癌症检测方法

专利名称：：癌症检测方法
技术领域：
：本申请涉及可以才企测哺乳动物，尤其是人类中的癌症的方法和组合物。它显著地描述了癌症的血清标记物及它们在诊断方法中的应用。它还涉及可以用于实施这些方法的工具和/或试剂盒(试齐'J、探针、引物、抗体、芯片、细胞等)、它们的制备及它们的应用。本发明可以用于冲企测哺乳动物中的癌症，尤其是乳&泉癌(包括其早期)的存在或进展。
背景技术：
：在妇女中，乳腺癌是工业化国家中癌症死亡的首要原因。年龄是最重要的危险因素。在西方国家中，每增加一年，风险提高0.5%。其它风险因素是已知的，如怀孕的数量和首次怀孕的年龄、母乳喂养、青春期和绝经期的开始、突然绝经后雌激素治疗、应激和营养。乳腺癌的诊断通常通过乳腺造影法进行。然而，据估计可以通过乳腺造影法检测的最小的肿瘤大小是lcm，其表示在诊断时平均有8年的过去的进展。小的肿瘤比可以从它们的大小推断的肿瘤的恶性小得多大的胂瘤的侵蚀性不l义是由于它们的大小，还由于它们"内在的侵蚀性"，其随着肿瘤年龄的增长而提高(Bucchiwa/"BrJCancer2005,p.156-161;NordenT，EurJCancer1997，p.624-628)。乳腺造影法的优点已经在持续30年的无数患者中得以展示。然而，这些试验具有偏倚，如与对年龄、激素治疗、乳腺造影法进行的数量、医生的经验及其它的敏感性相关(参见FletcherandElmore,NEJM2003,p.1672f或BainesCJ,BreastJ2005，S7-10)。靶基因的组(panel)的表达分析在对抗乳腺癌中也是相关的，并且特别提及176个基因的组的分析，其在表达ER受体的患者和不表达ER受体的患者之间表达不同(BertucciHumanMolecularGenetics,2000;9:2981-2991)。还可以歹'j举只十37个基因的组的分4斤，其可以用于乳^^癌的早期it断(Sharmaa/，BreastcancerResearch2005,7:R634-R644)。然而，包4舌在这项研究中的患者均怀^是患有乳I^疾病(《可^是的初始乳房X线照片《)，并且这个基因的組可能不适合于在任何乳腺造影法之前诊断乳腺癌的常规试验。因此，非常需要能够可靠地、简单地并且早期检测癌症的诊断工具和i式一验。
发明内容本申请提供了一组生物学标记物，其可以单独或组合使用，优选组合4吏用，以1"更以可靠的方式4企测、表^正或^艮踪哺乳动物中的癌症，优选乳&泉癌的存在或进展。本发明的特别有利之处在于它可以利用全血实施，不需要组织活体^r查或分离步骤。更具体地，本申请起因于患有乳腺癌的人类患者的血清遗传标记物特征的鉴定。这些标记物例如对应于剪接或基因表达水平的变异，并且它们单独或有利地组合能够检测患者中癌症的存在或进展阶段。它们能够有利地以可靠和简单的方式、利用全血样品、从乳腺癌的早期阶段(即，阶段I和II，即，特别是乳腺造影法无效的阶段)检测乳腺癌的存在。它们还可以用于检测早期乳腺癌，该早期乳腺癌不能通过乳腺造影法检测，因为它们低于乳腺造影法的检测阈ii。本发明的一个主题涉及用于检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法(离体或体外)，包4舌确定哺乳动物的生物样品中一种或优选多种选自以下的靶分子的存在(或缺乏或(相对)量)a)包含选自SEQIDNOs:1-437的序列或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其4争异性片賴二(fragmentdistinctif)的核酸，b)具有与才艮据a)的序列互补的序列的核酸，c)才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，或者d)由4艮据a)到c)的核酸编码的多肽，样品中这样的把分子的存在(或缺乏或(相对)量)是所述哺乳动物中癌症存在或发展风险的指示。在实施方式的一个具体变型例中，该方法包4舌至少5、10、15、20、30、40、50、60、70或更多如上限定的輩巴分子的存在或缺乏或(相对)量的组合测定。"组合"测定指明这才羊的事实，即确定涉及多个标记物的杂交图谱(或标记图)。组合测定通常同时进行，即通过表达图镨的总测定来进行。然而，组合测定还可以通过多个标记物的平行或顺序测量来进行，导致图谱(profil)的鉴定。通过本发明，可以有岁丈i也建立和确定一组才示i己物的杂交图i普(或才示i己图)，以使j平估哺乳动物中癌症存在或发展的风险。杂交图i普通常利用选自上面指出的耙标的多个标记物的组合(例如包含全部这些耙标)，来进行。在一种具体实施方式中，本发明的方法包4舌测定哺乳动物的生物样品中选自上面限定的那些靶分子的至少5个、优选至少10个不同的靶分子的存在(或缺乏或(相对)量)。在优选的实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物的生物样品中选自上面指出的那些的耙分子的特别亚组的存在(或缺乏或(相对)量)。描述在实施例中的所述亚组，特别适合于基于全血样品检测患者中(尤其是早期)乳腺癌的存在。因此，在一个具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物的生物样品中，包括如上面a)到d)项限定的标记物的輩巴标(或标记)的整个组的核酸、优选本申"i青中限定的组1-11之一的全部分子的核酸的存在(或缺乏或(相对)量)。因此，在一个具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物冲羊品中包4舌表4第1列中示出的序列的组1的全部核酸，或包4舌具有至少15个，4尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的其特异性片^殳的核酸，或具有与它们互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由这些核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请给出的实施例有效地表明这个标记物的组可以用于以预测的方式4企测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括才企测一个或多个其它靶分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:18、19、23、26、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、225、228、240和312(纟且2)所示的序列或者具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片4史的核酸，或者具有与它们互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由这些核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性4佥测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括检测一个或多个其它耙分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:18、19、23、26、27、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、161、188、225、228、240、280和312(《且3)所示的序列或者具有至少15个，^尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段的核酸，或者具有与前述序列互补的序列的核酸，和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由所述核酸编码的多肽的存在(或在夹乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性检测癌症的存在、发展风险、或进展阶,史。在一个具体实施方式中，该方法还包括;险测一个或多个如先前限定的其它靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包4舌组合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:13、16-19、23、26-28、47、51-55、58、69、80、81、89、116、121、125、145、148、158、160、161、164、189、190、225、229、240、248、280、281、284、299、300、310和312(组4)所示的序列或者具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段的核酸、或者具有与这些序列互^^卜的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由这些核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预言性检测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括"险测一个或多个其它革巴分子，fe口先前限定的革巴分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:7、13、14、16-19、23-28、47、51-55、58、69、80、81、89、116、121、125、137、139、145、148、158、160、161、164、189、190、225、228、229、240、245、248、252、280、281、284、290、298-300、310和312(组5)所示的序列或者具有至少15个，<尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的其特异性片l殳的核酸、或者具有与前述序列互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类4以物，和/或由前述冲亥酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性;险测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括检测一个或多个其它耙分子，如先前限定的革巴分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:5、7、13、14、16-20、23-28、47、51-55、58、64、69、80、81、88-90、116、121、125、137、139、145、148、158、160、161、164、188-191、208、222、225、228、229、236、240、242、245、248、252、280、281