鉴定肿瘤的制作方法

专利名称：鉴定肿瘤的制作方法
技术领域：
本发明涉及利用基因表达对人肿瘤进行分类。可利用50种以上与特定组织产生的肿瘤相关以及与特定肿瘤类型相关的表达序列的基因表达概况或模式进行此分类。本发明也提供50种以上其表达与各种癌症的组织来源和肿瘤类型相关的特定基因序列的应用。可用所述基因表达概况，无论是核酸表达、蛋白质表达或其它表达形式均可用于测定含细胞的样品是否含有某组织类型或组织来源的肿瘤细胞，从而可更精确地鉴定获得该样品是对象的癌症及其治疗(效果)和预后。
发明概述本发明涉及利用检测基因表达对获自临床对象的含细胞样品，例如福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品中的肿瘤进行分类或鉴定。本发明能使必须进行临床FFPE样品检验的医院和其它实验室在其面临的现实条件下进行肿瘤分类。本发明也可应用于其它样品，例如未经处理或几乎未处理或最小限度处理(例如只是降低温度非冷冻的简单保藏)的新鲜样品和冷冻样品。所述样品可以是原发肿瘤样品或另一肿瘤转移所产生的肿瘤。或者，样品可以是细胞学样品，例如但不限于血液样品中的细胞。在肿瘤样品的一些情况中，所述肿瘤尚未经传统病理学技术分类，而是经初步分类(但需要验证)，或者已归类为“未知原发癌症”(CUP)或“未知来源的肿瘤”(TUO)或“未知的原发肿瘤”。鉴于用标准技术进行分类估计存在5-10％的错误，因而特别需要验证。因此，本发明可视作提供了癌症鉴定的方法或CID。
在本发明的第一方面，利用50种以上表达序列的基因表达概况或模式进行此分类。可利用基因表达概况，无论是核酸表达、蛋白质表达或基因表达的其它标记均可用于测定含细胞的样品是否含有某组织类型或组织来源的肿瘤细胞，从而可更精确地鉴定获得该样品的对象的癌症及其治疗(效果)和预后。
在一些实施方案中，本发明用于对临床上至少34种或至少39种肿瘤进行显著精确地分类。本发明部分依据惊人且出乎意料地发现人基因组中50种以上表达序列能以有意义方式对至少34种或至少39种肿瘤及其那些肿瘤亚组进行分类。换言之，本发明部分依据发现无需利用督导学习(supervised learning)即可鉴定其表达的与不同肿瘤类型相关的基因序列。因此，本发明部分基于认识到利用任意50种以上表达序列，甚至这些表达序列的随机组合能将细胞分类为某组织或组织来源的肿瘤细胞，所以可用于分类。
在另一方面，本发明通过测定50种以上转录序列的表达水平，然后将含细胞的样品分类为含有多种(两种以上)肿瘤类型的肿瘤细胞而将含细胞的样品分类为含某组织类型或来源的肿瘤细胞。为分类至少34种到至少39种肿瘤及其亚组，可利用少至任意50种表达序列以有意义方式分类。本发明也部分依据以下观察即所述表达序列无需是那些表达水平与任何一种肿瘤明显或高度相关(直接相关或通过与另一序列相关而间接相关)的序列。因此，在另一实施方案中，本发明利用其表达水平不与具体肿瘤样品的实际类型强烈相关的基因，例如所述50种以上转录序列之一的表达水平。所有选择的基因可以是如此非相关的，或者只是这些基因的一部分，通常至少是90％、85％、75％、50％或25％可以是非相关的，以及属于上述任意两个百分点作为端点的某范围内的各部分可以非相关。
可通过测定基因序列的表达水平来实施本发明，所述序列无需根据其表达水平与待分类肿瘤类型的相关性而选择。因此，作为非限制性例子，这些基因序列无需根据其与肿瘤类型的相关性值或基于该相关性值的排序而选择。此外，可利用不一定与一种或多种用于分类的其它基因表达水平相关的基因表达水平来实施本发明。因此，在其它实施方案中，某表达序列的表达水平在分类中的功能与用于分类的至少一种其它基因表达水平能力相比不是多余的(即，独立于)。
可用本发明鉴定各种病例患者的癌症来源包括但不限于鉴定临床上癌症的来源。在一些实施方案中，通过对已知含有癌细胞，但其来源未知的含细胞样品进行分类作鉴定。在其它实施方案中，通过将含细胞样品分类为含有一种或多种癌细胞，然后鉴定各种癌细胞来源进行这种鉴定。在还有的实施方案中，用以前有癌症病史的对象样品来实施本发明，通过将细胞分类为以前来源的或新来源的癌症进行所述鉴定。其它实施方案包括在同一器官或组织中发现多种癌症时，用本发明测定各癌症的来源以及这些癌症是否是同一来源。
本发明也部分依据发现可用特定基因序列的表达水平对肿瘤类型进行分类比用基因序列随机组的表达水平更精确。在一个实施方案中，本发明利用人基因组中的第一组50-74种表达序列的表达水平可对至少34或至少39种肿瘤进行显著精确地分类。因此，本发明根据与所述至少34或39种肿瘤相关的50-74种表达序列提供了基因表达模式(或概况或“签名”)的鉴定及其应用。本发明也利用这些表达序列的50-74种对所述34或39种肿瘤的亚组进行分类。取决于肿瘤类型的数目，可实现80％以上到100％的精确度。
在另一实施方案中，本发明利用人基因组中的第二组50-90种表达序列的表达水平可对至少34或至少39种肿瘤进行显著精确地分类。第二组中的38种序列存在于第一组的74种序列中。第二组中的50-90种序列可以和第一组的74种序列所述的相同方式使用。取决于肿瘤类型的数目，可实现约75％到约95％的精确度。
本发明也部分依据发现利用50种以上表达序列对53种肿瘤(包括但不限于本文所述的34和39种类型)进行分类受限于某些肿瘤类型的可获得样品数。如下所述，精确度与各肿瘤类型的可获得样品数有关，故而通过增加各肿瘤类型(样品)的数目不难实现对其它肿瘤类型的分类。因此，虽然以在34或39种肿瘤以及所述34或39种肿瘤的亚组分类中的应用为例说明了本发明，但也可用50种以上表达序列对含有其它肿瘤类型样品的所有肿瘤类型进行分类。因此，本发明也可用于对本文所述34或39种类型以外的肿瘤进行分类。
本发明依据一组源自不同组织或不同肿瘤类型的已知肿瘤细胞中所述基因序列的表达水平。无论采取核酸表达、蛋白质表达或其它表达形式，可将这些基因表达的概况(不同的已知肿瘤细胞/类型中所述基因序列的表达概况)与未知肿瘤样品中相同序列的表达水平作比较从而将样品鉴定为具体类型和/或具体来源或肿瘤细胞类型。本发明的优点在于(例如在临床上)可更精确地鉴定癌症进而治疗该癌症以及对获得该样品的对象作预后判断(包括存活率和/或治疗后癌症复发的可能性)。
本发明还部分依据发现利用本文所述50种以上表达序列能将两种以上肿瘤进行所需分类同时有效地将一种或多种肿瘤剔除在考虑范围外。这反映了无需选择其表达水平与该分类系统范围内所有肿瘤类型高度相关的基因。换言之，可利用其表达水平不与待分类肿瘤组中单种或多种肿瘤高度相关的多种基因来实施本发明。这与依据选择和利用高度相关基因的其它方法相反，与基于正相关将某肿瘤“归类”相反，此方法可能不会“排除”其它肿瘤类型。
将某肿瘤样品分类为本文所述可能的肿瘤类型之一而排除其它肿瘤类型当然要根据下述可信度水平进行。当可信度水平低，或者优选可信度水平提高时，可就具体组织来源或细胞类型水平对样品的肿瘤作出简单分类。或者当不易将某肿瘤样品归类为单一肿瘤类型时，本发明可将该样品分类为本文所述少数可能的肿瘤类型之一。本方法的优点在于能减少获得该样品的患者选择和给予治疗时要考虑的组织、细胞和肿瘤可能类型的数量。
因此，本发明提供了一种鉴定患病对象的一种或多种癌症组织来源和/或肿瘤类型的非主观方法。以前曾用主观解释来确定组织来源和/或肿瘤类型以及根据这种确定来判断癌症预后和/或进行治疗，本发明提供了可单独或与主观标准联用的客观基因表达模式对癌症类型作更精确的鉴定。本发明特别可用于继发性或转移性肿瘤的样品，但也可用于任何含细胞样品(包括原发性肿瘤样品)，对其组织来源和/或肿瘤类型也优选通过客观标准确定。当然，可联合客观与非客观(或主观/部分主观)标准作出最终确定。
本发明可用作患者的临床或医学护理的一部分。因此，除了用本文所述基因的表达概况来检验患癌症对象的含细胞样品以确定癌症的组织来源和/或肿瘤类型外，也可用该表达概况确定对象癌症预后方法的一部分。可用肿瘤/癌症的分类和/或预后来选择或决定或改变所述对象的治疗方案。因此，本发明分类方法可涉及针对全部或部分根据该分类作出诊断的疾病治疗。根据该诊断，可采用给予合适的抗肿瘤药物或疗法，或者维持或改变抗肿瘤药物或疗法来治疗癌症。
其它临床方法包括根据本文所述分类为患者提供医学护理的方法。在一些实施方案中，这些方法涉及根据所述基因序列的表达水平提供诊断服务(包括或不包括对样品中细胞分类水平的解释)。在一些实施方案中，先确定(是否)需要服务再提供本发明诊断服务的方法。在其它实施方案中，所述方法包括监测服务的执行情况以及为服务行为要求或接收支付(费用)的行为。
本发明一个或多个实施方案的细节见附图与以下描述。本发明的其它特征和优点将通过附图和详述以及权利要求得以明白。
定义本文所用的“基因”是编码分离产物(无论本质上是RNA还是蛋白质)的多核苷酸。应知道一种以上多核苷酸能编码一种分离产物。根据染色体位置和在正常有丝分裂期间重组的能力，该术语包括编码同一产物的某基因的等位基因和多态性基因，或其功能上相关(包括功能的得到、丧失或调节)的类似物。
本文所用的“序列”或“基因序列”是由不连续的核苷酸碱基序列组成的核酸分子或多核苷酸。该术语包括编码分离产物(无论本质上是RNA还是蛋白质)的碱基序列(即“编码区”)。应知道一种以上多核苷酸能编码一种分离产物。也应知道人基因序列可能存在等位基因和多态性基因，但可用其实施本发明来鉴定所述基因序列或其等位基因或多态性基因的表达水平。鉴定等位基因或多态性基因部分取决于染色体位置和有丝分裂期间重组的能力。
术语“相关”或“相关性”或其等价术语指一种或多种基因的表达与另一事件，例如但不限于生理表型或特征，如肿瘤类型相关联。
“多核苷酸”是任何长度的多聚形式核苷酸，无论是核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸。此术语只表示该分子的一级结构。因此，此术语包括双链和单链DNA和RNA。也包括已知类型的修饰，包括本领域已知的标记，甲基化，“加帽”，用类似物取代一个或多个天然产生的核苷酸，核苷酸间修饰，如不带电荷的连接键(，例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)以及多核苷酸的未修饰形式。
广义使用的术语“扩增”表示产生可利用DNA或RNA聚合酶酶法制备的扩增产物。本文所用的“扩增”一般指产生所需序列(特别是样品中的序列)多份拷贝的过程。“多份拷贝”指至少两份拷贝。“拷贝”不一定表示与模板序列完美互补或相同的序列。本领域一般知道扩增RNA的方法，包括逆转录PCR(RT-PCR)、定量PCR(或Q-PCR)或实时PCR。或者，可采用本领域已知的方法将RNA直接标记(labeled)为相应的cDNA。
“相应”表示某核酸分子与另一核酸分子具有基本数量的序列相同性。基本数量表示至少95％、、通常至少98％、更常见至少99％，序列相同性采用Altschul等，(1990)，J.Mol.Biol.，215403-410所述的BLAST算法测定(采用公布的默认设置，即参数w＝4，t＝17)。
“微阵列”是各具有确定面积的各不连续区域在固体支持物(例如但不限于玻璃、塑料或合成膜)的表面上形成的线性或两维或三维(和固相)阵列。一块固相支持物表面上待检测的固定多核苷酸总数决定了微阵列上分离区域的密度，例如至少约50/cm2、至少约100/cm2、或至少约500/cm2、最多约1,000/cm2以上。这些阵列总共可含有少于约500、约1000、约1500、约2000、约2500或约3000个固定的多核苷酸。本文所用的DNA微阵列是用于和样品中扩增或克隆的多核苷酸杂交，置于芯片或其它表面上的寡核苷酸或多核苷酸阵列。由于阵列中具体各组探针的位置已知，可根据样品多核苷酸与微阵列中具体位置的结合来测定它们的身份(identity)。作为微阵列的替代方法，可利用任何大小的阵列来实施本发明，包括在固体支持物的二维或三维配置中安排一个或多个位置来检测某种基因序列的表达。在一些实施方案中，可通过光版印刷技术(例如在表面上从3’末端合成核酸探针)或先合成核酸再沉积到固体表面来制备本发明所用的微阵列。
由于本发明依赖对基因表达的鉴定，本发明的一些实施方案通过使样品细胞的mRNA或其扩增或克隆序列与某特定基因序列的独特多核苷酸杂交来测定其表达。此类多核苷酸含有未在其它基因序列中发现的某基因序列的至少约16、至少约18、至少约20、至少约22、至少约24、至少约26、至少约28、至少约30或至少约32个连续碱基对。以上句子中使用的术语“约”指从所述数值加减1。其它实施方案是未在其它基因序列中发现的某序列的至少或约50、至少或约100、至少约或150、至少或约200、至少或约250、至少或约300、至少或约350、至少或约400、至少或约450或至少或约500个连续碱基。以上句子中使用的术语“约”指从所述数值加减10％。较长的多核苷酸当然可能含有不影响核酸与样品杂交的少许错配(例如，存在突变所致)。这种多核苷酸也可称为能与本文所述基因的序列或其独特部分杂交的多核苷酸探针。可标记这种多核苷酸从而有助于检测它们。这些序列可以是所述基因编码的mRNA序列，这种mRNA的相应cDNA和/或其扩增序列。在本发明的一些实施方案中，所述多核苷酸探针固定在阵列、其它固体支持装置上，或固定在定位探针的各个点中。
在本发明的其它实施方案中，可通过以下方法扩增与检测某基因的所有或部分序列，所述方法例如有聚合酶链式反应(PCR)及其变化形式，例如但不限于定量PCR(Q-PCR)、逆转录PCR(RT-PCR)和实时PCR(包括检测样品中各序列的mRNA拷贝初始含量的方法)，任选实时RT-PCR或实时Q-PCR。这些方法可利用一种或两种与某基因序列的各部分互补的引物，这些引物用于引发核酸合成。新合成的核酸任选作标记，可直接检测或通过与本发明多核苷酸杂交来检测。可使新合成的核酸在杂交条件下与本发明多核苷酸(含有各序列)接触。其它检测表达核酸的方法包括RNA酶保护试验，包括液相杂交和细胞原位杂交。
或者，在本发明的其它实施方案中，可用感兴趣细胞样品或对象体液中各基因产物(蛋白质)或其蛋白水解片段的一个或多个表位具有特异性的一种或多种抗体来分析所述细胞样品中表达的蛋白质进而测定基因表达。细胞样品可以是从对象血液富集的乳腺癌上皮细胞之一，例如可用抗细胞表面标记的标记抗体然后通过荧光激活细胞分选(FACS)。可标记这些抗体使其在与基因产物结合后能检测它们。适用于实施本发明的检测方法包括但不限于含细胞的样品或组织的免疫组织化学、酶联免疫吸附测定(ELISA)，包括含细胞的组织或血液样品的抗体夹心试验、质谱和免疫-PCR。
术语“标记”或“标记的”指能产生表示标记分子存在的可检测信号的组合物。合适的标记物包括放射性同位素、核苷酸生色团、酶、底物、荧光分子、生物发光部分、磁性颗粒、生物发光部分等。因此，标记物是可通过光谱、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学方法检测的任何组合物。
术语“支持物”指常规支持物，例如珠、颗粒、浸渍片、纤维、滤膜、膜、和硅烷或硅酸盐支持物，例如载玻片。
“表达”和“基因表达”包括核酸物质的转录和/或翻译。
本文所用的术语“包含”及其同源词以它们的含意使用；即，与术语“包括”及其相应的同源词等价。
“允许”某事件发生的条件或“适合于”某事件发生的条件，例如杂交、链延伸等，或者“合适”的条件是不会阻止这种事件发生的条件。因此，这些条件可允许、增强、有助于和/或有益于该事件。本领域已知的与本文所述的这些条件取决于，例如核苷酸序列的性质，温度和缓冲液条件。这些条件也取决于所需要的事件，例如杂交、切割、链延伸或转录。
本文所用的序列“突变”指与参比序列相比，感兴趣的本文所述基因的序列中任何的序列改变。序列突变包括因诸如取代、缺失或插入机制所造成的序列中单个核苷酸改变或多个核苷酸改变。单核苷酸多态性(SNP)也是本文所用的一种序列突变。因为本发明依据基因表达的相对水平，所以也可检验本文所述基因的非编码区中的突变来实施本发明。
“检测”包括任何检测方式，包括直接或间接测定基因表达的水平及其变化。
除非另有定义，本文所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员共同理解的相同意义。
附图简述

图1显示可用一组100种表达基因序列的若干亚组表达水平对39种肿瘤及其亚组进行分类的能力图。该100种序列中的50、55、60、65、70、75、80、85、90、95和100种的随机组合的表达水平(各取样10次)与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2-39种类型的各组随机测试肿瘤样品(各取样10次)。肿瘤类型数目与用50-100种基因所得结果的预测性精确度绘制的图以非限制性例子显示。精确度一般随着基因序列数目增加而升高，当50种基因序列与约20种以上肿瘤类型联用时导致精确度显著降低。
图2显示了图1所用数据的另一种表现形式。显示所用基因序列的数目(50-100)与肿瘤类型不同代表性数目的预测精确度绘制的图。图中的线条从顶端到底端分别是对2、10、20、30和39种肿瘤型的(预测)结果。
图3显示了用第一组74种基因序列和第二组90种基因序列分类不同数目肿瘤类型时的性能。总体上，两组的精确度非常相似，对约28种以上(最多39种)肿瘤分类时，74种基因序列的组显示精确度明显较高。
图4显示可用第一组74种表达基因序列的全部或部分的表达水平对39种肿瘤及其亚组进行分类的能力图。50、55、60、65和70种的随机组合(各取样10次)以及所有74种序列的表达水平与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2-39种类型的各组随机测试肿瘤样品(各取样10次)。肿瘤类型数量与用50-74种基因所得结果的预测精确度绘制的图以非限制性例子显示。精确度一般随着基因序列数目增加而升高，利用74种基因明显可提供最高的精确度，当50种基因序列与约20种以上肿瘤类型联用时产生最低的精确度。
图5显示了图4所用数据的另一种表现形式。显示所用基因序列的数目(50-74)与肿瘤类型不同代表性数目的预测精确度绘制的图。图中的线条从顶端到底端分别是2、10、20、30和39种肿瘤的(预测)结果。
图6显示可用一组90种表达基因序列的各亚组的表达水平对39种肿瘤及其亚组进行分类的能力图。50、55、60、65、70、75、80和85种的随机组合(各取样10次)以及所有90种序列的表达水平与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2-39种类型的各组随机测试肿瘤样品(各取样10次)。肿瘤类型数目与用50-90种基因所得结果的预测精确度绘制的图以非限制性例子显示。精确度一般随着基因序列数目增加而升高，当50种基因序列与约20种以上肿瘤类型联用时产生的精确度显著降低。
图7显示了图6所用数据的另一种表现形式。显示所用基因序列的数目(50-90)与肿瘤类型不同代表性数目的预测精确度绘制的图。图中的线条从顶端到底端分别是2、10、20、30和39种肿瘤类型的(预测)结果。
图8A-8D显示了对本文所述肿瘤类型以及其它已知肿瘤类型进行分类的“树结构”。它是主要根据《癌症，本体论的原理与实施》(Cancer，Principlesand Practice of Oncology)，(DeVito，Hellman和Rosenberg)，第六版构建。因此，以“未知来源的肿瘤”(或“tuo”)开始，第一种可能性是它是生殖细胞或非生殖细胞来源。如果是前者，肿瘤可能是卵巢或睾丸来源。在睾丸来源中，肿瘤可能是精原细胞瘤来源或“其它”来源。
如果肿瘤是非生殖细胞来源，可以是上皮细胞或非上皮细胞来源。如果是前者，则可以是鳞状或非鳞状来源。鳞状来源肿瘤是宫颈、食管、喉、肺或皮肤来源。非鳞状来源肿瘤是膀胱、乳腺、类癌-肠、胆管癌、消化道、肾脏、肝脏、肺、前列腺、生殖系统、皮肤基底细胞或甲状腺-滤泡-乳头来源。在消化道来源类型中，肿瘤是小肠和大肠、胃-腺癌、胆管、食管、胆囊和胰腺来源。食道来源肿瘤可以是巴雷特食管或腺癌类型。生殖系统来源肿瘤可以是宫颈腺癌类型、子宫内膜肿瘤或卵巢来源。卵巢来源肿瘤是透明(细胞)、浆液(细胞)、黏液(细胞)和子宫内膜类型。
如果肿瘤是非上皮来源，则是肾上腺、脑、GIST(胃肠基质肿瘤)、淋巴瘤、脑膜瘤、间皮瘤、肉瘤、皮肤黑色素瘤或甲状腺-髓质来源。就淋巴瘤而言，有B细胞、何杰金或T细胞类型。就肉瘤而言，有平滑肌肉瘤(leimyosarcoma)、骨肉瘤、软组织肉瘤、软组织MFH(恶性纤维组织细胞瘤)、软组织滑膜肉瘤、软组织尤因肉瘤、软组织纤维肉瘤和软组织横纹肌肉瘤类型。
本发明实施方式详述本发明提供利用基因表达信息以比常规病理学技术可能更客观的方式对肿瘤进行分类的方法。本发明部分根据用随机减少基因序列的数目可将肿瘤样品分类为多种肿瘤类型(例如，下文和2004年6月4日提交的美国临时申请60/577,084中所述的34种肿瘤类型)之一的结果。如以下实施例所述，通过除去在所用样品中显示低或恒定信号的基因而在较大组中过滤获得的总共16,948种基因，用于交互验证和预测精确度。从该总数中选择50、100、150、200、250、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1400、1600、1800、2000、2200、2400、2600，2800、3000种以上基因的100种随机组合，用于本文所述的分类。
因此，在第一方面，本发明提供将含细胞的样品分类为包含某类型组织(或来自某类型组织)或某组织来源的肿瘤细胞。该方法包括测定或检测得自对象的含细胞样品中细胞的50种以上转录序列的表达水平，根据所述序列的表达水平将该样品从多种肿瘤类型中分类为含有某类型组织的肿瘤细胞。本文所用的“多种”指两种以上。
在本发明的一些实施方案中，超过50％所述转录序列的表达与所述转录序列的另一序列表达无关；和/或所述50种以上的转录序列不是根据利用已知肿瘤样品进行的督导学习，而是根据它们的表达与所述多种肿瘤类型之间的相关性水平，或者根据它们的表达与所述多种肿瘤类型之间的相关性中它们的排序来选择。
可根据所述50种以上转录序列在样品细胞中的表达水平与它们在已知肿瘤样品和/或已知的非肿瘤样品中的表达水平作比较进行分类。或者，与(或根据)在已知肿瘤样品和/或已知的非肿瘤样品中进行的同一比较相比，可根据在同一样品中所述50种以上转录序列的表达水平与参比序列的表达水平相比较进行分类。因此，作为一非限制性例子，可测定一组已知肿瘤样品中所述基因序列的表达水平以提供数据库，将其与对象的含细胞样品所检测或测定到的表达水平作比较。也可将样品中基因序列的表达水平与所述序列在正常或非癌性细胞(优选得自同一样品或对象)中的表达水平作比较。如下文和采用Q-PCR或实时Q-PCR的本发明实施方案中所述，可将所述表达水平与同一样品中参比基因的表达水平作比较，或者可利用表达水平的比例。
可随机选用50种以上基因序列，或根据各种标准选择。作为一非限制性例子，可根据无督导学习(unsupervised learning)选择所述基因序列，包括簇集技术。作为另一非限制性例子，选择可以是降低或除去它们分类肿瘤类型能力的冗余度。例如，可根据其表达与用于分类的一种或多种其它基因序列的表达之间缺乏相关性来选择基因序列。这可通过评估多个样品的表达数据组中各基因的表达水平与该数据组中其它各基因序列的表达水平的相关性，产生相关系数的相关矩阵来实现。这些相关性的测定可直接比较各对基因序列之间的表达，或者不直接比较各对基因序列的表达值而间接进行。
可采用各种相关性(分析)方法使数据组内各基因序列的表达数据相关联。非限制性例子包括参数和非参数方法，以及基于相互信息交流的方法与非线性方法。参数方法的非限制性例子包括Pearson相关性(或Pearson r，也称为线性或产物-时刻相关性(product-moment))和余弦相关性。非参数方法的非限制性例子包括Spearman R(或等级排序)相关性、Kendall Tau相关性和γ统计学方法。可采用各相关性方法来测定数据组中各基因序列表达的相关性水平。所有序列与所有其它序列的相关性最易于视作矩阵。采用Pearson相关性方法作为非限制性例子，该方法的相关系数r用于表示相关性水平。当采用其它相关性方法时，可采用类似于r的相关系数，以及认为对应于r是0.25或约0.25到r是0.5或约0.5的相关性是等价水平。
可视需要选择相关系数从而将相关的基因序列数目减少至不同数值。在采用r的本发明实施方案中，所选择的系数值可以是约0.25以上、约0.3以上、约0.35以上、约0.4以上、约0.45以上或约0.5以上。系数值的选择表示当该数据组中基因序列之间的表达在该值以上相关，它们可能不包括在本发明的亚组内。因此，在一些实施方案中，所述方法包括排除或除去(不用于分类的)与肿瘤类型数据组中另一基因序列的表达相关的在所需相关系数之上的一种或多种基因序列。然而，应指出也存在基因序列与任何其它序列不相关的情况，在此情况中无需将它们从分类应用中除去。
因此，可利用与所用基因序列(组)中另一序列的表达水平在大于约10％、大于约20％、大于约30％、大于约40％、大于50％、大于约60％、大于约70％、大于约80％或大于约90％水平不相关的基因序列的表达水平来实施本发明。表达水平间的相关性值小于约0.9、约0.8、约0.7、约0.6、约0.5、约0.4、约0.3或约0.2。能排除某些基因序列的表达水平而进行分类是因为该亚组中基因序列的表达与从该亚组中排除的基因序列的表达相关。由于信息是依据仍留在该亚组中的序列提供而不是被排除基因序列所表达，所以没有损失信息。因此，该亚组中基因序列的表达提供了与细胞的性能和/或特征(或表型)相关的信息内容。这可应用于对未作为原始基因表达数据组一部分而包括的其它肿瘤类型进行分类并与之具有相关性，由于根据该亚组中序列的表达与其它类型的序列表达之间的信息冗余度，可用本发明的该亚组序列对肿瘤进行分类。因此，本发明可用于将细胞分类为用于产生原始基因表达数据组的多种已知肿瘤以外的肿瘤类型。
也可根据其表达与某具体肿瘤类型的相关性降低来选择基因序列。这也反映在本发明依据以下观察的发现与一种或多种肿瘤相关程度最高的表达水平在不同肿瘤类型分类中不一定最有价值。可利用随机选择的基因序列来分类以及采用其表达不与一种或多种肿瘤类型最显著相关的本文所述特定序列反映了这点。因此，实施本发明不必根据最显著的P值或根据基因表达与一种或多种肿瘤类型相关性的排序来选择基因序列。故而，无需利用根据诸如Kruskal-Wallis H-检验的方法得到的排序来实施本发明。
用于实施本发明的基因序列可包括观察到其表达与特定肿瘤类型相关联的那些基因序列，例如观察到雌激素受体的表达与一些乳腺和卵巢癌相关联。然而，在本发明的一些实施方案中，利用至少一种以前未鉴定为与分类任何肿瘤类型相关的基因序列的表达水平来实施本发明。因此，可不用以前用于将含细胞样品分类为2种以上(最多39种以上)肿瘤类型的表达有关或相关的所有基因序列来实施本发明。
虽然主要根据人对象描述本发明，但也可用于其它对象的样品。总之均需能评估多种已知肿瘤样品中基因序列的表达水平，从而可将未知或测试样品中(该序列)的表达水平与之作比较。因此，本发明可应用于含多种表达序列的任何生物的样品和多种已知肿瘤的样品。一个非限制性例子是根据小鼠基因组中可用于检测所表达的小鼠序列、和可利用的已知小鼠肿瘤样品或得到已知样品的能力而将本发明应用于小鼠样品。因此，考虑了本发明可用于其它样品，包括作为非限制性例子的哺乳动物、灵长类动物和用于临床检验的动物(例如大鼠、小鼠、家兔、狗、猫和黑猩猩)的那些样品。
虽然利用含细胞的样品不难实施本发明，但用于检测基因表达水平的任何含核酸样品也可用于实施本发明。不是限制本发明，本发明的样品可以是怀疑或已知含有肿瘤细胞的样品。或者，本发明的样品可以是分离自怀疑患有或处于患癌症风险对象的组织或体液的“肿瘤样品”或“含有肿瘤的样品”。本发明所用样品的非限制性例子包括临床样品，例如但不限于固定的样品、新鲜样品或冷冻样品。样品可以是含有至少一些关于样品中细胞原位成分的信息的吸出物、细胞学样品(包括血液或其它体液)或组织样本，只要可利用相应的细胞或核酸来测定基因表达水平。本发明部分根据发现冷冻组织切片得到的结果可有效地应用于固定的组织和细胞样品以及拓展至新鲜样品。
固定的样品的非限制性例子包括用福尔马林或甲醛(包括FFPE样品)、Boudin、戊二醛(glutaldehyde)、丙酮、酒精或任何其它固定剂，如用于固定免疫组织化学(HIC)的细胞或组织样品的那些固定剂来固定的样品。其它例子包括沉淀细胞相关核酸与蛋白质的固定剂。鉴于处理冷冻组织样本可能复杂，例如需要维持其冷冻状态，可用非冷冻样品，例如固定的样品、新鲜样品(包括血液或其它体液或组织的细胞)与最低限度处理的样品来实施本发明。在本发明的一些应用中，不采用标准病理学技术，例如但不限于免疫组织化学试验对样品进行分类。
在本发明的一些实施方案中，将样品分类为含有选自以下53种类型及其亚组的肿瘤细胞乳腺癌、宫颈腺癌、食道腺癌、胆囊腺癌、肺腺癌、胰腺癌、小肠-大肠腺癌、胃腺癌、星形细胞瘤、皮肤基底细胞癌、肝脏胆管癌、卵巢透明细胞腺癌(Clear Cell Adenocarcinoma of Ovary)、弥散性大B细胞淋巴瘤、胚胎睾丸癌、子宫内膜子宫癌、尤因肉瘤、滤泡性甲状腺癌、胃肠基质肿瘤、卵巢生殖细胞瘤、睾丸生殖细胞瘤、多形性成胶质细胞瘤、肝细胞肝癌、何杰金淋巴瘤、大细胞肺癌、平滑肌肉瘤、脂肉瘤、乳腺小叶癌、恶性纤维组织细胞瘤、甲状腺髓样癌、黑色素瘤、脑膜瘤、肺间皮瘤、卵巢黏液腺癌、肌纤维肉瘤(Myofibrosarcoma)、大肠神经内分泌肿瘤(Neuroendocrine Tumor of Bowel)、少突神经胶质细胞瘤、骨肉瘤、甲状腺乳头状癌、嗜铬细胞瘤、肾细胞肾癌、横纹肌肉瘤、睾丸精原细胞瘤、卵巢浆液腺癌、小细胞肺癌、宫颈鳞状细胞癌、食道鳞状细胞癌、喉鳞状细胞癌、肺鳞状细胞癌、皮肤鳞状细胞癌、滑膜肉瘤、T细胞淋巴瘤和膀胱移行细胞癌。
在本发明的其它实施方案中，将样品分类为含有选自以下34种类型及其亚组的肿瘤细胞肾上腺(癌)、脑(癌)、乳腺(癌)、小肠类癌(carcinoid-intestine)、子宫颈(鳞状细胞癌)、胆管癌、子宫内膜(癌)、生殖细胞(癌)、GIST(胃肠基质肿瘤)、肾(癌)、平滑肌肉瘤、肝(癌)、肺(大细胞腺癌)、肺(小细胞癌)、肺(鳞状细胞癌)、淋巴瘤(B细胞)、淋巴瘤(何杰金)、脑膜瘤、间皮瘤、骨肉瘤、卵巢(透明细胞)、卵巢(浆液细胞)、胰腺、前列腺、皮肤(基底细胞)、皮肤(黑色素瘤)、小肠与大肠、软组织(脂肉瘤)、软组织(MFH或恶性纤维组织细胞瘤)、软组织(肉瘤-滑膜)、睾丸(精原细胞瘤)、甲状腺(滤泡性-乳头状)、甲状腺(髓样癌)和膀胱(癌)。
在本发明的其它实施方案中，样品分类为含有选自以下39种类型及其亚组的肿瘤细胞肾上腺(癌)、脑(癌)、乳腺(癌)、小肠类癌、宫颈癌、宫颈鳞状细胞(癌)、子宫内膜(癌)、胆囊(癌)、卵巢生殖细胞(癌)、GIST、肾(癌)、平滑肌肉瘤、肝(癌)、大细胞肺癌、小细胞肺(癌)、肺鳞状细胞(癌)、B细胞淋巴瘤、何杰金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、脑膜瘤、间皮瘤、骨肉瘤、卵巢-透明细胞、卵巢-浆液细胞、胰腺、前列腺、皮肤-基底细胞、皮肤黑色素瘤、鳞状细胞皮肤(癌)、小肠和大肠(癌)、软组织-脂肉瘤、软组织-MFH、肉瘤-滑膜软组织(癌)、胃腺癌、其它睾丸(癌)(或非精原细胞瘤)、睾丸精原细胞瘤、甲状腺滤泡性-乳头状(癌)、甲状腺髓样(癌)和膀胱(癌)。
