预测对治疗的应答的方法

专利名称：：预测对治疗的应答的方法预测对治疗的应答的方法发明领域本发明涉及预测对在患者中使用HER二聚化抑制剂治疗的应答的方法，所述方法包括下述步骤在来自患者的生物样品中评估选自由表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自上皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因的标记基因，并且通过评估第一步的结果而预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答。还公开在其中应用这些标记的其它应用和方法。发明背景人表皮生长因子受体(ErbB或HER)家族包括4个成员(HER14)，通过激活复杂的信号级联，这些成员是细胞生长、存活和分化的重要的调控子。来自表皮生长因子(EGF)超家族的至少11种不同的基因产物结合这些受体中的三种，EGFR(也叫作ErbBl或HER1),HER3(ErbB3)和HER4(ErbB4)。尽管还没有鉴定结合和激活HER2(ErbB2或neu)的配体，一般理解，HER2是与其它HER受体合作作用以扩增并且在一些情形中起始受体-配体信号传导的共同受体。与相同的受体类型(同型二聚体作用)或另一种HER家族成员(异型二聚化作用)的二聚化作用对于它们的活性是重要的。HER2是用于其它HER家族成员的优选的二聚化配偶体。充分记录了HER家族在许多上皮肿瘤类型中的作用，并且HER家族的作用已经导致合理研发特异性针对HER受体的新型癌症药剂。重组人源化抗-HER2单克隆抗体(MAb)曲妥单抗是患有HER2-阳性转移乳腺癌(MBC)患者的护理标准。HER2蛋白堪因的过表达/扩增，其在20-30%的乳腺癌病例中发生，是使用曲妥单抗治疗的先决条件。Pertuzumab(Omnitarg;以前为2C4)是第一种已知为HER二聚化抑制齐IJ(HDIs)的新种类药剂。Pertuzumab在其二聚化结构域结合HER2，由此抑制其形成活性二聚体受体复合物的能力，.并且因此阻滞最终导致细胞生长和分裂的下游信号级联。Pertuzumab是针对HER2细胞外结构域的完全人源化的重组单克隆抗体。Pertuzumab与在人上皮细胞上的HER2的结合防止HER2与HER家族的其它成员(包括EGFR,HER3,HER4)形成复合物以及可能的HER2二聚体化。通过阻滞复合物形成，Pertuzumab防止由HER1、HER3和HER4的配体(例如，EGF，TGFa,双调蛋白，和调蛋白)激活的生长-刺激作用和细胞存活信号。Pertuzumab的其它名称为2C4或OmnitargTM。Pertuzumab是基于人IgGl(K)构架序列的完全人源化的重组单克隆抗体。Pertuzumab的结构由两条重链(449个残基)和两条轻链(214个残基)组成。与曲妥单抗(Herceptin⑧)相比，Pertuzumab在轻链中有12个氨基酸差异，并且在IgGl重链中有29个氨基酸差异。WO2004/092353和WO2004/091384描述Her2与其它受体形成异型二聚体应该与Pertuzumab的效力和适用性联系。Zabrecky，J.R.等，J.Biol.Chem.(生物的化学杂志)266(1991)1716-1720公开，Her2细胞外结构域的释放可能参与瘤形成，并且其检测可以用作癌症诊断。Colomer,R.等,Clin.CancerRes.(临床癌症研究)6(2000)2356-2362公开在晚期乳腺癌中循环Her2细胞外结构域和对化学治疗的抗性。Hait，W.N.,Clin.CancerRes.(临床癌症研究)7(2001)2601-2604综合评论了Her2细胞外结构域的诊断和预测价值。发明概述仍然需要提供在使用HER二聚化抑制剂治疗的癌症患者中确定疾病发展的其它方法。因此，在本发明的一个实施方案中，提供在患者中预测对使用HER二聚化抑制剂治疗的应答的方法，所述方法包括步骤a)在来自患者的生物样品中评估-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、9转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因，和b)通过评估步骤a)的结果而预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答。在本发明的另一个实施方案中，在严格条件下与表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体，用来预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答，或者在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体用来选择在患者中抑制疾病发展的组合物。在本发明的另一个实施方案中，提供一种试剂盒，其包括在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化因子a或HER2标记多聚核苷酸退火的探针，或者与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体。在本发明的另一个实施方案中，提供选择抑制患者的疾病发展的组合物的方法，所述方法包括a)在多种测试组合物存在下，分别暴露包含来自癌症患者的生物样品的整分试样；b)将与测试组合物接触的生物样品整分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合的表达水平与没有接触测试组合物的生物样品整分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合的表达水平进行比较；c)相对于没有接触测试组合物的整分试样，选择在包含所述测试组合物的整分试样中改变了所述标记基因或标记基因的组合的表达水平的一种测试组合物，其中在与所述测试组合物接触的生物样品的整分试样中所述标记基因或标记基因的组合的表达水平与在没有接触所述测试组合物的生物样品的整分试样中的所述相应标记基因或标记基因的组合的表达水平之间存在至少10%的差异是选择所述测试组合物的指征。在本发明的另一个实施方案中，提供一种获得候选药剂的方法，所述方法包括a)将来自癌症患者的生物样品的整分试样与候选药剂接触，并且确定选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合在所述整分试样中的表达水平，b)确定在没有与所述候选药剂接触的生物样品整分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平，c)通过将与所述候选药剂接触的生物样品的整分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的整分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平进行比较，而观察所述候选药剂的效果，d)通过所述观察到的效果获得所述药剂，其中在与所述候选药剂接触的生物样品的整分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的整分试样中的相应的标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在至少10%的差异是所述候选药剂作用的指征。在本发明的另一个实施方案中，提供通过按照本发明的方法获得的候选药剂或包含按照本发明的药剂的药物制剂。在本发明的另一个实施方案中，提供按照本发明的药剂用于制备治疗癌症的组合物。在本发明的另一个实施方案中，提供生产药物的方法，其包括本发明的方法的步骤和i)以足以对受试者以治疗有效量提供所述药物的量合成在步骤(c)中鉴定的候选药剂或其类似物或衍生物；和/或ii)将步骤(c)中鉴定的药物候选物候选药剂或其类似物或衍生物与药用载体结合。在本发明的另一个实施方案中，选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记蛋白或标记多聚核苷酸组成的组的标记蛋白或标记多聚核苷酸用于获得候选药剂或者用于选择在患者中抑制疾病发展的组合物。在本发明的另一个实施方案中，HER二聚体化抑制剂用于制备用来治疗人癌症患者的药物，其特征在于所述治疗或疗法包括评估来自患者的生物样品。-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或-标记基因的组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因。冠词"a"和"an"用于本文是指一个到多于一个(即，到至少一个)的冠词的语法实体。通过举例的方式，"anelement"意指一个元件或者多于一个元件。术语"生物样品"应该一般意指从个体、体液、细胞系、组织培养物或其它来源获得的任何生物样品。体液例如淋巴、血清、血浆、尿、精液、滑液和脊髓液。从哺乳动物获得活组织切片和体液的方法是本领域内公知的。如果术语"样品"单独使用时，它还应该意指所述"样品"是"生物样品"，即，所述术语互换地使用。术语"对使用HER二聚体化抑制剂的治疗的应答"或"患者对使用HER二聚体化抑制剂的治疗的应答"是指使用HER二聚体化抑制剂的治疗或者作为使用HER二聚体化抑制剂治疗的结果所给与患有疾病或病况(诸如癌症)的患者的临床益处。临床益处包括来自于使用HER二聚体化抑制剂治疗或者作为使用HER二聚体化抑制剂治疗的结果的完全缓解、部分缓解、稳定的疾病(没有发展)、没有进展的存活、没有疾病的存活、在(疾病)进展时间上的改善、在死亡时间上的改善、或者在患者的全部生存时间上的改善。存在确定对治疗的应答的标准，并且这些标准允许比较备选治疗方案的功效(Slapak和Kufe,PrinciplesofCancerTherapy,inHarrisons'sPrinciplesofInternalMedicine,(Harrisons内禾斗医学原理的癌症治疗原理)，第13版，eds.Isselbacher等，McGraw-Hill有限公司，1994)。例如，癌症的完全应答或完全缓解是所有可检测的恶性疾病的消失。例如，癌症的部分应答或部分缓解可以是在一个或多个损伤最大垂直直径的产物中大约50%的减少，或者在任何损伤的大小中不存在增加或不出现新的损伤。当用于本文时，术语"癌症发展"包括并且可以指转移，癌症复发，或在一个损伤的最大垂直直径的产物中至少大约25%的增加或者出现新的损伤。如果癌症的复发或转移被减少、减缓、延迟或防止，那么癌症优选乳腺癌的发展得到"抑制"。术语"发展/死亡时间(TTP)"是"没有进展的存活(PFS)"的同义语。这描述了通常用于肿瘤学试验的临床终点。在此处，对每名患者的检查等于从开始对试验患者进行治疗(如在试验过程中定义)直到检测恶性发展(如在试验流程中所定义)或者任何不幸的发作(不论是否是首次发作)而经过的时间。如果在一段时间后停止观察患者(例如，在研究末期)，并且没有观察到症状，那么这一观察时间t叫作"经过检査"。