构。尽管数据仅支持门(phylum)水平的变化，但当狗接受含有甜菜粕(beetpulp)的食物时，可以观察到厚壁菌(firmicutes)显著增加和梭杆菌(fusobacteria)显著减少。12.在控制粪便微生物群以增强健康的过程中，了解饮食对微生物组的长期影响以及对宿主健康参数(例如健康的临床生物标志物和胃肠道抵抗力和恢复力)的影响代表这一研究领域的重大进步。13.粪便稠度、特别是粪便松散或干燥的极端情况是主人对于宠物健康的关键指标，并且据报道，导致卫生和生活方式不便的令人厌恶的粪便质量、腹泻发作和肠胃健康不佳是养宠物的主要障碍，这会对人类动物互动产生重大影响，并由此造成人及其宠物的生活质量问题。因此，食品和成分对狗和猫粪便质量的影响对于优化宠物健康、安康、生活方式、活力和营养具有重要意义。膳食摄入量，包括干物质体积、水分和营养成分，都会影响粪便的稠度。14.然而，关于肠道微生物组及其与动物健康的联系的研究是有限的。因此，有必要了解肠道微生物组与动物健康和活力之间的关系。随着时间的推移或通过营养摄入或干预来测量、监测和跟踪粪便中的肠道细菌以增强或支持宠物的健康肠道，这将是更加有利的，因为这使宠物主人能够观察组合物、成分或营养因子的影响，并为宠物主人提供继续提供健康促进因素的动力。此外，需要新的方法和组合物来增强健康宠物的胃肠道抵抗力、肠道健康，以及治疗慢性和急性肠道疾病，例如与微生物组相关的急性自限性腹泻感染和慢性肠病。此外，需要在兽医治疗和影响微生物组的药物(例如组合物、成分和膳食补充剂或配料(topper))后支持胃肠道抵抗力，以减少微生物群失调和由此产生的腹泻或软便的发生。具有这种效用的组合物或成分提供额外的益处，帮助兽医管理兽医治疗的胃肠道症状。15.鉴于微生物组对健康和幸福的重要性，找到影响和监测动物微生物组状态的方法，并使主人能够通过跟踪随时间的健康状态来观察益处是很重要的，因为肠道屏障的内在变化、对腹泻的抵抗力和胃肠道健康可随着主人提供的营养摄入而改变微生物组含量而发生，并影响宠物的健康和活力。技术实现要素：16.本公开涉及改变伴侣动物例如犬科动物的微生物组的组合物以及包括给予和使用所述组合物的方法。17.所述组合物和方法影响、优化和增强伴侣动物的肠道微生物组，并影响胃肠道健康和抵抗力(resilience)，从而改善动物的健康(health)、安康(wellness)和活力(vitality)。此外，本公开涉及通过单点和多点测试方法监测微生物组的方法，以使能够测试组合物对微生物组的影响，从而生成基于肠道健康的微生物组和增强宠物健康的抵抗力护理途径。如实施例中所示，本公开的方法可以高精度地实现这一点。18.在一些实施方案中，本公开提供了一种组合物，例如，宠物食品，例如完全营养宠物食品，例如干的(例如，粗磨物(kibble))、半湿的或潮湿的宠物食品；非完全营养宠物食品，例如补充剂、功能性配料(functionaltopper)、功能性食品增强剂(functionalfoodbooster)，或用于伴侣动物的营养组合物或药物组合物，所述组合物包含选自以下成分中的至少一种组合：约0.05g/天至约5.0g/天的低聚半乳糖(galactooligosaccharides，gos)；总量为约0.1g/天至约10g/天的甜菜浆(beetpulp)和/或菊苣浆(chicorypulp)；和约0.2g/天至约30.8g/天的纤维素。19.在一些实施方案中，所述产品包括至少两种所述成分、优选至少三种所述成分的，并且以它们的最低水平组合。在一些实施方案中，所述组合成分的浓度最高达如上所述的最大水平。20.在一些实施方案中，所述组合物还包含额外的益生元。在一些实施方案中，所述组合物还包含额外的纤维或其他功能性食品成分。21.在一些实施方案中，所述组合物还包含乳酸菌的益生菌种，例如双歧杆菌(bifidobacterium)、乳杆菌(lactobacillus)或肠球菌(enterococcus)。在一些实施方案中，组合物还包含酵母的益生菌种，例如来自酵母(saccharomyces)属的种。在一些实施方案中，所述组合物还包含形成孢子的益生菌种，例如来自芽孢杆菌(bacillus)属的种。22.在一些实施方案中，在将组合物给予伴侣动物后约3-21天内，所述组合物改善伴侣动物的肠道健康。在一些实施方案中，组合物是膳食补充剂，也称为增强剂。在一些实施方案中，将所述膳食补充剂添加到宠物食品的最外部作为配料。在一些实施方案中，所述膳食补充剂随后在整个产品中混合。在一些实施方案中，所述组合物是狗的食品。23.在一些实施方案中，本公开的主题提供了一种在健康伴侣动物或需要改善胃肠道健壮性的动物(例如患有急性或复发性腹泻的动物)中改善肠道健康和抵抗力的方法，从而改善抵抗力、健康和幸福。在一些实施方案中，该方法包括向伴侣动物给予有效量的本文公开的任何组合物。24.还提供了一种测定伴侣动物微生物组的健康的方法，包括对一个、两个、三个、四个或更多个细菌分类群(例如，某些科或属或种)进行定量以确定它们的丰度；并将所述丰度与对照数据集中相同细菌分类群的丰度进行比较；其中四个或更多个细菌分类群的丰度相对于对照数据集的增加或减少指示微生物组的健康状况。健康的微生物组可以减少病原体负荷和短链脂肪酸的产生。肠腔内ph值降低与肠屏障通透性和胃肠道抵抗力降低有关。具有较高细菌负荷的病原微生物的不健康微生物组与多种健康状况有关。因此，需要监测肠道微生物组的健康或诊断不健康的微生物组。25.进一步提供了一种测定伴侣动物微生物组的健康的方法，包括对从伴侣动物获得的样品中检测至少一个、至少两个、优选至少三个、优选至少四个细菌分类群；其中所述至少四个细菌分类群的存在指示不健康的微生物组。26.伴侣动物微生物组的健康也可通过这样的方法测定，所述方法包括计算伴侣动物微生物组内物种的多样性指数的步骤，以及将多样性指数与对照数据集的多样性指数进行比较的步骤。27.本发明还提供了一种监测伴侣动物如犬科动物的方法，包括通过本发明的方法在至少两个时间点测定伴侣动物微生物组的健康的步骤。在一个实施方案中，可以通过与粪便形态、粪便稠度和/或胃肠道抵抗力等物理特征的比较，或通过微生物组的稳定来确定健康。这在伴侣动物正在接受治疗以改变微生物组的情况下特别有用，因为它可以监测治疗的进展。它对于监测伴侣动物的健康也是有用的。28.还提供了一种在已经接受了能够改变微生物组组成的本发明的组合物的伴侣动物中监测微生物组的健康的方法，包括通过根据本公开的方法测定微生物组的健康。所述方法允许技术人员确定治疗成功与否。优选地，这些方法包括测定治疗前后微生物组的健康，因为这有助于评估治疗的成功性。这些方法还有助于预测其他具有类似症状的宠物的可能成功或结果(即，告知预后方法)。本公开的主题因此提供了一种方法，通过所述方法可通过主餐或补充宠物护理或宠物食品接受膳食成分的组合物并结合用于测定动物胃肠健康的方法来增强健康，使得主人或主治兽医能够观察对胃肠道健康和抵抗复力的影响，从而能够观察喂给组合物对动物的影响，并且与喂给组合物或宠物食品相比，根据测试时机确定动物是否将会受益于或已经受益于使微生物组恢复其健康状态的干预措施。