选择具有亲本印记性状的动物的制作方法

专利名称：：选择具有亲本印记性状的动物的制作方法
技术领域：
：本发明涉及育种动物或屠宰动物的选择方法，所述动物具有需要的基因型或潜在的表型特征，尤其是与肌肉重量和/或脂肪沉积相关的特征。对于家畜的育种计划目前主要集中于农用性能性状(farmperformancetrait)和胴体(carcass)品质。本发明将使诸如繁殖成功性，乳汁产量，瘦肉/脂肪比率，多育性，生长速率和饲养效率这样的性状有本质的改善。相对简单的性能测试数据为这些改善打下了基础，并且推测所选性状受大量基因影响，每个基因只有小的作用(无穷小基因模型)。在该领域正发生着一些重要变化。首先，一些育种组织的育种目标除了“传统”的生产性状外开始包括了肉的质量品质。其次，有越来越多的事实表明现在所用新的育种目标性状可能涉及相对较大的作用(已知为大基因)，这与一直依赖的无穷小模型相反。现代的DNA技术提供了开发这些主要基因的机会，并且这一技术是提高肉的品质的非常有希望的途径，特别在直接的肉的品质评估对育种动物是不现实的情况下。对于其它的性状如瘦肉/肥肉比率，生长速率和饲养效率，现代DNA技术也非常有效。这些性状在活体动物中也不易测量。一些主要基因的研究数据最早用分离分析，也就是没有任何DNA标记的信息时获得。之后分子水平的研究用来检测这些基因在遗传图谱上的定位。在应用上，除了对于很大作用的等位基因，需要DNA研究解析在具有经济上重要性的大多数性状的遗传本质。DNA标记可用于对负责质量性状如皮毛颜色的基因或等位基因，并且也可用于检测对数量性状如生长速率，IMF等有实质性影响的基因或等位基因。在这种情况下，这一途径称为QTL(数量性状基因座)绘图，其中QTL包含动物核酸基因组的至少一部分，在该部分中定位有能影响(在所说动物或其后代中)所述数量性状的遗传信息。DNA水平上的信息不仅能帮助在一个群体中固定特异性主要基因，还可以辅助已选择的数量性状的选择。表型数据外的分子信息可以提高选择的准确性和选择应答。肉的品质或胴体品质的提高不仅仅是改变嫩度或夹花肉等的性状水平，也可增加肉质的一致性。主要基因的存在为提高肉的品质提供了一个良好的机会，因为它使得向预定目标前进时步子更大。其次，它可有助于减少变异，原因是我们可在我们的产品中固定相关的基因。另一方面，主要基因的选择可允许对特定的市场有所不同。研究正在几个物种中展开，尤其是猪、羊、鹿和牛。尤其是，对肉类产品精密的选择将获得一些家畜物种达到极端好的肉类(肌肉)和瘦肉的动物。这些年对引起这些表型的基因定位和克隆变得可行，并且向更加高效的标记辅助选择，靶向药物开发(性能增强的产品)和转基因方向发展。ryacodine受体(Fuji等，1991；MacLennan和Phillips，1993)和肌抑制素(myostatin)(Grobet等，1997；Kambadur等，1997；McPherron和Lee，1997)的突变显示可以分别引起在猪和牛内肌肉过度生长，同时对肌肉度和/或脂肪沉积有主要影响的基因在猪内定位于第4号染色体上(Andersson等，1994)，在羊内定位于第18号染色体上(Cocket等，1996)。然而，尽管已成功鉴别了数量性状基因座，但是目前这些相关信息在商业育种程序中应用有限。本领域内的许多工作人员总结出很有必要鉴别QTL中的特定基因。这是一个巨大的任务，因为QTL区一般相对较大并且可能含有许多基因。从许多基因中鉴别相关基因因此仍是农场动物的重大困难。本发明提供了选择具有需要的基因型或潜在表型特征的动物的一种方法，包括测试所述动物中是否存在亲本印记的质量或数量性状基因座(QTL)。本文中家畜被定义为已经选择的或来源于已选择过的具有需要的基因型或潜在表型的动物。家畜提供了基因和表型差异的丰富的资源，传统的饲养包括选择具有目的基因型或潜在表型特征的动物或其后代。这个选择程序在上世纪因为孟德尔遗传定律的掌握和应用而有所促进。家畜育种程序中的一个主要问题是生殖能力和生产性状之间在遗传上是负比例关系。这样的例子包括牛(高的牛奶产量导致牛比较瘦)，在禽类中(肉禽的蛋产量很低，蛋禽通常肌肉生长低)，在猪中(高产的母猪一般很肥且肉相对少)或在羊中(高产的育种羊胴体品质差，反之亦然)。本发明提供了不同性状的亲本印记特点的知识，使得可以选择如针对例如与肌肉生产或生长连锁的亲本印记QTL是纯合的种公畜品系；因此这种性状的选择在母畜品系中严格性可较低，有利于繁殖品质。遗传上或亲本印记的现象从没应用于家畜的选择中，以前也从没考虑将这种难懂的遗传特征用于育种应用程序中。本发明提供了一个育种程序，其中本文证实的所需性状的亲本印记性状的知识得到一育种程序，如使用修饰的动物模型的BLUP程序。这增加了育种价值评估的精确性并且和传统育种方法相比提高了选择速度。到现在，亲本印记的性状在传统的BLUP程序中的评估中的作用都被忽略。象本发明提供的，掌握并利用所需性状的亲本特点可使得即使没有DNA测试也可进行亲本印记的选择。例如，提供了具有亲本印记特征的基因的选择以助于提高一致性；“好的或需要的”等位基因的纯合(最终)亲代可以将它们传给所有的后代，而不管其它的亲本等位基因如何，并且所有后代也会表达所需的亲本等位基因。结果是产生更加一致的后代。等位基因此处指来自母本的令人感兴趣的或有利的等位基因或来自父本的有相对作用的等位基因。例如在肉类动物如猪中，与肉的品质性状(如肌肉中脂肪或肌肉质量)连锁的等位基因可以固定在母畜品系中，而和降低的背部肥肉连锁的等位基因可固定于种公畜品系。其它理想的结合是例如雌性动物中的多产和/或乳汁生产与雄性动物中的生长速率和/或肌肉质量相组合。在优选的实施方案中，本发明提供了具有需要的遗传或潜在表型特征的家畜的选择方法，包括测试来自所述动物的核酸样品是否存在亲本印记的数量性状基因座(QTL)。核酸样品可以通过本领域已知的方法从动物的不同部分得到。传统上核酸测试的样品来于血液样品或皮肤或粘膜表面样品，从其它组织来的样品也同样可用，尤其是精液样品，卵母细胞或胚胎样品都可使用。在这种样品中，可以用本领域已知的方法，如本领域中已知的杂交或核酸扩增或测序技术测定特异核酸即DNA或RNA的存在和/或其序列。本发明提供了检测一个样品中是否存在核酸的方法，其中QTL或其相关的等位基因与亲本印记现象相关，例如所述方法可确定所述QTL的来自于父本或母本的等位基因能否在所述动物中优势表达。家养动物育种计划的目标是通过优化遗传组成而提高动物性能。本质上这种促进提高是通过增加影响目的性能的基因的最有利的等位基因的频率来实现的。这些基因指QTL。直到九十年代初，遗传上的改进是通过用生物统计的方法实现的，而不是利用QTL的分子生物学知识。从九十年代开始，以及最近基因组学的发展，识别决定一感兴趣性状的QTL是可行的。本发明提供了亲本印记的QTL的识别和使用方法，而QTL可以通过数量性状基因座绘图来选择动物。同样，遗传上或亲本印记的知识从没用于选择家畜，过去认为将这种不确定的遗传特征用于实际育种程序是不可行的。例如Kovacs和Kloting(Biochem.Mol.Biol.Int.44399-405)在没有提到和建议亲本印记方法的情况下，发现在雌性大鼠中一性状的连锁，这一性状并不在雄性大鼠中出现，暗示这种性别特异性可能位于染色体的某一区域，当然就排除了亲本印记，而亲本印记是指一亲本的印记性状优选地而不是性别决定地在他或她的后代中表达的现象。本发明也提供了通过用遗传标记的连锁分析而进行的亲本印记QTL最初定位，以及亲本印记基因及其相应突变的实际鉴定。亲本印记的QTL的分子学知识对育种提供了更有效的手段。亲本印记QTL分子学知识在育种程序中的应用包括标记辅助的分离分析以鉴定目的群体中功能上不同的亲本印记QTL等位基因的分离；通过提高选择的准确性，选择强度或通过利用已了解的亲本印记现象降低代与代间隔而在品系内进行的标记辅助选择(MAS)以提高遗传应答；标记辅助的渐渗(MAI)以有效地将有用的亲本印记QTL等位基因从供体转移到受体群体；利用转基因技术对识别的亲本QTL的遗传工程和育种家畜的遗传修饰，利用靶向药物研究开发所述QTL的分子知识研制提高性能的产品。本发明人通过两个独立的实验来确定QTL亲代印记的实际应用。第一个实验是在前述的Pietrain×大白猪杂种中进行的，数据可能性在父本(仅父本等位基因表达)或母本(仅母本等位基因表达)印记模型下进行计算，并和传统的“孟德尔”QTL模型的数据可能性进行比较。结果令人惊奇地表明QTL确实是父本表达的，从F1代的母猪中遗传下来的QTL等位基因(Pietrain或大白猪)对于F2代后代的胴体品质或数量无任何作用。可以看出当测试父本表达的QTL的存在时获得非常显著的lodscores，然而在研究通过母猪遗传的染色体时没有QTL的分离的证据。所有的性状都有相同的趋势表明相同的印记基因负责不同性状上观察到的作用。表1报道了通过遗传父本QTL等位基因分选的F2后代最大可能(ML)表型平均值。第二个实验，是在野猪(WildBoar)×大白猪杂种中进行的，通过测试印记作用的存在的统计模型用第2号染色体图谱进行身体组成，脂肪，肉的品质和生长性状的QTL分析。清楚的证据表明父本表达的QTL位于2p染色体的最末端(图2；表1)。QTL的明显的父本表达通过最小均方而证实，所述最小均方根据父本遗传的等位基因的起源群体而分为两类(表1)。