用于诊断食管癌的组合物及方法

专利名称：用于诊断食管癌的组合物及方法
技术领域：
本发明涉及用于诊断(即检测、确定或预测)食管癌及食管癌转移的组合物、利用该组合物检测、确定或预测食管癌的存在或转移的方法、及使用了该组合物的食管癌及食管癌转移诊断用试剂盒。
背景技术：
食管是连接咽和胃的管腔状器官，大部分存在于胸腔，一部分存在于颈部和腹腔。 在胸腔上部，食管位于气管和脊椎之间，在胸腔下部，食管被心脏、大动脉和肺包围。食管具有将从口摄入的食物输送到胃的作用。2001年日本人的癌死亡率为10万人中有238. 8人。死亡原因中食管癌所占的比例逐年增加，2001年男性的食管癌死亡例占到所有癌症死亡例的5. 0%、女性占到1. 4%0 食管癌的发病年龄的高峰在60 70岁，男性发病较多。另外，吸烟、饮酒、嗜好热食品等环境因素与发病密切相关。并且，一般认为由于在食管壁内部或周围，血管和淋巴管丰富，所以发生的癌症多出现转移。食管癌的治疗根据进展程度(日本食管疾病研究会编临床 病理食管癌治疗规范 1999年)或转移、及全身状况而决定。食管癌的标准治疗方法记载于日本食管疾病研究会编“食管癌治疗方针”(2002年)。目前最普通的治疗方法是手术疗法，即切除含有癌细胞的食管和包括淋巴结的周围组织(淋巴结清扫(lymph node dissection))，并利用胃等其他器官重建食管。但是，手术疗法、特别是大范围的淋巴结清扫给患者带来很大的负担，还必须考虑手术后的生活质量评分OiOL)降低的问题。对于粘膜内的早期癌症，有时可以在内窥镜下实施粘膜剥除术。另外，从根治疗法、对症疗法两方面考虑，有时可以进行放射线照射。还可以与手术疗法或放射线疗法组合，进行化学疗法。目前，一般认为在化学疗法中， 并用5-氟尿嘧啶和顺钼的治疗方法是最有效的。食管癌通常是在患者感觉吞咽时有不适感、吞咽困难、胸骨后部疼痛及胸部不适感等自觉症状进行就诊时被发现。但是，上述症状的出现是由癌在食管内生长导致的，患者因自我检测而就诊时发现的癌已经扩散或转移到食管壁外，通常预后不良。所以，手术时一般清扫食管周围的淋巴结，此时如果能预见癌是否发生转移，则可以在术前准确决定清扫范围或限定清扫范围，从而有助于术后患者的Q0L。食管癌可以通过食管造影检查、内窥镜检查及活组织检查进行确定。在进行内窥镜检查时或手术时采集活组织检查标本，制作病理标本，并且通过病理组织学分类加以诊断。此时，需要开发一种快速简便的诊断方法，该方法能根据内窥镜检查得到的细胞的性质预测癌是否向食管外转移。
至今为止，已有人提出使用食管癌组织中特异性含有的标记物的分子生物学诊断方法。该方法能快速地得到客观的结果，有助于快速诊断。目前，作为食管癌临床检查用标记物，除了使用作为血清中的蛋白质标记物的 SCC、CYFRA21-1、CEA等之外，还报道了专利文献1、2中记载的蛋白质等。但是，上述标记物缺少灵敏度、特异性，即使是灵敏度最高的CYFRA21-1，其灵敏度也只是33. 9% (非专利文献1) 43. 9% (非专利文献幻左右。所以，尚不能达到通过对上述血清中的标记物及其组合进行检测来确定食管癌细胞是否存在的阶段，使用上述标记物也不能诊断食管癌的转移。另一方面，作为使用了用于特异性判断从受试者采集的活检试样中是否含有食管癌细胞的基因的标记物，公开了染色体异常(例如参见专利文献3，4)或基因的后生序列 (epigenetic sequences)(例如专利文献5)，除此之外，还报道了多个利用DNA芯片全面解析基因表达的结果(例如，参见非专利文献3 8)。另外，作为以单独的基因表达作为指标的标记物，报道了专利文献6、非专利文献9、10中记载的SPRR3基因(Small proline-rich protein 3)、非专利文献11中记载的fgf3基因、专利文献6、非专利文献12中记载的CSTB 基因(cystatin BUiver thiol proteinase inhibitor)、专利文献 7 中记载的 UCP2 基因 (mitochondrial uncoupling protein 2)、专禾丨J文献 6 中记载的 UPK IA 基因(uroplakin 1A)、非专利文献 13 中记载的 HSPA IB 基因(Heat Shock 70kDa Protein 1)等。专利文献1 特开2003-259872号公报专利文献2 特表2000-511536号公报专利文献3 特开2001-17200号公报专利文献4 特开2002-272497号公报专利文献5 特表2004-505612号公报专利文献6 国际公开第2003/042661号说明书专利文献7 国际公开第2003/076594号说明书非专利文献 1 :Nakamura，T.等，1998，Diseases of the Esophagus，第 11 卷， p. 35-39非专利文献2 :Kawaguchi，H.等，2000，Cancer，第 89 卷，p. 1413-1417非专利文献3 :Luo, Α.等，2004 年，Oncogene，第 23 卷，p. 1291-1299非专利文献4:Zhi，H.等，2003年，International Journal of Cancer，第 106卷， p. 327-333非专利文献5 :Lu, J.等，2001 年，International Journal of Cancer，第 91 卷， p. 288-294非专禾Ij文献 6 :Kazemi-Noureini，S.等，2004 年，World Journal of Gastroenterology,第 10 卷，p.1716-1721非专利文献7 :Xu, S. H.等，2003 年，World Journal of Gastroenterology，第 9 卷，p. 417-422非专利文献8 :Su, H.等，2003 年，Cancer Research,第 63 卷，p. 3872-3876非专利文献9 =Chen, B. S.等，2000 年，Carcinogenesis，第 21 卷，ρ· 2147-2150非专利文献10 =Abraham, J. Μ.等，1996 年，Cell Growth & Differentiation，第7 卷，p. 855-860非专利文献11 :Kitagawa,Y.等，1991 年，Cancer Research，第51 卷，p. 1504-1508非专利文献 12 =Shiraishi, T.等，1998 年，International Journal of Cancer, 第 79 卷，p. 175-178非专利文献13 Kawanishi, K.等，1999 年，Cancer，第 85 卷，p. 1649-1657

发明内容
但是，由于上述现有的指标缺少特异性及/或灵敏性，或尚未确立从生物试样中有效地检出的方法，所以通常不应用于临床，另外，认为目前还不能使用诊断标记物检测作为决定患者预后的重要因素的食管癌是否转移。所以迫切希望开发出特异性及灵敏性高的食管癌转移的标记物。本发明的目的在于提供在食管癌的诊断、食管癌转移的诊断、及食管癌的治疗中有用的疾病确定用组合物、试剂盒或DNA芯片。本发明的目的还在于提供使用上述组合物、试剂盒或DNA芯片检测、确定或预测食管癌的存在或转移的方法。作为寻找标记物的方法，可以举出以下方法通过某种方法对食管癌细胞和非癌细胞中的基因表达或蛋白质表达、或细胞代谢产物等的量进行比较的方法；或对食管癌患者和非癌患者的体液中含有的基因、蛋白质、代谢产物等的量进行测定的方法；通过某种方法对食管癌细胞中的、来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞、和来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞中的基因表达或蛋白质表达、或细胞代谢产物等的量进行比较的方法；对转移性食管癌患者和非转移性食管癌患者体液中含有的基因、蛋白质、 代谢产物等的量进行测定的方法等。近年来，使用DNA阵列进行的基因表达量解析，被特别广泛地用作寻找上述标记物的方法。DNA阵列中固定有使用了对应于数百至数万种基因的碱基序列的探针。通过将受试试样添加到DNA阵列中，试样中的基因与探针结合，利用某种方法测定结合量，由此可以知道受试试样中的基因量。对应于固定在DNA阵列上的探针的基因可以自由选择，另外， 使用来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞和来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞作为受试试样，通过比较试样中的基因表达量，能判定可以作为食管转移癌标记物的基因组。为了解决上述课题，本发明人等取得了以下发现利用DNA阵列解析食管癌组织及非癌组织的基因表达，发现了可用于食管癌的检测标记物的基因，并且发现食管癌组织与非癌组织相比，该基因表达量显著变化；在食管癌患者的血浆中存在被特异性地检测出的蛋白质标记物，而在健康人的血浆中不存在上述蛋白质标记物；以及利用DNA阵列解析来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌组织和来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌组织的基因表达，发现了可用作食管癌转移的检测标记物的基因，来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞与来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌细胞相比，该基因的表达量显著变化。本发明人等基于上述发现完成了本发明。1.发明概要本发明具有以下特征。
(1) 一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在或转移的组合物，其中含有选自下述I组、II组及/或III组中的1种或2种以上探针，I组由以下(a) (e)组成的多核苷酸，(a)由序列号1 46表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、或其含有15个以上连续碱基的片段，(b)含有序列号1 46表示的碱基序列的多核苷酸，(c)由与序列号1 46表示的碱基序列互补的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、或其含有15个以上连续碱基的片段，(d)含有与序列号1 46表示的碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸，及(e)在严格条件下与上述(a) (d)中任一种多核苷酸杂交的多核苷酸、或其含有 15个以上连续碱基的片段，II组由以下(f) (j)组成的多核苷酸，(f)由序列号142 155、157 161表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、 或其含有15个以上连续碱基的片段，(g)含有序列号142 155、157 161表示的碱基序列的多核苷酸，(h)由与序列号142 155、157 161表示的碱基序列互补的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、或其含有15个以上连续碱基的片段，(i)含有与序列号142 155、157 161表示的碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸，及(j)在严格条件下与上述(f) (i)中的任一种多核苷酸杂交的多核苷酸、或其含有15个以上连续碱基的片段，III群由以下(k) (m)组成的抗体、其片段或化学修饰衍生物，(k)与由序列号1 46表示的碱基序列编码的多肽、或具有序列号95 140表示的氨基酸序列的多肽、它们的变异体、或它们的片段中的至少1个特异性结合的抗体、该抗体的片段或化学修饰衍生物，(1)与由序列号142 155、157 161表示的碱基序列编码的多肽、或具有序列号 182 195、197 201表示的氨基酸序列的多肽、它们的变异体、或它们的片段中的至少1 个特异性结合的抗体、该抗体的片段或化学修饰衍生物，及(m)与具有序列号202 232表示的氨基酸序列的多肽、其变异体、或其片段中的至少1个特异性结合的抗体、该抗体的片段或化学修饰衍生物。(2)⑴所述的组合物，其中，利用所述I组及III组(k)的各探针能检测、确定或预测食管癌的存在或转移。(3)⑴所述的组合物，其中，利用所述II组及III组⑴、(m)的各探针能检测、 确定或预测食管癌的存在。(4) (1)所述的组合物，其中，所述多核苷酸是DNA或RNA。(5) (1)所述的组合物，其中，所述I组及II组中的片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。(6) (1)所述的组合物，其中，所述I组及II组中的片段是序列号1 46、142 155、157 161中任一个表示的碱基序列中，分别含有序列号48 93、162 175、177 181中任一个表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸的序列互补的碱基序列的多核苷酸。(7) (1)所述的组合物，其中，所述I组及II组中的片段是含有序列号48 93、 162 175、177 181中任一个表示的碱基序列、或与上述碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。(8) (1)所述的组合物，在该组合物中，除所述I组的探针以外，还含有由序列号47 表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。(9) (8)所述的组合物，其中，所述片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。(10) (8)所述的组合物，其中，所述片段是序列号47表示的碱基序列中含有序列号94表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸序列互补的碱基序列的多核苷酸。(11) (8)所述的组合物，其中，所述片段是含有序列号94表示的碱基序列、或与该碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。(1 权利要求1所述的组合物，在该组合物中，除所述II组的探针以外，还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。(13) (12)所述的组合物，其中，所述片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。(14) (12)所述的组合物，其中，所述片段是序列号156表示的碱基序列中，含有序列号176表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸的序列互补的碱基序列的多核苷酸。(15) (12)所述的组合物，其中，所述片段是含有序列号176表示的碱基序列、或与其互补的碱基序列的多核苷酸。(16) (1)所述的组合物，在该组合物中，除所述III组(m)的探针以外，还含有与序列号233表示的多肽、其变异体或其片段中的至少1个特异性结合的抗体、该抗体的片段或化学修饰衍生物。(17) (1)所述的组合物，其中，所述多肽或变异体的片段含有由至少7个氨基酸组成的表位。