本发明的方法也可应用于将含细胞的样品分类为含有上述各组任一亚组肿瘤的肿瘤细胞。该亚组一般不大，包括上述肿瘤类型的2、3、4、5、6、7、8、9或10种。或者，该亚组的大小可以是该组全部大小的任何整数。因此，本发明的实施方案包括在11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51或52种上述类型中分类。在一些实施方案中，所述亚组包括同一组织或器官类型的肿瘤。或者，该亚组可包括不同组织或器官的肿瘤类型。在一些实施方案中，该亚组包括选自以下的一种或多种肿瘤类型肾上腺(癌)、脑(癌)、小肠类癌、宫颈腺癌、宫颈鳞状细胞癌、胆囊癌、卵巢生殖细胞(癌)、GIST、平滑肌肉瘤、肝(癌)、脑膜瘤、骨肉瘤、皮肤基底细胞癌、皮肤鳞状细胞癌、软组织-脂肉瘤、软组织-MFH、肉瘤-滑膜软组织癌、其它睾丸(癌)、睾丸-精原细胞瘤、甲状腺滤泡性-乳头状(癌)和甲状腺-髓样(癌)。
图1和2所示结果证明上述肿瘤类型各亚组的分类，可利用少至50种以上的基因序列表达水平对上述一组39种(类型)中的两种肿瘤类型的随机样品进行分类。可利用50-100种基因序列(随机选择的)的表达水平对2-39种肿瘤类型进行不同精确程度的分类。可利用在人“转录组(transcriptome)”(基因组的转录部分)中发现的50种以上、约55种以上、约60种以上、约65种以上、约70种以上、约75种以上、约80种以上、约85种以上、约90种以上、约100种以上、约110种以上、约120种以上、约130种以上、约140种以上、约150种以上、约200种以上、约250种以上、约300种以上、约350种以上或约400种以上转录序列的表达水平来实施本发明。也可利用50-60种以上、约60-70种以上、约70-80种以上、约80-90种以上、约90-100种以上、约100-110种以上、约110-120种以上、约120-130种以上或约130-140种以上转录序列的表达水平来实施本发明。在本发明的一些实施方案中，可随机选出被转录的基因或包括本文所述全部或一些具体基因序列。如本文所述，利用本发明可以进行约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％或约95％以上的精确度分类。
在其它实施方案中，可与上述测定用于分类的表达水平一起测定其它基因序列的基因表达水平。一个这样的非限制性例子是利用微阵列平台测定基因表达，其中也检测了其它基因序列的表达。当不采用其它基因表达水平来分类时，可认为它们是“过度”转录序列的结果，对实施本发明不重要。或者，当采用那些其它基因表达水平来分类时，它们属于本发明范围内，当说到所用序列的特定数目时不一定排除利用其它序列的表达水平。在一些实施方案中，本发明包括利用一种或多种“过度”基因序列的表达水平，例如提供的信息多于本发明方法所用的一种或多种其它基因序列的那些基因序列。
因为将样品分类为含有上述肿瘤类型之一的细胞在本质上也对样品来源的组织或器官作了分类，本发明方法可应用于分类患者肿瘤样品的具体组织或器官来源。本发明的此应用特别可用于判断肿瘤样品是否是另一肿瘤转移所致。在本发明的一些实施方案中，肿瘤样品分类为以下24种之一肾上腺、膀胱、骨、脑、乳腺、子宫颈、子宫内膜、食道、胆囊、肾脏、喉、肝脏、肺、淋巴结、卵巢、胰腺、前列腺、皮肤、软组织、小肠/大肠、胃、睾丸、甲状腺和子宫。
尽管本发明也根据与39种肿瘤类型中所述序列表达水平的比较来分类上述肿瘤类型之一，但此分类可能要求更高水平的可信度。如果偏向提高该分类的可信度，可调整该分类将肿瘤样品鉴定为图8所示的具体来源或细胞类型。因此，可信度的提高是以降低鉴定肿瘤类型的来源或细胞类型的特异性为代价。
将含细胞的样品分类为上述39种肿瘤之一的肿瘤细胞实质上也对该样品来源的组织或器官部位作了分类。例如，将某样品鉴定为子宫颈-鳞状细胞需要将肿瘤归类于图8所示的子宫颈来源的鳞状细胞类型(进而分类为上皮而不是非上皮来源)。这也表示该肿瘤无需是生殖细胞来源。因此，可用本发明方法将肿瘤样品分类为对象或患者的某特定组织或器官部位。本发明的此应用在样品是另一肿瘤转移所致肿瘤的情况中特别有用。
通过采用合适的分类算法来实施本发明将含细胞的样品分类为上述类型之一的肿瘤细胞，所述算法采用督导学习来接收(以下信息)将样品分类为上述肿瘤类型之一的细胞1)作为训练组的基因序列在多种已知肿瘤类型中的表达水平和2)同一基因在样品的一种或多种细胞中的表达水平。对于此点的进一步讨论见本文的实施例部分。表达水平可以任何形式的信号提供，包括本文所述的核酸表达或蛋白质表达。
技术人员知道分类的范围受到肿瘤类型的数目以及各肿瘤类型样品的数目影响。但鉴于本文提供了所有人肿瘤的充足样品，本发明不难应用于那些肿瘤类型以及其它类型的分类。
可用于实施本发明的分类算法的非限制性例子包括督导学习算法、机械学习算法(machine learning algorithm)、线性区别分析(linear discriminantanalysis)、属性选择算法(attribute selection algorithm)和人工神经网络(ANN)。在本发明的优选实施方案中，采用距离分类算法(distance-based classificationalgorithm)，例如k-最近邻(nearest neighbor)(KNN)算法或支持向量机制(support vector machine)(SVM)。
本发明的一些实施方案中采用了KNN，作为非限制性代表性例子进一步得到讨论。可采用KNN来分析包括本文所述所有39种肿瘤的已知肿瘤样品的“训练组”中基因的表达数据。然后可将该训练数据组与含细胞样品中同一基因的表达数据作比较。再通过KNN将样品中基因的表达水平与该训练数据组作比较而鉴定具有最相似表达模式的那些肿瘤样品。作为非限制性例子，可鉴定五种“最相近”肿瘤类型来分类未知肿瘤样品。当然可利用其它数目的“最相近”(肿瘤类型)。非限制性例子包括5种以下、约7种、约9种或约11种以上“最相近”(肿瘤类型)。
作为一种假定的例子，如果某未知样品的五种“最相近”(肿瘤)是四种B细胞淋巴瘤和一种T细胞淋巴瘤，那么可以高精确度确定将该样品归类为B细胞淋巴瘤。如实施例中所述，应用此分类方法的精确度为84％，例如90％。
将这种分类能力与该分类方案的固有性质相结合可以提高某些条件下肿瘤分类的可信度。例如，如果某样品的五种“最相近”(肿瘤)是三种卵巢透明细胞瘤和两种卵巢浆液肿瘤，则可简单地将该肿瘤归类为卵巢来源并据此治疗对象或患者(从其获得样品的)而提高可信度。参见图8。这是为提高可信度而降低特异性的例子。这提供了判断该未知样品是粘液瘤或子宫内膜肿瘤可能性的额外益处。当然，专业医师可自由地将肿瘤视作此两种最大可能肿瘤的一种或两种，并根据该测定结果进行治疗。
因为某些肿瘤类型的肿瘤细胞(例如，生殖细胞)的发育谱系复杂且涉及多种细胞类型，图8看上去可能过于简单了。然而，它可用作与已知组织病理学相关联的良好基础并用作分析和联系肿瘤相关基因表达标记的“引导树(guidetree)”。
在“最相近”(肿瘤)模糊不清时，该分类方案的固有性质也提供了提高肿瘤分类可信度的方法。例如，如果五种“最相近”(肿瘤)是一种膀胱、一种乳腺、一种肾脏、一种肝脏和一种前列腺，可以简单地归类为非鳞状细胞肿瘤(类型)。可以显著可信度作出这种测定，据此治疗获得样品的对象或患者。不想受理论的束缚并且只是为增进对本发明的理解而提供的后两个例子反映了相似的细胞类型和/或组织来源的细胞具有相似的基因表达。
本发明的实施方案包括用本文所述方法和材料来鉴定患者癌症的来源。因此，假定某样品含肿瘤细胞，可采用本发明鉴定该肿瘤细胞的组织来源。一个非限制性例子是其发炎淋巴结含有癌细胞的对象。这些细胞可来自该淋巴结引流的组织或器官，或者可以是另一组织来源。可用本发明将这些细胞分类为具体的肿瘤或组织类型(或来源)从而鉴定癌细胞的来源。在另一非限制性例子中，首先用本发明(方法)检验样品(例如淋巴结)含有的细胞从而将至少一种细胞分类为某组织类型或来源的肿瘤细胞。然后利用此(结果)鉴定该样品中癌细胞的来源。二者均是本发明优于采用其它癌症诊断检验的省时、省力、省成本的例子。
在其它实施方案中，利用以前有癌症史的对象的样品实施本发明。作为非限制性例子，可能发现此对象的含细胞样品(来自淋巴结或其它组织)含有癌细胞从而可用本发明来测定癌细胞是否来自先前癌症的同一组织或不同组织。本发明的此应用也可用于鉴定新的原发性肿瘤，例如在曾患乳腺癌的对象的肝脏中发现的新癌细胞。本发明可用于鉴定以前乳腺癌转移所致(或来自另一种肿瘤，无论以前是否鉴定过)或新产生的原发性肝癌的新癌细胞。本发明也可应用于发现有多种癌症的组织或器官的样品来测定各种癌症的来源以及这些癌症是否为同一来源。
虽然可用随机分组的表达基因序列的表达水平来实施本发明，但本发明也提供了用于实施本发明的示范性基因序列。本发明提供了第一组74种基因序列，其中50种以上可用于实施本发明。50-74种基因序列可与其它序列表达水平的测定联用，只要该组74种基因序列的表达水平可用于分类。本发明这种实施方案的非限制性例子是联合测定该74种基因序列或其至少50种(或50到约90种)成员的表达，与多种其它序列的表达水平，例如利用实施本发明所用的微阵列平台。当不用那些其它序列的表达水平来分类时，可认为它们是“过度”转录序列所致，对实施本发明不重要。或者，当用那些其它序列的表达水平来时，它们属于本发明范围内，在此情况中利用上述序列无需排除利用其它序列的表达水平。
实施本发明所用的一组74种基因序列的相应mRNA序列见附加的序列表。下文提供了具有相应鉴定信息的SEQ ID NO清单，包括登录号和其它信息。
＞Hs.73995_mRNA_1 gi|190403|gb|M60502.1|HUMPROFILE人原聚角蛋白微丝蛋白(profilaggrin)mRNA，3′末端polyA＝1(SEQ ID NO1)＞Hs.75236_mRNA_4 gi|14280328|gb|AY033998.1|智人(Homosapiens)polyA＝3(SEQ ID NO2)＞Hs.299867_mRNA_1 gi|4758533|ref|NM_004496.1|智人肝细胞核因子3，α(HNF3A)，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO3)＞Hs.285401_contig1 AI147926|AI880620|AA768316|AA761543|AA279147|AI216016|AI738663|N79248|AI684489|AA960845|AI718599|AI379138|N29366|BF002507|AW044269|R34339|R66326|H04648|R67467|AI523112|BF941500 polyA＝2 polyA＝3(SEQID NO4)＞Hs.182507_mRNA_1 gi|15431324|ref|NM 002283.2|智人角蛋白，毛发，碱性，5(KRTHBS)，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO5)＞Hs.292653_contig1 AI2006601|AW014007|AI341199|AI692279|AI393765|AI378686|AI695373|AW292108|T10352|R44346|AW470408|AI380925|BF938983|AW003704|H08077|F03856|H08075|F08895|AW468398|AI865976|H22568|AI858374|AI216499polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO6)＞Hs.97616_mRNA_3 gi|12654852|gb|BC001270.1|BC001270智人克隆MGC5069 IMAGE3458016 polyA＝3(SEQ ID NO7)＞Hs.123078_mRNA_3 gi|14328043|gb|BC009237.1|BC009237智人克隆MGC2216 IMAGE2989823 polyA＝3(SEQ ID NO8)＞Hs.285508_contig1 AW194680|BF939744|BF516467 polyA＝1polyA＝1(SEQ ID NO9)＞Hs.183274_contig1 BF437393|BF064008|BF509951|AW134603|AI277015|AI803254|AA887915|BF054958|AI004413|AI393911|AI278517|AW612644|AI492162|AI309226|AI863671|AA448864|AI640165|AA479926|AA461188|AA780161|BF591180|AI918020|AI758226|AI291375|BF001845|BF003064|AI337393|AI522206|BE856784|BF001760|AI280300 FLAG＝1 polyA＝2 WARN polyA＝3(SEQID NO10)＞Hs.334841_mRNA_3 gi|14290606|gb|BC009084.1|BC009084智人克隆MGC9270 IMAGE3853674 polyA＝3(SEQ ID NO11)＞Hs.3321_contig1 AI804745|AI492375|AA594799|BE672611|AA814147|AA722404|AW170088|D11718|BG153444|AI680648|AA063561|BE219054|AI590287|R55185|AI479167|AI796872|AI018324|AI701122|BE218203|AA905336|AI681917|BI084742|AI480008|AI217994|AI401468 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO12)＞Hs.306216_singlet1 AW083022 polyA＝1 polyA＝2(SEQ ID NO13)＞Hs.99235_contig1 AA456140|AI167259|AA450056 polyA＝2polyA＝3(SEQ ID NO14)＞Hs.169172_mRNA_2 gi|2274961|emb|AJ000388.1|HSCANPX(需)钙蛋白酶样蛋白酶的智人mRNA，CANPX polyA＝3(SEQ ID NO15)＞Hs.351486_mRNA_1 gi|16549178|dbj|AK054605.1|AK054605智人cDNA FLJ30043fis，克隆3NB692001548 polyA＝0(SEQ ID NO16)
＞Hs.153504_contig2 BE962007|AW016349|AW016358|AW139144|AA932969|AI025620|AI688744|AI865632|AA854291|AA932970|AU156702|AI634439|AA152496|AI539557|AI123490|AI613215|AI318363|AW105672|AA843483|AI366889|AW181938|AI813801|AI433695|AA934772|N72230|A1760632|BE858965|AW058302|AI760087|AI682077|AA886672|AI350384|AW243848|AW300574|BE466359|AI859529|AI921588|BF062899|BE855597|BE617708polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO17)＞Hs.199354_singlet1 AI669760 polyA＝1 polyA＝2(SEQ ID NO18)＞Hs.162020_contig1 AW291189|AA505872 polyA＝2 polyA＝3(SEQ IDNO19)＞Hs.30743_mRNA_3 gi|18201906|ref|NM_006115.2|智人偏爱在黑色素瘤中表达的抗原(PRAME)，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO20)＞Hs.271580_contig1 AI632869|AW338882|AW338875|AW613773|AI982899|AW193151|BE206353|BE208200|AI811548|AW264021polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO21)＞Hs.69360_mRNA_2 gi|14250609|gb|BC008764.1|BC008764智人克隆MGC1266 IMAGE3347571 polyA＝3(SEQ ID NO22)＞Hs.30827_contig1 H07885|N39347|W85913|AA583408|W86449polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO23)＞Hs.211593_contig2 BF592799|AI570478|AA234440|R40214|BE501078|AW593784|AI184050|AI284161|W72149|AW780437|AI247981|AW241273|H60824 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO24)＞Hs.155097_mRNA_1 gi|15080385|gb|BC011949.1|BC011949智人克隆MGC9006 IMAGE3863603 polyA＝3(SEQ ID NO25)＞Hs.5163_mRNA_1 gi|15990433|gb|BC015582.1|BC015582智人克隆MGC23280 IMAGE4637504 polyA＝3(SEQ ID NO26)
＞Hs.55150_mRNA_1 gi|17068414|gb|BC017586.1|BC017586智人克隆MGC26610 IMAGE4837506 polyA＝3(SEQ ID NO27)＞Hs.170177_contig3AI620495|AW291989|AA780896|AA976262|AI298326|BF111862|AW591523|AI922518|AI480280|BF589437|AA600354|AI886238|AA035599|H90049|BF112011|N52601|AI570965|AI565367|AW768847|H90073|BE504361|N45292|AI632075|AA679729|AW168052|AI978827|AI968410|AI669255|N45300|AI651256|AI698970|AI521256|AW078614|AI802070|AI885947|AI342534|AI653624|AW243936|T16586|R15989|AI289789|AI871636|AI718785|AW148847polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO28)＞Hs.184601_mRNA_5 gi|4426639|gb|AF104032.1|AF104032智人polyA＝2(SEQ ID NO29)＞Hs.351972_singlet1 AA865917 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO30)＞Hs.5366_mRNA_2 gi|15277845|gb|BC012926.1|BC012926智人克隆MGC16817 IMAGE3853503 polyA＝3(SEQ ID NO31)＞Hs.18140_contig1AI685931|AA410954|T97707|AA706873|AI911572|AW614616|AA548520|AW027764|BF511251|AI914294|AW151688 polyA＝1 polyA＝1(SEQ ID NO32)＞Hs.133196_contig2BF224381|BE467992|AW137689|AI695045|AW207361|BF445141|AA405473 polyA＝2 WARN polyA＝3(SEQ ID NO33)＞Hs.63325_mRNA_5 gi|15451939|ref|NM_019894.1|智人跨膜蛋白酶，丝氨酸4(TMPRSS4)，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO34)＞Hs.250692_mRNA_2 gi|184223|gb|M95585.1|HUMHLF人肝脏白血病因子(HLF)mRNA，完全编码序列polyA＝3(SEQ ID NO35)＞Hs.250726_singlet4 AW298545 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO36)＞Hs.79217_mRNA_2 gi|16306657|gb|BC001504.1|BC001504智人克隆MGC2273 IMAGE3505512 polyA＝3(SEQ ID NO37)＞Hs.47986_mRNA_1 gi|13279253|gb|BC004331.1|BC004331智人克隆MGC10940 IMAGE3630835 polyA＝3(SEQ ID NO38)＞Hs.94367_mRNA_1 gi|10440200|dbj|AK027147.1|AK027147智人cDNAFLJ23494 fis，克隆LNG01885 polyA＝3(SEQ ID NO39)＞Hs.49215_contig1BI493248|N66529|AA452255|BI492877|AW196683|AI963900|BF478125|AI421654|BE466675 polyA＝1 polyA＝1(SEQ ID NO40)＞Hs.281587_contig2R61469|R15891|AA007214|R61471|AI014624|N69765|AW592075|H09780|AA709038|AI335898|AI559229|F09750|R49594|H11055|T72573|AA935558|AA988654|AA826438|AI002431|AI299721polyA＝1 polyA＝2(SEQ ID NO41)＞Hs.79378_mRNA_1 gi|16306528|ref|NM_003914.2|智人周期蛋白A1(CCNA1)，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO42)＞Hs.156469_contig2 AI341378|AI670817|AI701687|AI3Inset22|AW235883|AI948598|AA446356 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO43)＞Hs.6631_mRNA_1 gi|7020430|dbj|AK000380.1|AK000380智人cDNA FLJ20373fis，克隆HEP19740 polyA＝3(SEQ ID NO44)＞Hs.155977_contig1 AI309080|AI313045 polyA＝1 WARN polyA＝1(SEQ ID NO45)＞Hs.95197_mRNA_4 gi|5817138|emb|AL110274.1|HSM800829智人mRNA；cDNA DKFZp564I0272(来自克隆DKFZp564I0272)polyA＝3(SEQ ID NO46)＞Hs.48956_contig1 N64339|AI569513|AI694073 polyA＝1 polyA＝1(SEQ ID NO47)
＞Hs.118825_mRNA_10 gi|1495484|emb|X96757.1|HSSAPKK3MAP激酶的激酶的智人mRNA polyA＝3(SEQ ID NO48)＞Hs.135118_contig3AI683181|AI082848|AW770198|AI333188|AI873435|AW169942|AI806302|AW340718|BF196955|AA909720 polyA＝1 polyA＝2(SEQ IDNO49)＞Hs.171857_mRNA_1 gi|13161080|gb|AF332224.1|AF332224智人睾丸蛋白mRNA，部分编码序列polyA＝3(SEQ ID NO50)＞Hs.18910_mRNA_3 gi|12804464|gb|BC001639.1|BC001639智人克隆MGC1944 IMAGE2959372 polyA＝3(SEQ ID NO51)＞Hs.194774_mRNA_1 gi|16306633|gb|BC001492.1|BC001492智人克隆MGC1774 IMAGE3510004 polyA＝3(SEQ ID NO52)＞Hs.127428_mRNA_2 gi|16306818|gb|BC006537.1|BC006537智人克隆MGC1934 IMAGE2987903 polyA＝3(SEQ ID NO53)＞Hs.126852_contig1AI802118|BF197404|BF224434|AA931964|AW236083|AI253119|AW614335|AI671372|AI793240|AW006851|AI953604|AI640505|AI633982|AW195809|AI493069|AW058576|AW293622 polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO54)＞Hs.28149_mRNA_1 gi|14714936|gb|BC010626.1|BC010626智人克隆MGC17687 IMAGE3865868 polyA＝3(SEQ ID NO55)＞Hs.35453_mRNA_3 gi|7018494|emb|AL157475.1|HSM802461智人mRNA；cDNA DKFZp761G151(来自克隆DKFZp761G151)；部分编码序列polyA＝3(SEQ ID NO56)＞Hs.180570_contig1R08175|AA707224|AA699986|R11209|W89099|T98002|AA494546polyA＝2 polyA＝3(SEQ ID NO57)＞Hs.196270_mRNA_1 gi|11545416|gb|AF283645.1|AF283645智人染色体8图8q21 polyA＝3(SEQ ID NO58)＞Hs.9030_mRNA_3 gi|12652600|gb|BC000045.1|BC000045智人克隆MGC2032 IMAGE3504527 polyA＝3(SEQ ID NO59)＞Hs.1282_mRNA_3 gi|4559405|ref|NM 000065.1|智人补体组分6(C6)，mRNA polyA＝1(SEQ ID NO60)＞Hs.268562_mRNA_2 gi|15341874|gb|BC013117.1|BC013117智人克隆MGC8711 IMAGE3882749 polyA＝3(SEQ ID NO61)＞Hs.151301_mRNA_3 gi|16041747|gb|BC015754.1|BC015754智人克隆MGC23085 IMAGE4862492 polyA＝3(SEQ ID NO62)＞Hs.111_contig1 AA946776|AW242338|H24274|AI078616polyA＝1 polyA＝2(SEQ ID NO63)＞Hs.150753_contig1 AI123582|AI288234 polyA＝0 polyA＝0(SEQ IDNO64)＞Hs.82109_mRNA_1 gi|14250611|gb|BC008765.1|BC008765智人克隆MGC1622 IMAGE3347793 polyA＝3(SEQ ID NO65)＞Hs.44276_mRNA_2 gi|12654896|gb|BC001293.1|BC001293智人克隆MGC5259 IMAGE3458115 polyA＝3(SEQ ID NO66)＞Hs.2142_mRNA_4 gi|13325274|gb|BC004453.1|BC004453智人克隆MGC4303 IMAGE2819400 polyA＝3(SEQ ID NO67)＞Hs.180908_contig1AA846824|AW611680|AA846182|AA846342|AA846360 polyA＝2polyA＝3(SEQ ID NO68)＞Hs.89436_mRNA_1 gi|16507959|ref|NM_004063.2|智人钙黏着蛋白17，LI钙黏着蛋白(肝-肠)(CDH17)，mRNA polyA＝1(SEQ ID NO69)＞Hs.151544_mRNA_8 gi|3153107|emb|AL023657.1|HSDSHP智人SH2D1A cDNA，以前称为DSHP polyA＝3(SEQ ID NO70)＞Hs.1657_contig4AW473119|AA164586|AI540656|AI758480|AI810941|AI978964|AI675862|AI784397|AW591562|AW514102|AI888116|AI983175|AI634735|AI669577|AI202659|AI910598|AI961352|AI565481|AI886254|AI538838|AA291749|AW571455|AI370308|AI274727|AW473925|AW514787|AI273871|AW470552|AI524356|AI888281|AW089672|AI952766|AW440601|AI654044|AW438839|AI972926 polyA＝2polyA＝3(SEQ ID NO71)＞Hs.35984_mRNA_1 gi|6049161|gb|AF133587.1|AF133587智人染色体22图22q11.2 polyA＝3(SEQ ID NO72)＞Hs.334534_mRNA_2 gi|17389403|gb|BC017742.1|BC017742智人，克隆IMAGE4391536，mRNA polyA＝3(SEQ ID NO73)＞Hs.60162_mRNA_1 gi|10437644|dbj|AK025181.1|AK025181智人cDNAFLJ21528 fis，克隆COL05977 polyA＝3(SEQ ID NO74)技术人员应理解可通过检测任何一种以上鉴定的序列及下文一组90种(序列)或附加序列表中提供序列来检测这些序列的任何合适部分或片段的表达。所述部分宜足够大从而与含细胞样品中表达的其它序列相比可含有独特的序列。此外，技术人员应知道所述序列代表了双链分子的一条链，可检测两条链之一表明所述序列已表达。这是因为所述序列在细胞中表达为RNA分子，而为便于操作和检测宜将该RNA分子转化为cDNA分子。得到的cDNA分子可具有所表达的RNA的序列及其互补链的序列。因此，可检测RNA序列链或互补链。当然，也可能不用转化为cDNA而检测表达的RNA。