、284、290、298-300和309-312(组6)所示的序列或者这些序列的具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的特异性片段的核酸、或者具有与它们互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由前述核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性检测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括检测一个或多个其它耙分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物;洋品中包含表4中所示的序列的组7的全部核酸或者包4舌具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片段的核酸、或者具有与它们互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些冲亥酸的功能类似物，和/或由前述4亥酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性检测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括才全测一个或多个其它革巴分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含表4中所示的序列的组8的全部核酸或者包括具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片,殳的核酸、或者具有与它们互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类4以物、和/或由前述核酸编石马的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性检测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括检测一个或多个其它靶分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括组合测定哺乳动物生物样品中包含表4中所示序列的组9的全部核酸或者包括具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的这些序列的特异性片^殳的核酸、或者具有与前述序列互补的序列和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物、和/或由前述核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性4企测癌症的存在、发展风险、或进展阶4史。在一个具体实施方式中，该方法还包括才企测一个或多个其它靶分子，如先前限定的靶分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包4舌组合测定哺乳动物生物样品中包含表4中所示序列的组10的全部核酸，或者包括具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的这些序列的特异性片段的核酸、或者具有与前述序列互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类4以物、和/或由前述核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性(或预言性)检测癌症的存在、发展风险、或进展阶段。在一个具体实施方式中，该方法还包括"险测一个或多个其它靶分子，如先前限定的革巴分子。在另一具体实施方式中，本发明的方法包括^且合测定哺乳动物生物样品中包含SEQIDNOs:23、52、53、148和225(组ll)所示的序列，或者具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段的核酸、或者具有与这些序列互补的序列的核酸和/或源自其它物种的这些核酸的功能类似物，和/或由前述核酸编码的多肽的存在(或缺乏或(相对)量)。本申请中给出的实施例有效地表明这个标记物的组能够预测性4全测癌症的存在、发展风险、或进展阶l殳。在一个具体实施方式中，该方法还包括;险测一个或多个其它靶分子，如先前限定的靶分子。在一个具体实施方式中，本发明的方法包^舌测定哺乳动物生物样品中核酸的存在(或缺乏或(相对)量)，所述核酸分别包含SEQIDNOs:l-437所示的序列或者它们的具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的特异性片段，或者是具有它们的互外卜序列的核酸。本发明的另一特别主题在于检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在允许互补序列之间杂交的条件下，将源自哺乳动物血液样品的核酸与一组对于下列輩巴分子特异的揮:针4妄触a)包含如前面所限定的组1-11之一中所示的序列的核酸，或具有至少15个、4尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段，和/或b)具有与才艮据a)的序列互补的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的4艮据a)或b)的核酸的功能类似物，以便获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中乳腺癌的存在、或发展风险的特4正。并且，本发明中鉴定的不同基因(其表达在患者中改变)的分析，表明它们属于细胞信号通路或共同调节机制中涉及的基因家族。因此，特别地，这个分析证明许多基因，所述基因涉及用于转导由TLR刺激引发的信息的信号级联、细胞因子的分泌或者T淋巴细胞的活化。本发明因此证明这个事实，即这些信号级联中的改变存在于遭受癌症的患者中，并且参与这些级联的任何基因或RNA或这些基因或RNA的任何反常可以形成癌症存在的标记物或癌症的i秀因。所述改变可以在由肿瘤细月包施加^会单核细月包、巨嗟细胞和树突细胞的氧化应激期间发生。这些应激是免疫系统和肿瘤中的癌细胞之间发生的不同细胞相互作用的结果的一部分。血液循环中表明免疫应答中涉及的信号级联中的改变的分子事件的i正明因此代表能够基于全血样品i正明身体中的肿瘤存在的新工具和新方法。因此，本发明的一个特别主题涉及用于(离体或体外)检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包^^测定哺乳动物的生物样品中(优选血液(来源)样品)中参与免疫应答(先天或获得的)中涉及的信号通路的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)，所述隋征。免疫应答中涉及的信号通路有利地选自TLR刺激、细胞因子分泌或T-淋巴细力包活4匕。树突细胞的初始刺激代表先天应答并且经由toll样受体(TLR)进行。多个TLR与可以由病原体或肿瘤细胞携带的不同配体反应，并且导致由树突细胞产生不同的促炎性细胞因子。这种现象伴随有抗原对原态(naiVe)T细胞的呈递，由此引发特异性、获得性免疫应答。在这些信号级联的分子参与者中，可以优选地引用的那些分子参与者是受体、适配体、酶、基因表达的调节中涉及的因子、趋化因子、细胞因子和白介素。本发明的一个特别主题是用于离体或体外检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定哺乳动物的生物样品中(优选血液(来源)样品中)涉及调节用于控制先天免疫现象的信号通路的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)。更特别地，这个现象动员由TLR引发的级联并且调节巨噬细月包和树突细月包的活性。本发明的另一特别主题是用于离体或体外检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定哺乳动物生物样品中(优选血液(来源)样品中)涉及调节用于控制获得性或适应性免疫现象的信号通路的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)。更特别地，这个现象涉及T-淋巴细胞受体(TCR)。本发明的另一特别主题是用于离体或体外才企测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定哺乳动物生物样品中(优选血液(来源)样品中)涉及先天和获得性免疫之间的转换、协调的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)。更特别地，这些基因涉及来自前体(如花生四烯酸)的脂质分子的生物合成。因此，本发明的一个特别主题在于(离体或体外)检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包4舌测定哺孝L动物的生物才羊品中(优选血液(来源)样品)中涉及TLR的刺激、细胞因子的分泌、或T-淋巴细胞的活化的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)，所述基因或RNA有利地选自受体、适配体、酶、基因表达调节中涉及的因子、趋化因子、细l包因子和白介素，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指4正。本发明中基因或RNA的改变指的是表达的任何改变，即，特别是导致特别的剪接形式出现的剪接反常，或不同剪接形式之间的(相对)量或比例的改变。如在文中其余部分描述的，本申请描述了存在于癌症患者的血液中的，涉及先天和获得性免疫的信号级联的参与者中剪接反常的鉴定(表5)。寡核苷酸(源自RNA序列，其表达受剪接改变的影响)可以沉积或合成在任何固态载体上，并且与源自对照血液样品和来自癌症患者的血液样品的核酸探针杂交，从而允许选择最具区别性的寡核苦酸。更广泛的，可以选4奪所述寡核苷酸以代表编码先天和获得性免疫中涉及的任何蛋白的任何mRNA。更具体地，这些寡核苷酸可以源自表6中所示的基因。还可以在由这些基因或RNA编码的多肽的结构或表达水平才企测改变，例如利用下文中将详细描述的特异性抗体。因此本发明的一个特别主题在于(离体或体外)检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定哺乳动物生物样品中，优选血液(来源)样品中表5中所示的至少一个，优选至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个基因或相应RNA中的改变，特别是所述基因或RNA的剪接的改变的存在(或缺乏)，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。