对于一特定的父本印记的QTL，标记辅助分离分析、选择(MAS)和渐渗作用(MAI)的实施，都可通过和QTL连锁的遗传标记，和QTL不稳定平衡连锁的遗传标记或用QTL内的实际相应突变来操作。对于亲本的起源对QTL特点的作用使得其对QTL在育种程序得以最佳利用。的确，一亲本印记模型的标记辅助分离分析可以产生更好的QTL等位基因作用的估测。此外，它还可以应用最佳开发QTL的特定的育种程序。本发明中一具体实例是，最有利的QTL等位基因可固定于育种动物品系中，也可通过标记辅助选择(MAS，品系内)和标记辅助渐渗(MAI，品系之间)而用于产生商业价值的杂交雄性动物。在另一实例中，最差的QTL等位基因也可固定于动物品系中用于通过MAS(品系内)和MAI(品系之间)产生有商业价值的杂交雌性动物。在本发明的一个优选的实施方案中，所说动物是猪。值得注意的是例如本发明提供了一个观点就是目前商业上普遍的Pietrain×大白猪杂种的一半后代遗传了一个不利的大白猪肌肉质量QTL，象本发明指出的那样引起了相当的损失，而本发明现在提供选择在此方面较好的一半种群的可能性。然而，也有可能选择富含大雄猪中的不良等位基因的商用品系使得这些母猪可以拥有其它如生殖目的更理想的等位基因。本发明方法的优选实施方案中，所述QTL位于相应于在猪的第2号染色体上定位的QTL的相应位置。例如，从人和猪之间有相比性的绘图数据包括双向染色体着色可知，SSC2p与HSA11pter-q1311，12同源。HSA11pter-q13已知携带一簇印记基因IGF2，INS2，H19，MAH2，P57KIP2，KyLQTL1，Tapal，/CD81，Orct12，Impt1和Ip1。定位于HSA11pter-q13上的这一簇印记基因的特征在于8个母本表达的基因H19，MASH2，P57KIP2，KyLQTL1，TAPA1/CD81，ORCTL2，IMPT1和IP1及两个父本表达的基因IGF2和INS。然而Johnanson等人(基因组25682-690，1995)和Reik等人(遗传趋势13330-334，1997)等指出这些基因在各种动物中的位置不清楚。例如HSA11和MMU7基因座相互无关联，MMU7和SSC2基因座之间无相互关联，而HSA11和SSC2基因座看上去相互关联，并且没有迹向表明上面明确的父本表达各个基因中的任一个或多个在三个种动物染色体上的定位。其它家畜，如牛、绵羊、禽类和鱼在它们的基因组有携带这一簇印记基因或QTL的相似的区域，本发明提供了其它家畜的这些直向同源区域在将亲本印记现象应用于育种程序中的应用。在猪中，所述一簇基因定位于第2号染色体的2p1.7位置附近，然而本发明提供的方法可将所述母本或父本表达的直向同源或同源的基因或QTL(片段)更好应用于其它动物进行育种和选择程序。例如，提供了一种方法，其中所述QTL与潜在的肌肉质量和/或脂肪沉积相关，优选地对其它如肉的品质和所述动物每日增重有有限作用，或其中所述QTL包括胰岛素样生长因子2(IGF2)等位基因的至少一部分。Reik(遗传趋势，13330-334，1997)等解释该基因在人体中和Beckwith-Wiedemann综合症相关，该病是一种表象为父本遗传的疾病，最通常见于胎儿，该基因在胎儿出生前的发育中有很重要的作用。没有现象或证据表明与(家养)动物肌肉发育或脂肪有关的分娩后发育相关。在一优选实施方案中，本发明提供了一种选择具有需要的基因型或潜在表型特征的猪的方法，包括检测猪的样品是否含有第2号染色体上2p1.7位上数量性状基因座(QTL)。具体地，本发明还涉及猪第2p染色体端粒末端的遗传标记在标记选择(MAS)影响猪胴体产量和品质的亲本印记的数量性状基因座(QTL)中的应用。此外，本发明还涉及与IGF2基因座相关的遗传标记，如，例如图4-10所示的多态性和微卫星及其它特征性核酸序列在猪中MAS的应用。在一优选实例中，本发明提供了位于Susscrofa第2号染色体远端的QTL，其影响胴体品质和数量的测量，尤其是肌肉质量和脂肪沉积。在第一个实验中，QTL绘图分析用于大白猪×野猪杂种的F2代200个后代中。F2代动物在大于80公斤小于190日龄被宰杀。收集出生重量，生长，脂肪沉积，身体组成，内部器官重量和肉的品质的表型数据。关于具体的表型性状的描述由Andersson等1和Andersson-Eklund等4提供。以前本发明人还报道了位于第2染色体近末端的一未鉴别基因座的QTL(对背部肥肉厚度没有任何明显作用)对肌肉质量有中等作用，并且与本文报道的亲本印记的QTL有30cM距离的，然而现提供的QTL有很大作用，解释了至少20～30％的差异，并使本发明QTL很有商业吸引力，由于该QTL是亲本印记的，商业吸引力甚至更大。作为本发明的一部分，2p染色体的标记图谱通过加入微卫星标记而改进，以覆盖整个染色体臂。下列微卫星标记被用到Swc9，Sw2443，Sw2623，Swr2516，这些都位于2p远端7。在第2号染色体新的图谱下对动物的身体组成，脂肪，肉的品质和生长性状进行了QTL分析。QTL位于第2p染色体最远端的证据已找到(图1，表1)。QTL对猪胴腿肉中瘦肉含量有很大作用并且可解释F2群体中令人惊异的30％的残余表型差异。还注意到QTL对于背部最长肌，心脏重量，和背部肥肉(皮下脂肪层)的厚度的较大作用。对于一种肉的品质性状即反射度有中等影响。QTL对腹部腹肪，出生体重，生长，肝、肾或脾脏的重量没作用。位于这一QTL的大白猪等位基因和较大的肌肉质量及减少的皮下脂肪厚度相关，这与大白猪和野猪品种之间的差异是一致的。第二个实验，在Piextrain×大白猪杂种的1125个F2后代个体中进行了QTL绘图。大白猪和野猪的亲本品种在一些商业重要的表型上有所差异。Pietrain以肌肉非常发达和瘦肉出名10(图2)，而大白猪有出众的生长性能。对F2后代所有个体都记录了21个不同的测量生长行为(5)，肌肉发达(6)，脂肪沉积(6)和肉的品质(4)的表型。为了定位决定这些品种间遗传差异的QTL，本发明人用微卫星标记对677个F2代个体的初始样品进行了全基因组扫描。下面的微卫星标记图谱用来分析第2号染色体，W2445，SWC9，SW2623，SWR2516-(0，20)-SWR783-(0，29)-SW240-(0，20)-SW776-(0，08)-S0010-(0，04)-SW1695-(0，36)-SWR308。用最大可能性多点算法对猪的第2号染色体的分析发现在第2号染色体短臂的末端的6个决定肌肉度的表型(％瘦肉切段(leancuts)，％猪酮腿肉(ham)，％背肉(loin))和6个测量脂肪沉积的表型中(后背脂肪厚度(BFT)，％背脂肪，％脂肪切段)各有3个达到很高的lodscore(达20)(图1)。在其余6个肌肉度和脂肪表型的相应染色体区域有正的lodscore，然而没有达到实验上显著的阈值(α＝5％)。。没有证据表明相应QTL和生长性能(包括出生重量)或所记录的肉的质量测定有关(数据未示出)。为证实该发现，对355个F2后代的其余样品针对四个最远的2p标记做了基因型分析，并对在第一次分析中产生最高lodscore的性状进行了QTL分析。lodscore从2.1到7.7，清楚证明该区域有一主要的QTL存在。表2是三个基因分型平均值和剩余方差相应的ML评估。基于标记辅助分离分析的证据指示在Pietrain猪群体内的该基因座的残余分离。这些实验清楚表明猪的2p染色体臂的端粒末端存在着对胴体品质和数量有主要影响的QTL，并且该QTL处可能至少存在有三个等位基因系列野猪＜大白猪＜Pietrain猪，并且在Pietrain品种中的分离中可能更大。所鉴别的QTL在肌肉质量和沉积上的效果很大，和CRC基因座的作用一样，QTL明显没有对肉的品质的有害作用。我们估计两个基因座合起来可以解释Pietrain和大白猪在肌肉度和瘦肉度上接近50％的差异的原因。QTL对猪胴腿肉中瘦肉含量有很大的作用，并可以解释为什么F2群体的残余表型中差异为令人吃惊的30％。对背部最长肌面积，心脏重量和背部肥肉厚度(皮下脂肪)的作用也引起注意。指出了对一种肉品质性状反射度有中等作用。QTL对腹部脂肪、出生重量、生长、肝、肾或脾的重量没有明显作用(数据未示出)。在这一QTL的大白猪等位基因与野猪等位基因相比，与更高的肌肉质量以及降低的背部肥肉厚度相关，这与这一品种与野猪群之间的差异一致。对于所有被影响的性状观察到的强印记作用，表明了仅有一相应的基因座参与。对骨骼肌质量和心脏大小的多效性作用从生理角度似乎是适应的，因为较大的肌肉质量需要较大的心脏的输出。在另一实例中，本发明提供了选择具有需要的基因型或潜在表型的猪的方法，该方法包括在所述猪的样品中测试QTL在Susscrofa第2号染色体2p1.7位置上的存在，其中该QTL包括至少一部分Susscrofa胰岛素样生长因子2(IGF2)等位基因或和它紧密相关的基因组区域，如多态性，微卫量和其它特征性核酸序列，如图4到10所示。从“敲除”小鼠和其是人的Beckwith-Widedemann病的致病因子中可知IGF2在出生前发育中的作用。本发明证实了IGF2区域的重要作用，也阐明了对于出生后发育的重要性。为表明Igf2的功能，本发明人设计了如下三个实验通过筛选猪BAC的基因文库分离得到了基因组IGF2克隆。