控制植物害虫和改善植物健康的组合物和方法与流程

center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604u.s.a，并且编号为nrrl no.b
‑
67650。
12.aip075655于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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67651。
13.aip09474于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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67657。
14.aip024525于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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67661。
15.aip033287于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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16.aip093798于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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17.aip061639于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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18.aip082862于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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19.aip058187于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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20.aip059286于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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21.aip036706于2018年8月3日保藏于the patent depository of the national center for agricultural utilization research agricultural research service,u.s.department of agriculture，1815 north university street,peoria，illinois 61604 u.s.a，并且编号为nrrl no.b
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67652。
22.上述鉴定的每一种保藏物都是根据国际承认用于专利程序的微生物保藏布达佩斯条约(the budapest treaty on the international recognition of the deposit of microorganisms for the purposes of patent procedure)的条款维持的。每一种保藏物仅是为了便于本领域技术人员而准备的，并非承认保藏物是根据35u.s.c.
§
112条款所需要的。
23.术语“分离的”涵盖了这样的细菌、孢子、其他实体或物质，它们已经
⑴
与其在最初产生时(无论是天然的或者是实验背景下)相关的至少一些组分分离，和/或(2)通过人工方式产生、制备、纯化和/或制造。分离的细菌可以与它们初始相关的其他组分的至少大约10％、大约20％、大约30％、大约40％、大约50％、大约60％、大约70％、大约80％、大约90％或更高分离。
24.如本文所用，如果物质基本不含其他组分，则该物质是“纯的”。术语“纯化”、“经纯化”和“纯化的”是指这样的细菌、孢子或其他材料，它们已经与在其最初产生或生成时(例如无论是天然的或者是实验背景下)、或者在其最初产生后的任何时间期间与其相关的至少一些组分分离。如果细菌、孢子、细菌群体或孢子群体在产生时或者在产生后是分离的(例如从包含细菌或细菌群体或孢子的材料或环境)，可以认为该细菌或孢子或细菌群体或孢子群体是纯化的，并且纯化的细菌或细菌群体或孢子可以包含多至大约10％、大约20％、大约30％、大约40％、大约50％、大约60％、大约70％、大约80％、大约90％或高于大约90％的其他材料，并且仍然认为是纯化的。在一些实施方案中，纯化的细菌或孢子以及细菌群体或孢子群体是高于大约80％、大约85％、大约90％、大约91％、大约92％、大约93％、大约94％、大约95％、大约96％、大约97％、大约98％、大约99％或者高于大约99％纯的。在具体的实施方案中，细菌培养物不包含可以通过正常的细菌学技术检测的量的其他细菌物种。
25.在一些实施方案中，本发明的组合物包含细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706的基本上纯的培养物。本发明的组合物还提供了细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706的基本上纯的培养物的后代，其中所述培养物分别具有aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706的所有生理和形态特征。“群体”是指包含2个或更多个(即10、100、1,000、10,000、1x106、1x107、或1x108或更高)个体的组或集合。本文提供了包含至少一种细菌菌株的群体或来自多于一种细菌菌株的个体的混合群体的多种组合物。在具体的实施方案中，至少一种细菌菌株(即aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706或者其中任何菌株的活性变体的细胞；或者由aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706或者其中任何菌株的活性变体的一种或多种形成的孢
子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)的群体包含至少大约105cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
12
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约106cfu/ml、大约106cfu/ml至大约107cfu/ml、大约107cfu/ml至大约108cfu/ml、大约108cfu/ml至大约109cfu/ml、大约109cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约10
10
cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、大约10
11
cfu/ml至大约10
12
cfu/ml的浓度。在其他实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的浓度包括至少大约105cfu/ml、至少大约106cfu/ml、至少大约107cfu/ml、至少大约108cfu/ml、至少大约109cfu/ml、至少大约10
10
cfu/ml、至少大约10
11
cfu/ml或至少大约10
12
cfu/ml。
[0026]“孢子”是指细菌物种的至少一种休眠的(在应用时)但是有活性的生殖单元。从aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706(或者其中任何菌株的变体)中的每一种形成孢子的非限制性方法在本文的其他处公开。进一步认识到本文公开的群体可以包含营养细胞(vegetative cell)和前孢子(孢子形成的中间阶段的细胞)的组合；前孢子和孢子的组合；或者前孢子、营养细胞和/或孢子的组合。
[0027]
如本文所用，“衍生自”是指直接从特定来源分离或获得，或者替代地具有从特定来源分离或获得的物质或生物体的鉴定特征。在“来源”是生物体的情况下，“衍生自”是指可以其可以从所述生物体本身或用于培养或生长所述生物体的培养肉汤、悬浮液或介质中分离或获得。“衍生自”或“可从
……
获得”的化合物或组合物是指所述化合物或组合物可以从细胞培养物或全细胞肉汤或者从细胞培养物或全细胞肉汤衍生的悬浮液、滤液、上清液、级分或提取物中分离或生产。
[0028]
如本文所用，“全肉汤培养物”或“全细胞肉汤”是指包含细胞和培养基两者的液体培养物。如果细菌在平板上生长，则可以在水或其他液体的全培养物中收获细胞。术语“全肉汤培养物”和“全细胞肉汤”可互换使用。
[0029]
如本文所用，“上清液”是指当细胞在肉汤中生长或从琼脂平板中收获到另一种液体中并通过离心、过滤、沉降或本领域公知的其他手段除去时，残留的液体。在一些实施方案中，上清液可以用另一种组合物稀释，例如水、缓冲剂、新鲜培养基和/或制剂。稀释的上清液仍被认为是本发明的上清液。
[0030]
如本文所用，“滤液”是指来自全肉汤培养物的已经通过膜的液体。与全肉汤培养物或上清液中有效化合物或代谢产物的浓度相比，滤液可包含浓缩量的有效化合物或代谢产物。如本文所用，“提取物”是指通过溶剂(例如水、去污剂、缓冲剂和/或有机溶剂)从细胞中取出并通过离心、过滤或本领域已知的其他方法与细胞分离的液体物质。与提取前细胞中有效化合物或代谢物的浓度相比，提取物可包含浓缩量的所述有效化合物或代谢物。可替代地，滤液或提取物然后可以用另一种组合物稀释，例如水、缓冲剂、新鲜培养基和/或制剂。这种稀释的滤液或提取物仍被认为是本发明的滤液和提取物。
[0031]
如本文所用，“代谢物”是指细菌菌株(即aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的至少一种)的发酵的化合物、物质或副产物。有效化合物或代谢物是存在于上清液、全细胞肉汤或细菌菌株中的化合物，当将其以有效量应用于目标植物时，可以改善植物的任何目标农艺性状，或控制引起植物疾病的植物害虫
或植物病原体。
[0032]
在一些实施方案中，本发明的组合物包含衍生自细菌菌株发酵的滤液或提取物，其中与所述细菌菌株的全细胞肉汤或上清液中的量相比，所述组合物包含浓缩量的有效化合物或代谢物，其中所述细菌是aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的至少一种。在其他实施方案中，本发明的组合物包含衍生自细菌菌株发酵的稀释的滤液、稀释的提取物或稀释的上清液，其中与所述细菌菌株的全细胞肉汤或未稀释上清液的量相比，所述组合物包含稀释量的所述有效化合物或代谢产物，其中所述细菌是aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的至少一种。所述稀释的滤液、稀释的提取物或稀释的上清液仍可以包含有效量的所述有效化合物或代谢产物。
[0033]
本文所述的组合物和方法包含或衍生自细菌菌株(即aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的至少一种，或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中任何一种的孢子或前孢子或者细胞、前孢子或/和孢子的组合)。方法包括培养这些细菌菌株中的至少一种。在一些实施方案中，培养这些细菌菌株中的至少一种，并通过从这些细菌菌株中至少一种的培养物中分离这些化合物和/或组合物来获得所述化合物和/或组合物。
[0034]
在一些实施方案中，使用本领域已知的方法在营养培养基中培养至少一种细菌菌株。所述细菌菌株可以通过摇瓶培养或通过在合适的培养基中并在允许细菌细胞生长的条件下在实验室或工业发酵罐中进行的小规模或大规模发酵(包括但不限于连续、分批、补料分批或固态发酵)进行培养。可以使用本领域已知的程序在包含碳和氮源以及无机盐的合适的营养培养基中进行培养。合适的培养基可从商业来源获得或根据本领域公知的出版物制备。
[0035]
培养后，可以从培养肉汤中提取化合物、代谢物和/或组合物。提取物可以通过色谱法进行分级分离。提取物可以使用本领域众所周知的方法进一步纯化。提取物也可以使用本领域众所周知的方法进行稀释。
[0036]
包含细菌菌株(即aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的至少一种，或者衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其中任何菌株的活性变体中的任何一种的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)的细胞的组合物可以进一步包含农业上可接受的载体。术语“农业上可接受的载体”旨在包括有助于将组合物应用于预定对象(即，易感由植物害虫引起的损害或疾病的植物或植物部分或者用于改善目标农艺性状的植物或植物部分)的任何材料。用于应用于植物和植物部位的组合物中使用的载体优选地是非植物毒性的或仅是轻度植物毒性的。取决于所需的制剂，合适的载体可以是固体、液体或气体。在一个实施方案中，载体包括极性或非极性液体
载体，例如水、矿物油和植物油。其他载体在本文其他处公开。
[0037]
a.细菌菌株的活性变体
[0038]
本发明进一步提供了aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706的活性变体。此类变体将保留控制一种或多种植物害虫或者改善植物的一种或多种目标农艺性状的能力。因此，在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株的活性变体将保留针对植物害虫的杀虫活性。如本文所用，“杀虫活性”是指针对一种或多种害虫的活性，从而杀灭或控制害虫，所述害虫包括昆虫、真菌、细菌、线虫、病毒或类病毒、原生动物病原体等。在一些实施方案中，变体将保留控制一种或多种昆虫害虫或线虫害虫的能力。在特定实施方案中，变体将保留控制鞘翅目害虫的能力，包括玉米根虫(例如，西方玉米根虫)、科罗拉多马铃薯甲虫、象鼻虫(例如，甘薯象鼻虫)或半翅目昆虫害虫。
[0039]
本文提供的多种细菌菌株的活性变体包括例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706的任何分离物或突变体。
[0040]
术语“突变体”是指亲本株的变体以及用于获得其中杀虫活性大于由亲本株表达的杀虫活性的突变体或变体的方法。“亲本株”是诱变之前的原始株。为了获得这样的突变体，可以用诸如n
‑
甲基
‑
n'
‑
硝基
‑
n
‑
亚硝基胍、乙基甲砜(ems)之类的化学剂，或者通过使用γ射线，x射线或uv辐照的辐照，或者通过其他本领域公知的手段处理亲本株。
[0041]
在一些实施方案中，相对于保藏的菌株，所述活性变体在至少一个基因中至少包含突变。所述基因可能在例如生物膜形成、运动性、趋化性、细胞外分泌，转运(例如abc转运蛋白)、应激应答、挥发物、转录(例如替代的sigma因子和全局转录调节子)、根定殖，刺激植物中诱导的全身抗性的能力和/或次级代谢(包括脂肽、聚酮化合物、大分子水解酶(例如蛋白酶和/或糖酶)和/或抗微生物化合物(包括抗生素)的合成)中起作用。次级代谢是指抗微生物化合物，包括环状脂肽、聚酮化合物、伊枯草菌素(iturins)、细菌素(例如植物唑啉和淀粉环素)和二肽(例如杆菌肽)的非核糖体和核糖体合成。
[0042]
活性变体的实例是细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706的细胞，其中所述细胞进一步包含在swra基因中导致丧失功能的突变。影响生物膜形成的swra突变(kearns等人，molecular microbiology(2011)52(2)：357
‑
369)可导致本发明菌株的活性变体，其具有增强的控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状的能力。其他与生物膜形成有关的基因，例如sfp、epsc、degq和称为rapp的质粒基因(参见例如mcloon等人，j of bacteriology，(2011)193(8)：2027
‑
2034)也可以在本发明的细菌菌株的活性变体中突变。
[0043]
在具体的实施方案中，所述细菌菌株与杀生物剂是相容的。杀生物剂是能够通过化学或生物手段对有机体发挥控制作用的化学物质。杀生物剂包括杀虫剂，例如杀真菌剂或杀昆虫剂；除草剂；其他的农作物保护化学品等。此类化合物在本发明的其他处详细讨论。当细菌菌株能够在有效量的目标杀生物剂存在下生存和/或生殖时，该细菌菌株与杀生物剂是相容的。在其中细菌菌株与目标杀生物剂不相容的情况下，如果需要，可以采取方法对所述细菌菌株进行修饰，以赋予目标相容性。用于产生经修饰的细菌菌株的此类方法包括选择技术和/或转化技术两者。
[0044]“经修饰的细菌菌株”是指其中菌株经已被修饰(通过选择和/或转化)而具有一种或多种其他目标性状的群体。在一些情况下，所述经修饰的细菌菌株包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706或其中任何菌株的活性变体中的任意一种。在具体的实施方案中，所述经修饰的细菌菌株与目标杀生物剂是相容的，包括但不限于对除草剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品的抗性。经修饰的杀生物剂抗性的菌株具有与原始的易感性菌株相同的鉴定特征，除了它们对所述特定的除草剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他农作物保护化学品具有更显著的抗性。通过与已知的敏感菌株的特征比较，它们的鉴定是容易可行的。因此，本发明提供了经修饰的细菌菌株的分离的群体。
[0045]
对杀生物剂的抗性(例如对除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品的抗性)的增强是指有机体(即，细菌细胞或孢子)在暴露于一定剂量的杀生物剂(例如除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品)后生存和繁殖的能力，其中所述剂量在正常情况下对于未修饰的有机体是致死性的或者实质上降低未修饰的有机体的生长。在具体的实施方案中，对杀生物剂抗性的增强是在农业有效量的杀生物剂的存在下证明的。
[0046]
在这种情况下，对一种或多种杀生物剂具有抗性的经修饰的细菌菌株可以用于增强细菌菌株特别地相对于对除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他农作物保护化学品不具有抗性的其他微生物试剂的竞争性。因此，本发明提供的组合物包括选择的或工程化的细菌菌株和经修饰的细菌菌株群体。这些细菌菌株或经修饰的细菌菌株可以用作植物的接种物。它们还可以用作喷洒施用直接应用于植物的空气中部分或作为种子涂层进行应用，并且可以与除草剂或所述菌株已被修饰而对其已变得耐受的其他化学品混合。
[0047]
因此，本发明公开的细菌菌株的活性变体包括例如经修饰的菌株，使得活性变体控制植物害虫，并进一步能够在至少一种杀生物剂存在下生长。可以通过基因工程技术制备对除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品具有抗性的重组细菌菌株，并且此类改造的或重组的细菌菌株生长从而产生经修饰的细菌菌株群体。通过转化将多核苷酸引入细菌宿主中而产生重组细菌菌株。用于转化微生物有机体的方法是本领域已知且可利用的。通常参见hanahan,d.(1983)studies on transformation of escherichia coli with plasmids j.moi.biol.166,557
‑
77；seidman，c.e.(1994)in:current protocols in molecular biology,ausubel,f.m.等人eds.,john wiley and sons,ny；choi等人(2006)j.microbiol.methods 64:391
‑
397；wang等人2010.j.chem.technol.biotechnol.85:775
‑
778。转化可以通过实验室中由感受态细胞从其环境自然吸收裸dna而发生。可替代地，细胞可以通过在冷的条件下暴露于二价阳离子、通过电穿孔、通过暴露于聚乙二醇、通过使用纤维状纳米颗粒处理或者通过本领域公知的其他方法形成感受态。
[0048]
用于转化重组细菌菌株的除草剂抗性基因包括但不限于伏马菌素脱毒基因(美国专利号5,792,931)；乙酰乳酸合酶(als)突变体，其导致除草剂抗性，特别是磺脲型除草剂，例如s4和/或hra突变；谷氨酰胺合酶的抑制剂，例如草丁膦或basta(例如bar基因)；和草甘膦抗性(epsps基因)；gluphosinate和hppd抗性(wo 96/38576、美国专利号6,758,044；7,250,561；7,935,869和8,124,846)或者本领域已知的其他此类基因。wo 96/38576；美国专
利号5,792,931；美国专利号6,758,044；美国专利号7,250,561；美国专利号7,935,869和美国专利号8,124,846的公开内容以引用方式并入本文。bar基因编码对除草剂basta的抗性，nptii基因编码对抗生素卡那霉素和遗传霉素的抗性，而als基因突变体编码对磺脲除草剂(包括氯磺隆、甲磺隆、嘧磺隆、烟嘧磺隆、玉嘧磺隆、啶嘧磺隆、磺酰磺隆和醚苯磺隆)和对imadizolinone除草剂(包括咪唑乙烟酸、咪唑喹啉酸、咪唑烟酸和咪草酯)的抗性。
[0049]
为了通过选择鉴定并产生经修饰的细菌菌株群体，使所述细菌菌株在除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品(作为选择压力)存在下生长。易感者(susceptible agent)被杀死，而抗性者(resistant agent)在没有竞争的情况下生存而生殖。当细菌菌株在除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品存在下生长时，抗性细菌菌株成功地生殖，并且在群体中占优势，成为经修饰的细菌菌株群体。用于选择抗性菌株的方法是已知的，并且包括美国专利号4,306,027和4,094,097，这些文献以引用方式并入本文。所述细菌菌株的活性变体(包括经修饰的细菌菌株群体)具有与原始敏感菌株相同的鉴定特征，除了它们对特定的除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他农作物保护化学品有更显著的耐受性。因此，通过与已知的敏感菌株的特征比较，它们的鉴定是容易可行的。
[0050]
本文提供的多种细菌的其他活性变体可以通过采用以下方法鉴定，例如测定16s核糖体rna之间的序列一致性的相关性(sequence identity relatedness)的方法，鉴定几组衍生的和功能一致的或接近一致的菌株的方法，包括多基因座序列分型(mlst)，连锁共享基因树，全基因组比对(wga)，平均核苷酸一致性和minhash(mash)距离度量。
[0051]