因此本发明的另一特别主题在于用于(离体或体外)检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定哺乳动物的生物样品中，优选血液(来源)样品中的表6中所示的至少一个，优选至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个基因或相应RNA，特别是一个这样的基因或RNA的剪接的改变的存在(或缺乏)，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。靶分子本发明基于人类患者中乳腺癌存在的特有血清生物事件的证明和特征化。这些事件构成(生物)标记物，其在患者中的4企测，优选组合4企测，允许甚至在早期测定发展所述癌症的风险或者所述癌症的存在。在本发明的含义中，术语标记物和转录物可交换地使用，除非当上下文赋予它们特定的含义。鉴定的生物事件通常相应于基因表达调节的改变。这可以涉及基因或RNA、或者基因或RNA的某些形式的表达的部分或全部抑制，基因或者基因或RNA的某些形式的表达的提高、基因剪接形式的开始或消失等。本发明因此基于样品中一种或多种代表由此鉴定的生物事件的靶分子的检测。如上所指出的，这些靶分子可以选自a)包括选自SEQIDNOs:1-437的序列或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片萃殳的核酸，b)具有与才艮据a)的序列互补的序列的核酸，c)根据a)或b)的核酸的功能类似物，或d)由才艮^居a)到c)的冲亥酸编石马的多肽。乾分子可以是对应于序列SEQIDNOs:1-437的基因或RNA或蛋白的完全序列、或其特异性片段，即，这样的片段，其序列对于所述基因或RNA、或对于所述蛋白是特异性的，和/或包括代表要冲全测的生物事件的可变结构域(剪^妻、冲全测、多态性等)。标记物和相应基因的完全列表示于表1中。术语"功能类似物"指的是源自另外的哺乳动物物种的类似物。序列SEQIDNOs:1-437乂人人类鉴定，并且这些序列形成适于^r测人类患者中的癌症的有效标记物。然而，为了将本发明的方法用于哺乳动物的其它物种，它通常优选应用在考虑中在所述物种中特4i化的、这些序列的功能类似物。这些类似物可以利用本领域技术人员已知的任何技术鉴定，尤其要考虑本申请中提供的序列和相应基因的名称。在一种特别实施方式中，该方法包括测定根据a)到c)的至少一种核酸的存在。在一种非常特别的实施方式中，该方法用于才企测人类个体中的癌症并且包括测定根据a)或b)的至少一种核酸的存在。此外优选地，该方法包括组合测定如本申请中限定的(组1到11或表5和6)把标记物的组的存在(或缺乏)或(相对或绝对)量。本发明的一个具体实施方式在于4企测哺乳动物中乳&袈癌的存在或发展风险的方法，包括组合测定哺乳动物血液样品中一组分子的存在或(相对或绝对)量，所述一组分子包括至少下面的耙分子a)包4舌表4中给出的组1或11的序列，或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片段的才亥酸，和/或b)具有互补于根据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮l居a)或b)的核酸的功能类似物，和/或d)由才艮据a)到c)的核酸编码的多肽，样品中所述耙分子的存在是这个哺乳动物中乳腺癌存在或发展风险的指征。本发明的一个具体实施方式在于检测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的方法，包括组合测定哺乳动物的血液样品中下面靶分子的存在或量a)包括SEQIDNOs:18、19、23、26、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、225、228、240和312(纟且2)的序歹寸或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石成基的其特异性片)殳的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，和/或d)由才艮才居a)到c)的核酸编石马的多肽，样品中所述靶分子的存在是这个哺乳动物中乳腺癌存在或发展风险的指征。本发明的一个具体实施方式在于#r测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的方法，包括-组合测定哺乳动物血液才羊品中下面革巴分子的存在或量a)包括表4中给出的组10的序列，或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片段的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，和/或d)由才艮据a)到c)的核酸编码的多肽，样品中所述輩巴分子的存在是这个哺乳动物中乳腺癌存在或发展风险的指4正。本发明的另一特定主题在于^^测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的方法，包括4企测哺乳动物血液样品中下面的耙分子a)包4舌SEQIDNOs:18、19、23、26、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、225、228、240和312(纟且2)戶斤示的序歹'J，或者具有至少15、4尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片,殳的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的4艮据a)或b)的核酸的功能类似物，和/或d)由才艮才居a)到c)的片亥酸编石马的多肽，样品中这些靶分子的存在、缺乏或(相对)量是这个哺乳动物中乳&泉癌存在或发展风险的指4i。本发明还能够限定其他组，包4舌至少一些如前限定的标记物，其可以可选地与其它标记物组合。所述组可以通过测试患者样品中这些标记物的存在或缺乏获得，以限定如果需要对于特定病变呈特异性的其它预测性组合。4亥酸的4全测允许冲企测才羊品中核酸类别的不同的才支术可以用在本发明中，如RNA印记，选择性杂交、利用被覆有探针寡核苷酸的载体、核酸扩增如RT-PCR、定量PCR或连接-PCR等。这些方法可以包括利用能够选择性或特异性冲企测才羊品中的耙核酸的核酸揮:针(如寡核苷酸)。可以根据本领域技术人员本身已知的不同方法进行扩增，如PCR、LCR、转录介导的扩增(TMA)、链置换扩增(SDA)、NASBA、利用等位基因-特异性寡核苷酸(ASO)、等位基因特异性扩增、DNA印记、单链构象分析SSCA、原位杂交(如FISH)、凝胶迁移、异源双链体的分析等。才艮据一个优选的实施方式，该方法包括通过选择性杂交或选择性扩增检测根据a)到c)的核酸的存在或缺乏或(相对)量。选择性杂交通常利用核酸4笨针进4亍，该揮:针优选固定在载体上，该载体例如是具有至少一个平或不平的表面的固体或半固体支持体，允许核酸探针的固定。所述支持体是例如滑片(载玻片)、珠子、膜、滤器、柱、板等。它们可以由任何相容的材料制成，尤其是玻璃、硅石、塑料、纤维、金属、聚合物等。所述核酸探针可以为任何核酸(DNA、RNA、PNA等)，优选单《连，包括对粑分子(如上面a)到c)限定的靶分子)特异性的序列。所述探针通常包4舌5至ij400个石咸基、^L选8至U200个石威基、更4尤选少、于100个石咸基、进一步优选少于75、60、50、40或者甚至30个碱基。所述探合成寡核香酸。所述寡核苷酸通常包括10到50个碱基、优选20到40个碱基，例如约25个碱基。在一个特别有利的实施方式中，多个不同的寡核苷酸(或探针)用于检测同样的靶分子。这些可以为对同样的靶分子的不同区域特异性的寡核苷酸，或者在一个相同的区域上不同地对准的(centr6)寡核苦酸。还可以使用成对探针，其中一个成员与靶分子完全匹配，另一个错配，由此能够估计背景噪声。在下面的实施例中，每对具有25个碱基的6到11对寡核苷酸用于每个靶分子。所述探针可以利用本领域技术人员本身已知的方法，预先合成随后沉积在载体上，或者在载体上直4妄原位合成，所述纟果针还可以利用基因技术，如通过扩增、重组、连接等制备。如此限定的探针构成本申请的另一主题，以及它们用于在个体中检测癌症的应用(基本上体外)。在特别优选的方式中，适用的一组核酸探针包括有利地固定在载体上的序列SEQIDNO:1-437的每个序列的全部或具有至少15个连续石成基、4尤选至少17、19、20、22或25连续碱基的片段、或其互补链。杂交可以在常规条件下进行，这些条件对于本领域技术人员是已^口的并且可以#皮本4页i或#支术人员(Sambrook,Fritsch，Maniatis(1989)MolecularCloning,ColdSpringHarborLaboratoryPress)调整。尤其是，取决于所希望的灵每文度水平、可获得的物质的量等，杂交可以在严格、中等或者低严格性的条件下进行。例如，用于杂交的合适条件包括在低密度载体上，温度在55和63°C之间，2到18小时。其它杂交条件对于高密度载体可以是必需的，如45和55。C之间的杂交温度。杂交后，进行不同的冲洗以去除非杂交的分子，通常在包含SDS的SSC緩沖液中，如包含0.1到10XSSC和0.5-0.01%SDS的緩冲液。还可以4吏用包含SSPE、MES、NaCl或EDTA的其它冲洗纟爰沖液。在一个典型实施方式中，核酸(或芯片或载体)在通常包含100|iig/ml鲑鱼^f青子DNA的杂交《爰沖液(RapidHybridBuffer,Amersham)中65°C下预杂交30分钟。随后将样品的核酸在65。C与探针(通常应用于载体或芯片)接触2到18小时。优选地，利用任何已知的标记(放射性、酶的、荧光的、发光的等)来预先标记样品的核酸。随后，载体在5XSSC、0.1%SDS緩冲液中在65。C冲洗30分钟，随后在0.2XSSC、0.1。/oSDS緩冲液中冲洗。利用常夫见才支术，例如，通过利用合适的4义器(如Instantlmager,PackardInstruments)测量载体上的标记，来分析杂交图i普。杂交条件可以自然可以由本领域的4支术人员调整，如通过》f改杂交温度和/或緩冲液的盐浓度，以及通过添加辅助性物质，如曱酰胺或单4连DNA。本发明的一个其它特别主题在于4全测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的方法，包括在能够使互补序列之间杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液样品的核酸与一组对于至少下列耙分子特异的探针接触a)包含先前限定的组1到11之一的序列，或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石碱基的其特异性片段殳的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的所述核酸，和/或c)源自其它物种的根据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的特4正。