术语"死亡时间(TTD)"是"全部生存(OS)"的同义语。这描述通常用于肿瘤学试验的临床终点。在此处，对每名患者的检査等于从开始对试验患者进行治疗(如在方法中所定义)直到任何不幸的发作而经过的时间。如果在一段时间t后停止观察患者(例如，在研究末期)，并且患者到这时存活，那么这一观察时间t叫作"经过检査"。术语"共变量"具有下述意义。在回归模型中通常考虑临床终点，其中所述终点代表因变量并且生物标记代表主要的或目标独立变量(回归量)。如果考虑来自临床数据库的其它变量，那么这些表示为(临床)共变量。术语"临床共变量"在此处用来描述所有关于患者的临床信息，其通常在基线可获得。这些临床共变量包括人口统计学信息，如性别、年龄等，其它既往症信息，伴随疾病，伴随治疗，体检结果，获得的普通实验室参数，目标肿瘤的己知特征，量化恶性疾病的程度的信息，临床表现得分如ECOG或Kamofsky指数，临床疾病分段，预治疗的时间选择和结果以及疾病历史，和所有类似的信息，其可以与临床预后相关。术语"原始或未调整的分析"在本文是指回归分析，其中除了考虑的生物标记外，在回归模型中不应用其它的临床共变量，既不作为独立因子也不作为分层共变量。术语"通过共变量调整"是指回归分析，其中除了考虑的生物标记外，在回归模型中使用其它临床共变量，作为独立因子或者作为分层共变量。术语"单变量"在本文是指回归模型或绘图方法，其中作为独立的变量只有一个目标生物标记是所述模型的一部分。可以考虑这些单变量模型，有和无其它临床共变量。术语"多变量"在本文是指回归模型或绘图方法，其中作为独立的变量多于一个的目标生物标记是所述模型的一部分。可以考虑这些多变量模型，有和无其它临床共变量。"核苷酸"是进一步包含与核苷的糖部分共价连接的磷酸基的"核苷"。对于那些包含五元呋喃糖基糖的"核苷"，磷酸基可以连接到糖的2'、3'或5'羟基部分。"核苷酸"是"寡核苷酸"的"单体单位"，在本文更通常表示为"寡聚体化合物"，或者"多聚核苷酸"，更通常表示为"多聚体化合物"。由此其它通用表述为脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。当用于本文时，术语"多聚核苷酸"与"核酸"同义。术语"探针"是指合成的或生物产生的核酸(DNA或RNA)，通过设计或选择，其包含允许它们在定义的预先确定的严格性下特异地(即，优先)与"核酸"杂交的特异性核苷酸序列。"探针"可以鉴定为"捕获探针"，意指其"捕获"所述核酸，以致它可以从可能掩盖其检测的不需要的物质中分离出来。当完成分离时，检测捕获的"目标核酸"可以使用适当的方法实现。"捕获探针"通常已经附着到固相上。按照本发明，术语在"严格条件"下的杂交给出与Sambrook等(MolecularCloning,ALaboratoryManual(分子克隆，实验室手册),ColdSpringHarborLaboratoryPress(冷泉港实验室出版社)(1989),第U01-1.104段)中相同的含义。优选地，"严格杂交"是这样的情形，艮卩，当用1XSSC和0.1%SDS在50°C，优选地在55。C，更优选地在62。C，并且最优选地在68"C洗涤1小时后，并且更优选地用0.2XSSC和0.P/。SDS在5(TC，优选地在55。C，更优选地在62。C，并且最优选地在68"C洗涤1小时后，仍然检测得到杂交信号。SSC缓冲液的组成在Sambrook等(MolecularCloning,ALaboratoryManual(分子克隆，实验室手册)，ColdSpringHarborLaboratoryPress(冷泉港实验室出版社)(1989))中描述。"转录的多聚核苷酸"是与通过基因转录，诸如本发明的标记基因的转录，和如果有的话，所述转录物的正常的转录后加工(例如，剪接)而形成的成熟RNA的全部或部分互补或同源的多聚核苷酸(例如，RNA，cDNA，或者RNA或cDNA中一种的类似物)。术语"cDNA"是互补DNA，mRNA的单链或双链DNA拷贝的缩写。术语"mRNA"是作为蛋白合成的模板的RNA的縮写。术语"标记基因"意欲包括按照本发明用于在患者中、特别是在乳腺癌患者中确定癌症的发展的基因。它还可以叫作癌症、优选地乳腺癌标记基因。术语"标记多聚核苷酸"意欲包括由按照本发明的标记基因编码的核苷酸转录物(hnRNA或mRNA)，或者从所述核苷酸转录物衍生的cDNA，或者所述转录物或cDNA的片段。术语"标记蛋白"或"标记多肽"意欲包括由按照本发明的标记基因编码的蛋白或多肽，或者包含所述标记蛋白的多肽或蛋白片段。术语"基因产物"意欲包括标记多聚核苷酸和由所引用的基因编码的标记蛋白。如果标记基因在来自患者的样品中的表达水平不同于在来自参照受试者的样品的水平，达到大于用来评估表达的检测的标准误差的量，并且优选地至少10%，并且更优选地为所述量的25%,50%,75%,100%,125%,150%,175%，200%,300%，400%，500%或1,000%，那么标记基因的表达"显著"不同于所述标记基因在参照样品中的表达水平。备选地，如果在来自患者的样品中的表达水平低于在来自对照受试者的样品中的水平，达到大于用来评估表达的检测的标准误差的量，并且优选地至少10%，并且更优选地为所述量的25%,50%,75%，100%，125%,150%，175%，200%,300%，400%，500%或1,000%，那么可以认为标记基因在患者中的表达"显著"低于在对照受试者中的表达水平。如果它与之相关，特别优选地它与之相同，那么标记多聚核苷酸或标记蛋白与另一种标记多聚核苷酸或标记蛋白"相对应"。术语"表达的zK平(levelofexpression)"或"表达水平(expressionlevel)"互换使用，并且通常是指样品中多聚核苷酸或氨基酸产物或蛋白的量。"表达"通常是指这样的过程，即通过这样的过程基因编码的信息转换成在细胞中存在并且运作的结构，因此，按照本发明术语(标记)基因的"表达"包括转录成多聚核苷酸，翻译成蛋白以及甚至蛋白的翻译后修饰。转录的多聚核苷酸、翻译的蛋白或翻译后修饰的蛋白的片段也应该视为表达，而不管它们是否起始于，例如，通过交替剪接产生的转录物，降解的转录物，或者起始于蛋白的翻译后加工，例如，通过蛋白水解的加工。当用于本文时，"表达的基因"包括转录成作为mRNA的多聚核苷酸然后翻译成蛋白的那些基因。这一术语还应该包括转录成RNA但是不翻译成蛋白的那些表达的基因(例如，转运和核糖体RNAs)。术语"过量表达"和"低量表达(underexpression)"分别是指当与用作对照的样品中的基线表达水平相比时表达水平的向上或向下的偏差。因此，"过量表达"也是"增加的表达"，"低量表达"是"减少的表达"。术语"双调蛋白"涉及编码蛋白的基因，并且涉及蛋白本身，所述蛋白为表皮生长因子家族的一员。它是一种自分泌生长因子以及星形胶质细胞、神经膜细胞和成纤维原细胞的促分裂原。它涉及表皮生长因子(EGF)和转化生长因子oc(TGF-oc)。这种蛋白与EGF/TGF-a受体相互作用，以促进正常上皮细胞的生长，并且抑制某些侵入性癌症细胞系的生长。按照本发明，双调蛋白的氨基酸序列是按照SEQIDNO:1的氨基酸序列。按照本发明，"双调蛋白"cDNA的核酸序列是按照SEQIDNO:5的核酸序列，其可在GenBank上获得，登记号为NM_001657。术语"转化生长因子a"涉及编码蛋白的基因，并且涉及蛋白本身，所述蛋白为转化生长因子(TGFs)家族的一员。这些是生物活性多肽，其可逆地赋予培养的细胞转化的表型。"转化生长因子-a"表现出与表皮生长因子约40%的序列相同性，并且与EFG竞争与EGF受体结合，刺激其磷酸化，并且产生促有丝分裂的反应。按照本发明，"转化生长因子-a"的氨基酸序列是按照SEQIDNO:3的氨基酸序列。按照本发明，"转化生长因子-a"cDNA的核酸序列是按照SEQIDNO:7的核酸序列，其可在GenBank获得，登记号为NM—003236。术语"表皮生长因子"涉及编码蛋白的基因，并且涉及蛋白本身，所述蛋白为生长因子家族的一员。"表皮生长因子(EGF)"对体内特异细胞的分化具有深远的作用，并且是外胚层和中胚层来源的各种培养的细胞的有力的促有丝分裂因子。据信EGF前体作为膜-结合的分子而存在，其蛋白水解分裂产生刺激细胞分裂的53个氮基酸的肽激素。按照本发明，"表皮生长因子"的氨基酸序列是按照SEQIDNO:2的氨基酸序列。按照本发明，"表皮生长因子(EGF)"cDNA的核酸序列是按照SEQIDNO.6的核酸序列，其可在GenBank获得，登记号为NM—001963。"表皮生长因子受体"缩写为EGFR，一种170-kD的糖蛋白，由N-端细胞外结构域、疏水性跨膜结构域、和含有激酶结构域的C-端细胞内区域组成。mRNA具有翻译成不同的受体蛋白的不同的变体。按照本发明，"表皮生长因子受体"的氨基酸序列是按照SEQIDNO:11(转录变体1;GenBank登记号NM—005228),SEQIDNO:12(转录变体2;GenBank登记号NM—201282),SEQIDNO:13(转录变体3;GenBank登记号NM_201283),或SEQIDNO:14(转录变体4;GenBank登记号NM—201284)的氨基酸序列。EGFR，其由erbBl基因编码，己经有原因地参与人恶性肿瘤。特别地，已经在乳腺癌、膀胱癌、肺癌、头癌、颈癌和胃癌以及成胶质细胞瘤中观察到增加的EGFR表达。EGFR配体-诱导的二聚体化激活内在的RTK结构域(Src同源结构域l，SHl)，这导致在细胞质结构域的非催化尾中的6个特异的EGFR酪氨酸残基的自动磷酸化。癌细胞中EGFR激活的细胞作用包括增加的增殖，细胞运动的促进，粘附，侵入，血管发生，和通过抑制细胞程序性死亡而提高细胞存活。激活的EGFR通过刺激促分裂原-激活的蛋白激酶(MAPK)级联而诱导肿瘤细胞增殖。术i吾"人neu"，"c-erbB-2"，"erbB2","erbB-2","HER-2/腿","Her2"和"HER-2"在本文互换使用。术语"Her2"涉及编码蛋白的基因，并且涉及蛋白本身，所述蛋白为受体酪氨酸激酶的表皮生长因子(EGF)受体家族的家族的一员。这种蛋白没有结合其自身的结构域的配体，并且因此不能结合生长因子。然而，它的确牢固地结合其它配体-结合的EGF受体家族成员，以形成异型二聚体，这稳定结合并且增强下游信号传导途径的激酶-调控的活化作用的配体，诸如包括促分裂原-激活的蛋白激酶和磷脂酰肌醇-3激酶的那些。已经报道了在同种型a的氨基酸位置654和655(同种型b的位置624和625)的等位基因变异，其中按照本发明，最常见的等位基因，11e654/Ile655是优选的。已经在许多癌症中，包括乳腺和卵巢肿瘤，报道了这一基因的扩增和/或过量表达。交替剪接导致一些其它的转录变体，一些编码不同的同种型，另一些尚未被充分地表征。按照本发明，Her2的氨基酸序列是按照SEQIDNO:4的氨基酸序列。按照本发明，"Her2"cDNA的核酸序列是按照SEQIDNO:8的核酸序列，其可在17GenBank获得，登记号为NM—004448.2。"Her2的细胞外结构域"或"Her2的切除的细胞外结构域(shedextracellulardomainofHer2)"是一种97-115kDa的糖蛋白，其基本上对应人Her2基因产物的细胞外结构域。