鉴定番茄抗晚疫病性状的方法及其所用分子标记和引物的制作方法
【专利说明】
[0001] 本申请是申请号为201410059173. 0、申请日为2014年02月21日、发明创造名称 为"鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法及其专用分子标记和引物"的分案申请。
技术领域
[0002] 本发明涉及鉴定番茄抗晚疫病性状的方法及其所用分子标记和引物。
【背景技术】
[0003] 番茄属于茄科植物，一年生或多年生。番茄染色体数2n= 24,基因组约为950Mb。 番茄由于具有风味独特、食用多样、适应性广、容易栽培等特点，早已成为世界上重要的蔬 菜作物。据联合国粮农组织统计，2010年世界番茄总产量达1.45亿吨。随着生产上长时间 连续栽培，以及全球范围的气候的变化，番茄生产面临越来严重的生物和非生物逆境的挑 战，同时消费者对产品品质以及产品的多样性的要求也越来越高。利用不断发展的育种理 论和技术，培育满足生产和市场需求的优良品种，是番茄育种的根本目的。从上世纪80年 代后期开始，分子标记辅助选择技术和基因工程技术为核心的生物育种技术得到了快速的 发展。同时作为重要的模式植物，番茄在分子遗传学、分子生理学、基因组学以及生物进化 领域等得到了广泛而深入的研究。这一切共同推动番茄育种比其他任何蔬菜作物都更早地 进入到了分子操作的新阶段。随着遗传学的发展，遗传标记的应用得到广泛推广，分为形态 标记、细胞学标记、生化标记等表现型标记和DNA片段标记等基因型标记。DNA片段标记能 够直接反映生物个体或种群间基因组的某种差异，具有不受环境和基因表达的影响，而且 具有数量丰富，遗传稳定，操作简单等优点。常用的分子标记有基于Southern杂交的限制 性片段长度多态性标记（RFLP)，基于PCR技术的DNA扩增方法的随机扩增多态性DNA标记 (RAPD)，特定序列扩增标记（SCAR)和简单重复序列标记（SSR)，以及基于PCR与酶切相结合 的扩增片段长度多态性标记（AFLP)、切割扩增的多态性序列标记（CAPS)和单核苷酸多态 性（SNP)等。
[0004] 晚疫病由致病疫霉（Phytophthorainfestans)引起，是最具毁灭性的番前田间病 害之一。在有利病原菌生长的条件下，晚疫病可以以惊人的速度蔓延，7至10天便可杀死宿 主。由于近几年番茄晚疫病的不断流行，挖掘抗番茄晚疫病的分子标记也显得越来越重要。
【发明内容】
[0005] 本发明所要解决的技术问题是提供鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法及 其专用分子标记和引物。
[0006] 本发明提供了四种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法。
[0007] 本发明所提供的第一种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法，包括如下步 骤：以待鉴定番茄的基因组DNA为模板，用R2M1S进行PCR扩增得到R2M1S的PCR扩增产 物；检测所述R2M1S的PCR扩增产物的序列，按照下述方法确定所述待鉴定番茄的抗晚疫病 性状：
[0008] 如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 所述待鉴定番茄为抗晚疫病番茄或为候选抗晚疫病番茄；
[0009] 如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物不含有SEQIDNo. 3的DNA片 段，所述待鉴定番前为非抗晚疫病番前或为候选非抗晚疫病番前；
[0010] 所述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的单链DNA和SEQIDNo. 2所示的单链DNA组成。
[0011] 本发明所提供的第二种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法，包括如下步 骤：检测待鉴定番茄的基因组DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段，按照下述方法确定 所述待鉴定番茄的抗晚疫病性状：
[0012] 如果所述待鉴定番茄的基因组DNA中含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鉴定 番前为抗晚疫病番前或为候选抗晚疫病番前；
[0013] 如果所述待鉴定番茄的基因组DNA中不含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鉴 定番茄为非抗晚疫病番茄或为候选非抗晚疫病番茄。
[0014] 上述第二种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法中，所述检测待鉴定番茄的 基因组DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段的方法为：以所述待鉴定番茄的基因组DNA 为模板，用R2M1S进行PCR扩增得到R2M1S的PCR扩增产物，检测所述R2M1S的PCR扩增产 物的序列，按照下述方法确定所述待鉴定番茄的基因组DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA 片段：
[0015] 如果所述R2M1S的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鉴定番茄 的基因组DNA中含有SEQIDNo. 3的DNA片段；如果所述R2M1S的PCR扩增产物不含有SEQ IDNo. 3的DNA片段，所述待鉴定番茄的基因组DNA中不含有SEQIDNo. 3的DNA片段；所 述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的单链DNA和SEQIDNo. 2所示的单链DNA组成。
[0016] 本发明所提供的第三种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法，包括如下步 骤：以待鉴定番茄的基因组DNA为模板，用R2M1S进行PCR扩增得到R2M1S的PCR扩增产 物；以所述待鉴定番茄的基因组DNA为模板，用M67-3进行PCR扩增得到M67-3的PCR扩增 产物；检测所述R2M1S的PCR扩增产物的序列和所述M67-3的PCR扩增产物的序列，按照下 述方法确定所述待鉴定番前的抗晚疫病性状：
[0017] 如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 且所述M67-3的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鉴定番茄为抗晚疫病 番前或为候选抗晚疫病番前；
[0018] 如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物不含有SEQIDNo. 3的DNA片 段，且所述M67-3的PCR扩增产物不含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鉴定番茄为非抗 晚疫病番茄或为候选非抗晚疫病番茄；
[0019] 所述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的单链DNA和SEQIDNo. 2所示的单链DNA组成； 所述M67-3由SEQIDNo. 5所示的单链DNA和SEQIDNo. 4所示的单链DNA组成。
[0020] 本发明所提供的第四种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法，包括如下步 骤：检测待鉴定番茄的基因组DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段和SEQIDNo. 6的 DNA片段，按照下述方法确定所述待鉴定番茄的抗晚疫病性状：
[0021] 如果所述待鉴定番茄的基因组DNA中既含有SEQIDNo. 3的DNA片段也含有SEQ IDNo. 6的DNA片段，所述待鉴定番茄为抗晚疫病番茄或为候选抗晚疫病番茄；
[0022] 如果所述待鉴定番茄的基因组DNA中既不含有SEQIDNo. 3的DNA片段也不含有 SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鉴定番茄为非抗晚疫病番茄或为候选非抗晚疫病番茄。
[0023] 上述第四种鉴定或辅助鉴定番茄抗晚疫病性状的方法中，所述检测待鉴定番茄的 基因组DNA中是否含有SEQIDNo. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段的方法为以待鉴定番茄的 基因组DNA为模板，用R2M1S进行PCR扩增得到R2M1S的PCR扩增产物；以所述待鉴定番茄 的基因组DNA为模板，用M67-3进行PCR扩增得到M67-3的PCR扩增产物；检测所述R2M1S 的PCR扩增产物和所述M67-3的PCR扩增产物的序列，按照下述方法确定所述待鉴定番茄 是否含有SEQIDNo. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段：
[0024] 如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 且所述M67-3的PCR扩增产物含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鉴定番茄含有SEQID No. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段；如果所述待鉴定番茄的所述R2M1S的PCR扩增产物不含 有SEQIDNo. 3的DNA片段，且所述M67-3的PCR扩增产物不含有SEQIDNo. 6的DNA片 段，所述待鉴定番茄不含有SEQIDNo. 3和SEQIDN