因此，本发明的一个特别主题在于检测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的方法，包括在能够使互补序列之间杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液样品的核酸与一组对于下列革G分子特异的探针接触a)包含如上限定的组l、2、IO或11之一中所示的序列，或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片段的核酸，和/或b)具有互补于根据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的根据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险的特4正。在特别实施方式中，本发明的方法还4吏用其它革巴分子和/或其它探针，尤其是本申请中提及的靶分子的亚组。因此，本申请的另一个特别主题在于检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在能够使互补序列之间杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液样品的核酸与一组对于选自下列耙标的至少两个不同的分子特异的探针接触a)包含SEQIDNOs:1-437中所示的序列，或具有至少15个、伊乙选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的其特异'性片4殳的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中癌症的存在或发展风险的特征。.杂交图谱可以与一种或多种参考图语比较，尤其与健康个体和/或患有癌症的个体的参考图谱特征比较，该比较允许测定受测试的患者患有癌症的概率或风险。通常，该比较利用本领域技术人员本身已知的计算机程序进行。优选利用允许样品中靶核酸之一的全部或部分的扩增的引物或引物对进行选择性扩增(如果样品中存在靶核酸的话)。该引物可以对于4艮据SEQIDNO:1-437的革巴序列是特异性的，或者对于样品的核酸中的乾序列侧翼的区域是特异性的。该引物通常包括单链核酸，其长度有利地在5到50个碱基之间，优选地在5到30个碱基之间。这样的引物以及其用于(基本上体外)检测个体中的癌症的用途形成本申请的另一主题。在这方面，本发明的另一主题在于核苦酸引物或一组核香酸引物的应用，所述引物允许包含才艮据SEQIDNO:1-437的耙序列的一个或优选i也多个基因或RNA的全部或部分的扩增，用于4企测哺乳动物中特别是在人类中的癌症，优选乳腺癌。本发明的另一特别主题在于4佥测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在能够扩增的条件下，将源自所述哺乳动物的血液冲羊品的核酸与一组乂t于选自下列輩巴才示的至少两个不同(distinct)的分子特异的引物接触a)包含SEQIDNOs:1-437中所示的序列，或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的其特异'性片,爻的核酸，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的根据a)或b)的所述核酸的功能类似物，以获得扩增图i普(profil),所述扩增图i普是这个哺乳动物中癌症的存在或发展风险的特征。多肽的4全测在另一实施方式下，该方法包括测定才艮据d)的多肽的存在。可以利用本身已知的任何技术，尤其是利用特异性配体，如抗体或抗体的衍生物或片段，进行样品中多肽的证明。优选地，该配体是对多肽特异的抗体、或所述抗体的片^殳(如Fab、Fab'、CDR等)、或所述4元体的书于生物(如单链^L体，ScFv)。该配体通常固定在载体上，载体如滑片、珠子、柱、板等。样品中靶多肽的存在可以通过例如利用才示i己配体、利用第二标i己显影配体(ligandder6vdation)等证明耙和配体之间的复合体来4企测。可以使用的并且熟知的免疫学技术是ELISA、RIA技术等。可以利用常规技术，尤其是通过用包含多肽(或其免疫原片段)的免疫原免疫非人类动物并收集(多克隆)抗体或生产细胞(以产生单克隆)来产生对于靶多肽特异性的抗体。用于生产多克隆或单克隆抗体、ScFV片段、人类或人化抗体的技术描述在例如Harlowetal.,Antibodies:ALaboratoryManual,CSHPress,1988;Wardetal.，Nature341(1989)544;BirdetalScience242(1988)423;WO94/02602;US5，223，409;US5，877,293;WO93/01288中。该免疫原可以通过合成或者通过在合适的宿主中如上所述的耙核酸的表达产生。所述单克隆或多克隆抗体、及其衍生物，具有同样的抗原特异性，以及它们用于癌症检测的应用，也形成本发明的主题。方-去的实施是包含核酸或多肽的任何样品。可以有利地列出血液、血浆、血小板、唾液、尿、粪等的样品，或者更广泛的包含核酸或多肽的任何纟且织、器官或有利地任何生物流体。在一个优选的特别有利的实施方式中，该样品为血液或血浆样品。本发明是根据癌症的血液标记物的鉴定得出的，因此允许检测这些病理，不用任何活组织检查，仅用血液样品。利用本身已知的任何技术，例如利用非^曼入性技术通过从收集品或样品库等采冲羊获得该样品。该样品还可以预先处理以促进乾分子的可接近性，例如通过裂解(机械、化学、酶等)、纯化、离心、分离等。有利地使用PaxGene系统(Feezoretal.，PhysiolGenomics2004，pp.247-254)。该样品还可以被标记以促进对靶分子(荧光、放射性、发光、化学、酶标记等)的存在的测定。在一个优选的实施方式中，该生物样品是全血样品，即，其不经过任何分离步骤，其可以可选地被稀释。本发明可以用于任何哺乳动物，优选人类。本发明的方法特别用于乳腺癌的检测，尤其是人类中乳腺癌的存在、发展风险、或进展阶段的检测。因此，实施例中给出的数据表明本发明能够检测乳腺癌的存在，敏感性超过92%，特异性超过86%。它特别适用于筛查早期，即阶萃史I或II(如在由UICC("IntemationalUnionAgainstCancer")开发并维持的恶性肿瘤分类(TNM,ClassificationofMalignantTumors)中限定的)的乳腺癌。TNM分类也被AJCC(美国癌症联合委员会，"AmericanJointCommitteeonCancer")和一皮IFGO(国际妇产-牛学联盟，"InternationalFederationofGynecologyandObstetrics")使用。本申请的一个特别主题涉及检测人类个体中乳腺癌的存在、进展、或发展风险的方法，包括组合测定来自人类个体的生物样品中选自下列的靶分子的存在(或缺乏或(相对)量)a)包含选自SEQIDNO:1-437的序列或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其片段的核酸，b)具有互补于根据a)的序列的序列的核酸，以及c)由根据a)或b)的核酸编码的多肽。优选地，该方法包括组合测定如上限定的5、10、20、30、40、50或60个靶分子的存在、缺乏或者数量。本申请的另一特别主题涉及检测人类个体中乳腺癌的存在、进展、或发展风险的方法，包括将个体的包含核酸的生物样品与包括载体的产品4妄触，载体上固定有核酸，该核酸包含互补于一种或优选多种靶分子和/或对于一种或优选多种靶分子特异性的序列，所述靶分子选自i)包含选自SEQIDNO:1-437的序列的核酸或者具有至少15个，<尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其片段以及ii)具有互补于根据(i)的序列的序列的核酸，以及测定杂交图谱，该图谱表明所述人类个体中乳腺癌的存在、阶段、或发展风险。优选地，该产品包含不同的核酸，所述核酸包含互补于如上提及的至少5、10、20、30、40、50、60或更多个不同把分子和/或只十于4口上提及的至少5、10、20、30、40、50、60或更多个不同靶分子表现特异性的序列。本申请的另一主题涉及包括其上固定有核酸的栽体的产品，所述核酸包含互补于一种或优选多种耙分子和/或对于一种或优选多种輩巴分子特异性的序列，所述粑分子选自(i)包含选自SEQIDNO:1-437的序列或者具有至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其片萃殳的核酸以及(ii)具有互补于才艮据(i)的序列的序列的核酸。优选地，该产品包含不同的核酸，所述核酸包含互补于如上才是及的至少5、10、20、30、40、50、60或更多个不同靶分子和/或对于如上才是及的至少5、10、20、30、40、50、60或更多个不同輩巴分子特异性的序列。优选地，它包括不同的核酸，所述冲亥酉臾包含互4卜于如本申i青中限定的才示i己物的组之一和/或只于^口本申请中限定的标记物的组之一特异性的序列。本申请的另一主题涉及包含其上固定有至少一种，伊G选多种包含选自SEQIDNO:1-437的序列的核酸或者其功能类似物的载体的产品。<尤选;也，该产品包4舌选自上面提及的核酸的至少5、10、20、30、40、50、60或更多不同的4亥酸。在一个特别实施方式中，该产品包4舌SEQIDNO:1-376的序列的4亥酸的每个。本申请的另一主题涉及包括其上固定有多肽的至少一个配体的载体，多肽由如上限定的耙核酸编码，耙核酸即，包含选自SEQIDNO:1-437的序列、这些序列的具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的特异性片段的核酸，具有与前述序列互补的序列的核酸或者其功能类似物。优选地，该产品包含选自上面提及的多肽的不同多肽的至少5、10、20、30、40、50、60或更多个配体。该载体可以为任何具有一个(平的或不平的)表面的固体或半固体载体，允许核酸或多肽的固定。所述载体为例如玻片、珠子、膜、滤器、柱、板等。它们可以由任何合适的材料制成，材料如玻璃、硅石、塑料、纤维、金属、聚合物、聚苯乙烯、特氟隆等。可以利用已知的技术或者对于核酸，直接在载体上原位合成将所述试剂固定在载体的表面上。固定技术包括被动吸附(Inouye""/.，J.Clin.Microbiol.28(1990)1469)、共<介结合。一些才支术描述在例如WO90/03382、WO99/46403中。载体上固定的试剂以预先确定的顺序放置，以促进形成的复合体的检测和鉴定，以及根据可变的、可适应的密度放置。在一个实施方式中，本发明的产品包括长度在5到100个碱基之间的、对一种或多种在a)到c)中限定的靶核酸特异性的合成寡核芬酸。本发明的产品通常包括对照分子，用于标准化和/或规^各化结果。