在本发明的一些实施方案中，可通过检测含细胞样品中所表达的序列与以下寡核苷酸的杂交来检测所述基因序列的表达水平，以下寡核苷酸对应于所提供的登录号所示的上述序列。
＞AF133587CCCGGATCGCCATCAGTGTCATCGAGTTCAAACCCTGAGCCCTTCATTCACCTCTGTGAG(SEQ IDNO75)＞BC017742TGCCCTTGCTCTGTGTCATCTCAGTCATTTGACTTAGAAAGTGCCCTTCAAAAGGACCCT(SEQ IDNO76)＞BF437393GGAGGGAGGGCTAATTATATATTTTGTTGTTCCTCTATACTTTGTTCTGTTGTCTGCGCC(SEQ IDNO77)＞AI620495CAGTTTGGATTGTATAATAACGCCAAGCCCAGTTGTAGTCGTTTGAGTGCAGTAATGAAA(SEQ IDNO78)＞AK000380AAATCAGAGTAACCCTTTCTGTATTGAGTGCAGTGTTTTTTACTCTTTTCTCATGCACAT(SEQ IDNO79)＞BC009237TGCCTGGCACAAAGAAGGAAGAATATAAATGATAGTTCGACTCGTCTGTGGAAGAACTTA(SEQ IDNO80)＞BC008765AGTCTTTTGCTTTTGGCAAAACTCTACTTAATCCAATGGGTTTTTCCCTGTACAGTAGAT(SEQ IDNO81)＞BC001504GGTTACTGTGGGTGGAATAGTGGAGGCCTTCAACTGATTAGACAAGGCCCGCCCACATCT(SEQ IDNO82)＞NM_019894TAAAATGCACTGCCCTACTGTTGGTATGACTACCGTTACCTACTGTTGTCATTGTTATTA(SEQ IDNO83)＞BF224381TTCTCTTTTGGGGGCAAACACTATGTCCTTTTCTTTTTCTAGATACAGTTAATTCCTGGA(SEQ IDNO84)＞AL157475AAGACCCACACCCTGTAGCAATACCAAGTGCTATTACATAATCAATGGACGATTTATACT(SEQ IDNO85)＞AY033998AGTGTTGCAAGTTTCCTTTAAAACCAACAAAGCCCACAAGTCCTGAATTTCCCATTCTTA(SEQ IDNO86)＞H07885GTCACTGTCATAGCAGCTGTGATTTCACAAGGAAGGGTGCTGCAGGGGGACCTGGTTGAT(SEQ IDNO87)＞NM_004496TTTCATCCAGTGTTATGCACTTTCCACAGTTGGTGTTAGTATAGCCAGAGGGTTTCATTA(SEQ IDNO88)＞AA846824GGGAAGTAGGGATTATTCGTTTAAATTCAATCGCGAGCACCAAGTCGGACTGGCCGGGGA(SEQ IDNO89)＞BC017586GGGACCAGGCCCTGGGACAGCCATGTGGCTCCAAATGACTAAATGTCAGCTCAAAAACCA(SEQ IDNO90)＞AA456140TCCGTTTATGGAGGCAATTCCATATCCTTTCTTGAACGCACATTCAGCTTACCCCAGAGA(SEQ IDNO91)＞NM_002283AGAGTTAAGCCACTTCCTGGGTCTCCTTCTTATGACTGTCTATGGGTGCATTGCCTTCTG(SEQ IDNO92)＞AL023657GTGGCCTGAGTAATGCATTATGGGTGGTTTACCATTTCTTGAGGTAAAAGCATCACATGA(SEQ IDNO93)＞BC001639ACACATGCATGTGTCTGTGTATGTGTGAATGTGAGAGAGACACAGCCCTCCTTTCAGAAG(SEQ IDNO94)
＞BC015754TCTGTAACTGCACAACCCTGGGGTTTGCTGCAGAGCTATTTCTTTCCATGTAAAGTAGTG(SEQ IDNO95)＞AF332224AAACACTCTTTCCGACTCCAGAGGAGAAGCTGGCAGCTCTCTGTAAGAAATATGCTGATC(SEQ IDNO96)＞BC001270GCTTCCTCTATCGCCCAATGCAAAATCGATGAAATGGGGAGTTCTCTGGGCCAGGCCACA(SEQ IDNO97)＞AI147926GTAGAATCCTCTGTTCATAATGAACAAGATGAACCAATGTGGATTAGAAAGAAGTCCGAG(SEQ IDNO98)＞AW298545CTGTTTTAAAACTGAATGGCACGAAATTGTTTTCCTCAACTCGGAGATTCCTGTATGGAG(SEQ IDNO99)＞AI802118AATAAATAGTAGCTCTGCTGATGATGACGTTGATAACCAAACTGTTCTGTGGTCTTAAGT(SEQ IDNO100)＞AI683181CAAACAGCCCGGTCTTGATGCAGGAGAGTCTGGAAAAGGAAGAAAATGGTTTCAGTTTCA(SEQ IDNO101)＞M95585AACATGGACCATCCAAATTTATGGCCGTATCAAATGGTAGCTGAAAAAACTATATTTGAG(SEQ IDNO102)＞AK027147TTGTAATCATGCCAATTCCAGATCAATAACTGCATGTCTGTTCTTTGGTAGAAATAGCTT(SEQ IDNO103)＞AW291189AAAGATTATTAACCCAAATCACCTTTCTTGCTTACTCCAGATGCCTCAGCCTCTGATATA(SEQ IDNO104)＞AI632869GACTTCCTTTAGGATCTCAGGCTTCTGCAGTTCTCATGACTCCTACTTTTCATCCTAGTC(SEQ IDNO105)＞BC006537CTGTATATTTTGCAATAGTTACCTCAAGGCCTACTGACCAAATTGTTGTGTTGAGATGAT(SEQ IDNO106)＞R61469TGTTCAAACAGACTTTAACCTCTGCATCATACTTAACCCTGCGACATGCGTACAGTATGC(SEQ IDNO107)＞BC009084TGAGTCATATACATTTACTGACCACTGTTGCTTGTTGCTCACTGTGCTGCTTTTCCATGA(SEQ IDNO108)＞N64339CTGAAATGTGGATGTGATTGCCTCAATAAAGCTCGTCCCCATTGCTTAAGCCTTCAAAAA(SEQ IDNO109)＞AI200660ATCAAGAAAACCTAATCTTCTGACTCCCAGGCCAGGATGTTTTATTTCTCACATCATGTC(SEQ IDNO110)＞AK054605TTCATTTCCAAACATCATCTTTAAGACTCCAAGGATTTTTCCAGGCACAGTGGCTCATAC(SEQ IDNO111)＞NM_006115AGTTAGAAATAGAATCTGAATTTCTAAAGGGAGATTCTGGCTTGGGAAGTACATGTAGGA(SEQ IDNO112)＞X96757CAATTTTCTTTTTACTCCCCCTCTTAAGGGGGCCTTGGAATCTATAGTATAGAATGAACT(SEQ IDNO113)＞AI804745GGGTGGAGTTTCAGTGAGAATAAACGTGTCTGCCTTTGTGTGTGTGTATATATACAGAGA(SEQ IDNO114)
＞AJ000388CTCGCTCATTTTTTACCATGTTTTCCAGTCTGTTTAACTTCTGCAGTGCCTTCACTACAC(SEQ IDNO115)＞BC008764CTTTGGGCCGAGCACTGAATGTCTTGTACTTTAAAAAAATGTTTCTGAGACCTCTTTCTA(SEQ IDNO116)＞AI309080CTGGACCCTTGGAGCAGTGTTGTGTGAACTTGCCTAGAACTCTGCCTTCTCCGTTGTCAA(SEQ IDNO117)＞AA865917CCACCTCCTTCGACCTCCACTGCGCCCCACCTCCCTGCCTGTGTGTGTTATTTCAAAGGA(SEQ IDNO118)＞AA946776TCTGGCTGGTGGCCTGCGCGAGGGTGCAGTCTTACTTAAAAGACTTTCAGTTAATTCTCA(SEQ IDNO119)＞AF104032AGATGCTGTCGGCACCATGTTTATTTATTTCCAGTGGTCATGCTCAGCCTTGCTGCTCTG(SEQ IDNO120)＞AW194680TCCTTCCTCTTCGGTGAATGCAGGTTATTTAAACTTTGGGAAATGTACTTTTAGTCTGTC(SEQ IDNO121)＞BC001293GTCCTGTCCCTGTCTGGGAGTTGTGTTATTTAAAGATATTCTGTATGTTGTATCTTTTGC(SEQ IDNO122)＞BE962007ATTATATTTCAGGTGTCCTGAACAGGTCACTAGACTCTACATTGGGCAGCCTTTAAATAT(SEQ IDNO123)＞BI493248AGGAATGGTACTACCGTTCCAGATTTTCTGTAATTGCTTCTGCAAAGTAATAGGCTTCTT(SEQ IDNO124)＞AF283645CTGTACCCAAAGGATGCCAGAATACTAGTATTTTTATTTATCGTAAACATCCACGAGTGC(SEQ IDNO125)＞AI669760ATTGCCCCCCTAACCAATCATGCAAACTTTTCCCCCCCTGGGGTAATTCACCAGTTAAAA(SEQ IDNO126)＞BC001492CCCACAGTATTTAATGCCCTGTCAGTCCCTTCTAGTCTGACTCAATGGTAACTTGCTGTA(SEQ IDNO127))＞BC004453AAAACCAACTCTCTACTACACAGGCCTGATAACTCTGTACGAGGCTTCTCTAACCCCTAG(SEQ IDNO128)＞BC010626CTCAGACTGGGCTCCACACTCTTGGGCTTCAGTCTGCCCATCTGCTGAATGGAGACAGCA(SEQ IDNO129)＞BC013117CCTAATGGGGATTCCTCTGGTTGTTCACTGCCAAAACTGTGGCATTTTCATTACAGGAGA(SEQ IDNO130)＞BC011949CACTCACAATTGTTGACTAAAATGCTGCCTTTAAAACATAGGAAAGTAGAATGGTTGAGT(SEQ IDNO131)＞AW083022CTTTGAAGGGCTGCTGCACATTGTTGAATCCATCGACCTTTAGCTGCAATGGGATCTCTA(SEQ IDNO132)＞R08175TGCCTCATCGATATTATAGGGGTCCATCACAACCCAACTGTGTGGCCGGATCCTGAGTCT(SEQ IDNO133)＞NM_000065AAAACAGACAAAAGCCTTTGCCTTCATGAAGCATACATTCATTCAGGGGTAGACACACAA(SEQ IDNO134)
＞AK025181TAACAAACAAAGGCAGTAGCTCATCACTTGGGTAGCAGGTACCCATTTTAGGACCCTACA(SEQ IDNO135)＞NM_003914ATATCAGAAGTGCCAATAATCGTCATAGGCTTCTGCACGTTGGATCAACTAATGTTGTTT(SEQ IDNO136)＞AI123582ATCATAGCCCAACCATGTGAGAAGAAGGAGAAGGCCCCCCTTTCTTCATTAATCTGAAAA(SEQ IDNO137)＞BC004331GCAGACCATTCTATCATACCTGGCAGGGCTTCTGTTTTATTTTGTAGGCTGGATGCTACC(SEQ IDNO138)＞AI341378ACTACAAGCCTCTTGTTTTTCACCAAAACCCTACATCTCAGGCTTACTAATTTTTGTGAT(SEQ IDNO139)＞NM_004063GCCATGCATACATGCTGCGCATGTTTTCTTCATTCGTATGTTAGTAAAGTTTTGGTTATT(SEQ IDNO140)＞BC012926CACCTATTTATTTTACCTCTTTCCCAAACCTGGAGCATTTATGCCTAGGCTTGTCAAGAA(SEQ IDNO141)＞AL110274GTGGACATAGCCACTAACCAACTAGTTACCTTTGGACTGCAACAAAAAATGTGAAAATGA(SEQ IDNO142)＞AW473119ACTTGTAAACCTCTTTTGCACTTTGAAAAAGAATCCAGCGGGATGCTCGAGCACCTGTAA(SEQ IDNO143)＞AI685931AATTCTCTATAAACGGTTCACCAGCAAACCACCAATACATTCCATTGTTTGCCTAGAGAG(SEQ IDNO144)＞BF592799AATGGCCCATGCATGCTGTTTGCAGCAGTCAATTGAGTTGAATTAGAATTCCAACCATAC(SEQ IDNO145)＞BC000045GAGCTCAGTACTTGCCCTGTGAAAATCCCAGAAGCCCCCGCTGTCAATGTTCCCCATCCA(SEQ IDNO146)＞BC015582ATGAAGCGGAATTAGGCTCCCGAGCTAAGGGACTCGCCTAGGGTCTCACAGTGAGTAGGA(SEQ IDNO147)＞M60502AGTGGCTATATCAACATCAGGGCTAGCACATCTTTCTCTATTATCCTTCTATTGGAATTC(SEQ IDNO148)本发明也提供第二组90种基因序列，其中50种以上可用于实施本发明。这50-90种基因序列可与其它序列表达水平的测定联用，只要该组90种(序列)中的基因序列表达水平可用于分类。本发明这种实施方案的一个非限制性例子是联合测定该90种基因序列或其中至少50种(或50到约90种)序列的表达与多种其它序列的表达水平，例如利用实施本发明所用的微阵列平台来测定。当不用那些其它基因的表达水平来分类时，可认为它们是“过度”转录序列所致，对实施本发明不重要。或者，当利用那些其它基因的表达水平来分类时，它们属于本发明范围内，在此情况中利用上述序列无需排除利用其它序列的表达水平。
90种(基因序列)组中的38种包括在上述第一组74种(序列)中。两组之间这些相同成员的登录号是AA456140、AA846824、AA946776、AF332224、AI620495、AI632869、AI802118、AI804745、AJ000388、AK025181、AK027147、AL157475、AW194680、AW291189、AW298545、AW473119、BC000045、BC001293、BC001504、BC004453、BC006537、BC008765、BC009084、BC011949、BC012926、BC013117、BC015754、BE962007、BF224381、BF437393、BI493248、M60502、NM_000065、NM_003914、NM_004063、NM_004496、NM_006115和R61469。这90种(基因序列)组中不存在于74种基因序列组中的成员的相应mRNA序列见序列表，鉴定为SEQID NO149-200。下文通过登录号以及相应的寡核苷酸序列提供了可用于实施本发明的这52种独特成员的鉴定信息清单。
＞R15881ACTTCTGGTGATGATAAAAATGGTTTTATCACCCAGATGTGAAAGAAGCTGCCTGTTTAC(SEQ IDNO201)＞AI041545GTGGTTCTGTAAAAACGCAGAGGAAAAGAGCCAGAAGGTTTCTGTTTAATGCATCTTGCC(SEQ IDNO202)＞NM_024423TTTATAAGGAAGCAGCTGTCTAAAATGCAGTGGGGTTTGTTTTGCAATGTTTTAAACAGA(SEQ IDNO203)＞AB038160CTTATGAAGCTGGCCGGGCCACTCACGTTCAATGGTACATCTGGGTCTCTATGTGGTTCT(SEQ IDNO204)＞AK026790GTGAGCCAGCATTTCCCATAGCTAACCCTATTCTCTTAGTCTTTCAAAATGTAGAATGGG(SEQ IDNO205)＞BC012727CTTTACACCTGATAAAATATTTTGCGAAGAGAGGTGTTCTTTTTCCTTACTGGTGCTGAA(SEQ IDNO206)＞BC016451GCATACATCTCATCCACAGGGGAAGATAAAGATGGTCACACAAACAGTTTCCATAAAGAT(SEQ IDNO207)＞H09748TGAGTTCAGCATGTGTCTGTCCATTTCATTTGTACGCTTGTTCAAAACCAAGTTTGTTCT(SEQ IDNO208)＞NM_006142AAGACCGAGACTGAGGGAAAGCATGTCTGCTGGGTGTGACCATGTTTCCTCTCAATAAAG(SEQ IDNO209)＞AF191770GGCATCTGGCCCCTGGTAGCCAGCTCTCCAGAATTACTTGTAGGTAATTCCTCTCTTCAT(SEQ IDNO210)＞NM_006378TGGATGTTTGTGCGCGTGTGTGGACAGTCTTATCTTCCAGCATGATAGGATTTGACCATT(SEQ IDNO211)＞BC006819TCCTGGCAGAGCCATGGTCCCAGGCTTCCCAAAAGTGTTTGTGGCAATTATTCCCCTAGG(SEQ IDNO212)＞X79676TTTGATGATAGCAGACATTGTTACAAGGACATGGTGAGTCTATTTTTAATGCACCAATCT(SEQ IDNO213)＞BC006811TTCTTCCAGTTGCACTATTCTGAGGGAAAATCTGACACCTAAGAAATTTACTGTGAAAAA(SEQ IDNO214)＞NM_000198GAACAATTGTGGTCTCTCTTAACTTGAGGTTCTCTTTTGACTAATAGAGCTCCATTTCCC(SEQ IDNO215)＞AF301598GTTAAGTGTGGCCAAGCGCACGGCGGCAAGTTTTCAAGCACTGAGTTTCTATTCCAAGAT(SEQ IDNO216)＞NM_002847CGGCCTACTGAGCGGACAGAATGATGCCAAAATATTGCTTATGTCTCTACATGGTATTGT(SEQ IDNO217)＞NM_004062CAGGGTGTTTGCCCAATAATAAAGCCCCAGAGAACTGGGCTGGGCCCTATGGGATTGGTA(SEQ IDNO218)
＞AW118445TGTACAGTTTGGTTGTTGCTGTAAATATGGTAGCGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTCATGC(SEQ IDNO219)＞BC002551TACCAAACTGGGACTCACAGCTTTATTGGGCTTTCTTTGTGTCTTGTGTGTTTCTTTTAT(SEQ IDNO220)＞AA765597CATTGAGGTTTGGATGGTGGCAGGTAAAACAGAAAGGCAAGATGTCATCTGACATTAGGC(SEQ IDNO221)＞AL137761AGTTCAGCACTGTGGTTATCATTGGTGATGCCAGAAAACATTAGTAGACTTAGACAATTG(SEQ IDNO222)＞X78202TAAAATTTCTTGATTGTGACTATGTGGTCATATGCCCGTGTTTGTCACTTACAAAAATGT(SEQ IDNO223)＞AK025615AGCCATCTGGTGTGAAGAACTCTATATTTGTATGTTGAGAGGGCATGGAATAATTGTATT(SEQ IDNO224)＞BC001665CTTATTGTCACTGGTTAAGAACTTGGCGAGATTGAAGGGCTTTTGTTATTGTTGTTGGAT(SEQ IDNO225)＞AI985118CTTTCTAGTGAGCTAACCGTAACAGAGAGCCTACAGGATACACGTGAGATAATGTCACGT(SEQ IDNO226)＞AL039118TTGTCTTAAAATTTCTTGATTGTGATACTGTGGTCATATGCCCGTGTTTGTCACTTACAA(SEQ IDNO227)＞AA782845CCTGGGGGAAAGGGGCATTCATGACCTGAACTTTTTAGCAAATTATTATTCTCAGTTTCC(SEQ IDNO228)＞BC016340TTCATTAACAGTACTAAGTGGAAGGGATCTGCAGATTCCAAATTGGAATAAGCTCTATCA(SEQ IDNO229)＞AA745593CCAATGCAGAAGAGTATTAAGAAAGATGCTCAAGTCCCATGGCACAGAGCAAGGCGGGCA(SEQ IDNO230)＞NM_004967CAAGGCTACGATGGCTATGATGGTCAGAATTACTACCACCACCAGTGAAGCTCCAGCCTG(SEQ IDNO231)＞BF510316AGCTCACAGCTGGACAGGTGTTGTATATAGAGTGGAATCTCTTGGATGCAGCTTCAAGAA(SEQ IDNO232)
＞AA993639TCCAAAGTAGAAAGGGTTCTTTTAGAAAACTTGAAGAATGTGCCTCCTCTTAGCATCTGT(SEQ IDNO233)＞AV656862GATGCATTTTTCAGTCCCTTTTCAGAGCAAATGCTTTTGCAATGGTAGTAATGTTTAGTT(SEQ IDNO234)＞X69699CCTGTGGGGCTTCTCTCCTTGATGCTTCTTTCTTTTTTTAAAGACAACCTGCCATTACCA(SEQ IDNO235)＞BC013282TTGCACTAAGTCATGCTGTTTCCTCAAAGAAGCTTTGTTTTTTGTTAACGTATTACTCAG(SEQ IDNO236)＞AI457360CTGGATCCCAGGCCCTGGCACCCCTCAGGAAATACAAGAAAAAGAATATTCACATCTGTT(SEQ IDNO237)＞AW445220TTAGAGGGGCCACCTATCAACTCATCAGTGTTCAAAGAATATGCTGGGAGCATGGGTGAG(SEQ IDNO238)＞AF038191GGCCCATTTATGTCCCTCATGTCTCTAGATTTTCTCGTCACCCAGCCTCAAAAATATATG(SEQ IDNO239)＞X05615TCCCCAAAAACCTCACCCGAGGCTGCCCACTATGGTCATCTTTTTCTCTAAAATAGTTAC(SEQ IDNO240)＞BC005364GAAATTCCTCACACCTTGCACCTTCCCTACTTTTCTGAATTGCTATGACTACTCCTTGTT(SEQ IDNO241)＞AK025701TGTCTGTCCACCACGAGATGGGAGGAGGAGAAAAAGCGGTACGATGCCTTCCTGACCTCA(SEQ IDNO242)＞BF446419GTCTTATCTCTCAGGGGGGGTTTAAGTGCCGTTTGCAATAATGTCGTCTTATTTATTTAG(SEQ IDNO243)＞AK025470CCGAGTAGTATGGGTCTCTGTGTGAGAAACCAGGAGATATTTTCATCTTGTTCGGAAATA(SEQ IDNO244)＞BE552004TTGTGCAAAAGTCCCACAACCTTTCTGGATTGATAGTTTGTGGTGAAATAAACAATTTTA(SEQ IDNO245)＞H05388TCCAGTATTCTGCAGGGCCAGTCAGTTGTACAGAAGTTGGAATATTCTGTTCCAGAATTA(SEQ IDNO246)＞NM_033229GTCTCGAACAGCGGTTGTTTTTACTTTATTTATCTTAGGCCCTCAGCTCCCTGACGTCCT(SEQ IDNO247)＞BC010437AGTGAATCTTTTCCTCTTGGTAGCATCAACACTGGGGATAAATCAGAACCATTCTGTGGA(SEQ IDNO248)＞AI952953TGAGAGCCCAGAACAAGAAGGAGCAGAAGGGCACTTTGACCTTCATTATTATGAAAATCA(SEQ IDNO249)＞R45389GGAAGAACTGATGCTTGCTGCTAACTAAAGTTTTGGATGTATCGATTTAGAGAACCAATT(SEQ IDNO250)＞NM_001337GAATGAGAGAATAAGTCATGTTCCTTCAAGATCATGTACCCCAATTTACTTGCCATTACT(SEQ IDNO251)＞AT499593TACGGAAAGGAAACAGGTTATACTCTTAGATTTAAAAAGTGAAAGAAACTGCAGGCGCCT(SEQ IDNO252)
在本发明的一些实施方案中，可通过检测含细胞样品中所表达的序列与以上寡核苷酸的杂交来检测基因序列的表达水平，所述寡核苷酸对应于序列表所提供的登录号所示的序列。
在其它实施方案中，本发明提供74种(基因序列)组或90种(基因序列)组中任何数目基因序列在本发明方法中的应用。因此，在任何情况中本发明采用上述一组或两组中的50种以上基因序列的1种到全部。因此，可采用74种(基因序列)组或90种(基因序列)组中的50种以上序列的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种以上。
本文所用的“肿瘤样品”或“含有肿瘤的样品”或“含有肿瘤细胞的样品”或其变化形式指分离自怀疑患有或处于患癌症风险的个体的含细胞组织或液体样品。这些样品可含有用已知方法或技术人员认为合适的其它方法分离的肿瘤细胞。这些方法包括但不限于显微解剖、激光捕获显微解剖(LCM)或激光显微解剖(LMD)然后用于本发明。或者，可以利用组织“切片”中未经切割的细胞。这种样品的非限制性例子包括原代分离物(与培养的细胞相反)，可用非侵入性或最低限度侵入性方法收集这些样品，所述方法包括但不限于导管灌洗、细针吸取、针刺活检、美国专利6,328,709所述的装置和方法或本领域已知的任何其它合适方法。或者，可通过非侵入性方法，包括但不限于外科手术活检来收集样品。
可通过本领域已知的各种方法或技术人员认为合适的方法来检测与测量转录序列。基本上可采用任何试验方法，只要该试验能定量或定性反映所要检测的转录序列的表达。
认识到所述基因序列(无论随机选择的还是专门化的)表达水平的相关性而不是用测定实际表达水平的试验形式即能对肿瘤样品进行分类。本发明的试验可利用本文所述各个基因序列的任何经鉴定的特征，只要该试验能定量或定性反映“转录组”(基因组中各基因的转录组分)或“蛋白质组”(基因组中各基因表达的翻译组分)中该基因的表达。其它试验包括检测蛋白质组相关成员的多肽片段的那些试验。后者的非限制性例子包括检测生物液体，例如血液或血清中的蛋白酶解片段。要鉴定的特征包括但不限于编码(DNA)或表达(RNA)的独特核酸序列，所述的某基因序列编码蛋白质的特异性基因或表位，或该蛋白质的活性。
其它方法包括检测可表明表达水平增加的核酸扩增，可表明表达水平降低的核酸灭活、缺失或甲基化。换言之，可通过检验作为各个基因序列表达基础的DNA模板、用作表达该序列的中间体的RNA或该序列所表达的蛋白质产物的一个或多个方面，以及这种产物的蛋白酶解片段来实施本发明。同样，可通过检测这种DNA、RNA和蛋白质分子的存在、含量、稳定性或降解(包括速率)来实施本发明。
在一些实施方案中，可通过诸如聚合酶链式反应(PCR)及其变化形式，例如但不限于定量PCR(Q-PCR)、逆转录PCR(RT-PCR)和实时PCR(包括检测样品中各序列的mRNA拷贝的初始量的方法)，任选实时RT-PCR或实时Q-PCR来扩增和检测某基因的全部或部分序列。这种方法可利用与某基因序列各部分互补的一种或两种引物，利用这种引物来引发核酸合成。任选标记新合成的核酸，可直接或通过与本发明多核苷酸杂交来检测。可使新合成的核酸在杂交条件下与本发明(含有基因序列)的多核苷酸接触。检测所述核酸表达的其它方法包括RNA酶保护试验，包括液相杂交和细胞原位杂交。
或者，可如2003年9月19日提交的美国专利申请60/504,087、2003年12月2日提交的10/727,100和2004年2月6日提交的10/773,761(所有三份申请如同全文列出一样纳入本文作为参考)所述检测FFPE样品中基因序列的表达。简言之，作为非限制性例子可采用杂交介导的检测(例如但不限于微阵列、珠或颗粒技术)或定量PCR介导的检测(例如但不限于实时PCR和逆转录PCR)来检测某基因序列全部或一部分的表达的或转录物。作为非限制性例子可采用免疫组织化学技术或其它抗体介导的检测(例如但不限于利用与其它相比能特异性结合该多肽至少一部分的标记抗体)来检测某表达多肽的全部或一部分的表达。也可用分析基因表达的其它方法，包括在一次试验中检测样品中全部或接近全部的基因表达(例如，作为基因表达概况分析的一部分，如在微阵列上进行分析)。线性RNA扩增的非限制性例子描述于美国专利申请10/062,857(2001年10月25日提交)，以及美国临时专利申请60/298,847(2001年6月15日提交)和60/257,801(2000年12约22日提交)，所有这些申请如同全文列出一样全文纳入本文作为参考。
利用核酸试验来测定表达的实施方案包括根据本领域已知的技术将一种或多种基因序列固定在固体支持物上，包括但不限于固定在诸如阵列或珠固体基材。或者，也可采用本领域已知的溶液表达试验。固定的基因序列可采取独特的或者所述基因的特异性多核苷酸形式从而使这些多核苷酸能与所述基因的DNA或RNA杂交。这些多核苷酸可以是全长基因或任选干扰最少(例如因错配或插入非互补碱基对)从而不影响与这些基因的相应DNA或RNA杂交的这些基因的短序列(由于删除了该序列的5’或3’末端，最长的也比本领域已知的全长序列短一个核苷酸)。在一些实施方案中，所用的多核苷酸是所述基因的3’末端，例如从某基因或所表达序列的聚腺苷酸化信号或聚腺苷酸化位点计算长约350、约300、约250、约200、约150、约100或约50个核苷酸。与所述基因的序列相比，也可利用含有突变的多核苷酸，只要这些突变虽存在但仍能杂交而产生可检测信号。因此，在所述序列和对象样品的细胞所表达的那些序列之间虽存在少量错配但不影响本发明的实施。在某种动物个体之间的序列多态性的情况中可观察到存在这种错配的非限制性例子，例如智人中的个别人患者。