(18) (1)所述的组合物，其中，所述抗体是多克隆抗体、单克隆抗体、合成抗体、重组抗体、多特异性抗体或单链抗体。(19) (1)所述的组合物，所述组合物单独或组合含有选自所述I组及/或II组、或 III组中的2种以上探针。(20) 一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在或转移的试剂盒，其中含有选自权利要求1定义的I组、II组及/或III组中的1种或2种以上探针。(21) (20)所述的试剂盒，其中，还含有序列号47表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。(22) (20)所述的试剂盒，其中，还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。(23) 00)所述的试剂盒，其中，所述多核苷酸是序列号1 46、47中任一个表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段。(24) (20)所述的试剂盒，其中，所述多核苷酸是序列号142 155、156、157 161 中任一个表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与上述多核苷酸杂交的多核苷酸、或上述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段。(25) (20)所述的试剂盒，其中，所述I组及II组中的片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。(26) (20)所述的试剂盒，其中，所述I组中的片段是在含有序列号1 46、47中任一个表示的碱基序列的60个以上连续碱基的多核苷酸中分别含有序列号48 93、94中任一个表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸序列互补的碱基序列的多核苷酸。(27) (20)所述的试剂盒，其中，所述II组中的片段是在含有序列号142 155、 156、157 161中任一个表示的碱基序列的60个以上连续碱基的多核苷酸中分别含有序列号162 175、176、177 181中任一个表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸序列互补的碱基序列的多核苷酸。(28) (20)所述的试剂盒，其中，所述I组或II组中的片段是含有序列号48 93、 94、162 175、176、177 181中任一个表示的碱基序列、或与上述碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。(29) (20)所述的试剂盒，其中，所述I组或II组中的片段是由序列号48 93、94、 162 175、176、177 181中任一个表示的碱基序列组成的多核苷酸。(30) (20)所述的试剂盒，其中含有2种以上至全部的含有序列号48 93、94表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。(31) (20)所述的试剂盒，其中含有2种以上至全部的含有序列号162 175、176、 177 181表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。(32) (20)所述的试剂盒，其中，所述探针单独或组合包装在不同容器中。(33) 一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在或转移的DNA芯片，其中含有选自权利要求ι定义的I组及/或II组中的1种或2种以上探针。(34) (33)所述的DNA芯片，其中还含有由序列号47表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体及/或其片段。(35) (33)所述的DNA芯片，其中还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体及/或其片段。(36) (33)所述的DNA芯片，其中含有2种以上 全部的含有序列号48 93、94表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。(37)(33)所述的DNA芯片，其中含有2种以上 全部的含有序列号162 175、 176,177 181表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。(38) 一种体外检测、确定或预测食管癌的存在或转移的方法，该方法包括使用选自权利要求1定义的I组、II组及/或III组中的探针体外测定来自受试者的生物试样中的1种或多种食管癌相关靶核酸的存在或存在量或表达量。
(39) (38)所述的方法，其中，使用DNA芯片进行所述测定。(40) (38)所述的方法，其中，以相对于对照试样的变化为指标检测、确定或预测所述食管癌的存在或转移。(41) (38)所述的方法，其中，通过免疫学方法进行所述测定。(42) (41)所述的方法，其中，所述通过免疫学方法进行的测定是使用所述III组的抗体、其片段或其化学修饰衍生物进行测定。(43) (42)所述的方法，其中，所述抗体、其片段、或其化学修饰衍生物被标记。(44) (38)所述的方法，其中，所述生物试样是来自食管的组织或细胞、血液、血浆、 血清、或尿。(45) 一种体外检测、确定或预测食管癌的存在或转移的方法，该方法包括使用 (1) (19)中任一项所述的组合物、(20) (32)中任一项所述的试剂盒、或(33) (37) 中任一项所述的DNA芯片体外测定来自受试者的生物试样中的1种或多种食管癌相关靶核酸的存在或存在量或表达量。(46) 一种检测、确定或预测食管癌的转移的方法，该方法包括以下步骤第1步骤，使用选自(1)定义的I组中的探针、或含有该探针的(1) (19)中任一项所述的组合物、00) (32)中任一项所述的试剂盒、或(33) (37)中任一项所述的DNA芯片，体外测定多个生物试样中的食管癌相关靶核酸的表达量，所述生物试样是已知含有伴随转移 (即转移性)的食管癌或不伴随转移(即非转移性)的食管癌细胞的组织；第2步骤，以该第1步骤中得到的该靶核酸的表达量的测定值作为训练样本制作辨别式(支持向量机 (Support Vector Machine))；第3步骤，与第1步骤相同地体外测定来自受试者食管的生物试样中的该靶核酸的表达量；第4步骤，将第3步骤中得到的该靶核酸的表达量的测定值代入该第2步骤中得到的辨别式，基于由该辨别式得到的结果，判断生物试样中不含有伴随转移的癌细胞及/或含有不伴随转移的癌细胞。(47) 一种检测食管癌的方法，该方法包括以下步骤第1步骤，使用选自(1)中定义的II组的探针、或含有该探针的(1) (19)中任一项所述的组合物、(20) (32)中任一项所述的试剂盒、或(33) (37)中任一项所述的DNA芯片，体外测定多个生物试样中的靶核酸的表达量，所述生物试样是已知含有食管癌细胞的组织或正常组织；第2步骤，以该第1步骤得到的该靶核酸的表达量的测定值作为训练样本制作辨别式(支持向量机)；第 3步骤，与第1步骤相同地体外测定来自受试者的食管的生物试样中的该靶核酸的表达量； 第4步骤，将第3步骤中得到的该靶核酸的表达量的测定值代入该第2步骤中得到的辨别式中，基于由该辨别式得到的结果，判断生物试样中含有癌细胞或不含有癌细胞。(48)选自(1)定义的I组、II组及/或III组中的探针、或含有该探针的(1) (19)中任一项所述的组合物、(20) (32)中任一项所述的试剂盒、或者(33) (37)中任一项所述的DNA芯片用于体外检测、确定或预测来自受试者的生物试样中的食管癌的存在或转移的使用方法。2.定义本说明书中使用的术语具有以下定义。在本说明书中，“探针”是指能与作为食管癌相关标记物的特定基因类或编码该基因类的多肽类结合的核酸、抗体或二者的相当物，用于检测、确定或预测食管癌的存在或转移。在本说明书中只要没有特别说明，核酸、多核苷酸、氨基酸、肽、多肽、蛋白质等术语的意思及其简写符号所表达的含义是本领域中的惯用意思及含义。在本说明书中，“多核苷酸”是指包括RNA及DNA在内的核酸。需要说明的是，上述 DNA包括cDNA、基因组DNA及合成DNA。上述RNA包括总RNA、mRNA、rRNA、及合成RNA中的任一种。另外，本说明书中多核苷酸可以与核酸互换使用。在本说明书中，“cDNA”包括与基因表达生成的RNA互补的序列的全长DNA链、及由其部分序列组成的DNA片段。cDNA可以通过以RNA为模板，利用使用聚T引物的RT-PCR(逆转录酶-聚合酶链反应)进行合成。在本说明书中，“基因”不仅包括双链DNA，还包括构成双链DNA的正链(或有意义链)或互补链(或反义链)等各单链DNA。另外，对其长度无特别限定。所以，在本说明书中，在没有特别说明的情况下，“基因”是指包括人类基因组DNA在内的双链DNA、包括cDNA 在内的单链DNA (正链)、具有与该正链互补的序列的单链DNA (互补链)、及上述DNA的片段中的任一种。另外，该“基因”不仅包括以特定的碱基序列(或序列号)表示的“基因”， 还包括编码与由上述基因编码的蛋白质的生物学功能相同的蛋白质的“基因”，所述蛋白质例如可以举出同源物(即homolog)、剪接变体等变异体、及衍生物。作为编码同源物、变异体或衍生物的“基因”，具体可以举出具有在后述的严格条件下与上述序列号1 47、142 161等表示的任一特定碱基序列的互补序列杂交的碱基序列的“基因”。例如，作为来自人的蛋白质的同源物(即homolog)或编码该同源物的基因，可以举出与该蛋白质或编码该蛋白质的人基因对应的其它生物种的蛋白质或基因，上述蛋白质或基因同源物可以通过 homoloGene (http //www. ncbi. nlm. nih. gov/homoloGene/) 鉴定。具体而言，可以将特定的人类氨基酸或碱基序列代入BLAST程序(BLAST program) (Karlin, S.等，Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A. , 1993 年， 第 90 卷，p. 5873-5877，http://www. ncbi. nlm. nih. gov/BLAST/)，得到一致(得分最高、E值为0且同一性显示为100% )序列的登录号(accession number)。作为BLAST 程序，已知有BLASTN(基因)、BLASTX(蛋白质)等。例如，进行基因检索时，将从上述 BLAST 检索得到的登录号输入 UniGene (http://www. ncbi. nlm. nih. gov/UniGene/)，得到 UniGeneClusterID (以 Hs.表示的编号)，将得到的 UniGeneClusterID 输入homoloGene。从作为结果得到的表示其它生物种基因与人类基因的基因同源物的相关性的列表中选择其它生物种的基因作为与由特定碱基序列表示的人类基因对应的基因同源物。在该方法中， 可以使用 FASTA 程序(http //www. ddbj. nig. ac. jp/search/fasta-e. html)代替 BLAST 程序。需要说明的是，对“基因”的功能区域没有限定，例如可以包括表达控制区域、编码区域、外显子或内含子。在本说明书中，“转录产物”是指以基因的DNA序列为模板合成的信使RNA(mRNA)。 RNA聚合酶与位于基因上游的被称为启动子的部位结合，使核糖核苷酸与3’末端结合，使其与DNA的碱基序列互补，合成信使RNA。该信使RNA中不仅含有基因自身，还含有包括表达控制区域、编码区域、外显子或内含子在内的从转录起点至聚A序列末端的全长序列。在本说明书中，“翻译产物”表示无论转录合成的信使RNA接受/不接受剪接等修饰，都基于其信息而合成的蛋白质。在信使RNA的翻译过程中，首先，核糖体与信使RNA结合，然后，根据信使RNA的碱基序列结合氨基酸，从而合成蛋白质。在本说明书中，“引物”包括能特异性识别、扩增基因表达产生的RNA或来自该RNA 的多核苷酸的连续的多核苷酸及/或与其互补的多核苷酸。此处，互补的多核苷酸(互补链、反链)是指基于A:T(U)、G:C的碱基配对，与由序列号定义的碱基序列组成的多核苷酸的全长序列、或其部分序列(此处，为了便于说明，将上述序列称为正链)具有碱基互补关系的多核苷酸。其中，所述互补链不只限于形成与作为对象的正链的碱基序列完全互补的序列，也可以是具有能与作为对象的正链在严格条件下杂交的程度的互补关系的序列。在本说明书中，“严格条件”是指相对于探针对其它序列的杂交，探针以可检测性更大的程度(例如，比背景至少大2倍)与其靶序列杂交的条件。严格条件具有序列依赖性，因进行杂交的环境的不同而不同。通过控制杂交及/或清洗条件为严格条件，可以鉴定与探针100%互补的靶序列。在本说明书中，“变异体”为核酸时，是指起因于多型性、突变、转录时的选择剪接等的天然变异体、或以遗传密码的简并为基础的变异体、或在序列号1 47、142 161等表示的碱基序列或其部分序列中缺失、置换、添加或插入1个以上、优选1个或几个碱基的变异体、或与该碱基序列或其部分序列具有约80%以上、约85%以上、约90%以上、约95% 以上、约97%以上、约98%以上、约99%以上的同源性百分比的变异体、或在上述定义的严格条件下与含有该碱基序列或其部分序列的多核苷酸或寡核苷酸杂交的核酸，另一方面， 变异体为蛋白质或肽时，是指在序列号95 141、182 201、202 233等表示的氨基酸序列或其部分序列中缺失、置换、添加或插入1个以上、优选1个或几个氨基酸的变异体、或与该氨基酸序列或其部分序列具有约80%以上、约85%以上、约90%以上、约95%以上、约 9 7 %以上、约9 8 %以上、约9 9 %以上的同源性百分比的变异体。在本说明书中，“数个”是指约10、9、8、7、6、5、4、3或2个的整数。在本说明书中，“同源性百分比”可以使用由上述BLAST或FASTA得到的蛋白质或基因检索系统，导入或不导入空位(gap)而进行确定(Karlin，S.等，1993年，Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.,第 90 卷，p. 5873-5877 ;Altschul, S. F.等， 1990 年，Journal of Molccular Biology，第 215 卷，p. 403-410 ;Pearson，W. R.等，1988 年，Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.,第 85 卷，p.2444-2448)。在本说明书中，“衍生物”为核酸时，是指通过荧光团等进行标记的衍生物、含有修饰核苷酸(例如，含有卤素、甲基等烷基、甲氧基等烷氧基、硫代、羧甲基等基团的核苷酸， 及进行了碱基的再构建、双键的饱和、脱氨基化、硫分子对氧分子的取代等的核苷酸等)的衍生物等，另一方面，“衍生物”为蛋白质时，是指通过酶、荧光团、放射性同位素等标记产生的标记化衍生物、或乙酰化、酰化、烷基化、磷酸化、硫酸化、糖基化衍生物等化学修饰衍生物。在本说明书中，“诊断用组合物”或“疾病确定用组合物”等术语，是指为了诊断、 检测、确定或预测是否罹患食管癌或食管癌是否转移(或转移的可能性)、发病程度或是否改善或改善程度，或为了筛选对食管癌的预防、改善或治疗有用的候补物质，而直接或间接使用的组合物。