它可以作为p105(Zabrecky，J.R.等,J.Biol.Chem.(生物的化学杂志)266(1991)1716-1720;US5,401,638;US5,604，107)。Her2细胞外结构域的量化和检测在US5,401,638禾BUS5,604,107中描述。术语"Her3"代表受体酪氨酸激酶的表皮生长因子受体(EGFR)家族的另一个成员。这种膜-结合的蛋白没有活性激酶结构域。所述的蛋白可以结合配体，但是不能将信号传输到细胞内。它与其它EGF受体家族成员形成异型二聚体，所述其它EGF受体家族成员的确具有导致细胞增殖或分化的激酶活性。在许多癌症中发现这种基因的扩增和/或其蛋白的过量表达。按照本发明，"Her3"cDNA的氨基酸序列是按照SEQIDNO:9的氨基酸序列，其可在GenBank从具有登记号NM—001005915的Her3的核酸序列的翻译而获得。按照本发明，"Her3"cDNA的核酸序列是按照SEQIDNO:10的核酸序列，其可在GenBank获得，登记号为NM—001005915。术语"抗体"在本文以最宽泛的意义应用，并且特别涵盖完整的单克隆抗体、多克隆抗体、由至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(multispecificantibodies)(例如双特异性抗体)、以及抗体片段，条件是它们表现出理想的生物活性。当用于本文时，术语"单克隆抗体"是指从一群基本上均一的抗体获得的抗体，即，包括所述群体的个体抗体是相同的，除了可能天然发生的可能以较少量存在的突变之外。单克隆抗体是高度特异的，针对单一的抗原位点。此外，与包含针对不同决定簇(表位)的不同的抗体的多克隆抗体制备物相反，每种单克隆抗体针对抗原上的单一的决定簇。除了它们的特异性，由于它们可以不受其它抗体的污染而合成，所以单克隆抗体是有利的。修饰词"单克隆"是指抗体的特征，即从基本上均一的抗体群体获得，并且不解释成需要通过任何特别的方法生产抗体。例如，按照本发明应用的单克隆抗体可以通过最先由Kohler,G.等.，Nature(自然)256(1975)495-497描述的杂交瘤方法进行制备，或者可以通过重组DNA方法进行制备(参见，例如，美国专利号4，816,567)。"抗体片段"包括完整的抗体的一部分。按照本发明"结合"目的抗原的抗体是这样的一种抗体，即以能够以足够的亲和力与所述抗原结合，以致所述抗体用于检测所述抗原的存在。按照本发明的抗体是一种结合人Her2并且不(显着地)与其它蛋白交叉反应的抗体。在这样的实施方案中，当通过荧光激活细胞分选术(FACS)分析或放射性免疫沉淀(RIA)测定时，所述抗体与其它蛋白的结合程度将小于10%。二聚体化一一受体的配对一一对于所有HER受体的信号传导活性是基本的。按照本发明，术语"Her二聚体化抑制剂"或优选地"Her2异型二聚体化抑制剂"是指结合Her2并且抑制Her2异型二聚体化的治疗剂。这些优选地为抗体，优选地单克隆抗体，更优选地人源化的抗体，所述抗体结合Her2并且抑制Her2异型二聚体化。结合HER2的抗体的实例包括4D5，7C2,7F3或2C4，以及它们的人源化变体，人源化变体包括如在美国专利号5,821,337的表3中所述的huMAb4D5-l，huMAb4D5-2，huMAb4D5-3，huMAb4D5-4，huMAb4D5-5，huMAb4D5-6，huMAb4D5-7和huMAb4D5-8;在WO01/00245中所述的人源化2C4突变体编号560,561,562,568,569,570,571,574,或56869。7C2和7F3及其人源化的变体描述在W098/17797。由于作用机制不同，并且由于这一抗体不抑制Her二聚体化，所以这一术语不应该用于如以HerceptinTM的名字出售的曲妥单抗(tratuzumab)的单克隆抗体。在本申请中优选"抗体2C4"，特别是其人源化的变体(WO01/00245;由以ATCCHB-12697保藏在美国弗吉尼亚州Manassass的美国典型培养物收藏中心的杂交瘤细胞系生产)，其与Her2细胞外结构域中的区域结合(例如，在从Her2的约残基22到约残基584区域中的任何一个或多个残基，包括端点)。"表位2C4"是抗体2C4与之结合的ErbB2细胞外结构域中的区域。表述"单克隆抗体2C4"是指具有WO01/00245的实施例中的鼠2C4抗体的抗原结合残基或者来源于所述鼠2C4抗体的抗原结合残基的抗体。例如，单克隆抗体2C4可以是鼠单克隆抗体2C4或其变体，诸如人源化抗体2C4，其具有鼠单克隆抗体2C4的抗原结合氨基酸残基。在WO01/00245的实施例3中提供人源化2C4抗体的实例。除非另外指明，当用于本文时，表述"rhuMAb2C4"是指包含分别与任选地由中国仓鼠卵巢(CHO)细胞表达的人轻链和重链IgGl(非A同种异型)恒定区序列融合的WO01/00245的可变轻链(VL)和可变重链(VH)序列SEQIDNos.3和4的抗体。WO01/00245的优选的实施方案在本文也是优选的。人源化抗体2C4还叫作pertuzumab(Omnitarg)。"试剂盒"是包括用于特异性检测本发明的标记基因或蛋白的至少一种试剂如探针的任何产品(例如，包装或容器)。所述产品优选地作为实施本发明的方法的单位而推销、分发或出售。动词"确定(determine)"和"评估(assess)"应该具有相同的意思，并且在本申请中互换地使用。发明详述文献中阐释了分子生物学和核酸化学的常规技术，这些技术是本领域技术之内的。例如，参见Sambrook,L等.，MolecularCloning:ALaboratoryManual(分子克隆实验室手册)，ColdSpringHarborLaboratoryPress(冷泉港实验室出版社),ColdSpringHarbor(冷泉港)，纽约，1989;Gait,M.J.(ed.),OligonucleotideSynthesis-APracticalApproach(寡核苷酸合成一一种实用方法),IRL出版社有限公司，1984;Hames,B.D.，和Higgins,S丄(eds.)，NucleicAcidHybridisation-APracticalApproach(核酸杂交————禾中实用方法)，IRL出版社有限公司，1985;以及系列丛书，MethodsinEnzymology(酶学方法)，AcademicPress,Inc.(学术出版社有限公司)，所有这些通过参考结合于此。本文提及的所有专利、专利申请和公布，上文所述和下文所述的，都通过引用结合于此。在本发明的一个实施方案中，预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答的方法包括下述步骤a)在来自患者的生物样品中评估--选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的一种标记基因或标记基因的组合，或--包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因的标记基因的标记基因组合，禾口b)通过评估步骤a)的结果而预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答。优选地，在按照本发明的方法中，评估标记基因或标记基因的组合的步骤a)包括al)评估所述标记基因或标记基因组合的表达水平，a2)确定在步骤al)中的表达水平是高于还是低于阈值。所述阈值优选地为以关于血清或血浆的质量/体积或者关于肿瘤组织的质量/质量表示的值。它可以通过本领域熟练的专家已知的以及由本发明公开的方法进行检测。在本发明的一个优选的实施方案中，如果所述阈值高于或低于所述阈值，那么可以确定对治疗的应答。关于使用按照本发明的单一标记基因，用于转移性乳腺癌患者的情况如下。然而，这可能取决于指征，但是可以基于本发明的内容而确定。关于单独的转化生长因子a标记基因，当考虑对Her2低表达转移性乳腺癌患者使用HER二聚体化抑制剂治疗时，对于没有进展的存活(死亡或进展时间)和全部存活(死亡时间)，低表达水平是有利的，即，在这些患者中，转化生长因子a标记基因的低表达水平预测对使用HER二聚体化抑制剂治疗的良好的应答(参见图7)。这是关于原始和调整的两种临床共变量的情形。因此，优选在步骤al)中评估的转化生长因子a标记基因的表达水平低于阈值，以在Her2低表达转移性乳腺癌患者中预测对使用HER二聚体化抑制剂治疗的良好的应答。这也是在这些患者中关于单独的Her2标记基因的情形，特别地关于可溶的Her2细胞外结构域，和在这些患者中关于单独的表皮生长因子标记基因的情形。关于单独的双调蛋白标记基因，在原始分析中，当考虑对Her2低表达转移性乳腺癌患者使用HER二聚体化抑制剂治疗时，对于没有进展的存活(死亡或进展时间)和全部存活(死亡时间)，低表达水平是有利的，即，在这些患者中，双调蛋白标记基因的低表达水平预测对使用HER二聚体化抑制剂治疗的良好的应答。这是关于原始和调整的两种临床共变量的情形。临床共变量的调整的分析表明，在这些患者中在使用HER二聚体化抑制剂治疗后，高表达水平对于没有进展的存活(死亡或进展时间)和全部存活(死亡时间)是有利的。由于标记基因，特别是在血清中，可以用于潜在包括其它临床共变量的多标记子预测模型中，在这种模型中单个标记基因的有利作用的趋势不能以简单的方式确定，并且可能与在单变量分析即关于使用单个标记基因所述的情形中发现的趋势相反。更优选地，在按照本发明的方法中，所述阈值在本发明的方法的步骤al)之前通过下述步骤确定1)在使用HER二聚体化抑制剂治疗之前，在来自患者的多份生物样品中评估标记基因或标记基因的组合的表达水平，2)用HER二聚体化抑制剂治疗所述患者，3)将使用HER二聚体化抑制剂治疗的患者的应答与在步骤a)中确定的所述标记基因或标记基因的组合的表达水平相关联，由此确定阈值。所述阈值优选地是以关于血清或血浆的质量/体积或肿瘤组织的质量/质量而表示的值。本发明还考虑按照本发明的标记基因的突变体或变体，和用于按照本发明的方法的标记基因的突变体或变体。在这些突变体或变体中，标记基因的天然序列通过取代、删除或插入而改变。"天然序列"是指与标记基因或蛋白的野生型或天然形式相同的氨基酸或核酸序列。本发明还考虑按照本发明的蛋白的突变体或变体，和用于按照本发明的方法的蛋白的突变体或变体。"突变氨基酸序列"，"突变蛋白"或"突变多肽"是指具有与天然序列不同或者由有意从天然序列制备变体的核苷酸序列编码的氨基酸序列的多肽。"突变蛋白"，"变体蛋白"或"突变蛋白质(mutein)"意指包含突变的氨基酸序列的蛋白，并且包括由于氨基酸删除、取代或两者而不同于按照本发明的天然蛋白的氨基酸序列的多肽。本发明还考虑预测对使用HER二聚体化抑制剂和作为化学治疗剂或用于治疗癌症的治疗抗体的另一种物质或药剂的组合进行治疗的应答的方法。