对这一BAC克隆行FISH分析发现它在2p染色体的末端部分给出高度一致信号。小鼠(GenBankU71085)、人(GenBankS62623)和马(GenBankAF020598)的IGF2的3′端UTR有一多态的微卫星。用BAC克隆经IFG23′端UTR直接测序表明了相应的猪的微卫星可能存在。在终止密码子下游800bp处有一复合微卫星，序列比较结果显示该微卫星和以前描述的匿名的微卫星Swc96相同。该标记在开始的QTL绘图实验中就用到，它在遗传图谱中的定位可能和Pietrain与大白猪杂交后代及大白猪与野猪杂交后代中的QTL的最可能位置相一致。对来自10周龄猪胎(其是猪IGFII基因第二外显子的nt241(G-A)转换和SWC9杂合的)的骨骼肌和肝cDNA的分析表明IGFII基因在猪的组织中很稳定遗传，它仅从父本的等位基因表达。根据已发表的成年猪的肝cDNA序列16，本发明人设计引物对用于从成年猪的骨骼肌cDNA中扩增完整IgfII编码序列，其具有222bp前导序列及280bp尾序列。比较Pietrain和大白猪的RT-PCR产物序列，结果表明该编码序列与Pietrain、大白猪两品种已发表序列相同。然而，在对应于人的外显子2的前导序列中发现一个G和A的转换。按传统专业术语，该多态性称为nt241(G-A)。我们在连接扩增反应(LAR)的基础上为这一单核苷酸多态性9(SNP)建立了一筛选实验，使我们能对我们家谱材料的基因型进行分析。通过这些数据，我们可以看见IgfII和SWC9微卫星标记定位在一起(θ＝0％)，即最终与QTL最可能的位置一致，并在QTL95％支持间隔区域内。随后的序列分析表明微卫星标记SWC9定位于IgfII基因的3′UTR端。如前所述，该QTL的知识为选择动物如具有改善的胴体价值的猪提供了一种方法。本发明包括了不同的实施方案，如标记辅助分离分析以鉴别目的群体中功能上不同的QTL等位基因的分离；在品系内进行的标记辅助选择(MAS)以通过增加选择精确度、选择强度或通过降低代间间隔而增加遗传应答；标记辅助渐渗(MAI)以有效将有用QTL等位基因从供体转到受体，而增强受体群中的遗传应答。标记辅助分离分析，MAS，MAI的实施可以通过和QTL连锁的遗传标记，和QTL不平衡连锁的遗传标记以及QTL区实际突变来进行。在另一实施方案中，本发明提供了选择具有需要的基因型或潜在表型的猪的方法，该方法包括在所述猪样品中测试QTL在SusScrofa第2号染色体2p1.7位置上的存在，其中所述QTL是通过父本表达的，即通过父本等位基因表达。在人和小鼠中，已知Igf2仅由父本等位基因在一些组织中印记和表达。分析SNP和/或SWC9杂合的猪的骨骼肌cDNA，结果显示在猪中也具有同样的印记。如本发明发述对于QTL由亲本决定的理解可以使其最好地用于育种。事实上，目前商业上普遍的Pietrain和大白猪杂交后代的一半都遗传了大白猪不良的等位基因而造成相应的损失。用本发明所提供的方法可以解决这个问题。本发明还提供了一分离的和/或重组的核酸序列或其功能片段，其包含可由一亲本等位基因优势表达的亲本印记的数量性状基因座(QTL)或其片段。本发明提供的核酸可构建转基因动物，在其中优良基因可通过一亲本等位基因唯一或优势表达，从而使所述动物的后代对于具有和所表达的该亲本等位基因相关的所需性质的所需性状是纯合的。在另一优选实施方案中，本发明提供了一分离的和/或重组的核酸或其片段，其包括合成的亲本印记的QTL或从至少一条染色体衍生的其功能片段。本文的“合成的”是指这样一种亲本表达的QTL，其中来源于一种或多种动物的基因组的不同位置各种元件结合在一起。本发明提供了一重组核酸，其中和一种QTL的亲本印记相关的序列与和第二种QTL的基因或有用等位基因相关的序列结合在一起。这种基因构建体可用于获得转基因动物，其中所述第二种QTL具备了与由含该第二种QTL的亲本动物直接遗传得到的相反的亲本印记。这种第二种QTL可以从亲本印记区所在的相同的染色体中得到，也可以从相同或不同物种的不同染色体得到。在猪中，这种第二种QTL可以例如和雌激素受体(ESR)基因(Rothschild等，PNAS93，201-201，1996)或FAT-QTL(Andersson，科学，263，1771-1774，1994)相关，例如从其它猪的染色体如染色体4得来。另外，第二种QTL或其它QTL也可以从其它(家养)动物或人类得到。本发明还提供一分离和/或重组的核酸或其功能片段，其至少部分相应于猪的位于Susscrofa的第2号染色体的2p1.7位置的QTL相关，其中所述QTL与所述猪的潜在的肌肉质量和/或脂肪沉积有关，和/或其中所述QTL包括至少一部分Susscrofa胰岛素样生长因子2(IGF2)等位基因，优选地至少跨越INS和H19之间的区域，或优选地衍生自家猪，如Pietrain，Meishan，Duroc，Laudrace，大白猪或来自野猪。例如基因组IGF2克隆是通过筛选猪BAC文库得到的。对该克隆进行FISH分析，发现在2p染色体末端给出强一致信号。在小鼠(GenBankU71085)，人(GenBankS62623)或马(GenBank，AF020598)的IGF2基因3′UTR末端有一多态的微卫星。通过对BAC克隆的IGF2基因的3’UTR端直接测序发现相应的猪的微卫星也可能存在。在终止子的下游800bp处识别了一复合微卫星，序列比较发现该微卫星和前面描述过的匿名微卫星Swc9相同。设计PCR引物，发现该微卫星(IGF2ms)在2个野猪建立者的三个不同的等位基因及8个大白猪中另外二个等位基因中有高度多态性。IGf2ms在杂种中是充分了解的，因为育种来源和亲本来源对于每个F2代动物中每个等位基因均是可确定的。在杂交谱系统中对IGF2ms和微卫星Sw2443，Sw2623和Swr2516进行了连锁分析，这些微卫星都位于2p染色体的末端7。IGF2也位于2p染色体，并有很高的lodscore(例如相对于Swr2516，Z＝89.0，θ＝0.003)。包括以前分型的染色体2标记在内的多点分析显示下列顺序的基因座(性别—平均图谱距离，以KosambicM表示)Sw2443/Swr2516-0.3-IGF2-14.9-Sw2623-10.3-Sw256。在Sw2443和Sw2516之间没有任何重组，且与这些基因座相关的推测的IGF2的最近端位置是基于一单一重组，并且对于所报道的顺序的lodscore支持为0.8。我们以前的QTL研究中的最远端的标记Sw256，定位于该连锁组的最远端约25厘米处。本发明还提供了本发明的核酸或由其衍生的功能片段在本发明方法中的应用。在一优选实施方案中，本发明的方法用于选择具有所需的基因型或潜在表型性质的育种动物或屠宰动物，或这些动物的胚胎或精子。特别是本发明还提供了这样的应用，其中所述性质和肌肉质量和/或脂肪沉积相关。本发明提供的QTL可用于通过群体内标记辅助选择或群与群之间的有用的等位基因的标记辅助渐渗而改善例如瘦肉含量或背部肥肉厚度。使用本发明提供的QTL的标记辅助选择的例子是标记辅助分离分析，使用了连锁标记或不平衡标记以鉴别功能上不同的QTL等位基因。此外，QTL因果突变的识别现在也是可行的，同样使得可鉴别功能不同的QTL等位基因。这种功能不同的QTL等位基因位于2p染色体远末端，其对骨骼肌质量，心脏大小和背部肥肉厚度有很强的作用。在大白猪和野猪杂交后代及Pietrain和大白猪杂交后代中观察到的相似QTL作用证明了至少有3个功能上不同的等位基因存在。此外，标记辅助分离分析的初步证据表明在Pietrain群体内在该基因座上有残余分离(数据未显示)。本发明提供的等位基因发生可确定因果多态性，基于所观察到的作用的数量性质，该多态性很可能不是由于基因改变而是由于细微的调控突变而来。三个等位基因对肌肉质量的作用在三个品种的猪之间处于相同顺序，即Pietrain猪比大白猪有更多肌肉，大白猪又比野猪有更多瘦肉。本发明还提供了本发明的等位基因在种系选择或使用连锁标记、不平衡标记或包括因果突变的等位基因的标记辅助渐渗中的应用。本发明还提供用本发明方法选择出来的动物。如，已选择到特征为位于SusScrofa第2号染色体2p1.7位置上的QTL内的等位基因是纯合的猪。因为所述QTL和所述猪的潜在肌肉质量和/或脂脂沉积有关，和/或所述QTL包括至少一部分Susscrofa胰岛素样生长因子2(IGF2)的等位基因，因此可能选到理想的猪用于育种或屠宰。本发明尤其提供了雄性动物。这样的雄性动物，或其精液或胚胎都可很好地用作育种动物产生育种系或产生最终被屠宰的育种动物。在这样的用途的一个优选实施方案中，雄性动物或其精液特意被选作引起肌肉生长率和瘦肉率的等位基因是纯合的，用它来生产含有该等位基因的异源杂合子后代。由于所述等位基因的父本表达，其后代也会显示和肌肉质量等相关的优良性状，即使母本有着不同的遗传背景。此外，现在可主动选择有不同性状的母本，如和多产相关并且又对从选择的雄性动物的等位基因继承的肌肉质量性状没有负作用。例如，早期这种雄性动物偶而在Pietrain中可见，但在遗传方面却不知怎样在育种过程中有效利用这些性状。此外，本发明提供了一转基因动物，它的精液和胚胎，其包含本发明提供的合成的亲本印记的QTL或其功能片段，即本发明提供它用以引入一良好的重组等位基因。