29.本公开的主题还提供了一种方法，所述方法用于评估没有胃肠道不适迹象的健康伴侣动物的肠道健康状态，并确定犬科动物是否会受益于使微生物组恢复其健康状态的干预措施。在一些实施方案中，本公开的主题提供了一种用于测定有需要的伴侣动物(例如具有诸如腹泻或粪便质量差的临床症状或具有诸如慢性肠病或ibd的肠道生态失调的动物)的肠道健康状况的方法。30.在一些实施方案中，本公开的主题提供了一种在接受本发明的组合物之前和/或之后的伴侣动物中测定肠道健康状态的方法，从而评估接受宠物护理产品的需要。例如，肠道健康状况可以通过使用粪便评分系统来测量，例如沃尔瑟姆粪便评分系统。https://www.waltham.com/sites/g/files/jydpyr1046/files/2020-05/waltham-scoring.pdf31.在一些实施方案中，本公开的主题提供了一种在接受宠物护理产品(例如组合物，例如补充剂、宠物食品功能性配料或增强剂或完全营养干粗磨物)之前、期间和之后的伴侣动物中评估肠道健康状况的方法，从而测定和监测动物在接受产品之前和之后的胃肠道健康，从而可评估宠物护理产品的成功性。32.在一些实施方案中，细菌分类群的量从伴侣动物的粪便样品中测量。33.在一些实施方案中，在相隔约1周、约2周、约21天、约28天、约1个月、约56天、约2个月、约3个月、约4月、约84天、约5个月或约6个月的时间点测量细菌分类群。在一些实施方案中，治疗方案包括饮食方案。在一些实施方案中，饮食方案包括给予有效量的本文公开的任何组合物。34.在一些实施方案中，使用dna测序技术测定细菌分类群的量。35.在一些实施方案中，使用rna测序技术测定细菌分类群的量。36.在一些实施方案中，使用微阵列测定细菌分类群的量。37.在一些实施方案中，细菌分类群的量使用聚合酶链式反应技术(例如定量pcr)测定。附图说明38.图1：图1是用于比较个体膳食配料对粪便微生物组和肠道通透性血液标志物的影响的研究设计的图示。39.图2：图2是如实施例1中所述测量的每日粪便湿重和粪便数量的图示。40.图3：图3是如实施例1中所述测量的每日粪便湿重和粪便次数的图示。41.图4：图4是在狗接受对照饮食和如实施例2中所述的微生物组补充剂喂养期间从群组收集的样品的香农多样性的图示。42.图5：图5是如实施例2中所述受sbp/gos/纤维素配料处理显著影响的细菌科的相对丰度(logit转换)的图示(每个图的角落中指示p值)。43.图6：图6是如实施例2中所述的受sbp/gos/纤维素配料处理显著影响的细菌属的相对丰度(logit转换)的图示(每个图的角落中指示p值)。具体实施方式44.在一些方面，本公开涉及用于改变伴侣动物的肠道微生物群以赋予肠道微生物组更健康状态的组合物。本公开还涉及用于监测所述组合物对宿主健康状态的影响的方法。45.在一些方面，本公开涉及适合于给予伴侣动物的组合物。在一些实施方案中，所述组合物包含至少一种选自以下的成分：约0.05克(g)/天至约5.0g/天的低聚半乳糖(gos)；总量为约0.1g/天至约10g/天的甜菜浆和/或菊苣浆；和约0.2g/天至约30.8g/天的纤维素。在一个实施方案中，所述组合物包括至少一种选自以下的成分：约0.05g至约3.6g/天的gos；总量为约1.65g/天至约9.52g/天的甜菜浆和/或菊苣浆；和约5.32g至约25.98g/天的纤维素。46.在其他方面，本公开涉及通过用作饮食干预的组合物改变伴侣动物的肠道微生物群和微生物组的方法，所述用作饮食干预的组合物为例如宠物食品、补充剂、宠物食品功能性配料或增强剂；或完全营养狗用干粗磨食物，其含有以下gos、纤维素、甜菜浆和/或菊苣浆的组合。47.gos也称为低聚半乳糖基乳糖、低聚半乳糖、低聚乳糖或反式低聚半乳糖(transgalactooligosaccharides，tos)。其通过乳糖的酶促转化产生，并且链长以及单体单元之间的连接类型有所不同。它们还可以以较低水平天然存在于植物和奶制品或馏分中。纤维素是一种不溶性物质，是植物细胞壁和植物纤维(如棉花)的主要成分。它是由葡萄糖单体链组成的多糖。适用于本发明的纤维素的实例包括但不限于植物纤维，例如天然存在于叶子、种子、稻草、草和木材中的那些。具体而言，成分可以包括纤维状植物水胶体，其结合脂肪和水以产生膨胀活性而没有抗营养因子，例如莴苣纤维或叶纤维或其他植物纤维(包括豌豆纤维)、壳纤维(包括车前草(psyllium)壳纤维、花生壳纤维和柑橘皮纤维)或纯天然级纤维。48.在一些实施方案中，菊苣浆可以是菊苣浆纤维的形式。在一些实施方案中，甜菜浆可以是甜菜粕和/或甜菜粕纤维。49.描述了一些特定的成分，这些成分可以使伴侣动物的肠道微生物群落组成发生变化，反映出肠道微生物组的健康和抵抗力的增强。因此，描述了通过宠物食品、治疗、补充剂、增强剂或配料给予伴侣动物的成分组合，以及证明、监测和跟踪组合物对个体伴侣动物的影响的方法。50.下面描述的实验表明，将本文所述的组合物喂给伴侣动物导致以下种的一种或多种：不可接受的粪便减少、粪便ph值降低、粪便数量增加、提高并且能够去除代谢毒素的粪便湿重、淋巴细胞计数的减少以及肠道微生物组的改变，如粪便微生物组的粪便细菌分类群的多样性所证明的，特别是细菌多样性的减少、来自拟杆菌科(bacteroidaceae)和梭杆菌科(fusobacteriaceae)的总细菌分类群的增加、丹毒丝菌科(erysipelotrichaceae)的减少、消化链球菌科(peptostreptococcaceae)以及消化链球菌(peptostreptococcus)属的分类群的减少，和细菌属厌氧螺旋菌(anaerobiospirillum)的增加。51.监测52.在一些方面，本文所述的组合物可用作伴侣动物监测方案的一部分。在其他方面，本公开涉及一种通过将本文所述的组合物给予伴侣动物来改变伴侣动物的微生物组的方法。在一个实施方案中，第一步骤是测定伴侣动物的微生物组的健康，当确定在第一步骤中检测到健康或不健康的微生物组、优选不健康的微生物组时，将组合物给予伴侣动物。53.本公开的方法执行多于一次，例如两次、三次、四次、五次、六次、七次或多于七次。这允许随时间监测微生物组的健康状况。例如，当伴侣动物正在接受治疗以改变微生物组时，或主人认为需要改善动物的胃肠道健康和抵抗力时，这可为有用的，以在检测到临床症状的情况下减少甚至预防或解决腹泻的发生。第一次执行该方法时，确定微生物组的健康状况，并且在本发明的组合物的饮食干预或给予之后，重复该方法以评估所述组合物对微生物组的影响。也可以在伴侣动物接受治疗后第一次确定微生物组的健康状况，然后重复该方法，以评估微生物组的健康状况是否发生变化。在这种情况下，治疗效果通过微生物分类群的改变指示，其中与先前的测量相比，本文所述的细菌分类群中的一种或多种的水平发生显著变化，或与95％范围之外的对照数据集的平均范围相比，移动到了正常范围之外。