其中，包括能特异性识别或结合下述基因的核酸、寡核苷酸及多核苷酸，所述基因与食管癌的罹患或转移相关、在生物体内特别是在食管组织内的表达发生变化或变动，还包括能检测作为该基因翻译产物的蛋白质的抗体等。上述核酸、寡核苷酸及多核苷酸基于上述性质，可以有效地用作探针或引物，所述探针用于检测在生物体内、组织或细胞内等表达的上述基因，所述引物用于扩增在生物体内表达的上述基因。在本说明书中，成为检测·诊断对象的“生物组织”是指伴随食管癌的发生，本发明的基因表达发生变化的组织。具体是指食管组织、其周围的淋巴结、及怀疑发生转移的其它器官等。在本说明书中，成为检测·诊断对象的“生物试样”是指从生物体中采集的含有或怀疑含有伴随食管癌的发生而出现的靶多肽的试样。在本说明书中，“特异性结合”是指抗体或其片段只与本发明的靶多肽、其变异体或其片段形成抗原-抗体复合体，而与其它肽性或多肽性物质实质上不形成复合体。此处， “实质上”是指虽然程度小，但能引起非特异性复合体的形成。在本说明书中，“表位”是指在本发明的靶多肽、其变异体或其片段中，具有抗原性或免疫原性的部分氨基酸区域(抗原决定基)。表位通常由至少5个氨基酸、优选至少7个氨基酸、更优选至少10个氨基酸组成。本说明书中使用的“AXL基因”或“AXL”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号1)表示的AXL受体酪氨酸激酶(AXL receptor Tyrosine Kinase)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号1中记载的AXL基因(GenBank登录号NM_021913)或其它生物种同源物等。AXL基因可以根据 0，Bryan, J. P.等，1991 年，Molecular Cellar Biology，第 11 卷，p. 5016-5031 中记载的方法得到。本说明书中使用的“ C6orK4基因”或“ C6orf54 ”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号幻表示的染色体6开放阅读框M基因 (Chromosome 6 open reading frame 54 gene) (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因 (DNA)。具体包括序列号2中记载的C6orK4基因(GenBank登录号NM_014354)或其它生物种同源物等。C6orf54基因可以通过Minaguchi，T.等，1999年，DNAResearch.第6卷， p. 131-136中记载的方法得到。本说明书中使用的IBTBll基因”或“ZBTB11”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号3)表示的含锌指结构和BTB域11基因(zinc finger and BTB Domain Containing llgene) (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。 具体包括序列号3中记载的^TBll基因(GenBank登录号NM_014415)或其它生物种同源物等。ZBTBll基因在1996年被Tang，C. M.等克隆。本说明书中使用的“TNFRSF14基因”或“TNFRSF14”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号4)表示的肿瘤坏死因子受体超家族，成员14基因(tumor necrosis Factor receptor superfamily,member 14 gene) (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号4中记载的TNFRSF14基因(GenBank登录号NM_003820)或其它生物种同源物等。TNFRSF14基因可以通过Montgomery，! . I.等，1996 年，Cell，第87卷，p. 427-436中记载的方法得到。本说明书中使用的“NSUN5基因”或“NSUN5”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号5)表示的N0Ll/N0P2/Sim相关区域家族，成员5基因 (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号5中记载的NSUN5基因 (GenBank登录号ΝΜ_018044)或其它生物种的同源物等。NSUN5基因可以通过Doll，A.等， 2001 年，Cytogenetics and Cell genetics，第 95 卷，p. 20-27 中记载的方法得到。本说明书中使用的“SPEN基因”或“SPEN”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号6)表示的spen同源物，转录调节基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号6中记载的SPEN基因(GenBank登录号NM_015001)或其它生物种同源物等。SPEN基因可以通过Newberry，E. P.等，1999年， Biochemistry，第38卷，p. 10678-10690中记载的方法得到。本说明书中使用的“LTBP3基因”或“LTBP3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号7)表示的潜在转化生长因子β结合蛋白(latent transforming growth Factor Beta binding Protein) 3 S @ (DNA) > ^^^ 体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号7中记载的LTBP3基因(GenBank登录号 NM_021070)或其它生物种同源物等。SPEN基因可以通过Yin，W.等，1995年，Journal of Biological Chemistry，第 270 卷，p. 10147-10160 中记载的方法得到。本说明书中使用的“ SYNGRl基因”或“SYNGR1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号8)表示的突触循环蛋白(synaptogyrirOl基因 (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号8中记载的SYNGRl基因 (GenBank登录号NM_004711)或其它生物种同源物等。SYNGRl基因可以通过Kedra，D.等， 1998年，Human Genetics，第103卷，p. 131-141中记载的方法得到。本说明书中使用的“ARL3基因”或“ARL3，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号9)表示的ADP核糖基化因子样3(ADP-riboSylation Factor-like 3)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号9中记载的ARL3基因(GenBank登录号NM_004311)或其它生物种同源物等。SYNGRl基因可以通过 Cavenagh，Μ. M.等，1994 年，Journal of Biological Chemistry，第 269 卷， p. 18937-18942中记载的方法得到。本说明书中使用的“SLC13A1基因”或“SLC13A1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号10)表示的溶质载体蛋白家族(solute carrier family) 13(钠 / 硫酸盐同向转运体，sodium/sulfate symporters)，成员 1 基因(DNA)、 其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号10中记载的SLC13A1基因 (GenBank登录号NM_022444)或其它生物种同源物等。SLC13A1基因可以通过Lee，A.等， 2000年，Genomics，第70卷，p. 354-363中记载的方法得到。本说明书中使用的“ RALGDS基因”或“ RALGDS，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号11)表示的ral鸟嘌呤核苷酸解离刺激因子(ral guanine nucleotide dissociation stimulator)(DNA) ,MIWHiM^^i^Miff^^ 等的基因(DNA)。具体包括序列号11中记载的RALGDS基因(GenBank登录号NM_006266或其它生物种同源物等。RALGDS基因可以通过Albright，C. F.等，1993年，EMBO Journal，第 12卷，p. 339-347中记载的方法得到。本说明书中使用的“ADD3基因”或“ADD3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号12)表示的内收蛋白3(Y)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号12中记载的ADD3基因(GenBank登录号ΝΜ_019903)或其它生物种同源物等。RADD3基因可以通过Katagiri，Τ.等，1996年， Cytogenetics and Cell genetics，第 74 卷，p. 90-95 中记载的方法得到。本说明书中使用的“MAP;3K12基因”或“MAP;3K12”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号1 表示的促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶 (mitogen-activated Protein kinase kinase kinase) 12 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号13中记载的MAP;3K12基因(GenBank登录号NM_006301)或其它生物种同源物等。MAP;3K12基因可以通过Reddy，U. R.等，1994年， Biochemical Biophysical Research Communications,第 202 卷，ρ· 613-620 中记载的方法得到。本说明书中使用的“AVPI1基因”或“AVPI1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号14)表示的精氨酸加压素诱导的(arginine vasopressin-inducecOl基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号14中记载的AVPIl基因(GenBank登录号NM_021732)或其它生物种同源物等。 AVPIl 基因可以通过 Nicod，M.等，2002 年，EMBO Journal，第 21 卷，p. 5109-5117 中记载的方法得到。本说明书中使用的“GIMAP6基因”或“GIMAP6”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号15)表示的GIPaSe，IMAP家族成员6基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号15中记载的GIMAP6基因(GenBank 登录号NM_0M711)或其它生物种同源物等。GIMAP6基因可以通过Mamm，0.等，2002年， Gene，第282卷，pl59_167中记载的方法得到。本说明书中使用的“FLJ11259基因”或“FLJ11259”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号16)表示的FLJ11259基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号16中记载的FLJ11259基因(GenBank登录号NM_018370)或其它生物种同源物等。FLJ11259基因可以通过0ta，T.等，2002年，Nature Genetics，第36卷，p. 40-45中记载的方法得到。本说明书中使用的“C3AR1基因”或“C3AR1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号17)表示的补体成分3R受体(complement Component 3R receptor) 1基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号17中记载的C3AR1基因(GenBank登录号NM_004054)或其它生物种同源物等。C3AR1 基因可以通过 Ames，R. S.等，1996 年，Journal of Biological Chemistry，第 271 卷， p. 20231-20234中记载的方法得到。本说明书中使用的“PCGF2基因”或“PCGF2”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号18)表示的Polycomb组环指结构(polycomb group ring finger) 2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号18 中记载的PCGF2基因(GenBank登录号NM_007144)或其它生物种同源物等。PCGF2基因可以通过Tagawa，M.等，1990 年，Journal of Biological Chemistry，第洸5 卷，p. 20021-200 中记载的方法得到。