所述化学治疗剂可以是，例如，吉西他滨(Gemza,;化学名2',2'-二氟脱氧胞苷(dFdC)),卡铂(二胺-(环丁烷-l，l-dicarboxylato(2-)-0,0')-铂)，或紫杉醇(Taxof,化学名(3-(苯甲酰氨基)-a-羟基-,6,12b-双(乙酰基氧基)-12-(苯甲酰基氧基)-2a,3,4,4a,5,6,9,10，ll，12,12a，12b-十二氢-4,ll-二羟基-4a，8,13,13-四甲基-5-氧-7，ll-亚甲基-lH-芳癸并(3,4)benz(l，2-b)oxet-9-基酯，(2aR-(2a-a,4-(3，4a-卩,6-f3，9-a(a-R*，(3-S*),ll-a，12-a，12a-a，2b-a))-苯丙酸)。在本发明的一个优选的实施方案中，所述生物样品是血清、血浆或肿瘤组织。肿瘤组织可以是福尔马林-固定的石蜡包埋的肿瘤组织或新鲜冷冻的肿瘤组织。在本发明的另一个优选的实施方案中，所述HER二聚体化抑制剂抑制HER2与EGFR或HER3或Her4的异型二聚体化。优选地，所述HER二聚体化抑制剂是一种抗体，优选地是抗体2C4。在整个本申请中优选"抗体2C4"，特别是其人源化变体(WO01/00245;由以ATCCHB-12697保藏在美国弗吉尼亚州Manassass的美国典型培养物收藏中心的杂交瘤细胞系生产)，其与Her2细胞外结构域中的区域结合(例如，在从Her2的约残基22到约残基584区域中的任何一个或多个残基，包括端点)。在WO01/00245的实施例3中提供人源化2C4抗体的实例。人源化抗体2C4还口L]作Omnitarg或pertuzumab。在本发明的另一个优选的实施方案中，所述患者是癌症患者，优选地是乳腺癌、卵巢癌、肺癌或前列腺癌患者。所述乳腺癌患者优选地是转移性乳腺癌患者或HER2低表达乳腺癌或转移性乳腺癌患者，或者Her2高表达乳腺癌或转移性乳腺癌患者。所述卵巢癌患者优选地是转移性卵巢癌患者。所述肺癌患者优选地是非小细胞肺癌(NSCLC)患者。优选地，两种、三种或所有四种标记基因、标记多聚核苷酸或标记蛋白组合使用，即，用于本发明所有公开的实施方案中或按照本发明的方法、用途或试剂盒中。优选地，评估下列各项的表达水平-表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记基因、标记蛋白或标记多聚核苷酸的组合，-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因，-表皮生长因子和转化生长因子a或HER2标记基因、标记蛋白或标记多聚核苷酸的组合，或-转化生长因子a和HER2标记基因、蛋白或多聚核苷酸的组合。在本发明的一个特别优选的实施方案中，标记基因组合由下述各项组成-转化生长因子a和HER2标记基因，-转化生长因子a和表皮生长因子标记基因，或-双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因。在本发明的另一个特别优选的实施方案中，标记基因组合由下述各项组成-表皮生长因子和HER2标记基因，-双调蛋白和表皮生长因子标记基因，-双调蛋白和转化生长因子a标记基因，-双调蛋白和HER2标记基因，-双调蛋白、表皮生长因子和转化生长因子a标记基因，-双调蛋白、表皮生长因子和HER2标记基因，-双调蛋白、转化生长因子ot和HER2标记基因，或-表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因。在本发明的一个优选的实施方案中，标记基因或标记基因组合在样品中的表达水平通过检测由所述标记基因或标记基因组合编码的标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合的表达水平而进行评估。优选地，使用特异性与所述标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合结合的试剂，而检测所述标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合的表达水平。优选地，所述试剂选自由抗体、抗体片段或抗体衍生物的片段组成的组。存在可以用于本发明的方法的许多不同类型的免疫检测，例如，酶联免疫吸附测定(ELISA)，荧光免疫吸附测定(FIA)，化学联接的免疫吸附测定(chemicallinkedimmunosorbentassay,CLIA)，方文身寸免疫观!j定(RIA)，禾口免疫印迹。关于可以应用的不同免疫检测的综述，参见Lottspeich和Zorbas(eds.)，Bioanalytik,第一版1998,SpektrumAkademischerVerlag,Heidelberg,柏林,德国。因此，在本发明的另一个优选的实施方案中，表达水平应用选自由下列各项组成的组的方法进行测定蛋白质组学、流式细胞术、免疫细胞化学、免疫组织化学、酶联免疫吸附测定、多通道酶联免疫吸附测定和这些方法的变体。因此，更优选地，应用选自由蛋白质组学、流式细胞术、免疫细胞化学、免疫组织化学、酶联免疫吸附测定、多通道酶联免疫吸附测定和这些方法的变体组成的组的方法，而确定表达水平。在本发明的另一个优选的实施方案中，所述标记蛋白的片段是Her2标记蛋白的细胞外结构域。优选地，所述Her2标记蛋白的细胞外结构域具有约105.000道尔顿的分子量。"道尔顿"代表等价于氢原子重量或1.657X10^克的质量单位。在本发明的另一个优选的实施方案中，-双调蛋白标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:1,-表皮生长因子标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:2,-转化生长因子a标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:3,或-HER2标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:4。在本发明的另一个优选的实施方案中，血清中关于下述各项的阈值-关于转化生长因子a标记蛋白的阈值为2.0-10.0,优选地2.0-5.0pg/ml,更优选地约3.5pg/ml,-关于表皮生长因子标记蛋白的阈值为100-250pg/ml,优选地约150pg/ml,或-关于双调蛋白标记蛋白的阈值为6-15pg/ml，优选地约12pg/ml。在本发明的另一个优选的实施方案中，血清中关于Her2标记蛋白细胞外结构域的阈值为12-22ng/ml,优选地约18ng/ml。在本发明的另一个优选的实施方案中，标记基因或标记基因组合在生物样品中的表达水平通过检测由所述标记基因编码的转录的标记多聚核苷酸或所述转录的标记多聚核苷酸的片段的表达水平、或者检测由标记基因组合编码的转录的标记多聚核苷酸或所述转录的标记多聚核苷酸的片段的表达水平而进行评估。优选地，所述转录的标记多聚核苷酸是cDNA,mRNA或hnRNA，或者其中所述多种转录的标记多聚核苷酸是cDNA,mRNA或hn脂A。优选地，检测步骤还包括扩增所述转录的多聚核苷酸。扩增优选地使用特异性地将核酸扩增到可检测的量的聚合酶链式反应进行。其它可用的扩增反应为连接酶链式反应(LCR;WuD.Y.和WallaceR.B.,Genomics(基因组学)4(1989)560-569;禾PBaranyR,Proc.Natl.Acad.Sci.USA(美国国家科学院学报)88(1991)189-193);聚合酶连接酶链式反应(BaranyF.,PCRMethodsandApplic.(PCR方法与应用)1(1991)5-16);Gap-LCR(WO90/01069);修复链式反应(EP0439182A2),3SR(Kwoh,D.Y.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(美国国家科学院学报)86(]989)1173-1177;Guatelli，J.C.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(美国国家科学院学报)87(1990)1874-1878;WO92/08808),和NASBA(US5,130,238)。此外，存在链置换扩增(SDA),转录介导的扩增(TMA)，禾口Q(3-扩增(综述参见，例如，Whden，A.C.和Persing,D,H.，Annu.Rev.Microbiol.(微生物综述年刊)50(1996)349-373;Abramson,R.D.和MyersT.W.，Curr.Opin.Biotechnol.(生物技术当代观点)4(1993)41-47)。更优选地，检测步骤应用定量反转录酶聚合酶链式反应的方法。其它适当的多聚核苷酸检测方法是本领域的专家已知的，并且在标准课本如SambrookJ.等，MolecularCloning:ALaboratoryManual(分子克隆实验室手册)，ColdSpringHarborLaboratoryPress(冷泉港实验室出版社)，ColdSpringHarbor(冷泉港),纽约，1989;和Ausubel,R等，CurrentProtocolsinMolecularBiology(分子生物学现代方法),1987，J.Wiley和Sons,纽约中描述。在进行多聚核苷酸检测步骤之前还可以存在进一步的纯化步骤，例如沉淀步骤。检测方法可以包括，但不限于，结合或者插入特异的染料，如溴化乙啶，其插入到双链多聚核苷酸中，并且随后改变它们荧光。在随后进行限制性消化并且显现之后，纯化的多聚核苷酸还可以任选地通过电泳方法分离。还存在基于探针的检测，其研究与特异性序列的寡核苷酸杂交，并且随后检测杂化体。在本领域的专家已知的其它步骤之后，还可以测序DNA。优选的模板-依赖性DNA聚合酶是Taq聚合酶。26在本发明的另一个优选的实施方案中，标记基因的表达水平通过使用在严格杂交条件下与所述转录的标记多聚核苷酸或其片段退火的探针检测所述转录的标记多聚核苷酸或其片段在样品中的存在而进行评估，或者标记基因组合在样品中的表达水平通过使用在严格杂交条件下与所述转录的标记多聚核苷酸或其片段退火的探针检测所述转录的标记多聚核苷酸或其片段在样品中的存在而进行评估。这种方法可以在同源检测系统中进行。"同源"检测系统的一个实例是T叫Mai^系统，其在US5,210,015,US5,804,375和US5,487,972中描述。简言之，所述方法基于双标记探针和TaqDNA聚合酶的5'-3'核酸外切酶活性。所述探针与通过PCR方法扩增的目标序列互补，并且在每一聚合作用循环步骤过程中位于两个PCR引物之间。所述探针具有附着在其上的两种荧光标记。一种标记为报道染料，诸如6-羧基荧光素(FAM)，由于与第二种荧光染料，6-羧基-四甲基-罗丹明(TAMRA)的空间接近性，其通过能量转移而将其发射光谱猝灭。在每个扩增循环过程中，在延伸引发的DNA链过程中的T叫DNA聚合酶置换并且降解退火的探针，降解是由于所述聚合酶的内在的5'-3'核酸外切酶活性。这种机制还将报道染料从TAMRA的猝灭活性释放出来。结果，荧光活性随着探针分裂的增加而增加，其与形成的PCR产物的量成比例。因此，检测释放的荧光标记的强度而测定扩增的目标序列。"