如引入与动物幼仔大小增加相关的雌激素受体的基因座，其在祖代亲本动物(例如如果该区域是亲本印记的并且祖父是野猪，则是杂交母猪的父亲)的亲本印记区域是纯合的，引入有利的脂肪相关的等位基因或肌肉质量相关的重组等位基因到父本印记的区域，等等。重组等位基因是由母本而来的有意义或有利的，或通常由父本而来的有相反作用的等位基因。例如，在肉类动物(如猪)中，和肉的品质性状(如肌肉内的脂肪或肌肉质量)连锁的重组等位基因可在母畜品系中固定，而和减少的背部肥肉连锁的重组等位基因可固定在种公畜品系中。其它理想的组合是例如在雌性品系中的多产性和/或乳汁产量与雄性品系中的生长速率和/或肌肉质量的组合。以下对本发明进行详细解释，不是限制本发明。实施例1野猪(WildBoar)和大白猪(LargeWhite)杂交方法IGF2BAC克隆的分离和荧光原位杂交(FISH)基于猪IGF2cDNA序列(GenBankX56094)设计IGF2引物(F5’-GGCAAGTTCTTCCGCTAATGA-3’和R5’-GCACCGCAGAATTACGACAA-3’)以经PCR扩增最后外显子的一部分和3′UTR。该引物用于筛选猪的BAC基因文库，分离到了253G10克隆。粗制BACDNA按所述方法24准备。BACDNA用EcoRV消化成线性，并用QIAEXII纯化(QIAGEN有限公司，德国)。克隆用GIBCO-BRLBionick标记系统(BRL18246-015)进行生物素-14-dATP标记。猪中期染色体通过用标准技术从美洲商陆(Seromed)刺激的淋巴细胞得到。将玻片在室温下放置两天后，-20℃保存直到使用。FISH分析如前所述25。在杂交混合物中所用探针的终浓度是10ng/μl。猪的基因组DNA的标准浓度抑制重复序列。在杂交后洗脱后，生物素标记的探针用两层抗生物素蛋白-FITC(VectorA-2011)检测。染色体用0.3mg/ml的DAPI负染(4，6-二氨基-2-phenylindole；SigmaD9542)，产生G带型类似模式。不需要杂交后显带，因为第2号染色体不显带就能容易地认出来。共检测了20个中期染色体涂片，所用显微镜为OlympusBX-60型荧光显微镜，和IMAC-CCDS30相机相连，并装有ISIS1.65软件(Metasystems)。测序，微卫星和连锁分析约2μg线状且纯化的BACDNA用于直接测序，使用20pmol的引物和BigDye终止反应化学法(PerkinElmer，USA)。DNA测序从最后一外显子的3’末端到UTR3′端，直到检测到微卫星的存在。设计了一对引物[F5’-GTTTCTCCTGTACCCACACGCATCCC-3’和R5’-荧光素-CTACAAGCTGGGCTCAGGG-3’]来PCR扩增IGF2微卫星，该微卫星长约250bp，在终止密码子下游800bp处。该微卫星用荧光标记引物进行PCR扩增，用ABI377测序仪，GeneScanGenotyper软件(PerkinElmer，USA)进行基因分型。用Cri-Map软件26进行了两点和多点连锁分析。动物和表型数据杂交谱系包括2只欧洲雄性野猪和8只大白母猪，4只雄性F1，22只雌性F1，和200只F2子代1。F2代动物在活体重大于80公斤或在小于190日龄被杀掉。收集关于出生重量，生长，脂肪沉积，身体组成，内部器官重量和肉的品质的表型数据；Andersson等1和Andersson-Eklund等人4详尽描述了这些表型性状。统计分析间隔绘图测试QTL的存在用开发用于分析远系杂交品系的最小平方方法来进行。该方法建立在两不同品系有可以相互替代的QTL等位基因的假设的前提之下。考虑到祖本的每个基因座的等位基因，其F2代有四种可能的基因型，这使得其可适应三种不同效果添加的，优势的和印记的2。最后一种的评估是两种杂合子之间的差异，其中一个通过F1种公畜而获得了野猪的等位基因，另一个通过F1母畜获得等位基因。用该模型(具3.d.f.)相对于无QTL作用的降低模型计算了第2号染色体每cM的F比率。QTL的最可能位置是F比率最大时的位置。基因组一些重要阈值根据描述2的互变测验28得来。包括印记作用的QTL模型与没有印记作用的QTL模型(具有1d.f.)相比较以检验印记作用是否显著。统计学模型还包括与各自性状相关的固定作用和相关变异，见Andersson-Eklund等4对所用统计模型的更详尽描述。本发明还包括家族以考虑背景遗传作用和母本作用。胴体重量也被包括作为相关变异解释QTL对相关性状的作用，这表明所有和身体组成相关的结果在相等的重量比较。IGF2基因座中每种基因型的最小均方通过用SAS的GLM程序29的单点分析来得到，本模型包括间隔绘图分析中所用的相同的固定模型和相关变异。QTL显示了一清楚的亲本起源特异性表达，图谱位置与IGF2基因相同，表明IGF2就是因果基因。在该基因座也以观察到一非常明显的分离畸形(过量的来源于野猪的等位基因)。这一结果表明IGF2区域在出生后的发育中有很重要的作用，同时由于实验设计或对数据统计处理时忽略了在人和啮齿类动物中也可能存在有亲本表达的与IGF2连锁的QTL。本研究在数量遗传理论和实际猪育种中也有重要应用。IGF2被鉴别为是这一QTL的位置候补基因，因为在猪的2p染色体和人的11p染色体观察到二者的相似性。通过筛选猪BAC文库而分离到了一IGF2基因组克隆。对该BAC克隆进行的FISH分析显示在2p染色体末端信号高度一致(图1)。在小鼠(GenBankU71085)，人(GenBankS62623)和马(AF020598)的IGF23′UTR有一多态微卫星存在。通过用BAC克隆对IGF23′UTR的直接测序发现猪的相应微卫星也可能存在。在终止子下游800bp处有一复合的微卫星，序列比较发现该微卫星和前面描述过的无名微卫星Swc96序列相同。设计了PCR的引物，并且发现该微卫星(IGF2ms)与2个野猪建立者中的3个不同等位基因及8个大白猪建立者中的另外2个等位基因是高多态性的。IGF2ms在杂种中能提供充分的信息，因为育种的起源和亲本的起源可确定每个F2动物的每个等位基因。用杂种谱系做的连锁分析用IGF2ms和全部来自2p染色体7远末端的微卫量Sw2443，Sw2623，Swr2516进行。IGF2由于高度显著的lodscore(例如对于Swer2516，Z＝89.0，θ＝0.003)而被明确地定位于2p染色体。多点分析，包括以前分型的第2号染色体标记8在内的分析，揭示下列顺序的基因座(性别—平均图谱距离，以KosambicM表示)Sw2443/Swr2516-0.3-IGF2-14.9-Sw2623-10.3-Sw256。在Sw2443和Swr2516之间没观察到重组，且与这些基因座相关的推测的IGF2的最近端位置是基于一单一重组，并且对于所报道的顺序的lodscore支持为0.8。我们以前的QTL研究中的最远端的标记Sw256，定位于该连锁组的最远端约25厘米处。身体组成，脂肪，肉品质和生长性状的QTL分析在新的第2染色体图谱基础上进行，使用统计模型测试IGF2预期印记作用的存在。一父本表达的QTL位于2p染色体最远端的明显证据也已得到(图2，表1)。该QTL对猪胴腿肉中的瘦肉含量有非常大作用，并解释了F2群体中有令人惊异的30％的残余表型差异。该QTL对背最长肌面积，对心脏重量和背部肥肉厚度(皮下脂肪)的较大作用已注意到。并且还显示该QTL对一种肉的品质性状即反射度值有中等的作用。该QTL对腹部脂肪，出生重量，生长、肝、肾或脾的重量没有显示作用(数据未显示)。大白猪位于该QTL的等位基因和较大的肌肉质量和减少的背部肥肉厚度有关，这和大白猪与野猪群之间的不同是相一致的。对所有受影响性状观察到的强的印记作用强烈表明只有一个因果基因座存在。对于骨骼肌质量和心脏大小的多效性作用从生理学角度来看是适应的，因为较大的肌肉质量需要一较大的心脏输出。QTL的明显父本表达通过最小平方平均值证实，其根据父本遗传的等位基因的来源不同分为两类(表1)。值得注意的是对该两个杂合类别有一不明显的倾向，即数值越来越不极端，尤其是对背最长肌面积的估计作用。这可能由于机会的原因，但也可有一个生物学解释，即也有一些母本遗传的等位基因的表达，或存在对所讨论的性状有微小作用的连锁的、非印记的QTL。IGF2连锁的QTL及第4号染色体1，9上的FAT1QTL目前是对野猪杂交种中分离的身体组成和脂肪有最大作用的两个基因座。IGF2QTL主要控制肌肉质量，而FAT1对脂肪沉积包括腹部脂肪沉积有主要作用，而IGF2QTL对此无作用(图2)。在这两个基因座之间没明显的相互作用，它们控制很大比例的F2代剩余表型方差。一包括这两个QTL的模型解释了猪胴腿肉内瘦肉百分比的33.1％的方差，瘦肉+背骨百分比的31.3％方差，以及平均背部肥肉厚度的26.2％的方差(与仅包括染色体2作用的模型相比，表1)。这两个QTL一定在大白猪家猪的瘦肉生长和肌肉质量选择中有主要作用。在IGF2区域(过量的野猪衍生的等位基因)内观察到的非常显著的分离畸形如表1所示(x2＝11.7，d.f.＝2；p＝0.003)。野猪衍生的IGF2等位基因的频率是59％，而预期的是50％，并且“野猪”纯合子是“大白猪”的2倍。这种偏差在远末端的所有三个基因基因座都观察到，而并不是分型错误。