本说明书中使用的“PDE6D基因”或“PDE6D”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号19)表示的杆体cGMP特异性磷酸二酯酶6D delta基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号19中记载的PDE6D 基因(GenBank登录号NM_002601)或其它生物种同源物等。PDE6D基因可以通过Florio， S. K.等，1996 年，Journal of Biological Chemistry，第 271 卷，p. 24036-24047 中记载的方法得到。本说明书中使用的“PLCG2基因”或“PLCG2”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号20)表示的磷脂酶C-Y 2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号20中记载的PLCG2基因(GenBank登录号 NM_002661)或其它生物种同源物等。PLCG2基因可以通过Kang，J. S.等，1996年，FEBBS Letters，第399卷，p. 14-20中记载的方法得到。本说明书中使用的“GPR148基因”或“GPR148”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号21)表示的g蛋白偶联受体(g Protein-coupled rec印tor) 148基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号21 中记载的GPR148基因(GenBank登录号NM_207364)或其它生物种同源物等。GPR148基因可以通过Vassilatis,D. K.等，2003年，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.，第 100 卷，p. 4903-4908 中记载的方法得到。本说明书中使用的“ARF6基因”或“ARF6”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号22)表示的ADP-核糖基化因子6基因(DNA)、其同源物、 变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号22中记载的ARF6基因(GenBank登录号NM_001663)或其它生物种同源物等。ARF6基因可以通过Cavenagh，Μ. Μ.等，1996年， Journal of Biological Chemistry，第 271 卷，p. 21767-21774 中记载的方法得到。本说明书中使用的“NISCH基因”或“NISCH”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号23)表示的nischarin基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号23中记载的NISCH基因(GenBank登录号 NM_007184)或其它生物种同源物等。NISCH基因可以通过Ivanov，Τ. R.等，1998年，Journal of the Autonomic Nervous System，第 72 卷，p. 98—110 中记载的方法得至lj。本说明书中使用的“GLYAT基因”或“GLYAT”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号24)表示的甘氨酸-N-乙酰基转移酶基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号M中记载的GLYAT基因(GenBank 登录号NM_005838)或其它生物种同源物等。GLYAT基因可以通过khachter，D.等，1976 年，Journal of Biological Chemistry，第 251 卷，p. 3352_3；358 中记载的方法得到。本说明书中使用的“IGHM基因”或“IGHM”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号2 表示的免疫球蛋白重链恒定区(Immunoglobulin heavy constant)! 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号25中记载的IGHM基因(GenBank登录号NG_001019)或其它生物种同源物等。IGHM基因可以通过Ravetch, J. V.等，1981年，Cell，第27卷，P. 583-591中记载的方法得到。本说明书中使用的“FBM)38基因”或“FBM)38”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号26)表示的F框蛋白(F-box ft~0tein)38基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号沈中记载的FBM)38基因(GenBank登录号NM_205836)或其它生物种同源物等。FBM)38基因可以通过Smaldone， S.等，2004 年，Molecular and cellular Biology，第 M 卷，p. 1058-1069 中记载的方法得到。本说明书中使用的“SLC12A1基因”或“SLC12A1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号27)表示的溶质载体蛋白家族12(钠/钾/氯化物转运体，sodium/potassium/chloride transporters)，成员 1 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号27中记载的SLC12A1基因(GenBank登录号NM_000338)或其它生物种同源物等。SLC12A1基因可以通过Simon，D. B.等，1996年， Nature Genetics，第13卷，p. 183-188中记载的方法得到。本说明书中使用的“PGDS基因”或“PGDS”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号28)表示的造血型前列腺素D2合成酶(prostaglandin D2 synthase, hematopoietic)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号28中记载的P⑶S基因(GenBank登录号匪_0144邪)或其它生物种同源物等。 PGDS基因可以通过Kanaoka，Y.等，1997年，Cell，第90卷，p. 1085-1095中记载的方法得到。本说明书中使用的“CD48基因”或“CD48”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号29)表示的CD48抗原基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号四中记载的CD48基因(GenBank登录号NM_001778) 或其它生物种同源物等。CD48基因可以通过Maunton，D.E.等，1987年，EMBO Journal，第 6卷，p. 3695-3701中记载的方法得到。本说明书中使用的“ IMPA2基因”或“ IMPA2，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号30)表示的肌醇-1(或4)-磷酸单酯酶(inositol (myo) -l(0r4)-m0n0ph0sphatase)2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号30中记载的IMPA2基因(GenBank登录号NM_014214)或其它生物种同源物等。 IMPA2 基因可以通过 Yoshikawa，T.等，1997 年，Molecular psychiatry，第 2 卷，ρ· 393-397 中记载的方法得到。本说明书中使用的“HSPA6基因”或“HSPA6，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号31)表示的热休克蛋白70(heat shock 70k Da Protein) 6 (HSP70B')基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号31中记载的HSPA6基因(GenBank登录号NM_002155)或其它生物种同源物等。HSPA6基因可以通过Voellmy,R.等，1985年，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.，第 82 卷，p. 4949-4953 中记载的方法得到。本说明书中使用的“EIF3S9基因”或“EIF3S9”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号3 表示的真核翻译起始因子(Eukaryotic Translation initiation Factor) 3，亚基 9eta，116kDa 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号32中记载的EIF3S9基因(GenBank登录号 NM_003751)或其它生物种同源物等。EIF3S9基因可以通过Methot，N.等，1997年，Journal of Biological Chemistry，第 272 卷，p. 1110—1116 中记载的方法得到。
本说明书中使用的“ ZNF659基因”或“ ZNF659，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号33)表示的锌指蛋白(zinc finger Protein)659 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号33中记载的 ZNF659基因(GenBank登录号NM_0M697)或其它生物种同源物等。ZNF659基因在2000年被Sugano，S.等克隆。本说明书中使用的“RAB6C基因”或“RAB6C”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号34)表示的RAS癌基因家族RAB6C基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号34中记载的RAB6C基因(GenBank登录号NM_032144)或其它生物种同源物等。RAB6C基因可以通过Fitzgerald，M. L.等，1999 年，Biochemical Journal，第 342 卷，p. 353-360 中记载的方法得到。本说明书中使用的“N0L1基因”或“N0L1”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号35)表示的核仁蛋白l，120kDa基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号35中记载的NDLl基因(GenBank登录号 NM_006170)或其它生物种同源物等。NOLl基因可以通过Freeman，J. W.等，1988年，Cancer Research，第48卷，p. 1244-1251中记载的方法得到。本说明书中使用的“DAB2基因”或“DAB2”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号36)表示的有丝分裂原反应磷蛋白dab同源物2 (disabled homo log 2,mitogen-responsive Phosphoprotein) (DNA)^^ WR^li
等的基因(DNA)。具体包括序列号36中记载的DAB2基因(GenBank登录号NM_001343)或其它生物种同源物等。DAB2基因可以通过Mok，S. C.等，1994年，Gynecologiconcology，第 52卷，p. 247-252中记载的方法得到。本说明书中使用的‘ ΒΙ3基因”或‘ ΒΙ3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号37)表示的EB病毒诱导基因(Epstein-Barr virus induced Gene) 3基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号 37中记载的EBI3基因(GenBank登录号匪_00575幻或其它生物种同源物等。EBI3基因可以通过 Devergne，0.等，1996 年，Journal of virology，第 70 卷，p. 1143-1153 中记载的方法得到。本说明书中使用的“PRSS3基因”或“PRSS3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号38)表示的丝氨酸蛋白酶3(内消旋胰蛋白酶 (mesotrypsin))基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号 38中记载的raSS3基因(GenBank登录号NM_002771)或其它生物种同源物等。PRSS3基因可以通过 Robinson,Μ· A.等，1993 年，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，第 90 卷，p. M33-2437 中记载的方法得到。本说明书中使用的“GLB1基因”或“GLB1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号39)表示的半乳糖苷酶，β 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号39中记载的GLBl基因(GenBank登录号 ΝΜ_000404或其它生物种同源物等。GLBl基因可以通过Shows，Τ. B.等，1979年，Somatic Cell Genetics，第5卷，p. 147-158中记载的方法得到。本说明书中使用的“SAMSm基因”或“SAMSN1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号40)表示的SAM区，SH3区和核定位信号(SAM Domain, SH3 Domain and nuclear localisation signals) 1 基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号40中记载的SAMSm基因(GenBank登录号 NM_022136)或其它生物种同源物等。SAMSm基因可以通过Claudio，J. 0.等，2001年， Oncogene，第20卷，p. 5373-5377中记载的方法得到。本说明书中使用的“AQP3基因”或“AQP3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号41)表示的水通道蛋白3基因(DNA)、其同源物、 变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号41中记载的AQP3基因(GenBank登录号NM_004925)或其它生物种同源物等。AQP3基因可以通过Ishikishi，K.等，1994 年，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，第91卷，p. 6269-6273中记载的方法得到。本说明书中使用的“ CAPZA2基因”或“ CAPZA2，，的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号42)表示的加帽蛋白(肌动蛋白纤丝)Z线(capping Protein(actin filament)muscle Z-line) α 2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号42中记载的CAPZA2基因(GenBank登录号ΝΜ_006136)或其它生物种同源物等。CAPZA2基因可以通过Barron-Casella，E.A.等，1995年，Journal of Biological Chemistry，第 270 卷，p. 21472-21479 中记载的方法得到。