同源"检测系统的另一个实例由用于LightCycle^设备的形式(参见例如US6,174,670)而提供，它们中的一些有时叫作"相吻探针(kissingprobe)"形式。并且，原理是基于两种相互作用的染料，然而，它们的特征在于，供体-染料的发射波长通过荧光共振能量转移而激发受体-染料。最近引入COBASAmpliPrep设备(RocheDiagnosticsGmbH(Roche诊断有限公司),D-68305Mannheim,德国)，以通过使用生物素酰化的序列-特异的捕获探针与链霉抗生物素蛋白-包被的磁性颗粒分离目标序列而扩大自动化(Jungkind,D"J.Clin.Virol.(临床病毒学杂志)20(2001)1-6;Stelzl,E.等，J.Clin.Microbiol.(临床微生物学杂志)40(2002)1447-1450)。近来它已经加入了其它的通用工具，总核酸分离(TNAI)试剂盒(TotalNucleicAcidIsolation(TNAI)Kit,RocheDiagnostics(Roche诊断))。这种实验室-用途的试剂允许在COBASAmpliPrep设备上从血浆和血清中一般地、无序列-特异性地分离所有的核酸，其基本上基于由Boom,R.等，J.Clin.Microbiol.(临床微生物学杂志)28(1990)495-503研发的方法。在本发明的另一个优选的实施方案中，双调蛋白标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:5，-表皮生长因子标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:6，-转化生长因子a标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:7,或-HER2标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:8。在本发明的另一个实施方案中，在严格条件下与表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与表皮生长因子、转化生长因子oc或HER2标记蛋白结合的抗体，用于在患者中预测对使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答，或者在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体，用于选择在患者中抑制疾病发展的组合物。所述疾病优选地为癌症，并且所述患者优选地是如上文所述的癌症患者。在本发明的另一个实施方案中，提供一种试剂盒，其包括在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸退火的探针，或与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体。在本领域已知的这种试剂盒还包括塑料器皿，例如，其在扩增步骤中可以用作96孔或384孔格式的微量滴定平板，或者只是用作普通的反应管，例如，由Eppendorf,Hamburg,德国制备的普通反应管，并且还包括实施按照本发明的方法的所有其它的试剂，所述方法优选免疫测定，如酶联免疫吸附测定(ELISA)，荧光免疫吸附测定(FIA)，化学联接的免疫吸附测定(CLIA)，放射免疫测定(RIA)，和免疫印迹。关于可以应用的不同免疫检测和试剂的综述，参见Lottspeich和Zorbas(eds.),Bioanalytik,第——版，1998,SpektrumAkademischerVerlag,Heidelberg,柏林，德国。优选地，在试剂盒形式中提供所述探针或抗体与各种标记多聚核苷酸或标记蛋白的组合，如上文公开的标记多聚核苷酸或标记蛋白的优选组合。在本发明的另一个实施方案中，提供选择在患者中抑制疾病发展的组合物的方法，所述方法包括a)在多种测试组合物的存在下，分别暴露来自癌症患者的生物样品的等分试样；b)将与测试组合物接触的生物样品等分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合的表达水平与在不接触测试组合物的生物样品等分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合的表达水平相比较-，c)相对于没有接触测试组合物的等分试样，选择在包含所述测试组合物的等分试样中改变了所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平的一种测试组合物，其中在与所述测试组合物接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平与在没有接触所述测试组合物的生物样品的等分试样中的相应标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在显著的或至少10%的差异是选择所述测试组合物的指征。所述疾病优选地是癌症，并且所述患者优选地是如上文所述的癌症患者。在本发明的另一个实施方案中，提供选择在患者中抑制疾病发展的组合物的方法，所述方法包括a)在多种测试组合物的存在下，分别暴露来自癌症患者的生物样品的等分试样；b)将下述各项在与所述测试组合物接触的生物样品的等分试样中的表达水平-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因，与下列各项在不与所述测试组合物接触的生物样品等分试样中的表达水平进行比较-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因29组成的组的标记基因或标记基因组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因；c)相对于没有接触测试组合物的等分试样，选择在包含所述测试组合物的等分试样中改变了所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平的一种测试组合物，其中在与所述测试组合物接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平与在没有接触所述测试组合物的生物样品的等分试样中的相应标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在显著的或至少10%的差异是选择所述测试组合物的指征。所述疾病优选地是癌症，并且所述患者优选地是如上文所述的癌症患者。如果标记基因在来自患者的样品中的表达水平不同于在来自参照受试者的样品的水平，达到大于用来评估表达的检测的标准误差的量，并且优选地为所述量的至少10%，并且更优选地为所述量的25%,50%,75%,100%,125%,150°/。，175%，200%,300%，400%，500%或1,000%，那么标记基因的表达"显著"不同于所述标记基因在参照样品中的表达水平。备选地，如果在来自患者的样品中的表达水平低于在来自参照受试者的样品中的水平，达到大于用来评估表达的检测的标准误差的量，并且优选地为所述量的至少10%，并且更优选地为所述量的25%,50%，75%，100%，125%，150%,175%,200%,300%，400%,500%或1,000%，那么可以认为标记基因在患者中的表达"显著"低于在参照受试者中的表达水平。表达水平的差别达到10,000或50,000%。表达水平的差别优选地在10%—10,000%，更优选地25%—IO，OOO%，50%—IO，OOO%，100%—10,000%，甚至更优选地25%—5,000%，50%—5,000%，100%—5,000%。在本发明的另一个实施方案中，提供衍生(或鉴定)候选药剂的方法，所述方法包括a)将来自癌症患者的生物样品的等分试样与候选药剂接触，并且确定选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合在所述等分试样中的表达水平，b)确定在没有与所述候选药剂接触的生物样品等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因的组合的表达水平，C)通过将与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平进行比较，而观察所述候选药剂的效果，d)从所述观察到的效果衍生(或鉴定)所述药剂，其中在与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中的相应的标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在至少10%的差异是所述候选药剂作用的指征。在本发明的另一个实施方案中，提供一种衍生候选药剂的方法，所述方法包括a)将来自癌症患者的生物样品的等分试样与候选药剂接触，并且确定下述各项在所述等分试样中的表达水平-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因，b)确定在没有与所述候选药剂接触的生物样品等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平，c)通过将与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平进行比较，而观察所述候选药剂的效果，d)从所述观察到的效果衍生所述药剂，其中在与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中的相应的标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在至少10%的差异是所述候选药剂作用的指征。优选地，所述候选药剂是候选抑制剂。优选地，所述候选药剂是候选增强剂。在本发明的另一个实施方案中，提供通过按照本发明的方法衍生的候选药剂。在本发明的另一个实施方案中，提供包含按照本发明的药剂的药物制剂。在本发明的另一个实施方案中，按照本发明的药剂用于制备治疗癌症的组合物。优选的癌症形式为上文所述。在本发明的另一个优选的实施方案中，生产药物的方法包括按照本发明的方法的步骤和i)以足以对受试者以治疗有效量提供所述药物的量合成在步骤(C)中鉴定的候选药剂或其类似物或衍生物；和/或ii)将药物候选物即在步骤(C)中鉴定的候选药剂或其类似物或衍生物与药用载体结合。在本发明的另一个实施方案中，选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记蛋白或标记多核苷酸组成的组的标记蛋白或标记多聚核苷酸用于衍生候选药剂，或者用于选择在患者中抑制疾病发展的组合物。所述疾病优选地是癌症，并且所述患者优选地是如上文公开的癌症患者。在本发明的另一个实施方案中，HER二聚体化抑制剂用来制备治疗人癌症患者的药物，其特征在于所述治疗包括在来自患者的生物样品中评估下列各项-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因。