在一个方面中，细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286和aip036706的活性变体包括通过使用bishop等人(2009)bmc biology 7(1)1741
‑
7007
‑7‑
3中定义的有机体分类的bishop mlst方法与所述公开的任意菌株密切相关的菌株。因此，在具体的实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括使用bishop等人(2009)bmc biology 7(1)1741
‑
7007
‑7‑
3中列出的有机体分类的bishop方法落入至少80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98.5％、98.8％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列临界值内的细菌菌株，其中所述文献以引用方式全文并入本文。通过此类方法鉴定的细菌的活性变体在以有效量应用于植物、植物部分或栽培地区时，将保留控制至少一种植物害虫和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物害虫、降低植物害虫的感染和/或增加害虫抗性包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫例如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫)。
[0052]
在另一个方面中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括基于有机体分类的平均核苷酸一致性(ani)方法与任意所述公开的菌株密切相关的菌株。ani(例如参见konstantinidis，k.t.,等人，(2005)pnas usa 102(7):2567
‑
72；和richter,m.,等人，(2009)pnas 106(45):19126
‑
31)和变体(例如参见varghese,n.j.，等人,nucleic acids research(july 6,2015)：gkv657)是基于wga中比对的菌株基因组之间共有的平均核苷酸的总和。因此，在具体的实施方案中，本文公开的细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、
aip059286和aip036706的活性变体包括使用konstantinidis,k.t.，等人
·
，(2005)pnas usa102(7):2567
‑
72中列出的有机体分类的ani方法落入至少90％、95％、96％、97％、97.5％、98％、98.5％、98.8％、99％、99.5％或99.8％序列临界值内的细菌菌株，其中所述文献以引用方式全文并入本文。通过此类方法鉴定的细菌的活性变体在以有效量应用于植物、植物部分或栽培地区时，将保留控制至少一种植物害虫和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物害虫、降低植物害虫的感染和/或增加害虫抗性包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫例如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫)。
[0053]
在另一个方面中，本文公开的分离的细菌菌株的活性变体包括基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株密切相关(例如与aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706密切相关)的菌株。关于用于测定细菌相关性的16s rdna序列一致性的用途，参见stackebrandt e,等人,“report of the ad hoc committee for the re
‑
evaluation of the species definition in bacteriology,”int j syst evol microbiol.52(3):1043
‑
7(2002)。在一个实施方案中，活性变体基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少95％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少96％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少97％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少98％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少98.5％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少99％一致的，基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少99.5％一致的，或者基于16s rdna序列一致性与上述任意菌株是至少100％一致的。通过此类方法鉴定的细菌的活性变体在以有效量应用于植物、植物部分或栽培地区时，将保留控制至少一种植物害虫和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物害虫、降低植物害虫的感染和/或增加害虫抗性包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫例如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫)。
[0054]
the minhash(mash)距离度量是一种比较方法，其以高分辨率定义了用于微生物有机体的层次分类的阈值，并需要少量参数和步骤(ondov等人(2016)genome biology 17:132)。mash距离从其minhsh草图直接估计两个序列之间的突变率(ondov等人(2016)genome biology 17:132)。mash距离强烈地对应于用于层次分类的平均核苷酸一致性方法(ani)(参见konstantinidis，k.t.等人(2005)pnas usa 102(7):2567
‑
72，该文献以引用方式全文并入本文)。换言之，97％的ani大致等于0.03的mash距离，使得ani文献中作为有用的分类阈值提出的值可以与mash距离直接应用。
[0055]
本文公开的细菌菌株的活性变体包括基于全基因组dna序列之间的minhash(mash)距离与aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286或aip036706密切相关的菌株。因此，在具体的实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括具有与公开的菌株的mash距离小于大约0.015的基因组的细菌菌株。在其他的实施方案中，本文公开的细菌菌株的活性变体包括小于大约0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030的距离量度。由于基因组与mash距离有关，所以其包括细菌染色体dna和细菌质粒dna。在其他的实施方案中，细菌菌株的活性变体具有高于与公开菌株的mash距离阈值(其高于由于技术变化而引起的差异)的基因组。在其他的实例中，细菌菌株的活性变体具有高于与公开菌株的mash距离阈值
(其高于由于技术改变而引起的差异)的基因组，并具有小于大约0.015的mash距离。在其他的实例中，细菌菌株的活性变体具有高于与公开菌株的mash距离阈值(其高于由于技术改变而引起的差异)的基因组，并具有小于大约0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030的mash距离。
[0056]
如本文所用，“高于技术变化”是指在基因组装配中，高于由于错误引起的两种菌株之间的mash距离，前提条件是所比较的基因组是使用illumina hiseq2500dna测序技术具有至少20x覆盖率测序的每个dna，并且所述基因组是至少99％完整的，并证明具有低于2％的污染。20x覆盖率是本领域公认的术语，为了清楚起见，20x覆盖率的实例如下：对于5兆碱基(mb)的基因组尺寸而言，需要由给定基因组的100mb的dna测序，从而在沿着基因组的各位置处平均具有20x的测序覆盖率。有用于基因组完整性计算的标记基因的多种合适的集合，包括在campbell等人(2013)pnas usa 110(14)：5540
‑
45，dupont等人(2012)ismej 6:1625
‑
1628和checkm framework(parks等人(2015)genome research 25:1043
‑
1055)中发现的几组；这些参考文献每一个的全部内容并入本文。污染定义为在给定基因组序列中以多拷贝形式存在的通常为单拷贝标记基因的百分率(例如parks等人(2015)genome research 25:1043
‑
1055)；这些参考文献每一个的全部内容并入本文。使用标记基因的相同的集合计算完整性和污染。除非另外指明，否则在完整性和污染测定法中使用的集合标记的组是campbell等人(2013)pnas usa 110(14):5540
‑
45中列出的，该文献以引用方式并入本文。
[0057]
获得所考虑的基因组之间的距离估计的示例性步骤如下：(1)必须产生用于比较的足够品质的基因组。足够品质的基因组定义为使用足够的dna序列(其量达到使用illumina hiseq 2500技术的至少20x基因组覆盖率)创建的基因组装配。所述基因组必须是至少99％完整的，并且与所要求保护的微生物基因组相比，污染低于2％。(2)使用minhash工作流程比较基因组，如ondov等人(2016)genome biology 17:132中所证明的，该文献通过引用将其全部内容并入本文。除非另外陈述，否则所用的参数如下：“草图(sketch)”尺寸为1000,“k
‑
mer长度”为21。(3)证明2个基因组之间的mash距离小于0.001、0.0025、0.005、0.010、0.015、0.020、0.025或0.030。使用如上所述的参数和方法，两个基因组之间的mash距离为0.015表示预期突变率是每个同源位置0.015个突变。通过此类方法鉴定的细菌的活性变体在以有效量应用于植物、植物部分或栽培地区时，将保留控制至少一种植物害虫和/或改善至少一种农艺性状的能力，包括例如减少植物害虫、降低植物害虫的感染和/或增加害虫抗性包括昆虫害虫抗性(例如鞘翅目昆虫例如西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫)。
[0058]
iii.配制物
[0059]
本文提供的细菌菌株(即aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞；或者衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)可以配制成细胞糊剂、可润湿的粉末、细胞团块、粉尘、颗粒、浆液、干燥粉末、水性或油性基液体产物等。此类配制物将包含本文提供的细菌或其活性变体和/或由其衍生的组合物，还有载体和其他试剂。配制物
可以用于本文其他处公开的多种方法中。
[0060]
本发明公开的细菌菌株及其活性变体可以配制成包含增容剂、溶剂、自发性促进剂、载体、乳化剂、分散剂、抗冻保护剂、增稠剂和/或佐剂的至少一种或多种。在一些实施方案中，增容剂、溶剂、自发性促进剂、载体、乳化剂、分散剂、抗冻保护剂、增稠剂和/或佐剂是非天然的或合成的增容剂、溶剂、自发性促进剂、载体、乳化剂、分散剂、抗冻保护剂、增稠剂和/或佐剂。在特定的实施方案中，本文公开的细菌菌株及其活性变体可以配制成包括增容剂、溶剂、自发性促进剂、载体、乳化剂、分散剂、抗冻保护剂、增稠剂和/或佐剂的至少一种或多种。
[0061]
典型的配制物的实例包括水溶性液体(sl)、可乳化浓缩物(ec)、水乳剂(ew)、悬浮浓缩物(sc)、悬浮乳剂(se)、用于种子处理的可流动浓缩物(fs)、油分散物(od)、水分散性颗粒(wg)、颗粒(gr)、胶囊浓缩剂(cs)、水分散颗粒(wg)、颗粒(gr)、块状饵料(bb)、水溶性颗粒(sg)以及cs和sc的混合配制物(zc)。这些和其他可行的配制物类型通过例如农作物国际协会(crop life international)以及在fao/who joint meeting on pesticide specifications,2004,isbn:9251048576准备的pesticide specifications,manual on development and use of fao and who specifications for pesticides,fao plant production and protection papers
‑
173中所述。所述配制物可以包含除本发明的一种或多种活性化合物以外的活性农用化学化合物。
[0062]
多种细菌菌株或其活性变体的配制物或应用形式可以包含但不限于辅助物质，例如增容剂、溶剂、自发性促进剂、载体、乳化剂、分散剂、抗冻保护剂、杀生物剂、固体载体、表面活性剂、增稠剂和/或其他辅助物质(例如佐剂)。在该内容中，佐剂是增强配制物生物作用的组分，而该组分本身不具有生物作用。佐剂的实例为促进保留、散布、附着在叶表面上或者渗透的试剂。
[0063]
非限定性增容剂为例如水，例如得自以下类别的极性和非极性有机化学液体，例如芳香族和非芳香族烃(例如石蜡、烷基苯、烷基萘、氯苯)，醇和多元醇(如果合适，则还可以被取代、醚化和/或酯化)，酮(例如丙酮、环己酮)，酯(包括脂肪和油)，和(聚)醚，未取代的和取代的胺、酰胺、内酰胺(例如n
‑
烷基吡咯烷酮)和内酯，砜和亚砜(例如二甲基亚砜)。如果所用的增容剂为水，则还可以使用例如有机溶剂作为辅助溶剂。根本上，非限定性液体溶剂为：芳香族例如二甲苯、甲苯或烷基萘，氯化的芳香族和氯化的脂肪族烃例如氯苯、氯乙烯或二氯甲烷，脂肪族烃例如环己烷或石蜡，例如石油级份、矿物油和植物油，醇例如丁醇或乙二醇以及它们的醚和酯，酮例如丙酮、甲基乙基酮、甲基异丁基酮或环己酮，强极性溶剂例如二甲基甲酰胺和二甲基亚砜，还有水。原则上，可以使用任何合适的溶剂。非限定性溶剂为例如芳香族烃，例如二甲苯、甲苯或烷基萘，例如氯化的芳香族或脂肪族烃，例如氯苯、氯乙烯或二氯甲烷，例如脂肪族烃，例如环己烷，例如石蜡、石油级份、矿物油和植物油，醇，例如甲醇、乙醇、异丙醇、丁醇或乙二醇，例如还有它们的醚和酯，酮例如丙酮、甲基乙基酮、甲基异丁基酮或环己酮，例如强极性溶剂，例如二甲基亚砜，以及水。
[0064]
合适的载体的非限定性实例包括例如铵盐和研磨的天然矿物质，例如高岭土、黏土、滑石、白垩、石英、坡缕石、蒙脱石或硅藻土；以及研磨的合成矿物质，例如细分的硅石、氧化铝、以及天然或合成的硅酸盐、树脂、蜡和/或固体肥料。同样，可以使用此类载体的混合物。适用于颗粒的载体包括如下:例如压碎的和分级的天然矿物，例如方解石、大理石、浮
石、海泡石、白云石；还有无机和有机粗粉的合成颗粒；还有有机材料的颗粒，例如木屑、纸、椰子壳、玉米轴和烟草杆。
[0065]
还可以使用液化的气体增容剂或溶剂。非限定性实例为在标准的温度下和在标准的压力下为气体的那些增容剂或载体，实例为气溶胶推进剂，例如卤化烃，还有丁烷、丙烷、氮和二氧化碳。乳化剂和/或泡沫形成剂，分散剂或润湿剂(具有离子或非离子性质)，或者这些表面活性物质的混合物的实例为聚丙烯酸的盐，木质磺酸的盐，酚磺酸或萘磺酸的盐，环氧乙烷与脂肪醇或与脂肪酸或与脂肪胺或者与具有取代的酚(优选为烷基酚或芳基酚)的缩聚物，磺基琥珀酸酯的盐，牛磺酸衍生物(优选为烷基牛磺酸盐)，聚乙氧基化的醇或酚的磷酸酯，多元醇的脂肪酸酯，以及包含硫酸盐、磺酸盐和磷酸盐的化合物的衍生物，实例为烷基芳基聚乙二醇醚、烷基磺酸盐、烷基硫酸盐、芳基磺酸盐、蛋白质水解产物、木质素
‑
亚硫酸盐废液和甲基纤维素。如果一种活性化合物和/或一种惰性载体不溶于水，并且如果应用在水中发生，则表面活性物质的存在是有利的。
[0066]
可以存在于配制物中并且存在于由其衍生的应用形式中的其他辅助物质包括着色剂，例如无机颜料，实例为氧化铁、氧化钛、普鲁士蓝，和有机染料，例如茜素染料、偶氮染料和金属酞菁染料，以及营养物和痕量营养物(例如铁、锰、硼、铜、钴、钼和锌的盐)。
[0067]
稳定剂(例如低温稳定剂)、防腐剂、抗氧化剂、光稳定剂或者改善化学和/或物理稳定性的其他试剂也可以存在。此外，可以存在泡沫形成剂或消泡剂。
[0068]
此外，配制物以及由其衍生的应用形式还可以包含粘合剂(例如羧甲基纤维素)，粉末、颗粒或乳胶形式的天然和合成聚合物(例如阿拉伯树胶、聚乙烯醇、聚乙酸乙烯酯)，还有天然的磷脂(例如脑磷脂和卵磷脂)和合成的磷脂作为其他的辅助物质。其他可行的辅助物质包括矿物油和植物油。
[0069]
在所述配制物及其衍生的应用形式中可以存在其他的辅助物质。此类添加剂的实例包括香料、保护性胶体、粘结剂、粘附剂、增稠剂、触变物质、渗透剂、保留促进剂、稳定剂、螯合剂、络合剂、保湿剂和展开剂。一般而言，活性化合物可以与常用于配制物目的的任何固体或液体添加剂结合。
[0070]
合适的保留促进剂包括降低动力学表面张力的所有那些物质(例如磺基琥珀酸二辛酯)，或增加粘弹性的所有那些物质(例如羟丙基瓜尔胶聚合物)。
[0071]
在本

技术实现要素：
中的合适的渗透剂包括通常为了增强活性农用化学化合物渗透至植物中而使用的所有那些物质。在本发明内容中的渗透剂定义为能够由应用液体(通常为水性)和/或由喷洒涂料而渗透植物的外皮，并由此增加活性化合物在外皮中的移动性的物质。该性质可以使用文献中所述方法确定(baur等人，1997，pesticide science 51:131
‑
152)。实例包括例如醇烷氧基化物，例如椰子脂肪醇乙氧基化物(10)或异十三烷醇乙氧基化物(12)，脂肪酸酯例如油菜籽或大豆油甲基酯，脂肪胺烷氧基化物例如牛脂胺乙氧基化物(15)，或者铵盐和/或磷酸盐例如硫酸铵或磷酸氢二铵。
[0072]
本文公开的多种组合物和配制物可以包含细菌菌株例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其中任何菌株的活性变体的一定量的细胞，或者孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合；和/或可以包含衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、
aip059286、aip036706或其任何活性变体中的任何一种的一定量的组合物。这样的量可以包括至少大约104cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、至少大约105cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
12
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约106cfu/ml、大约106cfu/ml至大约107cfu/ml、大约107cfu/ml至大约108cfu/ml、大约108cfu/ml至大约109cfu/ml、大约109cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约10
10
cfu/ml至大约10
11
cfu/ml或大约10
11
cfu/ml至大约10
12
cfu/ml的细菌菌株的浓度。在其他实施方案中，细菌菌株的浓度包括至少大约104cfu/ml、至少大约105cfu/ml、至少大约106cfu/ml、至少大约107cfu/ml、至少大约108cfu/ml、至少大约109cfu/ml、至少大约10
10
cfu/ml、至少大约10
11
cfu/ml、至少大约10
12
cfu/ml。细菌菌株的这种浓度可以在任何目的配制物类型中形成，包括例如在液体配制物、可润湿的粉末、喷洒的干燥配制物、细胞糊剂、可润湿的颗粒或冷冻干燥的配制物中。
[0073]
在一些实施方案中，细菌菌株可以存在于液体配制物中。液体配制物可以包含细菌菌株例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的一定量的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或由其衍生的组合物。在液体配制物中，本文公开的细菌菌株或者其活性变体，和/或由其衍生的组合物的量可以包括至少大约104cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、至少大约105cfu/ml至大约10
11
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约10
12
cfu/ml、大约105cfu/ml至大约106cfu/ml、大约106cfu/ml至大约107cfu/ml、大约107cfu/ml至大约108cfu/ml、大约108cfu/ml至大约109cfu/ml、大约109cfu/ml至大约10
10
cfu/ml、大约10
10
cfu/ml至大约10
11
cfu/ml或大约10
11
cfu/ml至大约10
12
cfu/ml，或者至少大约104cfu/ml、至少大约105cfu/ml、至少大约106cfu/ml、至少大约107cfu/ml、至少大约108cfu/ml、至少大约109cfu/ml、至少大约10
10
cfu/ml、至少大约10
11
cfu/ml、至少大约10
12
cfu/ml的浓度。
[0074]
干燥配制物例如细胞糊剂、可润湿的粉末和喷洒的干燥配制物可以包含细菌菌株例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞，或者其任何的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或可以包含衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的组合物。在干燥配制物(例如细胞糊剂、可润湿的粉末和/或喷洒的干燥配制物)中细菌菌株的量可以包括至少大约105cfu/克至大约10
11
cfu/克、大约107cfu/克至大约10
10
cfu/克、大约107cfu/克至大约10
11
cfu/克、大约106cfu/克至大约10
10
cfu/克、大约106cfu/克至大约10
11
cfu/克、大约10
11
cfu/克至大约10
12
cfu/克、大约105cfu/克至大约10
10
cfu/克、大约105cfu/克至大约10
12
cfu/克、大约105cfu/克至大约106cfu/克、大约106cfu/克至大约107cfu/克、大约107cfu/克至大约108cfu/克、大约108cfu/克至大约109cfu/克、大约109cfu/克至大约10
10
cfu/克、大约10
10
cfu/克至大约10
11
cfu/克或大约10
11
cfu/克至大约10
12
cfu/克的细菌菌株的浓度。在一些实施方案中，细菌菌株的浓度包括至少大约105cfu/克、至少大约106cfu/克、至少大约107cfu/克、至少大约108cfu/克、至少大约109cfu/克、至少大约
10
10
cfu/克、至少大约10
11
cfu/克、至少大约10
12
cfu/克或至少10
13
cfu/克。
[0075]