本说明书中使用的“B4GALT2基因”或“B4GALT2”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号43)表示的UDP-Gal β GlcNAc β 1,4-半乳糖基转移酶，多肽2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号 43中记载的B4GALT2基因(GenBank登录号ΝΜ_003780)或其它生物种同源物等。B4GALT2 基因可以通过 Almeida，R.等，1997 年，Journal of Biological Chemistry，第 272 卷， p. 31979-31991中记载的方法得到。本说明书中使用的“ARHGEF3基因”或“ARHGEF3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号44)表示的Mio鸟嘌呤核苷酸交换因子(Mio guanine nucleotide exchange Factor) (GEF)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号44中记载的ARHGEF3基因(GenBank登录号NM_019555)或其它生物种同源物等。ARHGEF3基因可以通过Thiesen，S.等，2000年，Biochemical and biophysical research communications,第 273 卷，p. 364-369 中记载的方法得至丨J。本说明书中使用的“P0GK基因”或“P0GK”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号4 表示的含有KRAB区域的pogo转座因子(pogo transposable element with KRAB Domain)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号45中记载的POGK基因(GenBank登录号AB040946)或其它生物种同源物等。POGK基因可以通过Greenhalf，W.等，1999年，Yeast，第15卷，p. 1307-1321 中记载的方法得到。本说明书中使用的“PRAF1基因”或“PRAF1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号46)表示的聚合酶(RNA) I相关因子1基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号46中记载的PRAF 1基因(GenBank 登录号NM_022490)或其它生物种同源物等。PRAFl基因可以通过Hanada，K.等，1996年，EMBO Journal，第15卷，p. 2217-2226中记载的方法得到。本说明书中使用的“HP⑶基因”或“HP⑶”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号47)表示的羟基前列腺素脱氢酶(hydroxy prostaglandin dehydrogenase) 15-(NAD)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号47中记载的HP⑶基因(GenBank登录号NM_000860)或其它生物种同源物等。 HP⑶基因可以通过 Pichaud，F.等，1997 年，Human Genetics，第 99 卷，p. 279-281 中记载的方法得到。HPGD基因在食管癌株化细胞的转移性亚株中，表达增加，上述内容被记载在 Kawamata, H.等，2003 年，Cancer Science，第 94 卷，ρ· 699-706。本说明书中使用的“GALNS基因”或“GALNS”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号14 表示的6-硫酸N-乙酰半乳糖胺硫酸酯酶基因 (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号142中记载的GALNS基因(GenBank登录号NM_000512)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“fgf3基因”或“fgf”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号143)表示的成纤维细胞生长因子3基因(DNA)、其同源物、 变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号143中记载的fgf3基因(GenBank登录号NM_005M7)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“CMK2B基因”或“CMK2B”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号144)表示的钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶(CAM kinase) II β基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号144 中记载的CMK2B基因(GenBank登录号ΝΜ_001220)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“CAMKIINalpha基因”或“CAMKIINalpha”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号14 表示的钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶II基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号145中记载的CAMKIIalpha基因(GenBank登录号NM_018584)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“PSARL基因”或“PSARL”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号146)表示的早衰素相关菱形体样蛋白 (Presenilin-associated rhomboid-like protein)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号146中记载的PSARL基因(GenBank登录号ΝΜ_018622) 或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“XRCC3基因”或“XRCC3”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号147)表示的中国仓鼠细胞3中的X射线修复互补缺陷修复repair complementing defective repair in Chinese hamster cell 3)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号147中记载的XRCC3 基因(GenBank登录号匪_00543幻或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“CAPG基因”或“CAPG”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号148)表示的(肌动蛋白纤丝)凝溶胶蛋白样加帽蛋白(capping protein (actin filament) gelsolin-like) (CAPG)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号148中记载的CAPG基因(GenBank登录号NM_001747)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“GRHPR基因”或“GRHPR”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号149)表示的乙醛酸还原61 - €基丙81酸还原Bl (glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase)基因 (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号149中记载的GRHTO基因(GenBank登录号ΝΜ_012203)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“ TROAP基因”或“ TROAP ”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号150)表示的滋养蛋白相关蛋白质(trophinin associated protein(滋养蛋白辅助蛋白，tastin))基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号150中记载的TROAP基因(GenBank登录号NM_005480) 或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“RRM2基因”或“RRM2”的术语，在没有被序列号定义的情况下， 包括编码特定碱基序列(序列号151)表示的核糖核苷酸还原酶M2基因(DNA)、其同源物、 变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号151中记载的RRM2基因(GenBank登录号NM_001034)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“ SATB2基因”或“ SATB2 ”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号152)表示的SATB家族成员2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号152中记载的SATB2基因(GenBank登录号 ΝΜ_015265)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“C14orfl62基因”或“C14orfl62”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号15 表示的染色体14开放阅读框 162 (chromoseme 14 open reading frame 162)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号153中记载的C14orfl62基因(GenBank登录号NM_020181) 或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“SEPT6基因”或“SEPT6”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号154)表示的Septin6基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号154中记载的SEPT6基因(GenBank登录号 NM_145799)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“Mere基因”或“Mere”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号15 表示的甘露糖6-磷酸酯小受体(small mannose 6-phosphate receptor)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号155中记载的M6ra基因(GenBank登录号NM_002355)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“ SPRR3基因”或“ SPRR3 ”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号156)表示的富脯氨酸小蛋白(small proline-rich protein) 3基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号156中记载的SPRR3基因(GenBank登录号NM_005416)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“EML1基因”或“EML1”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号157)表示的棘皮动物微管结合蛋白相关蛋白 1 (Echinoderm microtubule-associated protein-like 1)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号157中记载的EMLl基因(GenBank登录号 NM_004434)或其它生物种同源物等。
本说明书中使用的“YPEL5基因”或“YPEL5”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号158)表示的开心蛋白5(yippee-like 5)(果蝇)基因 (DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号158中记载的YPEL5基因(GenBank登录号ΝΜ_016061)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“EIF4EBP2基因”或“EIF4EBP2”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号159)表示的真核翻译起始因子4E-结合蛋白 2 (Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 2)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号159中记载的EIF4EBP2基因 (GenBank登录号NM_004096)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“SLC2A14基因”或“SLC2A14”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号160)表示的溶质载体蛋白家族2 (易化扩散的葡萄H转运体)，成员 14 (Solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), memberl4)基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号160中记载的SLC2A14基因(GenBank登录号BC060766)或其它生物种同源物等。本说明书中使用的“SLIT2基因”或“SLIT2”的术语，在没有被序列号定义的情况下，包括编码特定碱基序列(序列号161)表示的果蝇同源物SLIT的2基因(DNA)、其同源物、变异体及衍生物等的基因(DNA)。具体包括序列号161中记载的SLIT2基因(GenBank 登录号NM_004787)或其它生物种同源物等。本发明提供对诊断、检测、确定或预测食管癌或食管癌转移、及食管癌的治疗有用的疾病确定用组合物、以及使用了该组合物的诊断、检测、确定或预测食管癌及食管癌转移的方法，由此具有以下独特作用效果，即提供具有特异性且预测率高、迅速、简单的检测、确定或预测食管癌和食管癌转移的方法。另外，本发明的食管癌标记物还包括在食管癌患者的血液等生物试样中发现的物质，该物质在健康人中基本或完全没有被发现，所以，还具有下述效果，即，通过单独以上述标记物的存在或存在量作为指标，例如在血液中的存在或存在量，即可容易地检测食管癌。