这种偏差也在其它基因座上发现，但畸形的程度随着与染色体远末端的距离而降低。制备DNA的血液样品在12周龄被收集，并且我们确认与预期的孟德尔比率的偏离在出生时就存在，因为采血前丧失的动物数不足以引起其偏差。所分析的这一谱系的超过250个基因座中没有其它基因座显示这种明显的分离畸形(L.Andersson，未公开)。分离畸形没有显示印记作用，因为两互反类型的杂合子的频率是相等的(表1)。这并不排除QTL作用和分离畸形是受同一基因座控制的可能。分离畸形可能由于配子形成过程时减数分裂驱动有利于父本表达等位基因引起的，因为F1亲本均和雄性野猪交配。另一种可能是在胚胎发育的一重要时间和/或一些组织内父本和母本的等位基因共表达而引起分离畸形。双等位基因的IGF2表达在人发育过程中的表达有过报道10，11，有意义的是最近在Musmusculus和Musspretus的一种杂交后代中发现IGF2的表达强烈受亲本的种属影响12。还有意义的是和IGF2紧密连锁的胰岛素基因处的VNTR多态性和人出生时的大小有关13。猪中和IGF2连锁的QTL可能对出生体重有微小的作用，但在我们的资料中这种作用远不是重要的(图2)，并且没有显示印记作用。本研究在IGF2基因座的生物重要性的一般知识上来说是先进的。从“敲除”小鼠14和其是人的Beckwith-Widedemann病的致病因子中可知IGF2在出生前发育中的作用。本发明证实了IGF2区域的重要作用，也阐明了对于出生后发育的重要性。应强调的是远系之间的杂交对用对多个性状的亲本专一起源作用来检测QTL很有力。这是因为多个等位基因是分离的，并且我们可以推导出一异源杂合的F2代动物是否获得的Boar野猪等位基因是来源于父亲还是来源于母亲。很可能在人类研究中我们忽略了父本表达和IGF2相连的QTL的分离对如肥胖等性状的影响，及它对啮齿类动物同系杂交中性状的影响，这可能由于实验设计或对资料统计处理导致。因为2个等位基因有各自的基因基因座分离，所以在两自多系之间的近亲杂种中没检测到遗传作用。我们的研究结果显著支持以下几点未来的分析胰岛类IGF2区域遗传多型性和I型糖尿病、肥胖病间关系，以及人类出生体重13的不同，以及用啮齿动物模型研究复合性状的遗传解析。在家养猪和野生祖先之间杂交的强大动力可以开发绘图和识别应答的主要基因位点的可能性。我们现在证明在第2(未研究)、第4染色体上有两个单一QTL可以解释F2代瘦肉含量表型不同的1/3。这是数量遗传理论中极小模型为假设前提的粗略偏差，也就是说数量性状受许多基因位点影响，每一位点都有很小的作用。如果两个不同种系之间遗传上有很高比例的不同(例如，野猪和大白猪)受很少的基因位点控制，那么就可以假设选择将很快确定有很强影响的QTL等位基因。然而这不是在动物育种过程中的经验，也不是选择实验，在实验中长期选则反映能得到，受影响的群体大小很大。对这种颠倒现象的可能解释是QTL等位基因可能由于一系列的突变而影响两群体间遗传上的差异。而这些突变就发生在相同基因或影响同一性状的密切相连的一些基因。有争议说新的突变主要导致长期选择反映19，但是那种突变的基因组分布还不清楚。研究单一的原因突变认为是对小鼠遗传缺陷分析和人类单一基因紊乱的畸形分析。我们提议这对正在大量群体的家养动物，谷物或自然群体内进行选择的基因位点不是关键的。这个假设前提是主要QTL处存在有多等位基因。这一点从我们最近对猪皮毛颜色多样性特点研究中得到了支持。我们发现负责主要白色的等位基因和黑斑点等位基因和野生型等位基因不同，不同是在负责对KIT和MCIR基因基因座上表型作用至少分别有2个连续突变20，21。很有趣的是我们在相随的例子中发现了和IGF2QTL相连的第三个等位基因。三个等位基因对肌肉质量的作用的顺序和它们在动物中被发现的品种顺序相同，也就是Pietrain猪比大白猪有更多肌肉，大白猪比野猪有更多肌肉。有很好的理由决定IGF2就是现在报道的QTL的致病基因。首先，与基因定位非常一致性(图2)。其次，已证明象QTL，IGF2在鼠、人和现在猪内是父本表达的。在小鼠和人体内IGF2附近区有几个其它印刻基因(Mash2，INS2，H19，KVLQT1，TAPA1/CD81和CDKNIC/p57KIP2)，但只有IGF2在成体组织内是父本表达的。我们相信该基因座提供了QTL分子定性的独特机会。明显的父本表达可用于排除没有这种遗传方式的基因。此外，等位基因系列的存在有助于解决原因突变和中性多样性之间不同的难题。我们已经证明在Pietrain和大白猪内的IGF2等位基因的编码区序列是相同的，这说明原因突变发生在调控序列，重要的一步是对整个IGF2基因和从三个种群来的多个启动子进行测序分析。最近报道在胰岛素基因启动区(INS)中的VNTR多态性影响IGF2的表达23，这说明原因突变离IGF2编码序列有一定距离。这个结果对猪育种工场有一些重要的应用。它们显示遗传印刻不是内部学术问题，而是需要有实际育种中仔细考虑。在野猪，Pietrain和大白猪中检测到的三个不同等位基因表明在商业用群体中还有等位基因和IGF2相连QTL分离存在。QTL的父本表达有助于，利用大的与父本半同胞家族进行检测，而可忽略母本贡献。QTL可以通过用群体内标记辅助选择或用标记辅助互补将良性等位基因从一群体引入到另一群体来提高瘦肉含量。实施例2Pietrain和大白猪杂交方法谱系材料用以QTL绘图的谱系材料选自于前面描述的Pietrain和大白猪杂交的F2代＞1800个体6，7中取得。为获取材料，用27头Pietrain公猪和20头大白猪交配，产生F1代456个体。从1984年到1989年，用F1代31只野猪公猪和82只F1母猪交配共产生F2代1862个体。F1代公猪平均和7只母猪交配，F1代母猪平均和2.7只公猪交配，每只公猪平均后代60只，每只母猪平均后代23只。表型信息(1)数据收集在F2代中共记录了21种不同的表型6，7。它们包括—5种生长性状出生重(克)，断奶体重(千克)，生长期幼猪体重(千克)，肥育猪体重(千克)和平均每日增重(ADG；千克/日；生长到肥育猪时期)；—2个身体比例测量值胴体长度(厘米)；形体数值(0-10评分，参考文献6)；—屠宰后胴体冷冻24小时后获得的胴体组成10种测量值，这些包括肌肉度测量值％猪胴腿肉(猪胴腿肉重/胴体重)；％背肉(背肉重/胴体重)；％肩(肩重/胴体重)；％瘦肉部位(％猪胴腿肉+％背肉+％肩)；以及脂肪测量值平均背部肥肉厚度(BFT；厘米)，％背部肥肉(背部肥肉重/胴体重)，％腹肉(腹肉重/胴体重)，％背脂(背脂重/胴体重)，％颊肉(颊肉重/胴体重)，“％脂肪部位”(％背部肥肉+％腹肉+％背脂+％颊肉)。—4个肉质测量值pHLD1(屠宰1小时后的背最长肌)，pHLD24(屠宰24小时后的背最长肌)，pHG1(屠宰1小时后的薄肌)，PHG24(屠宰24小时之后的薄肌)。(ii)数据处理单个表型先按已证明显著影响相应性状的固定作用(种公畜，母畜，CRC基因型，性别，一年季节，奇偶)和相关变异(幼仔尺寸，出身重量，断奶重量，生长期幼猪重，肥育猪重)预调整。按逐渐退化原则选择包括在模型中的变量。标记基因型确定一对引物被用于微卫星标记的PCR扩增中。标记照物基因型确定方法如前所述。CRC和MyoD位点基因型按描述9，12过的传统方法确定。按Baron等人21的方法研制了Igf2SNP的LAR测定方法，用了一对引物(5’-CCCCTGAACTTGAGGACGAGCAGCC-3’；5’-ATCGCTGTGGGCTGGGTGGGCTGCC-3’)进行PCR扩增，用3条引物(5’-FAM-CGCCCCAGCTGCCCCCCAG-3’；5’-HEX-CGCCCCAGCTGCCCCCCAA-3’；5’-CCTGAGCTGCAGCAGGCCAG-3’)进行LAR测定。基因图谱构建标记图谱用CRIMAP盒中的两点，构建和CHROMPIC方法构建。为应用该盒，和野猪或母猪亲缘关系较近的分开，各自处理。通过这种方法，一些潜在可用信息被忽略或产生，然而，对这重组频率可公正评估。QTL绘图(1)孟德尔QTL绘图传统QTL绘图用多点最大可能的方法进行。应用模型假定每染色体有一分离的QTL，可替代QTL等位基因在亲本系中被遗传，(PietrainCP)和大白猪(LW)。研制特异性专一分析程序考虑亲代中丢失的基因型，结果显示F1代的染色体的亲本源不能确定。用一典型的“间隔绘图”策略，用一使用者决定步骤可将一假设的QTL沿标记的绘图移动。在每一位置上，谱系数据的可能性(L)按下式计算P或正确染色体P)，对r个F1代亲本，共有2r种组合。Πi=1′′nF2]]>第i个F2后代，有4个可能QTL基因型P/P，P/LW，LW/P和LW/LWP(G|Mi，θ，)Mi第i个F2代后代和F1亲本的标记基因型。(2)在相邻标记之间和假设QTL和其相邻标记之间的重组几率矢量。(3)θ指F1代中标记和QTL的相结合。重组率和F1代亲本标记连锁期间，在计算可能值时假定是知道的。两者在绘图构建过程中都可用CRIMAP决定(见上述)。P(yi/G)yi)指第i个后代的QTL基因型。其可能性由正常密度函数计算得到P(yi|G)=12πσe-(yi-μG)22σ2]]>G指QTL基因型(PP，PL，LP或LL)的表型平均；σ2指残基变数，对于四种基因型，σ2被认为相同。μpp，μpL＝μLP，μLL和a2最大值L值用GEMINT方法决定。