本申请的另一主题涉及包括隔室或容器的试剂盒，该隔室或容器包含至少一个、优选多个包括互补于和/或特异性于如上限定的靶核酸的序列的核酸，和/或如前限定的靶多肽的一种、优选多种配体。优选地，该产品包含至少5、10、20、30、40、50、60或多个选自上面提及的核酸和配体的不同的核酸和/或配体。在一个特别的实施方式中，该产品包4舌SEQIDNO:1-437的序列的核酸的每一个或者对于如上限定的輩巴多肽中的每个輩巴多肽的配体。该试剂盒还可以包含用于杂交或免疫反应的试剂、以及可选;也，只t照和/或用法i兑明。本发明的另一主题涉及如上限定的产品或试剂盒的应用，用于冲企测哺乳动物个体，优选人类个体中的癌症，尤其是乳&，癌。本发明的另一主题涉及具有选自SEQIDNO:1-437的序列的核酸，或者包4舌至少15个，优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石威基的其特异性片^:，或者具有与其互补的序列的核酸或这些核酸的功能类似物。本发明还涉及包含这些核酸的克隆或表达载体，以及包含所述载体或核酸的4壬〗可重组细月包。本发明的另一主题涉及包括选自SEQIDNO:1-437的序列、或者包含至少15个，1尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的这些序列的特异性片段的核酸，或者具有与其互补的序列的核酸，或这些核酸的功能类似物的应用，用于检测(基本上体外才企测)哺乳动物个体中的癌症。在本发明的实施方式的一个特别实施例中，血液样品采自要检测的哺乳动物。该血液样品可以可选地^皮处理，以-使核酸更可4妄近，并且使它们被标记。随后将所述核酸应用于如上限定的产品并且测定杂交图谱，允许诊断检测的哺乳动物中是否存在癌症。本发明的方法简单、可体外进4亍并且允"i午乂人血液才羊品中早期4全测癌症。显然，任何等同的技术可以在本发明的范围内使用以测定靶分子的存在。本发明的其它方面和优点在阅读下面的实施例后会变得显而易见，所述实施例;故认为是示意性和非限制性的。图1:利用lO对半变性(semi-degenerative)引物5寸源自n。l图镨分析(profilageXPB画)的cDNAsDATAS的PCR扩增。DATAS图谱分析在两个方向上进行(阶段I和II的癌症与对照，以及对照与阶萃殳I和II的癌症)。包括利用源自HepG2细力包的cDNA的阳性对照。图2'.利用IO对半变性引物对源自n°2图谱分析(PBMO)的cDNAsDATAS的PCR扩增。DATAS图语分析在两个方向上进行(阶段III&IV的癌症与对照，以及对照与阶段III&IV的癌症)。包括利用源自HepG2细胞的cDNA的阳性对照。图3:利用IO对半变性引物对源自n。3图谱分析(PBMP)的cDNAsDATAS的PCR扩增。DATAS图i普分析在两个方向上进行(阶段1至IV的癌症与对照，以及对照与阶段I至IV的癌症)。包括利用源自HepG2细月包的cDNA的阳性对照。图4:探针的特异性构型，用于测量通过选择性剪接产生的变体(variant,剪接体)的表达。探针A，对于两种亚型(isoforme)是共同的(共用的)，测量两种变体的表达。探针B,对于长型(isoformelongue)的附力口(additionelle)序歹寸净争异，4笨4十C和D，对于这个附加序列周围的连接(jonction)序列特异，测量长型的表达。探针E,对于源自附加序列的缺乏的连接(点)表现特异性，测量短型的表达。图5:耙序列的定义。对于附加序列和上游的共同(commune)序列每个连4妻(jonction)的任4可一侧的15个核苷酸以及高达500个的核香酸^皮捕获。图6:耙序列和相关数据。柱的描述鉴定号:剪接事件的鉴定号；描述剪接事件的类型；长型长型的登录号；短型短型的登录号；輩巴A到E:靶A到E的序列；长前面的柱中序列的大小。图7:利用100个寡核苷酸对37个对照和55个患者的分层聚集(clusteringhi吐rarchique)。具体实施例方式1.生物才羊品的特征下面症会出的实施例是/人92个血液冲羊品(5ml全血，在两个PaxGene管中采集)初始制备的。这些样品集合37个来自健康对照患、者(H,乂人五"6/"se附e"r7^>""fdw5"""g获竭6勺血、液才羊品和55个来自患有阶段i/ii乳腺癌(ci/n)的患者的样品。2.^MoftL、^i羊品41取总RNA将血液样品直接收集在PAXGeneBloodRNA管中(PreAnalytix,Hombrechtikon,CH)。在血液采才羊阶萃殳后，为获得总细胞裂解，将所述管置于室温下4小时，随后储存在-20。C直到生物材料的提取。更精确地，在这个方案中，利用PAXGeneBloodRNA试剂盒(PreAnalytix),遵循生产商的i兑明，4是取总RNA。简而言之，将该些试管离心(15分钟，3000g)以获得核酸的残留物(culot,沉淀物)。冲洗这个残留物并将其溶解在包含用于消化蛋白所需的蛋白酶K的緩冲液中(10分钟，55°C)。进行进一步的离心(5分钟，19000g)以去除细胞碎片并且加入乙醇以优化核酸的固定条件。总RNA被特异性固定到PAXgeneRNA旋转柱上，并且在其洗脱前，利用不含RNA酶的DNA酶组(Qiagen，Hilden，Germany)进4亍污染DNA的消4匕。在AGILENT2100生物分冲斤4义(AgilentTechnologies,Waldbronn,Germany)上分析总RNA的质量。3.DATAS图^普^^斤实验三个系列的《DATAS图谱分析在下面的组之间进行DATASn。l:早期乳腺癌(阶,殳I和II)与对照组(PBMN研究)DATASn。2:晚期乳腺癌(阶段III和IV)与对照组(PBMO研究)DATASn。3:乳腺癌(阶段I、II、III和IV)与对照组(PMNP研究)DATAS是两个样品之间基因表达图语分析技术，其能够表征在信使RNA(如通过选择性剪接产生的那些信使RNA)水平的定性区别选择性剪接。这个专利技术描述在专利US6,251,590中。利用上述PAXgene系统(PreAnalytix)从血液才羊品中分离出相应于两种情况(一种正常的(mN)，另一种病态的(mP))的总RNA。利用逆转录酶(RT)(Invitrogen)和生物素化的寡核苷酸oligodT25(Invitrogen)将这些RNA(每组50)專争化为互补DNA(cN)和(cP)。贡献出50ng/组的样品示于表A到F中。随后在液相中生产杂种mN/cP和cN/mP。在mN和cP以及cN和mP的乙醇沉淀后，将沉淀物溶解在30pi的包含80%甲酰胺和0.1%SDS的杂交溶液中，在40。C过夜將育。随后利用抗生蛋白链菌素磁珠(Dynal)捕获异源双链体。将磁铁用于在冲洗操作期间保持管中的珠子。珠子/异源双链体随后被溶解在50|Lil的RNA酶H緩冲液中并与RNA酶H(Invitrogen)在37°C孵育30分钟。在另外的磁铁应用后收集上清液。通过DNA酶I(Ambion)的作用去除残留DNA。在酶失活后，RNA片賴j皮乙醇沉淀并溶解在用补充有RNAseout(Ambion)的DPEC处理过的水中。随后利用随才几六聚体寡核香酸反转录(反转录TaqMan试剂盒，AppliedBiosystem)RNA片l殳。随后利用半-退化(semi-degenerative)引物PCR扩增获得的互补DNA。通常使用IO对引物。获得的扩增子可以通过在琼脂糖凝胶上电泳而可视化(图1、2和3)。异质扩增群体可以被观察到其类型和强度根据引物和所用样品而变化。这些扩增群被克隆入TOPOTA(Invitrogen)克隆载体用于在竟争性细菌(Invitrogen)的菌林中转化。菌落4皮转移到96孑L板并在补加氨比西4木的2XTY培养基中过4支培养。随后用甘油制剂(50%)贮存。通常96孔才反^皮在两个方向之一中的每对引物处理。这给出了4皮特征化的96x10x2=1920个菌落。1728个克隆^皮测序用于DATASn。1图语分析，1920个被克隆并测序用于DATASn。2图"i普分片斤，以及1920个被克隆并测序用于DATASn°3图语分析。4.生物-计算机^^^才斤表G总结了在三个图镨分析库中特征化的克隆的数量。定性为"单独物，，的克隆意味着这个克隆的序列4又在库中被鉴定到一次并且没有其它克隆包含这个序列。"蔟"指的是其序列交叠的克隆组。因此所述三个DATAS图i普分析产生1741个非冗余克隆。表G:在三个DATAS库中获得的克隆的特征<table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table>对1741个克隆进4于生物-计算才几化分对斤，以鉴定它们相关的基因和在相应核酸的/>共库中已知的剪4妄事^f牛。因此，1741个DATAS克隆能够与1170个不同的基因相联系，一些非交叠DATAS片段与同一基因的不同区域相关。5.用于微阵列构型的耙事件的选#^设计每个微阵列的剪接变体的表达的检测和定量化需要使用特定的探针构型。任何对照信使RNA/剪接变体对可以被模型化为长型/短型(图4)。因此，与外显子跳跃相关的剪接变体(或剪接变异体)将是相对于对照变体(variant)的短型。包含新型外显子或内含子保留的剪接变体将是相对于对照变体的长型。其它选择性剪接事件(5，或3'隐蔽剪接位点的使用)还可以以类似的方式被模型化。需要测量剪接变体表达的探针的组也示于表4中。这个组包括两个常^L的"外显子，，纟笨4十A和B和三个外显子-外显子型或外显子-内含子型的连接探针C、D和E。探针A测量两个亚型的表达，探针B、C和D测量长型的表达，探针E测量短型的表达。对于所有这些探针的设计，相应于DATAS片段的剪接事件的必须被鉴定，随后鉴定"耙"区域，从该区域探针被设计。相应于连4妄纟笨针C、D和E的靶序列被长度为30个核苷酸所限定，连接的每侧15个核香酸。因此可以通过10/15，11/14,12/13,13/12，14/11et15/10(标记/代表连接区域)类型的25个核苷酸的探针"覆盖"任何连接。对"外显子"探针A和B的约束不太严厉。对于长型(图4中的序列2)特异的附加序列和剪接位点上游的共同序列，限定用于这些具有最高限额为500个核苷酸的探针的靶序列，以便序列可以超过这个大小。靶序列的定义总结于图5中。因此，相应于1741个DATAS克隆的1170个基因用于鉴定，对于其中每一个，在序列的/>共数据库中保持的cDNAsetESTs,潜在地具有序列中定性的差别(剪接事件的来源)。所选的事件位于从DATAS片^:的5'或3，端小于100个核普酸处。2180个事件因此可以^皮选择并且在Excel文件中列出，其中描述提取数据的一部分在图6中给出。这些用于给出的事件的数据包括事件的鉴定号、事件类型、长和短型的登录号、靶序列A到E以及这些靶序列的大小。严格的质量控制被用于限定这些序列。关于一些核苷酸的模糊通过它们纟皮对照RNARefS叫、或从基因组DNA的相应核苷酸的替换来校正。所有的靶序列被重新排列以确定它们属于合适的短型或长型。6.探针和芯片的i殳计为了能够测量先前描述的2108个事件的表达，没计了定制的DNA芯片。在这个芯片上，每个事件被它的5个輩巴序列A-E特征化。对于每个序列A和B，设计了11对25个核苷酸的探针，而类型C、D或E的草巴序列用6对具有25个核香酸的纟笨4十才企测。