[图1]表示组合使用与表2中记载的基因对应的序列号48 94的多核苷酸时， 存在发生转移(即转移性)的食管癌细胞的检测率。纵轴表示能够检测到检样中存在发生转移的食管癌组织的概率，横轴表示检测发生转移的食管癌所需要的基因总数，该基因数按照表中记载的序列号依次增加。[图2]表示非癌组织部表达基因的表达量-表达强度相关图(M-A图，白色菱形标记食管癌检测用基因，黑色圆形标记对照基因)。纵轴M、即Minus表示各基因在对照与检样中的测定值的对数值之差，横轴々、即Add表示各基因在对照与检样中的测定值的对数值之和。[图3]表示食管癌组织部表达基因的表达量-表达强度相关图(M-A图，白色菱形标记食管癌检测用基因，黑色圆形标记对照基因)。纵轴M、即Minus表示各基因在对照与检样中的测定值的对数值之差，横轴々、即Add表示各基因在对照与检样中的测定值的对数值之和。
[图4]表示组合使用与表3中记载的基因对应的序列号162 181的多核苷酸时，存在食管癌细胞的检测率。纵轴表示能检测到检样中存在食管癌组织的概率，横轴表示检测食管癌所需的基因总数，该基因数按照表3中记载的序列号依次增加。[图5]表示利用RT-PCR法测定的食管癌组织中CAMKIIalpha及YPEL5基因的表达量降低。GAPDH 稳定表达基因甘油醛-3-磷酸酯脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、-RT 不添加Taq聚合酶进行的反应。
具体实施例方式以下进一步具体地说明本发明。1.食管癌相关标记物1. 1食管癌相关靶核酸(1)作为在使用本发明的组合物、试剂盒或DNA芯片检测、确定或预测食管癌的存在及转移时使用的食管癌转移相关标记物的靶核酸例如包括含有序列号1 47表示的碱基序列的人类基因(即 AXL、C6orf54、ZBTBl 1、TNFRSF14、NSUN5、SPEN、LTBP3、SYNGRl、ARL3、 SLC13A1、RALGDS, ADD3、MAP3K12、AVPI1、GIMAP6、FIJI 1259、C3AR1、PCGF2、PDE6D、PLCG2、 GPR148、ARF6、NISCH、GLYAT, IGHM、FBX038、SLC12A1、PGDS, CD48、IMPA2、HSPA6、EIF3S9、 ZNF659、RAB6C、NOLI、DAB2、EBI3、PRSS3、GLBU SAMSN1、AQP3、CAPZA2、B4GALT2、ARHGEF3、 P0GK、PRAF1及HP⑶)、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。此处，基因、同源物、转录产物、cDNA、变异体及衍生物的含义与上述定义相同。优选的靶核酸为含有序列号1 47表示的碱基序列的人类基因、其转录产物或cDNA，较优选该转录产物或cDNA。在本发明中，成为食管癌转移的靶的上述基因在来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌组织中的表达水平，与其在来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌组织中的表达水平相比，均发生显著变化(即增加或降低)。第1靶核酸是AXL基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于AXL基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志(marker)的报道。第2靶核酸是C6orK4基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于C6orK4基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第3靶核酸是^TBll基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于^TBll基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第4靶核酸是TNFRSF14基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于TNFRSF14基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第5靶核酸是NSUN5基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于NSUN5基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第6靶核酸是SPEN基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于SPEN基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。
第7靶核酸是LTBP3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于LTBP3基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第8靶核酸是SYNGRl基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于SYNGRl基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第9靶核酸是ARL3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于ARL3基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第10靶核酸是SLC13A1基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于SLC13A1基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第11靶核酸是RALGDS基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于RALGDS基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第12靶核酸是ADD3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于ADD3基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第13靶核酸是MAP;3K12基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于MAP;3K12基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第14靶核酸是AVPI 1基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于AVPIl基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第15靶核酸是GIMAP6基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于GIMAP6基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第16靶核酸是FLJ11259基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于FLJ11259基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第17靶核酸是C3AR1基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于C3AR1基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第18靶核酸是PCGF2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PCGF2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第19靶核酸是PDE6D基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PDE6D基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第20靶核酸是PLCG2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PLCG2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第21靶核酸是GPR148基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于GPR148基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第22靶核酸是ARF6基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于ARF6基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。
第23靶核酸是NISCH基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于NISCH基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第24靶核酸是GLYAT基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于GLYAT基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第25靶核酸是IGHM基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于IGHM基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第26靶核酸是FB0X38基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于FB0X38基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第27靶核酸是SLC12A1基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于SLC12A1基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第28靶核酸是PGDS基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PGDS基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第29靶核酸是CD48基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于CD48基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第30靶核酸是IMPA2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于IMPA2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第31靶核酸是HSPA6基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于HSPA6基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第32靶核酸是EIF3S9基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于EIF3S9基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第33靶核酸是ZNF659基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于ZNF659基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第34靶核酸是RAB6C基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于RAB6C基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第35靶核酸是NOLl基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于NOLl基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第36靶核酸是DAB2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于DAB2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第37靶核酸是EBI3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于EBI3基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第38靶核酸是PRSS3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PRSS3基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第39靶核酸是GLBl基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于GLBl基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第40靶核酸是SAMSm基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于SAMSm基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第41靶核酸是APQ3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于APQ3基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第42靶核酸是CAPZA2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于CAPZA2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第43靶核酸是B4GALT2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于B4GALT2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第44靶核酸是ARHGEF3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。