在该可替代H1假设中的可能性和没有QTL假设H0中相比较，在后一假设中四种QTL基因型的表型均值被认为是相同的。在相应可能性的对数中的不同生成了一测量QTL在相应图上位置的对数值。(2)重要阈值按Lander和Botstein，对数值阀值(T)和选择的基因组显著水平相关，按下式计算α＝(C+9.21GT)X22(4.6T)C指染色体的数目(＝19)，G指基因组的长度Morgans(＝29)，X22(4.6T)指一个数减去2d.f分布k2的积累分布功能。单一点的21n(LR)假定作为含有2个自由度的k2的分布，就象我们的附属和主要组成部分。我们做多个性状的分析是解释一个事实，通过用Bonferoni校正来确定重要性水平，而这个确定α和分析的独立的有效性状个数有关。这个有效数目根据Spelman25等人描述的方法约为16。所有这些可使我们设立和实验显著水平为5％相关的对数阈值为5.8。要确证所验QTL在一独立样品中时，用相同的方法，然而将C设为1，G＝25厘米，校正4.5个独立性状的分析(因为在该样本中仅分析之多性状)，产生错误率5％时的相关的对数基阈值为2。(3)遗传QTL测试为测试一遗传QTL。我们假定只有QTL等位基因通过特定性别的亲本印记，并对表型有作用，而由另一亲本印记的QTL等位基因称为“中性”。在该假设下的血亲数据的可能性用等式1计算。为计算P(yi/G)，四种QTL基因型的表型值设为μpp＝μpL＝μp，μLP＝μLL＝μL，此时测试仅有父本表达的等位基因的QTL，设μpp＝μLP＝μp，μpL＝μLL＝μL时测试仅由母本表达的等位基因的QTL。在该概念中假定第一个下标指父本等位基因，第2个下标指母本等位基因。H0定义为没有QTL时的无效假设，H1是孟德尔QTL存在测试；H2是父本表达QTL存在的测试；H3是母本表达QTL存在的测试。RT-PCR用Chingwin等人26方法从骨骼肌中提取总RNA。用Gene-AmpRNAPCR试剂盒做RT-PCR。PCR产物用QiaQuickPCR纯化试剂盒(Wiagen)纯化，用“染料终止子循环测序准备反应”(Perkin-Elmer)和ABI373自动测序仪测序。在第2个实施便中，我们报道定位于猪2p1.7位置上对肌肉质量和脂肪沉积有重要作用的QTL的验证。本QTL有亲本印记的明确证据强烈表明它在Igf2基因基因座中。-Pietrain和大白猪杂交后产生1125个F2代后代已述6，7。大白猪和Pietrain亲本血缘仅在一些商业重要表型不同。Pietrain因超群的肌肉度和瘦肉而闻名8(图2)，大白猪则有不凡的生长速度。在所有F2后代中共测了21个不同的表型(i)5个生长表型5；(ii)肌肉性状(6)；(iii)脂肪沉积相关性状(5)；(iv)4个肉的品质性状4。为绘决定这些品系遗传差别的QTL图谱，我们对677个F2后代的起始样品用微卫星标记进行了完整基因组扫描。用ML多点互除法，分析猪的第2号染色体，发现在第2染色体短臂末端负责肌肉度和脂肪沉积的12个表型中有6个有很高的对数值(达20)(图3a)。对剩下的6个表型也有正的对数值，然而，并没达到基因组明显的阈值(5％)。为确证该发现，355个F2代个体剩余样品进行了2p染色体最末端5个标记的基因型测定，并对在第一次分析中有最高对数值的性状进行QTL分析。对数值从2.1到7.7，清楚证明该区域有一定主要QTL存在。表2介绍了相应3个基因型均值的ML分析及相应的残基多样性。双向染色体绘图在SSC2p和HSA11pter-q139，10之间建立了联系。对于人该区最少有2个系列侯补基因图谱肌源螺旋一环一螺旋因子，MgoD，位于HSA11p15.4位置，而Igf2到HSA11p15.5。MyoD图是肌肉发生的主要调控子，是发育期间打开的第一个功能肌生作用标记。以前所述的猪MyoD基因中扩增的序列多形态，证明在我们F2代动物中是分离的，基因型显示出精确对应于两个异源杂子基因型中点的表型值。这正是一些人预言的当对遗传QTL分析时，预期异源杂合子的后代一半继承了P等位基，另一半继承了LW等位基因。因此这些资料证明了我们关于一遗传基因从父本等位基因独特地表达的假设。在人和小鼠中观察到的鉴别的染色体片段和印刻区域相同这一现象暗示在猪中它是直向同源进化区域。文献记载至少该区域有7个遗传基因被记录(Igf2，Ins2，H19，Mash2，p57KIP2，kvLQTL1和TDAG51)。它们中(参考15和AndrewFeinberg，个人通信)仅有Igf2和Ins2是父本表达的。然而我们不能排除观察到的QTL作用是因为该区域的未鉴别的遗传基因的结构，在体内，体外肌生成作用的效果可能是Igf2，尤其是在转基因小鼠中由于肌肉专一启动子过量表达Igf2同时也观察到的肌肉过量表达是对该假设的支持。INSVNTR的，等位基因变异显示它和人出生时的大小有关，证明相同的VNTR影响Igf2表达的水平。在大白猪和野猪杂种中相同QTL效果的观察结果表明至少存在一系列三个功能上不同的等位基因。此外标记辅助分离分析基础上的初步证据表明在Pietrain群体中该位点有残基分离(数据未显示)。等位基因系列的存在在鉴别原因多态性时可能没什么价值，多态性是观察到作用效果的数量本质，这些多态性不可能是基因替代，而更象微小调控突变。识别的QTL对肌肉质量和脂肪沉积的作用是很主要的，尽管对于肉的品质没有相关的坏作用，但对CRC位点6.7有同等重要作用。我们估计这两个基因基因座解释Pietoain和大白猪杂交种在肌肉度和瘦肉度上50％的差别。对该位点亲本起源效果特征的理解有助于在育种中最好的利用。事实上，商业上普遍的Pietrain和大白猪杂交猪一半的后代遗传了大白猪引起损失的不良等位基因。本论文描述的QTL是家畜中基因影响肌肉发育的第2个例子，显示非孟德尔遗传模式的存在。事实上我们前面也证明该多态位点(与数量性状相关，其中肌肉是双倍的)特点通过极性超优势控制，其中仅仅从亲本那儿遗传了CLPG突变的异源合子个体表达双肌肉度表型。这表明由亲本起源作用影响产生性状的基因在家养动物中是相对普遍的。实施例3猪中IGF2参比序列和相邻位点的生成本发明提供了一定位于猪IGF2位点的对肌肉质量有巨大作用的遗传的QTL，并且用该QTL作工具用于标记辅助选择中。为在标记辅助选择中更好用QTL也为更好识别一原因突变，我们建立了一参比序列，该序列包括全部猪的IGF2序列和其相邻基因。为得到该序列，我们以IGF2为探针从猪BAC基因文库中筛到两个BAC。证明BAC-PIGF2-1含有INS和IGF2基因，而BAC-PIGF2-2含有IGF2和H19基因。NotI图谱和两个BAC的相对位置如图5所示。BAC-PIGF2-1用标准程序点扫描测序和自动测序仪测序。测序结果用标准软件处理，产生115个毗连群。相应序列见表6。在猪的毗连群和人的同向起源序列之间进行了相同的研究，检测到18个毗连群有显著、同源性，见图7。对BAC-PIGF-2，对BAC-PIGF2-1中没有的24kbNotI片段再克隆，用ELTN转座子方法和BAI自动仪序列进行了测序，测序结果用Phred-Phrap-consed程序处理，产生7个不同的毗连群(见图8)。毗连群序列和用GCG单位比较和点打印程序进行处理的人的同向起源序列进行了比较排列。相应结果见图9。实施例4IGF2和相邻基因座的DNA序列多态性的确定在实施例1描述的参比序列的基础上，我们对来源于Pietrain，大白猪和Boar野猪个体的基因组DNA的IGF2的部分和其相邻基因座进行了重新测序，使得可以对图10中报道的DNA序列多态性进行鉴定。图1野猪大白猪杂交种中第2号染色体QTL分析中获得的测试统计曲线。曲线代表的是F比率，它检测在染色体上一特定位置的单一QTL对特定性状的作用的特设。RosambiCentiMorgom标记之间的距离的标记图谱标记x-轴。纵座标表示基因组重要性(P＜0.05)，和猪胴腿肉内瘦肉性状水平；其它性状也有相似的重要阈值。图2特征性的肌肉过度生长的Pietrain猪。图3猪染色体2上测定肌肉质量和脂肪沉积的6个表型在Pietrain和大白猪杂交实验获得里的对数数值曲线。显示了微卫星标记绘图的连锁分析测定的Igf2和MyOD基因的最可能位置。H0指没有QTL的无义假设；H1指孟尔定律QTL的存在检测；H2指父本表达QTL的存在检测；H3指母本表达QTL的存在检测。3alog10(H1/H0)；3blog(H2/H0)；3clog(H3/H0)图4A.根据参考17的人类Igf2基因结构，以及参考16报道的猪成年肝cDNA序列进行对比排列。图中也示出nt241(G-A)转换位置和Swc9微卫星的位置。B.相应的标记用来证明10周龄的胚胎中骨骼肌和肝中Igf2的单一等位基因(父本)表达。nt421(G-A)多态性和基因组DNA中Swc9中微卫星的PCR扩增可清楚表明胚胎的异源性，而只有父本的等位基因在肝(nt421(G-A)和SWC9)和肌肉的cDNA中被检测出来。从一胚胎肌肉的nt421(G-A)RT-PCR产物的缺乏证明该组织中包括外显子2在内的mRNA的缺乏。胎儿等位基因的亲本起源由雌、雄性亲本的基因型决定(数据未显示)。图5一个NotI限制性图谱；表明了BAC-PIGF2-1(包括INS和IGF2基因)和BAC-PIGF2-2(包括IGF2和H19基因)的相对位置。