本领域技术人员应知道，一些基因序列包含不会造成所述序列的独特性的3’poly A(或互补链上的poly T)延伸段。因此，可利用缺乏3’poly A(或3’polyT)延伸段的基因序列实施本发明。所述序列的独特性指只见于核酸中的这些序列的各部分或全部，包括见于其3’非翻译部分的独特序列。实施本发明的一些独特序列是形成所述基因的共有序列的那些序列，这些独特序列可用于检测不同个体中的表达而不是存在于一些个体中的多态性特异性序列。或者，可利用某个体或某亚群的独特序列。这些独特序列可以是本文所述的本发明多核苷酸的长度。
在本发明的其它实施方案中，可利用含有存在于所述基因序列3’非翻译区和/或非编码区的序列的多核苷酸来检测本发明含细胞样品中的表达水平。这种多核苷酸可任选含有见于所述基因序列编码区3’部分的序列。含有编码和3’非编码区序列相组合的多核苷酸优选具有连续排列和没有间插异源序列的序列。
或者，可利用含所述基因序列5’非翻译区和/或非编码区的序列的多核苷酸来实施本发明从而可检测本发明细胞和样品中的表达水平。这种多核苷酸可任选含有所述编码区5’部分的序列。含有编码区和5’非编码区序列相组合的多核苷酸可具有连续排列和没有间插异源序列的序列。也可利用所述基因序列编码区的序列实施本发明。
一些实施方案的多核苷酸含有由至少约16、至少约18、至少约20、至少约22、至少约24、至少约26、至少约28、至少约30、至少约32、至少约34、至少约36、至少约38、至少约40、至少约42、至少约44或至少约46个连续核苷酸组成的3’或5’非翻译区和/或非编码区序列。上句所用的术语“约”指所述数值加减1。其它实施方案利用含有至少或约50、至少或约100、至少约或150、至少或约200、至少或约250、至少或约300、至少或约350或至少或约400个连续核苷酸的序列的多核苷酸。上句所用的术语“约”指所述数值加减10％。
本发明多核苷酸中的基因编码区3’或5’端的序列与上述那些序列长度相同，除了它们受限于该编码区的天然长度。编码区的3’端可包括多达该编码区3’一半的序列。反之，编码区的5’端可包括多达该编码区5’一半的序列。当然，可采用上述序列或含有其各部分的编码区和多核苷酸的全长。
在本发明的另一实施方案中，可利用所述基因序列5’和/或3’端含有核苷酸缺失的多核苷酸。宜是5’和/或3’端缺失1-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-60，60-70、70-80、80-90、90-100、100-125、125-150、150-175或175-200个核苷酸，虽然缺失的程度受限于该序列的天然长度和能否利用这些多核苷酸检测表达水平的需要。
所述基因序列3’端衍生的本发明其它多核苷酸包含用于定量PCR的引物与任选探针的那些(序列)。引物和探针优选是能扩增以下区域的那些即从某基因或所表达序列的聚腺苷酸化信号或聚腺苷酸化位点算起长度少于约750、少于约700、少于约650、少于约6000、少于约550、少于约500、少于约450、少于约400、少于约350、少于约300、少于约250、少于约200、少于约150、少于约100或少于约50个核苷酸的区域。本发明的PCR扩增子可以是任何大小，包括至少或约50、至少或约100、至少约或150、至少或约200、至少或约250、至少或约300、至少或约350或至少或约400个连续核苷酸，所有均包含与所用PCR引物互补的部分。
用于实施本发明的其它多核苷酸包括与所述基因序列具有足够同源性可采用杂交技术来检测它们表达的那些(序列)。这种多核苷酸优选与待用基因序列具有约或95％、约或96％、约或97％、约或98％或约或99％的相同性。如上所述，采用BLAST算法测定相同性。用于实施本发明的其它多核苷酸也可根据能否在严谨性条件下与本发明多核苷酸杂交的能力来描述，所述严谨性条件是用约30％v/v-约50％甲酰胺和约0.01M-约0.15M盐进行杂交，用约0.01M-约0.15M盐和约55-约65℃洗涤，或与其等价的条件。
在本发明的其它实施方案中，提供含有人基因序列的一条或两条链的单链核酸分子群作为探针，使该(分子)群的至少一部分与定量扩增的本发明细胞或样品的RNA核酸分子的一条或两条链杂交。该(分子)群可以只是人基因序列的反义链，从而使细胞中的或从细胞中扩增的分子的有义链可与所述(分子)群的一部分杂交。与含有互补基因序列的表达(或扩增)的核酸分子的含量相比，该(分子)群优选包含充分过量的人基因序列的一条或两条链。
本发明还提供通过检测获自人对象的含核酸或细胞样品中50种以上转录序列表达水平对人肿瘤样品进行分类，与将该样品分类为含有人的某肿瘤类型的肿瘤细胞而排除其它一种或多种人肿瘤的方法。在一些实施方案中，可采用该方法将某样品分类为上述53种肿瘤或肿瘤细胞之一从而排除其它52种的一种或多种。在其它实施方案中，可采用该方法将某样品分类为上述34种肿瘤或肿瘤细胞之一从而排除其它33种肿瘤的一种或多种。在其它实施方案中，可采用该方法将某样品分类为上述39种肿瘤或肿瘤细胞之一从而排除其它38种肿瘤的一种或多种。
本发明也提供通过检测获自人对象含核酸的肿瘤样品中50种以上转录序列表达水平将肿瘤样品分类为本文所述可能的肿瘤类型某亚组，与将该样品分类为人多肿瘤类型之一而排除其它一种或多种人肿瘤的方法。在本发明的一些实施方案中，其它肿瘤类型数目是1-约3种、更优选1-约5种、1-约7种、1-约9种或约10种。在其它实施方案中，肿瘤类型数目是同一组织或器官来源的所有类型，例如上述那些类型。本发明的此方面与以上图8所讨论的和为提高可信度用特异性作为交换有关，并优选应用于将样品分类为可能的肿瘤类型某一亚组而提高将样品分类为单一类型肿瘤的精确度或性能水平的情况中。
在其它实施方案中，可通过分析一种细胞或均质细胞群的基因表达来实施本发明，所述细胞群除去了简单活检中存在的污染细胞，或者从中分离或纯化。这些实施方案的一个优点是可除去污染性非肿瘤细胞(例如浸润淋巴细胞或其它免疫系统细胞)从而不会影响对本文所鉴定的基因或随后基因表达水平的分析。这种污染细胞存在于用于产生基因表达概况的活性组织中。
在采用Q-PCR或逆转录Q-PCR作为试验平台的本发明其它实施方案中，可将本发明基因序列的表达水平与同一样品中的参比基因的表达水平作比较或者利用此表达水平的比例。这为多种已知肿瘤与测试的含细胞样品的数据比较提供了表达数据“标准化”的方法。尽管可利用多种参比基因，但也可利用39种肿瘤组这经鉴定的8种特定基因序列来实施本发明。此外，可采用多重形式的全部或一部分进行Q-PCR。
此8种参比序列的相应mRNA序列见附加的序列表。下文提供了含有相应鉴定信息的相应SEQ ID NO清单，包括登录号和其它信息。
＞Hs.77031_mRNA_1 gi|16741772|gb|BC016680.1|BC016680智人克隆MGC21349 IMAGE4338754 polyA＝3(SEQ ID NO253)＞Hs.77541_mRNA_1 gi|12804364|gb|BC003043.1|BC003043智人克隆MGC4370 IMAGE2822973 polyA＝3(SEQ ID NO254)＞Hs.7001_mRNA_1 gi|6808256|emb|AL137727.1|HSM802274智人mRNA；cDNA DKFZp434M0519(来自克隆DKFZp434M0519)；部分编码序列polyA＝3(SEQ ID NO255)
＞Hs.302144_mRNA_1 gi|11493400|gb|AF130047.1|AF130047智人克隆FLB3020 polyA＝0(SEQ ID NO256)＞Hs.26510_mRNA_2 gi|11345385|gb|AF308803.1|AF308803智人染色体15图15q26 polyA＝3(SEQ ID NO257)＞Hs.324709_mRNA_2 gi|12655026|gb|BC001361.1|BC001361智人克隆MGC2474 IMAGE3050694 polyA＝2(SEQ ID NO258)＞Hs.65756_mRNA_3 gi|3641494|gb|AF035154.1|AF035154智人染色体16图16p13.3 polyA＝3(SEQ ID NO259)＞Hs.165743_mRNA_2 gi|13543889|gb|BC006091.1|BC006091智人克隆MGC12673 IMAGE3677524 polyA＝3(SEQ ID NO260)可通过与上述其它基因序列相同或不同的方法来检测任何上述参比序列之一的表达。在本发明的一些实施方案中，可通过检测含细胞样品中表达的序列与以下寡核苷酸的杂交来检测所述基因序列的表达水平，以下寡核苷酸对应于所提供的登录号所示的上述序列。
＞BC006091TCATCTTCACCAAACCAGTCCGAGGGGTCGAAGCCAGACACGAGAGGAAGAGGGTCCTGG(SEQ ID NO261)＞BC003043CTCTGCTCCTGCTCCTGCCTGCATGTTCTCTCTGTTGTTGGAGCCTGGAGCCTTGCTCTC(SEQ ID NO262)＞AF130047TGCTCCCGGCTGTCCTCCTCTCCTCTTCCCTAGTGAGTGGTTAATGAGTGTTAATGCCTA(SEQ ID NO263)＞AF035154CCCCATCTCTAAAACCAGTAAATCAGCCAGCGAATACCCGGAAGCAAGATGCACAGGCGG(SEQ ID NO264)＞BC001361CCAGAAACAAGGAAGAGGAAAGACAAAGGGAAGGGACGGGAGCCCTGGAGAAGCCCGACC(SEQ ID NO265)＞AF308803AAGTACAACCCATGCTGCTAAGATGCGAGCAGGAAGAGGCATCCTTTGCTAAATCCTGTT(SEQ ID NO266)＞BC016680ACCTCACCCCTGCCCGGCCCAAGCTCTACTTGTGTACAGTGTATATTGTATAATAGACAA(SEQ ID NO267)＞AL137727TTCCCTTAATTCCTCCTCCCGACCTTTTTTACCCCCCCAGTTGCAGTATTTAACTGGGCT(SEQ ID NO268)在其它方面，本发明提供的方法也可全部或部分自动进行。这包括本发明的软件实施方案。非限制性例子包括一个或多个计算机可读存储装置上的处理器可执行指令，其中所述指令可根据本文所述的基因表达水平指导对肿瘤样品的分类。(本发明)考虑了一个或多个计算机可读存储装置上的处理器可执行指令，其中所述指令通过计算机输出装置提供和/或操纵分类方法的过程或结果。
本发明包括软件和硬件实施方案，其中将多种已知肿瘤类型的一组基因序列的基因表达数据具体化为一数据集。在一些实施方案中，可利用该基因表达数据集来实施本发明方法。本发明也提供用于执行本文所述方法的计算机相关工具和系统。一些实施方案提供了对含细胞样品进行分类的设备。这种设备可包括配置为接收查询存储的查询输入，而查询存储配置为能存储从查询输入接收到的本文所述基因表达的数据集；与访问并在本文所述分类算法中使用存储数据的模块。该设备还可包括(作为)分类算法结果的串存储，任选具有访问并在本文所述输出算法中使用该串存储数据的模块。
结合上述方法、工艺或算法的各步骤与本文所述实施方案直接体现在硬件、处理器所执行的软件模块或二者的结合。可以所示顺序，或以另一顺序进行某方法或工艺的各步骤或行为(act)。因此，可省去一个或多个工艺或方法步骤，或者可在这些方法和工艺中加入一个或多个工艺或方法步骤。可在这些方法和工艺的开始、结束或中间阶段加入额外的步骤、块(block)或行为(action)。
本发明的其它方面提供了本发明与临床活动相关的应用。在一些实施方案中，进行本文所述的测定或检测基因表达作为向患者提供医疗护理的一部分，包括提供用于支持医疗护理的诊断服务。因此，本发明包括患者的医疗护理方法，该方法包括如本文所述测定或检测获自患者的含细胞样品中所述基因序列的表达水平。该方法还包括以本文所述方式根据测定/检测(结果)将样品分类为含某肿瘤类型或组织来源的肿瘤细胞。所述测定和/或分类(结果)可如本文所述用于本发明的任何方面或实施方案中。
可先进行各种相关行为再测定或检测表达水平。在一些实施方案中，先测定或诊断需要所述检测的人对象，再进行这种检测。可先由经批准能从事这种检测要求为该检测偿付或支付费用的医生、护士或其他卫生保健人员或专职人员，或在他们指导下工作的人员，或健康保险或保健组织(health insurance ormaintenance organization)的人员确定是否需要检测后再检测。
也可先做好实际检测所需的准备后再检测。非限制性例子包括实际获得人对象的含细胞样品；或接受含细胞样品；或者制作含细胞样品的切片；或者分离含细胞样品中的细胞；或者分离含细胞样品中的细胞RNA；或者逆转录含细胞样品中细胞的RNA。样品可以是可用于实施本发明的本文所述的任何样品。
在其它实施方案中，本发明提供对患者实施医疗护理或本发明其它方法的预订或接收订单的方法。医生、护士或其他卫生保健人员，或在他们的指导下工作的人员可作出预订，而能执行这些方法的任何人可直接或间接接收(订单)。可通过任何联系方式预订，包括手写、口述、电子、数字、模拟、电话、亲自、传真、邮件或通过美国国内管辖区域的其它方式。
本发明还提供处理检验(例如上述患者的医疗护理方法或本发明的其它方法)的偿付或支付的方法。处理偿付或支付的方法包括在实施本发明的表达水平检测、测定或测试后以书面或数据库形式表明1)报酬已收到，或2)将由另一付款人付费，或3)仍未付费。所述数据库可以是任何形式，本发明范围包括电子形式，例如计算机可执行数据库。表明可采取书面或数据库中密码的形式。“另一付款人”可以是除以前作出要求偿付或支付的人以外的任何个人或团体。
或者，该方法可包括为在技术上或实际上实施了上述患者医疗护理方法，解释所述方法的结果或本发明任何其它方法而接受偿付或支付(的费用)。当然本发明也包括让另一人或团体接收偿付或支付(的费用)的指令的实施方案。这种指令可以用任何联系方式，包括上述方式。接收者可以是任何实体，包括作为非限制性例子的保险公司、保健组织、政府卫生部门或患者。付费可以是全部或部分付费。在患者的情况中，付费可以是称为共同付费(co-pay)的一部分付费形式。
在另一实施方案中，该方法可包括因实施了上述患者的医疗护理方法或本发明其它方法而向保险公司、保健组织、政府卫生部门或患者发出或已发出偿付或支付要求。这种要求可以用任何联系方式，包括上述方式。
在其它实施方案中，该方法可包括接收为实施了上述患者的医疗护理方法或本发明其它方法而批准的费用，或拒绝付费的指示。这种指示来自被要求偿付或支付的任何个人或团体。非限制性例子包括保险公司、保健组织或政府卫生部门，例如作为非限制性例子的Medicare或Medicaid部门。这种指示可以用任何联系方式，包括上述方式。
另一实施方案是该方法包括因实施了上述患者的医疗护理方法或本发明其它方法而发出偿付或支付要求。这种要求可以用任何联系方式，包括上述方式。可向保险公司、保健组织或联邦卫生部门或实施了该方法的患者作出此要求。
其它方法包括因实施了上述患者的医疗护理方法或本发明其它方法而以数据库形式或在数据库中显示需要偿付或支付(费用)。或者，该方法可简单显示已执行了该方法。数据库可以是任何形式，本发明范围包括电子形式，例如计算机可执行数据库。所述显示可采取书面或数据库密码的形式。
在上述患者的医疗护理方法或本发明其它方法中，该方法可包括任选向医疗护理机构、卫生保健人员或专职人员、医生、护士或为其工作的人员报道该方法获得的结果。报道可直接或间接(给予)患者。报道可以用任何联系方式，包括上述方式。
本发明还提供测定或检测本文所述含细胞样品中基因表达水平的试剂盒。试剂盒一般装有一种或多种试剂来检测用于实施本发明的本文所述的基因表达。非限制性例子包括用于检测表达水平的多核苷酸探针或引物，用于本发明方法的一种或多种酶，用于实施本发明的一根或多根试管。在一些实施方案中，该试剂盒装有用于检测本文所述基因表达的阵列或能组装到阵列中的固体介质。在其它实施方案中，该试剂盒装有的一种或多种抗体与多肽上存在的表位发生免疫相互作用而表明基因序列的表达。在一些实施方案中，所述抗体可以是抗体片段。
本发明的试剂盒也可装有显示或描述该试剂盒或本发明引物或探针在本文提供的本发明方法中的应用的说明书。试剂盒也可装有其它组分以帮助实施试剂盒所设计的具体应用。因此，例如试剂盒可额外装有检测标记物(例如，酶标记物的酶底物，检测荧光标记物的过滤装置，合适的第二标记物，例如绵羊抗-小鼠-HRP等)的装置。试剂盒还可装有用于本发明方法的缓冲液和其它识别试剂。
现已总体描述了本发明，参考以下实施例更易于理解本发明，除非另有指定，提供这些实施例是为了说明而不是要限制本发明的范围。
实施例实施例1材料与方法下表显示实施例2所用的已知肿瘤样品的类型和数目
该500份样品是含肿瘤的组织的新鲜或冷冻样品。将以上468份样品中的374份作为训练组，其余94份作为测试组而用于进一步实验。最初使用不少于5种肿瘤类型的样品。
诊断证实这些样品含有原发性和转移性肿瘤。将一块5μm切片染色，目测肿瘤。手工分离或激光捕获显微分离(Arcturus，Mountain View，CA)得到纯的肿瘤(细胞)群。
对每份样品进行RNA提取和质量控制。简言之，采用二氧化硅自旋柱提取方法(Arcturus，Mountain View，CA)加工样品。采用定量PCR(Taqman，ABI)和β-肌动蛋白转录物特异性引物评估所提取RNA的总量。只扩增含有10ng以上RNA的样品。
采用改进的RNA聚合酶两轮扩增方案(Arcturus，Mountain View，CA)扩增样品。扩增后，用OD(260/280)分光光度法定量测定RNA产量，通过琼脂糖(2％)变性凝胶电泳目测扩增的产物。
任何使各样品的扩增产物与微阵列杂交来检测样品中转录物的表达水平。利用取样函数软件随机选择基因。就每次选择的基因数目而言，随机选择样品100次并用于计算训练组和测试组的交互验证和精确度预测。通过将该训练组分为一组用于训练，另一组用于测试的两部分来交互验证。
实施例2结果计算50-16948种基因100次取样各步骤的平均精确度和95％可信度区间并作图。这些图显示了KNN(k-最近邻)算法与随机选择的基因数目的交互验证和精确度预测。基因随机选择采用R软件的随机取样函数。
50种以上基因能精确分类大量肿瘤类型，精确度优于50％。利用这些样品和KNN以及提取RNA并分析基因表达的已知FFPE肿瘤样品观察到类似结果。
应该注意尽管利用其它基因可使精确度稳定，但预计采用50种以上的多个基因组精确度显著较高。通过包括其它样品可对其它肿瘤类型，例如上表中总共32种样品的肿瘤类型作出分类。
测定100种随机选择的一组表达基因序列的精确度水平为66％，如实施例3所述用其得到图1和2。
实施例3随机多组基因的信息容量测试了用于分类39种肿瘤的100种随机选择的表达基因序列的亚组分类39种肿瘤的诸亚组的能力。将100种表达序列的50、55、60、65、70、75、80、85、90、95的随机组合和100种(各组合取样10次)全部的表达水平与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2-所有39种类型肿瘤样品的诸随机测试组(各取样10次)。图1显示了各基因组的分类能力与所分类肿瘤类型的数目相关。如预期的一样，肿瘤类型分类的精确度越高，需要的基因序列数目越多。图2显示对数目不同的肿瘤类型的分类能力与所用基因序列的数目相关。
所述100种基因序列的GenBank登录号是AF269223、BC006286、AK025501、AJ002367、AI469140、AW013883、NM～001238、AI476350、BC006546、AI041212、BF724944、AI376951、R56211、BC006393、X13274、BC001133、N62397、BC000885、AK001588、AK057901、AF146760、AI951287、AK025604、BC007581、BC015025、R43102、AW449550、AI922539、AI684144、AI277662、BC015999、AW444656、BC011612、BC015401、BF447279、BC009956、AL050163、BC001248、BE672684、AL137353、BC001340、U45975、BE856598、BC009060、AL137728、AA713797、AL583913、AK054617、AI028262、AI753041、BG939593、AL080179、AA814915、AF131798、AI961568、BC009849、AK021603、BC012561、AI570494、BC006973、AW294857、BC004952、AK026535、AI923614、AW082090、AI005513、AF339768、AK023167、AF169693、AF076249、BC007662、BC015520、AI814187、AI565381、AW271626、AK024120、AF139065、BC014075、AI887245、AF257081、AI767898、AF070634、AF155132、X69804、U65579、NM～004933、AI655104、AW131780、AI650407、AF131774、AA814057、AJ311123、BC009702、AF264036、AL161961、AJ010857、AF106912、AK023542、AF073518和D83032。以1-100号给它们编索引，以下是本发明所用的代表性和非限制性随机组就50种基因而言，第1组利用了基因9、52、55、24、44、58、20、79、81、86、22、84、27、32、73、70、18、41、54、38、46、78、87、49、15、95、12、23、30、13、36、98、28、56、21、19、35、51、25、43、99、34、64、66、82、72、11、92、59和71。第2组利用了基因72、92、27、8、14、87、42、83、65、85、40、21、74、66、6、28、13、98、91、78、49、52、33、30、97、84、2、95、88、64、93、11、1、45、61、39、12、67、53、89、43、17、54、7、55、38、3、15、70和31。第3组利用了基因9、35、87、52、73、74、88、22、41、28、93、15、67、20、68、17、46、43、51、24、84、79、19、100、76、6、49、97、16、59、89、66、45、63、2、27、13、98、69、60、26、86、83、58、71、54、82、32、42和77。第4组利用了基因34、67、48、53、24、61、6、64、89、76、35、21、86、83、68、7、25、65、58、28、97、90、31、57、3、50、2、96、84、29、42、46、82、62、19、95、44、52、33、36、15、37、70、11、43、13、8、49、16和99。第5组利用了基因11、22、87、25、5、38、35、68、94、51、60、53、20、42、95、92、33、15、14、24、85、37、69、17、19、93、8、97、46、83、26、86、66、89、63、16、74、28、52、2、96、99、71、10、65、90、29、34、77和45。第6组利用了基因62、6、69、12、19、50、51、5、1、32、41、84、27、10、93、28、79、21、88、47、58、64、74、39、33、46、17、86、87、4、60、98、97、45、26、72、40、63、30、54、52、11、15、96、14、24、73、67、59和38。第7组利用了基因67、21、62、15、59、6、23、30、89、94、82、74、96、17、41、38、48、100、5、71、20、55、79、28、44、64、92、65、51、37、32、22、72、98、12、54、78、50、60、76、88、3、40、80、77、16、24、42、8和14。第8组利用了基因43、68、8、38、82、73、12、23、77、63、56、33、66、14、47、17、53、62、42、57、30、89、44、58、34、24、81、40、45、1、99、52、37、80、96、10、71、50、20、51、18、54、31、70、84、3、83、76、59和91。第9组利用了基因36、90、34、79、29、24、44、51、27、58、52、37、68、49、89、80、57、8、22、77、54、65、26、91、21、64、59、61、13、74、87、50、63、20、78、23、96、67、30、55、81、35、72、56、95、82、39、42、88和92。第10组利用了基因59、94、91、88、3、45、13、96、66、58、60、69、21、95、4、7、67、83、44、2、37、24、8、12、53、47、34、9、31、46、11、68、1、6、29、14、33、54、43、80、39、18、100、10、84、65、5、76、26和22。
就55种基因而言，第1组利用了基因20、76、33、73、15、83、47、2、95、67、26、49、97、25、46、13、51、42、14、11、39、94、37、100、56、63、6、66、45、75、3、78、55、7、72、44、35、48、65、38、60、90、30、36、77、23、16、32、80、89、8、91、43、50和28。第2组利用了基因11、63、93、79、21、57、66、10、42、83、75、94、3、38、49、91、53、90、50、52、39、99、85、48、31、18、89、25、87、56、40、5、19、88、27、92、20、100、59、43、95、80、86、44、55、68、54、33、96、45、2、9、81、73和37。第3组利用了基因20、73、76、29、44、33、84、98、15、69、32、14、50、70、63、41、87、74、99、34、23、36、37、68、89、43、91、18、26、45、9、90、28、92、7、30、22、54、96、72、16、38、58、52、79、57、47、83、17、49、2、80、51和46。第4组利用了基因90、63、60、82、81、50、25、24、56、9、8、89、70、55、15、4、35、75、77、46、87、6、49、85、98、58、28、27、64、47、99、51、86、21、54、80、41、74、88、14、36、2、23、32、19、30、52、84、62、37、43、53、72、39和92。第5组利用了基因27、43、33、84、89、31、60、97、15、45、42、73、4、6、90、61、72、56、2、38、96、14、25、77、58、86、21、32、82、3、50、17、28、48、44、7、70、20、59、83、1、71、52、95、69、54、39、46、63、51、57、34和22。第6组利用了基因96、12、94、27、11、33、25、22、26、50、60、70、68、30、82、34、17、32、29、19、87、76、81、7、55、35、45、56、31、99、5、24、54、97、21、92、98、36、88、23、58、77、14、95、9、73、84、61、2、38、83、65、42、74和48。第7组利用了基因52、11、79、27、23、64、96、33、75、12、34、94、26、78、67、51、57、70、28、89、9、98、62、91、41、65、73、74、8、16、90、37、1、10、59、81、63、30、80、18、15、48、36、19、84、14、45、38、97、99、3、82、54、22和5。第8组利用了基因83、57、6、37、44、76、5、59、74、62、72、23、93、75、32、100、98、29、30、65、21、17、78、46、13、82、14、50、66、63、90、49、54、68、60、10、87、94、58、91、33、31、36、8、11、92、51、38、43、52、7、86、89、84和70。第9组利用了基因29、100、79、21、63、12、51、2、18、77、81、33、68、69、13、23、37、39、14、3、93、36、5、35、30、40、28、61、49、71、27、99、75、96、83、97、78、54、19、89、62、38、8、53、26、43、52、25、58、9、31、86、65、6和60。第10组利用了基因7、37、22、39、41、89、57、75、6、23、47、51、55、93、49、5、15、79、20、11、42、87、78、33、68、76、94、77、62、16、31、54、28、99、90、61、25、21、59、73、83、95、30、91、65、24、4、17、10、72、63、98、34、69和1。