探针对的含义是第一探针，其与源自靶转录物的cDNA之一完全杂交(称为用于完全匹配的PM探针)，以及第二探针，除了在探针中心的错配，与第一探针相同(即，用于错配的MM探针)。每个MM探针用于估计相应于非互补序列的两个核普酸片段之间的杂交的背景p桑音(Affymetrixtechnicalnote"StatisticalAlgorithmsReferenceGuide";Lipshutz,"a/(1999)Nat.Genet.1Suppl"20-24)。如果用于序列A和B的至少6个探针的设计或者用于C、D、和E的至少4个探针的设计是不可能的，这些序列不出现在定制的芯片上。所述位置可以由包含重复结构或"发卡"结构(连续或不连续的)的低复杂性的序列获得。对于A-E的少于30个核苷酸的序列大小还导致这些探针的排除。〗又仅高质量、定向在5，->3，方向上的序列用于根据Affymetrix规程进行的探针设计。7，cRNA的合成，获得并标记cDNA和断裂为了分析根据本发明的靶转录物的表达，包含在如上面纯化的总RNA中的mRNA的互-卜DNA(cDNA)，通过4吏用Klenow3，-5，画才亥卧臾夕卜t刀酶、100单4立的SuperscriptII反净争录酶(Invitrogen)、10单4立的RNA酶承卩制剂HSuperase陽IN(Ambion，Huntigdon,UK)和200pmol的包含T7启动子的"随机"引物(RP-T7-引物，Eurogenetec,Seraing,比利时)乂人400ng的总、RNA获4寻。由此获得的所有cDNA随后经历体外转录，利用MEGAscriptT7试剂盒(Ambion)在37°C进行16小时。由此获得的cRNA随后4吏用RNeasyMini试剂盒(Invitrogen)在柱上纯化，利用AGILENT2100生物分析4义分析获得的cRNA的质量。随后通过分光光度法量化纯化的cRNA,cRNA的溶液坤皮调整到1.24pg/plcRNA的浓度。26樣支克的cRNA随后被分派入两个Eppendorf管，3jig"随机"亏1物净皮力口入到每个管中。用800单4立的SuperScriptII(Invitrogen)和10单位的RNA酶H的抑制剂、在Klenow酶的存在下，在37°C进行反转录1小时。从这个方法获得的双链cDNA随后利用QIAquickPCR纯化试剂盒(Qiagen)一皮纯化并通过分光光度法^皮量化。分布在3个Eppendorf管中的16孩t克cRNA随后用每管0.6单位的DNA酶I在37°C断裂10分钟。利用2100生物分析4义(Agilent)4企验断裂的效果。随后每樣t克cDNA利用330单位的末端转移酶(RocheMolecularBiochemicals，Meylan，France)和1plDNA才示i己i式齐寸(DLR-la，5mM)[AffymetrixH吏用生物素在37。C标记断裂的cDNA达60分钟。断裂和标记的cDNA的全部最终遵循适于11pm芯片的标准杂交方案在定制Ufa(on)DNA芯片(称为《A520138F,参见实施例6)上^皮杂交。8.用于^L液样品诊断乳腺癌的表达图镨的证明8丄能够区别对照患者(s)和患有阶段i/n癌症的患者的转录体的表达图i普的i正明约2000个RNA的变体的表达(代表约800个基因)被分析并且在s患者和阶i殳i/n癌症患者之间净皮比较。为此目的，将源自每个才羊品的16|ug碎裂的cDNA加入杂交i爰沖液(Affymetrix)并且将200nl的这种溶液在表达芯片上在50。C接触16小时。为了记录最佳杂交和冲洗表现水平，4旦任《对照》的生物素化(bioB,bioC,bioD和cre)的RNA和寡核苦酸(oligoB2)也包括在杂交緩冲液中。在杂交步骤后，在芯片上杂交的生物素化的cDNA通过利用抗生蛋白链菌素-藻红蛋白溶液被显影并且利用抗-抗生蛋白链菌素抗体扩增该<言号。在《基因芯片杂交炉(GeneChipHybridisationoven)(Affymetrix)中进行杂交，并且紧4妄的是Affymetric方案的EukGE—WS2方案。在《FluidicsStation450(Affymetrix)上进4亍沖洗和显影步骤。随后在AffymetrixG3000GeneArray扫描仪下，分辨率为1.5微米时分析每个芯片，以确定芯片上的杂交区域的位置。这个扫描仪能够利用落射荧光显微镜技术检测被氩激光器激发后由荧光分子发射的信号。因此，对于每个位置，获得的信号与固定的cDNA的量成比例。随后利用基因芯片才喿作寿欠4牛(GeneChipOperatingSoftware)(GCOS1.2,Affymetrix)分才斤4言号。为了防止由于应用不同的芯片获得的变异，利用Bioconductor工具实施规格化方法，该工具能够协调对于每个芯片获得的原始数据的平均分布。在一个芯片上获得的结果可以随后与在另一芯片上获得的结果比较。GCOS1.2软件也可以包括统计算法以确定转录体表达还是未表达。从芯片的6242个探针组，代表约2000个转录物，发明人选择了相关转录物，其与乳腺癌的发展相关。排除了那些在大多数芯片大的变异的專争录物(Li2001,Bioinformatics,17:1131—1142)。利用称为《随才几森林算法》(http:〃ligarto.org/rdiaz/Papers/jornadas.bioinfo.randomForest.pdf)的数据挖掘技术进行区别EFS和CI/II(即阶段I/II癌症)患者的组之间的转录物的组的研究。除了利用随机森林算法的数据分析(其是多变量类型的分析)，所谓的《单变量》分析也用于鉴定在EFS和CI/II患者之间区别表达的那些转录物。这个称为SAM(微阵列的显著性分析,SignificanceAnalysisofMicroarrays)的分析主要基于Student'st检验的改良版，防止由具有低变异性的基因引入的偏倚。采用这种方法，可以控制单变量分析中假阳性基因的百分比。采用所有上述分析，可以i正明包括才艮据本发明的318个相关转录物的转录物的第一组(参见表l，SEQIDNos:1-318)。在表1中给出了与CI/II患者相比的健康患者(S)中观察到的每个转录物的表达中的提高或降低。发明人已经研究了318个转录物的同时表达以获得表达图谱。利用随机森林方法，90%的患者被正确分类。更精确地，37个对照中的32个和55个患者中的51个^皮正确分类，其相应于92.7%的灵敏度和86.4%的特异性。除了对92个初始样品的分析，进行另外的分析以验证上面鉴定的信号的相关性5个{建康对照和16个阶I殳I/11乳腺癌患者的独立的组经历盲法研究。独立的组的分析是最好的途径之一以;险测基因或寿争录物的1言号的预测4直(参见TheSMRSworkinggroup,NatBiotech2005，7:p.833國838)。基于序列SEQIDNos:1-318,随机森才木算法正确地分类出5个中的5个对照和16个中的13个患者(86%分类)。通过另外的杂交和分析实验，在188个患者中，119个另外的靶被鉴定，相应于序列SEQIDNO:319-437(参见表1)。8.2.100个标i己物的预测性组的鉴定(组7)录物的同时表达，以获得表达图谱。利用随机森林方法，89%的患者4皮正确的分类。更4青确;也，37个对照中31个和55个患者中51个4皮正确分类，其对应于92.7%的灵每丈度和83.7%的特异性。这些结果通过另外的分析技术，分层聚类分析，得到确认。在这个非监督的分析中，一个对照本身位于患者中(在红色点线的左侧，参见图7)，而10个患者出现在健康对照中(在红色点线的右侧)。图7示出了利用通过算法分析鉴定的100个基因的表达从55个患有早期乳腺癌(CI/II,也称为D)的患者和37个对照(健康供体)获得的血液样品的分层聚类分析。Spotfirel欠件的分层聚类功能组织了栏中的CI/II患者和对照、以及线中(enlignes)的基因，以便示出在相邻位置具有可比较的表达图谱的患者或基因。Pearson's相关系数用作用于基因和患者的相似度指数。所述结果相应在用《bioconductor工具正规/^的Affymetrix荧光水平。为了考虑基因之间的构成表达差异，通过计算约简的对准变量(variablecentrer6duite)使每个基因的表达水平正规化。低表达水平以白色示出，中等水平以灰色示出，最强的水平以黑色示出。树状图分支的高度指出了表达图谱之间的相似度指数。除了对92个初始样品的分析，还进行另外的分析以证实上面鉴定的信号的关联性在5个对照(健康者)和16个阶段MI乳腺癌患者的独立的组中进行盲法研究。基于最高100，随机森林算法正确i也分类了5个中的5个只t照和16个中的14个患者(90%的分类)。在这个具有ioo个标i己物基因的组合中，发明人i正明更小的ia也能够进行对照患者和乳腺癌患者之间的区分，如在下面的实施例中描述的。8.3.66个标记物的预测性组的鉴定(组6)发明人i正明了66个标记物的组合，基于序列SEQIDNos:5、7、13、14、16-20、23-28、47、51-55、58、64、69、80、81、88-90、116、121、125、137、139、145、148、158、160、161、164、188-191、208、222、225、228、229、236、240、242、245、248、252、280、281、284、290、298-300和309-312C参见表3)。采用这个组合，可以正确的分类超过80%的才羊品。8.4.53个标记物的预测性组的鉴定(组5)发明人还证明了53个标记物的组合，基于序列SEQIDNos:7、13、14、16-19、23-28、47、51-55、58、69、80、81、89、116、121、125、137、139、145、148、158、160、161、164、189、190、225、228、229、240、245、248、252、280、281、284、290、298-300、310和312。采用这个组合，可以正确的分类超过80%的样品。8.5.42个标记物的预测性组的鉴定(组4)发明人还证明了42个标记物的组合，基于序列SEQIDNos:13、16-19、23、26-28、47、51-55、58、69、80、81、89、116、121、125、145、148、158、160、161、164、189、190、225、229、240、248、280、281、284、299、300、310和312。采用这个组合，也可以正确的分类超过80%的冲羊品。8.6.22个标记物的预测性组的鉴定(组3)发明人ii明了22个标记物的组合，基于序列SEQIDNos:18、19、23、26、27、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、161、188、225、228、240、280和312。采用这个组合，也可以正确的分类超过76%的纟羊品。8.7.18个标记物的预测性组的鉴定(组2)发明人还证明了18个标记物的组合，基于表3中给出的靶序列SEQIDNos:18、19、23、26、51、52、53、54、55、69、80、125、145、148、225、228、240和312。