迄今为止还没有关于ARHGEF3基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第45靶核酸是POGK基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于P0GK2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第46靶核酸是PRAFl基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 迄今为止还没有关于PRAFl基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第47靶核酸是HPGD基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。HP⑶基因在食管癌株化细胞的转移性亚株中表达增加，上述内容被记载于Kawamata， H.等，2003 年，Cancer Science，第 94 卷，ρ· 699-706。1. 2食管癌相关靶核酸(2)作为在使用本发明组合物、试剂盒或DNA芯片检测、确定或预测食管癌或食管癌细胞的存在时使用的食管癌相关标记物的靶核酸的其他例子，例如包括含有序列号142 161表示的碱基序列的人类基因(即分别为GALNS，fgf3, CAMK2B, CaMKIINalpha, PSARL, XRCC3, CAPG, GRHPR, TROAP, RRM2, SATB2, C14orfl62, SEPT6, M6PR, SPRR3, EMLl， YPEL5, EIF4EBP2, SLC2A14及SLII^)、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。此处， 基因、同源物、转录产物、cDNA、变异体及衍生物的含义与上述定义相同。优选的靶核酸是含有序列号142 161表示的碱基序列的人类基因、其转录产物或cDNA，较优选该转录产物或 cDNA。本发明中，作为食管癌的靶的上述基因，在食管癌组织中的表达水平与其在非癌组织中的表达水平相比，均显著降低。第1靶核酸是GALNS基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。GALNS基因是6-硫酸N-乙酰半乳糖胺硫酸酯酶的基因CTomatsn等，1991年， Biochemical Biophysical Research Communication,第 181 卷，ρ· 677-683)。已知该基因的翻译产物在溶酶体内参与葡糖胺聚糖、硫酸角质素、6-硫酸软骨素等的代谢，该基因的缺损、缺失、变异可引起遗传性粘多糖病、即莫尔基奥综合征(Morquio A syndrome) (Fukuda, S.等，1992 年，Journal of Clinical Investigation，第 9O 卷，p. IO49-IO53 等)。莫尔基奥综合征的主要症状是角膜混浊、大动脉瓣关闭不全、硫酸角质素从尿中排泄或骨病变。但是，迄今为止还没有关于GALNS基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第2靶核酸是fgf3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。fgf3基因是属于成纤维细胞生长因子家族的基因(Brookes，S.等，1989年， Oncogene，第4卷，p. 429-436) 0除暗示该基因的翻译产物有助于耳的形成之外，还发现作为原癌基因，在包括人食管癌细胞在内的多种人及小鼠的癌组织中扩增(Kitagawa，Y.等， 1991年，Cancer Research，第51卷，p. 1504-1508)。但是，迄今为止还没有关于fgf3基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第3靶核酸是CAMK2B基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。CAMK2B基因是钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶II β的基因(TombeS，r. Μ.等，1997 年，Biochimica et Biophysica Acta，第1355卷，p.沘1_四2)。暗示该基因的翻译产物可将各种基质的丝氨酸·苏氨酸残基磷酸化，有助于细胞周期的调节或中枢神经系统的形成。暗示在肺小细胞癌细胞中，CAMK2B的活化促进细胞周期(Williams，C. L.等，1996年， Biochemical Phamacology,第51卷，p. 707-715)，但是，迄今为止还没有关于cMAK2B基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第4靶核酸是CaMKIINalpha基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。CAMKIINalpha基因是钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶II的基因(Strausberg， R. L.等，2002 年，Proceedings of the National AcademicSciences U.S.A.,第 99 卷， p. 16899-16903)。已知 CAMKIINalpha 基因与 CaM-激酶 II 抑制剂 α (大鼠 L0C287005)具有高同源性，L0a87005是对脑特异性的钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶II的抑制蛋白质 (Chang. B. H.等，2001 年，Neuroscience, H 102 卷，p. 767-777)。但是，迄今为止还没有关于CaMKIINalpha基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第5靶核酸是PSARL基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。PSARL基因是早衰素相关菱形体样蛋白的基因(Pellegrini，L.等2001 年，Journal of Alzheimer，s Disease,第 3 卷，p. 181-190)。已知作为酿酒酵母 (S. cerevisiae)的PSARL同源物的Rbdl的翻译产物存在于线粒体内膜，该翻译产物的缺损引起呼吸不全(MacQuibban, G.等，2003年，Nature，第423卷，p. 537-541)。但是，迄今为止还没有关于PSARL基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第6靶核酸是XRCC3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。XRCC3基因是中国仓鼠细胞3的X射线修复互补缺陷修复的基因(Tebbes， R. S.等，1995 年，Proceedings of the National Academic Scienccs U. S. Α·,第 92 卷， p. 6354-6358)。XRCC3基因的翻译产物参与基因障碍的修复，并有以下报道XRCC3基因的变异在乳癌(Kuschel，B.等，2002 年，Human molecular genetics，第 11 卷，p. 1399-1407) 及黑色素瘤(Winsey，L 等，2000 年，Cancer Research，第 60 卷，p. 5612-5616)中显著升高。 但是，迄今为止还没有关于XRCC3基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第7靶核酸是CAPG基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。CAPG基因是属于凝溶胶蛋白/胆汁三烯家族(gelsolin/bilin family)的肌动蛋白加帽蛋白质的基因(Dabiri,G. Α.等，1992 年，Journal of Biological Chemistry，第267卷，p. 16^5-1655 。该基因的翻译产物与肌动蛋白纤维的箭头端结合，使肌动蛋白纤维切断能力丧失。最初，该翻译产物在巨噬细胞中被发现，暗示有可能与巨噬细胞的功能有关，但是，迄今为止还没有关于CAPG基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第8靶核酸是GRHPR基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。GRHPR基因是乙醛酸还原酶-羟基丙酮酸还原酶的基因(Rumsby，G.等，1999年， Biochimica et Biophysica Acta，第 1446 卷，p. 383-388)。该基因的翻译产物将乙酸酸代谢为羟乙酸盐，并将羟基丙酮酸可逆性分解为D-甘油酸盐。暗示该基因是原发性2型高草酸尿症的致病基因(Cramer，S. D.等，1999 年，Human Molecular Genetics，第 8 卷， p. 2063-2069)。但是，迄今为止还没有关于GRiPR基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第9靶核酸是TROAP基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。TROAP基因是滋养蛋白相关蛋白质(TASTIN)的基因(Fukuda, M. N.等，1995年， Genes and Development，第9卷，p. 1199-1210)。暗示该基因的翻译产物与滋养蛋白一同作用，在胚胎植入子宫内膜细胞时，有助于细胞粘附(Fukuda，M.等，如上所述)。但是，迄今为止还没有关于TROAP基因或其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第10靶核酸是RRM2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。RRM2基因是核糖核苷酸-二磷酸酯还原酶M2链(ribonucleotide-diphosphate reductase M2 chain)的基因(Yang-Feng，Τ· L.等，1987 年，Genomics，第 1 卷，ρ· 77-86)。 该基因的翻译产物是由核糖核苷酸生成脱氧核糖核苷酸的酶的亚单位，是DNA合成的限速酶。已公开该翻译产物在浸润性乳癌等中表达亢进(JenSen，R.A.等，1994年，Proceedings of the national Academy of Sciences，USA，第 91 卷，p. 9527-9261 等)，还已知该基因的翻译产物作为羟基脲的抗癌作用的靶分子aen，Y.等，1994年，Cancer Research，第M卷， p. 3686-3691)。另外，已知随癌细胞株对抗癌剂吉西他滨(gemcitabine)产生耐性，该基因的翻译产物的表达量增加(Goan，Y. G.等，1999年，Cancer Research，第59卷，p. 4204-4207 等)。但是，迄今为止还没有关于RRM2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第11靶核酸是SATB2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。SATB2基因是DNA序列结合蛋白质的基因(Kikuno. R.等，1999年，DNA Research, 第6卷，p. 197-205)。已知该基因的翻译产物与pre-B细胞的免疫球蛋白基因的核基质结合区(nuclear matrix attachment regions)结合并调节其表达(Dobreva, G. 2003 年，Genes & Development，第17卷，p. 3048-3061)，但是，迄今为止还没有关于SATB2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第12靶核酸是C14orfl62基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。C14orfl62基因是染色体14开放阅读框162的基因(Mao，Y.等，2000年Genbank Direct submission)。C14orf 162基因的功能是未知的，迄今为止还没有关于C14orf 162基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第13靶核酸是SEPT6基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。