就60种基因而言，第1组利用了基因67、60、53、20、3、9、87、16、1、14、96、82、79、94、35、32、44、22、17、46、59、29、40、57、68、52、48、31、34、23、91、38、92、49、51、86、88、55、50、39、83、65、11、42、4、63、47、73、84、75、77、18、74、100、26、5、72、10、90和76。第2组利用了基因62、67、70、82、8、10、26、45、98、38、76、14、72、36、89、95、86、96、18、91、75、74、7、46、16、83、65、33、29、57、32、42、34、37、80、100、99、9、2、22、64、11、87、35、23、55、60、61、81、49、5、58、3、40、71、54、85、94、66和20。第3组利用了基因49、10、76、94、83、90、42、57、38、85、29、1、60、71、65、30、64、23、72、27、70、13、100、43、20、44、4、88、79、24、84、91、87、41、21、48、54、68、16、35、6、89、2、34、96、22、99、52、28、3、15、47、7、61、63、75、19、97、56和39。第4组利用了基因99、94、58、51、46、87、77、23、9、74、52、4、47、42、5、62、48、14、35、32、75、98、95、18、67、76、50、8、1、19、22、72、11、83、82、89、12、24、90、80、92、85、26、66、38、78、79、60、49、59、25、84、36、29、45、55、27、70、39和57。第5组利用了基因39、21、70、81、88、30、2、57、45、5、47、93、1、34、51、49、3、6、65、97、41、67、95、85、98、29、82、38、17、84、72、52、20、33、53、66、7、54、25、23、80、61、76、9、14、48、26、12、32、4、64、73、56、87、59、35、31、62、13和15。第6组利用了基因99、80、35、87、17、27、53、43、38、45、61、34、81、3、16、42、24、37、19、39、59、6、28、74、32、92、18、31、25、66、79、41、51、97、58、7、49、70、71、33、78、85、63、72、89、15、40、29、46、1、73、68、56、54、47、5、65、100、44和22。第7组利用了基因15、51、66、47、4、82、78、71、72、75、61、10、34、18、12、55、32、80、45、14、3、62、20、74、96、48、94、88、69、64、86、9、24、41、8、28、81、13、37、87、53、44、57、43、30、38、67、5、100、91、50、2、42、77、7、83、73、99、68和6。第8组利用了基因41、21、20、62、50、86、13、23、94、45、80、51、42、52、47、76、18、72、25、8、35、58、37、32、46、71、99、33、48、77、38、19、44、66、7、53、12、10、74、96、84、28、30、15、2、81、7、26、79、88、24、49、65、17、95、63、75、11、55和36。第9组利用了基因14、50、30、48、37、3、28、57、58、22、70、74、91、98、46、76、81、65、54、23、11、34、17、53、26、67、80、42、86、73、25、24、9、88、38、45、13、56、83、87、31、36、43、100、35、41、16、33、61、6、49、63、71、64、96、8、19、39、68和84。第10组利用了基因97、39、83、8、35、74、13、96、20、19、69、10、81、57、65、17、12、48、86、4、94、25、92、22、55、43、34、45、73、18、31、15、2、61、51、91、89、82、68、46、24、77、88、72、16、37、70、29、60、80、14、23、44、49、66、62、32、28和98。
就65种基因而言，第1组利用了基因68、57、82、75、62、43、41、76、59、34、78、95、32、79、88、46、4、89、96、84、66、10、31、23、52、16、85、98、28、25、74、69、39、63、64、58、65、30、13、19、40、50、48、6、93、2、11、51、100、26、27、24、1、87、91、38、5、21、56、35、61、17、90、94和83。第2组利用了基因62、33、59、65、12、97、20、99、13、64、29、23、49、35、66、74、77、46、14、11、81、32、42、34、70、17、54、44、24、53、3、8、71、47、96、80、86、40、15、37、90、67、73、50、25、51、36、75、72、92、93、4、84、18、76、21、38、88、68、9、60、52、45、7和41。第3组利用了基因12、80、56、70、50、95、15、85、93、53、45、47、10、99、32、76、67、89、83、35、91、62、6、84、23、52、65、9、37、4、51、42、48、49、100、21、5、43、75、92、98、36、16、27、19、22、82、73、58、63、34、74、3、71、87、72、81、1、68、46、55、88、64、11和33。第4组利用了基因16、41、15、40、19、47、77、96、5、21、38、84、22、27、81、46、74、36、8、52、98、87、91、54、86、80、25、39、75、42、10、83、51、90、62、78、17、9、53、68、12、100、24、89、20、58、59、11、92、32、30、95、49、55、73、82、99、70、97、13、6、93、67、29和45。第5组利用了基因94、3、31、85、51、80、8、55、22、93、97、49、14、81、67、76、77、75、19、59、5、72、34、62、58、43、7、44、35、98、24、74、41、73、63、13、87、56、15、42、12、91、50、37、29、40、53、83、2、99、100、1、10、33、16、26、9、71、39、11、46、57、66、92和82。第6组利用了基因86、55、15、9、13、94、33、16、14、11、32、59、88、64、90、50、45、82、7、44、48、98、21、51、62、99、75、25、19、41、24、26、17、23、6、71、72、47、42、2、85、22、56、81、78、79、43、18、100、36、34、70、39、80、66、97、58、31、30、57、35、96、12、29和10。第7组利用了基因16、50、4、18、60、65、37、94、1、88、76、71、31、2、53、59、19、26、28、89、87、77、63、57、92、55、20、93、72、38、46、62、45、11、52、95、54、14、36、42、39、64、7、99、86、78、27、43、66、58、25、81、79、41、90、13、73、67、32、44、23、34、29、6和35。第8组利用了基因8、53、3、33、84、61、74、98、31、9、55、62、4、88、27、50、85、34、69、83、99、17、25、19、40、90、45、30、28、92、93、75、95、37、6、24、79、96、70、60、91、52、89、49、10、100、39、77、41、23、29、20、22、5、16、59、21、46、80、32、73、72、2、26和48。第9组利用了基因98、82、24、35、25、93、5、56、76、96、2、78、40、13、83、86、92、77、81、29、58、99、97、80、18、27、1、65、14、16、59、20、26、67、32、22、90、37、85、7、41、34、4、68、45、12、79、62、17、75、84、91、54、72、57、10、95、44、52、9、28、89、100、33和21。第10组利用了基因96、40、22、50、75、38、98、89、55、60、86、18、87、85、49、2、57、73、33、29、59、42、63、68、62、92、74、53、8、7、51、71、11、30、83、56、77、81、79、16、37、69、61、64、27、67、25、100、31、3、13、4、12、21、65、99、36、66、6、94、44、35、72、95和90。
就70种基因而言，第1组利用了基因36、6、100、39、37、3、27、45、93、19、89、43、68、9、60、46、51、80、32、52、62、35、58、14、10、33、85、12、64、67、75、86、17、44、83、24、87、84、23、96、79、20、13、8、11、76、88、56、38、98、29、16、99、2、66、30、48、26、5、25、78、42、47、94、15、4、55、65、97和71。第2组利用了基因96、98、38、32、52、25、31、14、91、53、8、94、49、27、69、20、44、4、92、56、61、97、18、65、66、54、21、3、29、79、80、70、77、50、39、99、58、23、85、51、15、72、33、19、24、68、7、41、81、64、57、73、84、46、22、74、11、45、55、82、6、47、59、42、88、9、16、34、83和30。第3组利用了基因27、46、30、54、47、94、26、38、73、31、43、8、50、48、6、56、59、25、89、52、78、68、49、29、83、92、97、98、4、3、95、87、23、1、51、44、34、35、85、61、22、84、42、13、75、93、45、88、19、80、39、24、77、2、55、62、11、90、18、81、57、20、96、28、7、70、86、5、63和69。第4组利用了基因65、29、88、19、42、30、15、16、74、53、25、8、95、5、69、99、59、67、84、14、80、12、37、13、71、39、43、100、60、79、51、11、45、82、83、61、62、90、6、20、2、18、97、1、48、81、35、87、56、36、93、41、54、46、10、27、47、33、55、64、26、57、85、89、9、96、72、68、23和32。第5组利用了基因25、41、56、91、19、22、63、39、59、83、7、74、20、86、84、2、43、73、69、58、35、26、23、42、29、10、13、77、16、72、71、81、40、66、80、50、12、48、64、100、24、94、97、57、98、68、78、92、53、31、45、38、61、75、5、1、44、99、3、36、88、34、21、17、15、89、37、51、85和79。第6组利用了基因59、78、34、83、5、11、60、97、3、9、20、90、33、8、31、10、80、7、92、15、23、72、14、86、82、18、42、88、94、48、79、73、77、52、95、16、87、28、98、71、74、21、67、6、66、35、99、29、32、75、26、39、47、45、50、41、54、1、84、85、91、100、61、12、37、4、25、55、46和13。第7组利用了基因63、14、66、75、12、2、90、81、27、72、70、89、59、46、6、53、22、80、30、79、82、71、92、19、73、83、38、40、1、68、20、8、50、74、94、26、35、28、43、34、77、18、96、16、95、85、15、9、11、84、39、10、54、65、57、25、60、51、55、33、17、44、29、58、93、62、21、4、7和78。第8组利用了基因60、76、17、29、68、24、54、87、16、66、15、8、85、92、67、100、82、74、41、33、3、35、94、78、58、75、98、63、95、12、47、81、91、9、7、83、77、22、89、56、49、31、96、2、70、23、46、6、39、90、59、71、44、10、36、52、42、86、5、64、55、69、84、28、93、53、38、27、13和26。第9组利用了基因21、24、41、29、92、30、51、31、83、71、37、23、11、53、14、93、45、69、52、56、70、68、3、79、26、58、66、15、50、95、16、2、4、5、28、42、34、9、82、6、63、44、87、32、59、80、55、96、54、89、22、94、36、46、40、86、98、38、67、85、35、60、25、1、78、61、17、64、7和91。第10组利用了基因93、44、77、3、31、64、39、89、23、51、78、85、35、81、22、74、97、14、27、13、16、88、28、61、57、79、99、37、30、36、24、11、45、34、54、50、41、1、7、48、56、63、58、49、17、26、15、69、2、53、43、62、55、100、95、52、83、29、19、38、59、76、20、87、66、25、72、70、4和73。
就75种基因而言，第1组利用了基因73、40、56、32、59、42、70、12、100、6、28、11、43、55、5、64、80、99、23、57、18、82、60、61、31、81、14、3、91、76、86、19、26、83、38、29、8、36、69、85、96、27、47、10、35、39、94、24、62、34、54、65、25、90、51、67、41、46、33、1、37、49、9、71、13、21、44、2、98、52、84、20、74、93和88。第2组利用了基因26、21、43、56、15、55、9、34、58、12、85、44、20、99、74、35、39、88、53、8、92、67、6、48、69、28、23、87、71、5、72、89、38、100、25、1、13、3、14、29、96、62、64、90、78、63、68、66、11、41、77、42、4、60、24、98、18、17、52、46、30、32、70、33、31、83、45、36、84、95、82、80、22、50和73。第3组利用了基因96、11、58、14、77、32、6、28、55、12、40、72、83、7、89、67、51、63、95、15、74、99、88、81、84、38、36、13、87、5、69、62、19、86、90、76、66、33、52、4、20、78、59、27、17、2、43、75、64、79、53、26、3、42、100、48、71、85、41、25、61、57、49、70、37、80、24、94、30、54、9、35、21、16和22。第4组利用了基因48、31、73、90、10、100、32、56、83、38、93、7、53、8、79、15、63、5、92、76、58、59、35、67、2、98、23、37、24、94、25、9、46、36、82、40、89、27、34、71、84、97、86、6、21、54、22、72、17、44、26、57、64、11、91、75、80、95、62、88、51、39、99、69、43、68、42、52、16、4、30、77、81、60和50。第5组利用了基因86、46、90、79、40、99、53、67、97、82、7、15、49、71、94、48、68、80、20、51、19、96、100、38、91、83、50、33、76、66、93、22、74、85、45、31、10、62、84、25、88、77、43、78、69、24、61、57、41、56、63、32、16、59、12、4、14、28、87、44、65、55、98、35、9、64、75、47、89、18、52、36、29、54和81。第6组利用了基因70、47、96、46、43、2、66、39、54、40、31、84、92、30、5、75、21、9、4、24、59、90、42、44、45、97、55、69、74、79、87、86、91、56、13、98、12、64、34、99、67、83、27、68、16、10、81、61、80、7、94、82、49、71、53、15、76、36、11、19、41、65、8、28、14、95、62、51、63、88、3、60、18、58和52。第7组利用了基因90、80、39、46、51、91、25、16、3、36、20、30、17、99、95、44、27、89、61、9、65、19、86、13、84、14、5、10、82、67、85、45、59、81、35、41、4、71、32、24、22、6、53、98、54、66、42、18、97、94、87、49、79、56、72、57、76、69、28、43、23、11、52、92、7、93、96、75、73、8、58、83、50、29和68。第8组利用了基因95、93、14、43、31、32、100、6、92、28、68、99、35、60、90、70、22、49、54、94、56、4、97、85、2、46、11、50、63、30、38、76、39、58、64、67、83、33、88、79、87、40、57、27、55、18、3、29、82、53、98、91、61、80、26、84、20、77、86、51、1、74、23、19、10、21、47、69、24、66、81、96、15、36和41。第9组利用了基因33、41、48、68、53、45、30、79、23、70、86、13、71、92、58、1、77、26、61、81、69、14、73、88、44、87、74、9、4、12、20、75、60、57、55、82、22、94、46、65、16、19、52、40、59、66、64、28、96、91、93、39、72、5、98、6、3、62、24、36、49、31、47、90、35、89、84、99、32、11、56、17、83、51和97。第10组利用了基因40、10、67、9、43、13、52、73、50、41、54、56、98、100、83、85、28、32、47、66、74、65、79、81、94、36、90、69、31、64、88、99、44、18；33、75、95、42、58、92、15、53、97、34、63、30、24、3、45、29、82、48、17、14、26、49、93、27、87、6、57、39、68、12、70、4、25、91、11、89、21、23、96、84和46。
就80种基因而言，第1组利用了基因75、2、91、94、19、31、43、50、96、49、29、14、93、58、69、82、28、6、65、26、66、40、64、34、33、53、13、4、37、80、57、59、1、87、11、16、83、21、35、52、25、99、45、46、36、89、88、7、39、55、90、72、17、9、85、44、22、56、8、23、18、77、12、10、48、97、61、74、92、81、95、68、47、71、62、24、70、20、79和32。第2组利用了基因1、34、89、27、22、77、28、35、11、7、39、21、46、49、74、43、13、75、14、65、73、92、19、66、29、81、88、78、40、32、12、71、9、44、23、70、45、10、98、48、68、55、82、5、56、59、15、95、33、99、87、85、18、97、100、83、53、63、6、2、37、17、67、62、50、42、25、94、31、69、90、84、64、16、57、51、54、80、86和38。第3组利用了基因63、28、35、67、96、9、12、31、1、59、22、44、11、82、6、64、87、47、21、94、42、2、72、19、20、27、89、13、77、3、16、79、38、10、80、52、50、33、25、4、30、40、32、36、8、43、26、51、18、66、61、68、56、74、53、7、73、88、49、23、46、76、92、93、83、70、24、98、97、58、65、29、55、91、95、90、5、69、86和78。第4组利用了基因79、72、68、31、42、95、78、36、10、34、59、91、46、40、82、1、44、4、69、3、17、43、35、63、18、13、77、81、67、26、60、86、25、61、89、76、55、27、22、29、20、11、7、30、54、39、62、8、74、28、71、12、38、65、66、64、21、9、56、16、88、99、96、32、94、51、90、37、87、92、97、70、41、57、50、45、83、24、48和58。第5组利用了基因100、69、33、24、83、84、97、22、40、45、17、3、43、52、50、30、8、99、9、46、7、14、35、61、15、16、64、6、23、41、60、63、96、98、38、36、49、13、76、85、87、71、66、56、80、20、34、29、57、91、81、78、27、88、37、94、51、5、1、74、44、70、58、25、19、89、39、47、65、62、68、95、18、75、79、59、2、10、73和53。第6组利用了基因69、100、3、35、58、56、96、43、39、50、61、36、71、95、30、18、90、63、21、31、94、46、44、23、7、10、88、49、9、53、25、54、2、97、82、75、68、48、26、91、70、65、51、19、84、29、47、12、99、85、20、16、5、22、73、93、92、89、62、81、77、41、83、1、72、27、15、79、67、37、11、64、87、86、80、74、55、8、13和60。第7组利用了基因67、73、85、95、92、60、29、28、24、90、72、71、37、76、27、78、53、34、98、70、87、33、5、41、42、68、62、82、100、96、69、65、6、91、21、38、3、80、25、75、31、52、79、20、84、83、19、86、57、9、77、58、64、97、14、8、50、2、51、94、56、46、35、93、7、39、1、88、59、17、48、74、32、81、99、16、11、49、13和30。第8组利用了基因80、52、14、42、21、76、32、69、30、60、86、61、48、24、67、92、16、75、93、2、6、99、20、73、9、97、98、56、47、12、35、26、36、41、96、55、11、84、7、87、4、70、79、88、44、17、50、27、89、28、29、43、77、39、8、15、91、65、22、71、53、37、34、95、83、45、68、1、18、13、31、85、3、90、51、49、19、66、63和54。第9组利用了基因91、22、68、85、53、89、10、77、97、4、7、33、46、51、14、76、82、62、17、3、65、70、84、75、31、50、73、63、19、52、42、26、23、47、96、2、64、56、9、54、38、93、13、90、86、8、59、57、79、28、21、88、5、66、1、94、55、35、15、87、74、32、27、92、72、18、69、80、37、67、71、34、95、99、40、83、30、81、48和39。第10组利用了基因92、76、86、5、20、1、48、42、62、29、12、7、37、46、47、82、32、66、97、77、56、91、30、80、36、72、17、31、2、81、23、28、51、55、98、40、95、13、10、58、33、21、14、74、85、88、22、75、94、27、43、3、100、61、67、4、25、6、44、60、24、93、63、89、70、41、15、11、53、87、16、65、52、68、57、99、50、45、71和38。
就85种基因而言，第1组利用了基因38、35、85、59、17、7、31、58、96、97、16、70、82、42、21、54、88、34、63、4、27、29、3、19、69、36、9、99、74、86、76、24、15、81、73、93、40、52、26、57、37、87、55、90、41、79、45、77、91、71、61、11、94、83、25、48、1、5、8、22、33、46、60、56、20、44、89、18、10、23、78、65、50、72、75、47、98、28、66、68、32、12、51、13和100。第2组利用了基因32、90、94、21、77、63、17、27、62、41、35、81、100、14、45、69、3、75、34、76、65、15、95、86、39、92、89、24、57、4、54、50、58、88、5、56、22、59、6、52、28、1、9、40、98、99、91、19、8、23、96、2、73、67、7、25、53、12、44、18、13、87、60、49、93、55、20、72、42、66、30、80、33、26、64、46、84、31、70、61、71、83、38、36和29。第3组利用了基因88、20、1、58、53、32、65、34、50、75、71、36、59、39、30、61、8、62、14、3、94、66、35、37、17、47、77、60、4、80、74、28、97、87、93、33、64、48、29、18、49、21、56、69、22、25、43、54、91、7、81、79、12、85、96、40、63、52、82、86、41、24、44、84、70、6、15、38、57、16、55、90、76、42、51、23、11、67、45、98、19、10、27、2和31。第4组利用了基因64、86、54、83、47、21、67、57、73、23、71、76、56、9、44、75、82、11、8、99、72、13、79、28、92、5、27、90、24、91、33、68、51、60、94、58、78、48、18、42、53、98、70、32、41、49、45、6、30、63、95、80、36、87、97、65、77、3、26、35、59、40、84、37、61、81、39、46、22、1、2、50、25、69、4、43、15、29、20、17、88、10、38、100和19。第5组利用了基因11、92、15、42、33、19、6、57、23、87、31、5、30、21、54、51、14、68、97、34、59、24、20、50、29、65、13、80、16、73、8、25、47、55、27、45、100、96、85、38、37、81、44、4、9、70、98、77、48、35、28、79、41、71、86、61、2、49、60、67、66、69、72、3、83、26、1、89、17、39、52、10、32、75、82、99、40、95、90、53、22、91、62、78和56。第6组利用了基因87、32、4、63、15、81、92、10、74、44、7、23、89、93、28、59、50、72、30、60、54、71、39、12、21、85、40、37、68、64、97、66、52、67、98、91、1、83、61、6、24、38、86、77、26、88、43、100、48、20、14、31、82、9、13、62、55、45、57、11、27、90、25、80、17、5、94、42、53、49、29、99、78、2、84、73、58、75、18、19、65、3、47、41和36。第7组利用了基因56、38、23、74、34、99、93、4、13、18、61、49、20、5、76、88、91、31、78、32、1、89、12、16、51、54、81、70、86、97、66、19、59、39、8、80、73、35、71、77、24、53、68、33、62、69、43、41、15、94、44、52、29、100、55、36、27、25、67、21、96、30、42、92、11、3、45、63、72、57、47、46、75、90、2、48、14、6、9、87、22、98、95、84和65。第8组利用了基因79、64、71、18、37、40、54、34、26、65、39、67、14、62、95、11、49、92、59、48、6、12、57、9、20、81、16、50、38、33、100、47、63、3、84、87、35、98、56、93、66、23、2、29、90、78、85、60、19、72、97、36、13、94、25、45、41、27、69、52、8、68、46、30、1、96、7、83、80、4、99、15、76、10、58、89、88、51、55、82、53、28、44、73和77。第9组利用了基因35、85、81、4、20、88、66、74、13、36、6、24、95、97、2、21、90、57、89、42、73、79、64、59、46、68、92、67、82、28、56、14、65、99、39、38、8、62、61、78、11、48、93、91、29、33、76、16、69、47、84、94、7、54、30、32、23、70、52、43、51、41、60、100、27、63、75、77、80、5、3、44、10、87、40、71、37、72、1、53、22、83、49、17和34。第10组利用了基因23、39、86、48、65、73、24、27、61、37、99、64、58、74、3、22、57、60、13、93、44、100、66、69、38、83、6、81、59、36、68、95、71、70、84、62、96、26、30、32、20、54、80、19、97、16、4、77、12、5、35、29、18、52、53、87、98、90、10、75、72、55、50、88、28、34、41、94、11、76、7、45、31、46、49、9、82、17、79、1、25、40、67、47和85。
