在重叠采集窗的多路分用之后改进数据质量的制作方法
【专利说明】在重叠采集窗的多路分用么后改进数据质量
[0001] 巧关申请案的香叉参考
[0002] 本申请案主张2013年6月6日提出申请的第61/832, 111号美国临时专利申请案 的权益，所述美国临时专利申请案的内容W全文引用的方式并入本文中。
【背景技术】
[0003] 当前质谱分析技术（循序窗口化采集（SWATH?))可使用重叠采集窗来采集数据。 可通过将信号多路分用而从所采集数据提取较窄窗。基本上，此技术设及将重叠相关扫描 相加在一起，且从邻近循环减去无关扫描W得出现在含有来自比原始采集窄的Ql窗的片 段的SWATH?扫描。
[0004] 关于此技术的一个可能问题是：当类似化合物在邻近窗中时，从两个（所有）经 多路分用窗减去所得片段。举例来说，化合物与来自相同化合物的水离子的源中损失分开 18Da。每一循环之间具有12. 5化重叠的25化SWATH?实验使得能够将信号多路分用成 12. 5化窗。然而，运两个离子的片段化图案几乎是完全相同的。因此，重叠窗的减去导致由 运些片段产生的信号的一些或全部从所有经多路分用窗的损失。 阳0化]关于此技术的另一潜在问题是：多路分用采取正方形Ql传输窗，且假定片段为化 合物跨此Ql窗相等地展开的结果。
[0006] 更快更灵敏仪器可直接采集较窄SWATH?窗。然而，与更快更灵敏仪器组合的多路 分用接着可实现甚至更窄的窗。
【发明内容】
[0007] 本发明掲示一种用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通过重叠前驱 物离子传输窗产生的产物离子谱之后识别遗漏产物离子的系统。所述系统包含串联质谱仪 及处理器。
[0008] 所述串联质谱仪对样本执行重叠循序窗口化采集。在每一循环上，所述串联质谱 仪使前驱物质量窗跨质量范围步进，使每一步进式前驱物质量窗的所传输前驱物离子片段 化，且分析从所述片段化的经传输前驱物离子产生的产物离子。在至少两个循环之间，所述 串联质谱仪使步进式前驱物质量窗移位W产生所述至少两个循环之间的重叠质量窗。所述 重叠循序窗口化采集针对所述至少两个循环中的每一循环的每一步进式前驱物质量窗产 生产物离子谱。
[0009] 所述处理器从所述串联质谱仪接收所述至少两个循环的多个重叠步进式前驱物 质量窗及其对应产物离子谱。所述处理器从所述多个重叠步进式前驱物质量窗及其对应产 物离子谱选择第一前驱物质量窗及对应第一产物离子谱。所述处理器对于所述第一前驱物 质量窗的每一重叠部分多路分用产物离子谱，从而产生所述第一前驱物质量窗的两个或两 个W上多路分用的第一产物离子谱。
[0010] 举例来说，针对所述第一前驱物质量窗的每一重叠部分，所述处理器（a)将所述 第一产物离子谱与重叠前驱物质量窗的产物离子谱相加，从而产生经求和产物离子谱，及 (b)从所述经求和产物离子谱一或多次地减去邻近于所述第一前驱物质量窗及所述重叠前 驱物质量窗的与所述第一前驱物质量窗及所述重叠前驱物质量窗的非重叠部分重叠的两 个或两个W上前驱物质量窗的产物离子谱。
[0011] 所述处理器将所述两个或两个W上多路分用的第一产物离子谱相加在一起，从而 产生所重构经求和多路分用的第一产物离子谱。
[0012] 最终，所述处理器通过将所述经求和多路分用的第一产物离子谱与所述第一产物 离子谱进行比较而识别所述经求和多路分用的第一产物离子谱中的遗漏产物离子。
[0013] 本发明掲示一种用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通过重叠前驱 物离子传输窗产生的产物离子谱之后识别遗漏产物离子的方法。使用串联质谱仪对样本执 行重叠循序窗口化采集，从而针对所述至少两个循环中的每一循环的每一步进式前驱物质 量窗产生产物离子谱。
[0014] 使用处理器从串联质谱仪接收所述至少两个循环的多个重叠步进式前驱物质量 窗及其对应产物离子谱。使用所述处理器从所述多个重叠步进式前驱物质量窗及其对应产 物离子谱选择第一前驱物质量窗及对应第一产物离子谱。使用所述处理器对于所述第一前 驱物质量窗的每一重叠部分多路分用产物离子谱，从而产生所述第一前驱物质量窗的两个 或两个W上多路分用的第一产物离子谱。
[0015] 使用所述处理器将两个或两个W上多路分用的第一产物离子谱相加在一起，从而 产生所重构经求和多路分用的第一产物离子谱。使用所述处理器通过将所述经求和多路分 用的第一产物离子谱与所述第一产物离子谱进行比较而识别所述经求和多路分用的第一 产物离子谱中的遗漏产物离子。
[0016] 本发明掲示一种包含其内容包含具有指令的程序的非暂时性及有形计算机可读 存储媒体的计算机程序产品，在处理器上执行所述指令W便执行用于在循序窗口化采集串 联质谱法中在多路分用通过重叠前驱物离子传输窗产生的产物离子谱之后识别遗漏产物 离子的方法。所述系统包含测量模块及分析模块。
