一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法【专利摘要】本发明涉及一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法，属植物基因研究【
技术领域：
】。本发明的方法以注释的番茄功能基因组中的Unigene和CDS数据库为基础，首先搜索与番茄晚疫病抗性相关的Unigene，下载番茄全基因组CDS数据库，之后运用本地Blast程序，编程将输出的CDS序列数设置为1，筛选与Unigene最佳匹配的番茄晚疫病抗性相关功能基因。本发明的有益效果在于：直接使用注释的番茄基因组中的Unigene和CDS数据库，运用本地Blast程序，筛选与Unigene最佳匹配的有代表性的抗晚疫病功能基因，从而避开了繁琐的分子标记及图位克隆，为进一步的抗性育种提供有利用价值的基因资源。【专利说明】一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法【
技术领域：
】:[0001]本发明涉及一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法，属植物基因研究【
技术领域：
】。【
背景技术：
】:[0002]番爺晚疫病(Tomatolateblight)由致病疫霉[Phytophthorainfestans(Mont.)deBary]侵染所致,是一种毁灭性的世界性蔬菜病害，该病害对露地和保护地番茄均能造成严重危害。目前，防治晚疫病主要有生物防治和药剂防治两种方法，但存在防治效果不理想，农药污染及病原菌抗药性增强等问题，因此，培育抗性品种是一种防御番茄晚疫病有效、经济、绿色的方法。番茄对晚疫病的抗性由2类不同的基因控制，一类是调控质量性状的显性基因，命名为ph，一类是调控数量性状的QTL。一直以来，对抗性基因的定位主要运用分子标记的方法，已克隆出与抗性基因连锁的RAPD，CAPS,SSR等分子标记，从而为晚疫病抗性育种提供依据。然而，尽管已经明确了番茄对晚疫病抗性的遗传规律及与抗性基因连锁的各种分子标记，但是，如何使用这些分子标记准确定位并克隆目的抗性基因，之后运用转基因等生物技术定向提高番茄抗性，还有很长的路要走。在马铃薯抗性育种中，有研究者根据分子标记与抗性基因的遗传连锁图谱，通过图位克隆的方法克隆抗性基因，并通过转基因验证该基因功能。由于图位克隆自身的局限性及操作的复杂性，要获得抗性基因比较复杂，花费的人力、物力和时间较多。因此，如何快速发掘出有利用价值的晚疫病抗性基因，通过转基因的方法定向选育出番茄抗性品种，不失为一条快速、有效防治晚疫病的途径。[0003]番爺全基因组(http://solgenomics.net/)测序已于2012年完成，并提供搜索(Search)、比对(Blast)、作图和分子标记图谱(Map&Markers)及基因(Gene)等服务。番爺部分基因组数据库已公布，如Unigene，⑶S，基因位点(Loci)等，并对基因潜在功能进行了注释。目前对番茄晚疫病抗性基因的研究仅局限在与抗性基因连锁的各种分子标记上，但抗性基因的挖掘克隆还未见有公开的报道。【
发明内容】:[0004]本发明的目的在于提供一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法。[0005]本发明基于注释的番茄功能基因组数据库及本地Blast程序，发掘、克隆潜在的番茄晚疫病抗性相关基因，为今后晚疫病抗性育种提供可用的基因资源。[0006]本发明的具体步骤如下:[0007]第一步:本地Blast下载及安装,选择ncb1-blast-2.2.23+-1a32_win32.tar.gz,解压至F盘，并将文件夹更名为blast，包括两个文件:bin文件和doc文件；[0008]第二步:搜索并下载番茄晚疫病抗性相关Unigene，设置参数，结果搜索到106个Unigene,并将fasta格式的Unigene粘贴到一个文本文档中，去除txt扩展名，命名为late,作为query序列置于bin文件中，参数设置如附图所示。[0009]第三步:番爺全基因组数据库下载，选择ITAG2.3_cds.fasta,去除fasta扩展名，重新命名为cds,作为subject序列置于bin文件中；[0010]第四步:进入Blast安装目录并打开bin文件夹,开始菜单〉运行>cmd+确定〉进入dos系统>输入命令打开bin文件，输入命令为:[0011]C:\DocumentandSettings\Administrator>F:[0012]F:\>cdblast\bin[0013]F:\blast\bin〉；[0014]第五步:Makeblastdb格式化cds数据库:输入命令为:[0015]F:\blast\bin>makeblastdb.exe-1ncds-parse_seqids-hash_index-dbtypenucl；[0016]第六步:运行Blastn:以番煎晚疫病抗性相关Unigene为query序列搜索格式化的番煎cds数据库，按照如下命令进行:F:\blast\bin>blastn.exe-taskblastn-querylate—dbcds—max—target—seqsl—outtest.txt。