就90种基因而言，第1组利用了基因79、5、27、100、96、11、32、63、42、68、13、65、88、75、17、64、82、72、37、45、98、2、90、94、1、87、73、86、69、92、3、25、29、84、60、50、39、4、95、47、12、10、33、22、77、71、57、97、38、89、91、53、51、9、67、44、7、78、34、85、15、41、54、49、62、76、83、46、59、23、24、8、14、26、30、52、18、6、66、31、20、93、36、16、61、28、74、43、56和48。第2组利用了基因95、28、46、62、91、99、53、65、66、60、22、29、50、2、93、33、54、57、92、24、9、4、69、5、8、58、88、43、6、100、51、18、16、45、81、44、68、14、59、82、63、73、30、86、98、13、84、94、1、55、38、83、3、37、11、89、77、85、26、97、12、21、40、96、56、41、10、42、64、17、76、27、49、20、87、34、75、15、74、35、19、31、39、48、23、67、78、32、7和80。第3组利用了基因88、89、6、94、17、60、8、76、45、90、47、80、15、85、51、5、46、36、65、4、25、67、78、77、97、23、11、40、61、53、39、12、38、21、59、55、32、34、71、69、20、50、93、3、30、29、75、73、49、98、58、43、18、95、42、82、66、16、33、37、92、52、56、41、87、99、74、24、86、48、81、57、83、26、79、68、13、63、72、9、70、14、54、100、64、19、96、7、31和2。第4组利用了基因19、33、41、40、70、51、14、48、42、12、90、4、32、60、89、64、45、86、73、16、50、5、9、72、81、3、27、87、76、58、29、31、13、21、55、18、6、62、56、96、47、63、37、98、28、91、36、82、39、100、68、25、88、11、93、35、66、24、43、59、8、65、74、30、10、22、17、99、49、44、26、54、2、80、94、57、71、38、67、79、75、77、23、85、61、52、83、7、78和53。第5组利用了基因49、55、13、97、59、83、61、34、80、19、12、65、86、72、89、25、39、77、82、47、22、48、20、11、23、84、31、4、54、91、8、87、33、14、32、45、68、27、51、28、96、1、100、92、37、29、64、15、7、98、60、53、17、69、24、75、81、74、5、18、26、78、62、94、88、46、73、44、63、52、9、93、76、6、95、99、42、50、66、38、90、70、35、57、85、58、16、43、30和10。第6组利用了基因81、52、60、16、18、40、67、47、58、51、26、5、53、34、24、68、14、43、49、69、99、73、29、96、37、62、66、38、88、48、11、50、79、74、15、39、83、57、94、95、100、12、84、10、33、3、93、91、17、46、59、86、7、9、71、19、22、80、27、97、4、75、89、21、78、85、63、61、77、31、32、56、6、72、92、55、76、90、36、35、98、1、82、25、23、44、65、64、28和42。第7组利用了基因51、1、54、94、93、56、22、29、53、67、88、82、16、44、65、21、14、35、48、91、12、97、31、74、6、99、86、26、28、19、72、58、24、34、5、38、81、11、49、39、3、89、75、64、96、52、59、69、42、78、33、100、2、25、66、77、90、40、71、9、4、57、13、36、10、50、17、87、15、47、60、46、63、68、70、23、80、37、30、92、7、32、27、43、98、84、8、61、73和41。第8组利用了基因53、63、17、43、6、44、95、58、78、13、3、15、28、41、12、93、2、92、23、42、62、57、33、8、65、49、80、81、50、71、74、39、4、70、77、51、84、21、30、36、46、75、47、94、16、67、55、1、26、52、60、19、59、90、96、14、87、37、40、66、88、73、29、10、5、56、100、45、31、34、22、64、91、54、48、25、98、61、18、72、69、27、68、99、83、35、24、82、85和38。第9组利用了基因62、91、49、28、69、38、19、35、89、3、24、79、32、12、47、40、39、50、86、6、44、65、33、70、16、41、21、53、72、74、87、14、51、7、60、67、100、42、93、36、2、57、76、20、25、27、95、18、73、97、54、99、63、66、96、22、77、56、90、81、61、17、48、23、15、4、30、45、59、8、71、52、85、92、46、98、64、94、75、83、13、26、43、84、5、1、29、68、82和31。第10组利用了基因45、10、63、9、18、7、70、50、22、52、91、88、5、38、17、80、54、92、20、19、24、8、13、40、15、21、87、72、12、14、2、53、46、93、4、44、99、76、47、32、60、27、23、81、78、68、36、71、64、30、95、82、90、26、74、86、100、89、62、37、66、35、83、94、31、43、65、84、11、67、25、33、61、79、97、16、75、73、98、57、28、59、1、96、51、41、69、3、56和55。
就95种基因而言，第1组利用了基因35、64、32、25、20、69、88、42、97、6、23、86、98、93、16、44、53、51、91、21、70、73、31、81、74、14、29、66、4、87、11、94、52、95、56、63、18、8、78、100、62、99、39、89、17、50、71、10、90、65、84、83、60、48、22、5、92、13、15、24、27、37、57、33、38、82、3、9、30、1、34、7、40、68、67、58、28、47、46、19、12、43、41、61、76、96、72、36、75、54、45、80、49、79和d55。第2组利用了基因58、44、39、62、1、19、61、33、84、36、91、21、53、30、63、35、92、45、11、87、10、82、96、64、8、32、42、78、69、59、24、72、48、66、15、27、49、75、40、47、57、52、31、95、97、94、26、5、93、34、60、81、88、29、23、67、76、6、98、37、74、43、100、20、18、12、13、51、41、54、14、2、68、99、3、38、70、77、50、4、17、22、9、83、71、85、25、79、46、86、7、73、16、65和28。第3组利用了基因15、4、25、94、92、77、78、70、17、52、36、23、44、98、39、99、59、50、75、16、82、48、18、90、10、72、8、34、9、19、1、57、93、46、54、69、32、21、81、91、28、38、68、3、41、47、87、63、24、13、84、5、65、67、74、62、85、12、53、30、73、51、2、80、29、26、83、43、55、86、88、89、35、66、31、96、100、58、60、14、6、61、49、22、20、27、7、64、37、45、97、95、40、71和11。第4组利用了基因21、78、42、23、84.10、64、36、48、26、79、71、72、39、49、56、44、20、47、82、63、1、91、2、8、40、96、18、68、9、57、28、100、89、60、75、70、73、25、15、46、85、86、97、32、94、65、90、74、98、16、45、3、6、31、77、41、11、12、35、95、93、53、50、30、61、81、92、80、54、13、38、58、14、52、22、76、83、5、17、37、69、66、87、19、88、51、34、59、99、24、33、27、4和62。第5组利用了基因29、34、28、58、89、1、73、30、92、76、68、33、38、8、49、3、42、9、40、36、43、81、97、59、7、79、54、15、11、61、18、82、100、41、52、23、31、13、57、66、65、27、72、44、16、69、39、26、2、55、71、80、86、77、12、25、14、50、88、22、93、51、75、64、47、62、96、10、35、5、67、60、32、84、94、48、56、90、95、83、21、6、37、91、46、70、24、87、85、17、98、99、45、19和63。第6组利用了基因36、34、46、2、5、77、91、59、61、29、9、85、52、16、17、60、51、95、69、58、57、23、82、33、18、45、43、49、90、1、94、93、47、37、35、63、27、96、32、15、25、86、55、24、26、71、48、7、28、79、11、44、76、3、68、88、62、73、54、39、22、13、75、19、66、98、70、10、83、100、42、31、38、4、92、78、99、97、56、21、20、6、72、40、65、67、53、30、8、14、84、50、12、80和81。第7组利用了基因26、7、14、64、91、50、8、48、23、29、34、28、9、20、74、97、27、63、25、66、60、43、92、61、58、46、68、49、21、98、2、41、52、1、51、77、53、69、36、93、62、55、17、38、31、40、76、54、71、5、99、83、82、78、42、15、24、70、84、100、73、10、59、33、96、4、56、3、94、75、90、13、32、65、89、79、19、30、11、87、37、95、12、6、88、80、18、47、81、72、44、16、86、85和67。第8组利用了基因24、84、92、71、56、68、93、67、59、75、85、35、72、86、39、46、65、51、23、100、8、37、70、69、57、27、17、87、44、1、2、50、9、91、63、29、95、3、5、40、96、47、54、64、66、18、28、13、14、36、80、21、12、61、48、26、88、83、7、43、42、97、99、41、10、16、94、53、45、98、15、73、89、55、74、81、20、90、79、34、38、82、76、4、60、33、31、78、58、62、22、6、52、49和19。第9组利用了基因99、77、10、92、24、43、41、15、46、78、38、19、2、5、3、81、82、22、56、63、47、90、33、34、75、100、62、65、13、30、95、98、94、25、67.11、6、66、14、48、93、4、21、89、35、68、97、45、27、59、76、85、42、49、23、40、37、74、26、52、8、91、53、57、58、86、31、20、9、16、84、69、96、44、32、54、60、7、51、83、72、28、29、61、80、55、64、17、18、70、50、1、12、73和39。第10组利用了基因76、1、12、25、77、24、100、17、66、65、26、29、60、91、63、52、6、30、8、72、82、68、15、16、54、43、59、34、89、20、44、87、70、56、3、28、74、86、7、2、33、35、46、67、58、22、49、21、75、14、27、64、90、42、73、36、97、40、11、37、51、19、83、45、47、50、55、23、80、61、95、71、78、32、81、93、98、62、92、99、9、4、53、84、18、13、41、57、88、5、79、38、39、31和94。
利用39种(肿瘤类型)组作肿瘤类型随机选择对39种肿瘤诸亚组进行分类。利用本文所述诸基因序列组的表达水平对这些肿瘤类型作随机组合进行分类。如这些实施例所述这些肿瘤类型的不同随机组与100、74和90种基因序列的各组联用。以下是所用的2到20种肿瘤的随机组的代表性和非限制性例子，其中从1-39给90种肿瘤类型组编索引。
就2种肿瘤类型而言，第1组利用类型26和16。第2组利用类型8和5。第3组利用类型39和8。第4组利用类型27和23。第5组利用类型8和19。第6组利用类型12和21。第7组利用类型30和15。第8组利用类型30和5。第9组利用类型18和22。第10组利用类型27和26。
就4种肿瘤类型而言，第1组利用类型20、35、15和7。第2组利用类型36、1、28和19。第3组利用类型13、4、12和21。第4组利用类型12、33、14和28。第5组利用类型6、28、5和37。第6组利用类型5、25、36和15。第7组利用类型12、26、21和19。第8组利用类型19、3、20和17。第9组利用类型18、10、8和9。第10组利用类型28、20、2和22。
就6种肿瘤类型而言，第1组利用类型27、3、10、39、11和20。第2组利用类型33、10、20、32、13和19。第3组利用类型31、27、18、39、8和16。第4组利用类型25、28、10、12、7和39。第5组利用类型14、13、28、24、30和36。第6组利用类型9、24、8、17、36和26。第7组利用类型20、1、34、26、6和19。第8组利用类型12、13、3、17、34和22。第9组利用类型7、1、17、13、20和34。第10组利用类型5、11、25、29、28和35。
就8种肿瘤类型而言，第1组利用类型34、33、28、3、23、25、9和29。第2组利用类型27、8、38、28、20、14、12和9。第3组利用类型29、21、19、1、13、26、11和31。第4组利用类型25、17、7、20、34、8、28和10。第5组利用类型36、28、35、26、2、8、29和7。第6组利用类型10、23、2、27、33、21、25和35。第7组利用类型10、18、38、2、6、7、19和32。第8组利用类型11、37、6、28、3、9、2和16。第9组利用类型22、2、、10、8、17、19和33。第10组利用类型35、39、8、10、37、4、36和6。
就10种肿瘤类型而言，第1组利用类型25、10、26、2、32、31、39、23、22和18。第2组利用类型12、35、6、16、20、3、39、36、11和2。第3组利用类型34、1、15、29、5、39、2、12、25和18。第4组利用类型10、8、14、18、31、19、23、20、32和33。第5组利用类型10、18、37、15、4、35、33、24、39和20。第6组利用类型22、16、4、3、18、21、1、25、37和13。第7组利用类型14、6、28、18、11、13、2、32、33和19。第8组利用类型39、2、38、4、34、8、25、6、32和35。第9组利用类型3、10、11、16、6、15、18、14、12和26。第10组利用类型24、25、21、9、36、29、20、39、10和37。
就12种肿瘤类型而言，第1组利用类型26、20、4、12、2、31、38、18、16、39、3和33。第2组利用类型25、16、4、9、29、27、14、24、21、7、23和2。第3组利用类型31、18、23、13、25、1、29、21、35、10、32和39。第4组利用类型8、34、23、9、35、14、25、21、2、33、18和28。第5组利用类型6、11、21、8、5、7、19、32、3、13、36和9。第6组利用类型12、33、14、26、27、15、、2、21、36、35、9和39。第7组利用类型26、29、32、17、31、19、6、5、20、34、2和24。第8组利用类型17、12、8、22、28、9、27、29、14、35、4和32。第9组利用类型29、9、36、23、33、18、21、35、3、6、2和1。第10组利用类型1、3、35、29、22、27、8、23、2、36、14和19。
就14种肿瘤类型而言，第1组利用类型9、26、38、25、31、3、15、14、17、33、12、35、39和16。第2组利用类型1、26、16、25、20、12、14、37、38、24、23、33、27和35。第3组利用类型11、21、35、38、32、34、27、39、16、15、4、5、13和18。第4组利用类型27、5、13、28、18、17、15、20、29、37、21、36、25和14。第5组利用类型5、12、17、9、25、21、33、37、8、15、24、3、34和28。第6组利用类型11、19、34、26、9、6、32、14、27、29、30、16、24和17。第7组利用类型31、26、11、18、19、20、9、8、5、36、12、6、27和38。第8组利用类型20、17、11、5、15、9、2、39、34、24、27、26、35和10。第9组利用类型1、14、39、30、17、6、10、35、31、33、15、29、32和7。第10组利用类型1、19、24、28、34、12、13、18、32、11、14、21、22和25。
就16种肿瘤类型而言，第1组利用类型27、15、8、12、6、20、26、19、25、2、37、38、7、39、4和33。第2组利用类型17、18、28、5、6、31、25、13、8、20、37、36、35、9、23和27。第3组利用类型23、37、34、14、16、27、32、33、21、38、4、30、24、22、17和25。第4组利用类型7、37、38、21、34、31、32、25、10、36、19、11、6、26、18和35。第5组利用类型9、32、12、24、20、13、38、21、39、23、36、18、37、22、5和3。第6组利用类型14、21、5、17、6、20、18、35、22、10、3、23、13、2、34和26。第7组利用类型1、8、19、6、9、39、28、18、13、31、14、16、37、12、3和25。第8组利用类型32、36、28、38、9、33、2、5、4、11、19、18、13、8、12和3。第9组利用类型9、14、10、5、28、32、23、6、39、3、17、8、19、1、31和12。第10组利用类型4、34、11、6、38、19、7、20、23、3、25、37、26、1、15和12。
就18种肿瘤类型而言，第1组利用类型15、24、39、35、7、30、16、13、20、3、26、4、12、10、34、25、21和28。第2组利用类型21、23、29、11、10、19、13、28、4、20、17、24、30、12、39、34、31和9。第3组利用类型7、17、27、6、30、8、22、2、32、26、21、14、4、38、1、35、16和28。第4组利用类型17、13、20、33、10、3、16、22、1、38、2、9、28、5、6、19、12和11。第5组利用类型4、35、21、25、18、17、8、14、31、30、9、1、2、23、36、29、32和37。第6组利用类型17、34、2、18、19、15、16、13、4、24、5、35、6、22、28、37、38和1。第7组利用类型34、26、12、25、27、3、17、7、2、32、9、36、21、19、22、8、20和29。第8组利用类型12、34、38、25、17、22、14、39、10、7、31、2、3、11、29、30、16和24。第9组利用类型13、26、27、14、5、10、8、7、16、30、37、4、6、35、28、1、36和20。第10组利用类型15、2、17、23、26、28、36、38、12、6、19、37、20、14、9、39、11和21。
就20种肿瘤类型而言，第1组利用类型25、13、21、15、37、20、12、28、9、10、26、22、14、24、16、7、39、34、33和4。第2组利用类型20、17、10、27、19、28、5、1、23、21、38、7、13、22、32、31、9、4、3和24。第3组利用类型17、13、7、20、11、38、34、3、15、12、5、39、9、10、4、35、27、6、21和33。第4组利用类型6、13、17、26、1、7、33、5、10、32、3、23、35、4、14、28、12、38、8和27。第5组利用类型10、23、9、38、5、29、12、27、25、6、7、26、37、31、24、36、19、15、16和11。第6组利用类型30、24、21、11、23、25、8、9、7、31、27、5、14、29、1、19、16、12、22和17。第7组利用类型26、13、23、19、22、11、25、21、33、20、6、17、2、10、31、34、27、37、7和9。第8组利用类型30、1、38、7、31、37、11、25、6、19、28、33、17、29、10、27、16、3、14和15。第9组利用类型15、19、26、24、5、33、11、2、13、18、31、22、32、20、23、6、10、25、36和3。第10组利用类型24、25、21、29、14、18、31、2、20、39、23、9、38、12、6、32、22、26、33和7。
实施例4所述的基因组利用共有38个成员的第一组74种基因和第二组90种基因来实施本发明。图3显示了用该两组分类不同数目肿瘤类型的性能。
以类似于实施例3所述的方式评估了74种表达基因序列组这的50种到所有成员的随机亚组(的分类性能)。将该74种表达序列中的50、55、60、65、70种和74种全部的随机组合(各组合取样10次)的表达水平与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2到所有39种肿瘤样品(各取样10次)的随机测试组。图4和5显示所得到的数据。
从1-74给该74种基因序列的成员编索引，下文是本发明所用的各代表性随机组就50种基因而言，第1组利用了基因69、64、74、29、4、57、30、72、36、59、42、47、11、33、60、35、39、10、50、49、41、12、34、51、32、66、71、37、13、14、8、25、53、21、68、7、67、55、27、22、1、44、46、28、48、19、73、23、16和3。第2组利用了基因60、61、23、17、10、31、16、8、72、73、18、49、71、46、29、21、66、39、22、27、43、30、51、3、38、19、37、35、70、54、40、2、55、28、45、33、25、14、48、20、36、47、62、9、69、68、53、58、15和7。第3组利用了基因53、68、31、2、62、17、49、71、6、56、3、66、23、21，33、30、45、73、74、11、58、27、64、18、72、42、7、28、34、43、38、65、12、47、16、40、41、36、54、61、19、63、25、46、59、9、39、55、22和48。第4组利用了基因23、70、48、1、11、25、60、26、5、58、46、39、28、71、35、34、2、59、69、55、49、40、15、14、68、57、10、31、67、74、62、44、16、12、64、63、61、13、52、45、19、50、36、33、9、24、32、29、56和72。第5组利用了基因30、26、10、34、67、73、15、59、3、64、14、70、23、47、72、71、44、49、31、48、5、61、53、20、33、58、37、50、43、18、21、38、29、16、12、63、39、4、45、60、69、25、24、65、55、13、36、11、17和22。第6组利用了基因43、34、61、19、35、56、24、3、23、15、13、69、1、67、42、41、64、25、63、28、8、53、38、71、6、36、68、14、18、65、51、33、4、60、5、22、40、30、50、37、29、17、27、11、9、66、62、57、59和10。第7组利用了基因51、55、46、31、21、72、8、67、56、1、64、6、63、32、20、16、25、61、2、45、35、22、66、38、36、3、34、27、74、47、54、30、14、13、37、23、19、12、59、18、52、5、17、33、7、39、43、58、41和10。第8组利用了基因28、68、71、46、48、47、5、23、22、35、60、3、40、33、41、72、12、24、15、37、1、20、45、53、61、65、74、4、10、51、26、30、38、44、55、73、66、6、39、52、36、2、59、67、27、43、50、18、8和69。第9组利用了基因73、51、67、63、24、55、42、61、13、29、23、64、49、53、19、2、43、11、15、31、58、40、38、46、44、4、27、41、28、69、8、26、5、68、37、70、25、62、22、52、1、57、54、34、16、71、9、65、14和30。第10组利用了基因9、13、46、2、62、47、50、36、58、23、55、31、6、40、32、27、35、33、39、1、22、19、65、16、52、72、30、3、12、7、74、21、54、20、41、10、28、37、24、53、69、11、14、67、25、71、15、42、18和73。
就55种基因而言，第1组利用了基因19、3、26、44、16、59、11、39、46、54、22、7、60、30、72、6、74、53、57、14、43、47、27、45、37、24、33、64、21、36、20、50、68、62、63、17、61、10、70、18、25、71、29、65、51、56、58、69、5、55、12、1、40、49和13。第2组利用了基因35、15、11、33、5、29、73、69、31、70、10、45、41、72、74、26、32、12、30、34、16、64、13、50、46、38、18、48、37、68、40、61、62、6、63、47、36、65、17、67、71、39、4、59、22、24、8、9、58、3、52、20、14、25和7。第3组利用了基因7、19、50、62、47、74、22、26、37、8、41、53、52、67、16、40、54、34、30、46、25、55、31、3、69、38、29、65、45、43、51、68、18、57、21、5、32、20、27、73、66、10、49、24、12、13、11、71、60、23、63、35、48、39和70。第4组利用了基因58、70、43、68、39、57、71、27、21、53、16、23、25、60、40、36、2、63、33、49、5、54、32、66、50、59、14、52、15、48、45、44、19、72、26、10、6、41、34、61、42、67、17、24、8、11、29、74、3、51、47、65、69、28和1。第5组利用了基因60、53、21、63、7、19、69、3、9、22、10、50、59、71、20、11、70、6、4、17、58、16、40、68、73、38、18、15、57、26、34、67、41、27、49、28、46、54、1、13、31、48、32、61、42、66、29、5、55、72、25、30、39、44和56。第6组利用了基因4、36、17、47、16、6、14、51、65、42、31、38、26、15、70、28、41、72、30、3、29、55、34、32、54、24、48、39、22、57、37、23、71、61、50、21、27、53、25、40、20、69、58、66、46、1、43、12、33、63、18、68、10、56和45。第7组利用了基因71、7、38、61、22、33、51、25、68、6、1、49、9、58、18、55、5、50、65、52、26、59、35、11、15、70、54、27、60、28、19、63、21、10、32、42、73、36、45、66、47、2、56、23、64、44、34、29、48、69、37、16、74、53和43。第8组利用了基因25、42、70、28、6、48、43、20、60、18、56、74、27、9、55、67、58、68、39、38、29、1、21、45、44、66、53、34、47、64、41、57、10、3、31、65、54、46、50、59、23、73、24、51、36、26、16、49、37、62、7、32、19、22和14。第9组利用了基因49、65、20、59、21、45、54、29、51、50、17、37、55、47、57、9、8、18、11、10、25、1、30、68、5、6、74、70、60、53、48、39、4、23、27、73、35、40、41、44、24、3、58、19、14、13、33、63、62、46、2、12、72、36和7。第10组利用了基因73、53、26、24、58、25、59、71、34、65、46、2、57、48、68、21、44、22、16、70、60、8、66、45、14、27、43、37、20、36、72、18、56、4、7、6、23、15、74、1、9、50、5、35、40、32、12、38、69、33、61、62、10、47和39。
就60种基因而言，第1组利用了基因49、60、66、26、22、53、33、56、10、44、17、36、41、6、21、57、39、65、24、30、31、15、43、68、64、59、28、73、13、18、51、34、63、40、71、58、48、11、37、42、70、45、72、3、67、35、52、46、32、55、27、38、19、25、5、69、62、14、23和4。第2组利用了基因57、5、31、15、20、54、21、42、71、50、17、68、61、53、9、35、67、12、14、52、41、38、22、45、32、39、70、18、6、26、59、40、25、28、56、10、3、47、34、8、60、2、9、62、66、19、11、37、27、36、69、7、65、4、33、24、51、55、48和44。第3组利用了基因37、54、44、66、36、1、61、62、47、69、4、30、31、11、8、63、38、16、65、25、74、21、34、60、20、71、12、19、43、15、27、57、6、55、64、22、14、39、53、23、17、28、51、56、40、29、58、48、42、59、68、5、35、50、72、10、45、32、33和73。第4组利用了基因24、2、49、57、35、45、40、51、42、7、47、5、8、17、61、74、64、72、50、60、70、26、9、56、32、4、16、44、27、43、53、33、46、55、41、68、48、11、10、39、19、6、3、14、65、69、30、34、29、36、58、28、1、23、73、15、25、13、54和18。第5组利用了基因18、28、1、22、71、37、62、46、31、25、70、64、66、35、5、60、10、26、9、43、67、20、59、51、33、42、3、24、49、13、27、38、61、14、52、63、11、74、7、16、23、72、39、73、15、6、17、30、57、8、50、48、34、53、2、69、29、56、44和47。第6组利用了基因33、74、12、7、49、25、38、1、8、4、48、26、58、54、21、50、72、45、62、66、36、13、42、5、39、17、28、23、67、41、29、73、19、56、51、69、10、16、55、14、24、64、22、59、52、35、2、31、3、9、27、71、30、32、53、11、40、61、15和70。第7组利用了基因30、65、26、48、47、20、17、56、35、32、10、11、1、59、50、53、45、13、63、49、41、74、16、57、15、64、12、54、5、8、67、69、31、14、61、60、37、66、43、71、23、36、51、44、34、2、42、19、58、25、27、68、18、52、21、7、70、22、28和62。第8组利用了基因12、58、11、5、72、70、63、66、49、44、14、48、26、73、51、47、13、65、1、39、61、17、40、8、24、54、42、34、64、21、53、59、46、4、20、29、57、74、31、67、6、69、7、68、41、3、18、62、19、32、10、43、36、71、28、60、30、15、23和52。第9组利用了基因7、20、69、12、58、40、70、57、3、37、6、16、61、11、13、31、55、17、49、22、36、47、44、18、45、68、25、72、19、14、39、46、30、59、56、5、66、2、41、51、9、54、35、15、26、27、23、65、4、63、I、60、21、74、24、43、38、64、50和67。第10组利用了基因5、43、54、22、49、48、25、24、52、35、14、70、26、72、59、71、9、41、74、36、17、47、29、34、20、27、65、68、3、73、45、62、57、56、53、44、6、7、31、55、30、23、15、33、38、42、10、60、66、8、1、64、19、16、12、61、63、51、18和2。
