用于对骨髓干细胞疗法的响应的预测的方法

文档序号:26100718发布日期:2021-07-30 18:11阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于对疾病治疗、尤其心血管再生的响应的预测的方法,其中所述方法包括

(i)在受试者的样本中确定一基因和/或基因表达作为生物标志物,其中所述基因和/或基因表达包括突变变异体,

(ii)将被确定的基因和/或基因表达突变变异体与基线值和/或基准比较,优选与没有体细胞突变的基因和/或基因表达的非疾病类型或个体的参考细胞的基线值和/或基准比较,

(iii)基于所述比较的结果在所述受试者中预测对疾病治疗、尤其组织修复、优选心脏修复的响应是被预期的、不被预期的还是含糊不定的。

2.根据权利要求1所述的用于对疾病治疗、尤其心血管再生的响应的预测的方法,其中所述方法包括

(i)在受试者的样本中确定sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达作为生物标志物,其中所述sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达包括突变变异体,

(ii)将该被确定的sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达突变变异体与基线值和/或基准比较,优选与没有体细胞突变的基因和/或基因表达的sh2b3非疾病类型或个体的参考细胞的基线值和/或基准比较,

(iii)基于所述比较的结果在所述受试者中预测对疾病治疗、尤其组织修复、优选心脏修复的响应是被预期的、不被预期的还是含糊不定的。

3.根据权利要求2所述的方法,其中所述sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达是敲除基因和/或敲除基因表达变异体。

4.根据权利要求2和/或3所述的方法,其中所述sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达包含sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达变异体1和/或sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达变异体2中的至少一个突变。

5.根据权利要求2、3和/或4所述的方法,其中所述sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达包含根据seqidno:1和/或seqidno:2的序列。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还使用lnk蛋白表达和/或sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达变异体的功能的分析。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还使用一个或更多个生物标志物,其中其它生物标志物选自血管生成因子、存活因子、趋化因子、循环内皮祖细胞(epc)、循环内皮细胞(cec)、循环血小板、循环单核细胞和亚群、mnc亚群和/或全基因组序列rna上的受体/配体表达。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述生物标志物优选选自plcg1、epo、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb、vegf、bex3、delta_ct_sh2b3、znf205、ltb、emg1、cd34+细胞/mlpb、baz1a和/或cd133+细胞/mlpb,更优选选自plcg1、epo、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb和/或vegf。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中预测准确性的灵敏度和特异性高于约90%,优选地高于约92%,更优选地高于约93%,最优选地高于约94%。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中plcg1、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb、bex3、znf205、emg1、baz1a和/或ltb在rna水平上被测定和/或其中epo和/或vegf在蛋白质水平上被测定。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法用于对干细胞疗法和/或血管生成响应的诱导和/或包括心肌梗塞、中风和外周缺血性血管疾病、心脏病在内的心血管疾病的组织修复和/或缺血预处理的响应的术前预测。

12.根据前述权利要求中任一项所述的用于对干细胞疗法的响应的预测的方法,其中所述样本取自患有心脏病和/或动脉硬化的受试者。

13.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法包括剖析至少两个、三个、四个、五个、六个或更多个时间点的比较结果。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还包括临床诊断参数的使用。

15.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法用于剖析血管生成响应。

16.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还包括分析rna和/或mrna序列和/或功能性rna例如microrna和/或非编码rna和/或包含诊断特征的snp。

17.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还包括采用rna和/或dna序列分析和/或网络路径分析来分析药代动力学和药物遗传学数据。

18.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法还包括表型的分析。

19.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述干细胞疗法包括cd133阳性干细胞的移植。

20.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述受试者是人类。

21.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述样本是血液、血清和/或血浆样本和/或组织活检样本和/或循环干细胞例如epc的样本。

22.一种生物标志物,所述生物标志物选自sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达突变变异体和/或源自sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达突变变异体的淋巴细胞衔接蛋白质表达,其在用于对疾病治疗、尤其心血管再生的响应的预测的方法中使用。

