一种影响猪肌内脂肪性状的分子标记及应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物技术和遗传育种领域，特别涉及一种影响猪肌内脂肪性状的 分子标记及应用。
【背景技术】
[0002] 随着生活水平的提高，人们越来越重视自身的健康，美味、营养、绿色的肉质品已 成为人们追求的新目标，猪肉作为人体的一种主要、普遍的动物性油脂来源，消费者对猪肉 品质的要求也越来越高。养猪业发展的研究重点一直是培育出具有优质、高产、高品质的 猪。养猪业的发展是通过种猪的经济性状决定的，而经济性状是依靠表型选择等育种方法 来进行遗传改良，存在费时耗力的不足；因此找到能够提高生产性能、降低生产成本的主效 基因分子标记，并基于分子标记的遗传改良方法成为了猪育种工作者的重要工作方向之 〇
[0003] 随着分子生物学技术的发展，科学家们凭借这一技术手段，已有一大批与猪的日 增重、活体体长、活体体高、眼肌面积等重要的生长性状有着显著关联的分子标记和主效基 因被鉴定，大大加速了猪遗传改良的进程。分子标记辅助选择是基因工程在现代家畜育种 中的一项重要应用，通过分子标记的方法，不仅能缩短育种时限，大大减少育种的人力物力 消耗;另外，分子标记的多样性更使得分子标记在动物育种中的应用潜力大大提高。
[0004] 我国是猪肉生产大国和消费大国，肉的品质是影响肉类行业自身发展和消费者利 益的重要指标。肌内脂肪作为一个重要的生长性状，它是影响猪肉品质的一个重要因素，肌 内脂肪的含量与猪肉的风味、嫩度和多汁性直接相关，且与猪肉的食用品质关系密切。根据 Aberle等人于2001 年编写的《Principles of meat science(fourth edition)》，这本世界 权威的肉品科学参考书写到:肌肉脂肪（intramuscular fa t，IM F)是沉积在某块肌肉内 的肌纤维与肌束间的脂肪。肌内脂肪沉积形成的大理石纹对肉的颜色、嫩度风味和系水力 等感官品质、食用品质和加工品质有重要影响，这同时也是影响消费者购买与否的关键因 素之一。影响肌内脂肪的分子标记的发现对猪业的发展起着重要推动作用。
[0005] 猪的品种不同其肌内脂肪也有所不同，中国地方猪种肌内脂肪含量相比国外猪种 有明显优势，国外猪种中杜洛克的的肌内脂肪表现最好，其肉色、风味、嫩度、多汁性均较 好。因此，研究肌内脂肪对改善猪肉品质、生产对人体健康有利的肉产品以及提高猪产业的 经济效益有重要意义，利用分子标记及相关检测技术使得肌内脂肪性状在遗传育种改良上 取得进展。
【发明内容】
[0006] 为克服上述现有技术中存在的缺点与不足，本发明的首要目的在于提供一种影响 猪肌内脂肪性状的分子标记，其特征在于：所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID N0:1所 示，其中序列中的R显示碱基突变位置，其中R是G或A，导致猪肌内脂肪性状的不同，从而影 响猪肉品质。
[0007] 所述分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组10.2版本参考序列8号染色体的核 苷酸序列第23147683个核苷酸位点G>A突变，该SNP记位点如SEQ ID NO: 1猪基因组序列 g400G>A单碱基突变。
[0008] 上述的SEQ IDN0:1序列的制备方法，具体步骤如下所示：提取猪全基因组DNA，根 据NCBI中公布的猪8号染色体第23147683个位点前后400bp构成的序列信息，设计PCR扩增 引物对，引物对序列如SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:3,进行PCR扩增，PCR产物送测，获得序列 如SEQ ID N0:1所示的DNA片段，其中DNA片段中的R显示碱基突变位置，400bp处的R是G或A。
[0009] 上述的影响猪肌内脂肪性状的分子标记在中国地方种猪肌内脂肪性状遗传育种 上的应用也在本发明的保护范围内。
[0010] 本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响猪肌内脂肪性状的分子标记 的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：
[0011] 正向引物如SEQIDN0:2所示；
[0012] 反向引物如SEQ ID N0:3所示。
[0013] 上述的引物对在鉴定影响猪肌内脂肪性状中的应用也在本发明的保护范围内。
[0014] 上述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用也在本发明的保护范围内。
[0015] 上述的引物对在调节猪肌内脂肪中的应用也在本发明的保护范围内。
[0016] 本发明的再一目的在提供一种筛选优良肌内脂肪性状的猪品种的方法，其特征在 于:确定种猪核心群中种猪的权利要求1所述的分子标记，并根据所述分子标记做出相应的 选择:种猪的继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪8号染色体上第23147683个位点 的GG型个体，淘汰该点的AA型个体和AG型个体，可以显著提高种群肌内脂肪性状，从而达到 改善猪肉质品质的目的。
[0017] 所述种猪包括纯种杜洛克及其合成系群体。
[0018] 本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：
[0019] 本发明的申请人前期利用所构建的大规模纯种杜洛克及其合成系群体，采用 Aloka SSD 500V型B超和BioSoft Toolbox For Swine软件相结合的方法，活体测定广东温 氏食品集团股份有限公司种猪分公司972头纯种杜洛克及其合成系第10~11肋间距背中线 6~7cm处一点的肌内脂肪含量。通过全基因组扫描检测到了 8号染色体上影响肌内脂肪的 分子标记及其主效SNP，并通过结合NCBI基因库分析该主效SNP位点在8号染色体第 23147683个位点上。本发明从猪8号染色体的第23147683个位点选取前后400bp构成序列， 并建立相应的分子标记检测方法，分析其与猪肌内脂肪性状的关系，为猪的遗传改良提供 一种新的分子标记。
【附图说明】
[0020] 图1为纯种杜洛克猪的8号染色体上肌内脂肪性状的全基因组关联(GWAS)分析图； 其中：横坐标表示猪的染色体编号;纵坐标表示-logP值。
【具体实施方式】
[0021] 下面结合实施例及附图对本发明作进一步详细的描述，但本发明的实施方式不限 于此。
[0022] 实验动物:本发明的试验猪种选自广东温氏食品集团股份有限公司种猪分公司的 纯种杜洛克及其合成系群体。
[0023] 实施例1具体解释本发明中分子标记的发明过程
[0024] 1.猪全基因组60K SNP判型
[0025] 从上述资源群体中选取的972头杜洛克种公猪中的每个个体采集一小块耳样，全 基因组DNA通过使用标准苯酚-氯仿法提取得到，再使用Nanodrop-1000核酸蛋白分析仪检 测这些DNA的质量，然后将合格的DNA样品统一稀释至50ngAU，送北京怡美通德有限公司在 Illumina Beadstration平台上根据公司标准流程进行猪全基因组60K SNP芯片 (11 lumina，美国）基因型判定。利用R语言GenABEL包中checkmarker对所有样本60K芯片扫 描分型数据进行质量控制，剔除检出个体率在95%以下、家系孟德尔错误率大于0.1、最小 等位基因频率小于0.05且哈代-温伯格平衡显著性水平高于10- 6的SNP，最终得到约4万个 SNP的有效基因型数据。
[0026] 2.全基因组关联(GWAS)分析
[0027]本发明以R语言开发平台，用GenABEL软件包中的混合线性模型，猪全基因组60kb 芯片标记基因型数据和胴体表型数据进行GWAS分析。该模型是y=ly+Xb+Sc+Za+e，所测得 的表型值为y，总体平均值为μ，性别和批次的固定效应向量为b，