采用这个组合，可以正确的分类超过76%的才羊品。这证实这18个标记物的表达分析是区别携带高风险的复发的患者和具有《氐风险的复发的患者的良好工具。减少的基因的组的《吏用特别适于获得;险测和预测工具。十来个标记物的表达分析不需要DNA芯片的定制制造，并且可以利用PCR或NASBA技术、或低密度芯片直接实施，其具有简化实施和相当经济的优点。8.8.标记物的预测性组的鉴定(组1和7-9)发明人证明了基于耙序列SEQIDNos:1-437的100、104和110个标记物的组合能够检测个体中乳腺癌的存在。这些组描述在表4中。组1包括与组7-9共同的全部序列。8.9.90个标记物的预测性组的鉴定(组10禾口11)通过在188个患者中进行的另外的杂交和分析实验，发明人证明了90个标记物的组合，基于序列SEQIDNos:11;12;18;23;51-53;59;60;105;148;150;191;195;206;225-227;229;280;281;308-310;312;327;343;360;367;377-437(参见表4)。利用这个组合，可以正确地分类86.1%的早期乳腺癌的样品。这个组中的基因对于早期乳腺癌是特异的。在另外的测试中，如上所述在定制芯片上分析釆自患有结肠癌的妇女的19个血液样品和来自患有转移性乳腺癌的妇女的20个血液样品。对于这两个疾病的每个，仅3名患者表现了包括在组10中的90个标记物的类似的表达。因此，84.2%(19个中的16个)结肠癌和85%(20个中的17个)转移性乳腺癌没有与早期乳腺癌混淆。组11包括与所有组1-10共同的所有序列，即，包括在SEQIDNo:23、52、53、148和225表示的序列的核酸(参见表4)。8.10.免疫反应的信号级联的鉴定本发明中鉴定的不同基因(其表达在患者中改变)的分析，表明它们属于细胞信号通路或共同调节机制中涉及的基因家族。尤其是，这个分析表明在免疫应答(先天或获得)中所用的信号级联中、以及尤其在由TLR的刺激引起的信息转导中、在细胞因子的分泌或淋巴细胞-T活化中涉及的众多基因。因此申请人限定了涉及或参与免疫反应的信号通路的基因的组，其形成用于癌症检测的所关注的把。这些组在表5和6中给出。表A:用于DATASn。l(PBMN)的选择用于早期乳&，癌组的样品<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>表B:用于DATASn°l(PBMN)的选择用于对照组的样品<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table>表C:用于DATASn°2(PBMO)的选择用于晚期乳腺癌组的样品<table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table>表E:用于DATASn°3(PBMP)的选择用于所有阶段的乳腺癌纟且的才羊品<table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>表l-在乳腺癌发展期间不同地表达的437个转录物的列表。<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage80</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage85</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage86</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage88</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage91</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage93</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage94</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage95</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage96</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage97</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage98</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage99</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage100</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage101</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table>变体SEQIDNos:308—318斗目应于4斤型ESTs表2-乳&泉癌重区别表达的IOO个标记物的组(组7)<table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage103</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage104</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage105</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage112</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage115</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table>表5.来自于乳腺癌患者血液才羊品图i普分4斤的DATAS库中鉴定的基因/转录物的列表，这些基因/转录物与免疫信号通路相关。<table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage130</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage132</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table>表6.与免疫信号通路相关的基因/转录物的列表<table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage135</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage137</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage139</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage142</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage144</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage146</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage147</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage148</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage149</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage150</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage151</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage152</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage153</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage154</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage155</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage156</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage157</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage158</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage159</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage160</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage161</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage162</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage163</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage164</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage165</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage166</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage167</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage168</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage169</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage170</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage171</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage172</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage173</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage174</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage175</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage176</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage177</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage178</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage179</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage180</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage181</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage182</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage183</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage184</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage185</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage186</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage187</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage188</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage189</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage190</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage191</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage192</column></row><table>权利要求1.用于检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在所述哺乳动物的生物样品中检测a)包含SEQIDNo23、52、53、148和225(组11)所示的序列，或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段的核酸，和/或b)具有与根据a)的序列互补的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的根据a)或b)的核酸的功能类似物，和/或d)由根据a)到c)的核酸编码的多肽，所述样品中这些靶分子的存在、缺乏或(相对)量是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，根据a)的所述核酸选自包含表4中組l-10之一中给出的序歹'J、或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片4殳的核酸。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，根据a)的所述核酸包括包含表4中组10中给出的序列、或者具有至少15、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片l殳的核酸。4.离体或体外检测哺乳动物中癌症存在或发展风险的方法，包括测定所述哺乳动物的生物样品中，优选血液(来源)样品中涉及TLR的刺激、细胞因子的分泌、或T-淋巴细胞的活化的基因或RNA中的改变的存在(或缺乏)，所述基因或RNA有利地选自受体、适配体、酶、基因表达调节中涉及的因子、趋化因子、细月包因子和白介素，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。5.根据权利要求4所述的方法，包括测定所述哺乳动物的生物样品中，优选血液(来源)样品中表5中所示的至少一个、优选至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个基因或相应RNA的改变，尤其是所述基因或RNA的剪接的改变的存在(或缺乏)，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。6.才艮据纟又利要求4所述的方法，包括测定所述哺乳动物的生物样品中，优选血液(来源)样品中表6中所示的至少一个、优选至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个基因或才目应RNA的改变，尤其是所述基因或RNA的剪接的改变的存在(或缺乏)，所述改变的存在是这个哺乳动物中癌症存在或发展风险的指征。7.才艮据前述4又利要求中任何一项所述的方法，包4舌通过选4奪性杂交或选择性扩增检测核酸的存在或缺乏。8.根据前述权利要求的任何一项权利要求所述的检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在允许互补序列之间的杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液才羊品的核酸与一组对于选自下列的一组靶分子特异的探针接触a)权利要求1和2中限定的组1到11之一的核酸，或具有至少15个、4尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续石咸基的其特异性片段，和/或b)具有与才艮据a)的序列互补的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中癌症的存在或发展风险的特征。9.根据权利要求8所述的方法，包括在允许互补序列之间的杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液才羊品的核酸与一组对于下列靶分子特异的探针接触a)组11的核酸或具有至少15个、优选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段，和/或b)具有互补于才艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的才艮据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得杂交图谱，所述杂交图谱是这个哺乳动物中癌症的存在或发展风险的特征。10.根据权利要求5所述的方法，包括在允许互补序列之间的杂交的条件下，将源自所述哺乳动物的血液样品的核酸与一组对于表5和6中所示的至少两个基因或相应RNA特异的探针接触。11.根据权利要求8到10的任何一项所述的方法，其特征在于，所述探针固定在载体上。12.根据权利要求1到8的任何一项所述的检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险的方法，包括在允许扩增反应的条件下，将源自所述哺乳动物的血'液才羊品的纟亥酸与一组^f于选自下列的一组靶分子特异的引物接触a)斗又利要求1和2中限定的组1到11之一的核酸，或具有至少15个、<尤选至少16、17、18、19、20、25或30个连续碱基的其特异性片段，和/或b)具有互补于4艮据a)的序列的序列的核酸，和/或c)源自其它物种的根据a)或b)的核酸的功能类似物，以获得扩增图语，所述扩增图谱是这个哺乳动物中癌症的存在或发展风险的特征。13.4艮据4又利要求6或7所述的方法，包括在允许扩增反应的条件下，将源自所述哺乳动物的血液样品的核酸与一组对于表5和6中所示的至少两个基因或相应RNA特异的引物接触。14.4艮据权利要求1到7的任何一项所述的方法，包括通过特异性抗体或其片段或衍生物检测由所述基因或RNA编码的多肽的存在或缺乏。15.根据前述权利要求的任何一项所述的方法，其特征在于，所述才羊品是血液来源的々羊品，优选全血才羊品。16.4艮据前述4又利要求的任何一项所述的方法，以4企测阶,殳I或I1的早期乳腺癌的存在。17.根据权利要求1到15的任何一项所述的方法，以检测通过乳^>造影法无法4企测的早期乳腺癌的存在。18.对于如权利要求1到8的任何一项中限定的耙核酸特异的核酸探针的应用，所述探针包括15到400个石咸基，用于人类个体中癌症的体外才企测。19.能够扩增如片又利要求1到7的任何一项中限定的耙核酸的全部或部分的核酸引物的应用，所述引物为具有5到50个碱基的长度的单链，用于人类个体中癌症的体外4全测。20.包括其上固定有至少两个不同的核酸4笨针的载体的产品，所述核酸揮:针包括互补于和/或特异于至少两个不同的包含至少两个选自SEQIDNO:1-437的序列的革巴核酸的序列，或互补于和/或特异于表5或6中示出的至少一个基因或RNA的序列。21.才艮据片又利要求20所述的产品，包括其上固定有至少一组不同的核酸纟笨针的载体，所述核酸撰:针包含互补于和/或特异于权利要求1中限定的组1到11之一的核酸的序列。22.根据权利要求20的产品的应用，用于离体或体外检测哺乳动物中癌症的存在或发展风险。23.根据权利要求21的产品的应用，用于离体或体外检测哺乳动物中乳腺癌的存在或发展风险。全文摘要本申请涉及可以用于检测哺乳动物，尤其是人类的癌症的方法和组合物。它特别描述了癌症的血清标记物及它们在诊断方法中的应用。它还涉及可以用于实施这些方法的工具和/或试剂盒(试剂、探针、引物、抗体、芯片、细胞等)、它们的制备及它们的应用。本发明可以用于检测哺乳动物的癌症，尤其是乳腺癌(包括早期乳腺癌)的存在或进展。文档编号C12Q1/68GK101365802SQ200680046433公开日2009年2月11日申请日期2006年10月26日优先权日2005年10月28日发明者亚历山大·克劳泽,劳伦特·布拉科,布鲁诺·穆然,法比安·施魏格霍费尔,菲利普·莱斯纳,马利克·帕耶申请人:生物梅里埃股份公司;埃克森西特治疗学股份公司