治疗人癌症患者的药物的制备并且特别是所述制剂在WO01/00245中描述，其通过引用结合于此，特别是关于抗体2C4的。在本发明的一个优选的实施方案中，在所述Her二聚体化抑制剂用于制备治疗人癌症患者的药物的应用中，所述治疗包括在治疗过程中评估所述标记基因或标记基因组合至少一次或重复评估。优选地，评估所述标记基因的表达水平或标记基因组合的表达水平。优选地，所述HER二聚体化抑制剂是抗体，优选地是抗体2C4。优选地，所述患者是乳腺癌、卵巢癌、肺癌或前列腺癌患者。在本发明的所有实施方案中，应用如上文公开的标记基因、标记多聚核苷酸或标记蛋白的组合。在本发明的所有实施方案中，关于在每一步骤中确定的表达水平的差异的优选值也如上文所述。提供下述实施例、序列表和附图，以辅助理解本发明，本发明的真正范围在附上的权利要求中提出。应该理解，在不背离本发明的精神下，可以在所提出的方法中迸行改进。附图描述图1:TGF-oc对数变换相对归类的临床益处的散点2:双调蛋白对数变换相对归类的临床益处的散点3:顺序(Ordinal)临床益处TGF-a图4:顺序临床益处双调蛋白图5:顺序临床益处EGF图6:顺序临床益处HER2-ECD图7:关于双调蛋白、EGF、TGF-a、HER2-ECD的TTP和TTD的综合研究性截点和对数排列的p-值图8:基于研究性单一标记截点关于发展/死亡时间的TGF-aKaplanMeier9:基于研究性单一标记截点关于死亡时间的TGF-aKaplanMeier10:基于研究性单一标记截点关于发展/死亡时间的双调蛋白KaplanMeier11:基于研究性单一标记截点关于死亡时间的双调蛋白KaplanMeier12:基于研究性单一标记截点关于发展/死亡时间的EGFKaplanMeier13:基于研究性单一标记截点关于死亡时间的EGFKaplanMeier14:基于研究性单一标记截点关于发展/死亡时间的HER2-ECDKaplanMeier15:基于研究性单一标记截点关于死亡时间的HER2-ECDKaplanMeier16:作为组合计分的实例，在TTP:顺序临床益处HER2-ECDTGF-a组合中进一步提高较大临床益处/较小临床益处组之间的间距图17:关于TGF-cc和HER2-ECD组合的TTP和TTD的综合研究性截点和对数排列的p-值图18:基于研究性鬼合标记截点关于发展/死亡时间的HER2-ECD/TGF-aKaplanMeier19:基于研究性组合标记截点关于死亡时间的HER2-ECD/TGF-aKaplanMeier图实施例预测法则的一般评论预测法则的一般形式由一个或多个生物标记的函数的说明组成，所述生物标记潜在地包括预测应答或不应答的临床共变量，或者更一般地，关于适当定义的临床终点的预测益处或缺乏益处。预测法则的最简单形式由没有共变量的单变量模型组成，其中预测通过截点或阈值的方式确定。这可以用短语为关于特殊的截点c和生物标记检测X的海维赛德函数(Heavisidefunction)表达，其中进行二元预测A或B，那么如果/f(x—c)二0那么预测A。如果//(X—c)=1那么预测B。这是在预测法则中应用单变量生物标记检测的最简单的方式。如果这样的简单法则是充分的，那么它允许作用方向的简单鉴定，SP，高或低表达水平对患者是否是有利的。如果需要考虑临床共变量和/或如果多个生物标记用于多变量预测法34则中，那么这种情况可能更复杂。为了举例说明这种情况，这里存在两个假设的实施例共变量调整(假设实施例)对于生物标记X，在临床试验群体中发现高表达水平与更坏的预后相关(单变量分析)。更接近的分析表明在所述群体中存在两种肿瘤类型，其中的一种具有比另一种更坏的预后，并且同时这一肿瘤组的生物标记表达通常更高。调整的共变量分析表明，对于每种肿瘤类型，临床益处和预后的关系是相反的，即，在肿瘤类型内，更低的表达水平与更好的预后相关。这种完全相反的作用被共变量肿瘤类型掩盖一一并且作为所述预测法则的部分的共变量调整分析逆转了这种趋势。多变量预测(假设实施例)对于生物标记X，在临床试验群体中发现高表达水平与更坏的预后有点相关(单变量分析)。对于第二种生物标记Y，通过单变量分析进行相似的观察。X和Y的组合表明，如果两种生物标记都低，那么观察到良好的预后。如果两种生物标记都低于某些截点(海维赛德预测函数的AND-联系)，那么这使得所述法则预测益处。对于所述组合法则，不再存在单变量意义上表述的简单法则。例如，在X中具有低表达水平不再自动预测更好的预后。这些简单的实施例表明，有或无共变量的预测法则不能在每种生物标记的单变量水平上进行判断。多种生物标记的组合加上通过共变量的潜在调整不允许指定关于单一生物标记的简单关系。统计方法统计任务包括下述步骤1.候选生物标记的预选择2.相关临床预后共变量的预选择3.在单变量水平选择生物标记预测函数4.在单变量水平选择包含临床共变量的生物标记预测函数5.在多变量水平选择生物标记预测函数6.在多变量水平选择包含临床共变量的生物标记预测函数下述内容详细描述不同的步骤Adl:预选择候选生物标记候选生物标记的统计学预选择定位于与临床益处检测相关性的强度。出于这一目的，不同的临床终点可以转化成推导的替代计分，例如，如避免检查过的观察的关于TTP或TTD的临床益处的程度或发病率计分的顺序指定。这些替代转换的检测可以容易地用于简单的相关分析，例如，通过无参量的Spearman等级相关方法。这里的备选方案是在时间-对-事件回归模型中将生物标记检测用作度量共变量(metriccovariates)，例如，如Cox比例风险性回归。取决于生物标记值的统计学分布，这一步骤可能需要一些预处理，例如，如变量稳定转换和适当的比例的应用，或者备选地，标准化步骤，例如，如应用百分数代替原始检测。另一种方法是双变量散点图的检查，例如，通过基于单个的患者而展示散点"-轴=生物标记值，y-轴^临床益处检测)。例如，这里还有一些通过平滑样条获得的无参量回归线可以用于显现生物标记和临床益处的相关性。这些不同的方法的目的是预选择生物标记候选，其在至少一种所用的益处检测中表现出与临床益处的某种相关性，同时关于其它检测的结果不矛盾。当存在可用的对照组时，那么在不同部分生物标记与临床益处相关性的差异是使得所述生物标记适于进一步考虑的不同预测的迹象。Ad2:相关临床预后共变量的预选择这里术语"临床共变量"用于描述关于患者的所有其它信息，其通常在基线可用。这些临床共变量包括人口统计学信息如性别、年龄等，其它既往症信息，伴随疾病，伴随治疗，体检结果，获得的普通实验室参数，目标肿瘤的已知特征，量化恶性疾病的程度的信息，临床表现得分如ECOG或Kamofsky指数，临床疾病分段，预治疗的时间选择和结果以及疾病历史，和所有类似的信息，其可以与临床预后相关。临床共变量的统计学预选择类似于预选择生物标记的方法，并且还定位于与临床益处检测的相关性的强度。因此原则上，相同的方法如在1下所考虑那样进行应用。除了统计学标准，来自临床经验的标准和理论知识还可以用来预选择相关的临床共变量。通过临床共变量的预后与生物标记的预后相互作用。如果必要，它们将被视为精确的预测。Ad3:在单变量水平选择生物标记预测函数术语"预测函数"将以--般意义应用，意指生物标记检测的数函数，其以按比例暗示目标预测的数为结果。简单的实施例是关于特定的截点C和生物标记检测X的海维赛德函数的选择，其中进行二元预测A或B，那么如果H(x-c^0那么预测A。如果H(x-c"l那么预测B。这可能是在预测法则中使用单变量生物标记检测的最普通的方式。预测函数的定义通常重复可以用来研究预测可能性的现有的练习数据设定(trainingdataset)。为了从所述练习设定获得适当的截点c，可以采用不同的途径。首先，具有在1下提及的平滑样条的散点图可以用来定义截点。备选地，可以选择某些分布百分数，例如，中值或四分值。还可以通过按照它们关于临床益处检测的预测潜力研究所有可能的截点而系统提取截点。然后可以将这些结果绘图，以允许手工选择或者应用某些搜索运算法则进行最优化。这基于使用Cox模型的终点TTP和TTD而实现，其中在每个检测截点，生物标记用作二元共变量。预测标准是获得的风险比例。然后关于TTP和TTD的结果可以一起考虑，以选择显示符合两个终点的预测的截点。用来选择预测函数的另一种不常用的方法可以基于从练习设定获得的使用生物标记值(可能是转换的)作为共变量的固定参数Cox回归模型。然后预测可以只取决于计算的风险比例是小于1还是大于1。另一种可能性是基于关于某种可能性比例(或其单调转换(monotonictransform))的确定，其中目标可能性概率在关于分离预测状况的练习设定中预先确定。然后将生物标记插入到某些概率比例函数中。Ad4:在单变量水平选择包含临床共变量的生物标记预测函数这里单变量是指只使用一种生物标记一一关于临床共变量，这可以是多变量模型。这种方法类似于无临床共变量的搜索，只是所述方法应该允许结合相关的共变量信息。选择截点的散点方法只允许共变量的有限应用，例如，二元共变量可以是绘图内的编码的色彩。如果这一分析依赖于某种回归方法，那么通常促进共变量(还是同时它们中的多个)的应用。基于在3下所述的COX模型的截点搜索，允许共变量的便易结合，并且由此导致共变量调整的单变量截点搜索。通过共变量调整可以如共变量在所述模型中那样或者通过包含在层次分析中进行。预测函数的其它选择也允许结合共变量。这直接用于作为预测函数的Cox模型选择。存在评估共变量对相互作用水平的影响的选择，例如，这意味着，对于不同的年龄组，应用不同的风险比例。对于预测函数的可能性比例类型，预测概率必须包括共变量进行评估。这里可以应用多变量模式识别的方法，或者生物标记值可以通过关于共变量的多次回归进行调整(在概率估计之前)。CART技术(分类和回归树；BreimanL.,FriedmanJ.H.,OlshenR.A.,StoneC丄，Chapman&Hall(Wadsworth,Inc.),纽约，1984)可以用于生物标记(原始检测水平)加上应用临床益处检测作为应答的临床共变量。搜索这种方法截点，并且将找到包含用于预测的共变量的函数的决策树类型。通过CART选择的截点和运算法则通常接近最优，并且可以通过考虑不同的临床益处检测而组合和统一。Ad5:在多变量水平上选择生物标记预测函数当存在在不同的单变量预测函数选择中保持它们的预测潜力的一些生物标记候选时，那么可以通过生物标记组合，即，考虑多变量预测函数而实现进一步的改善。基于简单的海维赛德函数模型，可以评估生物标记组合，例如，通过考虑其中指明最优截点的生物标记值的双变量散点图。那么生物标记的组合可以通过合理AND和OR操作组合不同的海维赛德函数而实现，以获得提咼的预测。CART技术(分类和回归树)可以用于多种生物标记(原始检测水平)和临床益处检测作为应答，以获得生物标记的截点和预测函数的决策树类型。通过CART选择的截点和运算法则通常接近最优，并且可以通过考虑不同的临床益处检测而组合和统一。Cox-回归可以在不同的水平上应用。第一种方式是以二元方式结合多种生物标记(即，基于具有一些截点的海维赛德函数)。其它选择以度量方式应用生物标记(在适当的转换之后)，或者二元和度量方式的结合。这禾中推算多变量予页领!j函娄女(evolvingmultivariatepredictionfunction)是如在3下所述的Cox类型。