54.该方法可以相隔几天、一周、两周、三周、一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月、12个月、18个月、24个月、30个月、36个月，或超过36个月重复。55.伴侣动物56.如本文所公开的组合物可用于改变伴侣动物的微生物组。伴侣动物包括宠物和/或家畜，例如犬科动物和猫科动物。57.在一些实施方案中，伴侣动物是犬科动物。该属包括家犬(canislupusfamiliaris)、狼、郊狼(coyote)、狐狸、豺狼(jackal)、野狗(dingoe)，并且本发明可用于所有这些动物。最优选地，受试者是家犬，在本文中简称为狗。58.伴侣动物可以是健康的。“健康”可以是指未诊断患有已知与微生物组相关的疾病的伴侣动物。此类疾病的实例包括慢性和急性腹泻、肠易激综合征(irritablebowelsyndrome)、溃疡性结肠炎(ulcerativecolitis)、克罗恩病(crohn’sdisease)和炎症性肠病(inflammatoryboweldisease)。优选地，伴侣动物没患有生态失调(dysbiosis)。59.有多种不同品种的家犬，它们表现出不同的习性。不同品种还具有不同的预期寿命，其中较小的狗通常比较大型犬的寿命更长。因此，认为不同品种在其生命的不同时间点是幼年(junior)、成年(adult)、较老(senior)或老年(geriatric)。下表提供了不同生命阶段的总结。60.61.玩具型、小型、中型和大型品种之间的区别在本领域中是已知的。特别地，玩具品种包括不同的品种，例如阿芬平猎犬(affenpinscher)、澳洲丝毛梗(australiansilkyterrier)、比熊犬(bichonfrise)、博洛尼亚犬(bolognese)、骑士国王查尔斯猎犬(cavalierkingcharlesspaniel)、吉娃娃(chihuahua)、中国冠毛犬(chinesecrested)、棉花面纱犬(cotondetulear)、英国玩具梗犬(englishtoyterrier)、布鲁塞尔格里芬犬(griffonbruxellois)、哈瓦那犬(havanese)、意大利灵缇犬(italiangreyhound)、日本狮子犬(japanesechin)、查理士王小猎犬(kingcharlesspaniel)、罗成犬(lowchen)(小狮子犬(littleliondog))、马耳他犬(maltese)、迷你杜宾犬(miniaturepinscher)、巴比伦犬(papillon)、北京犬(pekingese)、博美犬(pomeranian)、哈巴狗(pug)、俄罗斯玩具犬(russiantoyterrier)和约克夏犬(yorkshireterrier)。62.小型品种平均比玩具品种更大，平均体重最高达约10kg。示例性品种包括法国斗牛犬(frenchbulldog)、小猎犬(beagle)、腊肠犬(dachshund)、彭布罗克威尔士柯基(pembrokewelshcorgi)、迷你施诺茨骑士(miniatureschnautzer)、骑士查理王猎犬(cavalierkingcharlesspaniel)、狮子狗(shihtzu)和波士顿梗犬(bostonterrier)。63.中型犬种的平均体重为约10至约26kg，优选10至25kg。这些犬种包括斗牛头犬(bulldog)、可卡犬(cockerspaniel)、喜乐蒂牧羊犬(shetlandsheepdog,)、边境牧羊犬(bordercollie)、巴塞特猎犬(bassethound)、西伯利亚哈士奇(siberianhusky)和达尔马提亚犬(dalmatian)。64.大型品种是平均体重等于或大于约25kg，优选至少27kg的品种。实例包括大丹犬(greatdane)、那不勒斯獒犬(neapolitanmastiff)、苏格兰猎鹿犬(scottishdeerhound)、波尔多公犬(doguedebordeaux)、纽芬兰獒犬(newfoundland)、英国獒犬(englishmastiff)、圣伯纳德獒犬(saintbernard)、莱昂伯格(leonberger)和爱尔兰猎狼犬(irishwolfhound)。65.杂交品种通常可以根据体重分为玩具狗、小型狗、中型狗和大型狗。66.样品67.本公开的方法通常使用粪便样品或来自伴侣动物胃肠腔的样品。粪便样本很方便，因为它们的收集是非侵入性的，并且还可以在一段时间内轻松地对个体进行重复采样。其他样品也可以用于本发明，例如回肠、空肠、十二指肠样品和结肠样品。68.样品可以是新鲜样品。在用于本发明的方法中之前，将样品还可冷冻，或通过其他方式进行稳定，例如添加到保存缓冲液中，或通过使用例如冷冻干燥的方法脱水。69.在用于本公开的方法中之前，通常处理样品以提取dna。用于分离dna的方法是本领域众所周知的，例如参考文献(hart等人.(2015)公共科学图书馆·综合(plosone).nov24；10(11):e0143334)中所述。合适的方法包括例如qiaamppowerfaecaldna试剂盒(qiagen)。迄今为止，仍然需要用于治疗肠道菌群失调和其他肠道疾病的新方法和组合物，其靶向肠道微生物组以改善健康和胃肠道抵抗力。70.为了清楚起见而非限制，本公开的主题的详细描述分为以下小节：71.1.微生物组的健康和良好的粪便质量；72.2.组合物；73.3.治疗方法；和74.4.测试、跟踪和监测方法75.1.微生物组的健康和良好的粪便质量76.在一些实施方案中，伴侣动物的细菌分类群的变化可用于指示其肠道健康和可能的粪便质量。在一些实施方案中，细菌分类群与受试者的健康状态或肠道菌群失调，或粪便质量的好或坏有关。77.在一些实施方案中，在喂食本发明的组合物后，粪便微生物群落多样性或微生物群香农多样性水平的改变或稳定或降低的变化性可表明伴侣动物的健康状况得到改善。在一些实施方案中，在喂食本公开的组合物后，拟杆菌科(bacteroidaceae)、丹毒丝菌科(eryslpeiotrichaceae)、梭杆菌科(fusobacteriaceae)和消化链球菌科(peptostreptococcaceae)水平的变化表明伴侣动物的健康状况得到改善。在一个实施方案中，在喂食本公开的组合物后，拟杆菌门(bacteroidacea)和梭杆菌门(fusobacereicaea)的水平显著增加。在另一个实施方案中，在喂食本公开的组合物后，丹毒丝菌科(erysipelotrichaeceae)和消化链球菌科(peptostreptococcaecea)的水平显著降低。78.在一些实施方案中，在喂食本发明的组合物后，消化链球菌(peptostreptococcus)属种或来自埃希氏菌(escherichia)/志贺氏菌(shigella)群的分类群或厌氧生物螺旋菌属的种(anaerobiospirilliumsp.)