[0017]本发明的有益效果在于:直接使用注释的番茄基因组中的Unigene和⑶S数据库，运用本地Blast程序，筛选与Unigene最佳匹配的有代表性的抗晚疫病功能基因，从而避开了繁琐的分子标记及图位克隆，为进一步的抗性育种提供有利用价值的基因资源。[0018]附图为参数设置步骤图。【具体实施方式】:[0019]本发明有关发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法，具体步骤如下:[0020]第一步:通过ftp://ftp.ncb1.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST,本地Blast下载及安装，选择ncb1-blast-2.2.23+-1a32_win32.tar.gz,解压至F盘，并将文件夹更名为blast，包括两个文件:bin文件和doc文件；[0021]第二步:通过http://soIgenomics,net/search/transcripts/unigene,搜索并下载番煎晚疫病抗性相关Unigene，设置参数，结果搜索到106个Unigene，并将fasta格式的Unigene粘贴到一个文本文档中，去除txt扩展名，命名为late，作为query序列置于bin文件中，参数设置如附图所示。[0022]第三步:ftp://ftp.solgenomics.net/tomato—genome/annotation/ITAG2.3—release/进行番煎全基因组数据库下载，选择ITAG2.3—cds.fasta，去除fasta扩展名，重新命名为cds，作为subject序列置于bin文件中；[0023]第四步:进入Blast安装目录并打开bin文件夹，开始菜单>运行>cmd+确定>进入dos系统>输入命令打开bin文件，输入命令为:[0024]C:\DocumentandSettings\Administrator>F:[0025]F:\>cdblast\bin[0026]F:\blast\bin〉；[0027]第五步:Makeblastdb格式化cds数据库:输入命令为:[0028]F:\blast\bin>makeblastdb.exe-1ncds-parse_seqids-hash_index-dbtypenucl；[0029]第六步:运行Blastn:以番煎晚疫病抗性相关Unigene为query序列搜索格式化的番煎cds数据库，按照如下命令进行:F:\blast\bin>blastn.exe-taskblastn-querylate—dbcds—max—target—seqsl—outtest.txt。[0030]经过上述步骤,得到了Unigene与⑶S的匹配情况及搜索到的⑶S的蛋白功能,具体如表1。[0031][0032]表1Unigene与⑶S的匹配情况及蛋白功能[0033]【权利要求】1.一种发掘番茄晚疫病抗性相关基因的方法，其特征在于该方法的具体步骤如下:第一步:本地Blast下载及安装,选择ncb1-blast-2.2.23+-1a32_win32.tar.gz,解压至F盘，并将文件夹更名为blast，包括两个文件:bin文件和doc文件；第二步:搜索并下载番茄晚疫病抗性相关Unigene，设置参数，结果搜索到106个Unigene,并将fasta格式的Unigene粘贴到一个文本文档中，去除txt扩展名，命名为late,作为query序列置于bin文件中:第三步:番爺全基因组数据库下载，选择ITAG2.3_cds.fasta,去除fasta扩展名，重新命名为cds,作为subject序列置于bin文件中；第四步:进入Blast安装目录并打开bin文件夹，开始菜单>运行>cmd+确定>进入dos系统>输入命令打开bin文件，输入命令为:C:\DocumentandSettings\Administrator>F:F:\>cdblast\binF:\blast\bin>第五步:Makeblastdb格式化cds数据库:输入命令为:F:\blast\bin>makeblastdb.exe—incds-parse_seqids-hash_index_dbtypenucl第六步:运行Blastn:以番爺晚疫病抗性相关Unigene为query序列搜索格式化的番爺cds数据库，按照如下命令进行:F:\blast\bin>blastn.exe-taskblastn-querylate—dbcds-max_target_seqsl_outtest.txt。【文档编号】G06F19/28GK103984881SQ201410084038【公开日】2014年8月13日申请日期:2014年3月10日优先权日:2014年3月10日【发明者】赵凯,朱海山,张宏,邓明华,杨正安,左志梅,王梓然申请人:云南农业大学