如本文所用，“细胞糊剂”包括经离心和/或过滤或者以其他方式浓缩的细胞的群体。本发明进一步提供了包含种子和种子上的涂层的涂敷的种子，其中涂层包含至少一种细菌菌株，例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞，或者其中任何菌株的孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或可以包含衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的组合物，其中所述细菌菌株或其活性变体以大约105cfu/种子至大约107cfu/种子、大约104cfu/种子至大约108cfu/种子、大约104cfu/种子至大约105cfu/种子、大约105cfu/种子至大约106cfu/种子、大约106cfu/种子至大约107cfu/种子或者大约107cfu/种子至大约108cfu/种子存在于种子上。多种目的植物在本发明的其他处公开。
[0076]
在特定的实施方案中，本发明提供了种子，其包含种子上的异源涂层，其中异源涂层包含至少一种细菌菌株例如aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞，或者孢子或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，和/或可以包含衍生自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的组合物，其中所述细菌菌株或其活性变体以大约105cfu/种子至大约107cfu/种子、大约104cfu/种子至大约108cfu/种子、大约104cfu/种子至大约105cfu/种子、大约105cfu/种子至大约106cfu/种子、大约106cfu/种子至大约107cfu/种子或者大约107cfu/种子至大约108cfu/种子存在于种子上。如本文所用的，关于涂层的“异源的”可以指种子涂层，其包含在种子上天然不存在的细菌菌株，或者如果是在种子上天然存在，则通过故意的人为干预而在组成和/或浓度上从其天然形式被实质性修饰。在具体的实施方案中，关于涂层的“异源的”可以是指包含悬浮在其不会自然存在于其中的溶液中的细菌菌株的种子涂层。用于异源涂层的悬浮液可以是天然的或非天然的，并且可以为细菌菌株提供该菌株通常不具备的特性。例如，异源涂层的悬浮液可以使细菌菌株以这样的方式粘附到种子上，即细菌在种子的储存和发芽过程中保持活性。
[0077]
种子涂层可以进一步包含至少一种营养物、至少一种杀生物剂(例如除草剂或杀虫剂)。例如参见美国申请公开20040336049、20140173979和20150033811。
[0078]
本发明还提供了一种组合物，其包含衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中的至少一种的全细胞肉汤、上清液、滤液或提取物，其中有效量的所述组合物改善植物的目标农艺性状或者控制引起疾病的植物害虫或植物病原体。组合物包含有效的化合物、代谢物和/或蛋白质，所述有效的化合物、代谢物和/或蛋白质改善植物的目标农艺性状或者控制引起疾病的植物害虫或植物病原体。上清液是指当细胞在肉汤中生长或从琼脂平板中收获在另一种液体中并通过离心、过滤、沉淀或本领域已知的其他方法去除时剩余的液体。上清液可进一步浓缩以产生滤液。滤液可包含与上清液或全细胞肉汤中有效化合物或代谢物的浓度相比的有效化合物或代谢物的浓缩量。
在一些实施方案中，上清液、滤液或提取物可加工成可润湿的粉末和/或喷洒的干燥配制物。在其他实施方案中，上清液、滤液或提取物可被浓缩(例如，去除水)但保留在液体配制物中。上述组合物可以以控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状的有效量单独应用或与另一种物质组合应用。
[0079]
本发明公开的多种配制物可以稳定至少30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、225、250、275、300、325、350天、1.5年、2年或更长。稳定是指配制物保留存活的细菌和/或保留有效量的生物活性细菌群体。本文所使用的生物活性是指配制物改善目标农艺性状或控制植物害虫的能力。在一个实施方案中，与在即刻制备配制物后产生的cfu/克相比，稳定的配制物在给定的储存时间点时保留该配制物中至少大约1％、大约10％、大约20％、大约30％大约40％、大约50％、大约60％、大约70％、大约80％或者大约90％的cfu/克。在另一个实施方案中，与生产后配制物中即刻发现的生物活性相比，稳定的配制物在给定的储存时间点时保留该配制物中至少大约30％至80％、大约50％至大约80％、大约60％至大约70％、大约70％至大约80％、大约40％至大约50％、大约50％至大约60％、大约60％至大约70％的生物活性。在另一个实施方案中，与生产后配制物中即刻发现的生物活性相比，稳定的配制物在给定的储存时间点时保留至少大约30％、45％、50％、60％、70％、80％、90％的生物活性。在另一个实施方案中，稳定的配制物保留上文所述生活力和生物活性的任意组合。
[0080]
基于配制物的重量，配制物优选地包含0.00000001％至98％重量的活性化合物，或者特别优选，包含0.01％至95％重量的活性化合物，更优选地0.5％至90％重量的活性化合物。
[0081]
由配制物制备的应用形式的活性化合物含量可以在广泛的范围内改变。基于应用形式的重量，应用形式的活性化合物浓度通常可以合适地是0.00000001％至95％重量的活性化合物，优选地0.00001％至1％重量。应用以适用于应用形式的惯用方式进行。
[0082]
此外，本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与杀生物剂(例如杀真菌剂、杀昆虫剂或除草剂)混合，从而增强其活性或者加入其中的这些化学品的活性。在一些情况下，细菌菌株(或由其衍生的组合物)和化学品的组合可以显示协同活性，其中两种物质的混合物超过了由它们简单加成效应所预计的作用。在另一个实施方案中，本文描述的生物控制剂可以与其他生物控制剂混合。
[0083]
在具体的实施方案中，细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物与用于改善杀生物剂性能的农业化学品是相容的。此类农业化学品包括安全剂、表面活性剂、粘着剂、展开剂、uv保护剂、悬浮剂和分散助剂。安全剂是改善或修饰除草剂性能的化学品。表面活性剂、展开剂和粘着剂是农业喷洒制备物中包含的化学品，其改变喷洒的机械性质(例如通过改变表面张力或者改善叶外层的渗透)。uv保护剂通过减少由紫外线造成的变性来改善农业杀生物剂的性能。悬浮剂和分散助剂通过改变喷洒箱中的行为而改善杀生物剂的性能。在其中细菌菌株或活性变体与目标农业化学品不相容的情况下，如果需要，可以采取方法以修饰细菌菌株，从而赋予目标相容性。用于产生经修饰的细菌菌株的此类方法包括选择技术和/或转化技术。
[0084]
本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以用于显著地改善至少一种目标农艺形状(即，减少对植物害虫例如昆虫和线虫害虫的易感性)。本文提供的
细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与用于有效的害虫综合管理计划的其他杀虫剂一起使用。在一个实施方案中，生物控制群体可以以wo 94/10845中所述方式与已知的杀虫剂混合，该文献通过引用并入本文。
[0085]
可以加入配制物中的化合物和组合物的非限定性实例包括但不限于乙酰基三丁基柠檬酸酯[柠檬酸，2
‑
(乙酰氧基)
‑
,三丁基酯]；琼脂；扁桃仁外壳；扁桃仁壳；α
‑
环糊精；铝酸盐硅酸盐；硅酸镁铝[硅酸，镁铝盐]；硅酸铝钾钠[硅酸，铝钾钠盐]；硅酸铝；硅酸铝钠[硅酸，铝钠盐]；硅酸铝钠(1:1:1)[硅酸(h4sio4)，铝钠盐(1:1:1)]；苯甲酸铵[苯甲酸，铵盐]；硬脂酸铵[十八烷酸，铵盐]；支链淀粉，酸水解的，1
‑
辛烯基丁二酸；支链淀粉，氢1
‑
十八碳烯基丁二酸；动物胶；抗坏血酸棕榈酸盐；坡缕石型粘土；蜂蜡；斑脱土；斑脱土，钠；β
‑
环糊精；骨粉；麸皮；面包屑；(+)
‑
乳酸丁酯；[乳酸，n
‑
丁酯，(s)]；乳酸丁酯[乳酸，n
‑
丁酯]；硬脂酸丁酯[十八烷酸，丁酯]；钙质页岩；方解石(ca(co3))；乙酸钙；乙酸钙一水合物[乙酸，钙盐，一水合物]；苯甲酸钙[苯甲酸，钙盐]；碳酸钙；柠檬酸钙[柠檬酸，钙盐]；辛酸钙；氧化钙硅酸盐(ca3o(sio4))；硅酸钙[硅酸，钙盐]；硬脂酸钙[十八烷酸，钙盐]；硫酸钙；脱水硫酸钙；半水硫酸钙；金丝雀草籽；碳；二氧化碳；羧甲基纤维素[纤维素，羧甲基醚]；纸板；巴西棕榈蜡；角豆树胶[刺槐豆胶]；卡拉胶；干酪素；蓖麻油；蓖麻油，氢化的；猫粮；纤维素；醋酸纤维素；纤维素，与纤维素羧甲基醚的混合物，钠盐；纤维素，纸浆；纤维素，再生的；奶酪；叶绿素a；叶绿素b；柑橘渣；柠檬酸；柠檬酸，一水合物；柑橘果胶；柑橘浆；泡壳；可可；可可豆壳粉；可可豆壳；鱼肝油；咖啡渣；饼干；植物外皮；玉米轴；棉；棉籽粉；碾碎的麦粒；十烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯；糊精；二甘油单油酸酯[9
‑
十八碳烯酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的酯]；二甘油单硬脂酸酯[9
‑
十八烷酸，与xybis(丙二醇)形成的一酯]；二月桂精[月桂酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；二棕榈精[十六烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；柠檬酸二钾[柠檬酸，二钾盐]；柠檬酸二钠[柠檬酸，二钠盐]；硫酸钠十水合物；硅藻土(低于1％结晶二氧化硅)；月桂酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯；白云石；道格拉斯杉树皮；蛋壳；蛋；(+)
‑
乳酸乙酯[乳酸，乙酯，(s)]；乳酸乙酯[乳酸，乙酯]；长石；鱼粉；鱼油(不符合40cfr 180.950)；漂白土；富马酸；γ
‑
环糊精；明胶；结冷胶；胶(解聚的.动物胶原)；甘油[1,2,3
‑
丙烷三醇]；甘油单油酸酯[9
‑
十八碳烯酸(z)
‑
，2,3
‑
二羟基丙酯]；二辛酸甘油酯[辛酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；甘油二肉豆蔻酸酯[十四烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；二油酸甘油酯[9
‑
十八碳烯酸(9z)
‑
，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；二硬脂酸甘油酯；单十四烷酸甘油酯[十四烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯]；单辛酸甘油酯[辛酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯]；单油酸甘油酯[9
‑
十八碳烯酸(9z)
‑
，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯]；单硬脂酸甘油酯[十八烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯]；硬脂酸甘油酯[十八烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的酯]；花岗岩；石墨；瓜尔豆胶；阿拉伯树胶；黄蓍胶；石膏；赤铁矿(fe2o3)；黑腐酸；氢化棉籽油；氢化菜子油；氢化大豆油；羟乙基纤维素[纤维素，2
‑
羟乙基醚]；羟丙基纤维素[纤维素，2
‑
羟丙基醚]；羟丙基甲基纤维素[纤维素，2
‑
羟丙基甲基醚]；铁氧化镁(fe2mgo4)；氧化铁(fe2o3)；氧化铁(fe2o3)；氧化铁(fe3o4)；氧化铁(feo)；异丙醇[2
‑
丙醇]；肉豆蔻酸异丙酯；高岭土；乳糖；乳糖一水合物；羊毛脂；橡胶胶乳；月桂酸；卵磷脂；甘草提取物；石灰(化学品)白云石；石灰岩；亚麻子油；碳酸镁[碳酸，镁盐(1:1)；苯甲酸镁；氧化镁；氧化镁硅酸盐(mg3o(si2o5)2)，一水合物；硅酸镁；硅酸镁水合物；镁硅氧化物(mg2si3o8)；硬脂酸镁[十八烷酸，镁盐]；硫酸镁；硫酸镁七水合物；苹果酸；麦芽
提取物；麦芽风味剂；麦芽糊精；甲基纤维素[纤维素，甲基醚]；云母；云母族矿物质；奶；n/a粟粒；矿物油(u.s.p.)；1
‑
甘油一月桂酸酯[月桂酸，2,3
‑
二羟基丙酯]；1
‑
肉豆蔻酸单甘油酯[十四烷酸，2,3
‑
二羟基丙酯]；肉豆蔻酸单甘油酯[十烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的二酯]；棕榈酸单甘油酯[十六烷酸，与1,2,3
‑
丙烷三醇形成的一酯]；柠檬酸二氢钾[柠檬酸，一钾盐；柠檬酸二氢钠[柠檬酸，一钠盐]；蒙脱石；肉豆蔻酸；霞石正长岩；氮；海狸鼠肉；尼龙；辛酸，钾盐；辛酸，钠盐；油，扁桃仁；油，小麦；油酸；牡砺壳；棕榈油；棕榈油，氢化的；棕榈酸[十六烷酸]；石蜡；花生酱；花生壳；花生；泥煤苔；果胶；珍珠岩；珍珠岩，膨胀的；熟石膏；聚乙烯；聚甘油油酸酯；聚硬脂酸甘油酯；乙酸钾[乙酸，钾盐]；硅酸铝钾，无水的；苯甲酸钾[苯甲酸，钾盐]；碳酸氢钾[碳酸，一钾盐]；氯化钾；柠檬酸钾[柠檬酸，钾盐]；腐殖酸钾[黑腐酸，钾盐]；肉豆蔻酸钾[十四烷酸，钾盐]；油酸钾[9
‑
十八碳烯酸(9z)
‑
，钾盐；蓖麻油酸单钾[9
‑
十八碳烯酸，12
‑
羟基
‑
，一钾盐，(9z,12r)
‑
]；山梨酸钾[山梨酸，钾盐]；硬脂酸钾[十八烷酸，钾盐]；硫酸钾；硫酸钾[硫酸，一钾盐]；1,2
‑
碳酸丙烯酯[1,3
‑
二氧杂戊环
‑2‑
酮，4
‑
甲基
‑
]；浮石；甘蓝红色素(仅使用酸化的水通过压制工艺由可食用的红卷心菜头释放出来)；红雪松芯片；低级面粉；橡胶；木屑；页岩；硅石，非结晶类，气相(无结晶)；硅石，非结晶类，沉淀的和凝胶；硅石(无结晶)；硅胶；硅胶，沉淀的，无结晶；硅石，水合物；硅石，玻璃状；硅酸(h2sio3)，镁盐(1:1)；肥皂(通过脂肪和油的皂化作用、或者脂肪酸的中和作用产生的脂肪酸的水溶性钠盐或钾盐)；皂树皮[皂树皂苷]；皂石；乙酸钠[乙酸，钠盐]；海藻酸钠；苯甲酸钠[苯甲酸，钠盐]；碳酸氢钠；羧甲基纤维素钠[纤维素，羧甲基醚，钠盐]；氯化钠；梓檬酸钠；腐殖酸钠[黑腐酸，钠盐]；油酸钠；蓖麻油酸钠[9
‑
十八碳烯酸，12
‑
羟基
‑
，一钠盐，(9z,12r)
‑
]；硬脂酸钠[十八烷酸，钠盐]；硫酸钠；山梨醇[d
‑
葡萄糖醇]；大豆蛋白；大豆卵磷脂[卵磷脂，大豆]；大豆皮；大豆粉；大豆，粉；硬脂酸[十八烷酸]；硫；糖浆，水解淀粉，氢化的；四甘油单油酸酯[9
‑
十八碳烯酸(9z)
‑
，与四甘油形成的一酯]；三柠檬酸钙[柠檬酸，钙盐(2:3)]；三乙基梓檬酸酯[柠檬酸，三乙酯；三柠檬酸钾[柠檬酸，三钾盐]；三柠檬酸钾一水合物[柠檬酸，三钾盐，一水合物]；三柠檬酸钠[柠檬酸，三钠盐]；三柠檬酸钠脱水合物[柠檬酸，三钠盐，脱水合物]；三柠檬酸钠五水合物[柠檬酸，三钠盐，五水合物]；群青蓝[c.i.颜料蓝29]；脲；香子兰；蛭石；醋(溶液中最大8％乙酸)；维生素c[l
‑
抗坏血酸]；维生素；核桃粉；胡桃壳；小麦；小麦粉；小麦胚芽油；乳清；白色矿物油(石油)；冬绿油；硅灰石(ca(sio3))；羊毛；黄原胶；酵母；沸石(不包括毛沸石(cas reg.no.66733
‑
21
‑
9))；沸石，naa；氧化锌铁；氧化锌(zno)；和硬脂酸锌[十八烷酸，锌盐]。
[0086]
iv.使用方法
[0087]
本发明提供的细菌菌株或经修饰的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与任何植物物种一起使用，从而控制植物害虫或改善目标农艺性状。目标农艺性状包括改善植物健康或商业价值的任何性状。目标农艺性状的非限定性实例包括生物质增加、耐旱性增加、耐热性、耐除草剂、抗旱性、害虫抗性(例如线虫抗性、昆虫抗性、真菌抗性、病毒抗性、细菌抗性)、雄性不育、耐寒性、耐盐性、增加产量、营养物利用效率增加、氮气利用效率增加、耐氮气压力增加、可发酵的碳水化合物含量增加、木质素含量降低、抗氧化剂含量增加、水利用效率增强、活力增加、发芽率增加、开花更早或增加、生物质增加、根芽生物质比率改变、土壤水分保持增强或它们的组合。在其他的情况下，目标农艺性状包括油含量改变、蛋白质含量改变、种子碳水化合物组成改变、种子油组成改变、种子蛋白质组成改
razoumowsky))；扣甲科(elateridae)的线虫和小蠹科(scolytidae)的树皮甲虫。
[0097]
如本文所公开的，昆虫害虫包括玉米根虫复合体的鞘翅目害虫：西方玉米根虫，diabrotica virgifera virgifera；北方玉米根虫，d.barberi；南方玉米根虫或斑点黄瓜甲虫，diabrotica undecimpunctata howardi；和墨西哥玉米根虫，d.virgifera zeae。在特定实施方案中，昆虫害虫是西方玉米根虫，diabrotica virgifera virgifera。
[0098]
可以用本文公开的组合物和方法控制的昆虫害虫还包括鳞翅目的昆虫，例如小蜡螟(achoroia grisella)、西部黑头长翅卷蛾(acleris gloverana)、东部黑头长翅卷蛾(acleris variana)、苹果小卷叶蛾(adoxophyes orana)、小地虎(agrotis ipsilon)、alabama argillacea、秋星尺蠖(alsophila pometaria)、脐澄螟蛾(amyelois transitella)、地中海粉螟(anagasta kuehniella)、桃枝麦蛾(anarsia lineatella)、anisota senatorial、柞蚕(antheraea pernyi)、大豆夜蛾(anticarsia gemmatalis)，黄卷蛾属(archips)物种、条卷蛾属(argyrotaenia)物种、athetis mindara，家蚕(bombyx mori)、棉潜叶蛾(bucculatrix thurberiella)、粉斑螟蛾(cadra cautella)、卷蛾属(choristoneura)物种、cochylls hospes、苜蓿黄蝶(colias eurytheme)、米蛾(corcyra cephalonica)、cydia iatiferreanus、苹果小卷蛾(cydia pomonella)、datana integerrima、落叶松毛虫(dendrolimus sibericus)、desmiafeneralis属物种、diaphania hyalinata、黄瓜绢野螟(diaphania nitidalis)、巨座玉米螟(diatraea grandiosella)、小庶螟(diatraea saccharalis)、ennomos subsignaria、eoreuma loftini、esphestia elutella、erannis tilaria、estigmene acrea、eulia salubricola、eupocoellia ambiguella、女贞细卷蛾(eupoecilia ambiguella)、euproctis chrysorrhoea、euxoa messoria、蜡螟(galleria mellonella)、梨小食心虫(grapholita molesta)、harrisina americana、helicoverpa subflexa、玉米穗虫(helicoverpa zea)、烟芽夜蛾(heliothis virescens)、hemileuca oliviae、美洲葵螟(homoeosoma electellum)、美国白蛾(hyphantia cunea)、番茄蠹蛾(keiferia lycopersicella)、lambdina fiscellaria fiscellaria、lambdina fiseellaria lugubrosa、柳毒蛾(leucoma salicis)、葡萄花翅小卷蛾(lobesia botrana)、草地螟(loxostege sticticalis)、舞毒蛾(lymantria dispar)、macalla thyrisalis、天幕毛虫属(malacosoma)物种、甘蓝夜蛾(mamestra brassicae)、荷带夜蛾(mamestra configurata)、manduca quinquemaculata、烟草夜蛾(manduca sexta)、豇豆荚螟(maruca testulalis)、melanchra picta、冬尺蠖蛾(operophtera brumata)、古毒蛾属(orgyia)物种、玉米螟虫(ostrinia nubilalis)、尺蠖(paleacrita vernata)、大凤蝶(papilio cresphontes)、棉红铃虫(pectinophora gossypiella)、phryganidia californica、斑幕潜叶蛾(phyllonorycter blancardella)、绿脉菜粉蝶(pieris napi)、菜青虫(pieris rapae)、苜猜绿夜蛾(plathypena scabra)、platynota flouendana、platynota stultana、platyptilia carduidactyla、印度谷螟(plodia interpunctella)、小菜蛾(plutella xylostella)、多形云粉蝶(pontia protodice)、美洲黏虫(pseudaletia unipuncta)、pseudoplasia includens、病状尺蠖(sabulodes aegrotata)、schizura concinna、麦蛾(sitotroga cerealella)、spilonta ocellana、灰夜蛾属(spodoptera)物种、thaurnstopoea pityocampa、tinsola bisselliella，trichoplusia hi、tuta absoluta、udea rubigalis、xylomyges curiails和yponomeuta padella。
nenuphar，梅象；甘薯象鼻虫(euscepes postfaciatus)，西印度甘薯象鼻虫；栗金龟(maladera castanea)，亚洲花园甲虫；rhizotrogus majalis，欧洲金龟子；蔷薇刺金龟(macrodactylus subspinosus)，蔷薇金龟子；杂拟谷盗(tribolium confusum)，杂拟谷盗；黑粉虫(tenebrio obscurus)，黑粉虫；赤拟谷盗(tribolium castaneum)，赤拟谷盗；大黄粉虫(tenebrio molitor)，黄粉虫以及果蝇科(drosophilidae)包括果蝇铃木(drosophila suzukii)，斑翅果蝇。
[0103]
昆虫害虫还包括选自双翅目、膜翅目、食毛目、同翅目、半翅目、直翅目、缨翅目、革翅目、等翅目、虱目、蚤目和毛翅目的昆虫。本发明的昆虫害虫可进一步包括蜱螨亚纲(acari)的害虫，包括但不限于螨虫和壁虱。在特定的实施方案中，鞘翅目害虫包括西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫。
[0104]