的变化可表明伴侣动物的健康状况有所改善。79.2.组合物80.在一些方面，本公开涉及适用于给予伴侣动物的组合物，所述组合物包括至少一种选自以下的成分：约0.05克(g)/天至约5.0g/天的低聚半乳糖(gos)；总量为约0.1g/天至约10g/天的甜菜浆和/或菊苣浆；和约0.2g/天至约30.8g/天的纤维素。81.在一个实施方案中，所述组合物为食品、营养品、药物、补充剂、增强剂或配料(topper)。在一个实施方案中，所述组合物适用于给予伴侣动物。82.如本文所用，“伴侣动物”包括可在见于家庭环境中的任何动物，包括哺乳动物，例如犬科动物和猫科动物。83.在一个实施方案中，组合物适用于药物。84.在一个实施方案中，所述组合物适用于治疗伴侣动物的胃肠失调。在一个实施方案中，该组合物适用于改变伴侣动物的微生物组。在一个实施方案中，与给予组合物之前伴侣动物中存在的拟杆菌科(bacteroidaceae)、梭杆菌科(fusobacteriaceaeand)和厌氧螺旋菌(anaerobiospirillumpresent)的数量相比，该组合物适用于增加伴侣动物胃肠道或粪便中存在的所述细菌数量。在一个实施方案中，该组合物适用于减少丹毒丝菌科(erysipelotrichaeceae)和消化链球菌科(peptostreptococcaceae)的数量。在一个实施方案中，该组合物用于降低伴侣动物的粪便ph。85.在一些实施方案中，组合物包含有效量的浆状物。在一些实施方案中，该浆状物是甜菜浆，例如甜菜粕，优选未加工的甜菜粕。在另一个实施方案中，浆状物可以是菊苣浆，优选菊苣浆纤维。在一些实施方案中，对浆状物进行蒸煮或灭菌，或使其包含在挤出或加工产品中。在一个实施方案中，组合物的浆状物可以源自至少一种植物，例如菊苣和甜菜。86.在一些实施方案中，浆状物的浓度介于约0.5％w/w和约10％w/w之间、约0.5％w/w和约5％w/w之间、约0.5％w/w和约4％w/w之间、约0.5％w/w和约3％w/w之间、约0.5％w/w和约2％w/w之间、约0.5％w/w和约1.5％w/w之间、约0.5％w/w和约1.2％w/w之间、约0.5％w/w和约1％w/w之间、约0.5％w/w和约0.9％w/w之间、或约0.5％w/w和约0.8％w/w之间。在一些实施方案中，浆状物的浓度介于约0.8％w/w和约10％w/w之间、约0.8％w/w和约5％w/w之间、约0.8％w/w和约4％w/w之间、约0.8％w/w和约3％w/w之间、约0.8％w/w和约2％w/w之间、约0.8％w/w和约1.5％w/w之间、约0.8％w/w和约1％w/w之间、约1％w/w和约10％w/w之间、约1％w/w和约5％w/w之间、约2％w/w和约5％w/w之间，或约1％w/w和约2％w/w之间。在一些实施方案中，浆状物的浓度为约0.8％w/w。87.在一些实施方案中，组合物包含与受试者的健康肠道状态相关的有效量的本文公开的任何细菌。88.在一些实施方案中，组合物中包含的细菌在约1000cfu和约10万亿cfu之间。在一些实施方案中，细菌介于约1000cfu和约1万亿(trillion)cfu之间、约100万cfu和约1万亿cfu之间、约1亿cfu和约1000亿cfu之间、约10亿cfu和约1万亿cfu之间、约10亿cfu和约1000亿cfu之间、约1亿cfu和约1000亿cfu之间、约10亿cfu和约500亿cfu之间、约1亿cfu和约500亿cfu之间、或约10亿cfu和约100亿cfu之间。在一些实施方案中，组合物中包含的细菌为至少约1000cfu、至少约100万(million)cfu、至少约1000万(10million)cfu、至少约1亿cfu、至少约10亿(billion)cfu、至少约100亿cfu，至少约1000亿cfu或更多。89.在一些实施方案中，组合物还包含有效量的浆状物，例如菊苣浆或甜菜浆(例如，甜菜粕)。90.在一些实施方案中，组合物是膳食补充剂，例如，施加在组合物之上，作为宠物食品配料或随后在整个产品中混合。在一些实施方案中，组合物是零食产品(treatproduct)或咀嚼物或粗磨零食或补充产品。在一些实施方案中，组合物是猫食品或狗食品。在一些实施方案中，食品是狗食品。在一些实施方案中，组合物是干的宠物食品。在一些实施方案中，组合物是湿的宠物食品。91.在一些实施方案中，本公开主题的制剂还可包含额外的活性剂。可存在于本公开主题的制剂中的额外的活性剂的非限制性实例包括营养剂(例如，氨基酸、肽、蛋白质、脂肪酸、碳水化合物、糖、核酸、核苷酸、维生素、矿物质等)、益生元、益生菌、抗氧化剂和/或增强微生物组、改善胃肠道健康和改善动物健康的试剂。92.在一些实施方案中，组合物包含一种或多种益生菌。在一些实施方案中，益生菌是动物益生菌。在一些实施方案中，动物益生菌是猫益生菌。在一些实施方案中，动物益生菌是犬益生菌。在一些实施方案中，益生菌来自拟杆菌科(bacteroidaceae)和/或梭杆菌科(fusobacteriaceae)或厌氧菌(anaerobiosprillum)属。在一些实施方案中，动物益生菌进一步选自双歧杆菌(bifidobacterium)、乳杆菌(lactobacillus)、乳酸菌(lacticacidbacterium)和/或肠球菌(enterococcus)。在一些实施方案中，益生菌选自乳酸菌中的任何生物体，且更具体地选自以下细菌属：乳球菌属(lactococcusspp.)、片球菌属(pediococcusspp.)、双歧杆菌属(bifidobacteriumspp.)(例如长双歧杆菌(b.longum)、两歧双歧杆菌(b.bifidum)、假长双歧杆菌(b.pseudolongum)、动物双歧杆菌(b.animalis)、婴儿双歧杆菌(b.infantis))、乳杆菌属(lactobacillusspp.)(例如保加利亚乳杆菌(l.bulgaricus)、嗜酸乳杆菌(l.acidophilus)、短乳杆菌(l.brevis)、干酪乳杆菌(l.casei)、鼠李糖乳杆菌(l.rhamnosus)、植物乳杆菌(l.plantarum)、罗伊氏乳杆菌(l.reuteri)、发酵乳杆菌(l.fermentum)、肠球菌属(enterococcusspp.)(如粪肠球菌(e.faecium))、普氏杆菌属(prevotellaspp.)、梭杆菌属(fusobacteriumspp)、拟普氏杆菌属(alloprevotellaspp.)及它们的任意组合。在一些实施方案中，益生菌以每天约1个菌落形成单位(cfu)至约1000亿cfu的量给予伴侣动物，以维持gi微生物群或微生物组或胃肠道健康。在一些实施方案中，益生菌以每天约1个菌落形成单位(cfu)至约200亿cfu的量给予伴侣动物，以维持gi微生物群或微生物组或胃肠道健康。在一些实施方案中，益生菌以每天约10亿至约200亿cfu的量给予伴侣动物以维持gi微生物群。