图6从BAC-PIGF2-1中来的毗连群1至115的核酸序列，是用标准方法和自动测序仪点扫射测序。图7图6的猪毗连群和人的直向同源基因间的序列相似性。图8从BAC-PIGF2-2中来的毗连群1到7的核酸序列(在BAC-PIGF2-1中未存在的24kbNotI片段)，它们用EZ∷TN转座子方法和ABI自动测序仪亚克隆并测序。图9图8的猪的毗连群和人的直向同源基因间的序列相似性。图10从Pietrain，大白猪和Boar野猪分离的基因组DNA的IGF2和其邻基因位点的DNA序列多态性。参考文献实施例1中所引用的文献1.Andersson，L.等，负责猪生长及肥瘦的数量性状基因座的遗传作图，科学263，1771-1774(1994)。2.Knott，S.A.等，野猪和大白猪的杂交种中数量性状基因座的多重标记作图，遗传学149，1069-1080(1998)。3.Edfors-Lilja，I.等，负责猪的免疫能力的数量性状基因座的作图，免疫学杂志161，829-835(1998)。4.Andersson-Eklund，L.等，野猪和大白猪杂交种中负责胴体和肉的品质性状的数量性状基因座的作图，动物科学杂志76，694-700(1998)。5.Fronicke，L.，Chowdhary，B.P.，Scherthan，H.和Gustavsson，I.，猪和人基因座的对比图谱证实ZOO-FISH和基于基因作图的染色体同源性，哺乳动物基因组7，285-90(1996)。6.Alexander，L.J.等，含有微卫星体的68个猪粘粒和λ克隆的物理对比，哺乳动物基因组7，368-372(1996)。7.Rohrer，G.A.等，猪基因组的完整图谱，基因组研究6，371-391(1996)。8.Marklund，L.等，基于野猪-大白猪杂交种的猪完整连锁图谱，AnimGenet27，255-69(1996)。9.Marklund，L.，Nystrm，P.E.，Stem，S.，Andersson-Eklund，L.和Andersson，L.，猪4号染色体上负责肥瘦和生长的数量性状基因座，《遗传学》，出版中(1998)。10.Ohlsson，R.，Hedborg，F.，Holmgren，L.，Walsh，C.和Ekstrm，T.J.，人类发育中IGF2和H19表达的重叠图式双等位基因IGF2表达与H19表达的丧失相关，发育120，361-368(1994)。11.Ekstrm，T.J.，Cui，H.，Li，X.和Ohlsson，R.，人类肝发育过程中启动子特异性IGF2印记状态及其可塑性，发育121，309-316(1995)。12.Hemberger，M.等，H19和Igf2在小鼠脑中的神经外胚层衍生细胞中表达和差异印记，Dev.GenesEvol.208，393-402(1998)。13.Dunger，D.B.等，INSVNTR与出生时大小的相关性，自然遗传学19，98-100(1998)。14.DeChiara，T.M.，Robertson，E.J.和Efstratiadis，A.，小鼠胰岛素样生长因子II基因的亲代印记，细胞64，849-859(1991)。15.Sun，F.L.，Dean，W.L，Kelsey，G.，Allen，N.D.和Reik，W.，在Beckwith-Wiedemann综合征小鼠模型中Igf2的反式活化，自然389，809-815(1997)。16.Davies，J.L.等，人类I型糖尿病易感性基因的基因组范围内的搜索，自然371，130-136(1994)。17.O′Dell，S.D.等，中年男性中胰岛素样生长因子II(IGF2)基因中ApaI多态性及体重，国际肥胖杂志21，822-825(1997)。18.Falconer，D.S.和Mackay，T.F.C.，《数量遗传学导读》(朗文，英国，1996)。19.Hill，W.G.，来自新突变的固定的数量性状改变率，ProcNatlAcadSciUSA79，142-145(1982)。20.Marklund，S.等，家猪中显性白色表型的分子基础，基因组研究8，826-833(1998)。21.Kijas，J.M.H.等，黑皮质素受体1(MC1R)突变和猪皮毛颜色，《遗传学》，出版中(1998)。22.Beechey，C.V.，个人交流(1998)。23.Paquette，J.，Giannoukakis，N.，Polychronakos，C.，Vafiadis，P.和Deal，C.，INS5′可变数目串联重复与人中IGF2表达相关，生物化学273，14158-14164(1998)。24.Sambrook，J.，Fritsch，E.F.和Maniatis，T.，分子克隆实验手册(冷泉港实验室出版社，冷泉港，1989)。25.Chowdhary，B.P.，delaSena，C.，Harbitz，I.，Eriksson，L.和Gustavsson，I.，中期和间期染色体FISH证实猪中GPI，CRC和LIPE基因的物理顺序，细胞遗传学71，175-178(1995)。26.Green，P.，Falls，K.和Crook，S.，DocumentaionforCRIMAP，version2.4，(华盛顿大学医学院，圣路易斯，密苏里，1990)。27.Haley，C.S.，Knott，S.A.和Elsen，J.M.，用最小平方在野外品系杂交种中作图数量性状基因座，遗传学136，1195-1207(1994)。28.Churchill，G.A.和Doerge，R.W.，数量性状作图的经验阈值，遗传学138，963-971(1994)。29.匿名。SASversion6.10，(SAS学院公司，Cary，NC.，1990)。实施例2中所引用的文献1.Fuji，J.；Otsu，K.；Zorzato，F.；Deleon，S.；Khanna，V.K.；Weiler，J.E.O′Brien，P.J.；MacLennan，D.H.(1991)，与恶性过高热相关的猪ryanodine受体突变的鉴别，科学253448-451。2.MacLennan，D.H.和Phillips，M.S.(1993)，恶性过高热，科学256789-794。3.Grobet，L.；RoyoMartin，L.J.；Poncelet，D.；Pirottin，D.；Brouwers，B.；Riquet，J.；Schoeberlein，A.；Dunner，S.；Ménissier，F.；Massabanda，J.；Fries，R.；Hanset，R.；Georges，M.(1997)，肌抑制素基因的缺失导致牛中双重肌，自然遗传学1771-74。4.Andersson，L.；Haley，C.S.；Ellegren，H.；Knott，S.A.；Johansson，M.；Andersson，K.；Andersson-Eklund，L.；EdforsLilja，I.；Fredholm.M.；Hansson，I.；Hhansson，J.；Lundstrm，K.(1994)，负责猪生长及肥瘦的数量性状基因座的遗传作图，科学2631771-1774。5.Cockett，N.；Jackson，S.；Shaw，T.；Famir，F.；Berghmans，S.；Snowder，G.；Nielsen，D.；Georges，N.(1996)，绵羊callipyge基因座的极性过显性，科学273236-238。6.Hanset，R.；Dasnois，C.；Scalais，S.；Michaux，C.；Grobet，L.(1995)，在Pietrain×大白猪F2中负责三氟溴氯乙烷敏感性和行为的基因座的基因型，Genet.Sel.Evol.2763-76。7.Hanset，R.；Dasnois，C.；Scalais，S.；Michaux，C.；Grobet，L.(1995)，负责三氟溴氯乙烷敏感性的基因座的正常等位基因渗入Pietrain基因组，Genet.Sel.Evol.2777-88。8.Olivier，L.；Lauvergne，J.J.(1967)，Pietrain猪的肌肉过度生长的遗传研究，AnnalesdeMédecineVétérinaire111104-109。9.Rettenberger，G.；Klett，C.；Zechner，U.；Kunz，J.；Vogel，W.；Hameister，H.(1995)，通过异源染色体着色观察人类和猪之间同线性的保守，Genomics26372-37810.Goureau，A.；Yerle，M.；Schmitz，A.；Riquet，J.；Milan，D.；Pinton，P.；Frelat，G.；Gellin，J.(1996)，用双向染色体着色证实的人和猪染色体区段的相关性，Genomics36252-262。11.Yun，K.；Wold，B.(1996)，骨骼肌的确立和分化核心调控网及其内容，细胞生物学现有见解8877-889。12.Knoll，A.；Nebola，M.；Dvorak，J.；Cepica，S.(1997)，在猪MYOD1(MYF3)基因座的内含子1中DdeIPCRRFLP的检测，动物遗传学28，308-322。13.Florini，J.R.