这种多变量可能性比例方法难以实现，但是还描述为多变量预测函数的选择。Ad6:在多变量水平上选择包含临床共变量的生物标记预测函数当存在相关的临床共变量时，那么进一步的提高可以通过将多种生物标记与多种临床共变量组合而实现。将关于包含临床共变量的可能性而评估不同的预测函数选择。基于关于生物标记的海维赛德函数的简单逻辑组合，其它共变量可以包含在基于在练习设定中获得的对数回归模型的预测函数中。CART技术和推算决策树可以容易地与其它共变量一起应用，其将包括在预测运算法则中的那些。基于Cox-回归的所有预测函数可以应用其它临床共变量。存在评估共变量对相互作用水平的影响的选择，例如，这意味着，对于不同的年龄组应用不同的风险比例。多变量可能性比例方法不直接扩展到其它共变量的应用。实施例1评估来自使用Pertuzumab治疗的HER2低表达转移性乳腺癌患者的基线血清的HER配体和去除的HER2(HER2ECD)水平，如下文所述。用于血清生物标记评估的试剂盒<table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table>EGFQuantikine人EGFELISAkit,目录号DEG00R&DSystemsLtd.(R&D系统有限公司)，19BartonLane，AbingdonOX143NB，英国TGF-aQuantikine人TGF-a免疫测定，目录号DTGAOOR&DSystemsLtd.(R&D系统有限公司)，19BartonLane,Abingdon0X143NB,英国流程HER2-ECD:按照供应商的推荐进行HER2-ECDELISA。双调蛋白-准备所有试剂(由试剂盒提供)，标准稀释物(由试剂盒提供)和样口-提供在框架中的EvenCoat山羊抗-小鼠IgG微量平板条带(R&D，目录号CP002;不由试剂盒提供)。现在所述框架叫作ELISA平板。-确定需要的孔的数目(标准稀释物数目+样品数目)。-确定平板布局。-向每个孔加入IOOpl稀释的捕获抗体(由试剂盒提供；在PBS中1:180)。-在室温下温育l个小时。-吹吸每个孔，并且洗涤，重复这一步骤三次，总共洗涤4次。洗涤通过将每个孔充满400pl洗涤缓冲液(不由试剂盒提供；使用在PBS中的0.05%吐温-20)，使用多支管分液器，并且随后吹吸而进行。在最后洗涤后，通过吹吸去除任何残余的洗涤缓冲液。倒置平板，并且用洁净的纸巾吸干。-每个孔加入100)il标准稀释物或稀释的样品(参见下文)。每次移液步骤之后更换吸头。-用粘附条带(由试剂盒提供)盖上平板。-在室温下在摇动平台上温育2个小时。-如前文所述重复吹吸/洗涤。-吹吸的样品和洗涤溶液用实验室消毒剂处理。-每个孔加入在试剂稀释液(不由试剂盒提供；使用在PBS中的1%BSA(Roth;白蛋白片段V,目录号T844.2))中1:180稀释的100pl检测抗体(由试剂盒提供)。-在室温温育2个小时。-如前文所述重复吹吸/洗漆。-向每个孔加入100pi链霉抗生物素蛋白-HRP的工作稀释液(由试剂盒提供；在试剂稀释液中l:200稀释)。用新的粘附条带盖上。-在室温温育20min。-如前文所述重复吹吸/洗涤。-向每个孔加入IOOpl底物溶液(R&D,目录号DY999;不由试剂盒提供)-在室温温育20min。避光。-向每个孔加入50pl终止溶液(1.5MH2S04(Schwefels加rereinst,Merck,目录号713);不由试剂盒提供)。小心混合。-使用设定在450nm的微量平板读数仪，立即确定每个孔的光学密双调蛋白标准曲线在PBS中的1%BSA中制备40ng/ml双调蛋白储液，等分并且保存在-80。C。在PBS中20e/。BSA中的双调蛋白溶液超过两周后不稳定，因此不能使用。在每次实验之前，从等分的双调蛋白储液新鲜制备在PBS中的20%BSA中双调蛋白标准曲线。最高浓度为1000pg/ml(双调蛋白储液的1:40稀释液)。由ELISA试剂盒提供的标准物产生线性标准曲线。所述曲线基于Excel的分析允许确定关于每次ELISA的曲线方程。双调蛋白样品当将样品l:l稀释在试剂稀释液中时，所有的样品在ELISA的线性范围内。每种样品一式两份进行检测。取决于数据的质量，和充足量的血清，如果需要。在随后的实验中重复测定。41EGF:-准备所有试剂(由试剂盒提供)，标准稀释物(由试剂盒提供)和样口叩-从框架上移去多余的抗体-包被的微量滴定平板条带(由试剂盒提供)。现在所述框架叫作ELISA平板。-确定需要的孔的数目(标准稀释物数目+样品数目)X2-确定平板布局。-向每个孔加入50)il检测稀释液RD1(由试剂盒提供)。-每个孔加入200|il标准稀释物或稀释的样品(例如，在Calibrator稀释剂RD6H中1:20)。每次移液步骤之后更换吸头。-用粘附条带(由试剂盒提供)盖上平板。-在室温下在摇动平台上温育2个小时。-吹吸每个孔，并且洗涤，重复这一步骤三次，总共洗涤4次。洗涤通过将每个孔充满400(il洗涤缓冲液(由试剂盒提供)，使用多支管分液器，并且随后吹吸而进行。在最后洗涤后，通过吹吸去除任何残余的洗涤缓冲液。倒置平板，并且用洁净的纸巾吸干。-吹吸的样品和洗涤溶液用实验室消毒剂处理。-向每个孔加入200^缀合物(由试剂盒提供)。用新的粘附条带盖上。-在室温温育2个小时。-如前文所述重复吹吸/洗涤。-向每个孔加入200^底物溶液(由试剂盒提供)。-在室温温育20min。避光。-向每个孔加入50(il终止溶液(由试剂盒提供)。小心混合。-使用设定在450nm的微量平板读数仪，在30分钟内确定每个孔的光学密度。EGF标准曲线由ELISA试剂盒提供的标准物产生线性标准曲线。此外，非常小的浓度显示可检测的结果。EGF样品使用所述样品进行总共4次检测。每种样品检测2-5次，检测的次数取决于结果的质量(平均值+/-80)和充足量的血清的可用性。当样品以1:20稀释在Calibrator稀释剂RD6H中时，所有的样品在ELISA的线性范围内。-准备所有试剂(由试剂盒提供)，标准稀释物(由试剂盒提供)和样口叩-从框架上移去多余的抗体-包被的微量滴定平板条带(由试剂盒提供)。现在所述框架叫作ELISA平板。-确定需要的孔的数目(标准稀释物数目+样品数目)X2-确定平板布局。-向每个孔加入100)il检测稀释液RDlW(由试剂盒提供)。-每个孔加入50^标准稀释物或样品。每次移液步骤之后更换吸头。-用粘附条带(由试剂盒提供)盖上平板。-在室温下在摇动平台上温育2个小时。-吹吸每个孔，并且洗涤，重复这一步骤三次，总共洗涤4次。洗涤通过将每个孔充满400pi洗涤缓冲液(由试剂盒提供)，使用多支管分液器，并且随后吹吸而进行。在最后洗涤后，通过吹吸去除任何残余的洗涤缓冲液。倒置平板，并且用洁净的纸巾吸干。-吹吸的样品和洗涤溶液用实验室消毒剂处理。-向每个孔加入200^ilTGF-ot缀合物(由试剂盒提供)。用新的粘附条諧生卜巾皿丄。-在室温温育2个小时。-如前文所述重复吹吸/洗涤。-向每个孔加入200iiil底物溶液(由试剂盒提供)。-在室温温育30min。避光。-向每个孔加入50pl终止溶液(由试剂盒提供)。小心混合。TGF陽a:43-使用设定在450nm的微量平板读数仪，在30分钟内确定每个孔的光学密度。TGF-oc标准曲线由ELISA试剂盒提供的标准物产生线性标准曲线。此外，非常小的浓度显示可检测的结果。TGF-a样品使用所述样品进行总共4次检测。样品在2-4次独立的检测中进行检分析血清数据以鉴定这样的因子，即，其基线血清水平与Pertuzumab治疗的应答相关。对于所有的因子，观察到歪斜模式的分布(平均值，标准偏差，中值，最小值，最大值)。基于对数Log(x+l)，单调转换用来减少偏斜。在单变量分析中，研究能否确定与应答(在本实施例中，定义为临床益处)的可能性相关的所述因子的适当的截点。在这里，具有临床益处的患者定义为获得部分应答(PR)或保持稳定的疾病至少6个月的那些患者。研究所述因子相对应答种类的散点图。图1和图2显示临床应答种类分别相对TGF-a和双调蛋白的血清水平的对数转换的绘图，以示例所述方法。基于所述散点图，为所述因子选择截点，以确定经历更大临床益处的患者组。图3(TGF-a)，图4(双调蛋白)，图5(EGF)，和图6(HER2-ECD)显示相对于不同因子分组的临床益处，所述因子分组基于计算成原始因子单位的研究性截点。所述截点分离出一些无临床症状的患者，并且，因此提高具有更大的临床益处的组的应答速率。实施例2在本实施例中，将来自实施例1的研究性截点用于评估所述因子分组对Pertuzumab治疗临床益处的不同检测的单变量作用，其使用发展/或死亡时间(TTP)和死亡时间(TTD)作为备选的临床终点。在关于TTP禾口/或TTD的Kaplan-Meier估计和对数-排列检测中，观察到对于TGF-a、双调蛋白、EGF和HER2-ECD的显著作用，如在图7的概括中所示。显示风险比例的Kaplan-Meier图在图8和图9(TGF-a)、10和11(双调蛋白)、12和13(EGF)，以及14和15(HER2-ECD)中关于TTP和TTD给出(观察到事件的最高数目)，其显示基于关于用Pertuzumab治疗的患者的临床结果的这些因子分组的显著作用。实施例3在本实施例中，应用多变量方法鉴定进一步提高具有来自Pertuzumab治疗的更大益处的患者的鉴定的因子组合。反映从CART方法(归类和回归树)推导出来的结果。CART分类方法使得有必要指明大于O的临床益处中所有值为得益组。Her2-ECD、TGF-a、双调蛋白和EGF的血清水平用作变量。选择血清Her2-ECD和血清TGF-ct水平的组合以给出最好的结果。从CART结果推导关于血清Her2-ECD和血清TGF-a水平组合的最优截点，导致在研究群体中用于临床益处研究性归类的法则一一低血清Her2-ECD值和低血清TGF-a值的组合在所述研究群体中捕获2/2PR和2/3SDW个月，并且排除合理数目的快速发展的患者。图16显示相对于TGF-a/HER2-ECD组合分组的临床益处，所述分组基于研究性组合截点。图17总结TGF-a和HER2-ECD组合对TTP和TTD的作用。在图18(TTP)和图19(TTD)中给出的Kaplan-Meier估计和风险比例证明基于这些因子的组合的分组对用Pertuzumab治疗的患者的临床结果的显著作用。权利要求1.预测在患者中对使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答的方法，其包括步骤a)在来自患者的生物样品中评估-选自由表皮生长因子、转化生长因子α和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子α和HER2标记基因的标记基因，和b)通过评估步骤a)的结果而预测在患者中对使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答。2.按照权利要求1的方法，其中评估标记基因或标记基因组合的步骤a)包括al)评估所述标记基因或标记基因组合的表达水平，a2)确定在步骤al)中评估的表达水平是高于还是低于阈值。3.