就65种基因而言，第1组利用了基因11、10、1、69、43、33、54、24、39、27、42、18、9、46、12、20、61、44、51、64、35、8、36、38、21、7、57、59、23、49、17、15、22、55、29、16、37、72、30、31、45、63、40、28、41、32、66、65、5、47、53、60、25、50、74、52、14、68、48、13、2、4、3、6和67。第2组利用了基因37、8、31、4、23、57、69、40、3、9、5、32、42、44、56、21、10、34、74、61、39、38、13、70、41、19、48、47、29、52、26、72、49、45、7、63、16、25、24、14、18、60、59、11、35、2、30、68、58、67、27、33、66、12、71、51、55、6、20、54、1、46、64、62和53。第3组利用了基因24、19、35、57、27、8、23、30、65、32、59、29、4、47、17、53、34、54、73、14、20、63、43、3、38、61、31、49、25、42、41、51、18、7、40、39、33、50、70、28、13、74、36、45、64、5、16、58、1、66、62、46、15、12、72、21、2、68、71、9、44、26、37、6和55。第4组利用了基因62、29、5、41、18、4、21、63、65、8、55、61、66、34、23、28、14、49、68、15、1、11、19、73、13、57、20、27、50、2、72、22、6、7、40、67、51、45、10、36、53、64、54、24、25、37、74、12、52、26、38、32、3、30、33、39、48、58、17、42、71、43、69、56和9。第5组利用了基因49、58、74、65、67、44、57、28、56、18、59、31、10、17、41、39、63、7、21、55、38、2、51、42、5、53、20、34、16、43、19、15、50、4、6、11、52、37、8、64、69、12、48、60、1、66、27、36、45、30、14、72、68、73、35、47、71、22、70、33、32、46、25、13和54。第6组利用了基因7、44、23、68、46、30、10、4、3、53、22、38、50、26、55、49、20、11、73、12、62、63、43、69、6、61、52、25、65、16、47、34、33、28、42、58、29、39、31、1、36、13、5、60、35、19、40、18、59、64、41、70、72、57、67、9、74、8、14、71、45、56、32、51和2。第7组利用了基因57、61、9、48、31、4、40、35、1、16、44、67、68、34、6、64、7、54、53、10、18、39、23、14、33、74、51、38、24、19、72、63、36、65、32、2、27、45、3、43、21、49、30、60、50、70、41、20、II、37、13、15、5、12、46、26、22、71、8、62、29、28、25、17和52。第8组利用了基因11、21、3、6、74、58、52、40、17、23、41、63、22、56、55、8、60、54、51、57、66、68、29、24、69、39、16、49、72、59、48、61、2、7、44、37、43、45、35、25、1、4、20、14、36、42、65、62、71、32、19、70、28、27、9、46、33、18、67、15、30、26、12、47和53。第9组利用了基因48、27、64、55、30、2、33、16、31、21、57、50、63、17、44、29、4、6、60、65、23、19、58、68、25、59、14、7、42、12、69、45、53、73、56、34、41、3、18、5、72、70、40、37、62、43、51、24、52、20、39、8、13、26、10、66、54、22、49、61、11、46、32、67和36。第10组利用了基因31、39、50、60、17、33、73、30、3、27、10、62、29、12、59、1、34、69、51、72、65、52、16、36、28、23、42、40、66、58、48、46、38、74、20、55、21、49、63、2、70、7、26、53、41、45、25、44、71、32、24、13、14、6、57、11、68、35、54、22、64、8、9、56和37。
就70种基因而言，第1组利用了基因72、74、31、73、52、16、32、24、14、66、59、28、54、1、11、12、34、57、5、67、25、42、62、71、68、69、48、7、18、20、47、19、53、2、4、15、26、63、37、17、10、60、65、8、22、70、36、30、41、9、21、35、49、38、33、56、46、27、45、44、39、43、29、50、61、40、23、64、55和3。第2组利用了基因45、32、60、2、42、56、8、46、30、27、17、62、26、24、65、49、16、70、3、47、50、4、40、28、1、36、22、59、48、9、57、5、72、23、13、44、67、14、12、34、21、41、71、39、66、25、69、19、15、6、68、29、52、43、64、58、54、11、37、38、55、7、20、61、53、63、10、74、51和35。第3组利用了基因66、71、40、62、60、51、61、5、19、15、34、13、18、8、28、59、35、54、2、55、29、22、41、37、45、64、48、7、73、27、30、69、63、23、25、42、1、24、14、38、4、70、53、3、36、12、74、68、26、57、33、17、67、72、52、58、46、39、43、56、65、10、44、11、20、47、50、9、21和49。第4组利用了基因73、26、33、40、71、50、62、59、10、39、64、68、3、1、44、9、72、57、43、37、24、65、48、6、11、23、36、19、7、31、67、69、38、29、16、35、63、21、46、15、47、28、2、5、52、70、14、22、56、45、17、4、25、66、13、55、20、30、32、54、51、49、58、74、42、53、61、34、12和60。第5组利用了基因7、1、24、70、26、35、68、71、74、33、5、20、49、27、65、10、72、21、66、12、4、43、9、55、23、56、47、31、42、59、61、45、67、13、63、58、17、54、28、3、64、53、39、36、30、40、37、16、41、11、52、14、62、8、46、25、44、69、29、48、51、22、73、57、18、15、19、38、6和50。第6组利用了基因41、36、1、27、9、51、4、38、8、25、73、5、7、22、68、30、6、33、65、70、21、26、60、62、63、54、57、74、58、44、11、31、53、34、10、48、23、3、42、35、49、13、71、17、50、28、19、20、40、64、56、43、69、59、39、66、72、46、32、2、14、47、52、45、15、37、12、16、24和67。第7组利用了基因39、70、16、5、43、6、36、30、9、53、2、34、72、42、64、73、56、63、38、13、19、27、29、60、37、52、1、3、21、22、68、69、26、55，、61、11、18、12、45、8、51、65、32、33、67、48、50、10、20、28、58、7、49、35、57、71、23、17、24、62、59、54、15、40、14、41、47、46、44和4。第8组利用了基因3、5、50、35、53、57、14、49、55、8、25、22、71、60、13、19、12、32、26、44、15、39、17、31、61、23、66、68、4、6、7、41、24、40、58、67、46、70、45、64、51、69、18、62、47、52、11、30、73、28、33、2、36、1、72、42、20、27、10、16、63、38、59、74、43、9、56、34、21和65。第9组利用了基因18、49、70、46、29、9、52、53、64、28、37、27、7、57、44、19、72、61、67、30、62、47、2、39、8、65、26、14、63、4、20、59、45、15、10、3、16、58、25、38、60、71、66、32、23、55、69、12、33、6、42、36、22、48、24、68、41、17、54、13、21、51、73、74、40、43、1、11、56和35。第10组利用了基因14、12、65、74、58、6、36、5、34、11、18、33、32、7、22、37、64、59、9、52、41、26、3、19、48、35、56、62、42、60、1、8、43、50、25、61、54、49、20、70、44、30、15、46、72、38、4、29、68、21、39、17、16、53、45、73、63、31、55、47、24、69、2、71、13、28、66、23、57和40。
利用90种表达基因序列组中的50种到所有成员的随机亚组进行了类似的实验。将该90种表达序列中的50、55、60、65、70种和所有90种的随机组合(各组合取样10次)的表达水平与肿瘤类型的数据联用，然后用于预测2到所有39种肿瘤样品(各取样10次)的随机测试组。图6和7显示所得到的数据。
从1-90给该90种基因序列的成员编索引，下文是本发明所用的代表性随机组
就50种基因而言，第1组利用了基因89、30、62、23、31、20、53、25、15、38、11、22、68、44、58、7、14、61、67、32、18、71、9、54、46、3、57、50、59、79、48、90、82、64、39、21、60、37、47、10、52、77、33、45、35、83、16、69、74和27。第2组利用了基因25、17、64、82、23、5、77、48、72、63、34、60、61、35、58、19、56、83、8、13、38、89、59、62、88、71、11、29、31、68、65、67、78、44、27、81、24、1、18、55、85、46、41、14、84、26、16、21、12和69。第3组利用了基因24、39、35、15、49、44、28、58、20、3、88、23、54、31、33、37、62、25、87、75、17、41、21、19、38、85、86、74、8、12、77、30、27、43、76、73、9、14、6、63、64、81、26、66、2、56、34、60、57和61。第4组利用了基因40、71、55、63、2、13、38、58、26、18、76、74、17、67、69、4、9、20、21、10、35、70、49、37、12、77、61、60、15、7、36、89、33、59、78、39、82、16、64、28、6、66、52、5、44、73、34、75、31和29。第5组利用了基因16、37、57、18、29、66、54、6、44、70、20、65、5、61、72、83、85、58、87、73、23、76、25、68、49、24、79、89、55、75、47、19、33、39、21、63、84、32、77、40、12、11、42、50、1、9、78、3、74和7。第6组利用了基因42、29、74、68、27、54、15、63、30、51、78、56、82、66、80、79、90、64、22、44、71、2、89、39、46、52、36、32、84、6、59、9、38、4、55、19、7、60、49、23、73、5、11、50、70、34、61、81、67和28。第7组利用了基因31、27、24、75、7、46、40、60、51、37、87、28、67、62、50、66、61、63、49、1、39、74、81、4、52、22、79、45、12、41、15、90、26、33、78、48、83、10、53、73、6、19、71、59、68、56、64、13、32和30。第8组利用了基因88、57、5、4、1、43、12、32、66、81、90、19、51、18、55、9、29、75、11、73、23、61、6、79、69、60、13、62、8、71、2、52、67、59、87、33、80、21、14、89、39、65、56、38、47、31、84、25、45和41。第9组利用了基因60、45、51、32、49、2、44、66、83、50、87、1、90、28、42、85、13、40、70、82、79、89、64、63、27、52、10、86、77、15、56、8、33、53、38、46、67、19、68、29、48、21、34、61、18、55、25、35、39和80。第10组利用了基因80、39、23、76、87、33、30、88、85、89、24、47、44、43、48、55、14、73、22、19、67、1、42、51、60、12、9、6、75、17、40、25、28、74、38、66、5、50、8、37、15、29、21、11、35、31、13、36、52和18。
就55种基因而言，第1组利用了基因86、47、80、15、74、20、79、35、14、49、41、2、48、30、81、65、5、24、51、10、31、68、7、21、28、37、38、4、18、23、44、77、42、19、61、27、75、67、36、22、26、50、32、58、71、57、76、1、66、72、33、6、34、59和13。第2组利用了基因73、88、39、52、87、78、84、1、42、69、62、58、10、51、38、14、77、49、36、35、34、15、65、60、20、17、61、2、59、22、81、11、19、41、5、29、12、43、7、4、64、40、74、48、72、54、68、86、66、6、67、89、21、16和9。第3组利用了基因28、89、35、86、49、56、69、18、15、27、13、6、51、77、8、80、16、78、43、29、37、20、9、31、32、67、48、65、82、62、76、25、54、41、90、47、2、71、87、84、57、74、61、59、85、75、10、66、46、73、24、44、14、4和7。第4组利用了基因48、76、17、62、65、87、19、24、83、29、55、12、68、82、73、18、20、10、81、53、33、56、34、5、60、46、16、25、2、42、6、49、4、45、88、32、77、8、1、71、3、27、72、59、79、64、11、80、57、61、75、39、23、52和37。第5组利用了基因54、77、74、76、81、17、25、57、29、36、55、75、66、15、2、41、37、59、12、45、4、9、69、18、49、22、42、62、10、52、48、31、44、19、79、50、40、32、89、87、11、5、73、20、80、35、70、53、83、72、88、47、84、39和65。第6组利用了基因86、43、75、90、32、85、38、54、87、42、73、55、27、34、11、14、65、82、77、21、26、46、83、10、15、22、66、20、67、72、35、68、3、53、44、50、70、40、30、31、84、81、62、51、80、79、59、57、88、69、2、64、23、28和16。第7组利用了基因76、15、53、8、89、52、20、3、47、83、45、31、80、82、4、57、65、41、29、77、46、60、24、33、70、37、12、66、42、61、63、86、30、11、40、27、39、56、9、49、35、22、10、48、18、68、58、62、34、85、84、26、43、81和38。第8组利用了基因3、46、11、89、63、61、26、69、47、82、27、39、52、2、70、6、41、14、36、30、65、74、28、34、42、79、59、4、72、37、66、50、45、23、73、71、10、19、78、62、20、5、56、25、75、38、13、86、88、22、32、58、60、1和51。第9组利用了基因16、61、85、3、42、24、55、4、9、22、28、31、53、74、25、52、10、49、2、21、30、78、54、26、38、87、35、37、45、84、83、57、64、65、68、50、1、34、75、67、60、5、7、58、59、76、27、77、44、32、6、11、48、56和15。第10组利用了基因72、86、46、5、3、29、54、66、20、44、41、47、14、65、83、56、43、26、49、48、69、24、45、27、73、11、40、22、78、2、39、15、31、35、77、61、9、52、37、1、89、79、60、18、50、17、88、80、57、71、12、53、36、58和42。
就60种基因而言，第1组利用了基因75、54、79、78、4、48、36、29、28、32、82、38、21、8、80、46、47、57、76、50、18、68、85、13、61、65、71、56、45、58、84、25、72、43、7、77、74、69、86、31、19、63、35、83、70、3、62、90、52、87、44、41、66、12、23、59、1、10、49和67。第2组利用了基因6、50、10、38、29、59、60、12、74、14、65、61、54、2、89、68、9、62、20、81、70、67、66、52、45、58、43、31、86、79、82、1、42、88、85、22、87、84、24、21、5、39、25、51、40、63、49、7、35、36、71、90、47、15、56、23、83、34、76和19。第3组利用了基因17、68、41、53、15、58、90、21、10、61、72、44、22、8、32、47、55、48、45、3、5、7、1、4、24、49、75、54、39、57、19、70、79、66、6、60、51、56、46、14、85、80、36、31、37、86、42、84、87、23、2、81、11、50、40、52、13、65、62和76。第4组利用了基因54、24、50、11、77、63、84、71、16、51、78、83、10、28、31、29、43、14、30、61、81、58、4、48、64、37、18、39、1、67、45、40、80、79、8、55、36、2、32、25、21、46、73、38、34、52、49、65、13、66、6、76、20、85、15、44、60、69、86和88。第5组利用了基因89、22、12、82、28、14、87、8、79、48、69、84、66、43、88、13、9、50、75、71、20、36、5、54、80、62、4、23、24、60、19、10、63、81、68、30、32、52、56、37、15、83、16、90、26、44、78、39、61、59、45、74、58、86、35、33、47、57、18和42。第6组利用了基因41、38、76、54、12、29、66、35、68、80、64、57、46、25、27、49、86、36、20、5、16、19、69、59、48、4、10、70、17、60、50、63、18、33、65、39、23、82、51、55、8、28、53、84、67、22、71、77、13、9、42、21、62、31、78、11、89、45、52和74。第7组利用了基因84、12、17、10、33、56、50、61、74、21、78、11、37、36、3、5、30、43、47、54、27、32、77、51、42、4、76、71、83、46、57、73、87、24、90、8、72、29、35、66、28、70、22、39、65、85、1、82、40、89、80、58、52、38、59、86、69、13、16和14。第8组利用了基因71、3、44、6、16、69、34、20、56、72、5、68、9、52、49、58、79、76、2、59、7、73、51、74、19、88、60、30、61、13、89、50、31、40、81、10、21、54、45、77、67、36、46、1、43、83、55、12、80、28、41、86、47、39、53、17、78、63、87和48。第9组利用了基因47、30、10、11、39、23、41、29、21、36、45、49、69、1、24、66、57、12、56、22、71、9、89、52、83、28、80、37、72、67、76、87、82、5、88、4、3、68、58、64、62、46、74、7、20、15、48、53、54、63、19、13、43、32、51、31、33、27、35和40。第10组利用了基因75、29、27、66、15、47、14、3、12、80、31、32、41、17、74、7、57、59、64、25、13、77、33、43、81、55、48、68、30、54、69、88、62、86、67、37、20、8、42、19、70、24、49、73、23、10、1、85、89、44、58、2、11、63、76、5、53、83、50和9。
就65种基因而言，第1组利用了基因55、36、14、26、67、60、28、31、46、85、16、10、17、45、73、87、7、72、90、4、84、34、78、19、71、54、29、43、76、12、35、61、49、57、89、20、50、47、86、88、59、75、15、8、5、3、32、81、74、23、41、13、33、63、77、22、9、38、64、69、80、25、1、18和30。第2组利用了基因32、81、5、65、79、12、52、83、2、39、19、37、44、66、63、72、56、60、3、22、70、64、9、67、15、8、50、48、71、82、76、14、28、18、25、11、29、58、35、31、10、69、38、90、80、74、53、75、4、77、89、55、57、59、51、42、41、68、23、84、45、40、20、85和61。第3组利用了基因33、52、22、67、7、36、40、6、56、29、48、41、28、68、83、90、51、70、60、24、87、88、18、58、73、1、17、8、26、89、38、4、10、47、75、72、50、13、23、66、20、30、12、43、46、15、16、5、55、31、63、32、53、69、39、71、42、62、57、34、44、14、25、64和80。第4组利用了基因30、45、74、3、13、63、76、27、46、11、51、2、20、78、66、65、43、7、69、40、28、19、25、52、26、34、49、44、60、59、38、48、85、87、18、82、15、42、24、67、61、71、70、35、68、79、47、83、80、84、31、32、9、77、72、62、8、55、54、1、58、16、53、89和90。第4组利用了基因14、55、53、45、32、63、49、15、10、11、47、52、3、13、71、68、85、34、66、64、83、78、28、21、30、54、29、88、59、73、26、84、50、77、65、82、20、86、19、57、62、25、43、27、8、6、87、38、51、61、56、2、18、46、44、80、9、31、36、76、1、7、33、48和58。第6组利用了基因66、44、18、85、54、28、80、65、25、1、88、72、74、46、76、71、24、51、47、31、21、60、83、32、3、63、64、69、52、27、2、38、34、10、12、35、77、33、29、56、67、40、30、22、49、5、7、43、17、13、81、20、79、14、48、73、53、90、70、59、19、16、8、36和23。第7组利用了基因89、37、48、32、75、46、90、2、66、44、55、17、9、59、68、83、24、53、19、67、74、35、72、4、13、76、15、62、63、28、51、26、39、20、18、45、36、78、41、84、87、11、80、12、81、3、50、86、6、61、73、31、27、88、42、71、33、43、60、30、69、34、21、49和70。第8组利用了基因84、73、14、23、36、47、31、61、57、50、78、53、90、68、37、39、75、4、10、80、35、32、85、18、81、29、66、76、54、41、62、30、58、49、33、64、45、87、25、79、20、69、42、17、88、24、2、34、16、28、86、15、7、82、1、60、11、48、89、22、77、74、72、6和43。第9组利用了基因1、74、39、48、44、47、3、8、80、54、16、41、76、9、85、86、49、70、52、89、19、66、43、17、15、63、29、53、42、32、30、4、36、7、77、2、84、87、28、67、20、56、65、31、12、25、40、10、73、6、83、64、50、13、22、58、45、21、57、60、72、82、26、33和35。第10组利用了基因18、31、52、70、48、76、57、66、10、14、60、30、67、45、35、51、1、79、46、71、3、42、33、85、4、61、2、63、87、50、36、37、90、80、24、6、77、28、21、88、17、82、83、49、75、54、25、5、7、73、59、29、69、47、65、19、15、56、9、55、58、40、20、89和74。
就70种基因而言，第1组利用了基因79、50、38、63、74、71、66、4、33、1、69、88、85、18、27、77、70、65、14、40、64、29、59、6、3、9、84、22、62、60、30、7、11、13、45、57、35、72、15、75、39、36、10、53、67、80、83、31、5、25、90、89、58、23、56、2、16、41、76、47、26、43、17、55、82、87、24、12、48和81。第2组利用了基因6、66、68、83、77、81、21、88、18、60、50、17、13、61、14、25、39、76、75、78、89、37、87、59、55、90、9、5、12、10、43、29、51、31、46、58、49、24、52、28、64、42、8、11、67、84、70、19、41、45、71、16、33、23、34、30、86、69、4、57、47、80、20、82、2、1、56、65、62和48。第3组利用了基因72、87、89、53、56、17、84、60、45、61、62、76、13、37、20、21、2、23、3、57、83、90、82、49、24、59、9、48、32、33、47、42、78、88、65、52、79、41、34、19、74、66、43、27、36、63、81、44、40、80、31、86、12、29、77、67、14、71、68、1、35、16、10、30、6、22、75、55、85和4。第4组利用了基因70、81、71、17、8、59、6、15、52、74、23、9、19、14、82、86、27、73、66、38、22、41、88、76、47、58、56、11、55、64、44、84、62、21、35、80、36、28、12、13、4、1、75、60、5、87、89、2、50、46、25、85、37、90、78、34、24、18、45、79、77、30、32、51、57、67、83、68、54和29。第5组利用了基因70、23、22、30、85、48、21、32、，86、84、78、87、64、40、4、34、67、19、25、7、55、42、65、53、49、83、50、80、62、16、37、77、71、54、28、27、29、18、13、57、79、56、15、36、5、24、3、1、75、90、73、47、51、88、38、58、66、81、35、76、43、46、82、68、10、14、8、41、39和59。第6组利用了基因88、3、40、60、24、43、62、85、58、53、39、56、59、81、71、63、25、16、22、14、10、72、89、90、84、5、33、12、45、57、70、38、32、19、44、46、2、64、8、49、42、27、37、29、13、6、28、7、77、41、17、50、31、69、26、83、23、73、80、51、61、76、82、18、15、78、67、54、36和65。第7组利用了基因35、52、48、42、65、38、61、79、23、20、12、8、53、57、22、54、69、9、56、43、5、66、86、49、81、19、40、45、85、60、10、50、55、11、15、73、13、2、29、59、78、67、18、80、84、39、87、90、58、46、17、32、7、62、14、34、27、6、83、70、51、26、68、21、82、77、44、47、24和37。第8组利用了基因40、55、22、47、86、19、62、51、25、59、8、65、48、79、1、66、17、70、32、49、23、61、85、28、36、54、20、39、83、73、50、4、81、27、41、63、15、80、87、7、46、33、9、68、56、77、14、75、82、74、12、37、16、84、72、30、2、38、13、57、76、5、64、45、89、58、29、10、78和90。第9组利用了基因84、16、21、81、89、60、79、30、47、69、83、85、75、52、49、72、86、3、9、59、18、55、17、82、14、23、38、24、87、65、77、80、66、19、41、53、1、34、27、56、40、67、32、20、37、70、36、15、22、8、29、48、58、45、25、71、7、4、73、10、12、2、42、90、63、43、51、6、54和78。第10组利用了基因19、51、29、22、66、13、32、89、62、45、65、35、24、73、55、47、67、76、69、26、37、64、53、10、15、34、79、2、56、30、3、20、78、31、75、46、27、52、6、86、16、9、54、87、58、33、61、11、43、40、74、60、50、25、80、72、83、57、38、1、70、5、7、77、85、59、88、63、14和84。
