一种鉴定位于白菜a08染色体上的霜霉病抗性qtl的snp分子位点及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明设及生物技术领域中一种鉴定位于白菜A08染色体上的霜霉病抗性WL的 SNP分子位点及其应用。
【背景技术】
[0002] 白菜类作物是我国栽培面积最大的蔬菜作物，在我国菜篮子工程中的作用举足轻 重。而霜霉病是影响大白菜产量和品质的=大病害之一，大白菜的整个生育期均可发病，一 般使叶片变黄、干枯，严重了导致大白菜不结实或结实少，使品质和产量造成严重损失。生 产中通常使用杀菌剂进行霜霉病防治，不仅增加了生产成本，造成环境污染，还可能引起霜 霉菌生理小种的变异及病原菌的抗药性。筛选抗病遗传资源，培育抗病新品种是解决白菜 感霜霉病的根本途径，也是目前白菜最重要的育种目标之一。
[0003] 在大白菜霜霉病的抗性遗传研究方面，认为大白菜苗期对霜霉病的抗性属显性遗 传(钮屯、恪，1984)。基于BAS法获得了与不结球白菜霜霉病抗性基因连锁的RAPD标记，遗传 距离为6.7cM(冷月强等，2007)。最近研究发现大白菜苗期霜霉病抗性具有数量性状的遗传 特征，存在一对显性主效基因，并在一张高密度遗传图谱上定位了一个控制霜霉病苗期抗 性的主效OTL-化DW，并将其定位于A8染色体上的同工酶标记PGM与RAro标记K14-1030之间 2.9cM的置信区间，贡献率达65.4% (Yu et al.2009)。也有研究发展了六个与大白菜苗期 霜霉病抗性紧密连琐的分子标记化b062-Indel230、化b094-DraI787、Brb094-Aatn666、 化 b043-Bgin715、化 h019-SNP137 和 brul209(李慧等，2011)。
[0004] 在育种实践及相关生物学研究的过程中，分子标记起着极其重要的作用。其在目 标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因，基因聚合，品种鉴定等方面的应用越来越广 泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。不同物种全基因组的 序列测定及比较表明，SNP在基因组上的分布极其丰富，相比于目前育种中常用的SSR标记 要广泛得多。SNP突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传稳定性要比SSR等 遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。
[000引基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC (Xaboratory of the Government Qiemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有 准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。该方案 的核屯、是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。运项技术是基于引物末端碱基 的特异匹配来对SNP分型W及检测InDelsQnsertions and Deletions,插入和缺失）。
[0006]分子标记在基于分子标记辅助选择(MAS)技术的抗性育种工作中起着越来越重要 的作用。然而与目的基因紧密连锁的分子标记在应用过程中有可能受到遗传背景的限制， 在不同的群体中需对亲本的多态性进行检测;此外，在减数分裂过程中，该类型的分子标记 仍然存在着因染色体发生交换而失去了与目的基因紧密连锁关系的可能性，运使得在目的 基因鉴定过程中会出现错选或漏选的情况化ayashi et al.,2006; Ingvardsen et al., 2008)。因此开发功能基因的分子标记显得尤为重要。
【发明内容】
[0007] 本发明所要解决的技术问题是如何鉴别待测白菜是否为抗霜霉病的白菜。
[0008] 为了解决上述技术问题，本发明提供一种与白菜霜霉病抗性相关的SNP位点-A0817684339T/C位点，该位点位于A08染色体上第17684339位，其脱氧核巧酸为T或C。在本 申请中，该位点为序列表序列4中的第301位核巧酸。
[0009] 本发明根据上述SNP位点开发了A0817684339T/C位点在如下A-F任一中的应用：
[0010] A、在鉴别或辅助鉴别白菜霜霉病抗性中的应用；
[0011] B、在选育白菜霜霉病抗病品种中的应用；
[0012] C、白菜育种中的应用；
[001引D、预测白菜霜霉病抗性中的应用；
[0014] E、在制备鉴别或辅助鉴别白菜霜霉病抗性产品中的应用；
[0015] F、在制备预测白菜霜霉病抗性产品中的应用。
[0016] 本发明根据上述SNP位点还开发了检测白菜基因组中A0817684339T/C位点的多态 性或基因型的物质在如下A-F任一中的应用：
[0017] A、在鉴别或辅助鉴别白菜霜霉病抗性中的应用；
[0018] B、在选育白菜霜霉病抗病品种中的应用；
[0019] C、白菜育种中的应用；
[0020] D、预测白菜霜霉病抗性中的应用；
[0021] E、在制备鉴别或辅助鉴别白菜霜霉病抗性产品中的应用；
[0022] F、在制备预测白菜霜霉病抗性产品中的应用。
[0023] 上述应用中，所述检测白菜基因组中A0817684339T/C位点的多态性或基因型的物 质包括由引物1、引物2和引物3所组成的引物组。
[0024] 所述引物1为如下al)或曰2):
[0025] al)序列1所示的单链DNA分子。
[0026] a2)将al)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与al)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0027] 所述引物2为如下bl)或b2):
[002引 bl)序列2所示的单链DNA分子。
[0029] b2)将bl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与b 1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0030] 所述引物3为如下Cl)或c2):
[0031 ] cl)序列3所示的单链DNA分子。
[0032] c2)将Cl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与C1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0033] 上述一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变为所述单链DNA分子3 '末端碱基之外 一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变。
[0034] 上述物质可W是引物组或含有引物组的试剂或试剂盒。
[0035] 本发明根据上述SNP位点还开发一种鉴别或辅助鉴别待测白菜是否为抗霜霉病白 菜的方法，包括如下步骤:检测待测白菜基因组A0817684339T/C位点的多态性或基因型，若 所述待测白菜基因组A0817684339T/C位点的多态性或基因型为CC或TC,则所述待测白菜为 抗霜霉病白菜或候选抗霜霉病白菜;若所述待鉴别白菜基因组A0817684339T/C位点的多态 性或基因型为TT则所述待鉴别白菜为非抗霜霉病白菜或非候选抗霜霉病白菜。
[0036] 上述方法中，所述检测待鉴别白菜基因组A0817684339T/C位点的多态性或基因型 的方法为如下（1)或(2):
[0037] (1)测序。
[0038] (2)用引物对待测白菜进行等位基因特异性PCR。
[0039] 所述引物由引物1、引物2和引物3组成。
[0040] 所述引物1为如下al)或曰2):
[0041 ] al)序列1所示的单链DNA分子。
[0042] a2)将al)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与al)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0043] 所述引物2为如下bl)或b2):
[0044] bl)序列2所示的单链DNA分子。
[0045] b2)将bl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与b 1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0046] 所述引物3为如下cl)或c2):
[0047] cl)序列3所示的单链DNA分子。
[0048] c2)将Cl)限定的单链DNA分子进行一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变得到 的、与C1)限定的单链DNA分子具有相同功能的单链DNA分子。
[0049] 上述一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变为所述单链DNA分子3'末端碱基之外 一个或几个碱基的缺失、插入和/或改变。
[0050] 为了解决上述技术问题，本发明还提供了上述方法在下述1)-4)任一中的应用：
[0051 ] 1)在鉴别或辅助鉴别白菜霜霉病抗性中的应用；
[0052] 2)在选育白菜霜霉病抗病品种中的应用；
[0053] 3)白菜育种中的应用；