对于主要农作物可以本发明的组合物和方法控制的昆虫害虫包括但不限于：玉米：玉米螟虫(ostrinia nubilalis)，欧洲玉米螟；小地虎(agrotis ipsilon)，小地老虎；玉米穗虫(helicoverpa zeae)，棉铃虫；草地贪夜蛾(spodoptera frugiperda)，伪粘虫；巨座玉米螟(diatraea grandiosella)，西南玉米螟；玉米茎蛀虫(elasmopalpus lignosellus)，小玉米茎蛀虫；小庶螟(diatraea saccharalis)，甘庶螟虫；西方玉米根虫，例如diabrotica virgifera virgifera；北方玉米根虫，例如长角叶甲(diabrotica longicornis barberi)；南方玉米根虫，例如diabrotica undecimpunctata howardi；melanotus物种，线虫；cyclocephala borealis，北方独角仙(蛴螬)；cyclocephala immaculata，南方蒙面金龟子(蛴螬)；日本金龟子(popillia japonica)，日本金龟子；玉米铜色跳甲(chaetocnema pulicaria)，玉米跳甲；sphenophorus maidis，玉米象虫；玉米缢管蚜(rhopalosiphum maidis)，玉米缢管蚜；玉蜀黍根虫蚜(anuraphis maidiradicis)，玉米根虫蚜；桃蚜(myzus persicae)，桃蚜；稻绿蝽(nezara viridula)，南方绿椿象；blissus leucopterus leucopterus，麦长蝽；melanoplus femurrubrum，红腿蚱蜢(redlegged grasshopper)；迁徙蚱蜢(melanoplus sanguinipes)，迁徙蚱蜢；种蝇(hylemya platura)，种蝇；agromyza parvicornis，玉米斑潜蝇；玉米黄呆蓟马(anaphothrips obscrurus)，美洲锥尾蓟马；solenopsis milesta，窃叶蚁；二斑叶螨(tetranychus urticae)，红蜘蛛；高粱：chilo partellus，高粱螟；草地贪夜蛾，伪粘虫；玉米穗虫(helicoverpa zea)，棉铃虫；玉米茎蛀虫(elasmopaipus lignosellus)，小玉米茎蛀虫；feltia subterranea，粒肤地老虎；phyllophaga crinita，白蛴螬；eleodes，conoderus和aeolus物种，线虫；黑角负泥虫(oulema melanopus)，谷叶甲虫；玉米铜色跳甲(chaetocnema pulicaria)，玉米跳甲；sphenophorus maidis，玉米象虫；玉米蚜；玉米缢管蚜；sipha flava，甘庶黄蚜；高粱长蝽，例如blissus leucopterus leucopterus；高粱瘿蚊(contarinia sorghicola)，高粱瘿蚊；朱砂叶螨(tetranychus cinnabarinus)，朱砂叶螨；二斑叶螨，二斑叶螨；小麦：pseudalet ia unipunctata，粘虫；草地贪夜蛾，伪粘虫；玉米茎蛀虫(elasmopalpus lignosellus)，小玉米茎蛀虫；agrotis orthogonia，pale western cutworm；玉米茎蛀虫(elasmopalpus lignosellus)，小玉米茎蛀虫；黑角负泥虫，谷叶甲虫；苜蓿斑点(hypera punctata)，车轴草叶象虫；南方玉米根虫，例如diabrotica undecimpunctata howardi；俄罗斯小麦蚜虫；麦二叉蚜(schizaphis graminum)，绿蚜；麦长管蚜(macrosiphum avenae)，麦长管蚜；melanoplus femurrubrum，红腿蚱蜢；melanoplus differentialis，长额负蝗；迁徙蚱蜢
(melanoplus sanguinipes)，迁徙蚱蜢；小麦瘿蚊(mayetiola destructor)，小麦瘿蚊；小麦红吸浆虫(sitodiplosis mosellana)，小麦红吸浆虫；meromyza americana，麦杆蝇；hylemya coarctata，麦种蝇；烟褐花蓟马(frankliniella fusca)，烟草蓟马；cephus cinctus，麦茎蜂；aceria tulipae，郁金香瘤瘿螨；向日葵：cylindrocupturus adspersus，向日葵茎象甲；smicronyx fulus，红葵花籽象甲；灰色种象甲(smicronyx sordidus)，灰葵花籽象甲；suleima helianthana，向日葵芽蛾；向日葵斑螟(homoeosoma electellum)，向日葵螟；向日葵叶甲(zygogramma exclamationis)，向日葵甲虫；bothyrus gibbosus，胡萝卜金龟；neolasioptera murtfeldtiana，葵花轩蚊；棉：烟芽夜蛾(heliothis virescens)，烟草夜蛾幼虫；玉米穗虫(helicoverpa zea)，棉铃虫；甜菜夜蛾(spodoptera exigua)，甜菜夜蛾；棉红铃虫(pectinophora gossypiella)，红铃虫；棉籽象鼻虫，例如棉铃象甲(anthonomus grandis)；棉蚜(aphis gossypii)，棉蚜；pseudatomoscelis seriatus，棉跳盲蝽；trialeurodes abutilonea，banded winged whitefiy；lygus lineolaris，美国牧草盲蝽；melanoplus femurrubrum，红腿蚱蜢；melanoplus differentialis，长额蚱蜢；烟蓟马(thrips tabaci)，葱蓟马；franklinkiella fusca，烟草蓟马；朱砂叶螨(tetranychus cinnabarinus)，朱砂叶螨；二斑叶螨，二斑叶螨；水稻：小庶螟，甘庶螟虫；草地贪夜蛾，伪粘虫；玉米穗虫(helicoverpa zea)，棉铃虫；肖叶甲褐斑(colaspis brunnea)，葡萄肖叶甲；稻水象甲(lissorhoptrus oryzophilus)，稻水象虫；米象(sitophilus oryzae)，米象；二条黑尾叶蝉(nephotettix nigropictus)，黑尾叶蝉；高粱长蝽，例如blissus leucopterus leucopterus；拟绿蝽(acrosternum hilare)，喜绿蝽；大豆：pseudoplusia includens，大豆尺蠖；大豆夜蛾(anticarsia gemmatalis)，velvetbean caterpillar；苜猜绿夜蛾(plathypena scabra)，苜蓿绿夜蛾；玉米螟虫(ostrinianubi lalis)，欧洲玉米螟；小地虎(agrotis ipsilon)，小地老虎；甜菜夜蛾(spodoptera exigua)，甜菜夜蛾；烟芽夜蛾，烟草夜蛾幼虫；玉米穗虫(helicoverpa zea)，棉铃虫；墨西哥豆瓢虫(epilachna varivestis)，墨西哥豆瓢虫；桃蚜(myzus persicae)，桃蚜；小绿叶蝉(empoasca fabae)，马铃薯微叶蝉；拟绿蝽(acrosternum hilare)，喜绿蝽；melanoplus femurrubrum，红腿蚱蜢；melanoplus differentialis，长额负蝗；种蝇，种蝇；sericothrips variabilis，大豆蓟马；烟蓟马(thrips tabaci)，葱蓟马；土耳其斯坦叶螨(tetranychus turkestani)，草莓二斑叶螨；二斑叶螨，二斑叶螨；大麦：玉米螟虫(ostrinia nubilalis)，欧洲玉米螟；小地虎(agrotis ipsilon)，小地老虎；麦二叉蚜，绿蚜；高粱长蝽，例如blissus leucopterus leucopterus；拟绿蝽(acrosternum hilare)，喜绿蝽；euschistus servus，褐臭蝽；jylemya platura，种蝇；小麦癭蚊，小麦癭绳；麦长腿蜘蛛(petrobia latens)，麦长腿蜘蛛；油籽油菜：甘蓝蚜(vrevicoryne brassicae)，菜蚜；蔬菜黄条跳甲(phyllotreta cruciferae)，十字花科蔬菜跳甲；黄曲条跳甲(phyllotreta striolata)，黄曲条菜跳甲；菁淡足跳甲(phyllotreta nemorum)，条纹完菁跳甲；meligethes aeneus，油菜甲虫；和花粉甲虫meligethes rufimanus，meligethes nigrescens，meligethes canadianus和meligethes viridescens；马铃薯：马铃薯甲虫(leptinotarsa decemlineata)，科罗拉多马铃薯甲虫；甘薯：spartocera batatas，巨型甘薯虫；charidotella(＝metriona)双色，金龟甲虫；cylas formicarius，甘薯象鼻虫；cylas puncticollis，甘薯象鼻虫；cylas brunneus，甘薯象鼻虫naupactus(＝graphognathus)物种，白化甲虫；conoderus rudis，线虫；
conoderus scissus，花生线虫；blosyrus物种，粗糙的甘薯象鼻虫；acraea acerata，甘薯蝴蝶；agrius convolvuli，甘薯天蛾；甜菜夜蛾(spodoptera exigua)，粘虫；斜纹夜蛾(spodoptera eridania)，粘虫；synanthedon物种，清翅蛾；多毛和癭螨(hairiness and eriophyid mites)；euscepes postfasciatus，西印度甘薯象鼻虫；peloropus batatae，peloropus象甲；omphisia anastomasalis，甘薯茎蛀虫，和甲壳虫各种物种的的白色幼虫。
[0105]
在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法控制线虫植物害虫。线虫包括寄生线虫，例如根结线虫、囊肿和病变线虫，包括meloidogyne物种的线虫，例如南方根结线虫(meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(meloidogyne javanica)，北方根结线虫(meloidogyne hapla)和花生根结线虫(meloidogyne arenaria)；ditylenchus物种的线虫，例如腐烂茎线虫(ditylenchus destructor)和ditylenchus dipsaci；pratylenchus物种的线虫，例如玉米芯根茎线虫(pratylenchus penetrans)，菊花根茎线虫(pratylenchus fallax)，partylenchus coffeae，pratylenchus loosi和核桃根茎线虫(pratylenchus vulnus)；globodera物种的线虫，如罗氏线虫(globodera rostochiensis)和globodera pallida；heterodera物种的线虫，如heterodera glycines(大豆孢囊线虫)；heterodera schachtii(甜菜孢囊线虫)；heterodera avenae(谷物孢囊线虫)；aphelenchoides物种的线虫，如水稻白尖线虫(aphelenchoides besseyi)，aphelenchoides ritzemabosi和aphelenchoides fragariae；aphelenchus物种的线虫，例如avehelenchus avenae；radopholus物种的线虫，例如穴居线虫(radopholus similis)；tylenchulus物种的线虫，如tylenchulus semipenetrans；rotylenchulus物种的线虫，例如rrotylenchulus reniformis；生活在树木中的线虫，如bursaphelenchus xylophilus和红球线虫(bursaphelenchus cocophilus)等以及globodera物种；特别是孢囊线虫的成员，包括但不限于马铃薯金线虫(globodera rostochiensis)和globodera pailida(马铃薯孢囊线虫)；螺旋线虫(helicotylenchus物种)；穿孔线虫(香蕉穿孔线虫(radopholus similis))；球茎线虫(ditylenchus dipsaci)；肾形线虫(rotylenchulus reniformis)；剑线虫(dagger)(xiphinema物种)；芽叶线虫(aphelenchoides物种)；和松萎病线虫(松材线虫(bursaphelenchus xylophilus))。病变线虫包括pratylenchus物种。术语“线虫”包括卵、幼虫、幼年和成熟形式的线虫。
[0106]
可以在任何发育阶段(包括早期发育阶段，例如幼虫或其他未成熟形式)针对抵抗害虫的杀虫活性测试细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物。例如，可以在大约20℃至大约30℃以及在大约30％至大约70％相对湿度下，在完全黑暗中饲养昆虫害虫的幼虫。生物测定法可以如czapla和lang(1990)j.econ.entomol.83(6):2480
‑
2485中所述进行。饲养昆虫幼虫及实施生物测定法的方法是本领域任一普通技术人员公知的。
[0107]
在特定的实施方案中，本文提供的细菌菌株是靶向一种或多种昆虫或昆虫害虫的菌株。例如，本文提供的各种细菌菌株靶向一种或多种引起对植物造成损害的昆虫害虫。例如，本文提供的任何细菌菌株或其活性变体可具有针对本文所述的一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫的杀虫活性。
[0108]
在特定实施方案中，细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞，或者孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合控制昆虫或线
虫害虫。因此，在一些实施方案中，本文公开的植物害虫是来自鞘翅目的昆虫害虫。例如细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞，或者孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合可以控制玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和象鼻虫。在特定实施方案中，细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的细胞可以具有针对西方玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫和/或甘薯象鼻虫的活性。在特定实施方案中，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体具有针对根结线虫和南方绿臭虫的活性。
[0109]
本文公开的方法和组合物可用于控制一种或多种细菌病原体。细菌病原体可以是但不限于选自由如下项目组成的组的细菌物种：欧文氏菌(erwinia)属物种，例如解淀粉欧文氏菌(erwinia amylovora)，假单胞菌属(pseudomonas)物种，例如丁香假单胞菌变种phaseolicola(pseudomonas syringae pv.phaseolicola)，青枯菌属(ralstonia)物种，例如青枯雷尔氏菌(ralstonia solanacearum)，黄单胞菌属(xanthomonas)物种，例如疱病黄单胞菌(xanthomonas vesicatoria)和链霉菌属(streptomyces)物种，例如疮痂病链霉菌(streptomyces scabies)。本文公开的方法和组合物还可用于控制沙门氏菌属(salmonella)物种，例如肠沙门氏菌(salmonella enterica)和/或埃希氏菌属(escherichia)物种，例如大肠杆菌(escherichia coli)。
[0110]
本文公开的方法和组合物可用于防治一种或多种真菌害虫。真菌害虫可以是但不限于选自如下项目组成的组的真菌：曲霉属(aspergillus)物种，葡萄糖孢属(botrytis)物种，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，链格孢属(alternaria)物种，番前早疫病菌(alternaria solani)，丝核菌属(rhizoctonia)物种，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，小麦白粉菌(blumeria graminis f.sp.tritici)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)，二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)，月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)，apiognomonia errabunda，apiognomonia veneta，炭疽菌属(colletotrichum)物种，胶孢炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)，discula fraxinea，球腔菌属(mycosphaerella)物种，拟茎点霉属(phomopsis)物种，plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，peronospora belbahrii，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，peronospora lamii，plasmopara obduscens，腐霉属(pythium)物种，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌
(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，fusarium virguliforme，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，青霉属(penicillium)物种，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，小菌核属(sclerotium)物种，核盘菌属(sclerotinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，梨火疫病病原菌(erwinia amylovora)，链核盘菌属(monilinia)物种，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0111]
在一些实施方案中，真菌害虫选自如下项目组成的组：灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)，plasmopara viticola，peronospora belbahrii，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)和苹果黑星菌(venturia inaequalis)。
[0112]
在进一步的实施方案中，真菌病原体是层锈菌属(phakopsora)物种，包括豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)和/或山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)。
[0113]
由真菌害虫引起的真菌植物病况和疾病的实例包括但不限于亚洲大豆锈病(asr)、灰霉病、叶斑病、大灰斑病、早疫病、猝倒复杂病、褐块病、丝核菌病、根腐病、肚腐病(belly rot)、纹枯病、白粉病、炭疽病叶斑病、霜霉病、腐霉枯萎病、晚疫病、赤霉病、猝死综合征(sds)、镰刀菌萎蔫病、玉米茎腐病、褐锈病、黑锈病、黄锈病、小麦锈病、锈病、苹果黑星病、黄萎病、火疫病和褐腐病。
[0114]
b.控制植物害虫和治疗或预防植物疾病的方法
[0115]
本文提供了控制植物害虫的方法，包括向植物应用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物，其中细菌菌株和/或由其衍生的组合物控制植物害虫，例如昆虫或线虫害虫。本文还提供了降低对植物害虫的易感性和/或增加对植物害虫的抗性的方法，包括向具有植物害虫、由植物害虫或损害引起的植物疾病或损害或者处于发展由植物害虫引起的植物疾病或损害的风险的植物应用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体，和/或由其衍生的组合物，其中所述细菌菌株和/或由其衍生的组合物控制植物害虫。本文提供了用于治疗或预防植物疾病或损害的方法，包括向具有植物疾病或损害或者处于发展植物疾病或损害的风险的植物应用有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体，和/或由其衍生的组合物，其中所述细菌菌株和/或由其衍生的组合物控制引起植物疾病或损害的植物害虫。在特定实施方案中，植物损害是由昆虫害虫，例如鞘翅目害虫引起的。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、
aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，有效量的细菌菌株或其活性变体包括至少大约10
12
至10
16
cfu每公顷或至少大约104至10
16
cfu每公顷，或者至少大约105至10
11
cfu每公顷。在一些实施方案中，组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体，可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。
[0116]
本文提供的任何细菌菌株、其活性变体或由其衍生的组合物可以控制本文描述的一种、两种、三种、四种、五种或更多种植物害虫。在某些方法中，细菌菌株控制一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫，如鞘翅目害虫。在一些实施方案中，本文提供的任何细菌菌株或其活性变体可具有针对昆虫害虫和其他植物害虫的组合的活性，包括真菌、病毒或类病毒、细菌、昆虫、线虫和原生动物害虫。本文提供的细菌菌株或其活性变体可用于对目标植物害虫易感的任何植物物种。
[0117]
表1中提供了由示例性植物害虫引起的疾病实例。本文还提供了非限定性示例性农作物物种，其对由害虫引起的植物疾病易感。例如，表1示出灰葡萄孢菌(bortrytis cinerea)导致所有开花农作物的灰霉病。因此，可以将控制灰葡萄孢菌的本文提供的细菌菌株或其活性变体应用至患有灰霉病或处于发展成灰霉病的风险的植物上，从而治疗或预防植物的灰霉病。类似地，表1示出立枯丝核菌(rhizoctonia solani)导致玉米的猝倒复杂病，导致大豆的猝倒复杂病，导致草皮的褐块病以及导致观赏植物的猝倒复杂病。因此，可以将控制立枯丝核菌的本文提供的细菌菌株或其活性变体应用至患有猝倒复杂病和/或褐块病或者处于发展猝倒复杂病和/或褐块病的风险的植物上，从而治疗或预防猝倒复杂病和/或褐块病。在另一个实例中，表1示出谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、胶孢炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、discula fraxinea导致炭疽病叶斑病。因此，可以将控制谷物炭疽菌、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、胶孢炭疽菌、discula fraxinea中的一种或多种的本文提供的细菌菌株或其活性变体应用至患有炭疽病叶斑病或处于发展出炭疽病叶斑病的风险之下的植物上，以便治疗或预防植物的炭疽病叶斑病。