23.根据权利要求22所述的生物标志物,所述生物标志物在用于对疾病治疗、尤其对心血管再生的响应的预测的方法中使用,其中所述生物标志物与一个或更多个其它生物标志物组合使用,其中所述其它生物标志物选自血管生成因子、存活因子、趋化因子、循环内皮祖细胞(epc)、循环内皮细胞(cec)、循环血小板、循环单核细胞和亚群、mnc亚群和/或全基因组序列rna上的受体/配体表达。

24.根据权利要求23所述的生物标志物的组合,所述生物标志物在用于对疾病治疗、尤其对心血管再生的响应的预测的方法中使用,其中所述生物标志物与一个或更多个其它生物标志物组合使用,其中所述生物标志物选自plcg1、epo、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb、vegf、bex3、delta_ct_sh2b3、znf205、ltb、emg1、cd34+细胞/mlpb、baz1a和/或cd133+细胞/mlpb,更优选选自plcg1、epo、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb和/或vegf。

25.根据权利要求23或24所述的生物标志物的组合,所述生物标志物在用于对疾病治疗、尤其对心血管再生的响应的预测的方法中使用,其中plcg1、lpcat2、grb2、ap1b1、afap1、klf8、mark3、rex1bd、sacm1l、pdgfrb、bex3、znf205、emg1、baz1a和/或ltb在rna水平上被测定和/或其中epo和/或vegf在蛋白质水平上被测定。

26.根据权利要求22所述的生物标志物或根据权利要求23至25中任一项所述的生物标志物的组合,其在用于对疾病治疗、尤其对心血管再生的响应的预测的方法中使用,其中所述方法还包括对临床诊断数据、和/或rna和/或mrna和/或功能性rna例如microrna和/或非编码rna和/或snp的分析,和/或对药代动力学数据的分析,和/或对表型的分析。

27.根据权利要求1至21中任一项所述的方法或根据权利要求22所述的生物标志物或根据权利要求23至26中任一项所述的生物标志物的组合,其中所述方法和/或所述生物标志物用于对干细胞疗法的响应的术前预测,并且其中所述干细胞疗法伴随有冠状动脉旁路移植术(cabg)和/或缺血-再灌注干预。

28.一种试剂盒,其适合用于执行根据权利要求1至21中任一项所述的方法,其中所述试剂盒包括检测剂,所述检测剂用于在所述受试者的样本中确定权利要求1至10所述的一个或更多个生物标志物中的每个的量。

29.一种计算机设备,所述计算机设备包括处理器和耦合至所述处理器的编码一个或多个机器学习(ml)模型的存储器,其中所述程序使所述处理器执行以下方法,所述方法包括

(iii)将根据权利要求1至10中任一项确定的所述的一个或更多个生物标志物与基线值和/或基准比较,优选与没有突变变异体的sh2b3-基因和/或sh2b3-基因表达的基线值和/或基准比较,

(iv)基于所述比较的结果在受试者中预测对疾病治疗、尤其组织再生、优选心血管再生的响应是被预期的、不被预期的还是含糊不定的。

30.一种设备,所述设备适合用于执行根据权利要求1至21中任一项所述的方法,所述设备包括

(i)分析单元,所述分析单元用于在所述受试者的样本中确定根据权利要求1至10中任一项所述的生物标志物相应的量,以及

(ii)根据权利要求29所述的计算机设备。


技术总结
本发明涉及一种用于对疾病治疗、尤其组织再生、优选心血管再生的响应的预测的方法,其包括生物标志物的使用。此外,本发明涉及一种在用于对疾病治疗、尤其组织再生、优选心血管再生的响应的预测的方法中使用的生物标志物的组合、一种用于执行根据本发明的方法的计算机设备以及一种适合用于执行本发明的方法的设备。

技术研发人员:G·施泰因霍夫;M·沃尔费恩
受保护的技术使用者:罗斯托克大学
技术研发日:2019.10.11
技术公布日:2021.07.30
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