在一些实施方案中，益生菌以每天约0.1亿至约1000亿活细菌的量给予伴侣动物。在一些实施方案中，益生菌以每天约1亿至约100亿活细菌的量给予伴侣动物。在一些实施方案中，益生菌以每天约1×104cfu至1×1014cfu的量给予伴侣动物。在一些实施方案中，可以包括额外的益生元，例如低聚果糖(fos)、低聚木糖(xos)、大豆低聚糖(so)、葡聚糖、半乳聚糖、阿拉伯半乳聚糖、菊粉和/或低聚甘露糖。在一些实施方案中，额外的益生元以足以明显刺激微生物组或gi微生物群和/或引起一种或多种益生菌增殖的量给予。93.在一些实施方案中，组合物还可包含本领域已知的添加剂。在一些实施方案中，此类添加剂以不损害由本公开的主题提供的目的和效果的量存在。所考虑的添加剂的实例包括但不限于功能上有益于改善健康的物质、具有稳定作用的物质、感官物质、加工助剂、增强适口性的物质、着色物质和提供营养益处的物质。在一些实施方案中，稳定物质包括但不限于可以增加产品保质期的物质。在一些实施方案中，此类物质包括但不限于防腐剂、增效剂和螯合剂、包装气体、稳定剂、乳化剂、增稠剂、胶凝剂和保湿剂。在一些实施方案中，乳化剂和/或增稠剂包括例如明胶、纤维素醚、淀粉、淀粉酯、淀粉醚和改性淀粉。94.在一些实施方案中，用于着色、适口性和营养目的的添加剂包括例如着色剂；氧化铁、氯化钠、柠檬酸钾、氯化钾和其他食用盐；维生素；矿物质；和调味剂。产品中此类添加剂的量通常为最高达约5％(基于干产品计)。95.在一些实施方案中，组合物是膳食补充剂。在一些实施方案中，膳食补充剂包括例如与另一种饲料一起使用以改善营养平衡或总体性能的饲料。在一些实施方案中，补充剂也包括这样的组合物，所述组合物未经稀释作为其他饲料的补充剂来饲喂，与可单独获得的动物口粮的其他部分自由选择，或与动物的常规饲料稀释并混合以产生完全饲料。例如，aafco在美国饲料管理协会(americanfeedcontrolofficials,incorp.)官方出版物第220页(2003)中提供了有关补充剂的讨论。补充剂可以是各种形式，包括例如粉末、液体、糖浆、丸剂、片剂、胶囊化组合物等。96.在一些实施方案中，组合物是零食。在一些实施方案中，零食包括例如给予动物以诱使动物在非用餐时间进食的组合物。在一些实施方案中，组合物是犬科动物的零食，包括例如狗骨头。零食可以是营养的，其中产品包含一种或多种营养素，并且可以例如具有如上文所述的用于食品的组合物。非营养零食包括任何其他无毒的零食。97.在一些实施方案中，本公开主题的细菌和/或甜菜粕可以在制剂加工期间(例如在产品的其他组分混合期间和/或之后)掺入组合物中。可以通过常规方式将这些成分分配到产品中。98.在一些实施方案中，本公开主题的组合物可以使用常规的伴侣动物食品工艺以罐装或湿形式制备。在一些实施方案中，地面动物(groundanimal)(例如哺乳动物、家禽和/或鱼)蛋白质组织与其他成分混合，例如乳鱼油、谷物、其他营养平衡成分、特殊用途添加剂(例如维生素和矿物质混合物、无机盐、纤维素和甜菜浆、填充剂等)；并加入足以进行加工的水。这些成分在适于混合这些成分的同时进行加热的容器中混合。可以使用任何合适的方式加热混合物，例如通过直接蒸汽注入或通过使用装有热交换器的容器。在加入最后一种成分后，将混合物加热到约50°f至约212°f的温度范围。超出此范围的温度是可接受的，但在不使用其他加工助剂的情况下可能在商业上不能实现。当加热到合适的温度时，材料通常呈浓稠液体的形式。将所述浓稠液体装进罐里。盖上盖子，并将容器气密密封。然后将密封罐放入设计用于对内容物进行消毒的常规设备中。这通常通过加热到大于约230°f的温度持续适当的时间来实现，这取决于例如所用温度和组成。99.在一些实施方案中，本公开主题的组合物可以使用常规方法制备成干燥形式。在一些实施方案中，将包括例如动物蛋白源、植物蛋白源、谷物等的干燥成分研磨并混合在一起。在一些实施方案中，然后，可以将包括脂肪、油、动物蛋白源、水等的湿或液体成分添加到干混合物中并与之混合。在一些实施方案中，然后将混合物加工成粗磨物或类似的干片。在一些实施方案中，组合物是粗磨物。在一些实施方案中，粗磨物使用挤压工艺形成，其中干的和湿的成分的混合物在高压和高温下进行机械加工，并用力推过小开口并通过旋转刀切割成粗磨物。在一些实施方案中，然后将湿的粗磨物干燥并任选地用一种或多种局部涂层(coating)涂覆，所述局部涂层可以包括例如调味剂、脂肪、油、粉末等。在一些实施方案中，粗磨物也可以由面团使用烘烤工艺而不是挤出制成，其中在干热加工之前将面团放入模具中。100.在一些实施方案中，本公开主题的零食可以通过例如类似于上述用于干食品的工艺的挤出或烘烤工艺制备。101.在一些实施方案中，本发明的组合物还包含royalcanintmindoorlife宠物食品。102.3.治疗方法103.在一些非限制性实施方案中，本公开的主题提供了在有需要的受试者中用于增强或改善微生物组、改善肠道健康和/或治疗肠道菌群失调的方法。在一些实施方案中，受试者是伴侣动物，例如狗或猫。在一些实施方案中，该方法可以提高伴侣动物的免疫力、消化功能、粪便质量和数量，和/或减轻生态失调。104.在一些实施方案中，该方法包括给予受试者有效量的本公开的任何组合物。在一些实施方案中，该方法进一步包括监测受试者中本公开的任何细菌分类群。在一些实施方案中，在受试者的粪便样品中测量细菌分类群。在一些实施方案中，测量来自受试者肠道的样品的细菌分类群。105.在一些实施方案中，组合物可以以每天20次至每天1次、每天10次至每天1次、或每天5次至每天1次给予受试者。在一些实施方案中，组合物可以以每天1次、每天2次、每天3次、每天4次、每天5次、每天6次、每天7次、每天8次、9每天一次、每天10次或更多次给予受试者。在一些实施方案中，组合物可以以每2天一次、每3天一次、每4天一次、每5天一次、每6天一次、每周一次、每2周一次、每3周一次或每月一次给予受试者。在一些实施方案中，该组合物可以以连续方式给予动物，例如其中动物以本主题组合物的连续可用的供应来进食。106.在一些实施方案中，组合物的剂量在每天约1mg/kg体重和每天约5000mg/kg体重之间。在一些实施方案中，宠物食品的剂量在每天约5mg/kg体重至每天约1000mg/kg体重之间、每天约10mg/kg体重至约500mg/kg体重之间、每天约10mg/kg体重至每天约250mg/kg体重之间、每天约10mg/kg体重至每天约200mg/kg体重之间、每天约20mg/kg体重至每天约100mg/kg体重之间、每天约20mg/kg体重至每天约50mg/kg体重之间或它们的任何中间范围。在一些实施方案中，宠物食品的剂量为每天至少约1mg/kg体重、每天至少约5mg/kg体重、每天至少约10mg/kg体重、每天至少约20mg/kg体重、每天至少约50mg/kg体重、每天至少约100mg/kg体重、每天至少约200mg/kg体重或更多。