[0118]
表1
[0119]
[0120][0121]
在特定实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体控制一种或多种线虫害虫。例如，细菌菌株或其活性变体可以控制或治疗根结线虫(根结线虫属(meloidogyne)物种)。植物寄生线虫可以攻击植物的根、茎、叶和花。所有的植物寄生线虫都有被称为口针(stylet)的穿孔口器。口针的存在是区分植物寄生线虫和其他类型线虫的关键诊断标志。表明线虫攻击的典型根症状是根结或根瘿、根病变、根分枝过多、根尖受伤和根系发育不良。表明根感染的地上部分植物部分的症状是整个植物缓慢衰退，即使土壤水分充足也会枯萎，叶片变黄，叶更少更小。事实上，这些是会出现在缺乏正常运转的根系的植物中的症状。球茎线虫产生茎膨大和缩短的节间。芽叶线虫扭曲和杀死芽和叶组织。在某些情况下，例如scn，可能在没有明显症状的情况下发生产率损失。
[0122]
术语“治疗”或“处理”或其衍生词语包括基本上抑制、减慢或逆转病况的进展，基本上减轻病况的症状，或者基本上预防由引起植物疾病的昆虫害虫或者病原体或害虫引起的症状或病况的外观。
[0123]
术语“控制”植物害虫是指以下的一种或多种：抑制或减少植物害虫的生长、进食、生殖和/或繁殖或者杀死植物害虫(例如引起植物害虫的发病率或死亡率，或繁殖力下降)。如此，使用本文提供的细菌菌株和/或由其衍生的组合物治疗的植物可以显示统计学显著量的降低的害虫感染或降低的害虫引起的损害。在特定实施方案中，“控制”和“保护”植物免受害虫侵害是指抑制或减少害虫的生长、萌发、繁殖和/或增殖中的一种或多种；和/或杀死、移除、破坏或以其他方式减少害虫的发生和/或活性。因此，用本文所提供的细菌菌株和/或由其衍生的组合物治疗的植物在存在植物害虫的情况下可表现出统计显著量的疾病或损害的严重程度降低或发展减少。
[0124]
术语“预防”及其变化形式是指先于细菌、真菌、病毒、昆虫或其他害虫的生长、繁殖、感染、孢子萌发和菌丝生长进行的抵制。在这种情况下，在暴露于植物害虫之前应用所
述组合物。
[0125]
术语“减轻”(“ameliorate”)和“减轻”(“amelioration”)是指通过本发明提供的组合物和方法使得经治疗的植物病况有所改善。所述改善可以表现为害虫生长的减少和/或受损害或生病植物的高度、重量、叶的数量、根系统或产率的改善。通常，所述术语是指受损害或生病的植物的生理学状态的改善。
[0126]
术语“抑制”以及该术语的所有变化形式旨在涵盖对细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其他害虫的生长以及孢子萌发的限制或阻止。
[0127]
术语“消除”涉及可任选地，根据下文所述本发明的方法，将细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其他的害虫与本发明的组合物接触而基本上根除或除去细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其他的害虫。
[0128]
术语“延迟”、“减慢”及其所有变化形式旨在涵盖减慢细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫、任何其他害虫的生长和孢子萌发的进展。表述“延迟发作”解释为在一定时间内，防止或减慢细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其他害虫的生长、侵扰、感染、孢子萌发和菌丝生长的进展，使得所述细菌、真菌、病毒、线虫、昆虫或任何其他害虫的生长、侵扰、感染、孢子萌发和菌丝生长不会随着发育大幅发展，或者与缺乏本发明的治疗相比出现的更晚。
[0129]
使用本文提供的细菌菌株或其活性变体治疗的植物、植物部分或栽培地区在植物病原体存在下，可以显示统计学显著量的降低的疾病或损害严重性或者降低的疾病或损害发展。与未治疗的对照植物相比，疾病或损害的严重性降低或发展降低可以为降低大约10％至大约20％、大约20％至大约30％、大约30％至大约40％、大约40％至大约50％、大约50％至大约60％、大约60％至大约70％、大约70％至大约80％、大约80％至大约90％、或者大约90％至大约100％。在其他的情况下，与未治疗的对照植物相比，使用本文提供的细菌菌株或其活性变体治疗的植物在植物害虫存在下，可以显示疾病或损害的严重性降低或发展降低至少大约10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或者大约100％以上。评估植物损害或疾病严重性的方法是已知的，并且包括测量受损的或生病的叶面积的百分率(godoy等人(2006)fitopatol.bras.31(1)63
‑
68)，或者通过测量夏孢子堆计数(uredinia count)。
[0130]
使用本文提供的细菌菌株或其活性变体治疗的植物、植物部分或栽培地区可以显示植物害虫包括昆虫和/或线虫害虫的减少。与未治疗的对照植物相比，植物害虫的减少可以为降低大约10％至大约20％、大约20％至大约30％、大约30％至大约40％、大约40％至大约50％、大约50％至大约60％、大约60％至大约70％、大约70％至大约80％、大约80％至大约90％、或者大约90％至大约100％。在其他的情况下，与未治疗的对照植物相比，使用本文提供的细菌菌株或其活性变体治疗的植物可以显示植物害虫减少至少大约10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、
42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或者大约100％以上。已知测量植物害虫数量的方法，并且包括计数害虫的数量，或将植物与一种或多种害虫接触，并确定植物存活和/或引起害虫死亡的能力。例如，见czapla和lang，(1990)j.econ.entomol.83:2480
‑
2485；andrews,等人,(1988)biochem.j.252:199
‑
206；marrone,等人,(1985)j.of economic entomology 78:290
‑
293和美国专利号5,743,477，其全部内容通过引用并入本文。
[0131]
在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株及其活性变体和/或由其衍生的组合物具有针对昆虫害虫的杀虫活性(即杀昆虫活性)。在这些实施方案中的一些中，杀昆虫活性是针对鞘翅目物种的活性。在一个实施方案中，杀昆虫活性针对鳞翅目昆虫。在一个实施方案中，杀昆虫活性针对半翅目物种。在一些实施方案中，杀昆虫活性针对一种或多种昆虫害虫，例如西方玉米根虫、南方玉米根虫、北方玉米根虫、墨西哥玉米根虫、科罗拉多马铃薯甲虫、甘薯象鼻虫或南部绿臭虫。
[0132]
在特定的实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物以统计学显著量地减少植物害虫所导致的损害或疾病症状，包括例如至少大约10％至至少大约20％、至少大约20％至大约50％、至少大约10％至大约60％、至少大约30％至大约70％、至少大约40％至大约80％、或至少大约50％至大约90％或更高。因此，本发明的方法可以用于保护植物免于由植物害虫所引起的疾病或损害。
[0133]
对害虫感染后的损害或疾病抗性进行定量的方法是本领域公知的。参见例如美国专利号5,614,395，该文献以引用方式并入本文。此类技术包括测量一段时间内的平均病变直径、害虫生物质以及腐烂植物组织的整体百分率。例如，与未暴露于抗菌组合物的对照植物相比，表达杀虫多肽或者具有杀虫组合物应用于其表面上的植物在害虫攻击后显示组织坏死(即，病变直径)的减少或植物死亡的减少。替代地，可以通过害虫生物质的减少来测量杀虫活性。例如使用目标害虫来攻击表达杀虫多肽或暴露于杀虫组合物的植物。一段时间后，由感染害虫的组织获得组织样品，并提取rna。特异性害虫rna转录物相对于植物特异性转录物水平的百分率使得可以测量害虫生物质的水平。例如参见thomma等人(1998)plant biology 95:15107
‑
15111，该文献以引用方式并入本文。
[0134]
此外，体外杀虫测定法包括例如将不同浓度的杀虫组合物加入到纸盘上，并将该纸盘放置在包含目标害虫悬浮剂的琼脂上。在温育后，在包含有效浓度的杀虫组合物的纸盘周围，发展出清晰的抑制区(liu等人(1994)plant biology91:1888
‑
1892，该文献通过引用并入本文)。此外，微量分光光度计分析可以用于测量组合物的体外杀虫性质(hu等人(1997)plant mol.biol.34:949
‑
959和cammue等人(1992)j.biol.chem.267:2228
‑
2233，上述文献均通过引用并入本文)。
[0135]
c.在植物中诱导害虫和/或疾病抗性和/或改善目标农艺性状的方法
[0136]
本发明还提供了用于在植物中诱导害虫和/或疾病抗性的组合物和方法，其中所述疾病由植物害虫引起。因此，所述组合物和方法还可用于保护植物对抗任何类型的植物害虫，包括真菌害虫、病毒、线虫和昆虫。本文提供了诱导抵抗植物害虫的疾病抗性的方法，
包括向易感植物害虫的感染或侵扰或者由植物害虫引起的植物疾病的植物应用有效量的至少一种本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。在某些实施方案中，本发明提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物促进对引起植物疾病或损失的害虫的防御性应答。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包括至少大约105至10
12
cfu/公顷。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量包括至少大约10
12
至10
16
cfu/公顷。
[0137]
可以在将本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物应用给植物之后，但是在害虫攻击之前，和/或害虫攻击使用本发明提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物治疗的植物之后，触发植物的防御性应答。
[0138]
在一些方法中，本发明提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物诱导对本文所述一种、两种、三种、四种、五种或更多种植物害虫的抗性。换言之，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物诱导对本文所述一种、两种、三种、四种、五种或更多种昆虫害虫、真菌植物害虫或线虫害虫的抗性。
[0139]“疾病抗性”是指植物避免由植物
‑
害虫相互作用所导致的疾病症状。即，防止害虫引起植物疾病和相关的疾病症状，或者替代地，与对照相比，由害虫引起的疾病症状最小化或减轻。“害虫抗性”是指植物避免由害虫感染或侵扰植物所导致的症状。即，防止害虫引起植物疾病和相关的疾病症状，或者替代地，与对照相比，由害虫引起的疾病症状最小化或减轻。本发明进一步提供了改善植物健康和/或改善目标农艺性状的方法，包括向植物应用有效量的至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体或其活性衍生物。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体包括至少大约105至10
12
cfu/公顷。在一些实施方案中，有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体包括至少大约10
12
至10
16
cfu/公顷。在某些实施方案中，所述组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体，其可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。
[0140]
在特定实施方案中，通过本文所述的细菌菌株或其活性变体改善的目标农艺性状
是改善的植物健康。“改善的植物健康”是指增加的植物生长和/或产率、增加的应激忍耐和/或降低的除草剂抗性等。增加的应激忍耐是指植物减少或预防与一种或多种应激有关的症状的能力增加。应激可以为生物应激，其是由其他活有机体(例如害虫(例如细菌、病毒、真菌、寄生虫)、昆虫、线虫、杂草、栽培的或天然的植物)对植物产生的损害所导致。应激还可以为诸如极端温度(高温或低温)、大风、干旱、盐分、化学毒性、氧化应激、洪水、龙卷风、野火、辐射或暴露于重金属之类的非生物应激。改善的农艺性状的非限定性实例在本发明的其他处公开。在特定的实施方案中，有效量的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物以统计学上显著的量改善植物健康或者目标农艺性状，例如包括至少大约10％至至少大约20％、至少大约20％至大约50％、至少大约10％至大约60％、至少大约30％至大约70％、至少大约40％至大约80％或者至少大约50％至大约90％或更高。
[0141]
d.应用于植物或植物部分的方法
[0142]
以有效量应用本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物。本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量为足以控制、治疗、预防、抑制害虫，例如昆虫害虫和/或改善目标农艺性状的量。在特定实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量为足以控制、治疗、预防、抑制引起植物疾病或损害的害虫和/或降低植物疾病严重性或减少植物疾病发展的量。在其他的实施方案中，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的有效量为足以改善目标农艺性状和/或促进或增加易感植物害虫引起的疾病和/或感染或者植物害虫引起的侵扰的植物的植物健康、生长或产率的量。本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的应用比率可以根据待靶向的害虫，待保护的农作物，本文提供的细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合物的效率，疾病的严重性，气候条件，待改善的目标农艺性状等变化。本文提供的方法可以包括将本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物单次应用至植物、植物部分或栽培地区，或将本文所提供的至少一种细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物多次应用至植物、植物部分或栽培地区。
[0143]
通常，本发明提供的细菌菌株或其活性变体的比率为107至10
16
集落形成单位(cfu)/公顷。在其他的实施方案中，就田间接种而言，本文提供的细菌菌株或其活性变体应用的比率为3x107至lx10
11
集落形成单位(cfu)/公顷。(其相当于大约1kg至10kg配制材料/公顷)。在其他的实施方案中，就田间接种而言，本文提供的细菌菌株或其活性变体应用的比率为3x107至lx10
16
集落形成单位(cfu)/公顷；大约1x10
12
至大约1x10
13
集落形成单位(cfu)/公顷，大约1x10
13
至大约1x10
14
集落形成单位(cfu)/公顷，大约1x10
14
至大约1x10
15
集落形成单位(cfu)/公顷，大约1x10
15
至大约1x10
16
集落形成单位(cfu)/公顷，大约1x10
16
至大约1x10
17
集落形成单位(cfu)/公顷；大约1x104至大约1x10
14
集落形成单位(cfu)/公顷；大约1x105至大约1x10
13
集落形成单位(cfu)/公顷；大约1x106至大约1x10
12
集落形成单位(cfu)/公顷；大约1x109至大约1x10
11
集落形成单位(cfu)/公顷；或大约1x109至大约1x10
11
集落形成单位(cfu)/公顷。
[0144]
在其他的实施方案中，就田间接种而言，本文提供的细菌菌株或其活性变体应用的比率为至少大约1x104、大约1x105、大约1x106、大约1x107、大约1x108、大约1x109、大约1x10
10
、大约lx10
11
、大约1x10
12
1x10
13
、大约1x10
14
、1x10
15
、大约lx10
16
、或大约1x10
17
集落形成单位(cfu)/公顷。在其他的实施方案中，就田间接种而言，本文提供的细菌菌株或其活性
变体应用的比率为至少1x107至至少大约1x10
12
cfu/公顷。在具体的实施方案中，应用的本文提供的细菌菌株或其活性变体包括以aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706保藏的菌株，或者其任何活性变体；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。
[0145]
在一些实施方案中，所应用的组合物衍生自细菌菌株或其活性变体，包括以aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706保藏的菌株，或者其任何活性变体；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。在一些实施方案中，所应用的组合物可以是基本上纯的培养物、全细胞肉汤、上清液、滤液、提取物或者衍生自本发明的细菌菌株或其活性变体的化合物。所应用的组合物可以以用于控制植物害虫或用于改善植物的目标农艺性状的有效量单独或与另一种物质组合应用。
[0146]
所应用的组合物的有效量是单独或者与足以调节植物害虫侵害或植物的目标农艺性状的性能的另一种杀虫物质组合的微生物细胞、上清液、全细胞肉汤、滤液、细胞级分或提取物、代谢产物和/或化合物的量。有效范围内的量可以由本领域技术人员通过实验室或田间测试确定。
[0147]
在一些实施方案中，当将组合物直接应用于种子时，有效量为约0.05
‑
25％，或约0.1
‑
20％，或约0.5
‑
15％，或约1
‑
10％，或约2
‑
5％活性成分每100g种子的浓度。在一些实施方案中，有效量为约0.5
‑
1％活性成分每100g种子。
[0148]
在一些实施方案中，当通过例如在犁沟中将组合物应用于土壤时，有效量为约0.1
‑
50oz活性成分每1000ft行。在另一个实施方案中，土壤应用的有效量为约1
‑
25oz活性成分每1000ft行。在另一个实施方案中，有效量为约2
‑
20oz，或约3
‑
15oz，或约4
‑
10oz，或约5
‑
8oz活性成分每1000ft行。在又一个实施方案中，有效量为约14或28oz活性成分每1000ft行。
[0149]
任何合适的农业应用比率的杀生物剂可以与本文提供的细菌菌株或本文公开的其活性变体组合应用。本文提供的细菌菌株或其活性变体的有效量的测定方法包括例如在对细菌菌株、其活性变体和/或由其衍生的组合所靶向的害虫的控制中任何统计学显著的增加。此类控制的测定方法是已知的。此外，与未应用本发明提供的细菌菌株或其活性变体时相比，在应用有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体时，植物健康、产率和/或生长发生统计学显著的增加。
[0150]
本发明进一步提供了通过应用组合物来控制或抑制植物害虫，例如引起植物疾病的植物害虫的生长的方法，其中所述组合物包含本文提供的细菌菌株或本文提供的其活性变体(即，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或
incognita)、爪哇根结线虫(meloidogyne javanica)，北方根结线虫(meloidogyne hapla)和花生根结线虫组成的组。
[0155]
在一些实施方案中，将有效量的本文提供的细菌菌株或本文提供的其活性变体和/或由其衍生的组合物在收获后应用于植物以控制或抑制一种或多种害虫的生长，所述害虫选自由南方根结线虫(meloidogyne incognita)，爪哇根结线虫(meloidogyne javanica)，北方根结线虫(meloidogyne hapla)和花生根结线虫组成的组。
[0156]
如本发明所用，术语植物包括植物细胞、植物原生质体、植物细胞组织培养物(由此可以再生植物)、植物愈伤组织、植物丛以及在植物或植物部分中是完整的植物细胞，例如胚芽、花粉、胚珠、种子、叶、花、枝、果实、核、穗、轴、壳、茎、根、根尖、花药等。谷粒是指商业种植者为了达到除了使物种生长或繁殖以外的目的而生产的成熟种子。
[0157]
在具体的实施方案中，应用本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物应用于植物的种子，例如玉米(玉蜀黍)植物的种子。向玉米种子应用细菌菌株或其活性变体可以包括大约105cfu/克至大约10
11
cfu/克，大约107cfu/克至大约10
10
cfu/克，大约107cfu/克至大约10
11
cfu/克，大约106cfu/克至大约10
10
cfu/克，大约106cfu/克至大约10
11
cfu/克，大约10
11
cfu/克至大约10
12
cfu/克，大约105cfu/克至大约10
10
cfu/克，大约105cfu/克至大约10
12
cfu/克，大约105cfu/克至大约106cfu/克，大约106cfu/克至大约107cfu/克，大约107cfu/克至大约108cfu/克，大约108cfu/克至大约109cfu/克，大约109cfu/克至大约10
10
cfu/克，大约10
10
cfu/克至大约10
11
cfu/克或大约10
11
cfu/克至大约10
12
cfu/克的浓度。在一些实施方案中，细菌菌株的浓度包括至少大约105cfu/克，至少大约106cfu/克，至少大约107cfu/克，至少大约108cfu/克，至少大约109cfu/克，至少大约10
10
cfu/克，至少大约10
11
cfu/克，至少大约10
12
cfu/克或至少大约10
13
cfu/克的浓度。在具体的实施方案中，如本文别处所述，应用于玉米种子的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物是以异源种子包衣的形式。应用的浓度和时机可以根据条件和地理位置而变化。
[0158]
在具体的实施方案中，应用本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物应用于大豆植物的叶。应用的时机可以根据病况和地理位置改变。
[0159]
本文提供了用于在包含易感植物害虫或由植物害虫引起的植物疾病的植物的栽培地区控制植物害虫例如引起植物疾病的植物害虫的多种方法。所述方法包括使用易感植物疾病或害虫的种子或植物种植栽培地区；以及向易感疾病或害虫的植物、易感植物疾病或害虫的植物的种子或者栽培地区应用有效量的至少一种本文提供的细菌或其活性变体
