1.一种从含淀粉材料或含纤维素材料生产发酵产物的方法，所述方法包括：
(a)糖化所述含淀粉材料或含纤维素材料；和
(b)用发酵生物发酵步骤(a)的经糖化的材料；
其中所述发酵生物包含编码蛋白酶的异源多核苷酸，所述蛋白酶具有与seqidno:9、14、16、21、22、33、41、45、61、62、66、67和69中任一个的氨基酸序列至少80％序列同一性，例如至少85％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性的成熟多肽序列。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述异源多核苷酸编码蛋白酶，所述蛋白酶具有与seqidno:9、14、16、21、22、33、41、45、61、62、66、67和69中任一个的氨基酸序列相差不超过十个氨基酸，例如相差不超过五个氨基酸、相差不超过四个氨基酸、相差不超过三个氨基酸、相差不超过两个氨基酸、或相差一个氨基酸的成熟多肽序列。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述异源多核苷酸编码蛋白酶，所述蛋白酶具有包含seqidno:9、14、16、21、22、33、41、45、61、62、66、67和69中任一个的氨基酸序列或由其组成的成熟多肽序列。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中步骤(a)的糖化发生在含淀粉材料上，并且其中所述含淀粉材料是糊化的或未糊化的淀粉。
5.如权利要求4所述的方法，所述方法包括在糖化之前，通过使所述含淀粉材料与α-淀粉酶接触来液化所述材料。
6.一种从含淀粉材料生产发酵产物的方法，所述方法包括：
(a)用α-淀粉酶液化所述含淀粉材料；
(b)糖化来自步骤(a)的液化醪；和
(c)用发酵生物发酵步骤(b)的经糖化的材料；
其中步骤(a)的液化和/或步骤(b)的糖化在外源添加的蛋白酶存在下进行；并且
其中所述发酵生物包含编码蛋白酶的异源多核苷酸。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中发酵在减氮条件下进行(例如，少于1000ppm补充尿素或氢氧化铵，如少于750ppm、少于500ppm、少于400ppm、少于300ppm、少于250ppm、少于200ppm、少于150ppm、少于100ppm、少于75ppm、少于50ppm、少于25ppm、或少于10ppm补充氮)。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中在同时糖化和发酵(ssf)中同时进行发酵和糖化。
9.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中顺序进行发酵和糖化(shf)。
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，所述方法包括：从所述发酵中回收所述发酵产物。
11.如权利要求10所述的方法，其中从所述发酵中回收所述发酵产物包括蒸馏。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述发酵产物是乙醇。
13.如权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述发酵生物包含编码葡糖淀粉酶的异源多核苷酸。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述葡糖淀粉酶是密孔菌葡糖淀粉酶(例如，本文所述的血红密孔菌葡糖淀粉酶)、粘褶菌葡糖淀粉酶(例如，本文所述的篱边粘褶菌或密粘褶菌葡糖淀粉酶)、或者酵母菌葡糖淀粉酶(例如，本文所述的扣囊复膜酵母菌葡糖淀粉酶，如seqidno:102或seqidno:103)。
15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述发酵生物包含编码α-淀粉酶的异源多核苷酸。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述α-淀粉酶是芽孢杆菌α-淀粉酶(例如，本文所述的嗜热脂肪芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、或地衣芽孢杆菌α-淀粉酶)，或者德巴利酵母α-淀粉酶(例如，本文所述的西方德巴利酵母α-淀粉酶)。
17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述发酵生物是酿酒酵母细胞。
18.一种重组酵母细胞，所述重组酵母细胞包含编码蛋白酶的异源多核苷酸，其中所述异源多核苷酸编码蛋白酶，所述蛋白酶具有与seqidno:9、14、16、21、22、33、41、45、61、62、66、67和69中任一个的氨基酸序列至少80％序列同一性，例如至少85％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性的成熟多肽序列。
19.如权利要求18所述的重组酵母，其中所述细胞是酿酒酵母细胞。
20.如权利要求18或19所述的重组酵母，其中所述发酵生物包含编码葡糖淀粉酶的异源多核苷酸和/或编码α-淀粉酶的异源多核苷酸。