在一些实施方案中，宠物食品的剂量为每天不超过约5mg/kg体重、每天不超过约10mg/kg体重、每天不超过约20mg/kg体重、每天不超过约50mg/kg体重、每天不超过约100mg/kg体重、每天不超过约200mg/kg体重、每天不超过约500mg/kg体重或更多。107.在一些实施方案中，组合物的量在喂养伴侣动物的过程中减少。在一些实施方案中，组合物的浓度在喂养伴侣动物的过程中增加。在一些实施方案中，组合物的浓度基于伴侣动物的年龄而改变。108.在某些非限制性实施方案中，本公开的主题提供了一种用于测定有需要的伴侣动物的肠道健康状况的方法。109.在一些实施方案中，细菌分类群的量可以通过本领域已知的任何方法测定。在一些实施方案中，该方法包括但不限于检测与微生物相关的蛋白质/抗原的基于抗体的检测方法，例如酶联免疫吸附测定(elisa)、流式细胞术、蛋白质印迹；以及检测与微生物相关的16srrna的方法，例如实时聚合酶链式反应(rt-pcr)、定量聚合酶链式反应(qpcr)、dna测序和微阵列分析。在一些实施方案中，微阵列包括用于检测本文公开的任何肠道微生物的探针。110.在一些实施方案中，治疗方案可以是本领域已知的生态失调的任何治疗方案。在一些实施方案中，治疗方案包括本文公开的治疗方法。111.在一些实施方案中，肠道细菌的量从受试者的粪便样品中测量。112.4.测试、跟踪和监测方法113.另外地或可替代地，可以通过测定伴侣动物微生物组内细菌的种的多样性来评估伴侣动物的微生物组的健康。为此，确定伴侣动物微生物组内细菌的种的多样性指数，并将其与对照数据集的多样性指数进行比较。通过重复抽样评估微生物组的稳定性，其中多样性的稳定性是微生物组的健康的标志。114.对照数据集115.将细菌的种的丰度与来自具有相似实际年龄的伴侣动物例如犬科动物(例如幼年犬科动物、成年犬科动物、较老犬科动物或老年犬科动物)的对照数据集进行比较。pct/us2020/014292或wo2020/150712通过引用整体并入本文中，它们提供了合适的对照数据集，所述对照数据集可与来自犬科动物的微生物组组成进行比较。116.可替代地或另外地，可制备对照数据集。为此，可以分析两只或更多(例如，3、4、5、10、15、20或更多)健康犬科动物的微生物组，以确定微生物组中所含物种的丰度。在这种情况下，健康的犬科动物是尚未诊断出患有已知影响微生物组的疾病的犬科动物。此类疾病的实例包括肠易激综合征、溃疡性结肠炎、克罗恩病和炎症性肠病。优选地，犬科动物没患有生态失调。生态失调是指体内微生物群失衡，这是由于肠道中关键细菌(keystonebacteria)(例如双歧杆菌(bifidobacteria)，如长双歧杆菌亚种婴儿双歧杆菌(b.longumsubsp.infantis))水平不足或有害细菌过多。用于检测生态失调的方法是本领域众所周知的。两只或更多犬科动物通常来自特定的生命阶段。例如，它们可以是幼年犬科动物、成年犬科动物、较老犬科动物或老年犬科动物。这很有用，因为微生物组在犬科动物的一生中发生变化，因此需要将微生物组与处于同一生命阶段的犬科动物进行比较。在犬科动物是狗的情况下，对照数据集还可来自相同品种的狗，或在狗是杂种狗的情况下，来自狗的直系祖先(父母或祖父母)之一的相同品种。117.制备对照数据集的具体步骤可包括分析至少两只(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多)幼年犬科动物的微生物组组成，和/或至少两只(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多)成年犬科动物，和/或至少两只(例如，3、4、5、6、7、89、10、15、20或更多)较老犬科动物和/或至少两只(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多)老年犬科动物；确定细菌的种(特别是上文讨论的那些)的丰度；并将这些数据编译成对照数据集。118.对于测定微生物组的多样性指数的实施方案，可以以类似的方式准备对照数据集。特别地，多样性指数可以在特定生命阶段(幼犬、成年、较老或老年)的两只或更多健康犬科动物中测定。然后可以使用结果来确定犬科动物在该生命阶段的多样性指数的平均范围。119.应当理解，不需要每次执行本发明的方法时都制备对照数据集。相反，技术人员可以依赖已建立的对照集。120.对照数据集还可以包括来自同一伴侣动物在不同时间点的数据。121.允许技术人员检测和定量细菌分类群的技术在本领域中是众所周知的。这些技术包括例如16srdna扩增子测序、鸟枪法测序、宏基因组测序、illumina测序和纳米孔测序。优选地，细菌分类群通过对16srdna序列进行测序来确定。122.在一些实施方案中，细菌分类群通过对v4-v6区域进行测序来确定，例如使用illumina测序。123.细菌的种还可通过本领域已知的其他方式来检测，例如rna测序、蛋白质序列同源性或指示细菌的种的其他生物标记物。124.然后，可以使用测序数据来确定样品中存在或不存在不同细菌分类群。例如，序列可以以98％、99％或100％的同一性聚类，然后可评估丰度的分类群(例如，代表总序列的0.001以上的那些)的相对比例。合适的技术是本领域已知的，并且包括例如逻辑回归、偏最小二乘判别分析(pls-da)或随机森林分析和其他多变量方法。125.概述126.术语“包括(comprising)”涵盖“包括(including)”以及“由……组成(consisting)”，例如“包括”x的组合物可仅由x组成或可包括额外的东西，例如x+y。127.与数值x相关的术语“约”是可选的并且表示例如x±10％。128.术语“基本上”不排除“完全”，例如，“基本上不含”y的组合物可完全不含y。必要时，本公开的方法和组合物的定义中可省略“基本上”一词。129.提及两个核苷酸序列之间的百分比序列同一性是指，当比对时，在比较两个序列时，该百分比的核苷酸是相同的。可使用本领域已知的软件程序来确定该比对和同源性百分比或序列同一性。使用blast(基本局部比对搜索工具)算法或smith-waterman同源性搜索算法确定优选的比对，使用仿射间隙搜索，间隙开放罚分为12，间隙扩展罚分为2，blosum矩阵为62。比对可以在整个参考序列上进行，即它可以在本文公开的序列的100％长度上进行。130.除非特别说明，否则包括多个步骤的过程或方法可在方法开始或结束包括另外的步骤，或可包括另外的中间步骤。此外，如果合适，可组合、省略或以替代顺序执行步骤。131.本文描述了所公开的组合物和方法的各种实施方案。应当理解，每个实施方案中指定的特征可与其他指定的特征组合，以提供进一步的实施方案。特别地，在此强调为合适的、典型的或优选的实施方案可彼此组合(除非它们是相互排斥的)。132.本发明的实施方式133.实施例1：用于通过肠道微生物群影响粪便ph值、以及影响胃肠道健康和抵抗力的基于纤维的组合物134.