(即，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)和/或由其衍生的组合物，其中有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体控制植物害虫而不显著影响植物。在具体的实施方案中，有效量包括至少大约10
12
至10
16
集落形成单位(cfu)/公顷。本发明进一步提供了使易感植物害虫或由植物害虫引起的植物疾病的植物生长的方法。该方法包括向易感疾病或害虫的植物、种子或者易感疾病或害虫的植物的种子或栽培地区应用有效量的组合物，所述组合物包含至少一种本文提供的细菌菌株或其活性变体。在某些实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体可以包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。各种有效量的本文提供的至少一种细菌菌株或其活性变体在本发明的其他处公开，并且在一个非限定性实例中，有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体包括至少大约10
12
至10
16
集落形成单位(cfu)/公顷。在一些实施方案中，组合物衍生自本文提供的细菌菌株或其活性变体并且可以包含aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。
[0160]
本文提供了用于增加植物产率的方法。植物的“产率”是指由植物产生的生物质的品质和/或数量。“生物质”是指任何测量的植物产物。生物质生产的增加是所测量的植物产物的产率的任何改善。产率增加可以包括与未暴露于本文提供的细菌菌株或其活性变体的植物相比，产率的任何统计学显著的增加，包括但不限于增加至少1％，增加至少3％，增加至少5％，增加至少10％，增加至少20％，增加至少30％，增加至少50％，增加至少70％，增加至少100％或增加更高。本发明还提供了用于增加植物产率的方法，并且包括向农作物或栽培地区应用有效量的组合物，所述组合物包含包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的至少一种细菌菌株，或来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述有效量包括至少大约10
12
至10
16
集落形成单位(cfu)/公顷，并且其中所述组合物控制植物害虫，由此增加产率。本发明也提供了用于增加植物产率的方法，其包括向农作物或栽培地区应用有效量的组合物，所述组合物衍生自包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体的至少一种细菌菌株，或来自
aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中所述组合物控制植物害虫，由此增加产率。
[0161]
如本文所用，“栽培地区”包括其中人们希望种植植物的任何区域。此类栽培地区包括但不限于其中栽培有植物的田地(例如农作物田地、草场、林场、施业林、用于培养果实和蔬菜的田地等)、温室、生长室等。
[0162]
在其他的实施方案中，目标植物(即，易感植物害虫或由植物害虫引起的植物疾病的植物)和/或包含所述植物的栽培地区可以使用有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物以及有效量的杀生物剂或其他生物控制剂的组合进行处理。对植物、栽培地区或田地“使用本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物以及杀生物剂或其他生物控制剂的组合进行处理”或者“应用本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物以及杀生物剂或其他生物控制剂的组合”是指使用有效量的一种或多种本文提供的细菌菌株或其活性变体以及一种或多种杀生物剂或其他生物控制剂处理特定田地、植物和/或杂草中的一种或多种，从而达到所需的效果。此外，应用一种本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物以及杀生物剂或其他生物控制剂可以在种植农作物之前进行(例如应用给土壤或植物)。此外，应用本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合以及杀生物剂或其他生物控制剂可以是同时的，或者应用可以在不同的时间(依次的)，只要达到所需的效果即可。
[0163]
在一个非限定性实施方案中，活性变体包括对一种或多种杀生物剂具有抗性的本文提供的细菌菌株。在具体的实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体(即，aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合)对草甘膦具有抗性。在此类方法中，使用有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体(对草甘膦具有抗性)以及有效量的草甘膦的组合处理植物、农作物或栽培地区，其中有效量的草甘膦例如选择性地控制杂草，同时农作物不会被显著地损害。
[0164]
在另一个非限定性实施方案中，活性变体包括对草铵膦具有抗性的本文提供的细菌菌株。在此类方法中，使用有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体(对草铵膦具有抗性)以及有效量的草铵膦的组合处理植物、农作物或栽培地区，其中有效量的草铵膦例如选择性地控制杂草，同时农作物不会被显著地损害。在此类实施方案中，与相同浓度的未经修饰成对草铵膦具有抗性的本文提供的细菌菌株或其活性变体与有效量的草铵膦或其活性衍生物组合应用时发生的植物健康、产率和/或生长相比，有效量的本文提供的细菌菌株或其活性变体足以使得植物健康、产率和/或生长具有统计学显著的增加。在另一个实施方案中，本文提供的细菌菌株或其活性变体包括有效量的aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或者其任何活性变体中至少一种的细胞；或者来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、
aip059286、aip036706或者其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合。
[0165]
v.与本文提供的细菌菌株或其活性变体组合使用的杀生物剂
[0166]
如本发明其他处所讨论，本发明提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物可以与杀生物剂(即，除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂或其他的农作物保护化学品)组合使用。在此类实例中，本发明提供的细菌菌株或其活性变体与目标杀生物剂是相容的。
[0167]“除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他的农作物保护化学品耐受性，或者除草剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他的农作物保护化学品抗性”是指有机体(即，植物和/或本文提供的细菌菌株或其活性变体等)在暴露于一定剂量的除草剂、杀昆虫剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他的农作物保护化学品(其通常对野生型有机体是致死的)之后生存和繁殖的能力。
[0168]
可以用于本发明公开的多种方法和组合物中的除草剂包括草甘膦、accase抑制剂(芳氧苯氧丙酸酯(fops))；als抑制剂(磺脲(su))、咪唑啉酮(imi)、嘧啶类(pm))；微管蛋白抑制剂(二硝基苯胺(dna))；合成的生长激素(苯氧基(p))、苯甲酸(ba)、羧酸(ca))；光系统ii抑制剂(三嗪(tz))、三嗪酮(tn)、腈(nt)、苯并噻二嗪(bz)、脲(us))；epsp合酶抑制剂(甘氨酸(gc))；谷氨酰胺合成抑制剂(次膦酸(phosphinic acid)(pa))；doxp合酶抑制剂(异噁唑啉酮(ia))；hppd抑制剂(吡唑(pa))、三酮(te))；ppo抑制剂(二苯醚(de)、n
‑
苯基苯邻二甲酰亚胺(np)(芳基三嗪酮(at))；vlfa抑制剂(氯代乙酰胺(ca))、氧基乙酰胺(oa))；光系统i抑制剂(联吡啶类(bipyridyliums)(bp))等。
[0169]
可以用于本文公开的多种方法和组合物中的杀虫剂包括吡虫啉噻虫胺，芳基吡唑化合物(w02007103076)；有机磷酸酯，苯基吡唑，除虫菊类，酰肟(caramoyloximes)，吡唑，脒，卤代烃，氨基甲酸酯及其衍生物，特丁硫磷(terbufos)，毒死蜱(chloropyrifos)，芬普尼，chlorethoxyfos，七氟菊酯(telfuthrin)，虫螨威(carbofuran)，吡虫啉，丁喃硫磷(美国专利号5,849,320)。
[0170]
可以用于本文公开的各种方法和组合物中的杀昆虫剂包括吡虫啉，β
‑
氟氰菊酯，氰基环丙脯胺，二嗪农，λ
‑
氟氯氰菊酯，甲硫威，吡美曲嗪，吡氟喹嗪，多杀菌灵，螺四氮，硫代双威和ti
‑
435，氨基甲酸酯，钠通道调节剂/依赖于电压的钠通道阻滞剂，拟除虫菊酯(如ddt)，噁二嗪类(如茚虫威)，乙酰胆碱
‑
受体激动剂/拮抗剂，乙酰胆碱
‑
受体调节剂，尼古丁，苄索普，扑热息痛，氯代烟碱(如对乙酰氨基吡啶)，联苯菊酯，氯噻硝基呱、双呋喃啶，呋喃啶胺，乙炔菊酯，硝噻嗪，噻虫啉和噻虫嗪，多杀菌素如斯多诺沙德，环二烯有机氯如樟脑，氯丹，硫丹，γ
‑
hch，hch，七氯，林丹，甲氧基氯，扑热息痛如乙酰虫腈，乙虫腈，氟虫腈，香兰素，氯离子通道，6.1mectins例如阿维菌素，阿莫菌素，苯甲酸阿莫菌素，伊维菌素和米尔贝霉素，保幼激素模拟物例如拟二苯丙醚，环氧丁酮，苯氧威，丁二烯，基诺丁烯，甲氧丁烯，吡丙醚和曲普瑞恩，蜕皮酮激动剂/破坏剂，二酰基肼，苯并菲嗪，卤代芬嗪，甲氧芬脲，虫酰肼，几丁质生物合成抑制剂，苯甲酰脲类，例如双曲氟龙，氯氟嘧隆，双氟苯隆，氟唑隆，氟环草隆，氟氟草隆，六氟磺隆，氟苯磺隆，诺富龙，诺氟氟龙，戊氟隆，替氟苯磺隆，三氟磺隆，丁丙苯丙嗪，环丙嗪，氧化磷酸化抑制剂，atp破坏剂，二苯并噻隆，有机锡例如偶氮环素，环己基锡，芬非他汀
‑
氧化物，吡咯例如氯芬那吡，二硝基苯酚例如binapacryl，丁诺丁
酮，敌螨普，dnoc，i位电子传输抑制剂，meti类例如氟苯喹嗪，芬吡肟酯，嘧啶胺，吡虫啉，替布芬吡拉，托芬吡拉德，氢甲状腺素，三氯杀螨醇，鱼藤酮，乙酰喹啉，氟嘧啶，螺二氯芬，螺西美芬，四酸，羧酰胺类如氟硝草胺，octopaminergic激动剂如双甲眯，镁刺激的atpase抑制剂例如辉灰岩，bdca类例如n2
‑
[1,1
‑
二甲基
‑2‑
(甲基磺酰基)乙基]
‑3‑
碘
‑
n1
‑
[2
‑
甲基
‑4‑
[1,2,2,2
‑‑
四氟
‑1‑
(三氟甲基)乙基]苯基]
‑
1,2
‑
苯，神经毒毒素类似物例如噻菌灵草酸氢盐和硫舒他普钠。优选地，杀昆虫剂是毒死蜱(chlorpyrifos)和七氟菊酯中的一种或多种。
[0171]
可以在本文公开的各种方法和组合物中使用的杀线虫剂包括但不限于苯并噻唑
‑
s
‑
甲基，阿维菌素(例如阿维菌素)，氨基甲酸酯杀线虫剂(例如涕灭威，噻虫威，碳呋喃，碳硫丹，草酰胺，乙二醛，乙草胺，灭多威，苯菌灵，阿兰卡威)，有机磷杀线虫剂(例如苯乙磷(fenamiphos)，联苯硫磷，terbufos，邻苯二甲酸酯，乐果，磷虫威(phosphocarb)，除线磷，异沙磷，草磷丹，异磷草胺，杀虫脒、特丁硫磷、毒死蜱、除线磷、异硫磷、isamidofos、甲硫磷、甲拌磷、硫氮嗪、三唑磷、二氨基硫磷、硫磷、磷脒酮)和某些杀真菌剂，如硫丹，甲基硫代甲基苯甲酸和噻菌灵。
[0172]
可以用于本文公开的多种方法和组合物中的杀真菌剂包括脂肪族氮杀真菌剂(丁胺、霜脲氰、多地辛、多果定、双胍盐、双胍辛醋酸盐)；酰胺杀真菌剂(苯并烯氟菌唑、环丙酰亚胺、双胺录、环氟菌胺、双氯氰菌胺、双氯氰菌胺、甲氧菌平、烯肟菌胺、氰菌胺、flumetover、呋吡菌胺、isofetamid、吡唑萘菌胺、mandestrobin、双炔酰菌胺、苯氧菌胺、咪鲜胺、吡噻菌胺、扑克拉杀虫剂、醌菌腙、硫硅菌霜脲氰胺、嗪胺灵)；氨酰酸杀真菌剂(苯霜灵、苯霜灵
‑
m、呋霜灵、甲霜林、甲霜林
‑
m、稻瘟酯、valifenalate)；苯胺杀真菌剂(苯霜灵、苯霜灵
‑
m、联苯吡菌胺、啶酰菌胺、萎锈灵、环酰菌胺、氟唑菌酰胺、异噻菌胺、甲霜林、甲霜林
‑
m、噻菌胺、甲呋酰胺、噁霜灵、氧化萎锈灵、戊苯吡菌胺、比锈灵、对氟唑环菌胺、噻呋酰胺、噻酰菌胺、vanguard)；苯酰替苯胺杀真菌剂(麦锈灵、氟酰胺、灭锈胺、担菌宁、水杨酰苯胺、叶枯酞)；呋喃酰苯胺杀真菌剂(一甲呋萎灵、呋霜灵、二甲呋酰苯胺、三甲呋菌胺)；磺胺杀真菌剂(磺菌胺)；苯甲酰胺杀真菌剂(苯基异羟肟酸、氟吡菌胺、氟吡菌酰胺、tioxymid、水杨菌胺、zarilamid、对苯酰菌胺)；糠酰胺杀真菌剂(呋环散、拌种胺)；苯基磺酰胺杀真菌剂(抑菌灵、对甲抑菌灵)；磺胺杀真菌剂(吲唑磺菌胺、氰霜唑)；缬氨酰胺杀真菌剂(苯噻菌胺、异丙菌胺)；抗生素杀真菌剂(金色制霉素、杀稻瘟菌素
‑
s、放线菌酮、灰黄霉素、春日霉素、吗啉胍、游霉素、多抗霉素、多氧霉素、链霉素、有效霉素)；甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(氟喃菌酯、mandestrobin)；甲氧基丙稀酸酯甲氧基丙稀酸酯类杀真菌剂(喃菌酯、啦氟菌酯、丁香菌酯、稀聘菌酯、氟菌螨酯、jiaxiangjunzhi、啶氧菌酯、唑菌酯)；甲氧基苯氨基甲酸酯甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(唑菌胺酯、唑胺菌酯、氯啶菌酯)；甲氧基亚氨基乙酰胺甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(甲氧菌平、烯肟菌胺、苯氧菌胺、肟醚菌胺)；甲氧基亚氨基乙酸酯甲氧基丙烯酸酯类杀真菌剂(醚菌酯
‑
甲基、肟菌酯)；芳香族杀真菌剂(联苯、氯二硝萘、地茂散、百菌清、甲酚、氯硝胺、酚菌酮、六氯苯、五氯苯酚、五氯硝基苯、五氯酚酸钠、四氯硝基苯、三硝基苯)；含砷杀真菌剂(福美砷、福美甲胂)；芳基苯基酮杀真菌剂(苯菌酮、pyriofenone)；苯并咪唑杀真菌剂(阿苯达唑、苯菌灵、多菌灵、解草唑、青菌灵、咪菌威、呋喃基苯并咪唑、甲威苯咪、吡咪唑、噻苯唑)；苯并咪唑前体杀真菌剂(呋甲硫菌灵、托布津、托布津
‑
甲基)；苯并噻唑杀真菌剂(bentaluron、苯噻菌胺、苯噻硫氰、灭瘟唑、噻菌灵)；植
物杀真菌剂(蒜素、黄连素、香芹酚、香芹酮、欧芹酚甲醚、血根碱、散道宁)；桥联联苯杀真菌剂(硫二氯酚、双氯酚、二苯胺、六氯酚、屈大麻酸)；氨基甲酸酯杀真菌剂(苯噻菌胺、呋甲硫菌灵、3
‑
碘
‑2‑
丙炔基丁基氨基甲酸酯(iodocarb)、异丙菌胺、picarbutrazox、霜霉威、pyribencarb、托布津、托布津
‑
甲基、tolprocarb)；苯并咪唑基氨基甲酸酯杀真菌剂(阿苯达唑、苯菌灵、多菌灵、青菌灵、咪菌威、甲威苯咪)；苯氨基甲酸酯杀真菌剂(乙霉威、唑菌胺酯、唑胺菌酯、氯啶菌酯)；唑类杀真菌剂、唑类杀真菌剂(咪唑)(氯咪巴唑、克霉唑、伊米萨利、噁咪唑、扑克拉杀虫剂、氟菌唑)；唑类杀真菌剂(三唑)(氮康唑、糠菌唑、环丙唑醇、苄氯三唑醇、苯醚甲环唑、烯唑醇、烯唑醇
‑
m、氟环唑、乙环唑、唑菌腈、氟喹唑、氟硅唑、粉唑醇、呋菌唑、呋菌唑
‑
cis、己唑醇、酰胺唑、种菌唑、叶菌唑、腈菌唑、戊菌唑、丙环唑、丙硫菌唑、氟喹唑、硅氟唑、戊唑醇、四氟醚唑、三唑酮、三唑醇、灭菌唑、烯效唑、烯效唑
‑
p)；铜杀真菌剂(acypetacs
‑
铜、波尔多混合液、碳酸钠波尔多混合液、切欣特混合液、醋酸铜、碳酸铜(碱式)、氢氧化铜、环烷酸铜、油酸铜、碱式氯化铜、硅酸铜、硫酸铜、硫酸铜(碱式)、铬酸铜锌、硫杂灵杀菌剂、福美铜氯、氧化亚铜、代森锰铜、喹啉铜、噻森铜、噻二唑
‑
铜)；氰基丙烯酸酯杀真菌剂(benzamacril、氰稀菌酯)；二甲酰亚胺杀真菌剂(噁唑菌酮、氟里醚)；二氯苯基二甲酰亚胺杀真菌剂(乙菌利、菌核利、异丙二酮、isovaledione、甲菌利、腐霉利、稀菌酮)；苯邻二甲酰亚胺杀真菌剂(敌菌丹、克菌丹、灭菌磷、灭菌丹、硫氯苯亚胺)；二硝基酚杀真菌剂(乐杀螨、敌螨通、敌螨普、敌螨普
‑
4、敌螨普
‑
6、消螨多、邻敌螨消、硝戊酯、硝辛酯、硝丁酯、dnoc)；二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(代森铵、福美砷、氧化福美双杀菌剂、吗菌威、硫杂灵杀菌剂、福美铜氯、双硫仑、福美铁、威百亩、代森钠、tecoram、福美双、福美甲胂、什来特)；环状二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(棉隆、etem、代森环)；聚合二硫氨基甲酸酯杀真菌剂(代森锰铜、代森锰锌、代森锰、代森联、聚氨基甲酸酯、丙森锌、代森锌)；二硫戊环杀真菌剂(稻瘟灵、噻菌茂)；薰剂杀真菌剂(二硫化碳、氰、双硫醚、甲基溴、甲基碘、四硫代碳酸钠)；酰肼杀真菌剂(benquinox、噻菌茂)；咪唑杀真菌剂(氰霜唑、咪唑菌酮、丁基苯基咪唑丙腈、果绿定、异丙二酮、isovaledione、稻瘟酯、咪唑嗪)；唑类杀真菌剂(咪唑)(氯咪巴唑、克霉唑、伊米萨利、噁咪唑、扑克拉杀虫剂、氟菌唑)；无机杀真菌剂(叠氮化钾、硫氰酸钾、叠氮化钠、硫、还参见铜杀真菌剂、还参见无机汞杀真菌剂)；汞杀真菌剂；无机汞杀真菌剂(氯化汞、氧化汞、氯化亚汞)；有机汞杀真菌剂((3
‑
乙氧丙基)溴化汞、醋酸乙基汞、乙基溴化汞、乙基氯化汞、乙基汞2,3
‑
二羟丙基硫醇盐、乙基汞磷酸酯、n
‑
(乙基汞)
‑
p
‑
甲苯磺苯胺、汞加芬、2
‑
甲氧基乙基氯化汞、苯甲酸甲汞、氰胍甲汞、五氯酚酸甲汞、8
‑
苯基汞氧基喹啉、phenylmercuriurea、醋酸苯汞、氯化苯汞、邻苯二酸的苯基汞衍生物、硝酸苯汞、水杨酸苯汞、硫柳汞、tolylmercury acetate)；吗啉杀真菌剂(二甲基吗啉、benzamorf、吗菌威、稀酰吗啉、十二环吗啉、丁苯吗啉、氟吗啉、二甲十三烧吗啉)；有机磷杀真菌剂(ampropylfos、灭菌磷、ebp、克痕散、乙膦酸、hexylthiofos、枯痕净、异稻痕净、浸种磷、kejunlin、phosdiphen、定菌磷、立枯磷
‑
甲基、三唑磷胺)；有机锡杀真菌剂(癸磷锡、三苯锡、氧化三丁锡)；控心灵(oxathiin)杀真菌剂(萎锈灵、氧化萎锈灵)；噁唑杀真菌剂(乙菌利、菌核利、敌菌酮、噁唑菌酮、噁霉灵、肼叉噁唑酮、甲菌利、噁霜灵、oxathiapiprolin、氯啶菌酯、稀菌酮)；多硫化物杀真菌剂(多硫化钡、多硫化钙、多硫化钾、多硫化钠)；吡唑杀真菌剂(苯并烯氟菌挫、联苯啦菌胺、胺苯啦菌酮、氟挫菌酰胺、呋吡菌胺、吡唑萘菌胺、oxathiapiprolin、戊苯吡菌胺、吡噻菌胺、唑菌胺酯、唑胺菌酯、唑菌酯、吡咪唑、对氟唑环菌胺)；吡啶杀真菌
剂(啶酰菌胺、粉病定、双硫氧吡啶、氟啶胺、氟吡菌胺、氟吡菌酰胺、屈大麻酚、picarbutrazox、pyribencarb、二氮二氰苯p比啶、比芬诺、氯啶菌酯、甲氧氯吡啶、pyroxyfur、氯啶菌酯)；喃啶杀真菌剂(磺酸丁喃啶、氟喃菌胺、甲菌定、乙菌定、芬瑞莫杀虫剂、嘧菌腙、氟苯嘧啶醇、嘧菌醇)；苯氨基嘧啶杀真菌剂(嘧菌环胺、嘧菌胺、嘧霉胺)；吡咯杀真菌剂(菌核净、拌种咯、咯菌腈、氟里醚)；季铵杀真菌剂(黄连素、血根碱)；喹啉杀真菌剂(乙氧喹、halacrinate、8
‑
硫酸轻基喹啉、轻基喹啉基乙酮、喹氧灵、tebufioquin)；苯醌杀真菌剂(氯醌、二氯萘醌、二噻农)；喹喔啉杀真菌剂(灭螨猛、四氯喹噁啉、克杀螨)；噻重氮杀真菌剂(氯唑灵、噻森铜、噻二唑
‑
铜、噻唑锌)；噻唑杀真菌剂(噻唑菌胺、异噻菌胺、噻菌胺、辛异噻啉酮、oxathiapiprolin、噻苯挫、噻呋酰胺)；噻唑烧杀真菌剂(flutianil、噻二呋)；硫代氨基甲酸酯杀真菌剂(磺菌威、胺丙威)；噻吩杀真菌剂(噻唑菌胺、isofetamid、硫硅菌胺)；三嗪杀真菌剂(敌菌灵)；三唑杀真菌剂(吲唑磺菌胺、联苯三唑醇、氟苯三唑、丁基三唑)；唑类杀真菌剂(三唑)(氮康唑、糠菌唑、环丙唑醇、苄氯三唑醇、苯醚甲环唑、烯唑醇、烯唑醇
‑
m、氟环唑、乙环唑、唑菌腈、氟喹唑、氟硅唑、粉唑醇、呋菌唑、呋菌唑
‑
顺式、己唑醇、huanjunzuo、酰胺挫、种菌唑、叶菌唑、腈菌唑、戊菌唑、丙环唑、丙硫菌唑、氟喹唑、娃氟唑、戊唑醇、四氟醚唑、三唑酮、三唑醇、灭菌唑、烯效唑、烯效唑
‑
p)；三唑嘧啶杀真菌剂(唑喃菌胺)；脲杀真菌剂(bentaluron、戊菌隆、醌菌腙)；锌杀真菌剂(acypetacs
‑
锌、络酸铜锌、硫杂灵杀菌剂、代森锰锌、代森联、聚氨基甲酸酯、多氧霉素
‑
锌、丙森锌、环烷酸锌、噻唑锌、三氯苯氧化锌、代森锌、什来特)；未分类的杀真菌剂(活化酯、acypetacs、烯丙醇、杀藻胺、bethoxazin、溴菌腈、壳聚糖、三氯硝基甲、dbcp、去水醋酸、哒菌清、焦碳酸二乙酯、乙蒜素、敌克松、种衣酯、苯锈啶、甲醛、糠醛、六氯丁二烯、异硫氰酸甲酯、硝茎苯乙烯、异丙消、och、月桂酸五氯苯酯、2
‑
苯基苯酚、苯酞、昵丙灵、普罗帕脒、碘喹唑酮、氯喹酮、邻苯基苯酚钠、葚孢菌素、戊苯砜、噻菌腈、三环挫)或精甲霜灵。
[0173]
在本发明的一些实施方案中，提供了多个部分的试剂盒，包括本文提供的细菌菌株或其活性变体和/或由其衍生的组合物，以及至少一种杀生物剂，在空间上分开安置。在一些实施方案中，所述杀生物剂是除草剂、杀真菌剂、杀昆虫剂、杀虫剂或其他农作物保护化学品。
[0174]
本发明的非限定性实施方案包括：
[0175]
1.一种组合物，其包含：
[0176]
(a)细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，并且其中所述细菌菌株或其活性变体以约105cfu/克至约10
12
cfu/克或以约105cfu/ml至约10
12
cfu/ml存在；
[0177]
(b)来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，并且其中所述孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合或其活性其变体以约105cfu/克至约10
12
cfu/克或以约105cfu/ml至约10
12
cfu/ml存在；和/或
[0178]
(c)衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株。
[0179]
2.实施方案1的组合物，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0180]
3.实施方案2的组合物，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0181]
4.实施方案1的组合物，其中所述害虫是昆虫害虫。
[0182]
5.实施方案4的组合物，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目或半翅目昆虫。
[0183]
6.实施方案1
‑
5中任一项的组合物，其中所述细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合或其任何活性变体以大约105cfu/克至大约10
10