；Ewton，D.Z.；McWade，F.J.(1995)，IGF，肌肉生长及肌发生，糖尿病综述373-92。14.Catchpole，I.R.；Engstrm，W.(1990)，猪胰岛素样生长因子IIcDNA的核苷酸序列，核酸研究18(21)6430。15.Feil，R.；Moore，T.F.；Oswald，J.；Walter，J.；Sun，F.；Reik，W.(1997)。印记的胰岛素样生长因子2基因，Pp70，《基因组印记》，Reik和Surani编辑，IRL出版社，牛津大学出版社。16.Dunger，D.B.；Ong，K.K.L.；Huxtable，S.J.；Sherriff，A.；Woods，K.A.；Ahmed，M.L.；Golding，J.；Pembrey，M.E.；Ring，S.；ALSPAC研究组，Bennett，S.T.；Todd，J.A.(1998)，INSVNTR与出生时大小的相关性，自然遗传学1998-100。17.PaquetteJ，GiannoukakisN，PolychronakosC，VafiadisP，DealC.(1998)，INS5′可变数目串联重复与人中IGF2表达相关，生物化学杂志273(23)14158-14164。18.Andersson-Eklund，L.；Marklund，L.；Lundstrm，K.；Haley，C.S.；Andersson，K.；Hansson，I.；Moller，M.；Andersson，L.(1998)，野猪和大白猪杂交种中负责胴体和肉的品质性状的数量性状基因座的作图，动物科学杂志76694-700。19.Rohrer，G.A.；Alexander，L.J.；Hu，Z.；Keele，J.W.；Smith，T.P.；Beattie，C.W.(1996)，猪基因组完整图谱，基因组研究，出版中。20.Georges，M.；Nielsen，D.；Mackinnon，M.；Mishra，A.；Okimoto，R.；Pasquino，A.T.；Sargeant，L.S.；Sorensen，A.；Steele，M.R.；Zhao，X.；Womack，J.E.；Hoeschele，I.(1995)，通过开发子代测试定位控制乳汁产生的数量性状基因座，遗传学139907-920。21.Baron，H.；Fung，S.；Aydin，A.；Bahring，S.；Luft，F.C.；Schuster，H.(1996)，用于诊断家族性高胆固醇血症的寡核苷酸连接分析(OLA)，Nat.Biotechnol.14(10)1279-1282。22.Lander，E.；Green，P.(1987)，人类多基因座遗传连锁图的构建，ProceedingsofNationalAcademyofScience(USA)842363-2367。23.Lalouel，J.M.(1983)，功能的优化，Contrib.Epidemiol.Biostat.4235-259。24.Lander，E.S.和Botstein，D.(1989)，用RFLP连锁图定位数量性状中的孟得尔因子，遗传学121185-199。25.SpelmanRL，CoppietersW，KarimL，vanArendonkJAM，BovenhuisH(1996)，荷兰Holstein-Friesian人群的6号染色体上5个乳汁产生性状的数量性状基因座分析，遗传学1441799-1808。26.Chirgwin，J.M.；Przybyla，A.E.；MacDonald，R.J.；Rutter，W.J.(1979)，从富含核糖核酸酶的来源中分离生物学活性核糖核酸，生物化学185294-5299。表1野猪×大白猪杂交种中猪染色体2的QTL分析概述性状F比率2图谱最小平方平均值5QTL印记位置3F2方差百分率4WP/WMWP/IMIP/WMLP/LMn＝62n＝43n＝43n＝30身体组成性状猪胴腿中瘦肉，％24.4***19.1***030.663.6a64.2a66.4b67.3b猪胴腿中瘦肉质量，kg18.1***16.8***124.34.69a4.72a4.94b5.02b瘦肉+背骨，％12.2**9.6**017.466.3a66.7a69.3b70.8b最长肌面积，cm210.3**4.8*115.431.9a33.0a34.5b35.2b脂肪性状背部脂肪平均厚度，mm7.1*8.7**010.427.2a27.7a25.5b24.7b内部器官重量心脏，克9.7**11.4***014.4226a225a238b244b肌肉质量性状反射度值，EEL5.76.1*18.118.6a18.4a21.8b19.7a*P＜0.05；**P＜0.01；***P＜0.001表1(续)1仅包括QTL峰在IGF2区(0-10cM)以及试验统计到达标准显著阈值F＝3.9的性状。2“QTL”是在具有添加、显性和印记作用(3d.f.)的遗传模型中存在QTL的试验统计，而“印记”是存在印记作用(1d.f.)的试验统计，两者均是在QTL峰位置获得。由畸形估计的基因组显著阈值用于QTL测试，而标准显著阈值用于印记测试。3以距离2p远末端的cM表示；IGF2位于0.3cM。4根据群体及每一等位基因的亲本来源分类基因型而估计的IGF2基因座的平均值和标准误差。W和L分别代表来自野猪和大白猪建立者的等位基因；上标P和M分别代表父本和母本来源。具有不同字母(上标a和b)的数字以至少5％的水平显著不同，大多数以1％或0.1％水平不同。表2不同F2基因型的最大可能性(maximumlikelihood)表型平均值(i)孟德尔QTL模型，(ii)推测具有印记QTL的模型权利要求1.选择具有所需的基因型性质的家养动物的方法，该方法包括检测所述动物中有亲本印记的数量性状基因座(QTL)的存在。2.如权利要求1的方法，还包括检测来自所述动物的核酸样品是否存在亲本印记的数量性状基因座(QTL)。3.如权利要求1或2的方法，其中在猪中所述QTL位于第2号染色体。4.根据权利要求2或3的方法，其中所述QTL大致位于2p1.7图谱位置。5.如权利要求1到4的方法，其中所述QTL与所述动物潜在的肌肉质量和/或脂肪沉积有关。6.如权利要求5的方法，其中所述QTL包括至少一部分胰岛素样生长因子2(IGF2)基因。7.如权利要求1到6任一项的方法，其中在猪中，所述QTL包括特征为nt241(G-A)或Swc9的标记，如图4所示。8.如权利要求1到7的任一项的方法，其中所述QTL的一父本等位基因在所述动物中优势表达。9.如权利要求1到7的任一项的方法，其中所述QTL的一母本等位基因在所述动物中优势表达。10.一种分离的和/或重组的核酸，包括亲本印记的数量性状基因座(QTL)或其功能片段。11.一种分离的和/或重组的核酸，包括合成的亲本印记的数量性状基因座(QTL)，它由至少一条染色体衍生而来，或是其功能片段。12.如权利要求10或11的核酸，其至少部分从Susscrofa染色体衍生而来。13.如权利要求要求12的核酸，其中所述核酸至少部分衍生自Susscrofa染色体2，优选地衍生自大致图谱位置2p1.7的区域。14.如权利要求10到13任一项的核酸，其中所述QTL与所述动物的潜在肌肉质量和/或脂肪沉积有关。15.如权利要求10到14任一项的核酸，其中所述QTL包括至少一部分胰岛素样生长因子2(IGF2)基因。16.如权利要求10到15任一项的核酸，其中所述QTL的一父本等位基因能够优势表达。17.如权利要求10到16任一项的核酸，其中所述QTL的一母本等位基因能够优势表达。18.如权利要求10的核酸或其衍生片段在权利要求1-9任一项的方法中的应用。19.如权利要求18的应用，其用于选择具有所需的基因型或潜在表型性质的育种动物或屠宰动物。20.如权利要求19所述的应用，其中所述性质与肌肉质量和/或脂肪沉积有关。21.根据权利要求18到20所述的应用选择的动物如猪。22.如权利要求21所述的动物，其特征是优选地位于Susscrofa第2号染色体的2p1.7大致位置处的一父本印记的QTL中的一个等位基因是纯合的。23.如权利要求21或22所述的动物，其中所述QTL与猪的潜在肌肉质量和/或脂肪沉积有关，和/或其中所述QTL包括至少一部分胰岛素样生长因子2(IGF2)等位基因。24.包括权利要求11到16任一项的核酸的转基因动物。25.如权利要求21到24任一项所述的动物，它是雄性的。26.根据权利要求21到25任一项的动物衍生的精液或胚胎。27.根据权利要求26所述的精液或胚胎在屠宰动物育种中的应用。全文摘要本发明涉及选择具有需要的基因型或潜在的表型特征,尤其是与肌肉重量和/或脂肪沉积相关的特征的育种动物或屠宰动物的方法。本发明提供了选择具有需要的基因型或潜在的表型特征的猪的方法,所述方法包括检测来自所述猪的样品中定位于Susscrofa染色体2的图谱位置2p1.7处的数量性状基因座(QTL)的存在。文档编号A01K67/027GK1361830SQ99816191公开日2002年7月31日申请日期1999年12月16日优先权日1998年12月16日发明者莱夫·安德松,米歇尔·乔治,海尔特·斯平斯马耶,卡里纳·达尼埃尔·安德烈·内热尔申请人:列日大学,梅利卡公司,西格斯基因泰克股份有限公司