按照权利要求2的方法，其中所述阈值在权利要求2的方法的步骤al)前通过下述确定1)在使用HER二聚体化抑制剂治疗之前，在来自患者的多份生物样品中评估标记基因或标记基因的组合的表达水平，2)用HER二聚体化抑制剂治疗所述患者，3)将使用HER二聚体化抑制剂治疗的患者的应答与在步骤a)中确定的所述标记基因或标记基因的组合的表达水平相关联，由此确定阈值。4.按照权利要求1-3中任一项的方法，其中所述生物样品是血清、血浆或肿瘤组织。5.按照权利要求1-4中任一项的方法，其中所述HER二聚体化抑制剂抑制HER2与EGFR或HER3的异型二聚体化。6.按照权利要求5的方法，其中所述HER二聚体化抑制剂是抗体，优选抗体2C4。7.按照权利要求1-6中任一项的方法，其中所述患者是癌症患者，优选乳腺癌、卵巢癌、肺癌或前列腺癌患者。8.按照权利要求1-7中任一项的方法，其中所述标记基因的组合由下列各项组成-转化生长因子ot和HER2标记基因，或-双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因。9.按照权利要求1-8中任一项的方法，其中所述标记基因或标记基因组合在样品中的表达水平通过检测由所述标记基因或标记基因组合编码的标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合的表达水平而进行评估。10.权利要求9的方法，其中所述标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合的表达水平使用特异性与所述标记蛋白或其片段或者标记蛋白或其片段的组合相结合的试剂而进行检测。11.权利要求10的方法，其中所述试剂选自由抗体、抗体片段或抗体衍生物的片段组成的组。12.按照权利要求9-11中任一项的方法，其中所述表达水平应用选自由下列各项组成的组的方法进行测定蛋白质组学、流式细胞术、免疫细胞化学、免疫组织化学、酶联免疫吸附测定、多通道酶联免疫吸附测定和这些方法的变体。13.按照权利要求9-12中任一项的方法，其中所述标记蛋白的片段是Her2标记蛋白的细胞外结构域。14.按照权利要求13的方法，其中所述Her2标记蛋白的细胞外结构域具有约105.000道尔顿的分子量。15.按照权利要求9-14中任一项的方法其中所述双调蛋白标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:1，其中所述表皮生长因子标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:2，其中所述转化生长因子a标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:3，或其中所述HER2标记蛋白的氨基酸序列是氨基酸序列SEQIDNO:4。16.按照权利要求9-15中任一项的方法，其中血清中关于下述各项的阈值-关于转化生长因子oc标记蛋白的阈值为2.0-5.0pg/ml，优选地约3.5pg/ml，-关于表皮生长因子标记蛋白的阈值为100-250pg/ml，优选地约150pg/ml，或-关于双调蛋白标记蛋白的阈值为6-15pg/ml，优选地约12pg/ml。17.按照权利要求13-15中任一项的方法，其中血清中关于Her2标记蛋白细胞外结构域的阈值为12-22ng/ml，优选地约18ng/ml。18.按照权利要求1-8中任一项的方法，其中所述标记基因或标记基因组合在生物样品中的表达水平通过检测由所述标记基因编码的转录的标记多聚核苷酸或所述转录的标记多聚核苷酸的片段的表达水平、或者由标记基因组合编码的转录的标记多聚核苷酸或所述转录的标记多聚核苷酸的片段的表达水平而进行评估。19.权利要求18的方法，其中所述转录的标记多聚核苷酸是cDNA,mRNA或hnRNA，或者其中所述多种转录的标记多聚核苷酸是cDNA，mRNA或hnRNA。20.按照权利要求18-19中任一项的方法，其中所述检测步骤还包括扩增所述转录的多聚核苷酸或多种转录的多聚核苷酸。.21.按照权利要求20的方法，其中检测步骤使用定量反转录酶聚合酶链式反应的方法进行。22.按照权利要求18-21中任一项的方法，-其中所述标记基因的表达水平通过使用在严格杂交条件下与所述转录的标记多聚核苷酸或其片段退火的探针检测所述转录的标记多聚核苷酸或其片段在样品中的存在而进行评估，或者-其中所述标记基因组合在样品中的表达水平通过使用在严格杂交条件下与所述转录的标记多聚核苷酸或其片段退火的探针检测所述转录的标记多聚核苷酸或其片段在样品中的存在而进行评估。23.按照权利要求18-22中任一项的方法其中所述双调蛋白标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:5，其中所述表皮生长因子标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:6，其中所述转化生长因子a标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:7，或其中所述HER2标记多聚核苷酸的核酸序列是核酸序列SEQIDNO:8。24.在严格条件下与表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体，用于在患者中预测对使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答的应用，或者在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸杂交的探针，或与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体，用于选择在患者中抑制疾病发展的组合物的应用。25.试剂盒，其包括在严格条件下与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记多聚核苷酸退火的探针，或者与双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a或HER2标记蛋白结合的抗体。26.选择在患者中抑制疾病发展的组合物的方法，所述方法包括a)在多种测试组合物的存在下，分别暴露来自癌症患者的生物样品的等分试样；b)将与测试组合物接触的生物样品等分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合的表达水平与在不接触测试组合物的生物样品等分试样中选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因组合的表达水平相比较；c)相对于没有接触测试组合物的等分试样，选择在包含所述测试组合物的等分试样中改变了所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平的一种测试组合物，其中在与所述测试组合物接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或所述标记基因组合的表达水平与在没有接触所述测试组合物的生物样品的等分试样中的相应标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在至少10%的差异是选择所述测试组合物的指征。27.衍生候选药剂的方法，所述方法包括a)将来自癌症患者的生物样品的等分试样与候选药剂接触，并且确定选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子oc和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合在所述等分试样中的表达水平，b)确定在没有与所述候选药剂接触的生物样品等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因的组合的表达水平，c)通过将与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中相应的标记基因或相应的标记基因组合的表达水平进行比较，而观察所述候选药剂的效果，d)从所述观察到的效果衍生所述药剂，其中在与所述候选药剂接触的生物样品的等分试样中所述标记基因或标记基因组合的表达水平与在没有接触所述候选药剂的生物样品的等分试样中的相应的标记基因或标记基因组合的表达水平之间存在至少10%的差异是所述候选药剂作用的指征。28.按照权利要求27的方法，其中所述候选药剂是候选抑制剂。29.按照权利要求27的方法，其中所述候选药剂是候选增强剂。30.通过按照权利要求27-29中任一项的方法衍生的候选药剂。31.药物制剂，其包含按照权利要求30的药剂。32.按照权利要求30的药剂的应用，其用于制备用于治疗癌症的组33.—种生产药物的方法，其包括权利要求27-29中任一项的方法的步骤；并且i)以足以对受试者以治疗有效量提供所述药物的量合成在步骤(c)中鉴定的候选药剂或其类似物或衍生物；和/或ii)将药物候选物，即步骤(C)中鉴定的候选药剂，或其类似物或衍生物与药用载体结合。34.选自由双调蛋白、表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记蛋白或标记多聚核苷酸组成的组的标记蛋白或标记多聚核苷酸用于衍生候选药剂或者用于选择在患者中抑制疾病发展的组合物的应用。35.HER二聚体化抑制剂用来制备治疗人癌症患者的药物中的应用，其特征在于所述治疗包括在来自患者的生物样品中评估下列各项-选自由表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或-标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自表皮生长因子、转化生长因子a和HER2标记基因的标记基因。36.按照权利要求35的应用，其中所述治疗包括在治疗过程中评估所述标记基因或标记基因组合至少一次或重复评估。37.按照权利要求35-36中任一项的应用，其中评估所述标记基因的表达水平或标记基因组合的表达水平。38.按照权利以求35-37中任一项的应用，其中所述HER二聚体化抑制剂是抗体，优选抗体2C4。39.按照权利要求35-38中任一项的应用，其中所述患者是乳腺癌、卵巢癌、肺癌或前列腺癌患者。全文摘要本发明涉及预测对在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答的方法，其包括下述步骤在来自患者的生物样品中评估选自由表皮生长因子、转化生长因子α和HER2标记基因组成的组的标记基因或标记基因的组合，或标记基因组合，其包括双调蛋白标记基因和选自上皮生长因子、转化生长因子α和HER2标记基因的标记基因，并且通过评估第一步的结果而预测在患者中使用HER二聚体化抑制剂治疗的应答。还公开在其中应用这些标记的其它应用和方法。文档编号C12Q1/68GK101405405SQ200680028951公开日2009年4月8日申请日期2006年5月24日优先权日2005年8月12日发明者安德烈亚斯·斯特劳斯,格哈德·楚格迈尔,约阿希姆·默克斯申请人:霍夫曼-拉罗奇有限公司