cfu/克或约105cfu/ml至约10
10
cfu/ml存在。
[0184]
7.实施方案1
‑
6中任一项的组合物，其中所述组合物包含细胞糊剂。
[0185]
8.实施方案1
‑
7中任一项的组合物，其中所述组合物包含可湿性粉剂。
[0186]
9.包含细胞糊剂的组合物，所述细胞糊剂包含细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合；
[0187]
其中有效量的所述组合物控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状。
[0188]
10.实施方案9的组合物，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0189]
11.实施方案10的组合物，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0190]
12.实施方案9的组合物，其中所述害虫是昆虫害虫。
[0191]
13.实施方案12的组合物，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目或半翅目昆虫。
[0192]
14.一种包含可湿性粉剂的组合物，所述可湿性粉剂包含：
[0193]
(a)细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中
的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，并且其中所述细菌菌株或其活性变体以约105cfu/克至约10
12
cfu/克或以约105cfu/ml至约10
12
cfu/ml存在；
[0194]
(b)来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，并且其中所述孢子、前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合或其活性其变体以约105cfu/克至约10
12
cfu/克或以约105cfu/ml至约10
12
cfu/ml存在；和/或
[0195]
(c)衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；
[0196]
其中有效量的所述组合物控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状。
[0197]
15.实施方案14的组合物，其中所述植物害虫包括至少一种真菌害虫。
[0198]
16.实施方案15的组合物，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)
物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0199]
17.实施方案14的组合物，其中所述植物害虫包括至少一种昆虫害虫。
[0200]
18.实施方案16的组合物，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0201]
19.实施方案14
‑
18中任一项的组合物，其中所述活性变体对至少一种除草剂、杀线虫剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他农作物保护化学品具有抗性。
[0202]
20.实施方案19的组合物，其中所述活性变体在除草剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他农作物保护化学品压力下被选择并且对所述除草剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或其他农作物保护化学品具有抗性。
[0203]
21.实施方案14
‑
20中任一项的组合物，其中所述活性变体已经用除草剂抗性基因进行转化，从而使细胞、孢子、前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合具有除草剂抗性。
[0204]
22.实施方案21的组合物，其中所述除草剂选自由草甘膦，草铵膦(谷氨酰胺合酶抑制剂)、磺酰脲和咪唑啉酮除草剂(支链氨基酸合成抑制剂)组成的组。
[0205]
23.细菌菌株的分离的生物纯培养物，包含aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体的细胞、孢子、前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合；
[0206]
其中有效量的所述细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状。
[0207]
24.实施方案23的分离的生物纯培养物，其中所述细菌菌株对选自除草剂、杀真菌剂、杀虫剂、杀昆虫剂或农作物保护化学品的杀生物剂具有抗性，其中所述培养物通过在所述杀生物剂存在下生长而产生。
[0208]
25.实施方案24的分离的生物纯培养物，其中所述生物纯培养物能够在草甘膦存在下生长。
[0209]
26.实施方案23
‑
25中任一项的分离的生物纯培养物，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0210]
27.实施方案26的分离的生物纯培养物，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、
plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0211]
28.实施方案23
‑
25中任一项的分离的生物纯培养物，其中所述植物害虫包括至少一种昆虫害虫。
[0212]
29.实施方案28的分离的生物纯培养物，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0213]
30.细菌培养物，其从aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合生长，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合；
[0214]
其中所述细菌培养物能够在草铵膦存在下生长；并且
[0215]
其中有效量的所述细菌培养物控制植物害虫或改善植物的目标农艺性状。
[0216]
31.实施方案30的细菌培养物，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0217]
32.实施方案31的细菌培养物，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌
(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0218]
33.实施方案30的细菌培养物，其中所述植物害虫是昆虫害虫。
[0219]
34.实施方案33的细菌培养物，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0220]
35.一种控制植物害虫群体的方法，包括使所述群体与有效量的实施方案1
‑
22中任一项的组合物、实施方案23
‑
29中任一项的分离的生物纯培养物或实施方案30
‑
34中任一项的细菌培养物接触，其中所述细菌菌株控制所述植物害虫。
[0221]
36.一种种植易感植物害虫或由植物害虫引起的植物疾病的植物或改善植物的目标农艺性状的方法，包括向植物应用：
[0222]
(a)有效量的细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包括至少约10
12
‑
10
16
个集落形成单位(cfu)每公顷；
[0223]
(b)有效量的来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包括至少约10
12
至10
16
个集落形成单位(cfu)每公顷；和/或，
[0224]
(c)有效量的衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；
[0225]
其中所述有效量控制所述植物害虫或改善目标农艺性状。
[0226]
37.实施方案36的方法，其中所述方法增加了易感植物害虫的植物的产率。
[0227]
38.实施方案36或37的方法，其中所述植物是大豆。
[0228]
39.实施方案36
‑
38中任一项的方法，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0229]
40.实施方案39的方法，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0230]
41.实施方案36
‑
38中任一项的方法，其中所述害虫是昆虫害虫。
[0231]
42.实施方案41的方法，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0232]
43.一种控制在栽培地区中的植物害虫的方法，包括：
[0233]
(a)在栽培地区种植易感植物害虫的种子或植物；和
[0234]
(b)向易感植物害虫的种子或植物应用：
[0235]
(i)有效量的至少一种细菌菌株，包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，并且其中所述有效量包括至少约10
12
至10
16
个菌落形成单位(cfu)每公顷；
[0236]
(ii)有效量的至少一种细菌菌株，包括aip045885、aip075655、aip09474、
aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包括至少约10
12
至10
16
个集落形成单位(cfu)每公顷；或者
[0237]
(iii)有效量的衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；
[0238]
其中所述有效量控制在栽培地区中的植物害虫。
[0239]
44.实施方案43的方法，其中所述种子或植物是大豆。
[0240]
45.实施方案43或44的方法，其中所述植物害虫包括真菌害虫。
[0241]
46.实施方案45的方法，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0242]
47.实施方案43或44的方法，其中所述植物害虫是昆虫害虫。
[0243]
48.实施方案46的方法，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0244]
49.实施方案43
‑
48中任一项的方法，其中所述方法进一步包括应用有效量的杀生物剂，其中所述有效量的杀生物剂选择性地控制目标生物，而不显著损害所述种子或植物。
[0245]
50.实施方案49的方法，其中同时应用所述细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合或其任何活性变体和杀生物剂。
[0246]
51.实施方案49的方法，其中依次应用所述细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子的组合或其任何活性变体和杀生物剂。
[0247]
52.实施方案49
‑
51中任一项的方法，其中所述杀生物剂是杀线虫剂。
[0248]
53.一种制备经修饰的细菌菌株的方法，包括：
[0249]
(a)提供至少一种细菌菌株的细胞、孢子、前孢子或者细胞、孢子和/或前孢子或其任何活性变体的组合的群体，所述细菌菌株包括aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述细菌菌株对目标杀生物剂易感；
[0250]
(b)在目标杀生物剂存在下培养所述；和，
[0251]
(c)选择对所述目标杀生物剂具有增加的抗性的经修饰的细菌菌株。
[0252]
54.实施方案53的方法，其中所述培养包括随时间增加杀生物剂的浓度。
[0253]
55.实施方案53或54的方法，其中所述杀生物剂是草甘膦或草铵膦。
[0254]
56.一种治疗或预防由植物害虫引起的植物疾病或损害的方法，包括将向患有所述植物害虫，所述植物疾病，所述损害，对所述植物害虫易感，或者处于发展所述植物疾病或损害风险的植物应用：
[0255]
(a)细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包括至少约10
12
至10
16
cfu每公顷；
[0256]
(b)来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株，其中所述有效量包括至少约10
12
至10
16
cfu每公顷；和/或
[0257]
(c)有效量的衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；
[0258]
其中有效量控制引起植物疾病的植物害虫。
[0259]
57.实施方案56的方法，其中所述植物是大豆。
[0260]
58.实施方案56或57的方法，其中所述细菌菌株或其活性变体治疗或预防一种或多种植物疾病。
[0261]
59.实施方案58的方法，其中所述一种或多种植物疾病是由真菌害虫引起的。
[0262]
60.实施方案59的方法，其中所述真菌害虫包括选自由以下项目组成的组中的一种或多种真菌病原体：曲霉属(aspergillus)物种，黄曲霉(aspergillus flavus)，灰葡萄孢菌(botrytis cinerea)，尾孢属(cersospora)物种，大豆灰斑病菌(cercospora sojina)，甜菜生尾孢(cercospora beticola)，番前早疫病菌(alternaria solani)，立枯丝核菌(rhizoctonia solani)，布氏禾谷白粉菌(blumeria graminis)，莴苣盘梗霉(bremia lactucae)，葡萄白粉菌(erysiphe necator)，叉丝单囊壳属(podosphaera)物种，单囊壳白粉病菌(podosphaera xanthii)、二抱白粉菌(golovinomyces cichoracearum)，紫薇白粉菌(erysiphe lagerstroemiae)、月季白粉菌(sphaerotheca pannosa)，炭疽菌属(colletotrichm)物种，colletotrichum sublineolum，谷物炭疽菌(colletotrichum cereale)、胶抱炭疽菌(colletotrichum gloeosporiodes)、apiognomonia errabunda、apiognomonia veneta、discula fraxinea、plasmopara viticola，黄瓜假霜霉病菌(pseudoperonospora cubensis)，霜霉属(peronospora)物种，peronospora belbahrii，peronospora lamii，plasmopara obduscens，pythium cryptoirregulare，瓜果腐霉(pythium aphanidermatum)，畸雌腐霉(pythium irregulare)，林栖腐霉(pythium sylvaticum)，群结腐霉(pythium myriotylum)、终极腐霉(pythium ultimum)，疫霉属(phytophthora)物种，辣椒疫霉(phytophthora capsici)，烟草疫霉(phytophthora nicotianae)，致病疫霉(phytophthora infestans)，热带疫霉(phytophthora tropicalis)，大豆疫霉(phytophthora sojae)，镰孢霉属(fusarium)物种，fusarium virguliforme，禾谷镰刀菌(fusarium graminearum)，前病镰刀菌(fusarium solani)，尖抱镰刀菌(fusarium oxysporum)，禾生镰刀菌(fusarium graminicola)，玉米赤霉(gibberella zeae)，禾生炭疽病菌(colletotrichum graminicola)，层锈菌属(phakopsora)物种，山马幢层锈菌(phakopsora meibomiae)，豆薯层锈菌(phakopsora pachyrizi)，小麦叶锈菌(puccinia triticina)，隐匿柄锈菌(puccinia recondita)，小麦条锈菌(puccinia striiformis)，小麦秆锈菌(puccinia graminis)，柄锈菌属(puccinia)物种，苹果黑星菌(venturia inaequalis)，轮枝孢属(verticillium)物种，球腔围属(mycosphaerella)物种，mycosphaerella fijiensis，桃褐腐病菌(monilinia fructicola)，monilinia lax和苹果褐腐菌(monilinia fructigena)。
[0263]
61.实施方案58的方法，其中所述一种或植物疾病是由昆虫害虫引起的。
[0264]
62.实施方案61的方法，其中所述昆虫害虫是鞘翅目、鳞翅目和/或半翅目昆虫。
[0265]
63.多个部分的试剂盒，其中包括杀生物剂和以下中的至少一种：
[0266]
(a)细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中的至少一种，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；
[0267]
(b)来自aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中任何一种的孢子、或前孢子或者细胞、前孢子和/或孢子的组合中的至少一种，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株；和/或
[0268]
(c)衍生自细菌菌株aip045885、aip075655、aip09474、aip024525、aip033287、aip093798、aip061639、aip082862、aip058187、aip059286、aip036706或其任何活性变体中
至少一种的全细胞培养物的上清液、滤液或提取物，其中所述活性变体包括具有mash距离在约0.015内的基因组的细菌菌株。
[0269]
64.权利要求63的试剂盒，其中所述杀生物剂是除草剂，杀真菌剂，杀昆虫剂，杀线虫剂或杀虫剂。
[0270]
下列实施例是说明性而非限制性的。
实施例
[0271]
实施例1.微生物菌株和培养方法
[0272]
表2：选择用于评估对害虫活性的抑制的细菌菌株
[0273]
菌株idnrrl no.保藏日期分离id属最近16s邻居aip045885b
‑
676502018年8月3日假单胞菌叶绿素aip075655b
‑
676512018年8月3日假单胞菌叶绿素aip009474b
‑
676572018年8月3日芽孢杆菌枯草杆菌aip024525b
‑
676612018年8月3日芽孢杆菌苏云金杆菌aip033287b
‑
676592018年8月3日芽孢杆菌枯草杆菌aip093798b
‑
676602018年8月3日芽孢杆菌枯草杆菌aip061639b
‑
676542018年8月3日假单胞菌叶绿素aip082862b
‑
676562018年8月3日假单胞菌叶绿素aip058187b
‑
676552018年8月3日假单胞菌叶绿素aip059286b
‑
676532018年8月3日假单胞菌叶绿素aip036706b
‑
676522018年8月3日假单胞菌叶绿素
[0274]
表2中列出的细菌菌株在培养基中培养。表3a总结了温育时间和达到的细菌浓度(cfu/ml)。表3b提供了培养基配方。
[0275]
表3a：培养条件
[0276]
菌株id温育时间(hrs)浓度(cfu/ml)aip045885722.11e+10aip075655724.46e+10aip009474723.62e+08aip061382721.57e+10aip029105724.90e+09aip024525723.47e+09aip033287727.40e+08aip093798724.27e+09aip061639722.63e+10aip082862721.69e+10aip058187732.48e+10aip059286733.12e+10aip036706722.22e+10
[0277]
表3b：培养基配方
[0278][0279][0280]
实施例2：评价针对亚洲大豆锈病的细菌菌株
[0281]
植物材料：易感大豆栽培品种williams 82用于菌株评价，其中在生长室中使用离体叶片技术(twizeyimana and hartman,2010)并使用完整植物。简言之，将大豆种子套种在18孔塑料插件中，该插件充满无土混合物(sunshine mix，lcl；sun gro horticulture inc.，bellevue，wa)并被放置在平台中。在种植时，使用缓释的团块(osmocote 19
‑6‑
12；2个团块/cm2)给细胞施肥。将平台保持在生长室(percival scientific,inc.,boone,ια)内，其中所述生长室保持在70％相对湿度(rh)分别在24℃和20℃具有14h光和10h黑暗的日循环下。
[0282]
细菌菌株：将表2所示的细菌菌株平铺在luria bertani培养基上，或在液体培养物中培养在cha培养基中，其中所述cha培养基由每l中nacl(5g)、胰蛋白胨(10g)、营养肉汤(8g)、cacl2(0.14mm)、mgcl2·
6h2o(0.2mm)和mncl2·
4h2o(0.01mm)组成，并经纯化以获得单集落。单集落用形态学或者使用分子技术进行表征。
[0283]
豆薯层锈菌分离物：分离物fl07
‑
1用于所有的接种中。分离物为得自感染的大豆叶(于2007年由gadseden county，florida收集得到)的单孢子分离物。
[0284]
菌株评价
[0285]
对离体叶片的评价：简言之，使用120μ1豆薯层锈菌的细菌菌株(1x108个孢子/ml水)喷洒叶盘(每个直径为3cm)。在应用细菌菌株后一天，使用120μ1豆薯层锈菌的孢子悬浮剂(1x104个孢子/ml无菌蒸馏水)接种叶盘。使用与空气压缩机(twizeyimana and hartman,2010)连接的喷雾器进行细菌菌株和豆薯层锈菌接种应用。将叶盘放置在塑料容器(blister box 20x20cm,placon,madison，wi)中，以近轴侧向下在饱和的20x20cm滤纸(whatman international ltd.,kent,england)上，每个盒子使用2张滤纸。将具有叶盘的盒子在保持在23℃和95％rh的组织室(percival scientific，inc.)内部，在黑暗中温育12h的时间，然后为13小时光照(380umol m
‑
2s
‑
1)和11h黑暗的循环。在接种之前，将盒子放置在拉链袋(webster industries,peabody，ma)中。实验设计为随机完整区组设计，并且一式两份，而且重复一次。
[0286]
对整体植物的评价：由基于细菌菌株的夏孢子堆计数的初始筛选(使用叶盘实施)选择细菌菌株，并针对在生长室中的整体植物进行评价。在该评价中，当植物处于v2阶段时(fehr等人1971)，使用细菌菌株喷洒最初完全膨胀的三叶状叶片，并且如离体叶片评价中所述，在一天后使用豆薯层锈菌接种。将经喷洒的植物保持在处于75％rh的生长室中，分别