SEPT6 基因是属于 s印tin 家族的基因(Ono，R.等，2002 年，CancerResearch，第 62卷，p. 333-337)。该基因的翻译产物具有ATP-GTP结合部位和暗示核内移行的序列。另外，已知存在多种变异体。已知在急性骨髓性白血病患者中，Septin6基因通过染色体转移与MLL基因融合(0no，R.等，如上所述)。但是，迄今为止还没有关于SEPTIN6基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第14靶核酸是M6ra基因、其同源物、其转录产物或CDNA、或其变异体或衍生物。M6PR 基因是甘露糖 6-磷酸酉旨小受体(small mannose 6-phosphate receptor) 的基因(Pohlmann, R.等，1987 年，Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.，第84卷，p. 5575-5579)。已知该基因的翻译产物作为IGF-II的受体发挥作用，通过抑制其在绒毛癌细胞中的表达能够抑制细胞增殖能力(0’ Goman，D. B.等，1999年，Cancer Research，59卷，p. 5692-5694)。但是，迄今为止还没有关于Μ6Ι^基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第15靶核酸是SPRR3基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。如上所述，已知SPRR3基因是食管癌的标记物(国际公开第2003/0似661说明书、 Chen, B. S.等，2000 年，Carcinogenesis，第 21 卷，p. 2147-2150 ；Abraham, J. Μ.等，1996 年， Cell Growth & Differentiation，第 7 卷，ρ·855-860)。第16靶核酸是EMLl基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。EMLl基因是棘皮动物微管结合蛋白相关蛋白1的基因(Eudy，J. D.等，1997年， Genomics，第43卷，P. 104-106)。EMLl基因的序列中存在推测为钙结合特征结构和组氨酸磷酸酶活性区域的序列，但是，迄今为止还没有关于EMLl基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第17靶核酸是YPEL5基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。 YPEL5基因是开心蛋白5(果蠅)的基因(Roxstrom-Lindquist，K.等，2001年，hsect molecular biology，第10卷，p. 77-86)。YPEL5的翻译产物属于锌-结合蛋白质家族，迄今为止还没有关于YPEL5基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第18靶核酸是EIF4EBP2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。EIF4EBP2基因是真核翻译起始因子4E-结合蛋白2的基因(PauSe，A.等，1994年， Nature，第371卷，p. 762-767)。EIF4EBP2的翻译产物是基因表达的起始控制蛋白质，在几种癌中发现基因变异(Tsukiyama-Kohara，K.等，1996 年，Genomics，第 38 卷，p. 353-363)， 迄今为止还没有关于EIF4EBP2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。第19靶核酸是SLC2A14基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。SLC2A 14基因是溶质载体蛋白家族2 (易化扩散的葡萄糖转运体)，成员14的基因(Strausberg, R. L.等，2002 年，Proceedings of the National Academic Sciences U. S. A.，第99卷，p. 16899-16903)。SLC2A14的翻译产物是在睾丸中特异表达的葡萄糖转运体(Wu，X.等，如上所述)，迄今为止还没有关于SLC2A14基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。
第20靶核酸是SLIT2基因、其同源物、其转录产物或cDNA、或其变异体或衍生物。SLIT2 基因是果蠅 SLIT 同源物 2 的基因(Itoh，Α.等，1998 年，Molecular Brain Research，第62卷，p. 175-186)。已知该基因的翻译产物是分泌蛋白质，抑制神经纤维的延长和白细胞游走(Wu, W.等，1999年，Nature，第400卷，p. 331-336)。但是，迄今为止还没有关于SLIT2基因及其转录产物的表达减少可以作为食管癌的标志的报道。1. 3食管癌相关靶多肽(1)作为在使用本发明的组合物或试剂盒检测、确定或预测食管癌的存在及转移时使用的食管癌转移相关标记物的靶多肽，例如包括含有序列号1 47表示的碱基序列的上述人类基因，即分别由 AXL、C6orf54、ZBTBl 1、TNFRSF14、NSUN5、SPEN、LTBP3、SYNGRl、ARL3、 SLC13A1、RALGDS, ADD3、MAP3K12、AVPI1、GIMAP6、FIJI 1259、C3AR1、PCGF2、PDE6D、PLCG2、 GPR148、ARF6、NISCH、GLYAT, IGHM、FBX038、SLC12A1、PGDS, CD48、IMPA2、HSPA6、EIF3S9、 ZNF659、RAB6C、NOLI、DAB2、EBI3、PRSS3、GLBl、SAMSNl、AQP3、CAPZA2、B4GALT2、ARHGEF3、 P0GK、PRAF1及HPGD基因编码的多肽，例如含有序列号95 141表示的氨基酸序列的人多肽、其同源物、或其变异体或衍生物。此处，多肽、同源物、变异体及衍生物的含义与上述定义相同。优选的靶多肽是含有序列号95 141表示的氨基酸序列的人多肽。本发明中的成为食管癌转移的靶的上述多肽与对应的基因及其转录产物的表达量相同地都具有以下特征在来自手术时发生淋巴结转移的患者的食管癌组织中的表达水平与其在来自手术时未发生淋巴结转移的患者的食管癌组织中的表达水平相比，发生显著变化(即增加或下降)，或该多肽在手术时发生淋巴结转移的受试者的血液中的表达水平与其在手术时未发生淋巴结转移的受试者的血液中的表达水平相比，发生显著变化(即增加或下降)。1. 4食管癌的靶多肽(2)作为在使用本发明的组合物或试剂盒检测、确定或预测食管癌或食管癌细胞的存在时使用的食管癌相关标记物的靶多肽包括由上述GALNS，fgf3，CAMK2B, CaMKIINalpha, PSARL, XRCC3, CAPG, GRHPR, TROAP, RRM2, SATB2, C14orfl62, SEPT6, M6PR, SPRR3, EML1, YPEL5，EIF4EBP2, SLC2A14及SLIT2基因编码的多肽，例如，含有序列号182 201表示的氨基酸序列的人多肽、其同源物、或其变异体或衍生物。此处，多肽、同源物、变异体及衍生物的含义与上述定义相同。优选的靶肽是含有序列号182 201表示的氨基酸序列的人多肽。在本发明中，成为食管癌的靶的上述多肽与对应的基因及其转录产物的表达量相同地都具有以下特征在食管癌组织中的表达量与其在非癌组织中的表达量相比，显著降低，或该多肽在罹患食管癌的受试者的血液中的表达水平与其在健康受试者的血液中的表达水平相比，显著降低。1. 5食管癌相关靶多肽(3)使用本发明的组合物或试剂盒体外检测食管癌时使用的其他食管癌标记物是具有序列号202 233表示的氨基酸序列的多肽、其变异体或其片段。本发明的序列号202 233的多肽、其基因名及蛋白质编号(GenBank登录名及登录号)、及其特性一同示于下面的表1。上述多肽例如在食管癌患者的血浆中被特异性地检测到，而在健康者的血浆中不被检测到或未达到能检测的水平。
[表 1]
权利要求
1.一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在的组合物，所述组合物含有选自下述II组中的1种或2种以上探针，II组由下述(f) (j)组成的多核苷酸，(f)由序列号142 155、157 161表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、或其含有15个以上连续碱基的片段，(g)含有序列号142 155、157 161表示的碱基序列的多核苷酸，(h)由与序列号142 155、157 161表示的碱基序列互补的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体、或其含有15个以上连续碱基的片段，(i)含有与序列号142 155、157 161表示的碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸，及(j)在严格条件下与所述(f) (i)中的任一种多核苷酸杂交的多核苷酸、或其含有 15个以上连续碱基的片段。
2.如权利要求1所述的组合物，其中，所述多核苷酸是DNA或RNA。
3.如权利要求1所述的组合物，其中，所述II组中的片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。
4.如权利要求1所述的组合物，其中，所述II组中的片段是序列号142 155、157 161中的任一个表示的碱基序列中分别含有序列号162 175、177 181中的任一个表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸序列互补的碱基序列的多核苷酸。
5.如权利要求1所述的组合物，所述II组中的片段是含有序列号162 175、177 181中的任一个表示的碱基序列、或与该碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。
6.如权利要求1所述的组合物，所述组合物除含有所述II组的探针以外，还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与所述多核苷酸杂交的多核苷酸、或所述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。
7.如权利要求6所述的组合物，其中，所述片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。
8.如权利要求6所述的组合物，其中，所述片段是序列号156表示的碱基序列中含有序列号176表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸的序列互补的碱基序列的多核苷酸。
9.如权利要求6所述的组合物，其中，所述片段是含有序列号176表示的碱基序列、或与该碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。
10.如权利要求1所述的组合物，其中单独或组合含有选自所述II组中的2种以上探针。
11.一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在的试剂盒，其中含有选自权利要求1定义的II组中的1种或2种以上探针。
12.如权利要求11所述的试剂盒，其中还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与所述多核苷酸杂交的多核苷酸、或所述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段作为探针。
13.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述多核苷酸是由序列号142 155、156、 157 161中的任一个表示的碱基序列组成的多核苷酸、由其互补序列组成的多核苷酸、在严格条件下与所述多核苷酸杂交的多核苷酸、或所述多核苷酸的含有15个以上连续碱基的片段。
14.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述II组中的片段是含有60个以上连续碱基的多核苷酸。
15.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述II组中的片段是在含有序列号142 155、156、157 161中任一个表示的碱基序列的60个以上连续碱基的多核苷酸中分别含有序列号162 175、176、177 181中的任一个表示的碱基序列的多核苷酸、或含有与该多核苷酸的序列互补的碱基序列的多核苷酸。
16.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述II组中的片段是含有序列号162 175、 176、177 181中的任一个表示的碱基序列、或与该碱基序列互补的碱基序列的多核苷酸。
17.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述II组中的片段是由序列号162 175、 176、177 181中的任一个表示的碱基序列组成的多核苷酸。
18.如权利要求11所述的试剂盒，其中含有2种以上 全部的含有序列号162 175、 176,177 181表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。
19.如权利要求11所述的试剂盒，其中，所述探针被单独或组合包装在不同容器中。
20.一种用于体外检测、确定或预测受试者食管癌的存在的DNA芯片，其中含有选自权利要求1定义的II组中的1种或2种以上探针。
21.如权利要求20所述的DNA芯片，其中还含有由序列号156表示的碱基序列组成的多核苷酸、其变异体及/或其片段。
22.如权利要求20所述的DNA芯片，其中含有2种以上 全部的含有序列号162 175、176、177 181表示的碱基序列或其互补序列的多核苷酸。
23.一种体外检测、确定或预测食管癌的存在的方法，该方法包括使用选自权利要求1 定义的II组中的探针，体外测定来自受试者的生物试样中的一种或几种食管癌相关靶核酸的存在或存在量或表达量。
24.如权利要求23所述的方法，其中，使用DNA芯片进行所述测定。
25.如权利要求23所述的方法，其中，以相对于对照试样的变化为指标，进行所述食管癌的存在的检测、确定或预测。
26.如权利要求23所述的方法，其中，所述生物试样是来自食管的组织或细胞、血液、 血菜、血清、或尿。
27.—种体外检测、确定或预测食管癌的存在或转移的方法，该方法包括使用权利要求 1所述的组合物、权利要求11所述的试剂盒、或权利要求20所述的DNA芯片，体外测定来自受试者的生物试样中的1种或多种与食管癌相关的靶核酸的存在或存在量或表达量。
28.一种检测食管癌的方法，所述方法包括以下步骤即，第1步骤使用选自权利要求1定义的II组中的探针、或含有所述探针的权利要求1 所述的组合物、权利要求11所述的试剂盒、或权利要求20所述的DNA芯片，体外测定多个生物试样中的靶核酸的表达量，所述生物试样是已知含有食管癌细胞的组织或正常组织；第2步骤以所述第1步骤得到的所述靶核酸的表达量的测定值作为训练样本，制作辨别式(支持向量机)；第3步骤与第1步骤相同地体外测定来自受试者食管的生物试样中的所述靶核酸的表达量；第4步骤将第3步骤中得到的所述靶核酸的表达量的测定值代入所述第2步骤中得到的辨别式中，基于由所述辨别式得到的结果，判断生物试样中含有癌细胞或不含有癌细胞。
29.选自权利要求1定义的II组中的探针、或含有所述探针的权利要求1所述的组合物、权利要求11所述的试剂盒、或权利要求20所述的DNA芯片在体外检测、确定或预测来自受试者的生物试样中的食管癌的存在中的用途。
全文摘要
本发明涉及用于诊断食管癌的组合物及方法，具体而言，本发明涉及含有多核苷酸作为探针的组合物、试剂盒及DNA芯片及使用上述物质检测、确定或预测食管癌的存在的方法，所述探针用于检测、确定或预测食管癌的存在。
文档编号C12Q1/68GK102191320SQ20111006508
公开日2011年9月21日 申请日期2006年5月2日 优先权日2005年5月2日
发明者信正均, 友田史绪里, 妙本阳, 小园聪子, 岛田裕, 田中祥德, 秋山英雄, 辻本豪三, 野村修 申请人:东丽株式会社, 国立大学法人京都大学