介绍135.结肠微生物群落对于肠道屏障的完整性以及向宿主提供必需代谢物至关重要。虽然肠道菌群的细菌比例发生了变化，但对宠物肠道微生物组的研究主要使用粪便替代样本进行。这代表了与非侵入性人类肠道微生物组方法类似的方法，其中粪便样本分析为管腔样本的标准代替物，以深入了解肠道微生物组。136.进行一项喂养研究，以确定一组动物中是否存在益生元/可溶性和不溶性纤维组合。组合物由饲料级纤维素、甜菜粕和低聚半乳糖(gos)配制而成，该研究旨在评估改变的肠道微生物组成或微生物组是否与以未加工的膳食配料形式喂给这些成分有关，以及是否观察到对全身健康的影响。全身/生理测量包括粪便稠度和排便特征全血细胞计数(cbc)和血液内毒素(脂多糖)水平。137.方法138.一组32只狗分配到该研究中，该研究利用交叉设计比较测试和对照处理，以评估与对照参考饮食相比，作为膳食配料喂给的成分是否改变组成或狗的微生物群特征。除了评估粪便微生物群之外，还通过血液白细胞群的血液学测量来评估是否观察到全身治疗效果，所述血液白细胞群可指示通过喂给组合物诱导的免疫效应。139.在整个研究过程中喂给一致的优质商业宠物干宠物食品(rcindooradultdog)。在每个研究阶段开始时，每天每餐将对照饮食或具有应用于饮食的测试宠物食品膳食配料组合物(纤维素、甜菜粕和gos)之一的对照饮食喂给狗。每天给动物喂食两次，每次处理(对照基础饮食或含有纤维膳食配料的基础饮食；表2.1)的喂给时间为21天，以允许长时间收集粪便质量数据，并在饮食变化后稳定胃肠道微生物群。140.每天记录粪便质量，并在第2-4天和第18-20天(或者如果在目标日期没有产生用于收集的样品，则+1天)收集用于评估微生物组的粪便样品。在每只狗排便后不超过15分钟收集新鲜的粪便样本，并将其储存在-80摄氏度，然后进行使用深度测序方法分析粪便中的微生物组成的处理，以通过16srdna区域v3-6的扩增子测序确定细菌群落组成。141.在每个阶段结束时从群组的固定子集(consistentsubset)(10只动物)收集一次6ml空腹血样，以评估全血细胞计数(cbc)和血液内毒素(脂多糖)水平。142.表2.1成分组成纤维素、甜菜粕和gos[0143][0144]实验方法的统计方法[0145]该试验遵循21天阶段的双向交叉设计。将三十二只较老犬分成两个实验组；a和b。a组在第一阶段接受测试饮食(基础+纤维素、甜菜粕和gos)，然后接受对照饮食(仅基础)，而b组在第一阶段接受对照饮食，然后接受测试饮食(基础+纤维素、甜菜粕和gos)。[0146]统计模型：对于每日摄入量(g)和粪便ph值，拟合线性混合效应模型，将对饮食的反应、阶段时间及其相互作用建模为固定效应，将动物建模为随机效应。为了确定不可接受粪便的比例(％腹泻粪便；所有数据)和不可接受粪便的比例(每个阶段的最后14天)的显著性，拟合二项式广义线性混合效应模型，将针对饮食的二元响应(可接受＝0，不可接受＝1)建模为固定效应，并将具有嵌套在笔对(penpair)中的阶段日期的笔对建模为随机结构。对于所有其他测量，拟合线性混合效应模型，将对饮食的反应建模为固定效应，动物建模为血液测量的随机效应，而将具有嵌套在笔对中的阶段日期的笔对建模为粪便湿重测量的随机结构。(线性混合)模型残余物(residual)的目视检查用于评估与模型假设的一致性。在需要时应用log10变换以满足正态性假设。[0147]输出：从所有模型中，报告每种饮食或每种饮食每次(如果合适)的95％置信区间的平均值。在应用log10转换的情况下，报告的平均值和ci(置信区间)转换回原始标度(scale)。对于二项式glmm(二项式广义线性混合模型)，报告的平均值和ci代表比例。在饮食之间进行对比，或如果合适，在每次饮食之间、每种饮食的时间之间以及饮食之间比较的时间比较之间进行对比。这些对比报告为95％置信区间的倍数变化和在应用log10转换的情况下与1的差异的p值，95％置信区间的可能性比例(oddsratio)，以及对于二项式glmm与1的差异的p值以及95％置信区间的差异，以及对于所有其他模型与0的差异的p值。[0148]结果[0149]总共32只狗分配到并完成研究。下表显示了两个实验组之间的品种、性别、年龄和地点的平衡。参加该研究的所有动物均已绝育。这些狗都是纯种的，分为三个品种，即比格犬(beagle)、布列塔尼猎犬(brittanyspaniel)和拉布拉多猎犬(labradorretriever)。分配到该研究中的动物年龄为8.9至12.9岁，14只雌性，18只雄性。这些群体在性别和品种体型方面非常平衡。[0150]对于每种测量，在表格中报告了平均值和对比并附有示出平均值和置信区间的图。显著的对比在图中用星形和条形突出显示。[0151]表2.2群组详情：性别[0152][0153]群组(cohort)详情：[0154][0155]群组详情：[0156][0157]配料喂养的狗的粪便评分和不可接受的粪便百分比显著降低(p《0.001；图2)。在开始和结束阶段，配料喂养的狗的粪便ph值显著降低(p《0.001)。[0158]纤维素、甜菜粕和gos组合物显著降低了粪便质量、不可接受粪便的百分比和粪便ph值，这表明狗的微生物代谢物和微生物组发生变化。在处理组之间每日喂给量相同的情况下，当狗接受配料纤维素、甜菜粕和gos组合物时，狗的每日粪便湿重和粪便量也显著增加(p《0.001；图2)。[0159]粪便ph[0160]饮食阶段时间平均值(95％ci)皇家狗粮室内生活(royalcaninindoorlife)基线6.32(6.25,6.4)皇家狗粮室内生活(royalcaninindoorlife)端点6.34(6.27,6.42)royalcaninindoorlife+sbp/gos/cell基线6.04(5.97,6.11)royalcaninindoorlife+sbp/gos/cell端点6.12(6.05,6.2)[0161]粪便ph对比[0162][0163]表2.3：每个阶段结束时采集的10只狗的全血细胞计数*p《0.05[0164][0165]当狗在阶段结束时接受纤维素、甜菜粕和gos的膳食配料时，狗的血液淋巴细胞计数显著降低(p＝0.042)。处理对测量的其他血液参数没有显著影响。[0166]结论[0167]纤维素、甜菜粕和gos组合物显著降低了粪便质量、不可接受粪便的百分比和粪便ph值，表明狗的微生物代谢物和微生物组发生了变化。当狗接受配料纤维素、甜菜粕和gos组合物时，它们的每日粪便湿重和粪便数量也显著增加。可在主餐之外提供的配料和增强功能性补充产品可提供能够增强主餐产品之外的干预措施的灵活性的平台。[0168]实施例2：用于影响肠道微生物组和胃肠健康的基于纤维的组合物[0169]该实施例描述了一种成分的组合，所述组合通过在粪便中测得的改变的肠道微生物群来改变微生物组并赋予狗生理效应。