[0017] 所述测量模块从串联质谱仪接收所述至少两个循环的多个重叠步进式前驱物质 量窗及其对应产物离子谱。所述串联质谱仪对样本执行重叠循序窗口化采集，从而针对所 述至少两个循环中的每一循环的每一步进式前驱物质量窗产生产物离子谱。
[0018] 所述分析模块从所述多个重叠步进式前驱物质量窗及其对应产物离子谱选择第 一前驱物质量窗及对应第一产物离子谱。所述分析模块对于所述第一前驱物质量窗的每一 重叠部分多路分用产物离子谱，从而产生所述第一前驱物质量窗的两个或两个W上多路分 用的第一产物离子谱。
[0019] 所述分析模块将所述两个或两个W上多路分用的第一产物离子谱相加在一起，从 而产生所重构经求和多路分用的第一产物离子谱。所述分析模块通过将所述经求和多路分 用的第一产物离子谱与所述第一产物离子谱进行比较而识别所述经求和多路分用的第一 产物离子谱中的遗漏产物离子。
[0020] 本文中陈述申请人的教示的运些及其它图。
【附图说明】
[0021] 所属领域的技术人员将理解，下文所描述的图式仅用于图解说明目的。所述图式 并非打算W任何方式限制本发明的范围。
[0022] 图1是图解说明可在其上实施本发明教示的实施例的计算机系统的框图。
[0023] 图2是根据各种实施例展示在其中类似化合物在邻近窗中的循序窗口化采集实 验中的重叠前驱物离子传输窗的示范性图式。
[0024] 图3是根据各种实施例展示对应于图2的前驱物离子传输窗的产物离子谱的多路 分用的示范性图式。
[00巧]图4是根据各种实施例展示用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通 过重叠前驱物离子传输窗产生的产物离子谱之后识别遗漏产物离子的系统的示意图。
[00%] 图5是根据各种实施例展示用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通 过重叠前驱物离子传输窗产生的产物离子谱之后识别遗漏产物离子的方法的示范性流程 图。
[0027]图6是根据各种实施例的包含一或多个相异软件模块的系统的示意图，所述系统 执行用于在循序窗口化采集串联质谱法中在多路分用通过重叠前驱物离子传输窗产生的 产物离子谱之后识别遗漏产物离子的方法。
[002引图7图解说明根据各种实施例展示重叠SWATH?窗的去卷积的示范性曲线图。
[0029] 图8图解说明根据各种实施例展示来自酪蛋白水解液混合物的灌入的实例的示 范性曲线图。
[0030] 图9图解说明根据各种实施例展示来自大肠杆菌蛋白质水解液的LC分离的实例 的示范性曲线图。
[0031] 图10图解说明根据各种实施例展示多个片段的XIC的示范性曲线图。
[0032] 图11图解说明根据各种实施例展示来自较窄经去卷积窗的S/N比改进的示范性 曲线图。
[0033] 图12图解说明根据各种实施例展示等效循环时间使得充裕点能够跨LC峰值的示 范性曲线图。
[0034] 图13图解说明根据各种实施例展示经改进定量的示范性曲线图。
[0035] 图14图解说明根据各种实施例展示小分子的检测的示范性曲线图。
[0036]在详细描述本发明的一或多个实施例之前，所属领域的技术人员将了解，本发明 在其应用方面并不限于W下详细描述中陈述的构造细节、组件布置及步骤布置。本发明能 够具有其它实施例并W各种方式来实践或实行。而且，应理解，本文中所使用的措辞及术语 用于描述目的且不应视为具有限制性。
【具体实施方式】 阳的7] 计算化连施的系统
[0038]图1是图解说明可在其上实施本发明教示的实施例的计算机系统100的框图。计 算机系统100包含用于传达信息的总线102或其它通信机构，及与总线102禪合W用于处 理信息的处理器104。计算机系统100还包含存储器106,其可为禪合到总线102W用于存 储待由处理器104执行的指令的随机存取存储器（RAM)或其它动态存储装置。存储器106 还可用于在待由处理器104执行的指令的执行期间存储暂时变量或其它中间信息。计算机 系统100进一步包含禪合到总线102W用于存储用于处理器104的静态信息及指令的只读 存储器（ROM) 108或其它静态存储装置。提供例如磁盘或光盘等存储装置110且存储装置 110禪合到总线102W用于存储信息及指令。
[0039] 计算机系统100可经由总线102禪合到例如阴极射线管（CRT)或液晶显示器 化CD)的显示器112W向计算机用户显示信息。包含字母数字键及其它键的输入装置114 禪合到总线102W用于将信息及命令选择传达到处理器104。另一类型的用户输入装置为 用于将方向信息及命令选择传达到处理器104且用于控制显示器112上的光标移动的光标 控制件116,例如鼠标、轨迹球或光标方向键。此输入装置通常具有在两个轴（第一轴（即， X)及第二轴（即，y))上的两个自由度，运允许所述装置规定在一平面中的位置。
[0040] 计算机系统100可执行本发明教示。依照本发明教示的某些实施方案，由计算机 系统100响应于处理器104执行存储器106中所含有的一或多个指令的一或多