就75种基因而言，第1组利用了基因87、17、52、44、57、53、78、37、2、71、9、68、6、63、50、58、13、26、16、60、67、3、32、21、79、12、77、73、24、35、80、47、29、40、30、84、39、90、11、81、75、76、89、66、86、42、34、64、54、7、41、56、62、55、46、28、5、25、27、83、19、20、49、69、85、33、18、23、74、1、10、43、22、8和45。第2组利用了基因75、33、52、86、24、50、70、10、17、90、28、46、48、77、47、61、12、4、83、27、45、88、35、36、22、68、73、31、57、69、65、64、15、9、54、39、14、20、67、79、44、38、78、23、84、37、66、5、11、18、41、13、21、49、16、76、1、29、53、40、42、63、25、56、6、82、71、85、89、80、34、51、60、30和58。第3组利用了基因39、82、36、31、52、84、30、83、49、1、44、10、87、78、77、18、79、9、73、69、75、45、14、16、56、40、58、15、32、34、42、60、19、63、47、41、68、13、61、90、89、5、46、57、8、37、66、43、21、17、11、72、74、4、33、53、12、65、50、2、81、24、62、6、23、25、88、51、67、64、7、80、54、22和3。第4组利用了基因63、2、5、52、10、62、75、4、6、51、29、54、49、55、36、37、77、46、44、79、11、59、38、14、65、43、48、35、86、78、73、72、57、8、16、58、56、82、60、42、80、13、9、90、53、66、21、67、88、89、45、22、71、31、84、74、15、23、26、3、68、1、39、7、50、41、40、81、87、34、18、12、70、47和25。第5组利用了基因62、82、46、89、81、43、57、69、9、19、18、16、80、63、72、2、54、86、44、53、31、5、1、61、20、37、58、32、28、47、34、6、41、68、15、90、85、13、23、10、4、70、76、33、11、51、35、88、67、84、8、24、66、65、26、59、40、79、64、42、45、22、17、87、30、12、27、14、39、56、38、71、52、36和60。第6组利用了基因16、85、19、39、64、76、44、15、50、73、27、36、6、62、54、46、58、68、28、13、14、21、86、47、71、87、18、5、67、1、65、78、12、66、43、82、38、23、75、24、49、57、17、10、29、72、22、89、90、26、42、45、2、33、41、9、8、7、69、31、30、79、80、84、55、35、20、70、83、48、88、60、25、74和63。第7组利用了基因24、66、86、48、63、51、74、37、2、82、77、22、72、21、11、90、80、55、76、68、34、42、29、62、46、39、56、31、47、28、16、38、44、52、1、43、14、20、64、83、78、58、12、18、84、67、75、85、36、25、50、49、40、33、23、45、41、73、88、59、17、32、70、13、60、57、3、7、54、4、8、53、26、15和69。第8组利用了基因80、38、59、41、85、44、12、22、39、17、52、24、32、62、18、8、78、74、9、66、76、14、3、16、40、28、48、58、54、29、43、5、81、77、86、23、75、82、34、7、51、64、4、6、72、61、37、84、45、33、71、19、67、88、1、35、47、83、25、49、11、42、50、70、2、46、15、26、27、68、57、65、13、53和90。第9组利用了基因4、66、28、44、20、34、12、85、6、17、88、8、39、65、22、19、10、48、63、23、33、13、47、81、79、89、64、53、87、11、46、74、14、70、37、62、30、7、71、76、50、59、77、51、15、68、55、72、83、82、78、54、25、21、27、41、69、9、58、3、31、75、84、26、86、49、18、42、61、45、16、2、24、80和73。第10组利用了基因78、47、32、30、46、6、2、64、11、27、85、22、79、63、80、39、90、65、71、72、21、26、58、15、16、23、81、1、44、43、40、55、13、19、25、83、41、18、53、68、37、20、49、69、33、61、38、28、60、45、17、82、24、4、86、89、36、51、84、31、14、88、59、76、48、5、35、75、74、7、67、62、52、56和54。
就80种基因而言，第1组利用了基因29、80、5、50、63、3、1、55、38、48、58、30、86、82、83、6、23、2、41、60、54、69、15、34、64、10、27、70、28、44、8、68、56、14、36、17、73、13、88、42、72、59、67、71、26、53、37、24、79、62、52、74、4、40、47、19、78、11、76、31、90、12、87、89、75、66、81、16、49、65、57、84、46、20和21。第2组利用了基因15、21、70、5、79、85、84、53、69、33、28、14、75、76、58、48、13、45、51、88、25、74、39、71、64、9、60、44、78、7、8、3、32、89、73、1、4、29、41、17、46、57、72、20、86、47、49、87、55、19、37、27、80、62、54、18、52、67、63、77、65、24、31、26、83、2、22、90、50、12、16、35、11、10和56。第3组利用了基因41、4、59、73、29、22、60、45、70、10、64、21、81、36、52、67、54、38、65、90、27、87、28、7、74、43、56、75、9、35、42、20、72、47、14、63、18、68、23、69、8、50、89、3、11、82、39、80、46、16、53、58、25、79、49、76、37、30、78、83、2、84、57、88、6、32、12、71、15、55、48、34、62、61和13。第4组利用了基因23、31、53、90、3、40、34、6、1、83、9、60、56、50、44、85、51、35、43、80、65、46、38、88、17、54、87、10、45、42、75、68、63、58、36、64、67、77、21、47、30、59、14、49、70、66、72、74、27、61、19、81、20、25、33、57、62、76、55、78、84、16、69、37、79、29、39、32、15、5、2、12、71、11和73。第5组利用了基因29、71、21、60、43、78、55、61、51、90、10、37、35、53、28、62、15、1、31、67、48、36、75、27、63、87、24、32、54、79、16、70、64、40、47、41、17、38、3、45、81、68、72、56、77、8、13、34、57、26、73、14、6、82、4、58、89、30、7、74、69、88、20、5、46、2、11、49、50、23、33、42、83、52和86。第6组利用了基因39、54、30、24、80、10、21、7、14、69、38、83、52、65、46、42、66、36、61、16、50、33、2、73、13、81、48、8、6、41、12、25、43、79、35、26、89、75、60、67、82、45、20、90、68、77、58、34、18、47、22、84、4、57、32、5、19、59、86、74、1、31、62、85、29、53、88、28、40、37、63、15、64、49和55。第7组利用了基因21、68、81、50、36、6、80、76、90、74、12、79、34、53、1、4、5、41、56、47、15、63、11、14、7、78、57、65、73、20、8、64、84、30、3、13、52、49、27、86、60、72、62、29、75、40、32、2、82、33、10、24、51、17、46、38、19、37、28、69、61、85、88、22、48、89、18、25、71、58、31、35、26、55和44。第8组利用了基因30、64、67、79、52、71、13、3、22、8、75、41、65、21、60、36、49、84、33、29、57、86、15、12、85、63、6、20、66、53、51、90、87、55、11、32、31、61、78、58、42、48、5、1、17、50、70、76、25、45、2、73、28、14、89、56、39、44、7、74、16、72、35、19、47、27、43、83、68、26、18、37、69、54和23。第9组利用了基因79、85、48、29、23、31、62、37、5、33、3、19、53、9、36、18、58、17、81、46、8、35、66、87、14、30、74、77、21、40、75、43、42、15、39、70、60、13、10、2、72、44、45、38、4、25、84、68、50、24、7、27、82、55、80、32、89、57、6、69、83、28、56、22、16、1、41、63、26、78、12、59、64、61和11。第10组利用了基因45、9、24、85、68、80、73、17、56、7、8、5、69、58、37、44、21、29、50、15、53、25、40、88、36、32、59、75、49、35、43、67、83、31、51、28、60、77、30、74、22、41、42、64、61、23、90、13、33、11、16、20、46、66、6、87、39、47、65、3、82、10、72、34、18、1、38、57、79、71、26、27、19、48和76。
就85种基因而言，第1组利用了基因62、19、38、77、64、49、14、16、47、73、28、3、54、78、70、12、75、35、15、40、21、60、58、86、83、33、66、59、44、45、56、9、5、81、72、68、27、37、71、52、48、36、79、6、41、74、22、46、2、20、34、13、55、53、10、88、57、61、4、39、24、85、76、87、65、25、23、90、32、26、80、63、89、82和7。第2组利用了基因72、30、36、64、47、57、67、20、58、1、6、61、71、32、42、53、87、65、25、17、9、60、83、12、51、8、37、75、59、89、85、22、44、19、63、7、62、13、81、41、79、43、49、4、34、68、88、74、28、31、10、39、11、55、15、5、69、50、66、18、77、46、76、33、3、35、38、14、40、86、54、23、24、48和78。第3组利用了基因5、67、57、18、12、42、43、71、50、19、26、51、52、32、74、88、46、2、9、77、30、58、69、81、35、87、90、34、22、15、84、44、8、3、47、60、55、66、33、20、86、39、16、37、85、73、4、13、56、27、65、76、49、54、75、31、68、82、23、62、7、53、78、36、64、40、45、6、70、17、79、10、21、48和89。第4组利用了基因67、47、68、38、50、82、54、56、64、49、63、14、22、7、25、12、57、85、88、5、28、23、77、44、80、89、83、20、81、73、11、17、76、75、32、34、55、62、21、6、30、10、71、39、36、74、42、60、43、8、59、58、65、3、61、72、70、79、16、13、18、19、45、4、84、1、87、26、46、40、37、78、15、69和41。第5组利用了基因82、42、35、86、14、37、39、30、41、60、44、9、12、34、50、68、5、29、46、19、11、28、48、3、20、77、67、57、88、55、32、78、51、71、47、63、6、10、45、70、8、81、18、43、69、79、21、13、66、59、33、1、31、74、36、2、24、54、23、85、72、73、80、64、84、7、38、87、58、75、22、65、15、53和52。第6组利用了基因55、2、11、72、4、85、43、18、46、27、80、69、9、31、39、5、81、22、32、3、36、17、83、37、90、38、87、44、56、66、13、6、28、77、54、79、41、78、47、29、8、21、63、64、73、48、14、34、82、70、30、58、84、24、26、68、1、65、60、42、33、20、7、75、12、57、59、16、74、88、23、49、50、40和71。第7组利用了基因18、40、66、35、20、85、12、19、86、26、36、89、84、88、74、15、33、75、50、16、49、32、38、31、2、27、87、68、69、53、60、79、7、21、63、17、90、30、29、11、56、25、58、62、48、8、45、9、72、64、28、76、3、78、46、1、10、34、43、83、5、52、14、65、51、41、22、44、61、24、70、54、59、77和13。第8组利用了基因35、40、80、57、23、28、9、83、13、47、82、36、86、44、90、55、30、22、12、42、38、49、45、8、87、17、52、3、33、15、32、21、76、58、7、53、20、67、19、29、85、68、71、39、24、25、84、4、6、75、63、73、5、18、31、48、65、41、60、37、88、72、1、46、79、16、78、10、77、34、66、56、61、70和2。第9组利用了基因51、59、73、9、79、21、39、67、71、68、28、65、85、30、41、61、29、8、16、78、34、1、77、90、45、33、60、89、49、56、43、62、83、6、11、18、50、66、47、19、4、22、13、27、86、26、20、17、52、10、70、54、42、53、24、76、81、75、38、64、74、36、48、32、82、44、37、57、72、35、7、14、15、3和23。第10组利用了基因18、85、61、1、52、87、42、13、88、66、46、57、50、36、75、39、14、27、54、20、53、10、4、30、37、43、79、80、40、84、76、45、60、74、12、31、15、44、48、3、56、11、68、19、86、72、6、9、21、70、34、83、89、5、69、64、22、24、63、65、55、8、41、28、2、16、35、77、26、47、90、49、59、23和17。
实施例5PCR检测如上所述，可通过PCR测定或检测基因表达，例如采用定量PCR。检测人基因组中50种以上表达序列的表达可用于本发明的这种实施方案。此外，也可利用所述74种(基因序列)组、90种(基因序列)组或该两组的组合(已知该两组之间共有38种基因序列，总基因序列是126种)中的50种以上基因序列的表达水平。如上所述，本发明考虑如上所述采用定量PCR来检测87种基因序列(或其中的50种以上的序列)的表达水平，这些序列均存在于74种(基因序列)组或90种(基因序列)组中。在这87种基因序列中，60种存在于74种(基因序列)组中，63种存在于90种(基因序列)组中。该87种基因序列的标识符/登录号是AA456140、AA745593、AA765597、AA782845、AA865917、AA946776、AA993639、AB038160、AF104032、AF133587、AF301598、AF332224、AI041545、AI147926、AI309080、AI341378、AI457360、AI620495、AI632869、AI683181、AI685931、AI802118、AI804745、AI952953、AI985118、AJ000388、AK025181、AK027147、AK054605、AL023657、AL039118、AL110274、AL157475、AW118445、AW194680、AW291189、AW298545、AW445220、AW473119、AY033998、BC000045、BC001293、BC001504、BC001639、BC002551、BC004331、BC004453、BC005364、BC006537、BC006811、BC006819、BC008764、BC008765、BC009084、BC009237、BC010626、BCO11949、BC012926、BC013117、BC015754、BC017586、BE552004、BE962007、BF224381、BF437393、BF446419、BF592799、BI493248、H05388、H07885、H09748、M95585、N64339、NM_000065、NM_001337、NM_003914、NM_004062、NM_004063、NM_004496、NM_006115、NM_019894、NM_033229、R15881、R45389、R61469、X69699和X96757。
利用50种到所有这些序列来实施本发明可包括利用本文所述所检测到的参比序列表达水平。在一些实施方案中，参比基因序列是本文所述8种序列的一种或多种。本发明考虑将鉴定为AF308803、AL137727、BC003043、BC006091和BC016680的一种或多种参比序列用于本发明的PCR或QPCR的实施方案中。当然也可利用所有这5种参比序列。
无论曾是否专门引入，本文所引用的所有参考文献，包括专利、专利申请和出版物均全文纳入本文作为参考。
现已充分描述了本发明，本领域技术人员应该知道在同等的参数、浓度和条件的广泛范围内即可进行同样检测而不脱离本发明的构思和范围并且无需过多实验。
尽管结合具体实施方案描述了本发明，但应该知道可对它作出进一步修改。总之，本申请要涵盖根据本发明主旨作出的任何改变、应用或适用性，包括在本发明所属领域的已知或惯常实践范围内以及可应用上述基本特征的这种改变。
序列表<110>阿克丘勒斯生物科学股份有限公司(Arcrurus Bioscience，Inc.)M.G.厄兰德(Erlander，Mark G.)马小骏(Ma，Xiao-Jun)<120>鉴定肿瘤<130>022041-002020PC<150>US 60/577,084<151>2004-06-04<160>268<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>2930<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<400>1ggccactctg cagacagctc cagacaatca ggcactcgtc acacagagtc ttcctctcgt60ggacaggctg cgtcatccca tgaacaggca agatcaagtg caggagaaag acatggatcc 120caccaccagc agtcagcaga cagctccaga cacgcaggca ttgggcacgg acaagcttca 180tctgcagtca gagacagtgg acaccgaggg tacagaggta gtcaggccac tgacagtgag 240ggacattcag aagactcaga cacacagtca gtgtcagcac agggacaagc tgggccccat 300cagcagagcc accaagagtc cgcacgtggc cagtcagggg aaagctctgg acgttcaggg 360tctttcctct accaggtgag cactcatgaa cagtctgagt ccacccatgg acagtctgtg 420cccagcactg gaggaagaca aggatcccac catgatcagg cacaagacag ctccaggcac 480tcagcatccc aagagggtca ggacaccatt cgtggacacc cggggccaag cagaggagga 540agacaggggt cccaccacga gcaatcggta gataggtctg gacactcagg gtcccatcac 600agccacacca catcccaggg aaggtctgat gcctcccgtg ggcagtcagg atccagaagt 660gcaagcagac aaacacatga ccaggaacaa tcaggagacg gctctaggca ctcagggtcg 720cgtcatcagg aagcttcctc ttgggccgac agctctagac actcacaggc agtccaggga 780caatcagagg ggtccaggac aagcaggcgc cagggatcca gtgttagcca ggacagtgac 840agtcagggac actcagaaga ctctgagagg cggtctgggt ctgcttccag aaaccatcgt 900ggatctgctc aggagcagtc aagagatggc tccagacacc ccaggtccca tcacgaagac 960agagccggtc acggggactc tgcagagagc tccagacaat caggcactca tcatgcagag 1020aattcctctg gtggacaggc tgcatcatcc catgaacagg caagatcaag tgcaggagag 1080agacatggat cccactacca gcagtcagca gacagctcca gacactcagg cattgggcac 1140ggacaagctt catctgcagt cagagacagt ggacaccgag ggtccagtgg tagtcaggcc 1200agtgacaatg agggacattc agaagactca gacacacagt cagtgtcagc ccaccgacag 1260gctgggcgcc atcacgagag ccaccaagag tccacacgtg gccggtcacg aggaaggtct 1320ggacgttcag ggtctttcct ctaccaggtg agcactcatg aacagtctga gtctgcccat 1380ggacgggctg ggcccagtac tggaggaaga caaggatccc gccacgagca ggcacgagac 1440agctccaggc actcagcgtc ccaagagggt caggacacca ttcgtggaca cccggggtca 1500aggagaggag gaagacaggg atcctaccac gagcaatcgg tagataggtc tggacactca 1560gggtcccatc acagccacac cacatcccag ggaaggtctg atgcctccca tgggcagtca 1620ggatccagaa gtgcaagcag agaaacacgt aatgaggaac agtcaggaga cggctccagg 1680cactcagggt cgcgtcacca tgaagcttcc actcaggctg acagctctag acactcacag 1740tccggccagg gtgaatcagc ggggtccagg agaagcaggc gccagggatc cagtgttagc 1800caggacagtg acagtgaggc atacccagag gactctgaga ggcgatctga gtctgcttcc 1860agaaaccatc atggatcttc tcgggagcag tcaagagatg gctccagaca ccccggatcc 1920
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<223>合成构建物-寡核苷酸<400>268ttcccttaat tcctcctccc gacctttttt acccccccag ttgcagtatt taactgggct6060506771v权利要求
1.一种将含细胞样品分类为含有某类型组织的肿瘤细胞的方法，所述方法包括测定获自人对象的含细胞样品中细胞的50-350种转录序列的表达水平，和根据所述序列的表达水平，将样品从多种肿瘤类型中分类为含有某类型组织的肿瘤细胞。
2.一种将含细胞样品分类为含有某类型组织的肿瘤细胞的方法，所述方法包括测定获自人对象的含细胞样品中细胞的50种以上转录序列的表达水平，和根据所述序列的表达水平，将样品从多种肿瘤类型中分类为含有某类型组织的肿瘤细胞，其中a)超过50％的所述转录序列的表达与另一种所述转录序列的表达无关，或b)所述50种以上转录序列不是根据利用已知肿瘤样品的督导学习、不是根据它们的表达与所述多种肿瘤类型之间的相关性水平、或者不是根据它们的表达与所述多种肿瘤类型之间相关性中它们的排序来选择。
3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，还包括测定过量数目的转录序列，这些序列的表达水平不用于所述分类。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，利用微阵列测定所述表达水平。
5.如权利要求1或2或3或4所述的方法，其特征在于，所述分类的精确度为60％以上。
6.如权利要求1或2或3或4所述的方法，其特征在于，所述的50种以上转录序列包括选自74种基因序列组或90种基因序列组的一种或多种序列。
7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述的50种以上转录序列包括选自74种基因序列组或90种基因序列组的5种以上序列。
8.如权利要求1或2或3或4或5或6或7所述的方法，其特征在于，所述测定包括与一种或多种参比转录序列作比较进行检测。
9.如权利要求1或2或3或4或5或6或7或8所述的方法，其特征在于，所述测定包括检测所有所述转录序列或其一部分的表达。
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，所述测定包括扩增所有所述转录序列或其一部分，或者逆转录和标记对应于所述转录序列的RNA。
11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述扩增包括线性RNA扩增或定量PCR。
12.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述扩增是扩增位于所述转录物聚腺苷酸化位点的600个核苷酸之内的序列。
13.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述扩增是用定量PCR扩增所述转录物的至少50个核苷酸。
14.一种用来检测权利要求10所述扩增产物的包含寡核苷酸探针的微阵列。
15.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，选择的所述转录序列是非冗余的。
16.如权利要求15所述的方法，其特征在于，还包括测定过量数目的转录序列的表达水平，所述转录序列对于用于所述分类的转录序列而言是冗余的。
17.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，所述样品是人患者的临床样品。
18.如权利要求17所述的方法，其特征在于，所述样品是福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的样品。
19.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，还包括对50种以上转录序列的表达水平进行所述测定之前，诊断人对象需要所述测定；或获得人对象的含细胞样品；或接受含细胞的样品；或将含细胞的样品切片；或分离含细胞样品中的细胞；或获得含细胞样品的细胞RNA。
20.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，还包括对50种以上转录序列的表达水平进行所述测定和所述样品分类之后，通过表示1)报酬已收到，或2)将由另一付款人付费，或3)还未付费，为所述测定或分类进行偿付或付费处理；或接收对所述测定或所述分类支付的费用；或为所述测定或分类向保险公司、保健组织、联邦卫生部门或所述患者发出或已发出偿付要求；或接收批准为所述测定或分类付费或拒绝付费的表示；或为所述测定或分类而发出偿付要求；或在表格上或在数据库中表明需要为所述测定或分类而支付或付费；或在表格上或在数据库中表明执行了所述测定或分类；任选向医疗护理机构、卫生保健人员、医生、护士或所述患者报告所述测定或分类的结果；或者接收所述患者为实施了所述测定或分类而支付的费用。
全文摘要
本发明提供利用检测基因表达对获自临床对象的样品，例如福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品中的肿瘤进行分类或鉴定的方法。
文档编号C12Q1/68GK101035909SQ200580026380
公开日2007年9月12日 申请日期2005年6月3日 优先权日2004年6月4日
发明者M·G·厄兰德, 马小骏 申请人:阿威亚拉德克斯股份有限公司