在22℃和24℃以14h和10h光照和黑暗的日循环。实验设计为随机完整区组设计，并且一式三份，而且重复一次。
[0287]
数据收集和结果：在2个评价中，所记录的数据为接种后14天记录的直径1
‑
cm的圆圈中夏孢子堆的数量(夏孢子堆计数)。在生长室中对整体植物进行评价后，选择在直径1
‑
cm的圆圈中具有<10个夏孢子堆的九个细菌菌株以待田间测试。
[0288]
表4：细菌菌株抵抗豆薯层锈菌的活性
[0289]
菌株id疾病控制(％)aip045885未测试aip07565596.4aip009474100aip02452563.5aip03328786.6aip09379897.2aip06163939.2aip08286274.9aip05818757.2aip05928665.1aip03670657.6嘧菌酯(0.5ppm)99.8
[0290]
实施例3：评价细菌菌株抵抗番茄的晚疫病
[0291]
番茄栽培品种money maker用于离体叶片测定中，以评价目标细菌菌株。切下4
‑
5周龄番茄植株的完全展开的小叶，并使用直径3.5
‑
cm的软木塞打孔器将其切成大小相同的圆盘。为了制备接种物，从北卡罗莱纳州的西红柿中分离出基因型为us
‑
23的致病疫霉(从北卡罗来纳州立大学的ristaino博士实验室获得)。用无菌蒸馏水淹没2周龄活跃生长的培养物，并去除菌丝体。然后使菌丝体悬液破裂以保持一致性。
[0292]
将每种目标细菌菌株划线到luria bertani(lb)琼脂培养皿上。挑出单个菌落并置于50ml的lb液体培养基或液体培养物中(cha培养基；每l中nacl(5g)、胰蛋白胨(10g)、营养肉汤(8g)、cacl2(0.14mm)、mgcl2·
6h2o(0.2mm)和mncl2·
4h2o(0.01mm))置于250
‑
ml烧瓶中。48小时后，通过沉淀细胞收获培养物，并在去离子无菌水中重悬至原始体积。使用标准稀释板计数法对每种培养物进行滴定以确定cfu/ml，并对平板检查污染迹象。加入无菌蒸馏水以达到菌株评价所需的最终浓度。
[0293]
使用安装在15ml锥形离心管(fisher scientific，目录号14
‑
59
‑
53a)的罗纹裙边细雾指尖喷雾器(ribbed skirt fine mist fingertip sprayer)(id
‑
s009，container&packaging supply，eagle，id)将120μl细菌菌株(1x10
8 cfu/ml，悬浮在氯化镁缓冲液中)喷雾到叶盘(每个直径3.5
‑
cm)上。应用细菌菌株24小时后，用30μl液滴的致病疫霉菌菌丝体悬浮液接种叶盘。将叶盘放在塑料容器(blisterbox p5887，20x20cm，placon，madison,wi)中，以背轴侧与20x20cm的whatman
tm 3mm色谱纸(fisher scientific目录号3030
‑
861)的饱和双层接触。将装有叶盘的盒子放在双拉链加仑存储袋(zip igs250
‑
448632，aep industrial inc.montvale nj)内，并在设置为13小时光照和11h黑暗的循环生长室
(percival scientific，inc)中温育，保持在18℃和95％rh。实验设计是具有2个重复的随机完整区组设计，并且实验重复了一次。
[0294]
7天后评价晚疫病严重程度。疾病控制百分比表明病原体感染的预防程度。结果示于表5。
[0295]
表5：细菌菌株抵抗疫霉菌的活性
[0296][0297][0298]
实施例4：评价细菌菌株抵抗高粱炭疽菌(colletotrichum sublineolum)(高粱炭疽病)
[0299]
高粱栽培品种12
‑
gs9016
‑
ks585在温室中生长，用于稳定供应叶片组织以评价细菌菌株。切下4
‑
6周龄植物的完全展开的高粱叶片，并切成2.5cm宽的相等碎片。高粱炭疽菌(texas a&m university的isakeit博士实验室获得)在20％燕麦琼脂上生长14天。用无菌蒸馏水淹没活跃生长的培养物，使孢子脱落。然后将悬浮液的浓度调节至1x106个孢子/ml。然后将吐温20加入到悬浮液中至0.05％。
[0300]
将每种目标细菌菌株划线到luria bertani(lb)琼脂培养皿上。挑出单个菌落并置于50ml的lb液体培养基或液体培养物(cha培养基；每l中nacl(5g)、胰蛋白胨(10g)、营养肉汤(8g)、cacl2(0.14mm)、mgcl2·
6h2o(0.2mm)和mncl2·
4h2o(0.01mm))置于250
‑
ml烧瓶中。48小时后，通过沉淀细胞收获培养物，并在去离子无菌水中重悬至原始体积。使用标准稀释板计数法对每种培养物进行滴定以确定cfu/ml，并对平板检查污染迹象。加入无菌蒸馏水以达到菌株评价所需的最终浓度。
[0301]
使用安装在15ml锥形离心管(fisher scientific，目录号14
‑
59
‑
53a)的罗纹裙边细雾指尖喷雾器(id
‑
s009，container&packaging supply，eagle，id)将120μl细菌菌株(1x108cfu/ml，悬浮在氯化镁缓冲液中)喷雾到叶碎片上。然后将处理过的叶碎片铺板在用6
‑
苄基氨基嘌呤(bap)修饰的1％水琼脂上，并于室温在黑暗中孵育。处理24小时后，用30μl液滴的致病疫霉菌菌丝体悬浮液接种叶碎片，应用在中脉的每侧上。然后将平板在设定为12小时光周期，保持在25℃和95％相对湿度的生长室(percival scientific，inc)中温育。实验设计是具有2个重复的随机完整区组设计，并且实验重复了两次。
[0302]
根据prom等人，2016(plant path j.15(1)：11
‑
16)(进行了一些修改)，在7天后以0
‑
4的等级对炭疽病严重程度进行了评估，。0＝无症状或褪绿斑点；1＝无分生孢子盘的过敏反应；2＝微小而少的分生孢子盘的病变；3＝≤25％的叶片组织具有微小而少的分生孢子盘的病变；和4＝分生孢子盘覆盖≥25％叶片表面的病变。使用(13.2.1版；sas institute inc.，cary，nc)的方差分析(anova)分析结果(表6)，并且在细菌菌株之间观察到显著差异(p<0.05)。
[0303]
表6：在高粱离体叶片测定上细菌菌株的炭疽病控制(％)
[0304]
菌株id疾病控制(％)aip0458850aip07565589.9aip00947426.2aip02452550aip03328726.7aip09379866.7aip06163933.3aip08286237.5aip05818783.3aip05928660.6aip03670650吡咯菌酯(10ppm)96.7
[0305]
实施例5：评价细菌菌株抵抗单囊壳白粉菌(podosphaera xanthii)(葫芦科上的粉状霉菌)
[0306]
切下健康南瓜叶片的叶盘，并使用大软木塞打孔器将其切成直径35mm的均匀叶盘。实验单元由单个叶盘组成，每个叶盘用所选细菌的悬浮液处理。处理包括agbiome菌株aip061382、aip075655和aip029105，以及对照处理。对照是未接种的和接种过的叶盘，并以10ppm的合成杀真菌剂戊唑醇作为阳性对照。如实施例2中所述制备细菌菌株。在接种病原体单囊壳白粉菌(从cornell university的mcgrath博士实验室获得的菌株)之前，对每个叶盘在近轴表面上喷洒200μl的处理剂(细菌悬浮液或合成杀真菌剂)24小时。用杀真菌剂处理后，将叶盘在黑暗中于23℃温育24小时。
[0307]
通过在经处理的叶片表面上喷洒单囊壳白粉菌分生孢子的1x106悬浮液来接种叶盘。将处理物置于密封的透明塑料盒中，并于25℃、相对湿度为80％和12小时的光周期温育6天。每种处理的疾病严重度等级为0到4，0是没有症状，4是大于叶盘的50％被集落覆盖的。
还记录了每种处理的白粉菌集落的数量。该实验进行一次，每种处理重复2
‑
3次。在sas jmp 14.0版中分析数据。结果示于表7。
[0308]
表7：在离体南瓜叶盘上细菌菌株对白粉菌的控制
[0309]
菌株id疾病控制(％)aip04588592aip07565592aip009474100aip02452542aip03328792aip093798100aip06163983aip08286281aip05818764aip05928636aip03670681戊唑醇(100ppm)75
[0310]
实施例6：评价细菌菌株抵抗斐济球腔菌(mycosphaerella fijiensis)(黑叶斑病(black sigatoka))
[0311]
使用易感的穆萨栽培种grand nain。将植物保持在温室中以恒定供应无病叶片。用于该评价的接种物是从international of tropical agriculture(iita),ibadan,nigeria获得的斐济球腔菌培养物，并维持在v8果汁琼脂上。
[0312]
从切下的叶片上切下较小的叶碎片(长4cm
×
宽3cm)。将两片叶碎片放在塑料培养皿中，近轴侧在用5mg/升的赤霉酸修饰的琼脂上。使用指尖喷雾器将120μl细菌菌株(1x108cfu/ml无菌蒸馏水)喷洒叶碎片。将带有叶碎片的培养皿于室温在黑暗中温育24小时。然后用斐济球腔菌的菌丝体悬浮液接种叶碎片。使用匀浆器(omni international，kennesaw，ga)在无菌蒸馏中(在50ml锥形管中)将从生长的培养物中刮下的菌丝碎片切成更小的菌丝体尖。将该悬浮液通过两层粗棉布过滤，然后搅拌。加入吐温20(0.05％和0.05％的silwet l
‑
77(loveland industries inc.，greeley，co)，并使用血细胞计数器，用无菌蒸馏水将悬浮液调节至1x106个菌丝碎片/ml的浓度。接种后一天，将平板接种在设定为14小时光周期，保持在25℃和90％相对湿度的生长室(percival scientific，inc)中。
[0313]
在数据收集时，记录的数据是接种叶片上进展最快的阶段(黑叶斑病症状发展有六个公认的阶段)。使用sas proc glm(版本9.4；sas institute inc.，cary，nc)中的方差分析(anova)分析数据，并观察到治疗之间的显著差异(p<0.05)。结果示于表8。
[0314]
表8：grand nain叶碎片上细菌菌株对黑叶斑病的控制
[0315]
菌株id疾病控制(％)aip04588583.3aip07565583.9aip00947466.7aip0245250
aip03328777.8aip09379816.7aip06163950aip0828620aip05818729.2aip05928633.3aip0367068.3代森锰锌(10ppm)83.7
[0316]
实施例7：评价细菌菌株抵抗昆虫物种
[0317]
实施例7.1：微生物生长
[0318]
通过用1
‑
ml(每孔)lb培养基填充96孔区块来制备起始培养物。使用移液器吸头或接种环，从冷冻储备筛选对象中，向区块的每个孔中接种细菌菌株。这种起始培养物在30℃以225rpm的速度摇动生长24h。通过用～1.7ml(每孔)培养基填充两个48孔区块来制备测定培养物。将来自起始培养物每个孔的25μl添加到测定培养区块中。测定区块在30℃以225rpm生长24、48或72h。
[0319]
生长后，将测定区块从培养箱/振荡器中取出，并以4000rpm离心20min以沉淀微生物内含物。然后倒出上清液，使得仅保留沉淀。然后将沉淀重悬于0.5ml缓冲液中，并置于冰上，直至将其用于测定中。所有微生物制备物在制备后12小时内使用。
[0320]
实施例7.2：科罗拉多马铃薯甲虫叶盘测定：
[0321]
通过用1ml(每孔)lb培养基填充96孔区块来制备起始培养物。区块的每个孔接种细菌菌株。起始培养物在30℃以225rpm摇动生长24小时。通过用～1.7ml(每孔)培养基填充两个48孔区块来制备测定培养物。将来自起始培养物每个孔的25μl添加到测定培养区块中。测定区块在30℃以225rpm生长24、48或72小时。所有微生物制备物均在制备后12小时内使用。
[0322]
将单个预过滤器放置在24孔板的每个孔中。将50μl ddh2o应用于每个过滤器，以在整个实验过程中保持相对湿度。选择使用来自马铃薯植物的未损坏和未卷曲的马铃薯叶片。使用#8软木塞打孔器制作叶盘。放置单个叶盘，使叶片的顶面朝上进入24孔板的每个孔中。将100μl的1％表面活性剂储备液(silwet eco撒布机)添加到每个含有微生物制备物的孔中。将培养物充分混合，然后将40μl移液到马铃薯叶盘上。使处理剂散布在整片叶片上。重复该过程，以便将每种细菌处理应用于两个叶盘。
[0323]
处理干燥后，将5
‑
6只二龄科罗拉多马铃薯甲虫(cpb)幼虫添加到每个孔中。cpb卵在agbiome实验室饲养，起源于从university of maine购买的昆虫。向每个孔中添加5
‑
6个幼虫后，用压敏粘性盖将平板密封，并在每个孔上方添加4个小洞。然后将板置于percival培养箱中，在26℃和55％rh以12/12光照:黑暗光周期保持24h。24h后，对平板评价cpb幼虫消耗的每个叶盘的百分比。然后将平板放回培养箱。处理四十八小时后，将平板从培养箱中移出，并记录任何在24小时读取时，其中<20％估计叶片消耗量的孔的cpb死亡率。当消耗了少于20％的叶盘和/或在三次或更多次独立重复中死亡率超过80％时，认为微生物对cpb具有活性。结果列于表9中。“nt”表示未在cpb叶盘测定中测试细菌菌株。
[0324]
实施例7.3：西方玉米根虫测定法：
[0325]
西方玉米根虫(wcr)卵购自crop characteristics,farmington,mn。在24孔板(cellstar，24孔，greiner bio one)的孔中，在饮食的顶表面上接种60μl体积的全培养微生物悬浮液，并使其干燥。每个孔含500μl饮食(修改自marrone等，1985)。用细尖的油漆刷在每个孔中引入十五至二十个新生幼虫，并用膜(viewseal，greiner bio one)覆盖板。该生物测定在环境温度下保存，并在第4天对死亡率、生长抑制和/或进食抑制进行评分。在三个或更多个独立重复中死亡率大于70％时，就认为该微生物对wcr有活性。结果列于表9。
[0326]
表9：细菌菌株对昆虫的控制
[0327]
菌株idcpbwcraip045885nt阴性aip075655活性阴性aip009474nt阴性aip024525nt阴性aip033287阴性阴性aip093798nt阴性aip061639nt阴性aip082862nt阴性aip058187nt阴性aip059286nt阴性aip036706nt阴性
[0328]
实施例8.丝核菌猝倒测定法——大豆模拟(mock)种子处理/犁沟内(in
‑
furrow)
[0329]
研磨感染立枯丝核菌的11
‑
14天的谷粒。通过#10筛网筛选研磨的接种物，从而除去未研磨好的任何谷粒。将研磨的筛选的经感染谷粒加入fafard superfine germination培养基中(1.5克研磨的接种物至1升土壤混合物(体积)中)。将发芽混合物、接种物和1升水/75升发芽培养基加入水泥搅拌机中，并混合直至所有的物质均良好地渗入。将良好渗入的培养基
‑
接种物材料放置在具有盖子的第二保持容器中，并在用于测定法之前在20℃保持18小时。
[0330]
使用接种的发芽介质充满606孔种植盘，确保培养基不会装填得太坚实。每个606孔套种一粒大豆种子，如果以液体配制物形式应用处理，种植深度为1.5至2cm，使得种植孔开放。使用表2中列出的再次悬浮的菌株以3ml/孔/种子处理单个种植孔。种子处理直接在种子的顶部上进行。一旦应用了处理，使摇动平台轻微地摇动以封闭种植孔。向种植盘中洒少许水，并放置在平台上的潮湿的圆顶中。在3
‑
4天后，检查平台的水分，并根据需要洒少许水，以确保细胞均匀地湿润。洒水后再次放置潮湿的圆顶。
[0331]
数据收集和结果：在10
‑
12天后，评价测定法以确定发芽种子的数量。数据报告为每次处理总计6个种子中发芽种子的％。
[0332]
实施例9.对多种细菌菌株或其活性变体的田间试验
[0333]
将表2中列举的多种细菌菌株应用给田地中的大豆。根据asr处理的一般处理指导原则，以16.8加仑/英亩应用所述处理，并且所应用的处理达到均匀的植物覆盖率。在rl时应用最初的处理，并且在最初的处理之后的14天和28天，应用随后的处理。具体处理方法概括如下。
[0334]
处理方法：
[0335]
1.未处理的检查
[0336]
2.接种的检查
[0337]
3.以6.2oz/英亩进行嘧菌酯处理
[0338]
4.以2.1oz/英亩进行嘧菌酯处理
[0339]
5. 7.5g/l的aip045885
[0340]
6. 7.5g/l的aip075655
[0341]
7. 7.5g/l的aip009474
[0342]
8. 7.5g/l的aip024525
[0343]
9. 7.5g/l的aip033287
[0344]
10. 7.5g/l的aip093798
[0345]
11. 7.5g/l的aip061639
[0346]
12. 7.5g/l的aip082862
[0347]
13. 7.5g/l的aip058187
[0348]
14. 7.5g/l的aip059286
[0349]
15. 7.5g/l的aip036706
[0350]
实施例10.对多种细菌菌株针对多种真菌害虫的田间试验
[0351]
根据表6所列的当前农艺规范，将表2中列举的多种细菌菌株在田地中应用于表6所列的农作物，以实现一致的植物覆盖率并遵循适当的农艺规范。在每种疾病的适当时间预防性和/或治愈性地应用处理。
[0352]
表6
[0353][0354]
具体处理方法概述如下：
[0355]
叶类害虫处理清单：早疫病
[0356]6‑
10次处理
[0357]
处理体积：100加仑/英亩
[0358]
处理清单：
[0359]
1.未接种，未处理的检查
[0360]
2.接种的检查
[0361]
3.合作者选择的化学控制,根据标签说明应用
[0362]
4.按照标签说明应用生物控制小步骤(serenade)
[0363]
5.5g/l的实验性生物叶面处理加上3oz/100加仑的capsil
[0364]
实施例11.对于多种细菌菌株或其活性变体针对多种真菌害虫的田间试验(使用种子处理)
[0365]
种植到田间之前，表2中列举的多种细菌菌株在作为种子处理剂应用于表7中列出的农作物。细菌菌株处理应用于疾病的预防控制，其应用率见表8。具体处理方法概括如下。
[0366]
表7
[0367]
大豆卡罗拉油菜小麦谷物谷粒玉米葫芦棉茄科农作物甜菜绿叶蔬菜黄萎病葵花油和种子
[0368]
种子处理试验处理清单：
[0369]
1.非接种的检查
[0370]
2.接种的检查
[0371]
3.合作者选择并应用适合疾病的种子处理化学检查
[0372]
5.生物实验性种子处理
[0373]
表8
[0374][0375][0376]
实施例12.使用犁沟内处理对多种细菌菌株或其活性变体针对多种真菌害虫的田间试验
[0377]
表2中列举的多种细菌菌株或其活性变体在种植时以犁沟内处理作为对疾病的预防性控制应用于表8中列出的农作物上，并以表9中列出的处理比率。具体处理方法概括如下：
[0378]
犁沟内试验处理清单：
[0379]
1.非接种的检查
[0380]
2.接种的检查
[0381]
3.犁沟内生物处理剂5g/l+capsil6 oz/100加仑，15加仑/英亩
[0382]
4.由合作者选择并应用的适合疾病的犁沟内化学检查。
[0383]
表9
[0384]
农作物害虫比率处理/体积行农作物/蔬菜腐霉菌5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜疫霉菌5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜枯萎镰刀菌5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜大豆死亡综合征5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜立枯丝核菌5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜黄萎病5g/l2至15加仑/英亩行农作物/蔬菜玉米秸秆腐烂5g/l2至15加仑/英亩
[0385]
实施例13.生物控制菌株的种子处理方案
[0386]
通过将10g配制的菌株+30ml水+15ml unicoat polymer混合而制成种子处理配制物。将称重的种子放置在无菌梅森罐中。适量的种子处理溶液基于种子重量(0.05ml/25g种子)，将混合物摇动60秒或者直至目测种子被良好涂敷。将种子放置于铝箔烤盘中的单层中，并在层流净化罩下放置1小时或者直至种子干燥。一旦种子干燥，便将它们放置于密封容器中并储存在rt。
[0387]
实施例14.可润湿的粉末配制物
[0388]
使用食品加工机，将来自表2中注释的各种菌株的100克细胞糊剂与5g甘油和20g合成硅酸钙混合。该材料在40℃干燥至水活度低于0.30。在22℃，将干燥的粉末配制物储存在真空密封的聚酯薄膜袋中。干燥的粉末配制物保持杀虫活性。
[0389]
实施例15.腐霉属的田间试验
[0390]
将表2中示出的细菌菌株作为种子处理应用给大豆变体w3103。细菌菌株配制成可润湿的粉末，如实施例14所述，然后通过将10g配制的细菌菌株与30ml水和15ml种子涂敷聚合物(unicoat)组合，再摇动直至形成均匀的溶液而进入种子处理。将形成的溶液应用给1kg大豆种子，然后在层流净化罩下干燥12小时。
[0391]
腐霉属接种物在黍粒上生长，并通过犁沟内应用以1.25g/ft应用，并且在第1天，在以130,000个种子/英亩种植经处理的大豆种子时应用。在17天后取得整行计数。具体的处理方法概括如下。
[0392]
处理方法：
[0393]
1.未处理的检查
[0394]
2.接种的检查
[0395]
3. 0.4液量盎司/英亩的嘧菌酯
[0396]
4.aip045885种子处理
[0397]
5.aip075655种子处理
[0398]
6.aip009474种子处理
[0399]
7.aip024525种子处理
[0400]
8.aip033287种子处理
[0401]
9.aip093798种子处理
[0402]
10.aip061639种子处理
[0403]
11.aip082862种子处理
[0404]
12.aip058187种子处理
[0405]
13.aip059286种子处理
[0406]
14.aip036706种子处理
[0407]
实施例16.立枯丝核菌田间试验
[0408]
将表2中示出的细菌菌株作为种子处理应用给大豆变体w3103。细菌菌株均配制成可润湿的粉末，如实施例10所述，然后通过将10g配制的细菌菌株与30ml水和15ml种子涂敷聚合物(unicoat)组合，再摇动直至形成均匀的溶液而进入种子处理。将形成的溶液应用给1kg大豆种子，然后在层流净化罩下干燥12小时。
[0409]
立枯丝核菌接种物在黍粒上生长，并通过犁沟内应用以1.25g/ft应用，并且在第1天，在以130,000个种子/英亩种植经处理的大豆种子时应用。在17天后取得整行计数。具体的处理方法概括如下。
[0410]
处理方法：
[0411]
1.未处理的检查
[0412]
2.接种的检查
[0413]
3.以0.4液量盎司/英亩进行嘧菌酯处理
[0414]
4.aip045885种子处理
[0415]
5.aip075655种子处理
[0416]
6.aip009474种子处理
[0417]
7.aip024525种子处理
[0418]
8.aip033287种子处理
[0419]
9.aip093798种子处理
[0420]
10.aip061639种子处理
[0421]
11.aip082862种子处理
[0422]
12.aip058187种子处理
[0423]
13.aip059286种子处理
[0424]
14.aip036706种子处理。