这种改变的肠道微生物群与实施例1中观察到的有益效果相关，即，微生物组的增强与腹泻发生率降低、粪便稠度和淋巴细胞水平的改变有关，其中淋巴细胞是参与抗原清除和炎症的关键白血细胞(whitebloodcell)或白细胞(leukocyte)。[0170]材料和方法[0171]如实施例1中的研究设计和分析方法。[0172]方法[0173]该方法包括通过诸如qiaamppowerfaecaldna试剂盒(qiagen)的方法从新鲜产生的粪便样品中提取dna，随后使用分子生物学技术检测存在的16srdna或rrna或其他遗传特征，从而确定粪便或其他胃肠道样本中微生物群落的细菌丰度以及分类群或物种丰富度。从新鲜产生的粪便中提取dna并通过16srdna扩增子、鸟枪法、宏基因组、illumina、纳米孔或其他dna测序技术等技术对dna进行测序后，将得到的dna序列聚类到物种(》98％id)水平，并且确定单个分类单元(otu)的分类群的相对丰度，以总序列的比例表示。otu的总数和相对丰度数据用于计算香农多样性，这说明了检测到的物种的丰度和均匀度。香农多样性可以通过以下方法计算：[0174][0175]使用包括香农多样性指数和样本总otu数在内的α多样性等函数确定微生物群的多样性后，可对从对照饮食开始和结束时收集的群组的样本以及从sbp/gos/cell(甜菜浆/低聚半乳糖/纤维素)饮食开始和结束时收集的群组的样本比较多样性。[0176]微生物群分析(microbiotaanalysis)[0177]在生物信息学处理之后，总共鉴定了5160个otu，在删除罕见序列(raresequence)后减少至404个otu。删除罕见序列后，表密度(非零值的比例)为0.752，每个样本的平均读取数为82,798(最小值：26,610，最大值：167,912)。使用silva数据库(v132,2020)的分类学分配表明，数据集中的分类分为8个门、33个科和84个属。而158个otu(39％)分配到物种级别。使用香农指数估计细菌α多样性，以说明样本中存在的物种的丰度和均匀度。香农多样性(shannon,1997)在物种水平上进行估计，并以+/-95％置信区间表示。为了探索当狗接受改变微生物群的成分时的otu组成，使用bray-curtis对比例并使用phate(moon等人，2019)对逻辑变换转换数据(logitalt.transformeddata)进行非度量多维尺度分析(nmds)。[0178]结果和讨论[0179]微生物多样性[0180]与动物仅接受对照饮食时相比，当其接受微生物组补充剂成分时，粪便微生物群中估计的平均细菌多样性较低(p＝0.023)，如通过香农指数测量的。统计分析表明，在两个喂食阶段内，多样性随时间显著降低，但是饮食与饮食时间之间没有显著的相互作用，这表明微生物多样性的变化发生在喂食阶段的早期。在21天的喂食阶段(—结束)接受对照饮食时，相对于大多数群组，几个异常数据点(outlyingdatapoint)显示出多样性降低(si≤2.1)，但群组内的变化明显性降低(图4，对照—结束)。这表明在接受膳食补充剂后，群组内粪便多样性的变化减少。在整个群组中没有观察到多样性增加，这表明在21天的补充喂食阶段过程中对一些动物的微生物群具有普遍的稳定作用。[0181]这些数据与观察到的腹泻粪便减少、粪便稠度增加、粪便ph值降低以及运输和排便频率增加一致(参见实施例1；“用于通过肠道微生物群影响粪便ph值、以及影响胃肠道健康和抵抗力的基于纤维的组合物”)。[0182]粪便微生物群中的细菌丰度[0183]由于微生物群内的种系发生(phylogeny)数量和驻留微生物群的个体差异，跨组群的一致差异可能难以识别。当动物接受补充剂时，几个微生物家族的平均丰度显著不同。同样地，这些家族在喂食阶段并非在每种情况下都随着时间而改变，即使在短短2-4天的喂食期后也观察到对估计组平均值的影响。当动物接受补充剂时，观察到与不溶性碳水化合物/纤维消耗、消瘦(leanessness)和固体粪便稠度相关的拟杆菌科(bacterioidaceae)的otu丰度增加。同时，在狗接受微生物组成分补充剂的整个期间，免疫原性丹毒丝菌科(erysipelotrichaceae)显著减少。较老群组粪便微生物群中免疫活性群体的增加以及血液白细胞群体的显著改变(淋巴细胞数据参见实施例1)表明膳食补充剂还可对幼年动物在免疫启动期间有效。在动物接受补充剂组合时，与人类胃肠道健康相关的消化链球菌(peptostreptococcaeae)科由于其在粘蛋白转换中的作用而在动物粪便中减少。这些数据值得进一步研究，因为消化链球菌(peptostreptococcaeae)以及厚壁菌门(phylumfirmicutes)其他成员的粘蛋白代谢可为结肠上皮的丰富能量来源，并有助于宿主体内的正能量平衡。因此，这些数据可表明对饱腹感和肥胖有影响。[0184]当考虑分配至消化链球菌(peptostreptococcus)属的微生物时，相同的补充剂组合与相对于总粪便微生物群落而言消化链球菌(peptostreptococci)丰度降低无关(图6)，但是，在同时接受对照饮食的动物中检测到随时间的显著相互作用，其中丰度随时间降低。这表明具有高度相似的16srdna序列的相关生物体的改变可为整个阶段微生物群均匀度的原因。值得注意的是密切相关的mogibacteriacaeae科，与消化链球菌相比，其16srdna生物标志物序列仅具有微小差异，并且其与生产动物的红肉中增强的能量平衡和随之而来的脂肪斑块有关。[0185]在厌氧螺旋菌(anaerobiospirillium)属中检测到能量平衡和免疫功能的其他促成因素，其中与喂食补充剂相比，当接受对照饮食时，在动物的粪便群落中这些生物体的丰度持续增加。该属的细菌的种如产琥珀酸厌氧螺菌(anaerobiospirilliumsucciniproducens)是琥珀酸的多产生产者，其中琥珀酸是防治炎症、细菌代谢的关键代谢物，也是三羧酸(tca)循环的中间体。最后，认为来自变形杆菌(proteobacteria)门的大肠杆菌(escherichia)/志贺氏菌(shigella)微生物生物标志物是具有机会致病潜力的共生菌，并且与许多严重的胃肠道病原体在基因上相同(通过分析16srdna生物标志物序列)。类似地，与消化链球菌相比，大肠杆菌(escherichia)/志贺氏菌(shigella)(包括大肠杆菌(e.coli)、胎儿大肠杆菌(e.fetus)和所有志贺氏菌(shigella)亚型)微生物群落的相对丰度显示出随时间的相互作用。在动物接受对照饮食的21天期间，相对于总种群，大肠杆菌(escherichia)/志贺氏菌(shigella)的丰度增加，相反地，在狗接受补充剂期间，水平下降(图6)。这些数据再次表明，补充剂在喂养中增加微生物群的作用不仅限于年长动物，还可积极增加并稳定各个年龄范围的狗的结肠微生物群，特别是在腹泻、粪便稠度、免疫启动或能量平衡是想要的生理作用的情况下。当前第1页12当前第1页12